Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Telah dilakukan penelitian penapisan senyawa inhibitor dari Actinomycetes terhadap RNA helikase virus Japanese encephalitis (JE). Penelitian dilakukan selama delapan bulan (Februari--September 2006) di Laboratorium Virologi Molekular, Pusat Penelitian (Puslit) Bioteknologi LIPI, Cibinong. Penelitian bertujuan untuk memperoleh isolat-isolat Actinomycetes indigenos Indonesia penghasil inhibitor terhadap RNA helikase virus JE. Plasmid pET-21 b telah membawa gen NS3 helikase virus JE (pET-21 b/JEV ΔNS3) kemudian ditransformasi ke dalam Escherichia coli BL21 (DE3) pLysS. Jumlah supernatan isolat Actinomycetes yang ditapis sebanyak 1.000 supernatan. Penapisan inhibitor RNA helikase dilakukan dengan uji kolorimetrik ATPase.Hasil penapisan menunjukkan sebanyak 730 isolat memiliki persentase inhibisi berkisar 0,180%--49,891%. Sebanyak 339 isolat menunjukkan efek inhibisi 0,180--9,991%, 210 isolat menunjukkan efek inhibisi 10,035--19,688%, 96 isolat memperlihatkan efek inhibisi 20,011-- 29,667%, 56 isolat memiliki efek inhibisi 30,051--39,863%, dan 29 isolat memiliki efek inhibisi 40,144--49,891%. Persentase inhibisi tertinggi diperoleh dari Actinoplanes sp. 5-849, sedangkan persentase inhibisi terendah diperoleh dari Streptomyces sp. 4-700. Hasil inhibisi negatif terhadap RNA helikase virus JE ditunjukkan oleh 270 isolat. Inhibitor yang dihasilkan oleh isolat Actinomycetes indigenos Indonesia mampu menghambat RNA helikase virus JE dengan penghambatan hidrolisis ATP menjadi ADP dan Pi (fosfat inorganik)."

"Japanese encephalitis (JE) merupakan penyakit endemik di Asia, bahkan telah menjadi penyakit hiperendemik di Bali, Indonesia. Keterbatasan vaksin dan belum adanya obat anti virus JE telah menjadi kendala utama dalam mengatasi penyakit tersebut. Salah satu alternatif adalah penemuan kandidat obat berupa inhibitor RNA helikase virus JE.Penelitian bertujuan mengisolasi suatu substansi inhibitor aktivitas ATPase RNA helikase virus JE dari kultur Streptomyces achromogenes (Okami dan Umezawa, 1953). Protein RNA helikase virus JE berfungsi sebagai substrat diekspresikan dari plasmid pET-21b yang telah ditransformasi ke dalam Escherichia coli BL21 (DE3) pLysS. Substansi inhibitor diisolasi dari supernatan S. achromogenes yang telah dikultur selama 3 hari. Supernatan medium kultur menghasilkan persentase inhibisi sebesar 26,8%. Protein inhibitor telah berhasil diisolasi dengan pengendapan amonium sulfat 0--75 %, dialisis, dan kromatografi filtrasi gel menggunakan Sephadex G-50 fine.Uji aktivitas inhibisi dilakukan dengan uji kolorimetrik ATPase dan dianalisis dengan SDS-PAGE 12%. Substansi hasil pengendapan amonium sulfat sebelum dialisis menunjukkan persentase inhibisi sebesar 82,36% dan setelah dialisis sebesar 87,77%. Hasil kromatografi filtrasi gel menunjukkan aktivitas inhibisi tinggi mulai dari fraksi 4--11 dengan aktivitas inhibisi berturutturut 78,89%; 78,59%; 78,08%; 74,59%; 69,09%; 65,58%; 65,85%; 55.13%. Analisis SDS-PAGE hasil isolasi dan pemurnian protein inhibitor menunjukkan substansi protein inhibitor RNA helikase virus JE memiliki berat molekul kurang lebih 37 kDa."

