Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Japanese encephalitis (JE) merupakan penyakit endemik di Asia, bahkan telah menjadi penyakit hiperendemik di Bali, Indonesia. Keterbatasan vaksin dan belum adanya obat anti virus JE telah menjadi kendala utama dalam mengatasi penyakit tersebut. Salah satu alternatif adalah penemuan kandidat obat berupa inhibitor RNA helikase virus JE.Penelitian bertujuan mengisolasi suatu substansi inhibitor aktivitas ATPase RNA helikase virus JE dari kultur Streptomyces achromogenes (Okami dan Umezawa, 1953). Protein RNA helikase virus JE berfungsi sebagai substrat diekspresikan dari plasmid pET-21b yang telah ditransformasi ke dalam Escherichia coli BL21 (DE3) pLysS. Substansi inhibitor diisolasi dari supernatan S. achromogenes yang telah dikultur selama 3 hari. Supernatan medium kultur menghasilkan persentase inhibisi sebesar 26,8%. Protein inhibitor telah berhasil diisolasi dengan pengendapan amonium sulfat 0--75 %, dialisis, dan kromatografi filtrasi gel menggunakan Sephadex G-50 fine.Uji aktivitas inhibisi dilakukan dengan uji kolorimetrik ATPase dan dianalisis dengan SDS-PAGE 12%. Substansi hasil pengendapan amonium sulfat sebelum dialisis menunjukkan persentase inhibisi sebesar 82,36% dan setelah dialisis sebesar 87,77%. Hasil kromatografi filtrasi gel menunjukkan aktivitas inhibisi tinggi mulai dari fraksi 4--11 dengan aktivitas inhibisi berturutturut 78,89%; 78,59%; 78,08%; 74,59%; 69,09%; 65,58%; 65,85%; 55.13%. Analisis SDS-PAGE hasil isolasi dan pemurnian protein inhibitor menunjukkan substansi protein inhibitor RNA helikase virus JE memiliki berat molekul kurang lebih 37 kDa."

"Japanese encephalitis (JE) merupakan penyakit endemik di Asia,bahkan telah menjadi penyakit hiperendemik di Bali, Indonesia.Keterbatasan vaksin dan belum adanya obat anti virus JE telah menjadikendala utama dalam mengatasi penyakit tersebut. Salah satu alternatifadalah penemuan kandidat obat berupa inhibitor RNA helikase virus JE.Penelitian bertujuan mengisolasi suatu substansi inhibitor aktivitas ATPaseRNA helikase virus JE dari kultur Streptomyces achromogenes (Okami danUmezawa, 1953). Protein RNA helikase virus JE berfungsi sebagai substratdiekspresikan dari plasmid pET-21b yang telah ditransformasi ke dalamEscherichia coli BL21 (DE3) pLysS. Substansi inhibitor diisolasi darisupernatan S. achromogenes yang telah dikultur selama 3 hari. Supernatanmedium kultur menghasilkan persentase inhibisi sebesar 26,8%. Proteininhibitor telah berhasil diisolasi dengan pengendapan amonium sulfat 0--75%, dialisis, dan kromatografi filtrasi gel menggunakan Sephadex G-50 fine.Uji aktivitas inhibisi dilakukan dengan uji kolorimetrik ATPase dan dianalisisdengan SDS-PAGE 12%. Substansi hasil pengendapan amonium sulfatsebelum dialisis menunjukkan persentase inhibisi sebesar 82,36% dansetelah dialisis sebesar 87,77%. Hasil kromatografi filtrasi gel menunjukkanaktivitas inhibisi tinggi mulai dari fraksi 4--11 dengan aktivitas inhibisi berturutturut78,89%; 78,59%; 78,08%; 74,59%; 69,09%; 65,58%; 65,85%; 55.13%.Analisis SDS-PAGE hasil isolasi dan pemurnian protein inhibitor menunjukkan substansi protein inhibitor RNA helikase virus JE memiliki berat molekul kurang lebih 37 kDa."

