Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Kanker mulut rahim merupakan penyakit yang disebabkan oleh infeksiHuman papillomavirus, sampai saat ini cara deteksi yang dilakukan melaluipendekatan genomic yaitu deteksi berdasarkan keberadaan genom HPV,misaikan metode Hybrid Capture dan PGR yang berhasil menolong banyaknyawa wanita. Tujuan jangka panjang penelitian ini adalah mencari suatuprotein yang dapat mendeteksi keberadaan HPV sebagai alat deteksi dini.Kanker mulut rahim disebabkan oleh onkoprotein E6 (|an E7 HPV yangmengadakan ikatan dengan tumor suppresor gene sehingga menjadi tidakberfungsi dan akan membuat pembelahan sel menjadi tidak terkontrol.Metode yang digunakan adalah bioinformatik dengan menggunakan datasekuens asam amino onkoprotein HPV dan Juga tumor suppressor gene p53dan pRb yang bisa didapat dari database. Conserved region yangdigunakan adalah tumor suppressor gene p53 dan pRb dari hasil penelitanyang ada kemudian dengan PS! BLAST dicari protein lain yang memilikif jfTjil!3n|35- Pfrj pp^^Tdiambil p^jp^rapg yang similar dan untukmelihat sebarapa besar similiaritasnya dilakukan mplltiple alignment denganClustalW 1.82. Hasil yang didapatkan akan dikembangkan lebih lanjut yangakan digunakan untuk mendeteteksi keberadaan HPV sebagai penyebabutama kanker mulut rahim"

"Kanker mulut rahim adalah Ranker yang paling banyak terjadi diantarasemua jenis kanker yang ada dan merupakan penyebab angka kematlanterbesar di dunia termasuk di Indonesia. Penyebab utama kanker mulut rahimadalah Human Paviloma Vims (HPV), virus yang termasuk dalam kelompokpapova virus. Tindakan yang umum dilakukan pada pencegahan danpengobatan kanker mulut rahim dilakukan dengan mengamati perkembangansel kanker mulut rahim dengan metode pap smear. Perkembangan terakhir/■adalah pengembangan Hybrid Capture, kit pendeteksi kanker mulut rahimdengan memonitoring virus HPV penyebab kanker tersebut yang mendeteksimateri genetik HPV penyebab kanker mulut rahim. Terobosan ini menjadisangat menjanjikan seiring perkembangan bioteknologi dan bioinformatikyang sangat pesat pada tahun-tahun terakhir. Pada penelitian ini dilakukanstudi bioinformatik pada genom HPV dan desain primer yang selektif hanyaterhadap tipe HPV penyebab kanker mulut rahim untuk selanjutnyadigunakan sebagai pengganti probe pada modifikasi Hybrid Capture. Metodeyang digunakan adalah dengan melakukan serangkaian multiple alignmentterhadap genom HPV untuk mencari conserve region spesifik. Conserveregion ini akan digunakan sebagai template perancangan primer. Multiplealignment dilakukan terhadap genom HPV yang terlebih dulu dikelompokkanmenurut tempat hidup virus dan keterkaitan virus dengan kanker mulut rahim.Conserve region hasil multiple alignment dari masing-masing-kelompok kemudian dipisahkan dari sikuens genom totalnya dan selanjutnya dilakukanmultiple alignment terhadap conserve region yang didapat pada masingmasingkelompok HPVuntuk mendapatkan conserve region spesifik.Keseluruhan proses multiple alignment yang dilakukan menghasilkan 6conserve region yang spesifik hanya dimiliki oleh kelompok virus penyebabkanker mulut rahim {genital high-risk cancer dan genital low-risk cancer)dengan ukuran sikuens yang beragam. Kemudian enam conserve regiontersebut digunakan sebagai template perancangan primer spesifik terhadaptipe virus penyebab kanker mulut rahim. Terhadap kandidat primer hasilrancangan menggunakan enam conserve region yang dihasilkan, dilakukanuji selektivitas dengan menggunakan BLAST pada database sehinggadidapatkan satu conserve region terbaik dengan ukuran 117pb yangmenghasilkan 3 primer yang memiliki selektivitas tertinggi diantara kandidatprimer yang didapat."

