Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"A rapid and simple to amplify genomic DNA sequences nanking mini-Tn5 transposon insertion was developed....."

"Penelitian transformasi fragmen DNA Xanthomonas campestris ke dalam Escherichia coli DH5a., mengunakan vektor plasmid Escherichia coli (pUC19). DNA kromosom diisolasi dengan menggunakan metoda CTAB. DNA plasmid diisolasi menggunakan metoda lisis. Kedua sumber DNA dipotong menggunakan enzim restriksi EcoR1, Sel kompeten disiapkan dengan menggunakan CaCl2.transformasi menggunakan metoda kejutan panas. Hasil transformasi didapatkan sebanyak 5 koloni putih (yang mengandung DNA fragmen), dengan frekuensi transformasi sebesar 1.22 X10-8 koloni putih/sel kompeten Elektroforesis agarosa menunjukan variasi ukuran fragmen DNA hasil transformasi, sebesar 0,5-7,5 kb. Penelitian lebih lanjut perlu dilakukan dengan membuat pustaka genom untuk mendapatkan hasil transformasi yang tinggi."

"Ruang Lingkup dan Cara Penelitian: Terdapat dua molekul.DNA ekstrakromosom pada berbagai spesies Plasmodium: elemen DNA linier sebesar 6 kb dan elemen DNA sirkuler 35 kb. Elemen 6 kb pada P. falciparum dan P. yoelii telah lengkap disekuens dan dapat diidentifikasi 3 ORF yang menunjukkan homologi dengan gen cyb, COI dan COAT pada DNA mitokondria, tapi elemen ini tidak memiliki gen tRNA dan hanya memiliki (ragmen rRNA. Peran dan fungsi elemen DNA ekstrakromosom ini belum diketahui secara pasti dan sebagai Iangkah awal untuk mengetahui dan memahaminya adalah dengan membuktikan bahwa elemen 6kb ini diekspresi. Pendekatan yang dilakukan adalah berdasarkan pada penggunaan antibodi yang spesifik sebagai pelacak terhadap produk putatif gen cyb pada elemen 6 kb. Tujuan penelitian ini adalah: (1) mendesain peptida berdasarkan urutan asam amino dad produk putatif gen apositokrom b yang sesuai sebagai imunogen, (2) membuat antibodi antipeptida yang spesifik dan (3) menggunakan antibodi antipeptida sebagai pelacak untuk mencari produk gen dengan teknik western immunoblofting. Antibodi yang ideal harus dapat mengenali protein asli, karena itu peptida dibuat mewakili daerah unik dam mempunyai antigenisitas tinggi. Untuk menginduksi produksi antibodi, peptida sintetik yang telah dikonjugasi dengan protein pembawa disuntikkan pada kelinci. Titer antibodi terhadap peptida ditentukan dengan teknik ELISA Direk. Spesifisitas antibodi antipeptida ditentukan dengan teknik ELISA Direk dan slot blot. Antibodi dengan spesifisitas tinggi digunakan sebagai pelacak untuk mencari produk putatif dengan teknik western immunoblotting. Hasil dan Kesimpulan: Berdasarkan beberapa kriteria dipilih dua daerah dari rangkaian asam amino yang diprediksi dari sekuens gen cyb pada elemen 6 kb, masing-masing mewakili ujung amino (terdiri dad 10 asam amino) dan karboksi (terdiri.dari 12 asam amino). Reaktivitas antiserum terhadap masing-masing konjugat memperlihatkan bahwa ujung karboksi Iebih imunogenik jika dibandingkan dengan ujung amino. Hasil karakterisasi keempat antibodi antipeptida menunjukkan hanya anti KLH-Cyb 365.376 mempunyai spesifisitas tinggi terhadap peptida, sehingga dipilih untuk digunakan dalam penelitian selanjutnya. Karakterisasi lebih lanjut dengan slot blot menunjukkan bahwa anti KLH-Cyb 365.376 bereaksi spesifik dengan protein P. falciparum.. Dengan teknik western immunobloifing memperlihatkan reaksi spesifik anti KLH-Cyb 365.376 dengan polipeptida yang mempunyai mobilitas elektroforetik 66-70 kDa."