"Virus Japanese encephalitis (JEV) merupakan virus neuropathogen yang dapat menyebabkan penyakit pada sistem syaraf pusat seperti meningitis dan beberapa encephalitis. Meskipun vaksin telah dikembangkan, sampai saat ini belum ada obat yang spesifik dan efektif yang tersedia. Pada penelitian sebelumnya, telah dilakukanskrining terhadap inhibitor RNA helikase JEV, yaitu suatu enzim yang esensial untuk replikasi virus dari isolat Actinomycetes dan ditemukan bahwa Streptomyces chartreusis dapat menghasilkan inhibitor RNA helikase JEV. Pada studi ini, protein ekstraseluler yang dapat menghambat aktivitas ATPase dari RNA helikase JEV dipurifikasi dari kultur supernatan Streptomyces chartreusis menggunakan pengendapan ammonium sulfat dan kromatografi gel filtrasi. Analisis SDS-PAGEmemperlihatkan pita tunggal dengan perkiraan berat molekul 11,4 kDa, sehingga dapat dikatakan inhibitor telah berhasil dipurifikasi menjadi protein tunggal.

---

Abstractapanese encephalitis virus (JEV) is a neuropathogenic virus commonly caused central nervous diseases such as meningitis and severe encephalitis. Although vaccine has been developed, no specific and effective drug is available so far. We previously carried out a screening of inhibitor of JEV RNA helicase, an enzyme that essentialfor virus replication, from Actinomycetes and found that Streptomyces chartreusis produce the inhibitor of JEV RNA helicase. In this study, an extracellular protein which has inhibition activity on ATPase activity of JEV RNA helicase was purified from supernatant ofStreptomyces chartreusis culture by ammonium sulfate precipitation and size exclusion chromatography. SDS-PAGE analysis showed a singleband with aproximate molecular mass of 11,4 kDa, suggesting that the inhibitor was successfully purified into a single protein."

"Telah dilakukan penelitian penapisan senyawa inhibitor dari Actinomycetes terhadap RNA helikase virus Japanese encephalitis (JE). Penelitian dilakukan selama delapan bulan (Februari--September 2006) di Laboratorium Virologi Molekular, Pusat Penelitian (Puslit) Bioteknologi LIPI, Cibinong. Penelitian bertujuan untuk memperoleh isolat-isolat Actinomycetes indigenos Indonesia penghasil inhibitor terhadap RNA helikase virus JE. Plasmid pET-21 b telah membawa gen NS3 helikase virus JE (pET-21 b/JEV ΔNS3) kemudian ditransformasi ke dalam Escherichia coli BL21 (DE3) pLysS. Jumlah supernatan isolat Actinomycetes yang ditapis sebanyak 1.000 supernatan. Penapisan inhibitor RNA helikase dilakukan dengan uji kolorimetrik ATPase.Hasil penapisan menunjukkan sebanyak 730 isolat memiliki persentase inhibisi berkisar 0,180%--49,891%. Sebanyak 339 isolat menunjukkan efek inhibisi 0,180--9,991%, 210 isolat menunjukkan efek inhibisi 10,035--19,688%, 96 isolat memperlihatkan efek inhibisi 20,011-- 29,667%, 56 isolat memiliki efek inhibisi 30,051--39,863%, dan 29 isolat memiliki efek inhibisi 40,144--49,891%. Persentase inhibisi tertinggi diperoleh dari Actinoplanes sp. 5-849, sedangkan persentase inhibisi terendah diperoleh dari Streptomyces sp. 4-700. Hasil inhibisi negatif terhadap RNA helikase virus JE ditunjukkan oleh 270 isolat. Inhibitor yang dihasilkan oleh isolat Actinomycetes indigenos Indonesia mampu menghambat RNA helikase virus JE dengan penghambatan hidrolisis ATP menjadi ADP dan Pi (fosfat inorganik)."