"Japanese encephalitis (JE) merupakan penyakit endemik di Asia,bahkan telah menjadi penyakit hiperendemik di Bali, Indonesia.Keterbatasan vaksin dan belum adanya obat anti virus JE telah menjadikendala utama dalam mengatasi penyakit tersebut. Salah satu alternatifadalah penemuan kandidat obat berupa inhibitor RNA helikase virus JE.Penelitian bertujuan mengisolasi suatu substansi inhibitor aktivitas ATPaseRNA helikase virus JE dari kultur Streptomyces achromogenes (Okami danUmezawa, 1953). Protein RNA helikase virus JE berfungsi sebagai substratdiekspresikan dari plasmid pET-21b yang telah ditransformasi ke dalamEscherichia coli BL21 (DE3) pLysS. Substansi inhibitor diisolasi darisupernatan S. achromogenes yang telah dikultur selama 3 hari. Supernatanmedium kultur menghasilkan persentase inhibisi sebesar 26,8%. Proteininhibitor telah berhasil diisolasi dengan pengendapan amonium sulfat 0--75%, dialisis, dan kromatografi filtrasi gel menggunakan Sephadex G-50 fine.Uji aktivitas inhibisi dilakukan dengan uji kolorimetrik ATPase dan dianalisisdengan SDS-PAGE 12%. Substansi hasil pengendapan amonium sulfatsebelum dialisis menunjukkan persentase inhibisi sebesar 82,36% dansetelah dialisis sebesar 87,77%. Hasil kromatografi filtrasi gel menunjukkanaktivitas inhibisi tinggi mulai dari fraksi 4--11 dengan aktivitas inhibisi berturutturut78,89%; 78,59%; 78,08%; 74,59%; 69,09%; 65,58%; 65,85%; 55.13%.Analisis SDS-PAGE hasil isolasi dan pemurnian protein inhibitor menunjukkan substansi protein inhibitor RNA helikase virus JE memiliki berat molekul kurang lebih 37 kDa."

"Actinomycetes diketahui menghasilkan inhibitor RNA helikase virus Japanese encephalitis (JEV), tetapi belum diketahui menghasilkan inhibitor RNA helikase virus hepatitis C (HCV). Virus hepatitis C satu famili dengan JEV yaitu Flaviviridae. Penelitian bertujuan memperoleh isolat Actinomycetes indigenous Indonesia yang menghasilkan inhibitor RNA helikase HCV. Penelitian dilakukan di Laboratorium Virologi Molekular, Pusat Penelitian Bioteknologi-LIPI, Cibinong selama delapan bulan (Februari> September 2006). Plasmid pET-21b yang telah membawa RNA helikase HCV, ditransformasi ke dalam E. coli BL21(DE3)pLysS. Penapisan inhibitor RNA helikase menggunakan metode kolorimetrik ATPase. Hasil penapisan inhibitor RNA helikase HCV dari Actinomycetes menunjukkan bahwa 784 isolat dari 1.000 isolat Actinomycetes yang digunakan dalam penapisan, menunjukkan hasil inhibisi yang positif, dengan kisaran inhibisi yaitu 0,22-49,22%. Kisaran persentase inhibisi 0,22-19,96% berasal dari 661 isolat, sedangkan kisaran inhibisi 20,00-29,68% diperoleh dari 83 isolat. Sebanyak 29 isolat memperlihatkan kisaran inhibisi 30,04-39,55%, sedangkan 11 isolat menunjukkan kisaran persentase inhibisi 40,30-49,22%. Isolat Actinomycetes yang menunjukkan tidak adanya inhibisi terhadap RNA helikase HCV sebanyak 216 isolat. Persentase inhibisi terbesar (49,22%) diperoleh dari Streptomyces maritimus 4-956, sedangkan persentase inhibisi terkecil (0,22%) diperoleh dari Micromonospora sp. 4-405. Beberapa Actinomycetes mempunyai kemampuan menginhibisi RNA helikase HCV, yaitu dengan cara menghambat hidrolisis ATP menjadi ADP + Pi sehingga RNA helikase tidak mempunyai energi untuk membuka dsRNA."

