Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"ABSTRAKSalah-satu variasi DNA mitokondria manusia adalah delesi 9-pasangan basa (del 9-pb) daerah intergenik COII/tRNA LYS. Del 9-pb merupakan salah satu penanda genetik yang dapat digunakan untuk mempelajari hubungan kekerabatan antarpopulasi. Penelitian del 9-pb antarpopulasi suku-suku di Indonesia belum pernah dilakukan. Secara antropologi, suku Batak dan suku Toraja memiliki nenek moyang Proto Melayu, sedangkan suku Jawa memiliki nenek moyang Deutero Melayu. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui nilai persentase del 9-pb pada populasi suku Batak, suku Toraja, dan suku Jawa agar didapatkan informasi genetik untuk mempelajari hubungan kekerabatan antara ketiga suku tersebut. Metode yang digunakan adalah metode amplifikasi dengan PCR (Polymerase Chain Reaction) dan elektroforesis pada gel agarosa 5% dengan pewarnaan etidium bromida. Hasil pengamatan persentase del 9-pb ketiga suku tersebut adalah: suku Batak 19,84% dengan menggunakan 126 sampel, suku Toraja 32,77% dengan 119 sampel, dan suku Jawa 25,47% dengan 106 sampel. Nilai persentase del 9-pb meningkat bila urutan populasi adalah sebagai berikut: suku Batak—suku Jawa—suku Toraja."

"Barisan DNA dapat diartikan sebagai permutasi dari empat kode basa DNA yaitu A, T, G, dan C. Pada hasil sekuensing DNA, kadang kala ada basa DNA yang sulit terbaca dengan jelas apakah A, T, G, atau C. Untuk mengatasi masalah ini, maka diberikan kode-kode lain yang merupakan probabilitas munculnya A, T, G, atau C pada setiap kode basa DNA. Sehingga secara keseluruhan terdapat kode basa DNA yang dapat dibentuk dari kode A, T, G, dan C. Enam belas kode basa DNA yang telah terbentuk dapat dinyatakan dalam quaternion berbentuk. Dengan menggunakan perkalian titik antara keenambelas kode basa DNA tersebut, diperoleh matriks skoring. Matriks skoring dibutuhkan pada pensejajaran barisan DNA untuk memberikan skor kecocokan atau ketidakcocokan antara dua kode basa DNA. Algoritma pensejajaran barisan DNA yang diimplementasikan pada penelitian ini adalah Algoritma Needleman-Wunsch untuk pensejajaran global dan Algoritma Smith-Waterman untuk pensejajaran lokal, algoritma ini diimplementasikan menggunakan bahasa pemrograman berbasis open source (Octave). Kemudian program pensejajaran yang telah dibuat diaplikasikan untuk mensejajarkan barisan DNA dari bakteri Streptococcus pneumoniae yang diambil dari pangkalan data gen (GeneBank) dengan barisan DNA hasil sekuensing dari bakteri yang diduga Streptococcus pneumoniae. Dari hasil pensejajaran, diketahui bahwa kedua barisan mempunyai kemiripan yang maksimal.

---

DNA sequence can be defined as a permutation of four DNA base codes: A, T, G, and C. From the result of DNA sequencing, sometime there were dificulties to determine whether the DNA base code of A, T, G, or C. the Probability of other DNA base codes were given to solve this umbigue of DNA sequence reading with form of DNA base code which can be obtained from base code of A, T, G, and C. Sixteen of DNA base code can be represented with a quaternion form: . The scoring matrix was obtained from those sixteen of DNA base code using a dot product method. This scoring matrix can be applied in the DNA aligmnent for match and mismatch between two DNA base code.

In this study, we applied the Needleman-Wunsch Algorithm for gobal alignment and Smith-Waterman Algorithm for local aligment using the Octave, an open soucre program. The alignment program used for DNA sequences alignment from Streptococcus pneumoniae obtained from the GeneBank and the DNA sequence obtained from sequensing result and suspected as Streptococcus pneumoniae. From this alignment, we found that two DNA sequences have maximum similarity."

