Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Penelitian bioinformatika sering diterapkan untuk mempelajari penyakit dalam tubuh manusia. Penelitian yang sampai saat ini masih aktif dilakukan ialah penelitian terhadap pasien penderita kanker. Tujuan dari berbagai penelitian ini yaitu untuk menemukan pengobatan terbaik bagi pasien penderita kanker. Salah satu pengobatan yang baru ini muncul dikenal sebagai imunoterapi. Imunoterapi memungkinkan sel-sel imun tubuh kita sendiri digunakan untuk melawan sel-sel kanker. Instrumen utama dalam penelitian terhadap efektifitas imunoterapi juga kasus bioinformatika lainnya ialah data ekspresi gen. Namun, pada data ekspresi gen seringkali ditemukan nilai yang hilang atau missing values yang biasanya disebabkan oleh kerusakan gambar atau kesalahan dalam proses hibridisasi. Keberadaan missing values pada data ekspresi gen dapat menyebabkan kesulitan pada analisis lebih lanjut, di mana banyak analisis ekspresi gen memerlukan data yang lengkap seperti klasifikasi dan pengelompokan. Oleh karena itu, perlu dilakukan imputasi terhadap missing values agar analisis yang dilakukan dapat lebih akurat. Pada penelitian ini dilakukan imputasi menggunakan metode Bi-BPCA. Bi-BPCA merupakan metode imputasi dengan mengombinasikan analisis biclustering dan imputasi BPCA. Metode Bi-BPCA diterapkan pada data ekspresi gen di sekitar kanker setelah dilakukan imunoterapi. Setelah itu, performa dari metode Bi-BPCA dilihat dengan membandingkan hasil imputasi metode Bi-BPCA dengan metode imputasi lainnya diantaranya imputasi menggunakan rata-rata baris, rata-rata kolom, dan metode imputasi BPCA melalui nilai NRMSE. Selain itu, koefisien korelasi Pearson digunakan untuk menghitung korelasi antara nilai hasil imputasi metode Bi-BPCA dengan nilai aslinya. Berdasarkan penelitian ini metode Bi-BPCA menghasilkan NRMSE kurang dari 0.6 untuk missing rate 1-30%, lebih rendah dibandingkan NRMSE dari metode imputasi lainnya. Kemudian, metode Bi-BPCA menghasilkan nilai koefisien korelasi Pearson mayoritas di atas 0.9 mendekati 1. Hasil ini menunjukkan bahwa metode Bi-BPCA menghasilkan nilai imputasi yang lebih baik untuk menggantikan missing values dibandingkan dengan metode imputasi BPCA, rata-rata kolom, dan rata-rata baris.

---

Bioinformatics research is often applied to study diseases in the human body. Research that is still actively being carried out is research on cancer patients. The aim of those studies is to find the best treatment for cancer patients. One treatment that has recently emerged is known as immunotherapy. Immunotherapy allows our body's own immune cells to be used to fight cancer cells. The main instrument in research on the effectiveness of immunotherapy as well as other cases of bioinformatics is gene expression data.. However, in gene expression data, it is often found missing values which are usually caused by image defects and errors in the hybridization process. The existence of missing values in gene expression data can cause difficulties in further analysis, where many analysis of gene expression requires complete data such as classification and clustering. Therefore, it is necessary to impute the missing values so that the analysis can be carried out more accurately. In this study, imputation was carried out using the Bi-BPCA method. Bi-BPCA is an imputation method by combining biclustering analysis and BPCA imputation. The Bi-BPCA method was applied to gene expression data around cancer after immunotherapy. After that, the performance of the Bi-BPCA method was seen by comparing the imputation results of the Bi-BPCA method with other imputation methods including imputation using row averages, column averages, and the BPCA imputation method through the NRMSE value. In addition, the Pearson correlation coefficient was used to calculate the correlation between the imputed value of the Bi-BPCA method and the original value. Based on this study, the Bi-BPCA method produces NRMSE values less than 0.6 for missing rates 1 to 30 percent, which is lower than NRMSE from other imputation methods. In addition, the Bi-BPCA method produces in a majority Pearson correlation coefficient above 0.9. These results indicate that the Bi-BPCA method produces better imputation values to replace the missing values."