"ABSTRAKSalah satu cara untuk mengekstraksi DNA Brugia malayi adalah menggunakan kit yang lebih sederhana dan lebih cepat dibandingkan dengan teknik ekstraksi fenol,Pada 15 ekor cacing dewasa B.malayi hasil pembiakan dalam gerbil dilakukan ekstraksi DNA dengan menggunakan kit dan metode ekstraksi fenol yang lebih rumit. Pada teknik ekstraksi dengan kit ternyata tidak diperoleh DNA, sedangkan pada ekstraksi fenol diperoleh DNA sejumlah 100 µg/ml yang terlihat sebagai pita 322 bp pada elektroforesis.Disimpulkan bahwa teknik ekstraksi fenol lebih bailk hasilnya dibandingkan dengan kit karena pemakaian fenol yang lebih sering sehingga lebih banyak DNA yang dapat terekstraksi.

---

ABSTRACT

Comparison Of DNA Extraction Result from Brugia malayi by using Kit and by using Phenol Extraction Method

One of several ways to extract the Brugia malayi DNA is to use a kit which is more simple and take a shorter time compared to the phenol extraction technique.

DNA extraction by using kit and by using phenol extraction method were done on 15 adult worms of B. malayi which had been cultured in gerbil.

No DNA was extracted by using the kit; whereas 100 µg/ml DNA was obtained by using phenol extraction method. The DNA was seen as a 322 bp band on electrophoresis.

It was concluded that the phenol extraction method result was superior to the result of extraction by using kit, because by using phenol more frequently more DNA would be extracted."

"Beberapa tahun terakhir ini, Support Vector Machine (SVM) telah populer digunakan sebagai model machine learning. Hal ini terutama karena SVM dapat dianalisis secara teoritis, dan secara bersamaan dianggap memberikan kinerja yang lebih baik daripada model machine learning yang biasa digunakan sebelumnya. Pada makalah ini dibahas pendekatan matematis model SVM dalam memecahkan masalah pengenalan pola. Selanjutnya dibahas pula penggunaan model tersebut berupa kajian awal penentuan jenis splice site pada suatu barisan DNA terutama dari segi kemampuan generalisasi atau tingkat keakuratannya. Hasil yang diperoleh menunjukkan bahwa kemampuan generalisasi SVM sangat baik yaitu sekitar 95.4 %.

---

Study on Generalization Capability of Support Vector Machine in Splice Site Type Recognition of DNA Sequence. Recently, support vector machine has become a popular model as machine learning. A particular advantage of SVM over other machine learning is that it can be analyzed theoretically and at same time can achieve a good performance when applied to real problems. This paper will describe analytically the using of SVM to solve pattern recognition problem with a preliminary case study in determining the type of splice site on the DNA sequence, particularity on the generalization capability. The result obtained show that SVM has a good generalization capability of around 95.4 %."