"Pendahuluan: Bukti terkini menunjukkan bahwa antioksidan dalam diet dapat bermanfaat dalam mengurangi kerusakan sperma, terutama pada pria dengan tingkat fragmentasi DNA (Deoxyribonucleic Acid) yang tinggi. Penelitian ini bertujuan untuk menyelidiki hubungan antara suplementasi antioksidan dan Indeks Fragmentasi DNA (DNA Fragmentation Index/DFI) pada pria infertil.Metode: Sebuah tinjauan sistematis dilakukan menggunakan basis data online termasuk Pubmed, Science Direct, EBSCO, dan Cochrane sesuai pedoman PRISMA. Kami hanya menginklusi uji coba terkontrol secara acak (Randomized Controlled Trials/RCTs) yang ditulis dalam bahasa Inggris. Populasi target adalah pria infertil tanpa komorbiditas, dengan intervensi berupa suplementasi antioksidan selama minimal 3 bulan.Hasil: Pencarian awal basis data menghasilkan 447 makalah, di mana 11 makalah disertakan setelah penyaringan abstrak, dan 8 makalah dipertimbangkan untuk analisis kuantitatif. Hampir semua penelitian menunjukkan risiko bias yang rendah berdasarkan penilaian Cochrane Risk of Bias (RoB). Meta-analisis dari 8 uji coba terkontrol secara acak (RCTs) menunjukkan pengurangan DFI yang tidak signifikan sebesar -1,28% (-3,88, 1,31; p=0,33). Namun, antioksidan tertentu seperti N-Acetyl Cysteine (NAC), asam dokosaheksaenoat (Docosahexaenoic Acid/DHA), dan astaxanthin terbukti efektif dalam mengurangi DFI. Sebaliknya, seng, asam folat, laktolykopen, kombinasi vitamin C dan E, serta vitamin D3 tidak menunjukkan efektivitas dalam mengurangi DFI.Kesimpulan: Beberapa antioksidan (NAC, DHA, dan astaxanthin) terbukti efektif dalam mengurangi indeks fragmentasi DNA, sementara seng, asam folat, laktolykopen, kombinasi vitamin C dan E, serta vitamin D3 tidak efektif. Diperlukan lebih banyak uji coba terkontrol secara acak dengan jumlah subjek yang lebih besar untuk menentukan efektivitas antioksidan.

---

Introduction: Current evidence suggests that dietary antioxidants may be beneficial in reducing sperm damage, particularly in men with high levels of Deoxyribonucleic Acid (DNA fragmentation). This study aimed to investigate the association between antioxidant supplementation and DNA Fragmentation Index (DFI) in infertile males.

Methods: A systematic review was conducted using online databases including Pubmed, Science Direct, EBSCO, and Cochrane according to PRISMA guideline. We only included randomized controlled trials (RCTs) in the study that were written in English. The target population was infertile males without comorbidities, and the intervention was antioxidant supplementation for a minimum of 3 months.

Results: The initial database search yielded 447 papers, of which 11 were included after abstract screening, and 8 were considered for quantitative analysis. Almost all studies showed a low risk of bias according to Cochrane Risk of Biasa (RoB) assessments. The meta-analysis of 8 randomized controlled trials (RCTs) showed a non-significant reduction in DFI by -1.28% (-3.88, 1.31; p=0.33). However, specific antioxidants such as N-Acetyl Cysteine (NAC), Docosahexaenoic acid (DHA), and astaxanthin were found to be efficacious in reducing DFI. In contrast, zinc, folic acid, lactolycopene, combination of Vitamin C and E, and vitamin D3 did not show efficacy in reducing DFI.

Conclusion: In conclusion, some antioxidants (NAC, DHA, and astaxanthin) are shown to be efficacious in reducing DNA fragmentation index, while zinc, folic acid, lactolycopene, combination vitamin C and vitamin E, and vitamin D3 are not. More RCTs with larger subjects are needed to determine the effectiveness of antioxidants."

"Pendahuluan: Bukti terkini menunjukkan bahwa antioksidan dalam diet dapat bermanfaat dalam mengurangi kerusakan sperma, terutama pada pria dengan tingkat fragmentasi DNA (Deoxyribonucleic Acid) yang tinggi. Penelitian ini bertujuan untuk menyelidiki hubungan antara suplementasi antioksidan dan Indeks Fragmentasi DNA (DNA Fragmentation Index/DFI) pada pria infertil.Metode: Sebuah tinjauan sistematis dilakukan menggunakan basis data online termasuk Pubmed, Science Direct, EBSCO, dan Cochrane sesuai pedoman PRISMA. Kami hanya menginklusi uji coba terkontrol secara acak (Randomized Controlled Trials/RCTs) yang ditulis dalam bahasa Inggris. Populasi target adalah pria infertil tanpa komorbiditas, dengan intervensi berupa suplementasi antioksidan selama minimal 3 bulan.Hasil: Pencarian awal basis data menghasilkan 447 makalah, di mana 11 makalah disertakan setelah penyaringan abstrak, dan 8 makalah dipertimbangkan untuk analisis kuantitatif. Hampir semua penelitian menunjukkan risiko bias yang rendah berdasarkan penilaian Cochrane Risk of Bias (RoB). Meta-analisis dari 8 uji coba terkontrol secara acak (RCTs) menunjukkan pengurangan DFI yang tidak signifikan sebesar -1,28% (-3,88, 1,31; p=0,33). Namun, antioksidan tertentu seperti N-Acetyl Cysteine (NAC), asam dokosaheksaenoat (Docosahexaenoic Acid/DHA), dan astaxanthin terbukti efektif dalam mengurangi DFI. Sebaliknya, seng, asam folat, laktolykopen, kombinasi vitamin C dan E, serta vitamin D3 tidak menunjukkan efektivitas dalam mengurangi DFI.Kesimpulan: Beberapa antioksidan (NAC, DHA, dan astaxanthin) terbukti efektif dalam mengurangi indeks fragmentasi DNA, sementara seng, asam folat, laktolykopen, kombinasi vitamin C dan E, serta vitamin D3 tidak efektif. Diperlukan lebih banyak uji coba terkontrol secara acak dengan jumlah subjek yang lebih besar untuk menentukan efektivitas antioksidan.