"Salah satu metode deteksi dini kanker mulut rahim melalui deteksikeberadaan atau infeksi HPVadalah metode Hybrid Capture. Dalampenelitian ini akan dicari primer sebagai pengganti probe dalam rangkamemodifikasi metode Hybrid Capture. Metode yang digunakan adalahmetode bioinformatik. Sekuens genom HPV dari database dibagi menjaditiga kelompok beidasarkan kecenderungannya menyebabkan kanker, dandata dibuat dalam tiga bentuk yaitu genom total, gen E?, dan gen E7.Multiple alignment dilakukan untuk menoari kesamaan antar sekuenstersebut, dan memperoleh conserved area yang akan digunakan sebagaitemplate. Untuk mendapatkan daerah yang spesifik, maka seleksi lebih lanjutterhadap conserved region menggunakan Basic Local Alignment SearchTool (BLAST). Diperoleh empat segmen dengan basil terbaik, yaitu segmen3 dan 27 dari basil alignment genom total High-Risk. segmen 1 dari basilalignment daerah gen E7 High-Risk, dan segmen 4 dari basil alignmentdaerah gen E7 High-Risk + Low Risk. "

"ABSTRAK Saat ini kanker mulut rahim menjadi penyebab kedua kematian banyak wanita di dunia setelah kanker payudara. Penyebab kanker ini terkait dengan Human papillomavirus (HPV) jenis high-risk. Berdasarkan studi epidemiologi, rata-rata wanita di seluruh dunia terkena kanker mulut rahim yang disebabkan oleh HPV tipe 16, 18, 31, dan 45. Tipe-tipe high-risk tersebut mengkode dua gen onkoprotein, yaitu protein E6 dan E7 yang berinteraksi dengan protein penekan tumor dan mengganggu proses replikasi sel inang. Untuk mengurangi terjadinya insidensi kanker mulut rahim, diperlukan suatu tindakan pencegahan dengan cara mengembangkan vaksin. Salah satu jenis vaksin yang tengah dikembangkan ialah Chimeric Virus-like Particles (CVLP). Secara in silico perancangan vaksin ini dilakukan dengan memasukkan asam-asam amino yang diprediksikan menjadi epitopes dari protein L1 HPV 18, 31, dan 45; dan protein E6 dan E7 HPV 16, 18, 31, dan 45 ke dalam sekuens backbone protein L1 HPV 16. Diharapkan vaksin yang dirancang memiliki sifat immunogenic dan mampu untuk merespon sistem imun tubuh terhadap keempat tipe HPV di atas. Untuk mengetahui asam-asam amino yang berpeluang sebagai epitopes, dilakukan prediksi dengan server MULTIPRED, sehingga diketahui posisi epitopes yang dapat berikatan dengan Human Leukocytes Antigens (HLA) dan reseptor T cell dari protein-protein yang digunakan. Digunakan juga server CEP untuk memprediksi epitopes B cell. Sekuens asam amino hasil prediksi yang terdiri atas dua jenis algoritma, disubstitusi dengan asam amino dari backbone L1 HPV 16. Rancangan sekuens hasil substitusi dibandingkan similaritasnya dengan native L1 HPV 16 yang tersedia di protein data bank dengan program BLAST. Hasilnya kedua sekuens CVLP menunjukkan persen identitas sebesar 78%. Untuk melihat bentuk konformasi dari backbone protein yang digunakan dan posisi asam amino yang disubstitusi, digunakan program Swiss-Pdb Viewer (DeepView). Kata kunci: CVLP; epitopes; Human papillomavirus; konformasi protein; vaksin."