"Virus Japanese encephalitis (JEV) merupakan virus neuropathogen yang dapat menyebabkan penyakit pada sistem syaraf pusat seperti meningitis dan beberapa encephalitis. Meskipun vaksin telah dikembangkan, sampai saat ini belum ada obat yang spesifik dan efektif yang tersedia. Pada penelitian sebelumnya, telah dilakukanskrining terhadap inhibitor RNA helikase JEV, yaitu suatu enzim yang esensial untuk replikasi virus dari isolat Actinomycetes dan ditemukan bahwa Streptomyces chartreusis dapat menghasilkan inhibitor RNA helikase JEV. Pada studi ini, protein ekstraseluler yang dapat menghambat aktivitas ATPase dari RNA helikase JEV dipurifikasi dari kultur supernatan Streptomyces chartreusis menggunakan pengendapan ammonium sulfat dan kromatografi gel filtrasi. Analisis SDS-PAGEmemperlihatkan pita tunggal dengan perkiraan berat molekul 11,4 kDa, sehingga dapat dikatakan inhibitor telah berhasil dipurifikasi menjadi protein tunggal.

---

Abstractapanese encephalitis virus (JEV) is a neuropathogenic virus commonly caused central nervous diseases such as meningitis and severe encephalitis. Although vaccine has been developed, no specific and effective drug is available so far. We previously carried out a screening of inhibitor of JEV RNA helicase, an enzyme that essentialfor virus replication, from Actinomycetes and found that Streptomyces chartreusis produce the inhibitor of JEV RNA helicase. In this study, an extracellular protein which has inhibition activity on ATPase activity of JEV RNA helicase was purified from supernatant ofStreptomyces chartreusis culture by ammonium sulfate precipitation and size exclusion chromatography. SDS-PAGE analysis showed a singleband with aproximate molecular mass of 11,4 kDa, suggesting that the inhibitor was successfully purified into a single protein."

"Penyakit Demam Berdarah banyak ditemukan di daerah dengan iklim tropis dan subtropis dimana penyakit ini disebabkan oleh virus dengue (DENV) yang ditransmisikan kepada manusia melalui nyamuk. DENV terdiri dari 3 (tiga) protein struktural (capsid (C), premembrane (prM) dan envelope (E)) dan 7 (tujuh) protein non-struktural (NS1, NS2A, NS2B, NS3, NS4A, NS4B dan NS5). Protein NS3 Protease-Helikase pada DENV berperan penting dalam pengolahan poliprotein dan replikasi virus sehingga berpotensi sebagai target dalam proses inhibisi. Dalam penelitian ini, digunakan metode Fragment-Based Drug Discovery (FBDD) untuk penemuan inhibitor DENV NS3 Protease-Helikase yang merupakan senyawa Biogenic yang diperoleh dari database ZINC15. Metode fragment growing untuk modifikasi dilakukan dengan menggunakan Osiris DataWarrior. Simulasi Penambatan Molekul dilakukan dengan menggunakan Molecular Operating Simulator (MOE) pada struktur 3D protein yang diperoleh dari Protein Data Bank (PDB). Melalui simulasi yang dilakukan, diperoleh lima ligan terbaik yang dipilih berdasarkan nilai RMSD, , pKi serta kestabilan interaksi yang terbentuk dengan protein. Uji karakterisitik ADME (Adsorpsi, Distribusi, Metabolisme, Ekskresi), toksisitas dan medicinial chemistry dilakukan pada kandidat obat menggunakan SwissADME, admetSAR, pKCSM, Osiris DataWarrior serta Toxtree. Hasil uji berdasarkan beberapa parameter menunjukkan compound 175 dan compound 72 hasil fragment growing memiliki karakteristik farmakologi yang baik dan sesuai standar pengembangan kandidat obat.