"Tugas akhir ini membahas penaksiran parameter 0 (probabilitas sukses) pada m distribusi binmial, dimana ada keterkaitan antar parameter 0 pada masing-masing populasi. metode penaksiran yang digunakan adalah metode Bayes. pada metode ini, prosedur yang dilakukan meliputi transformasi parameter 0 ke bentuk logit yaitu a, penentuan prior dan likelihood, pembentukan posterior, modifikasi likelihood, hingga akhirnya diperoleh m taksiran dari a yang akan digunakan untuk menaksir 0 pada tiap populasi. hasil yang diperoleh diaplikasikan pada penaksiran proporsi jumlah perempuan di 10 kursus pada suatu lembaga"

"Penelitian biologi dengan menggunakan teknologi microarray menghasilkan data ekspresi gen berbentuk matriks di mana baris adalah gen dan kolom adalah kondisi. Analisis lanjutan dalam data ekspresi gen membutuhkan data yang lengkap. Namun, data ekspresi gen sering kali mengandung nilai hilang atau missing values. Ada berbagai cara untuk mengatasi missing values, antara lain pembuangan gen atau kondisi yang mengandung missing values, pengulangan pengambilan data, dan imputasi missing values pada data ekspresi gen. Pendekatan imputasi missing values awal hanyalah dengan mengisi nilai nol atau rata-rata baris. Namun, pendekatan ini tidak melihat informasi koheren dalam data. Pendekatan imputasi missing values terbagi menjadi empat berdasarkan informasi yang diperlukan pada algoritmanya, yaitu pendekatan lokal, pendekatan global, pendekatan hybrid, dan pendekatan knowledge assisted. Pada penelitian ini peneliti menggunakan algoritma pendekatan lokal dan global. Metode imputasi missing values paling popular untuk pendekatan global adalah Bayesian Principal Component Analysis (BPCA), sedangkan untuk pendekatan lokal adalah Local Least Square (LLS). Pada metode LLS, pemilihan similaritas gen dilakukan dengan teknik clustering dimana seluruh kondisi dalam data digunakan. Kenyataanya, terkadang gen-gen similar hanya dalam beberapa kondisi eksperimental saja. Maka, diperlukan teknik biclustering untuk dapat menemukan subset gen dan subset kondisi yang similar sebagai informasi lokal. Penerapan ide biclustering dalam LLS dinamakan sebagai Iterative Bicluster-Based Least Square (bi-iLS). Salah satu tahapan awal dalam bi-iLS adalah pembentukan matriks komplit sementara yang didapat dengan cara mengisi missing values dengan row average. Namun, row average dinilai kurang bagus karena hanya menggunakan informasi satu baris tersebut. Kekurangan ini diperbaiki dalam penelitian ini. Penggunaan metode BPCA untuk menemukan matriks komplit sementara dinilai lebih baik karena BPCA menggambarkan struktur keseluruhan data. Penggantian row average menjadi BPCA menjadi dasar masalah penelitian ini. Metode iterative Bicluster-based Bayesian Principal Component Analysis dan Least Square (bi-BPCA- iLS) pun diajukan. Penerapan bi-BPCA-iLS terhadap data ekspresi gen yang dihasilkan teknologi microarray terbukti menghasilkan penurunan nilai Normalzied Root Mean Square Error (NRMSE) sebesar 10,6% dan 0,58% secara rata-rata dalam beberapa missing rate (1%, 5%, 10%, 15%, 20%, 25%, dan 30%) jika dibandingkan dengan metode LLS dan bi-iLS.

---

Biological research using microarray technique produce some important gene expression datasets. These data can be expressed as a matrix in which rows are genes and columns are different conditions. Further analysis of these datasets requires a complete dataset or matrix. However, gene expression datasets often contain missing values. There are some ways to handle missing values, such as deletion of genes or conditions that contain missing values, repeat the process of acquiring data, and impute the missing values. Early approaches in missing values imputation are simply to replace missing values with zeros or row averages, but these methods do not use the coherence inside the data. Later, approaches in missing values imputations are categorized into four groups based on the required information, such as local, global, hybrid, and knowledge assisted approaches. In this paper, local and global approaches are used. Bayesian Principal Component Analysis (BPCA) is a well-known global based method, while the most popular local based method is Local Least Square (LLS). In LLS, selection of similar genes uses clustering technique where all conditions in the data are included. The reality is genes sometimes only correlate under some experimental conditions only. So, a technique that can find subset of genes under subset of experimental conditions for local information is needed. This technique is called biclustering. The usage of biclustering in LLS is called the Iterative Bicluster-based Least Square (bi-iLS). One of the early steps in bi-iLS is to find a temporary complete matrix. Temporary complete matrix is obtained by applying row averages to impute missing values. However, row average cannot reflect the real structure of the dataset because row average only uses the information of an individual row. The missing values in a target gene do not only rely on the known values of its own row. In this research, row average in bi-iLS is replaced with BPCA. The benefit of using BPCA is that it uses global structure of the dataset. This update will be the basic problem of this research. The proposed method is called Iterative Bicluster-based Bayesian Principal Component Analysis and Least Square (bi-BPCA-iLS). This new proposed method is applied to gene expression datasets from microarray technique. It shown a decrease in values of Normalized Root Mean Square Error (NRMSE) about 10.6% from LLS and about 0.58% from bi-iLS based on different missing rates (1%, 5%, 10%, 15%, 20%, 25%, and 30%)."