"Di negara berkembang kanker mulut rahim merupakan pembunuh nomor satu. Infeksi Human Papillomavirus (HPV) diketahui memiliki hubungan dengan insidensi kanker mulut rahim. HPV dikelompokkan menjadi high risk dan low risk berdasarkan kemampuannya menimbulkan kanker mulut rahim. Dari studi epidemiologi diketahui bahwa di Indonesia HPV yang termasuk high risk adalah HPV-16, -18, dan -52. Untuk menekan insidensi kanker mulut rahim diperlukan tindakan pencegahan berupa vaksinasi menggunakan Chimeric Virus-Like Particle (cVLP) yang merupakan pengembangan Virus-Like Particle (VLP) dengan mensubstitusikan epitope dari protein L1 HPV-18 dan -52 pada protein L1 HPV-16. Prediksi epitope T cell dilakukan dengan server MULTIPRED, sedangkan epitope B cell dengan server Conformational Epitope Prediction (CEP). Visualisasi data struktur protein L1 HPV-16, berupa Protein Data Bank (PDB), serta posisi epitope yang disubstitusikan dilakukan dengan software Swiss-Pdb Viewer (DeepView). Didapat dua sekuen vaksin cVLP yang kemudian diuji kesamaan strukturnya dengan struktur protein L1 HPV-16 native melalui BLAST pada database PDB. Hasil BLAST menunjukkan tingkat kesamaan sebesar 96% dan 94%."

"Kanker mulut rahim merupakan kanker yang menempati urutan kedua di dunia dan pertama di negara berkembang, termasuk di Indonesia. Insidensi kanker ini diketahui memiliki keterkaitan yang erat dengan infeksi Human Papillomavirus (HPV). Tipe HPV sendiri berdasarkan kemampuannya dalam menginduksi kanker mulut rahim digolongkan menjadi low-risk dan high-risk HPV. Di Indonesia, tipe HPV yang bersifat high-risk adalah tipe 16, 18, dan 52. Untuk menekan insidensi kanker mulut rahim di Indonesia, perlu dirancang vaksin chimeric Virus-Like Particle (cVLP) yang bersifat polyvalent dengan cara mensubstitusikan epitope dari protein L1 HPV-18 dan -52 pada backbone protein L1 HPV-16. Prediksi epitope T-cell dilakukan melalui server MULTIPRED, sedangkan untuk epitope B-cell dilakukan melalui server Conformational Epitope Prediction (CEP). Dari prediksi epitope T-cell dan B-cell, didapatkan empat rancangan sekuen vaksin yang dari pengujian similaritas sekuen terhadap protein L1 HPV-16 native melalui BLAST, keempatnya menghasilkan 96% identity. Keempat sekuen vaksin kemudian diprediksi struktur tersiernya melalui homology modelling dengan menggunakan viewer molekuler DeepView/Swiss-Pdb Viewer 3.7 dan server Swiss-Model. Struktur hasil homology modelling kemudian dievaluasi melalui Ramachandran Plot. Hasil evaluasi menunjukkan kualitas keempat struktur vaksin baik, sehingga kemudian keempat struktur vaksin diuji similaritas struktur tersiernya dengan protein L1 HPV native pada database Protein Data Bank (PDB) melalui VAST. Hasil VAST menunjukkan bahwa keempat vaksin memiliki nilai RMSD yang sama yakni 0,1 ?; sehingga dapat dikatakan keempat vaksin secara struktural sama dengan protein L1 HPV-16 native."

"ABSTRAKKanker mulut rahim merupakan kanker terbanyak yang di derita oleh parawanita dan menduduki urutan pertama dari sepuluh jenis kanker dl Indonesia.Kanker inl disebabkan oleh infeksl Human Papillomavirus (HPV). Dalamkemampuannya memlcu kanker mulut rahim, HPV digolongkan menjadi duatipe yaitu tipe high-risk dan tipe low-risk. Tipe HPV yang termasuk high-riskdi dunia adalah tipe 16, 18, 31, dan 45, sedangkan di Indonesia adalah tipe16, 18, dan 52. Untuk mengurangi tingginya insiden kanker mulut rahim yangterjadi, perlu dikembangkan tindakan pencegahan dengan merancang suatuvaksin. Jenis vaksin yang tengah dikembangkan adalah vaksin chimericVirus-like Particle yang mempunyai sifat polyvalent dengan caramensubstitusikan epitope-epitope dari protein LI HPV 18, 31, 45, dan 52 kedalam protein backbone 11 HPV 16. Vaksin ini diharapkan dapat memicurespon imunitas terhadap kelima tipe HPV tersebut. Untuk memprediksiepitope T-cell digunakan server MULTIPRED dengan kedua metodealgoritma. Artificial Neural Network dan Hidden Markov Model. Sedangkan untuk memprediksi epitope B-cell dlgunakan server Conformational EpitopePrediction (CEP). Hasil rancangan vaksin dilakuikan pembandingansimilaritas dengan protein database dengan server BLAST dan didapat 91%identity. Struktur vaksin cVLP divisuallsasikan dan dilakukan homologymodeling dengan menggunakan program Swiss-PdbViewer/DeepView. Darlhasil evaluasi menggunakan Ramachandran Plot dan metode VAST didapatstruktur tersier vaksin memiliki kesamaan struktur dengan protein database11 HPV 16 yaitu 92% identity. Hal ini menunjukkan bahwa vaksin yangdirancang mempunyai kualitas yang cukup baik dan dapat digunakan sebagaivaksin"

