Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"ABSTRAK Saat ini kanker mulut rahim menjadi penyebab kedua kematian banyak wanita di dunia setelah kanker payudara. Penyebab kanker ini terkait dengan Human papillomavirus (HPV) jenis high-risk. Berdasarkan studi epidemiologi, rata-rata wanita di seluruh dunia terkena kanker mulut rahim yang disebabkan oleh HPV tipe 16, 18, 31, dan 45. Tipe-tipe high-risk tersebut mengkode dua gen onkoprotein, yaitu protein E6 dan E7 yang berinteraksi dengan protein penekan tumor dan mengganggu proses replikasi sel inang. Untuk mengurangi terjadinya insidensi kanker mulut rahim, diperlukan suatu tindakan pencegahan dengan cara mengembangkan vaksin. Salah satu jenis vaksin yang tengah dikembangkan ialah Chimeric Virus-like Particles (CVLP). Secara in silico perancangan vaksin ini dilakukan dengan memasukkan asam-asam amino yang diprediksikan menjadi epitopes dari protein L1 HPV 18, 31, dan 45; dan protein E6 dan E7 HPV 16, 18, 31, dan 45 ke dalam sekuens backbone protein L1 HPV 16. Diharapkan vaksin yang dirancang memiliki sifat immunogenic dan mampu untuk merespon sistem imun tubuh terhadap keempat tipe HPV di atas. Untuk mengetahui asam-asam amino yang berpeluang sebagai epitopes, dilakukan prediksi dengan server MULTIPRED, sehingga diketahui posisi epitopes yang dapat berikatan dengan Human Leukocytes Antigens (HLA) dan reseptor T cell dari protein-protein yang digunakan. Digunakan juga server CEP untuk memprediksi epitopes B cell. Sekuens asam amino hasil prediksi yang terdiri atas dua jenis algoritma, disubstitusi dengan asam amino dari backbone L1 HPV 16. Rancangan sekuens hasil substitusi dibandingkan similaritasnya dengan native L1 HPV 16 yang tersedia di protein data bank dengan program BLAST. Hasilnya kedua sekuens CVLP menunjukkan persen identitas sebesar 78%. Untuk melihat bentuk konformasi dari backbone protein yang digunakan dan posisi asam amino yang disubstitusi, digunakan program Swiss-Pdb Viewer (DeepView). Kata kunci: CVLP; epitopes; Human papillomavirus; konformasi protein; vaksin."

"Kanker mulut rahim merupakan penyakit yang disebabkan oleh infeksiHuman papillomavirus, sampai saat ini cara deteksi yang dilakukan melaluipendekatan genomic yaitu deteksi berdasarkan keberadaan genom HPV,misaikan metode Hybrid Capture dan PGR yang berhasil menolong banyaknyawa wanita. Tujuan jangka panjang penelitian ini adalah mencari suatuprotein yang dapat mendeteksi keberadaan HPV sebagai alat deteksi dini.Kanker mulut rahim disebabkan oleh onkoprotein E6 (|an E7 HPV yangmengadakan ikatan dengan tumor suppresor gene sehingga menjadi tidakberfungsi dan akan membuat pembelahan sel menjadi tidak terkontrol.Metode yang digunakan adalah bioinformatik dengan menggunakan datasekuens asam amino onkoprotein HPV dan Juga tumor suppressor gene p53dan pRb yang bisa didapat dari database. Conserved region yangdigunakan adalah tumor suppressor gene p53 dan pRb dari hasil penelitanyang ada kemudian dengan PS! BLAST dicari protein lain yang memilikif jfTjil!3n|35- Pfrj pp^^Tdiambil p^jp^rapg yang similar dan untukmelihat sebarapa besar similiaritasnya dilakukan mplltiple alignment denganClustalW 1.82. Hasil yang didapatkan akan dikembangkan lebih lanjut yangakan digunakan untuk mendeteteksi keberadaan HPV sebagai penyebabutama kanker mulut rahim"

