Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Delesi 9-pasangan basa (pb) pada daerah intergen COII-tRNALys DNA mitokondria merupakan penanda genetik spesifik untuk populasi Asia. Delesi 9-pb pada populasi Pasifik sering ditemukan bersama tiga transisi basa pada Displacement loop (D-loop) yang disebut motif Polinesia. Penelitian dilakukan di Lembaga Biologi Molekular Eijkman dan bertujuan untuk mengetahui frekuensi delesi 9-pb pada 19 populasi dari Pulau Nias, Sumba, dan Flores. Melalui kombinasi data delesi 9-pb dan motif Polinesia diharapkan diperoleh informasi tentang migrasi populasi manusia di Kepulauan Indonesia. Metode yang digunakan adalah isolasi DNA genom, pengukuran konsentrasi DNA, amplifikasi DNA dengan polymerase chain reaction (PCR), elektroforesis pada gel agarosa 3% (b/v), dan sequencing. Frekuensi delesi 9-pb yang diperoleh pada populasi Nias 28,8%; populasi di Pulau Sumba 11,3--36,8%; dan populasi di Pulau Flores 6,3--25,9%. Motif Polinesia tidak terdapat pada populasi Nias, tetapi terdapat pada populasi di Pulau Sumba dan Flores. Varian leluhur motif Polinesia (varian Cac dan CaT) terdapat pada populasi di Pulau Nias, Sumba, dan Flores. Delesi 9-pb pada populasi Indonesia terdistribusi secara acak, sehingga tidak dapat digunakan dalam menjelaskan migrasi populasi manusia di Kepulauan Indonesia. Perlu dilakukan penelitian dengan penanda genetik lain, seperti analisis filogenetik menggunakan sekuens D-loop untuk memperoleh informasi mengenai proses migrasi populasi manusia di Kepulauan Indonesia."

"ABSTRAKSalah-satu variasi DNA mitokondria manusia adalah delesi 9-pasangan basa (del 9-pb) daerah intergenik COII/tRNA LYS. Del 9-pb merupakan salah satu penanda genetik yang dapat digunakan untuk mempelajari hubungan kekerabatan antarpopulasi. Penelitian del 9-pb antarpopulasi suku-suku di Indonesia belum pernah dilakukan. Secara antropologi, suku Batak dan suku Toraja memiliki nenek moyang Proto Melayu, sedangkan suku Jawa memiliki nenek moyang Deutero Melayu. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui nilai persentase del 9-pb pada populasi suku Batak, suku Toraja, dan suku Jawa agar didapatkan informasi genetik untuk mempelajari hubungan kekerabatan antara ketiga suku tersebut. Metode yang digunakan adalah metode amplifikasi dengan PCR (Polymerase Chain Reaction) dan elektroforesis pada gel agarosa 5% dengan pewarnaan etidium bromida. Hasil pengamatan persentase del 9-pb ketiga suku tersebut adalah: suku Batak 19,84% dengan menggunakan 126 sampel, suku Toraja 32,77% dengan 119 sampel, dan suku Jawa 25,47% dengan 106 sampel. Nilai persentase del 9-pb meningkat bila urutan populasi adalah sebagai berikut: suku Batak—suku Jawa—suku Toraja."

