Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"DNA polimerase merupakan enzim yang mampu menyintesis DNA komplemen dari sebuah untaian DNA induk. Enzim ini diproduksi oleh seluruh mahluk hidup, namun jenis yang tahan panas lebih lazim digunakan karena cenderung tidak mengalami denaturasi dalam proses polymerase chain reaction (PCR). Enzim ini dapat diperoleh dengan mengisolasi langsung dari bakteri asal maupun membuat gen rekombinan dan mentransformasikannya ke dalam inang yang lebih mudah dikultur. Tujuan utama dari penelitian ini adalah memperoleh enzim ini dengan metode rekombinan dengan memanfaatkan bakteri inang Escherichia coli. Produksi DNA polimerase rekombinan didasarkan pada bakteri termofilik Geobacillus thermoleovorans dari permandian air panas Batu Kuwung, Serang, Banten yang telah sebelumnya diisolasi dan melalui proses whole genome sequence. DNA polimerase yang dibuat gen rekombinan adalah DNA pol I yang diketahui memiliki fidelitas rendah. Gen DNA polimerase dari Geobacillus thermoleovorans dikloning ke dalam plasmid pET23d baik gen utuh (2637 bp) maupun parsial (1737 bp). Gen DNA pol I menjadi target untuk proses polymerase chain reaction (PCR) untuk diperbanyak sebelum di potong dengan menggunakan enzim restriksi NcoI dan BamHI. Gen yang telah dipotong lalu di masukkan ke dalam plasmid pET23d yang telah dipotong dengan enzim restriksi yang sama. Plasmid yang telah didapatkan di transformasikan ke dalam Escherichia coli BL21 untuk pengujian ekspresi proteinnya. Hasil analisis dengan menggunakan PCR menunjukkan bahwa gen DNA pol I baik utuh maupun parsial berhasil dikloning ke dalam plasmid pET23d. Keberhasilan dari proses kloning yang dilakukan juga dibuktikan dari hasil uji ekspresi secara intraseluler protein rekombinan DNA pol I pada E. coli. Hal ini mengindikasikan bahwa gen DNA pol I dari Geobacillus thermoleovorans pemandian air panas Batu Kuwung, Serang, Banten berhasil di kloning dan diekspresikan di E. coli.

---

DNA polymerase is an enzyme that synthesizes complement DNA according to single strand template DNA. This enzyme is produced in all living organism, but the thermostabile ones are more favoured because less prone to denaturation in polymerase chain reaction (PCR). The enzyme can be acquired by isolating the enzyme from the native bacteria or manufacturing recombinant gene then insert it into a host that is easier to be cultivated. The main purpose of this study is to acquire the enzyme by manufacturing recombinant gene and utilizing Escherichia coli as the host. The recombinant DNA polymerase manufacturing is based on thermophilic bacteria Geobacillus thermoleovorans from Batu Kuwung Hotspring, Serang, Banten which has been previously isolated and went through whole genome sequence process. DNA polymerase that will be produced is DNA pol I that is known has low fidelity. There are two genes that are cloned into pET23d vector, such as full gene (2637 bp) and partial gene (1737 bp). DNA pol I gene is the subject to polymerase chain reaction (PCR) to amplify before being cut with restriction enzymes of NcoI and BamHI. The cut genes then are inserted into pET23d that is also cut with the same enzymes. The acquired plasmids then is transformed into Escherichia coli BL21 for protein expression assay. PCR analysis shows that the DNA pol I both full and partial are successfully cloned into pET23d. The successes are also supported from intercellular DNA pol I protein test expression assay in E. coli. This foundings indicate that the DNA pol I from Geobacillus thermoleovorans isolated from Batu Kuwung hot spring, Serang, Banten, is successfully cloned and expressed by E. coli."

"Salah satu bakteri penyebab diare yang sering ditemui adalah galurEnterotoxigenic Escherichia coli (ETEC). Uji biokimia dan penentuanserotipe tidak dapat membedakan galur ETEC dengan galur Escherichia colinonpatogenik. Oleh karena itu penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasiETEC menggunakan faktor virulensinya yaitu enterotoksin heat-labile (LT).Metode yang diaplikasikan untuk identifikasi enterotoksin LT adalahPolymerase Chain Reaction (PCR) multipleks karena metode ini tidak hanyasensitif, spesifik, cepat, tetapi juga praktis karena mampu mengidentifikasigen LT bersamaan dengan gen toksin lainnya yaitu gen enterotoksin heatstable(ST). Setelah diidentifikasi, sampel positif ETEC-LT ditentukanprevalensi dan pola infeksi musimannya. Selain itu, ditentukan pulaperbedaan prevalensi ETEC-LT pada kelompok kasus-kontrol, kategori umur,kategori jenis kelamin dan kategori asal sampel. Dari 683 isolat Escherichiacoli pasien diare anak-anak di Jakarta, metode ini berhasil mengidentifikasi44 (6,4%) isolat yang positif ETEC, 8 (18,2%) diantaranya positif ETEC-LT.Sementara pada 156 sampel kontrol, tidak ada isolat yang positif ETEC-LT.Melalui analisis statistik Fisher Exact Test didapatkan perbedaan prevalensiETEC-LT yang tidak bermakna pada kelompok kontrol dan kelompok kasusdiare. Demikian pula pada kategori asal sampel dan jenis kelamin. Namunpada kategori usia, kelompok usia 6-11 bulan mendominasi kelompok usia lainnya. Analisis pola musiman infeksi ETEC-LT menyatakan bahwaprevalensi tertinggi ETEC-LT terjadi pada bulan Februari yang merupakanpertengahan musim hujan di Indonesia."