"Actinomycetes diketahui menghasilkan inhibitor RNA helikase virus Japanese encephalitis (JEV), tetapi belum diketahui menghasilkan inhibitor RNA helikase virus hepatitis C (HCV). Virus hepatitis C satu famili dengan JEV yaitu Flaviviridae. Penelitian bertujuan memperoleh isolat Actinomycetes indigenous Indonesia yang menghasilkan inhibitor RNA helikase HCV. Penelitian dilakukan di Laboratorium Virologi Molekular, Pusat Penelitian Bioteknologi-LIPI, Cibinong selama delapan bulan (Februari> September 2006). Plasmid pET-21b yang telah membawa RNA helikase HCV, ditransformasi ke dalam E. coli BL21(DE3)pLysS. Penapisan inhibitor RNA helikase menggunakan metode kolorimetrik ATPase. Hasil penapisan inhibitor RNA helikase HCV dari Actinomycetes menunjukkan bahwa 784 isolat dari 1.000 isolat Actinomycetes yang digunakan dalam penapisan, menunjukkan hasil inhibisi yang positif, dengan kisaran inhibisi yaitu 0,22-49,22%. Kisaran persentase inhibisi 0,22-19,96% berasal dari 661 isolat, sedangkan kisaran inhibisi 20,00-29,68% diperoleh dari 83 isolat. Sebanyak 29 isolat memperlihatkan kisaran inhibisi 30,04-39,55%, sedangkan 11 isolat menunjukkan kisaran persentase inhibisi 40,30-49,22%. Isolat Actinomycetes yang menunjukkan tidak adanya inhibisi terhadap RNA helikase HCV sebanyak 216 isolat. Persentase inhibisi terbesar (49,22%) diperoleh dari Streptomyces maritimus 4-956, sedangkan persentase inhibisi terkecil (0,22%) diperoleh dari Micromonospora sp. 4-405. Beberapa Actinomycetes mempunyai kemampuan menginhibisi RNA helikase HCV, yaitu dengan cara menghambat hidrolisis ATP menjadi ADP + Pi sehingga RNA helikase tidak mempunyai energi untuk membuka dsRNA."

"Pada penelitian terdahulu telah diusulkan dua buah ligan polipeptida siklik disulfida-CDEEC dan CDGSC-sebagai inhibitor potensial untuk enzim RNA-dependent RNA-polymerase virus dengue melalui molecular docking. Simulasi molecular docking dilakukan dengan keadaan tanpa pelarut dimana enzim dibuat rigid dan ligan dibiarkan bebas berotasi untuk mencari konformasi terbaik. Pada kenyataan dalam sistem seluler terdapat pelarut yang membuat enzim memiliki pergerakan dinamis. Oleh karena itu dalam penelitian ini dilakukan simulasi dinamika molekul untuk memperkirakan sistem kompleks enzim-ligan yang lebih nyata. Simulasi dinamika molekul dijalankan pada selama 5ns pada suhu 300 dan 312 K. Pada akhir simulasi 300 K CDEEC membentuk ikatan dengan dua residu penting pada RdRp yaitu Arg-729 dan Arg-737 sedangkan CDGSC tidak berikatan dengan residu penting manapun. CDEEC juga memberikan hasil yang lebih baik dibanding CDGSC pada simulasi 312 K. CDEEC membentuk ikatan dengan dua residu penting yaitu Arg-737 dan Ser-710 sementara CDGSC tidak berikatan dengan satupun residu penting. Berdasarkan hasil tersebut CDEEC merupakan inhibitor yang lebih baik dan layak untuk dikembangkan sebagai obat anti dengue.

---

Previous researches have proposed two ligands of disulfide cyclic polypeptide which are CDEEC and CDGSC as potential inhibitor of RNA-dependent RNA-polymerase dengue virus by molecular docking. Molecular docking simulation is done without a solvent in which enzyme is made rigid and ligand was left free to rotate to find teh best conformation. In fact in a cellular system there is a solvent that makes the enzyme has a dynamic movement. Therefore in this paper molecular dynamics simulation is done to estimate more reliable condition of enzyme-ligand complex. In this work molecular dynamics simulation is done during 5 ns with two different temperature, 300 and 312 K. At the end of MD simulation at 300 K, CDEEC binds to two RdRp important residues, Arg-729 and Arg-737 while CDGSC doesn’t bind to any important residues. Simulation at 312 K also revealed nearly the same result, CDEEC binds to two RdRP important residues, Arg-737 and Ser-710, whereas CDGSC doesn’t bind to any important residues. Based on the result of these two simulation, CDEEC is proposed as a better inhibitor of RdRp dengue virus and feasible to be developed as anti-dengue drug."

"Tanaman Acorus calamus L. adalah anggota suku Acoraceae, memiliki rimpang yang mengandung bermacam-macam komponen kimia, dan secara turun temurun telah digunakan sebagai bahan obat termasuk diantaranya sebagai obat antidiabetes. Penelitian ini bertujuan untuk mengisolasi dan menentukan struktur senyawa aktif inhibitor ?-glukosidase dalam fraksi n-butanol dari rimpang A. calamus L. Isolasi senyawa dilakukan dengan menggunakan metode kromatografi kolom dengan guide line uji aktivitas ?-glukosidase. Penentuan struktur senyawa kimia dilakukan dengan menganalisis data spektroskopi UVVis, MS, IR, 1H-NMR dan 13C-NMR, dan diperoleh senyawa dengan rumus molekul C10H10O4 (1,1'-(1,4-phenylene)bis(2-hydroxyethanone) dan berat molekul 194. Pengujian aktivitas senyawa yang selanjutnya disebut AFB (Acorus Fraksi Butanol) terhadap inhibisi enzim ?-glukosidase secara in vitro menunjukkan bahwa senyawa AFB, mampu menghambat aktivitas enzim ?-glukosidase dengan nilai IC50 17,89 µg/mL.

