Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Di dalam studi ini, kami mengidentifikasi parameter fisiologis yang paling penting dalam menentukan dosis serap (DS) individual organ at risk (OAR) dan tumor di dalam Peptide-receptor radionuclide therapy (PRRT). Oleh karena itu, global sensitivity analysis (GSA) dengan metode Sobol dan model physiologically-based pharmacokinetic (PBPK) digunakan. Model PBPK seluruh-tubuh yang telah dibangun untuk perencanaan pengobatan PRRT untuk pasien-pasien meningioma digunakan. Parameter-parameter fisiologis of interest untuk analisis GSA merupakan parameter yang sebelumnya telah diestimasi dari data biokinetik dan dilaporkan di dalam literature, yaitu densitas reseptor organ Rd, aliran serum organ f, laju degradasi, dan laju pengikatan peptide. GSA dengan metode Sobol dipilih berdasarkan akurasinya untuk studi-studi sensitivitas. Sebuah toolbox GSA berbasis MATLAB yang umum digunakan (https://www.safetoolbox.info/) dan program in-house berbasis software MATLAB  (versi R2018b) digunakan untuk analisis. Metode sampling dengan distribusi log-normal digunakan untuk menghindari nilai-nilai negatif dari parameter-parameter yang disampel. Efek-efek utama S_i dan efek-efek total S_Ti dihitung dan dianalisis menggunakan program GSA dan model PBPK untuk identifikasi pentingnya masing-masing parameter model i untuk individualisasi DS di dalam PRRT. Untuk menjamin konvergensi dari nilai S_i and S_Ti, berbagai jumlah simulasi model hingga 15000 sampel digunakan. Variabilitas inter-individual DS tumor (koefisien variasi KV mencapai 97.05%) lebih tinggi dibandingkan OAR (mis. Ginjal KV sekitar 31.59%). Densitas reseptor teridentifikasi sebagai parameter yang paling penting yang menentukan DS dari tumor, mis. [Rd_TU2]: S_i = 0.856, S_Ti = 0.951. Hasil yang sama juga ditemukan untuk OAR dimana densitas reseptor memiliki efek utama dan efek total yang paling tinggi  [Rd_K]: S_i = 0.802, S_Ti = 0.963. Kami telah menunjukan implementasi GSA yang pertama kali dengan metode Sobol untuk identifikasi parameter-parameter yang paling penting untuk individualisasi DS di dalam PRRT. Hasil yang kami miliki menyarankan pengukuran yang akurat terhadap densitas-densitas reseptor untuk sebuah penentuan DS tumor dan OAR yang akurat.

---

In this study, we identified the most important physiologic parameters determining the individual organ at risk and tumor absorbed doses (ADs) in Peptide-receptor radionuclide therapy (PRRT). Therefore, a global sensitivity analysis (GSA) with Sobol method and a physiologically-based pharmacokinetic (PBPK) model were used. A whole-body PBPK model that has been developed for treatment planning in PRRT therapy for meningioma patients was used. The physiologic parameters of interest for the GSA analysis were the parameters that have been previously estimated from the biokinetic data and were reported in the literature, i.e. the organ receptor densities Rd, organ flows f, organ release rates, and peptide binding rate. GSA with Sobol method was chosen based on its accuracy for sensitivity studies. A widely used GSA MATLAB-based toolbox (https://www.safetoolbox.info/) and an in-house program based on MATLAB software (version R2019b) were used for the analysis. The sampling method with a log-normal distribution was used to avoid any negative values of the sampled parameters. The main effects Si and total effects STi were calculated and analyzed using the GSA program and the PBPK model to identify the importance of each model parameter i for the individualization of the ADs in PRRT. To warrant the convergence of the calculated Si and STi, various numbers of model simulations up to 15000 samples were used. The inter-individual variability of tumor ADs (coefficients of variation CV up to 97.05%) was higher than that in the organ at risk (e.g. kidneys CV around 31.59%). Receptor density was identified as the most important parameters determined the ADs of tumors, e.g. [RdTU2]: Si = 0.856, STi = 0.951. The same results was found for the organ at risk where the receptor density had the highest main effect and total effect values, e.g. [RdK]: Si = 0.802, STi = 0.963. We have shown the first implementation of the GSA with the Sobol method to identify the most important parameters for the individualization of the calculated ADs in PRRT. Our results suggested an accurate measurement of the receptor densities for an accurate determination of the tumor and organ at risk ADs."