---

Dengue fever commonly found in areas with tropical and subtropical climates where it cause by the dengue virus (DENV) which transmitted to humans through mosquitoes. DENV consists of 3 (three) structural proteins (capsid (C), premembrane (prM) and envelope (E)) and 7 (seven) non-structural proteins (NS1, NS2A, NS2B, NS3, NS4A, NS4B and NS5). Since NS3 Protease-Helicase protein of DENV plays an important role in polyproteins development and viral replication, it is considered as the target of inhibition process. In this study, Fragment-Based Drug Discovery (FBDD) method was used for the discovery of DENV NS3 Protease-Helicase inhibitor where Biogenic compound obtained from ZINC15 database. Fragment growing method for modification was perfomed by using Osiris DataWarrior. Molecular docking process use Molecular Operating Simulator (MOE) on a 3D protein structure which obtained from Protein Data Bank (PDB). Through the simulations, five best ligand were screened based on RMSD, , pKi value and protein-ligan interaction stability. ADME characteristic tests (Adsorption, Distribution, Metabolism, Excretion), toxicity and medicinal chemistry were carried out on drug candidates using SwissADME, admetSAR, pKCSM, Osiris DataWarrior and Toxtree. The test results based on several parameters showed that compound 175 and compound 72 have good pharmacological characteristics in accordance with drugs development standards."

"Dengue merupakan merupakan penyakit infeksi yang disebabkan oleh virus dengue (DENV) dan ditularkan oleh nyamuk dari manusia satu ke manusia lainnya. Saat ini, Indonesia tercatat sebagai negara dengan kasus dengue terbanyak di ASEAN. Pengobatan untuk penyakit dengue saat ini hanyalah berupa terapi pendukung, dan belum tersedia obat antiviral untuk dengue. Dengan demikian, penelitian mengenai obat antiviral terhadap dengue sangat penting, terutama untuk mencegah ledakan wabah. Dalam penelitian ini, pengembangan obat antiviral untuk dengue dilakukan melalui inhibisi celah pengikatan β-OG pada protein envelope DENV menggunakan beberapa analog dari senyawa yang dapat mengikat kantong β-OG tersebut. Senyawa yang digunakan dalam penelitian ini berjumlah 828 senyawa dan seluruhnya ditapis berdasarkan hasil analisis molecular docking, prediksi sifat farmakologis senyawa dan simulasi dinamika molekul. Hasil analisis ketiga tahap tersebut didapatkan ligan terbaik adalah 5-(3,4-dichlorophenyl)-N-[2-(p-tolyl)benzotriazol-5-yl]furan-2-carboxamide yang berpotensi untuk digunakan sebagai kandidat obat antiviral dengue.

---

Dengue is an infectious disease caused by dengue virus (DENV) and transmitted between human hosts by mosquitoes. Nowaday, Indonesia is recorded as a country with the highest cases of dengue in ASEAN. Current treatment for dengue disease is supportive therapy; there is no antiviral drug against dengue available on the market. Therefore, the research about antiviral drug against dengue is very important, especially to prevent the outbreak explosion. In this research, the development of dengue antiviral is conducted through the inhibition of β-OG binding pocket on Envelope protein of DENV by using analogs of β-OG pocket binder. There are 828 compounds used in this study and all of them were screened based on the analysis of molecular docking, pharmacological character prediction of the compounds and molecular dynamics simulation. The result of these analyses revealed the compound that can be used as an antiviral candidate against dengue virus is 5-(3,4-dichlorophenyl)-N-[2-(p-tolyl)benzotriazol-5-yl]furan-2-carboxamide."