"Di negara berkembang kanker mulut rahim merupakan pembunuh nomor satu. Infeksi Human Papillomavirus (HPV) diketahui memiliki hubungan dengan insidensi kanker mulut rahim. HPV dikelompokkan menjadi high risk dan low risk berdasarkan kemampuannya menimbulkan kanker mulut rahim. Dari studi epidemiologi diketahui bahwa di Indonesia HPV yang termasuk high risk adalah HPV-16, -18, dan -52. Untuk menekan insidensi kanker mulut rahim diperlukan tindakan pencegahan berupa vaksinasi menggunakan Chimeric Virus-Like Particle (cVLP) yang merupakan pengembangan Virus-Like Particle (VLP) dengan mensubstitusikan epitope dari protein L1 HPV-18 dan -52 pada protein L1 HPV-16. Prediksi epitope T cell dilakukan dengan server MULTIPRED, sedangkan epitope B cell dengan server Conformational Epitope Prediction (CEP). Visualisasi data struktur protein L1 HPV-16, berupa Protein Data Bank (PDB), serta posisi epitope yang disubstitusikan dilakukan dengan software Swiss-Pdb Viewer (DeepView). Didapat dua sekuen vaksin cVLP yang kemudian diuji kesamaan strukturnya dengan struktur protein L1 HPV-16 native melalui BLAST pada database PDB. Hasil BLAST menunjukkan tingkat kesamaan sebesar 96% dan 94%."

"Kanker mulut rahim merupakan kanker yang menempati urutan kedua di dunia dan pertama di negara berkembang, termasuk di Indonesia. Insidensi kanker ini diketahui memiliki keterkaitan yang erat dengan infeksi Human Papillomavirus (HPV). Tipe HPV sendiri berdasarkan kemampuannya dalam menginduksi kanker mulut rahim digolongkan menjadi low-risk dan high-risk HPV. Di Indonesia, tipe HPV yang bersifat high-risk adalah tipe 16, 18, dan 52. Untuk menekan insidensi kanker mulut rahim di Indonesia, perlu dirancang vaksin chimeric Virus-Like Particle (cVLP) yang bersifat polyvalent dengan cara mensubstitusikan epitope dari protein L1 HPV-18 dan -52 pada backbone protein L1 HPV-16. Prediksi epitope T-cell dilakukan melalui server MULTIPRED, sedangkan untuk epitope B-cell dilakukan melalui server Conformational Epitope Prediction (CEP). Dari prediksi epitope T-cell dan B-cell, didapatkan empat rancangan sekuen vaksin yang dari pengujian similaritas sekuen terhadap protein L1 HPV-16 native melalui BLAST, keempatnya menghasilkan 96% identity. Keempat sekuen vaksin kemudian diprediksi struktur tersiernya melalui homology modelling dengan menggunakan viewer molekuler DeepView/Swiss-Pdb Viewer 3.7 dan server Swiss-Model. Struktur hasil homology modelling kemudian dievaluasi melalui Ramachandran Plot. Hasil evaluasi menunjukkan kualitas keempat struktur vaksin baik, sehingga kemudian keempat struktur vaksin diuji similaritas struktur tersiernya dengan protein L1 HPV native pada database Protein Data Bank (PDB) melalui VAST. Hasil VAST menunjukkan bahwa keempat vaksin memiliki nilai RMSD yang sama yakni 0,1 ?; sehingga dapat dikatakan keempat vaksin secara struktural sama dengan protein L1 HPV-16 native."