"Ruang lingkup dan cara penelitian : AFP adalah protein onkofetal yang disintesis pada masa fetus dan ekspresinya ditekan pada. individu dewasa sehat. Kadar AFP ini akan meningkat kembali pada penderita keganasan hati. Telah diketahui bahwa ekspresi gen APP diakhir pada tingkat transkripsi, akan tetapi, mekanisme pengaturan dari faktor yang mendukung proses pengaturan sintesis AFP tersebut masih belum pasti. Oleh karena itu penelitian ini bertujuan untuk mengisolasi (ragmen DNA yang mengandung elemen promotor gen dan gen penyandi AFP. Fragmen DNA ini selanjutnya akan digunakan dalam penelitian ekspresi gen APP secara in vitro secara efisien. DNA AFP bahan uji yang digunakan adalah bersumber dari sel jaringan hati tikus Rattus navergic's strain Wistar. Tahap penelitian yang harus dikerjakan adalah mengisolasi DNA genam hati tikus dengan atau tanpa menggunakan kit Menelusuri data urutan nukleotida DNA AFP yang akan diisolasi. Merancang sepasang oligonukleotida primer. Mengisolasi fragmen DNA AFP dengan cara PCR dan memurnikannya dengan cara elektroelusi. Selanjutnya memotong fragmen DNA produk PCR tersebut dengan enzim endonuklease restriksi spesifik. Akhirnya membaca urutan nukleotida fragmen tersebut. Hasil dan Kesimpulan : Diperoleh fragmen DNA AFP produk PCR sepanjang 292pb dengan menggunakan sepasang oligonukleotida primer Twister I (5'CATAAGATAGAAGTGACCCCTGTG3') dan Twister II (5 'GCATCTTA CCTATTCCAAA CTCAT3 ' ). Fragmen DNA tersebut mengandung elemen promotor gen dan gen penyandi AFP dengan urutan nukleatida yang sama dengan urutan nukleotida pada fragmen DNA AFP yang diperoleh dari bank gen. Pemotongan fragmen DNA tersebut dengan menggunakan enzim menghasilkan fragmen DNA sepanjang 110pb yang hanya mengandung gen penyandi AFP. Fragmen DNA ini akan digunakan sebagai kontrol negatif untuk membuktikan pentingnya elemen promotor gen AFP dalam proses pengaturan ekspresi gen AFP."

"Ruang Lingkup dan Cara Penelitian : Telah umum diketahui bahwa pada manusia ditemukan penyakit yang berhubungan dengan mutasi DNA mitokondria (DNA mitokondria). Namun mekanisme molekuler yang bertanggung jawab terhadap proses penyakit tersebut belum jelas diketahui. Salah satu contoh yang khas dari penyakit akibat mutasi DNA mitokondria adalah Leber's Hereditary Optic Neuropathy (LHON), yang mempunyai pola pewarisan maternal. Karakteristik khas dari LHON berupa kebutaan mendadak akibat atrofi saraf optik bilateral ditemukan pada sebagian anggota keluarga tertentu penderita LHON. 50-70% keluarga LHON membawa mutasi pada nukleotida 11778G>A, gen yang menyandi subunit ND4 Bari kompleks I enzim rantai respirasi mitokondria. Tujuan penelitian ini adalah: (I) untuk melestarikan galur sel fibroblas dari pasien LHON dengan lesi genetik jelas; (2) menentukan kestabilan genetik dari galur sel tersebut dalam kaitannya dengan mutasi DNA mitokondria 11778G>A; dan (3) menentukan akibat mutasi DNA mitokondria 11778G>A terhadap aktivitas kompleks I enzim rantai respirasi pada galur sel Mi. Untuk pelestarian galur sel fibroblas, digunakan biopsi kulit dari dua anggota keluarga besar penderita LHON keturunan Cina berasal dari Jambi, dengan mutasi DNA mitokondria I 1778G>A yang hampir homoplasmi. Untuk mengungkapkan kestabilan sifat genetik galur sel fibroblas di atas, derajat heteroplasmisitas DNA mitokondria termutasi ditemukan dengan teknik PCR-RFLP. Sei fibroblas awal sebelum dipasase ternyata hampir homoplasmi terhadap DNA mitokondria termutasi. Untuk melihat akibat mutasi DNA mitokondria 11778G>A terhadap aktivitas kompleks I pada sel fibroblas pasien LHON dilakukan uji histokimiawi NADH-tetrazolium dehidrogenase (NADH-TD) yang mencerrninkan aktivitas kompleks I karena mencakup sebagian besar reaksi kompleks I. Aktivitas tersebut diukur secara mikrofotometrik menggunakan Micro Photometer MSP21 (Carl Zeiss, Jarman). Hasil dan Kesimpulan : Sifat homoplasmisitas pada DNA mitokondria kedua pasien LHON tersebut terlihat pada beberapa jaringan. Galur sel fibroblas yang homoplasmi berhasil dikembangkan dari biopsi kulit kedua pasien LHON tersebut. Setelah 10 generasi dan setelah dilakukan beberapa biakan paralel, terbukti kedua galur sel tersebut tetap stabil mendekati homoplasmi terhadap DNA mitokondria termutasi. Akibat mutasi DNA mitokondria 11778G>A berupa penurunan bermakna sekitar 30% dari aktivitas NADH-TD pada sel fibroblas pasien LHON dibandingkan kontrol normal."