"Kanker servik (mulut rahim) merupakan salah satu penyebab utama kematian wanita yang berhubungan dengan kanker. Diperkirakan terjadi sekitar 500.000 kanker servik baru dan 274.000 kematian setiap tahunnya di dunia dan ± 80% terjadi di negara - negara berkembang. Di Indonesia, insidensi kanker mulut rahim merupakan kanker penyebab kematian Modifikasi hybrid..., Sinta Ria Rahman, FMIPA UI, 2009 nomor satu dari seluruh kanker yang menyerang wanita. Dengan mempertimbangkan tingginya angka kejadian dan mortalitas kanker servik, maka dibutuhkan upaya prevensi untuk menekan insidensi seperti deteksi dini kanker mulut rahim melalui metode hybrid capture. Tahapan yang penting dari metode hybrid capture adalah hibridisasi DNA target dengan RNA probe. Perbaikan hibridisasi DNA-RNA akan meningkatkan efektivitas metode hybrid capture.Untuk itu perlu dirancang probe RNA yang spesifik dengan DNA target dengan cara sequence alignment HPV 16, 18, 52 daerah gen L1 dan HPV 16,18,52 daerah gen L2 untuk mencari kesamaan antar sekuens dan memperoleh conserved region sebagai kandidat probe. Untuk mendapatkan daerah yang spesifik, maka dilakukan seleksi lebih lanjut terhadap conserved region menggunakan Basic Local Alignment Search Tool (BLAST). Hasilnya diperoleh 2 region terbaik untuk HPV hasil alignment daerah gen L1 dan 7 region terbaik untuk HPV hasil alignment daerah gen L2 yang kemudian ke 9 region terbaik ini ditranskripsi ke RNA.

---

Cervical cancer is the main causes of womens death. About 500.000 new cervical cancer and 274.000 women?s died every year in the World. About 80% incidence of this cancer is first occupying in developing countries, especially in Indonesia. Considering about highest mortality of this cervical cancer, we need to depress on incidence, with hybrid capture method for early detected about the cervical cancer. The main steps of a method is hybridization of DNA target with RNA probe. To increase evectivity of hybrid capture method doing by repairing DNA-RNA hybridization.

Therefore, we need to designed RNA probe within specific DNA target by means of sequence alignment HPV 16, 18, 52 of gene L1 and HPV 16, 18, 52 of gene L2 to provides similarity sequence and conserved region as probe's. Finding a specific region is done through selection using BLAST. 2 region are determined by HPV L1 and 7 region by HPV L2. Finally, the results are transcripted to RNA."