"Kanker servik (mulut rahim) merupakan salah satu penyebab utama kematian wanita yang berhubungan dengan kanker. Diperkirakan terjadi sekitar 500.000 kanker servik baru dan 274.000 kematian setiap tahunnya di dunia dan ± 80% terjadi di negara - negara berkembang. Di Indonesia, insidensi kanker mulut rahim merupakan kanker penyebab kematian Modifikasi hybrid..., Sinta Ria Rahman, FMIPA UI, 2009 nomor satu dari seluruh kanker yang menyerang wanita. Dengan mempertimbangkan tingginya angka kejadian dan mortalitas kanker servik, maka dibutuhkan upaya prevensi untuk menekan insidensi seperti deteksi dini kanker mulut rahim melalui metode hybrid capture. Tahapan yang penting dari metode hybrid capture adalah hibridisasi DNA target dengan RNA probe. Perbaikan hibridisasi DNA-RNA akan meningkatkan efektivitas metode hybrid capture.Untuk itu perlu dirancang probe RNA yang spesifik dengan DNA target dengan cara sequence alignment HPV 16, 18, 52 daerah gen L1 dan HPV 16,18,52 daerah gen L2 untuk mencari kesamaan antar sekuens dan memperoleh conserved region sebagai kandidat probe. Untuk mendapatkan daerah yang spesifik, maka dilakukan seleksi lebih lanjut terhadap conserved region menggunakan Basic Local Alignment Search Tool (BLAST). Hasilnya diperoleh 2 region terbaik untuk HPV hasil alignment daerah gen L1 dan 7 region terbaik untuk HPV hasil alignment daerah gen L2 yang kemudian ke 9 region terbaik ini ditranskripsi ke RNA.

---

Cervical cancer is the main causes of womens death. About 500.000 new cervical cancer and 274.000 women?s died every year in the World. About 80% incidence of this cancer is first occupying in developing countries, especially in Indonesia. Considering about highest mortality of this cervical cancer, we need to depress on incidence, with hybrid capture method for early detected about the cervical cancer. The main steps of a method is hybridization of DNA target with RNA probe. To increase evectivity of hybrid capture method doing by repairing DNA-RNA hybridization.

Therefore, we need to designed RNA probe within specific DNA target by means of sequence alignment HPV 16, 18, 52 of gene L1 and HPV 16, 18, 52 of gene L2 to provides similarity sequence and conserved region as probe's. Finding a specific region is done through selection using BLAST. 2 region are determined by HPV L1 and 7 region by HPV L2. Finally, the results are transcripted to RNA."

"ABSTRAKKanker mulut rahim merupakan kanker terbanyak yang di derita oleh parawanita dan menduduki urutan pertama dari sepuluh jenis kanker dl Indonesia.Kanker inl disebabkan oleh infeksl Human Papillomavirus (HPV). Dalamkemampuannya memlcu kanker mulut rahim, HPV digolongkan menjadi duatipe yaitu tipe high-risk dan tipe low-risk. Tipe HPV yang termasuk high-riskdi dunia adalah tipe 16, 18, 31, dan 45, sedangkan di Indonesia adalah tipe16, 18, dan 52. Untuk mengurangi tingginya insiden kanker mulut rahim yangterjadi, perlu dikembangkan tindakan pencegahan dengan merancang suatuvaksin. Jenis vaksin yang tengah dikembangkan adalah vaksin chimericVirus-like Particle yang mempunyai sifat polyvalent dengan caramensubstitusikan epitope-epitope dari protein LI HPV 18, 31, 45, dan 52 kedalam protein backbone 11 HPV 16. Vaksin ini diharapkan dapat memicurespon imunitas terhadap kelima tipe HPV tersebut. Untuk memprediksiepitope T-cell digunakan server MULTIPRED dengan kedua metodealgoritma. Artificial Neural Network dan Hidden Markov Model. Sedangkan untuk memprediksi epitope B-cell dlgunakan server Conformational EpitopePrediction (CEP). Hasil rancangan vaksin dilakuikan pembandingansimilaritas dengan protein database dengan server BLAST dan didapat 91%identity. Struktur vaksin cVLP divisuallsasikan dan dilakukan homologymodeling dengan menggunakan program Swiss-PdbViewer/DeepView. Darlhasil evaluasi menggunakan Ramachandran Plot dan metode VAST didapatstruktur tersier vaksin memiliki kesamaan struktur dengan protein database11 HPV 16 yaitu 92% identity. Hal ini menunjukkan bahwa vaksin yangdirancang mempunyai kualitas yang cukup baik dan dapat digunakan sebagaivaksin"