"Untuk mengetahui nilai persentasi delegasi 9-pasangan basa (del 9-pb) dan motif Polinesia pada DNA mitokondria populasi suku bugis , kaili Makassar, dan Minahasa telah dilakukan suatu penelitian deskriptif kuantitatif. Metode yang digunakan adalah amplikasi dengan PCR (Polumerase chain reaction), elektroforensis pada gel agrosa, serta pembacaan urutan basa (dideoxy sequencing). DNA diektrasi dari 230 sampel darah (Bugis 38 Sample, Kaili 106 sampel, Makkasar 42 sample, dan Minahassa 44 sampel). Del 9-pb ditemukan pada keempat populasi yang diamati dengan persentasi dalam urutan yang menurun sebagai berikut: Makkasar 26,19%, Kaili 24,53% Bugis 23,68%, dan Minahassa 13,64%. Pembacaan urutan basa 52 sampel yang memiliki del-9pb pada sample DNA di atas menujukan 5 haplotipe bila hanya diamati posisi 16217, 16247,16261 yaitu haplotipe Cac (36,54%), tac (23,08%), CaT (23,08%), taT (9,61%) dan CGT (7,69%). Motif Polinesia (del 9-pb dengan haplotipe CGT) ditemukan pada populasi suku Kaili (11,54%) dan Minahasa (16,67%).Hasil penelitian mendukung data arkeologi dan antropologi yang menyatakan bahwa nenek moyang sebagian penduduk Indonesia berasa dari dataran Asia Selatan yang bermigrasi dalam gelombang besar."

"Perbedaan sifat fisik dari setiap populasi dipengaruhi oleh perbedaan tingkat genetiknya. Salah satu materi genetik yang banyak digunakan untuk mempelajari karakteristik individu dalam populasi adalah DNA mitokondria (mtDNA). Di sisi lain, penentuan profil genetik populasi Indonesia, yang memiliki etnis yang beragam, berdasarkan mtDNA belum pernah dilakukan. Oleh karena itu, penelitian ini bertujuan untuk menentukan profil genetik daerah HVI mtDNA manusia Indonesia. Pada penelitian ini digunakan 239 sampel, yang berasal dari enam populasi di Indonesia. Sampel yang berupa data sekunder urutan mtDNA diperoleh dengan cara diunduh dari situs NCBI dan dari hasil penelitian tim mtDNA Kimia UPI. Proses analisis sampel dilakukan dengan cara membandingkan dengan urutan standar Cambridge (rCRS), pada daerah HVI mtDNA, menggunakan program SeqmanTM versi 4.00 DNASTAR. Hasil analisis menunjukan bahwa mutasi dengan frekuensi tertinggi pada populasi Jawa, Sumatera dan Sulawesi adalah C16223T, sedangkan pada populasi Bali-Nusa Tenggara dan Kalimantan adalah T16189C. Di sisi lain pada populasi Papua, mutasi T16362C merupakan mutasi yang paling banyak muncul. Secara keseluruhan, pada populasi Indonesia terdapat 189 variasi jenis-posisi mutasi, dengan tiga mutasi yang memiliki frekuensi tertinggi yaitu C16223T, T16362C, dan T16189C. Berdasarkan perbandingan ketiga mutasi tersebut dengan marker genetik yang ada di mitomap, diperoleh bahwa ketiganya tidak dapat dikatakan sebagai marker genetik untuk wilayah Indonesia, melainkan Asia"