"Kanker serviks merupakan salah satu jenis kanker yang paling umum dialami oleh wanita di seluruh dunia. Penyebab utama kanker serviks adalah human papillomavirus (HPV), yaitu virus DNA untai ganda yang menginfeksi epitelium squamous pada sistem reproduksi dan epitelium mukosa pada laring, tonsil, serta orofaring. Lebih dari 95% dari kasus kanker serviks yang ada di dunia disebabkan oleh HPV serotipe 16 dan 18. HPV tipe resiko tinggi mengkode 2 protein onkogenis, yaitu E6 dengan target inhibisi p53 dan E7 dengan target inhibisi protein retinoblasma (pRB). Aktivitas inhibisi dari kedua protein tersebut akan menghasilkan sel kanker. Derivat isoflavon telah terbukti dapat menginhibisi protein E6 dan E7. Isoflavon merupakan senyawa alam yang terdapat dalam tumbuhan, terutama kacang kedelai dan memiliki sifat antioksidan, anti-kanker, antimikroba, dan sifat anti-inflamasi. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi senyawa bahan alam isoflavon sebagai inhibitor protein E6 E7 pada virus HPV serotipe 16 dan 18 secara in silico, menganalisis interaksi antara protein E6 E7dengan ligan senyawa bahan alam isoflavon, dan menjelaskan proses farmakokinetika yang meliputi proses Absorpsi, Distribusi, Metabolisme, dan Ekskresi (ADME). Selain itu, akan dijelaskan pula toksisitas ligan senyawa bahan alam isoflavon. Hasil penelitian membuktikan bahwa senyawa bahan alam isoflavon dapat menginhibisi protein E6 E7 serotipe 16 dan 18, yang dibuktikan berdasarkan nilai RMSD dan G.

---

Cervical cancer is one of the most common types of cancer experienced by women around the world. The primary cause of cervical cancer is the human papillomavirus (HPV), a multiple-stranded DNA virus that infects the squamous epithelium of the reproductive system and the mucous epithelia of the larynx, tonsils, and oropharynx. More than 95% of cervical cancer cases worldwide are caused by HPV serotypes 16 and 18. The high-risk type of HPV codes two oncogenic proteins, namely E6 with p53 inhibition targets and E7 with retinoblasm protein inhibitions targets. (pRB). The inhibitory activity of both proteins will produce cancer cells. Isoflavone derivatives have been shown to inhibit E6 and E7 proteins. Isoflavones are natural compounds found in plants, especially soybeans and have antioxidant, anti-cancer, antimicrobial, and anti-inflammatory properties. The study aims to identify the compound of the natural ingredient isoflavone as an inhibitor of the protein E6 E7 in serotype 16 and 18 HPV viruses in silico, to analyse the interaction between the E6 protein E7 and the ligan of compounds of natural ingredients isoflavone, and to explain the pharmacokinetic processes that include the processes of Absorption, Distribution, Metabolism, and Extrusion (ADME). The results of this study prove that the natural compound isoflavone can inhibit the E6 E7 proteins serotypes 16 and 18, which is proven by RMSD and G binding values."

"Salah satu metode clustering yang banyak digunakan karena unggul dari sisi kestabilannya adalah metode Self Organizing Map. Pada tesis ini dibahas penggunaan metode SOM pada DNA Human Papillomavirus (HPV) yang menjadi penyebab utama penyakit kanker serviks, yaitu penyakit kanker yang menempati urutan pertama di negara berkembang. DNA HPV yang digunakan adalah sebanyak 18 buah yang diambil berdasarkan complete genome terbaru. Dengan menggunakan program berbasis opensource R, proses clustering berhasil mengelompokkan 18 tipe HPV ke dalam dua buah cluster berbeda, yang terdiri dari 2 tipe HPV di cluster pertama sementara 16 tipe HPV lainnya di cluster ke dua. Hasil analisis 18 tipe HPV adalah berdasarkan tingkat keganasannya, atau tingkat kesulitan dalam penyembuhannya. Dua di antara tipe HPV yang berada di cluster pertama tergolong jenis HPV jinak, sementara 16 tipe HPV yang berada di cluster ke dua tergolong jenis HPV ganas.

---

One of the most widely used clustering method, since it has advantage on its robustness is Self Organizing Map (SOM) method. This thesis discusses the application of SOM method on Human Papillomavirus (HPV) DNA which is a main cause of cervical cancer disease, the most dangerous cancer in developing countries. We use 18 types of HPV DNA based on the newest complete genome. By using open-source-based program R, clustering process can separate 18 types of HPV into two different clusters. There are two types of HPV in the first cluster while 16 others in the second cluster. The Analyzing result of 18 types HPV based on the malignancy of the virus (the difficultness to cure). Two of HPV types the first cluster can be classified as tame HPV, while 16 others in the second cluster are classified as vicious HPV."