"Kanker serviks merupakan salah satu jenis kanker yang paling umum dialami oleh wanita di seluruh dunia. Penyebab utama kanker serviks adalah human papillomavirus (HPV), yaitu virus DNA untai ganda yang menginfeksi epitelium squamous pada sistem reproduksi dan epitelium mukosa pada laring, tonsil, serta orofaring. Lebih dari 95% dari kasus kanker serviks yang ada di dunia disebabkan oleh HPV serotipe 16 dan 18. HPV tipe resiko tinggi mengkode 2 protein onkogenis, yaitu E6 dengan target inhibisi p53 dan E7 dengan target inhibisi protein retinoblasma (pRB). Aktivitas inhibisi dari kedua protein tersebut akan menghasilkan sel kanker. Derivat isoflavon telah terbukti dapat menginhibisi protein E6 dan E7. Isoflavon merupakan senyawa alam yang terdapat dalam tumbuhan, terutama kacang kedelai dan memiliki sifat antioksidan, anti-kanker, antimikroba, dan sifat anti-inflamasi. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi senyawa bahan alam isoflavon sebagai inhibitor protein E6 E7 pada virus HPV serotipe 16 dan 18 secara in silico, menganalisis interaksi antara protein E6 E7dengan ligan senyawa bahan alam isoflavon, dan menjelaskan proses farmakokinetika yang meliputi proses Absorpsi, Distribusi, Metabolisme, dan Ekskresi (ADME). Selain itu, akan dijelaskan pula toksisitas ligan senyawa bahan alam isoflavon. Hasil penelitian membuktikan bahwa senyawa bahan alam isoflavon dapat menginhibisi protein E6 E7 serotipe 16 dan 18, yang dibuktikan berdasarkan nilai RMSD dan G.

---

Cervical cancer is one of the most common types of cancer experienced by women around the world. The primary cause of cervical cancer is the human papillomavirus (HPV), a multiple-stranded DNA virus that infects the squamous epithelium of the reproductive system and the mucous epithelia of the larynx, tonsils, and oropharynx. More than 95% of cervical cancer cases worldwide are caused by HPV serotypes 16 and 18. The high-risk type of HPV codes two oncogenic proteins, namely E6 with p53 inhibition targets and E7 with retinoblasm protein inhibitions targets. (pRB). The inhibitory activity of both proteins will produce cancer cells. Isoflavone derivatives have been shown to inhibit E6 and E7 proteins. Isoflavones are natural compounds found in plants, especially soybeans and have antioxidant, anti-cancer, antimicrobial, and anti-inflammatory properties. The study aims to identify the compound of the natural ingredient isoflavone as an inhibitor of the protein E6 E7 in serotype 16 and 18 HPV viruses in silico, to analyse the interaction between the E6 protein E7 and the ligan of compounds of natural ingredients isoflavone, and to explain the pharmacokinetic processes that include the processes of Absorption, Distribution, Metabolism, and Extrusion (ADME). The results of this study prove that the natural compound isoflavone can inhibit the E6 E7 proteins serotypes 16 and 18, which is proven by RMSD and G binding values."