"Ruang Lingkup dan Cara Penelitian:Beberapa penanda genetik pada DNA mitokondria (mtDNA) seperti: sekuens daerah hipervariabel 1 pada D-Loop mtDNA, susunan polimorfisme situs restriksi gen penyandi pada mtDNA, delesi 9-pb pada daerah intergenik COII/tRNAlys, motif Polinesia dapat digunakan untuk mempelajari karakteristik suatu populasi. Sisa tulang-belulang prasejarah dapat memberikan informasi genetik berkenaan dengan sejarah suatu populasi melalui pendekatan molekul.Secara umum penelitian ini dilakukan untuk mengetahui apakah manusia dari situs Plawangan (Jawa Tengah) dan Gilimanuk (Bali) yang hidup sekitar 2.000 tahun yang lalu merupakan nenek moyang populasi Jawa dan Bali masa kini. Secara spesifik, 1) apakah teknologi isolasi dan amplifikasi yang dikembangkan cukup efektif dipakai pada materi tulang prasejarah yang telah berumur ribuan tahun, 2) menentukan haplotipe mtDNA berdasarkan variasi sekuens daerah hipervariabel I (HVR-1) pada D-Loop mtDNA dan susunan polimorfisme bagian mtDNA lain dengan RFLP kedua situs arkeologi tersebut, 3) apakah terdapat persamaan haplotipe mtDNA antara manusia prasejarah kedua situs dengan manusia masa kini, dan menganalisa haplotipe yang ditemukan dalam kaitannya dengan kekerabatan serta pola migrasi.Untuk menjawab pertanyaan tersebut dilakukan isolasi DNA dari tulang manusia prasejarah dan amplifikasi DNA dengan PCR yang sebelumnya telah dilakukan verifikasi kedua metoda tersebut dengan menggunakan sampel tulang manusia masa kini. Dilakukan pula analisis sekuensing DNA daerah HVR-I pada D-Loop mtDNA sepanjang 519 pb; metoda PCR untuk analisis RFLP, deteksi delesi 9-pb dan identifikasi jenis kelamin dengan penanda gen amelogenin.Hasil dan Kesimpulan:Dari hasil verifikasi metoda isolasi dan amplifikasi, terbukti baik isolasi dengan metoda silica-based purification maupun isolasi fenol/kloroform dapat diaplikasikan pada materi tulang prasejarah dan DNA hasil isolasi dapat diamplifikasi dengan metoda PCR sepanjang kurang dari 500 pb. Keseluruhan informasi genetik menunjukkan manusia yang berasal dari kedua situs mempunyai hubungan kekerabatan yang dekat dan mempunyai kemiripan dengan manusia yang sekarang ada di Jawa dan Bali. Manusia dari kedua situs merupakan keturunan ras Asia (Mongoloid) dengan ciri Polinesia. Identifikasi jenis kelamin menunjukkan bahwa semua sampel tulang prasejarah adalah perempuan."

"ABSTRAKAnalisis DNA mitokondria menggunakan enzim restriksi merupakan salah satu cara yang dapat digunakan untuk menunjukkan hubungan genetic antarpopulasi. Situs restriksi HaeIII pada pasangan basa (pb) 663 (HaeIII663), AluI pada pb 5176 (AluI5176), Ddel pada pb 10394 (Ddel10394), dan AluI pada pb 10397 (AluI10397) merupakan situs-situs restriksi tersebut, tertama presentase situs restriksi Ddel10394 dan AluI10397, pada populasi Minahasa, Kaili, Bugis, dan Makassar. Metode yang digunakan adalah amplifikasi DNA mitokondria dengan polymerase chain rection (PCR), elektroforesis pada gel agarosa atau gel poliakrilamida, dan digesti fragmen DNA mitokondria dengan enzim restriksi. Hasil pengamatan menunjukkan 6 situs restriksi, yaitu HaeIII663, AluI5176, AluI6022, AluI6891, Ddel10394, dan AluI10397. Berdasarkan terdapat atau tidaknya situs restriksi Ddel10394 dan AluI10397, hasil dikelompokkan menjadi 3 haplotipe, yaitu haplotype Ddel10394AluI10397 (+ +), Ddel10394AluI10397 (+ -), dan Ddel10394AluI10397 (- -). Haplotipe Ddel10394AluI10397 (+ +) merupakan yang paling banyak ditemukan pada masing-masing populasi yang diteliti yaitu pada 48,48% sampel Minahasa, 75% sampel Kaili, 53,85% sampel Bugis, dan 62,07% sampel Makassar. "

"Detection of multiplex microsatellite markers in a single capillary array on a laser detection system is traditionally conducted with specific primers that are labelled with fluorescent dyes. An alternative method using fluorescent labels that are appended to 5' end of universal primer M13 instead of to the specific primers offers flexibility in designning multiplex panels and a less expensive method ... "