"Highly Pathogenic Avian Influenza (HPAI) H5N1 memiliki ancaman kesehatan yang signifikan bagi unggas dan manusia. Infeksi H5N1 di Indonesia merupakan yang tertinggi di dunia, dengan tingkat mortalitas mencapai 83% pada periode 2005-2013. Namun, mutasi yang terjadi pada virus H5N1 menyebabkan virus H5N1 menjadi resisten terhadap agen antiviral komersial, seperti oseltamivir dan zanamivir. Oleh karena itu, diperlukan agen antiviral yang lebih potensial. Pada penelitian ini, dilakukan penapisan virtual senyawa bahan alam flavonoid dari Indonesia sebagai inhibitor neuraminidase virus H5N1. Penapisan dilakukan terhadap 491 senyawa flavonoid yang diperoleh dari HerbalDB. Molecular docking dan dynamics dilakukan dengan menggunakan MOE 2008.10. Prediksi karakter ADMET (Absorpsi, Distribusi, Metabolisme, Ekskresi, Toksisitas), bioaktivitas, bioavailabilitas, farmakologi, serta potensi karsonogenisitas-mutagenisitas juga dilakukan untuk memperoleh kandidat obat terbaik. Penelitian ini menghasilkan kaempferol 3-rhamnosil-(1-3)-rhamnosil-(1-6)-glukosida sebagai kandidat obat terbaik. Studi molecular dynamics menunjukkan bahwa senyawa ini stabil pada 312 K.

---

Highly Pathogenic Avian Influenza (HPAI) H5N1 poses a significant threath for animal and human health worldwide. The number of H5N1 infection in Indonesia is the highest during 2005-2013, with mortality rate up to 83%. Mutation occured in H5N1 strain made it resistant to commercial antiviral agents such as oseltamivir and zanamivir, so more potent antiviral agent is needed. In this study, virtual screening of Indonesian flavonoid as neuraminidase inhibitor of H5N1 was conducted. Total 491 flavonoid compound obtained from HerbalDB were screened. Molecular docking and dynamics were performed using MOE 2008.10. Prediction of ADMET (Absorption, Distribution, Metabolism, Excretion, and Toxicity), bioavailability, bioactivity, and pharmacology character, as well as potency for carcinogenicity and mutagenicity were conducted to obtain the best ligand. This research resulted kaempferol 3-rhamnosyl-(1-3)-rhamnosyl-(1-6)-glucoside as the best drug lead. Molecular dynamics study revealed that this compound was stable at 312 K."

"Influenza A (H1N1) adalah penyakit yang disebabkan oleh infeksi virus Influenza type A subtipe H1N1. Influenza ini telah menjadi masalah kesehatan utama di negara tropis dan subtropis. Virus ini selalu mengalami mutasi dan menjadi resisten terhadap obat-obat yang digunakan. Pada penelitian ini dilakukan penapisan senyawa bioaktif dari famili jahe-jahean (Zingiberaceae) yang dapat berperan sebagai inhibitor neuraminidase virus Influenza melalui pendekatan docking. Hasil evaluasi mengindikasikan bahwa senyawa 1,2-di-O- β-D-glucopyranosyl-4-allylbenzene (BGA) memiliki afinitas dan kemampuan untuk menghambat neuraminidase. Untuk mengetahui interaksi dan kontak residu digunakan senyawa standard zanamivir dan isoliquertigenin. Kontak residu senyawa BGA terhadap neuraminidase terdapat 14 kontak residu dan 8 kontak residu dengan sisi katalitik enzim. Hasil docking menunjukkan bahwa BGA memiliki energi binding dan affinitas yang lebih baik dibandingkan dengan senyawa bioaktif lainnya dan juga dengan standard.

---

Influenza A (H1N1) is a disease caused by infection of Influenza A virus subtype H1N1. It has become a major health problem in tropical and subtropical countries. This virus constantly mutates and consequently drug-resistant strains emerge. In this research, we have conducted docking study to screen bioactive compounds from Zingiberaceae family, which has a role as neuraminidase inhibitor of Influenza A virus.

The docking result identified that 1,2-di-O- β-D-glucopyranosyl-4-allylbenzene (BGA) compound has affinity and ability to inhibit neuraminidase. To understand the interaction and contact residues of complex, we used Zanamivir (ZNM) and Isoliquertigenin (ILG) as standards. There are indications of fourteen contact residues of BGA compound to neuraminidase and eight contact residues of enzyme that formed hydrogen bonds with catalytic site. The docking result showed that BGA has better binding energy and affinity than other bioactive compounds and the standards used."