"Kanker mulut rahim merupakan kanker yang menempati urutan kedua di dunia dan pertama di negara berkembang, termasuk di Indonesia. Insidensi kanker ini diketahui memiliki keterkaitan yang erat dengan infeksi Human Papillomavirus (HPV). Tipe HPV berdasarkan kemampuannya dalam menginduksi kanker mulut rahim digolongkan menjadi low-risk dan high-risk HPV. Di Indonesia, tipe HPV yang bersifat high risk adalah tipe 16, 18, dan 52. Untuk menekan insidensi kanker mulut rahim di Indonesia, perlu dirancang vaksin chimeric Virus-like Particle (cVLP) yang bersifat polyvalent dengan cara merancang plasmid dan host berbasis protein kapsid L1 melalui prediksi epitope model algoritma Hidden Markov Model (HMM). Studi in-silico dilakukan untuk menentukan sekuens DNA cVLP HMM1 dan HMM2, kemudian dibuat suatu rancangan DNA rekombinan dengan menggunakan plasmid pUC19 dengan menyisipkan sekuens DNA HMM1 dan HMM2 menggunakan enzim restriksi BamH1, EcoR1 dan HindIII, yang dapat mengekspresikan vaksin cVLP tersebut ke dalam host. Prediksi analisis modifikasi pasca translasi dilakukan agar dapat menentukan host yang sesuai untuk ekspresi cVLP HMM1 dan HMM2. Hasil penelitian secara insilico menunjukkan bahwa hasil modifikasi pasca translasi yang terjadi hanya N-glikosilasi. Persentase host yang diprediksikan sesuai untuk ekspresi HMM1 dan HMM2 yang direkomendasikan SuggestES adalah sel mamalia sebesar 64,66% dan 66,67%, dan sel E.coli sebesar 35,34%, dan 33,33%. "

"Masih tingginya penderita kanker serviks dan keterbatasan vaksin profilaktik yang tidak memiliki efek terapeutik mendorong dikembangkannya vaksin Human Papillomavirus HPV yang bersifat terapeutik. Salah satu protein Human Papillomavirus HPV yang berpotensi sebagai vaksin terapeutik yaitu protein E6. Protein E6 yang bersifat alamiah diperlukan sebagai kontrol dalam uji keamanan vaksin. Studi ini bertujuan untuk mengekspresikan gen E6 yang sebelumnya telah diklona pada vektor pGEX-6P-1. Verifikasi plasmid rekombinan E6 dilakukan dengan elektroforesis gel agarosa, double digest, dan sekuensing. Ekspresi protein dilakukan pada sistem ekspresi prokariota yaitu Escherichia coli BL21-CodonPlus DE3. Ekspresi protein dilakukan pada suhu 37 C dan diinduksi IPTG dengan konsentrasi akhir 0,2 mM, 0,4 mM, dan 1 mM. Protein yang telah diperoleh divisualisasi dengan SDS-PAGE 12 dan dikarakterisasi dengan western blot. Analisis menggunakan perangkat lunak genscript menunjukan bahwa ekspresi protein E6 memiliki laju ekspresi yang rendah dengan nilai Codon Adaptation Index CAI 0,57, kandungan GC 38,56, dan Codon Frequency Distribution CFD 20 . Keberadaan protein E6 dideteksi dengan western blot menggunakan antibodi poliklonal dan hasil western blot menunjukkan adanya protein E6 berukuran 44 kDa.

---

The high prevalence of cervical cancer and the limited prophylactic vaccine that does not have a therapeutic effect encourage the development of the therapeutic Human Papillomavirus HPV vaccine. One of the proteins of Human Papillomavirus HPV which is potential as a therapeutic vaccine is E6 protein. A natural E6 protein is required as a control in vaccine safety testing. This study aims to express the previously cloned E6 gene in the pGEX 6P 1 vector. Verification of recombinant plasmid E6 was performed with agarose gel electrophoresis, double digest, and sequencing. Protein expression was performed on the prokaryotic expression system Escherichia coli BL21 CodonPlus DE3. Protein expression was performed at 37 C and induced with IPTG with a final concentration of 0.2 mM, 0.4 mM, and 1 mM and was characterized by western blot. The obtained protein was visualized with SDS PAGE 12. Analysis using genscript software showed that E6 protein expression had low expression rate with Codon Adaptation Index CAI 0,57, GC content 38,56, and Codon Frequency Distribution CFD 20. The presence of E6 protein was detected by western blot using polyclonal antibody and the western blot result indicated the presence of E6 protein at 44 kDa."