"Estimasi usia menggunakan metode analisis metilasi DNA merupakan topik yang sedang dikembangkan beberapa tahun terakhir. Gen KCNAB3 dan PRKG2 diduga merupakan dua gen yang memiliki kaitan dengan pertambahan usia seseorang. Estimasi usia merupakan bagian fundamental dalam ilmu forensik, karena estimasi usia diperlukan untuk konfirmasi usia saat hidup maupun identifikasi forensik jenazah ketika terjadi bencana massal. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui apakah gen KCNAB3 dan PRKG2 dapat digunakan untuk melakukan identifikasi forensik di kelompok usia 11-20 tahun pada orang Indonesia. Desain penelitian ini adalah deskriptif cross sectional dengan sampel darah sekunder (archive) yang berasal dari subyek berusia 11-20 tahun yang melakukan pemeriksaan darah di Laboratorium Patologi Klinik RSPAD Gatot Soebroto, Jakarta Pusat. Sampel darah sekunder yang didapatkan dalam tabung EDTA ditransfer ke Laboratorium Biologi Oral untuk penyimpanan dalam refrigerator bersuhu 4oC. Selanjutnya setelah terpenuhi jumlah sampel, sampel tersebut dikirim ke Laboratorium Human Resource IMERI untuk proses isolasi DNA dengan menggunakan kit QIAamp DNA Mini and Blood Mini (Qiagen). Teknik yang digunakan untuk pemeriksaan metilasi DNA adalah teknik Methylation Specific PCR (MSP) dengan kit KOD -Multi&Epi- (Toyobo) setelah sebelumnya didahului konversi bisulfit dengan menggunakan EpiTect Bisulfite Kit (Qiagen). Hasil penelitian ini adalah (1) Tidak terdapat hubungan antara status metilasi DNA gen KCNAB3 dengan usia 11-20 tahun pada orang Indonesia; (2) Tidak terdapat hubungan antara status metilasi DNA gen PRKG2 dengan usia 11-20 tahun pada orang Indonesia; (3) Akurasi gen KCNAB3 untuk melakukan prediksi usia kronologis adalah sebesar +3,91 tahun; dan (4) Akurasi gen PRKG2 untuk melakukan prediksi usia kronologis adalah sebesar +3,93 tahun. Kesimpulan yang dapat diambil dari penelitian ini adalah pemeriksaan metilasi DNA pada gen KCNAB3 dan PRKG2 berpotensi dapat meningkatkan akurasi estimasi usia di rentang usia 11-20 tahun pada orang Indonesia.

---

Age estimation using the DNA methylation analysis method is a topic that is being developed in recent years. The KCNAB3 and PRKG2 genes are thought to be two genes that are associated with increasing age. Age estimation is a fundamental part of forensic science because age estimation is needed to confirm the age at life as well as forensic identification of bodies when a mass disaster occurs. This study aims to determine whether the KCNAB3 and PRKG2 genes can be used to carry out forensic identification in the 11-20 year age group in Indonesians. The design of this study was a descriptive cross-sectional study with archive blood samples from subjects aged 11-20 years who performed blood tests at the Clinical Pathology Laboratory of the Gatot Soebroto Army Hospital, Central Jakarta. Archive blood samples obtained in the EDTA tube were transferred to the Oral Biology Laboratory for storage in the refrigerator at 4oC. Furthermore, after the number of samples is met, the samples are sent to the IMERI Human Resource Laboratory for the DNA isolation process using the QIAamp DNA Mini and Blood Mini (Qiagen) kit. The technique used for DNA methylation examination is the Methylation Specific PCR (MSP) technique with the KOD-Multi & Epi (Toyobo) kit after previously preceded by bisulfite conversion using the EpiTect Bisulfite Kit (Qiagen). The results of this study are (1) There is no relationship between DNA methylation status of the KCNAB3 gene and 11-20 years of age in Indonesians; (2) There is no correlation between DNA methylation status of PRKG2 gene and 11-20 years of age in Indonesians; (3) Accuracy of KCNAB3 gene for chronological age prediction is +3.91 years; and (4) PRKG2 gene accuracy to predict chronological age is +3.93 years. The conclusion that can be drawn from this study is that DNA methylation examination of the KCNAB3 and PRKG2 genes has the potential to increase the accuracy of age estimation in the 11-20 year age range in Indonesians."