---

Introduction: Current evidence suggests that dietary antioxidants may be beneficial in reducing sperm damage, particularly in men with high levels of Deoxyribonucleic Acid (DNA fragmentation). This study aimed to investigate the association between antioxidant supplementation and DNA Fragmentation Index (DFI) in infertile males.

Methods: A systematic review was conducted using online databases including Pubmed, Science Direct, EBSCO, and Cochrane according to PRISMA guideline. We only included randomized controlled trials (RCTs) in the study that were written in English. The target population was infertile males without comorbidities, and the intervention was antioxidant supplementation for a minimum of 3 months.

Results: The initial database search yielded 447 papers, of which 11 were included after abstract screening, and 8 were considered for quantitative analysis. Almost all studies showed a low risk of bias according to Cochrane Risk of Biasa (RoB) assessments. The meta-analysis of 8 randomized controlled trials (RCTs) showed a non-significant reduction in DFI by -1.28% (-3.88, 1.31; p=0.33). However, specific antioxidants such as N-Acetyl Cysteine (NAC), Docosahexaenoic acid (DHA), and astaxanthin were found to be efficacious in reducing DFI. In contrast, zinc, folic acid, lactolycopene, combination of Vitamin C and E, and vitamin D3 did not show efficacy in reducing DFI.

Conclusion: In conclusion, some antioxidants (NAC, DHA, and astaxanthin) are shown to be efficacious in reducing DNA fragmentation index, while zinc, folic acid, lactolycopene, combination vitamin C and vitamin E, and vitamin D3 are not. More RCTs with larger subjects are needed to determine the effectiveness of antioxidants."

"Untuk mengetahui nilai persentasi delegasi 9-pasangan basa (del 9-pb) dan motif Polinesia pada DNA mitokondria populasi suku bugis , kaili Makassar, dan Minahasa telah dilakukan suatu penelitian deskriptif kuantitatif. Metode yang digunakan adalah amplikasi dengan PCR (Polumerase chain reaction), elektroforensis pada gel agrosa, serta pembacaan urutan basa (dideoxy sequencing). DNA diektrasi dari 230 sampel darah (Bugis 38 Sample, Kaili 106 sampel, Makkasar 42 sample, dan Minahassa 44 sampel). Del 9-pb ditemukan pada keempat populasi yang diamati dengan persentasi dalam urutan yang menurun sebagai berikut: Makkasar 26,19%, Kaili 24,53% Bugis 23,68%, dan Minahassa 13,64%. Pembacaan urutan basa 52 sampel yang memiliki del-9pb pada sample DNA di atas menujukan 5 haplotipe bila hanya diamati posisi 16217, 16247,16261 yaitu haplotipe Cac (36,54%), tac (23,08%), CaT (23,08%), taT (9,61%) dan CGT (7,69%). Motif Polinesia (del 9-pb dengan haplotipe CGT) ditemukan pada populasi suku Kaili (11,54%) dan Minahasa (16,67%).Hasil penelitian mendukung data arkeologi dan antropologi yang menyatakan bahwa nenek moyang sebagian penduduk Indonesia berasa dari dataran Asia Selatan yang bermigrasi dalam gelombang besar."