---

Acorus calamus L. belonging to Acoraceae family has been known as having many active compounds and use in the traditional medication, including as antidiabetic. The aim of the research was to isolate and determine the ?-glucosidase inhibitory active compound from n-butanolic fraction of A. calamus L. rhizomes. The isolation was done using column chromatography method with ?-glucosidase bioassay guide line and the structure determinated was done based on spectral data of UV-Vis, MS, IR, 1H-NMR and 13C-NMR, give result compound with molecular formula C10H10O4 (1,1'-(1,4-phenylene)bis(2- hydroxyethanone) and molecular weight 194 and then named ABF (Acorus Butanol Fraction). Inhibitory assay of ABF compound activity by in vitro method using enzyme ??glucosidase. The result showed that the active compound as enzyme inhibitor with IC50 value of 17.89 µg/mL."

"Penyakit demam berdarah dengue yang disebabkan virus denguemerupakan penyakit yang menjadi risiko pada negara-negara di daerah tropisdan subtropis, dengan kejadian tiap tahunnya mencapai 100 juta kasus.Sampai saat ini belum ditemukan adanya vaksin yang dapat mencegahterjadinya infeksi Olen karena itu diperlukan suatu upaya untuk menemukanobat berupa innibitor yang dapat menghambat enzim-enzim yang berperanpada replikasi virus dengue, salah satunya enzim RNA-dependent RNApolymerase (RdRp), yang berperan dalam penggandaan RNA virus dengue.Peptida dipilin menjadi innibitor yang potensial karena memiliki spesifitas danaktivitas yang tinggi. Untuk meningkatkan kestabilan, peptida dirancang siklikdengan adanya jembatan disulfida. Peptida yang dirancang menggunakankombinasi aspartat dan glutamat. Berdasar nasil docking diketahui banwapeptida siklik dengan kombinasi residu CDEEC mempunyai nilai energi ikatyang terendan, yaitu sekitar -10,04 kkal/mol dan nilai Ki sebesar 43,44 nMyang mengindikasikan konformasi terstabil Iigan-enzim, serta memiliki kontakdengan residu enzim dengan jumlan terbanyak yaitu 13 residu."

"Demam berdarah merupakan penyakit yang telan menjadi pandemik didaeran tropis dan subtropis dan ningga saat ini tidak ada vaksin yang dapatdigunakan untuk mengobati infeksi akibat virus dengue. Upaya Iain untukdapat mengnambat infeksi akibat virus ini, yaitu pengembangan antiviral.Salan satu target antiviral yang potensial acialan enzim RNA-dependent RNApolymerase (RdRp), yang berperan dalam proses replikasi RNA virus denguedan sel manusia tidak memilikinya Peptida dipilin menjadi innibitor yangpotensial karena memiliki spesifitas dan aktivitas yang tinggi. Untukmeningkatkan kestabilan, peptida dirancang siklik dengan adanya jembatanciisulficia Pepticia yang dirancang menggunakan kombinasi aspartat,glutamat, glisin, serin, arginin, dan lisin. Kandidat Iigan dianalisis berdasarkannasil docking dan drugsca/7. Ligan dengan energi bebas ikat terendah dansesuai dengan kriteria obat kemudian dilakukan analisis terhadapinteraksinya ciengan enzim. Ligan siklik CSGDC yang memenuhi kriteria obatternyata dapat berikatan dengan sisi aktif enzim yaitu aspartat 533 danaspartat 633, serta memiliki energi bebas ikat sekitar -29.6122 Kkal/mol.Pengamatan simulasi dinamika molekul pada tanap inisialisasi dilakukanuntuk melihat perubahan interaksi Iigan ternadap enzim. Hasil pengamatanternyata memperlihatkan banwa Iigan CSGDC masih berinteraksi denganasam amino aspartat 663."