"This book offers an easy-to-read introduction to the theoretical underpinnings of analysis of missing data, provides clear, step-by-step instructions for performing state-of-the-art multiple imputation analyses, and offers practical advice, based on over 20 years' experience, for avoiding and troubleshooting problems. For more advanced readers, unique discussions of attrition, non-Monte-Carlo techniques for simulations involving missing data, evaluation of the benefits of auxiliary variables, and highly cost-effective planned missing data designs are provided. Most analysis described in the book are conducted using the well-known statistical software packages SAS and SPSS, supplemented by Norm 2.03 and associated Java-based automation utilities. "

"A study of those statistical ideas that use a probability distribution over parameter space. The first part describes the axiomatic basis in the concept of coherence and the implications of this for sampling theory statistics. The second part discusses the use of Bayesian ideas in many branches of statistics."

"Kementrian Kesehatan menyatakan Indonesia sudah memasuki kondisi ageing population, dimana kondisi tersebut ditandai dengan kenaikan persentase penduduk lanjut usia (lansia). Kondisi tersebut tentunya memerlukan perhatian khusus dari pemerintah. Demensia adalah istilah medis untuk menggambarkan gejala penurunan memori dan fungsi kognitif pada tubuh manusia. Indonesia termasuk sepuluh negara dengan jumlah penderita orang dengan demensia (ODD) tertinggi di dunia, dan pada tahun 2050 jumlahnya diprediksi mencapai empat juta jiwa. Prediksi tersebut dibuat berdasarkan perbandingan jumlah lansia di Indonesia dengan jumlah ODD di seluruh dunia. Penelitian bertujuan untuk mengetahui peran dari masing-masing uji klinis untuk mengidentifikasi penderita ODD dan mereduksi komponen uji klinis yang memiliki peran kontribusi rendah. Data yang digunakan adalah data uji klinis NIFD (Neuroimaging in Frontotemporal Dementia). Metode yang akan digunakan adalah Principal Component Analysis (PCA), dimana metode ini bertujuan untuk melihat komponen uji klinis yang memberikan peran kontribusi dalam mengidentifikasi penderita ODD. Selain itu, akan dilakukan proses imputasi missing value dengan menggunakan algoritma pengembangan dari PCA, yaitu SVD-Impute dan PPCA. Setelah dilakukan tiga kali iterasi, pengujian menunjukan bahwa metode PPCA lebih baik dalam melakukan imputasi missing value dibandingkan dengan metode SVDImpute berdasarkan nilai NRMSE dan koefisien korelasi Pearson.

---

The Ministry of Health stated that Indonesia had entered a condition of an aging population, where an increase in the proportion of older people marks this condition. This condition certainly requires special attention from the government. Dementia is a medical term to describe symptoms of decreased memory and cognitive function in the human body. Indonesia is one of the ten countries with the highest number of people with dementia in the world, and by 2050 it is predicted to reach four million people. This prediction was based on comparing the number of older people in Indonesia with those with dementia worldwide. The research aims to determine each clinical trial's role in identifying people with dementia and reducing the components of clinical trials with a low role contribution. The data used is NIFD (Neuroimaging in Frontotemporal Dementia) clinical trial data. The method used is Principal Component Analysis (PCA), which aims to see clinical component tests that contribute to identifying people with dementia. In addition, the missing value imputation process will be carried out using the development algorithm from PCA, SVD-Impute and PPCA. After three iterations, the test showed that the PPCA method was better at imputing missing values than the SVDImpute method based on the NRMSE value and Pearson's correlation coefficient."

"Scan statistic merupakan suatu analisis untuk mendeteksi daerah yang merupakan kejadian luar biasa atau KLB (outbreak). Salah satu metode yang mendasari analisis scan statistic adalah metode Bayesian Scan Statistic. Metode ini menerapkan prinsip teorema bayesian, yaitu memanfaatkan informasi prior untuk menghasilkan informasi posterior yang dapat memperbaiki informasi prior. Metode Bayesian Scan Statistic memilih keadaan atau kondisi yang memiliki posterior probability yang terbesar sebagai daerah KLB-nya. Fungsi marginal likelihood dan prior probability merupakan dua komponen penting yang digunakan dalam metode ini untuk menghitung posterior probability untuk tiap-tiap daerah. Fungsi marginal likelihood didapat dari data historis dan modelnya merupakan gabungan antara distribusi poisson dan distribusi gamma. Sedangan untuk prior probability juga didapat dari data historis atau berdasarkan pada pengalaman seseorang. Metode bayesian scan statistic ini dapat digunakan jika terdapat data masa lalu. Kata kunci : bayesian scan statistic, bayesian cluster detection, prior probability, posterior probability. x + 54 hlm. ; gamb. ; lamp. ; tab. Bibliografi : 9 (1986-2006)"