"Peptida merupakan suatu komponen bioaktif yang beberapa tahun terakhir banyak dimanfaatkan dalam produk kosmetik, terutama produk perawatan kulit karena memiliki aktivitas sebagai antikerut. Vitamin B3 sebagai pelembab kulit akan memberikan efek sinergis sebagai antikerut apabila dikombinasi dengan peptida. Dalam penelitian ini, akan dilihat manfaat lain dari peptida yaitu sebagai bahan peningkat penetrasi melalui mekanisme mempengaruhi lipid intermolekuler lapisan tanduk. Oleh karena itu, diformulasikan suatu sediaan serum peptida dan gel tanpa peptida Cu-GHK untuk membandingkan perbedaan jumlah vitamin B3 yang terpenetrasi. Serum merupakan suatu bentuk sediaan baru yang berarti sediaan terkonsentrat tinggi dan mengandung peptida dengan viskositas rendah. Daya penetrasi vitamin B3 diuji secara in vitro dengan alat sel difusi Franz menggunakan membran abdomen tikus. Nilai fluks vitamin B3 selama 8 jam beturut-turut ialah 688,9 dan 701,6 μg cm-2 jam-1. Hasil percobaan menyatakan bahwa peptida Cu- GHK menghambat penetrasi vitamin B3. Kemudian uji stabilitas fisik dilakukan melalui cycling test dan pengamatan pada penyimpanan selama 8 minggu di suhu tinggi (40° ± 2°C), suhu kamar (28 ± 2°C), dan suhu rendah (4° ± 2°C). Kedua sediaan menunjukkan kestabilan fisik yang baik dengan parameter kestabilan di ketiga suhu yaitu organoleptis, pH, dan viskositas (suhu kamar).

---

Peptide is a bioactive component that has been used in cosmetics in recent years, especially in skin care products because of its function as anti-wrinkle substance. In this research, peptide is not only as a bioactive component but also as a penetration-enhancing agent through the mechanism of intermolecular affect of stratum corneum lipids. The combination of the peptide and vitamin B3 result in a synergict effect producing anti-wrinkle substance which is as skin moisturizer. Therefore, gels were formulated with or without Cu-GHK peptide to compare the difference in the number of penetrated vitamin B3.

In vitro penetration study was determined with Franz diffusion cell using rat abdominal membrane. Vitamin B3 flux values within 8 hours process were recorded 688,9 dan 701,6 g cm-2 hour-1. It opposite hipotesis because of peptide was not increased the penetration. Then, physical stability test of gels were performed through cycling tests and observation on storage for 8 weeks at high temperature (40 ° ± 2 ° C), room temperature (28 ± 2°C), and cold temperature (4 ° ± 2 ° C). Both of gels show good physical stability on three parameters of stability, are organoleptic, pH, and viscosity (room temperature)."