"Delesi 9-pasangan basa (pb) pada daerah intergen COII-tRNALys DNA mitokondria merupakan penanda genetik spesifik untuk populasi Asia. Delesi 9-pb pada populasi Pasifik sering ditemukan bersama tiga transisi basa pada Displacement loop (D-loop) yang disebut motif Polinesia. Penelitian dilakukan di Lembaga Biologi Molekular Eijkman dan bertujuan untuk mengetahui frekuensi delesi 9-pb pada 19 populasi dari Pulau Nias, Sumba, dan Flores. Melalui kombinasi data delesi 9-pb dan motif Polinesia diharapkan diperoleh informasi tentang migrasi populasi manusia di Kepulauan Indonesia. Metode yang digunakan adalah isolasi DNA genom, pengukuran konsentrasi DNA, amplifikasi DNA dengan polymerase chain reaction (PCR), elektroforesis pada gel agarosa 3% (b/v), dan sequencing. Frekuensi delesi 9-pb yang diperoleh pada populasi Nias 28,8%; populasi di Pulau Sumba 11,3--36,8%; dan populasi di Pulau Flores 6,3--25,9%. Motif Polinesia tidak terdapat pada populasi Nias, tetapi terdapat pada populasi di Pulau Sumba dan Flores. Varian leluhur motif Polinesia (varian Cac dan CaT) terdapat pada populasi di Pulau Nias, Sumba, dan Flores. Delesi 9-pb pada populasi Indonesia terdistribusi secara acak, sehingga tidak dapat digunakan dalam menjelaskan migrasi populasi manusia di Kepulauan Indonesia. Perlu dilakukan penelitian dengan penanda genetik lain, seperti analisis filogenetik menggunakan sekuens D-loop untuk memperoleh informasi mengenai proses migrasi populasi manusia di Kepulauan Indonesia."

"Salah satu variasi DNA mitokondria manusia adáiidelesi 9 pasangan basa (pb) pada salah satu dari dua salman perulangan 9-pb daerah intergenik sitokrom oksidase subunit 2 dan tRNA lisin. Delesi 9-pb ml banyak dipakai sebagai penanda genetik untuk mempelajani hubungan kekerabatan antarpopulasi. Penelitian ml bertujuan untuk mengetahui nhlai persentase delesi 9-pb pada populasi suku Dayak, Tengger dan Bali. Selain itu juga ingin diketahui basa-basa yang membentuk insersi di daerah sekitar delesi 9-pb pada beberapa sampel dari ketiga suku tersebut ditambah sampel dan suku Jawa, Batak, Toraja dan Kaili. Metode yang digunakan untuk deteksi delesi 9-pb adalah metode polymerase chain reaction dan elektroforesis pada gel agarosa 5%. Untuk pengamatan insersi dilakukan pembacaan urutan basa (sequencing) berdasarkan metode dideoksi dan elektroforesis pada gel poliakrilamida 6%. Persentase delesi 9-pb ketiga suku tersebut adalah suku Dayak 35,35% dari 99 sampel, suku Tenggen 29,03% dari 93 sampel dan suku Bali 24,69% dari 81 sampel. Bentuk insersi yang ditemukan pada 13 sampel dari suku Tengger, Jawa, Kaili, Batak dan Toraja yang diteliti mempenlihatkan adanya penambahan 2 basa sitosin, 3 basa sitosin, 4 basa sitosin dan 5 basa sitosin pada salah satu dari dua salman perulangan 9 pasangan basa."

"Latar Belakang: Metode identifikasi pola sidik bibir adalah bagian dari identifikasi forensik, dan dapat digunakan untuk identifikasi suku. Tujuan: Menganalisis hubungan antara pola sidik bibir dengan sidik jari antara Suku Jawa dan Suku Batak, serta mengetahui apakah terdapat perbedaan variasi pola sidik bibir dan sidik jari pada kedua suku tersebut. Metode: Pola sidik bibir dan sidik jari diambil dari 50 individu bersuku Jawa dan 50 individu bersuku Batak. Hasil: Terdapat perbedaan signifikan (p<0,05) pada pola sidik bibir dari keempat kuadran antara kedua suku, dengan pola menyilang lebih sering pada suku Batak dan pola retikuler dan bercabang lebih sering pada suku Jawa. Pola sidik jari antara Suku Batak dan Jawa tidak terdapat perbedaan yang signifikan (p>0,05). Kesimpulan: Pola sidik bibir bisa dijadikan indikator identifikasi Suku Jawa dan Suku Batak.

---

Background: Lip print identification is a part of forensic identification, which can be used to determine ethnics. Goal: To analyze the relationship of lip prints and fingerprints between the Javanese and Bataknese population and to find any differences on lip or fingerprint patterns between the two ethnics. Methods: Lip prints and fingerprints were taken from 50 Javanese and 50 Bataknese population. Result: There was a significant (p<0.05) difference in lip prints at all four quadrants between both ethnics, with intersected pattern more frequent in Bataknese and both reticular and branched patterns are more common in Javanese. The relationship between fingerprints with ethnic differences was not found significant (p<0.05). Summary: Lip print can be used as a tool to identify between Javanese and Bataknese"