"DNA polimerase merupakan enzim yang mampu menyintesis DNA komplemen dari sebuah untaian DNA induk. Enzim ini diproduksi oleh seluruh mahluk hidup, namun jenis yang tahan panas lebih lazim digunakan karena cenderung tidak mengalami denaturasi dalam proses polymerase chain reaction (PCR). Enzim ini dapat diperoleh dengan mengisolasi langsung dari bakteri asal maupun membuat gen rekombinan dan mentransformasikannya ke dalam inang yang lebih mudah dikultur. Tujuan utama dari penelitian ini adalah memperoleh enzim ini dengan metode rekombinan dengan memanfaatkan bakteri inang Escherichia coli. Produksi DNA polimerase rekombinan didasarkan pada bakteri termofilik Geobacillus thermoleovorans dari permandian air panas Batu Kuwung, Serang, Banten yang telah sebelumnya diisolasi dan melalui proses whole genome sequence. DNA polimerase yang dibuat gen rekombinan adalah DNA pol I yang diketahui memiliki fidelitas rendah. Gen DNA polimerase dari Geobacillus thermoleovorans dikloning ke dalam plasmid pET23d baik gen utuh (2637 bp) maupun parsial (1737 bp). Gen DNA pol I menjadi target untuk proses polymerase chain reaction (PCR) untuk diperbanyak sebelum di potong dengan menggunakan enzim restriksi NcoI dan BamHI. Gen yang telah dipotong lalu di masukkan ke dalam plasmid pET23d yang telah dipotong dengan enzim restriksi yang sama. Plasmid yang telah didapatkan di transformasikan ke dalam Escherichia coli BL21 untuk pengujian ekspresi proteinnya. Hasil analisis dengan menggunakan PCR menunjukkan bahwa gen DNA pol I baik utuh maupun parsial berhasil dikloning ke dalam plasmid pET23d. Keberhasilan dari proses kloning yang dilakukan juga dibuktikan dari hasil uji ekspresi secara intraseluler protein rekombinan DNA pol I pada E. coli. Hal ini mengindikasikan bahwa gen DNA pol I dari Geobacillus thermoleovorans pemandian air panas Batu Kuwung, Serang, Banten berhasil di kloning dan diekspresikan di E. coli.

---

DNA polymerase is an enzyme that synthesizes complement DNA according to single strand template DNA. This enzyme is produced in all living organism, but the thermostabile ones are more favoured because less prone to denaturation in polymerase chain reaction (PCR). The enzyme can be acquired by isolating the enzyme from the native bacteria or manufacturing recombinant gene then insert it into a host that is easier to be cultivated. The main purpose of this study is to acquire the enzyme by manufacturing recombinant gene and utilizing Escherichia coli as the host. The recombinant DNA polymerase manufacturing is based on thermophilic bacteria Geobacillus thermoleovorans from Batu Kuwung Hotspring, Serang, Banten which has been previously isolated and went through whole genome sequence process. DNA polymerase that will be produced is DNA pol I that is known has low fidelity. There are two genes that are cloned into pET23d vector, such as full gene (2637 bp) and partial gene (1737 bp). DNA pol I gene is the subject to polymerase chain reaction (PCR) to amplify before being cut with restriction enzymes of NcoI and BamHI. The cut genes then are inserted into pET23d that is also cut with the same enzymes. The acquired plasmids then is transformed into Escherichia coli BL21 for protein expression assay. PCR analysis shows that the DNA pol I both full and partial are successfully cloned into pET23d. The successes are also supported from intercellular DNA pol I protein test expression assay in E. coli. This foundings indicate that the DNA pol I from Geobacillus thermoleovorans isolated from Batu Kuwung hot spring, Serang, Banten, is successfully cloned and expressed by E. coli."