"Anemia akibat kekurangan zat besi merupakan masalah global yang perlu penanganan serius karena dampaknya yang berbahaya bagi kesehatan. Defisisensi zat besi dapat disebabkan oleh kurangnya asupan zat besi pada makanan yang dikonsumsi, serta daya serap zat besi yang rendah. Telah diketahui bahwa, peptida yang diperoleh dari hidrolisat protein dapat berperan sebagai pengkhelat besi. Peptida dapat meningkatkan kelarutan dan bioavailabilitas zat besi. Peptida dari hidrolisat protein memiliki efek membantu penyerapan zat besi melalui kemampuannya dalam mengkelat zat besi. BPPT atau Badan Pengkajian dan Penerapan Teknologi telah mengembangkan hidrolisat protein kedelai yang diperoleh secara hidrolisis termal dan enzimatis, dan telah diuji dapat meningkatkan penyerapan zat besi secara in vivo dan juga melalui uji efikasi pada remaja putri. Namun, untuk itu perlu diketahui peptida apa yang berperan dalam aktivitas penyerapan zat besi tersebut. Tujuan dari penelitian ini adalah melakukan karakterisasi dan identifikasi peptida dari hidrolisat protein kedelai yang berperan dalam meningkatkan penyerapan zat besi. Penelitian ini melakukan 2 tahap pemisahan, yaitu menggunakan membran ultrafiltasi Molecular Weight Cut Off 10 kD dan kromatografi kolom filtrasi gel menggunakan kolom superdex 30 untuk mengetahui peptida pada fraksi mana yang aktif berperan dalam pengikatan zat besi. Selanjutnya, untuk mengetahui karakter dari peptida yang berperan sebagai promotor penyerapan zat besi, maka dari setiap tahap pemisahan dilakukan analisis bobot molekul protein dengan SDS-PAGE dan analisis komposisi asam amino menggunakan HPLC. Sedangkan identifikasi peptida pengikat zat besi menggunakan LCMS/MS. Hasil penelitian menunjukkan bahwa peptida dari hidrolisat protein kedelai yang berperan sebagai promotor (membantu) pengikatan zat besi memiliki karakter bobot molekul sekitar 10 kDa, dengan komposisi asam amino terbesar adalah arginin, asam aspartat dan asam glutamat. Hasil analisis LCMS/MS terdeteksi 15 sekuen peptida yang berasal dari 4 protein yang terdapat pada kedelai. Dua diantaranya berasal dari protein kedelai yang belum terkarakterisasi, dan dua lainnya adalah protein kedelai yang sudah terkarakterisasi, yaitu berasal dari protein lipoxygenase dan β-konglisinin subunit β.

---

Anemia due to iron deficiency is a global problem that needs serious treatment because its effects are harmful to health. Iron deficiency can be caused by a lack of iron intake in food consumed, and a low absorption of iron. It is well known that, peptides obtained from protein hydrolysates can be known as iron chelating. Peptides can increase iron solubility, bioavailability, absorption and stability. Peptides from protein hydrolysates have the effect of helping to absorb iron through its ability to chelate iron. BPPT (Agency of Assessment and Application of Technology) has developed soybean protein hydrolysates obtained by thermal and enzymatic hydrolysis, and has been tested to increase iron absorption in vivo and also through clinical trials. For this reason, it is necessary to know what peptides play a role in the absorption of iron. The purpose of this study is to characterize and identify peptides from soybean protein hydrolyzates which play a role in increasing iron absorption. This study conducted two stages of separation, using a 10 kD Molecular Weight Cut Off ultrafiltration membrane and gel column filtration chromatography using a superdex 30 column to determine which peptides in which fraction were actively involved in iron binding. Furthermore, to determine the character of the peptide which acts as an iron absorption promoter, then from each phase of separation an analysis of molecular weight of protein with SDS-PAGE is carried out and analysis of amino acid composition using HPLC. Whereas identification of iron binding peptides using LCMS/MS. The results showed that the peptide of soybean protein hydrolyzate which acts as promoter (helps) iron binding has a molecular weight of about 10 kDa, with the largest amino acid composition being arginine, aspartic acid and glutamic acid. LCMS/MS analysis detected 15 sequences of peptides from 4 proteins in soybeans. Two of them come from soybean protein that has not been characterized, and the other two are soybean proteins that have been characterized, which are derived from the lipoxygenase protein and the β-conglisinin β subunit."

