Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Pylogenetic tree merupakan tree yang merepresentasikan evolusi dari berbagai spesies hidup di bumi. Untuk membangun phylogenetic tree ini dibutuhkan suatu matriks jarak yang elemen-elemennya merupakan jarak dari tiap pasang spesies yang terlibat. Jarak ini diperoleh dengan menggunakan metode tertentu, diantaranya yaitu metode Jukes-Cantor dan metode Kimura. Penulisan skripsi ini bertujuan untuk membentuk matriks jarak dengan menggunakan metode Jukes-Cantor dan metode Kimura yang selanjutnya akan disimulasikan terhadap data koleksi DNA dari 10 spesies kelompok Khamir milik Wellyzar Sjamsuridjal, Ph.D.. Dari matriks jarak yang terbentuk, selanjutnya akan dibangun phylogenetic tree yang akan dianalisa dengan melihat pola percabangannya. Dari hasil simulasi dapat disimpulkan bahwa nilai yang dihasilkan oleh masing-masing matriks jarak dan pola percabangan yang dihasilkan oleh masing-masing phylogenetic tree tidak begitu jauh berbeda. Namun berdasarkan teori, metode Kimura lebih merepresentasikan kondisi yang sebenarnya dibandingkan dengan metode Jukes-Cantor.Kata kunci: Jukes-Cantor dan Kimura distance matrix; Jukes-Cantor danKimura method; DNA; alignment.vii + 78 hlm.; lamp.Bibliografi: 10 (1980-2008)"

"Pylogenetic tree merupakan tree yang merepresentasikan evolusi dariberbagai spesies hidup di bumi. Untuk membangun phylogenetic tree inidibutuhkan suatu matriks jarak yang elemen-elemennya merupakan jarakdari tiap pasang spesies yang terlibat. Jarak ini diperoleh denganmenggunakan metode tertentu, diantaranya yaitu metode Jukes-Cantor danmetode Kimura. Penulisan skripsi ini bertujuan untuk membentuk matriksjarak dengan menggunakan metode Jukes-Cantor dan metode Kimura yangselanjutnya akan disimulasikan terhadap data koleksi DNA dari 10 spesieskelompok Khamir milik Wellyzar Sjamsuridjal, Ph.D.. Dari matriks jarakyang terbentuk, selanjutnya akan dibangun phylogenetic tree yang akandianalisa dengan melihat pola percabangannya. Dari hasil simulasi dapatdisimpulkan bahwa nilai yang dihasilkan oleh masing-masing matriks jarakdan pola percabangan yang dihasilkan oleh masing-masing phylogenetic treetidak begitu jauh berbeda. Namun berdasarkan teori, metode Kimura lebihmerepresentasikan kondisi yang sebenarnya dibandingkan dengan metodeJukes-Cantor."

"Phylogenetic tree merupakan suatu diagram berbentuk tree yang merepresentasikan hubungan evolusi atau kekerabatan antar spesies yang hidup di bumi. Phylogenetic tree dibentuk berdasarkan struktur genetik spesies yang dinyatakan dalam sekuens DNA atau protein. Penulisan tugas akhir ini bertujuan untuk membangun sebuah aplikasi berbasis web yang digunakan untuk membangun phylogenetic tree dari sebuah matriks jarak (distance matrix) berdasarkan sekuens DNA. Metode pembentukan tree yang dipakai dalam aplikasi ini adalah metode berdasarkan jarak (distance methods) dan algoritma yang dipakai adalah neighbor-joining (NJ). Algoritma ini memerlukan input berupa matriks jarak dan menghasilkan output berupa tree. Tree yang dihasilkan dapat dipakai untuk melihat hubungan kekerabatan antar spesies yang terlibat atau spesies yang dibandingkan. Aplikasi ini dibuat dengan menggunakan bahasa pemrograman php yang bersifat open source, sehingga dapat diakses secara online.Kata kunci : phylogenetic tree, matriks jarak, neighbor-joining, sekuens DNA.viii + 70 hlm.; lamp.Bibliografi: 12 (2002-2008)"

"Phylogenetic tree merupakan suatu diagram berbentuk tree yang merepresentasikan hubungan evolusi atau kekerabatan antar spesies yang hidup di bumi. Phylogenetic tree dibentuk berdasarkan struktur genetik spesies yang dinyatakan dalam sekuens DNA atau protein. Penulisan tugas akhir ini bertujuan untuk membangun sebuah aplikasi berbasis web yang digunakan untuk membangun phylogenetic tree dari sebuah matriks jarak (distance matrix) berdasarkan sekuens DNA. Metode pembentukan tree yang dipakai dalam aplikasi ini adalah metode berdasarkan jarak (distance methods) dan algoritma yang dipakai adalah neighbor-joining (NJ). Algoritmaini memerlukan input berupa matriks jarak dan menghasilkan output berupa tree. Tree yang dihasilkan dapat dipakai untuk melihat hubungan kekerabatan antar spesies yang terlibat atau spesies yang dibandingkan. Aplikasi ini dibuat dengan menggunakan bahasa pemrograman php yang bersifat open source, sehingga dapat diakses secara online."

"ABTRAKSuatu model tree dipakai untuk mempelajari faktorisasi matriks sparse simetris indefinit dengan cara pemilihan pivot diagonal. Struktur dasar yang digunakan adalah eliminasi tree dan eliminasi delay (eliminasi tertunda). Proses faktorisasi untuk matriks yang indefinit dapat dipandang sebagai suatu barisan transformasi tree yang didasari oleh data/informasi struktural dan data nilai-nilai numerik matriks. Hal tersebut memberikan suatu model dasar untuk mempelajari berbagai aspek numerik dari dekomposisi matriks sparse indefinite"

"ABSTRAKTugas Akhir ini membahas salah satu variasi metode faktorisasi cholesky yang disebut metode multifrontal. Metode ini membagi faktorisasi numerik matriks sparse yang simetris dan positif definit menjadi sejumlah sehingga langkah faktorisasi parsial dari matriks yang lebih kecil dan penuh. Konsep utama metode multifrontal adalah adanya kontribusi dan faktor kolom yang sudah dihitung. Kontribusi tersebut tidak diaplikasikan secara langsung, melainkan dipergunakan dalam memodifikasi submatriks yang akan difaktorkan pada tahap berikutnya. Pada setiap langkah faktorisasi, matriks frontal dibentuk dan matriks update yang didapat dari kolom-kolom yang berkontribusi terhadap kolom yang sedang diproses. Setelah mengeliminasi matriks frontal tersebut, akan diperoleh matniks update yang merupakan kontribusi dan kolom tersebut terhadap kolom lain pada langkah berikutnya."