"This book about synthesis of polypeptides by ring-opening polymerization of α-amino acid N-carboxyanhydrides, peptide synthesis and self-assembly, elastomeric polypeptides, self-assembled polypeptide and polypeptide hybrid vesicles : from synthesis to application, and peptide-based and polypeptide-based hydrogels for drug delivery and tissue engineering."

"Pendahuluan: Barier alamiah berupa membrane sel, kompartemen endosom, dan membrane inti sel yang menghalangi DNA ekstraseluler untuk mencapai target kerja dalam inti sel dalam mengawali proses pembentukan protein transgen. Sistem penghantar DNA, dalam hal ini protein penghantar DNA (PPD) dikembangkan untuk menghindari penghalang seluler tersebut. Karena sel tubuh berada dalam keadaan tidak membelah, maka diharapkan PPD tersebut dapat berfungsi pada sel tidak membelah. Metodologi: Metodologi yang dipakai adalah telaah literature, pengkloningan, dan uji in vitro. Dilakukan telaah literature untuk mencari peptida yang memiliki 1) kemampuan untuk masuk ke dalam sel/ berfusi dengan membran sel hospes, 2) kemampuan mengikat DNA, 3) kemampuan menghantarkan DNA melalui nuclear localization signal (NLS). Sekuen protein diubah menjadi DNA dengan menggunakan perangkat lunak. Setelah menjadi fragmen DNA, maka langkah selanjutnya DNA di klon ke dalam plasmid pQE80L untuk menghasilkan plasmid rekombian pengekspresi PPD. PPD diperoleh dengan cara mengekspresikannya ke dalam sistem prokariota. Setelah PPD dimurnikan, dilakukan uji fungsi kemampuan PPD menghantarkan DNA pada sel kultur membelah dan tidak membelah. Hasil: Berdasarkan telaah literature dihasilkan 5 rancangan PPD ALMR, SIMR, VPMR, THB2 dan THB4. Studi bioinformatika menunjukkan THB4 tidak dapat mengikat DNA dan bergerak ke inti sel. Proses pengkloningan menghasilkan 4 klon dan salah satu dari 4 kandidat PPD, THB2, tidak dapat diekspresikan dalam prokariota. ALMR, SIMR dan VPMR memiliki kemampuan untuk mengikat DNA dan melindungi DNA dari efek nuclease. Uji in vitro menunjukkan hanya ALMR yang dapat menghantarkan pcDNA3.1eGFP ke inti yang ditandai oleh ekspresi transgen oleh CHOK1. Jika dibandingkan dengan Lipofectamine, efektivitas penghantaran DNA oleh ALMR pada sel membelah kurang efektif,namun penghantaran DNA oleh ALMR pada sel tidak membelah lebih efektif dibandingkan Lipofectamine. Penambahan ALMR ke dalam komplek Lipofectamine:DNA dapat meningkatkan efisiensi penghantaran DNA dan viabilitas sel. Kesimpulan: PPD yang dapat mengikat, melindungi, dan menghantarkan DNA ke dalam sel membelah dan tidak membelah telah berhasil diperoleh. Penggabungan PPD dengan lipofectamine dapat meningkatkan efisiensi dan efektivitas penghantaran DNA kedalam sel tidak membelah serta meningkatkan viabilitas sel tidak membelah pasca transfeksi.

---

Background: The journey of extracellular DNA to reach its active site, nucleus, is dependent on its capability to overcome cellular barriers such as cell membrane, endosomal compartment and nuclear membran. To overcome such natural barriers, we developed peptide-mediated DNA delivery system that could deliver DNA especially into non-dividing cells as the majority of human cells are found in nondividing state.

Methodology: Based on literature studies we found peptides that have capability 1) to translocate/fuse with cellular membrane, 2) to bind DNA and protect DNA from nuclease 3) as nuclear localization signal (NLS). We convert peptides into DNA sequences by using software. DNA coding peptide-mediated DNA delivery systems were synthesized by commercially and manually using conventional PCR. The DNA fragments were cloned into prokaryote-expression systems. After expression and purification, peptide-mediated DNA delivery systems were tested their capability to increase the efficiency and effectiveness of the transformation of extracellular DNA in dividing and non-dividing cells.

Result: We constructs 5 candidates of peptide-mediated delivery system. One of them has no capability to bind DNA and located using nucleus. One of the rest peptidemediated delivery system could not be expressed in prokaryote system. Furthermore, three candidates have capability to binds DNA and protect DNA from nuclease degradation. Based on in vitro study, only one candidate has the capability to deliver DNA pcDNA3.1 eGFP into CHOK1 nucleus that marked by the expression of transgen. Compared to the Lipofectamine, a commercial delivery system, the capability of ALMR to deliver DNA into dividing cell is less efficient, but the capability of ALMR to deliver DNA into non-dividing cells is more efficient compare to Lipofectamine. The addition of ALMR into lipofectamine-DNA complex could increasing both the percentage of transgeneexpressing cells and viability of cell.

Conclusions: We have gained one peptide-mediated delivery system that could bind, protect and deliver DNA from extracellular into intracellular environment of dividing and non dividing cells. The addition of peptide-mediated delivery into Lipofectamine could increase the efectivity of DNA transformation and increase the cell viability."

"Bakteriosin adalah peptida hasil produksi bakteri yang saat ini banyak diteliti karena aktivitasnya yang dapat menghambat pertumbuhan bakteri. Resistensi terhadap antibiotik yang semakin nyata menyebabkan bakteriosin dianggap cocok menjadi salah satu kandidat API (active pharmaceutical ingredients) yang dapat dimanfaatkan sebagai komplemen antibiotik. Salah satu bakteri yang memproduksi peptida bakteriosin adalah S. macedonicus MBF10-2 yang menghasilkan senyawa bakteriosin lantibiotik dan non-lantibiotik. Tujuan penelitian ini adalah memperoleh cara fraksinasi dan fraksi peptida bakteriosin dari S. macedonicus MBF10-2 yang aktivitasnya optimal dengan metode centrifugal filtration dan presipitasi amonium sulfat, serta profil metabolit umumnya. Konfirmasi cara fraksinasi dengan aktivitas optimal dilakukan dengan uji hambat. Profil komposisi metabolit ekstrak kasar dianalisis dengan LC-ESI-QTOF-MS/MS. Cara fraksinasi yang optimal adalah dengan centrifugal filtration. Hasilnya menunjukkan bahwa fraksi ≥ 30kDa dan ≥ 3kDa mengandung peptida bakteriosin yang memberikan penghambatan paling kuat terhadap Leuconostoc mesenteroides TISTR120, namun tidak memberikan penghambatan yang kuat terhadap Micrococcus luteus T18. Analisis metabolit ekstraseluler tak tertarget dari ekstrak kasar memberikan hasil profil kombinasi fragmen asam amino, serta adanya kandungan asam laktat dan malat yang sesuai dengan prediksi hasil metabolit bakteri asam laktat pada umumnya. Analisis metabolit ekstraseluler perlu dilakukan konfirmasi dengan analisis metabolit ekstraseluler tertarget untuk menghasilkan profil yang lebih komprehensif terhadap bakteri S. macedonicus MBF10-2.

---

Bacteriocins are peptides produced by bacteria that are being developed because of their activities that can inhibit the growth of bacteria. Resistance to antibiotics that is increasingly real causes bacteriocins to be considered suitable to be one of the API (active pharmaceutical ingredients) candidates that can be used as an antibiotic complement. One of the bacteria that produces bacteriocin peptides is S. macedonicus MBF10-2 which produces lantibiotic and non-lantibiotic bacteriocin compounds. The purpose of this study is to obtain optimal fractionation and fractionation methods as well as metabolite profiles generally by centrifugal filtration and ammonium sulfate precipitation methods. Confirmation of the method of fractionation and fractionation is carried out by inhibition test. The metabolite composition profile of the crude extract was analyzed with LC-ESI-QTOF-MS/MS. Results showed that the ≥ fractions of 30kDa and ≥ 3kDa contained bacteriocin peptides that inhibit Leuconostoc mesenteroides TISTR120 significantly whereas against Micrococcus luteus T18 does not give strong inhibition results. The results of the analysis of untargeted extracellular metabolites of crude extracts provided the results of a combination profile of amino acid fragments and detected lactic and malic acid content in accordance with the prediction of the results of metabolites of lactic acid bacteria in general. Analysis of extracellular metabolites needs to be confirmed by analysis of displaced extracellular metabolites to produce a more comprehensive profile against S. macedonicus MBF10-2 bacteria."

"Demam Berdarah Dengue (DBD) adalah penyakit yang disebabkan oleh infeksi virus dengue (DENV). Organisasi Kesehatan Dunia (WHO) telah menyatakan bahwa penyakit ini telah menjadi salah satu masalah kesehatan di dunia, terutama di daerah sub-tropis dan tropis. Namun sampai saat ini obat yang spesifik untuk mengobati penderita DBD yang terinfeksi DENV belum ditemukan. Selain itu, diperkirakan wilayah penyebaran infeksi DENV semakin meluas akibat fenomena global, perubahan iklim dan urbanisasi. Oleh karena itu, penelitian ini bertujuan untuk mencari kandidat obat dari senyawa peptida siklik yang dapat berperan sebagai ligan untuk menghambatenzim α-glucosidase I (Glu I) pada host yang diharapkan dapat mengatasi infeksi dari 5 serotipe DENV. Kandidat obat dari senyawa peptida siklik diperoleh melalui metode simulasi molekuler docking menggunakan software MOE 2014.09, diperoleh 10 senyawa peptida siklik memiliki interaksi yang lebih baik dibandingkan dengan senyawa standar, dengan nilai ΔGBinding diatas -13.0000 Kcal/mol. Senyawa siklo (Cys-Thr-Abu-Gly-Gly-Ala-Arg-Pro-Asp-Phe) merupakan senyawa yang memiliki interaksi paling baik dengan α-Glu I dibandingkan standar dan 9 senyawa peptida siklik lainnya. Selain itu, senyawa tersebut memiliki sifat ADME-Tox yang paling potensial sebagai kandidat obat, diantaranya tidak bersifat toksik, Human Intestila Absorbtion (HIA) positif dan tidak bersifat toksik pada ginjal saat proses eliminasi senyawa obat. Diharapakan hasil yang telah diperoleh dapat dilakukan validasi lebih lanjut dengan menggunakan metode In vitro dan In vivo.

---

Dengue Fever (DF) is a disease caused by dengue virus infection (DENV). The World Health Organization (WHO) has stated that the disease has become one of the world's health problems, especially in the sub-tropical and tropical regions. However, until now the specific drug to treat DF patients infected with DENV has not been found. In addition, it is estimated that the spreading area of DENV infection is expanding due to global phenomena, climate change and urbanization. Therefore, this study aims to find drug candidates from cyclic peptide compounds that can act as ligands to inhibit the α-glucosidase I (Glu I) enzyme in the host and are expected to overcome the infection of 5 DENV serotypes. The drug candidates from cyclic peptide compounds were found through molecular docking simulation method using software MOE 2014.09, which obtained 10 cyclic peptide compounds have better interaction than the standard compound, with ΔGBinding value above -13.0000 Kcal/mol. Cyclo (Cys-Thr-Abu-Gly-Gly-Ala-Arg-Pro-Asp-Phe) compound has the best interaction with α-Glu I compared to standard and 9 cyclic peptide compounds. In addition, these compounds have the most potential ADME-Tox properties as drug candidates, including non-toxic, positive Human Intestile Absorption (HIA) and not toxic to the kidneys during the process of eliminating drug compounds. It is hop"