"Eksopolisakarida (EPS) telah banyak diteliti dapat diaplikasikan dalam bidang industri makanan, kesehatan, dan farmasi. Beberapa bakteri asam laktat (BAL) memiliki kemampuan menghasilkan EPS dengan adanya enzim sukrase, baik glukansukrase/ glukosiltransferase (gtf) maupun fruktansukrase/ fruktosiltransferase (ftf). Glukansukrase menghasilkan EPS berupa polimer glukan, sedangkan fruktansukrase menghasilkan polimer fruktan. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi adanya gen ftf penyandi fruktansukrase dari beberapa galur BAL yang diduga memiliki aktivitas fruktansukrase berdasarkan penelitian menggunakan metode visual. Skrining gen tersebut secara molekuler dilakukan dengan teknik Polymerase Chain Reaction (PCR) menggunakan primer degenerate yang berasal dari dua sekuens conserved region gen ftf beberapa galur BAL. Galur BAL yang digunakan untuk konstruksi primer adalah Bacillus subtilis, Bacillus stearothermophilus, Bacillus amyloliquefaciens, Streptococcus mutans, Streptococcus salivarius, dan Lb. reuteri 121. Amplikon berukuran sekitar 700 pb dihasilkan oleh 7dari 21 DNA genomik dari galur yang digunakan, yaitu MBF PDG 3(1), MBF PDG 4, Weissella cibaria MBF WRS 3, Leuconostoc mesenteroides MBF 4-2, Leuconostoc mesenteroides MBF 7-5, Weissella confusa MBF PDG 10(1), dan Leuconostoc mesenteroides MBF WRS 6."

"Enterotoxigenic Escherichia coli (ETEC) adalah penyebab utama diare anak di negara berkembang terkait atas kemampuan ETEC dalam menghasilkan 2 jenis toksin, yaitu Heat-stable toxin (ST) dan Heat-labile toxin (LT) yang disandikan oleh gen ST dan LT. Penelitian bertujuan untuk mengidentifikasi ETEC ST menggunakan metode Polymerase Chain Reaction (PCR) serta mengetahui jumlah kejadian diare yang disebabkan oleh ETEC ST pada pasien diare anak di Jakarta. Metode PCR adalah metode pendeteksi yang sensitif, spesifik dan cepat untuk mendeteksi keberadaan gen penyandi ST pada sampel. Deoxyribonucleic acid (DNA) bakteri diekstraksi menggunakan boiling method, kemudian diamplifikasi menggunakan primer JW7 dan JW14. Hasil PCR positif ETEC ST ditunjukkan dengan adanya fragmen DNA pada ukuran 190 pb pada gel elektroforesis. Dari 683 sampel, sebanyak 44 (6,4%) sampel positif ETEC dan sebanyak 75% sampel dari hasil tersebut adalah ETEC yang memproduksi ST. Dari 156 sampel kelompok kontrol, sebanyak 3 (1,9%) sampel positif ETEC ST. Dari analisis data menggunakan metode Kai Kuadrat, diketahui tidak terdapat perbedaan bermakna (P>0,05) antara prevalensi ETEC ST pada kelompok kasus dan kelompok kontrol, pasien wanita dan pria serta pada pasien berusia di bawah dan di atas 1 tahun. Analisis data menggunakan metode Fisher, diketahui tidak terdapat perbedaan bermakna (P>0,05) antara pasien yang berasal dari Rumah Sakit dengan yang berasal dari PUSKESMAS."

"Enzim merupakan biokatalisator yang banyak digunakan di bidang industri, terutama deterjen, farmasi, makanan bahkan pemurnian minyak. Salah satu enzim yang banyak digunakan untuk pemurnian minyak ialah lysophospholipase. Sebanyak 50 kebutuhan enzim industri diperoleh dari mikroorganisme. Akan tetapi umumnya produk aktivitas enzim oleh mikroba galur liar kurang memadai untuk aplikasi di industri, sehingga perlu dilakukan rekayasa genetik. Pengklonaan gen penyandi lysophospholipase pernah dilakukan di Aspergillus niger dan Cryptococcus neoformans, tetapi belum pernah dilakukan dari bakteri alkalotermofilik. Bacillus halodurans CM1 merupakan bakteri alkalotrmofilik isolat BPPT. Penelitian terdahulu menujukkan bahwa bakteri tersebut memiliki enzim lipase, tetapi belum diteliti lebih lanjut mengenai jenis dan lipase rekombinannya. Penelitian ini bertujuan untuk mengklona gen penyandi lysophospholipase dari Bacillus halodurans CM1 ke Escherichia coli DH5? menggunakan vektor pGEM-T easy. Plasmid rekombinan tersebut disekuensing. Hasil penelitian diperoleh fragmen gen penyandi lysophospholipase yang berukuran 783 pasang basa serta tingkat homologi 100 dengan genom Bacillus halodurans C-125 yang menyandi gen lysophospholipase No akses GenBank: BA000004.3.

---

Enzyme is a biocatalyst widely used in industry, for example detergent, pharmaceutical, food or oil purification. One of the most widely used enzymes for oil purification is lysophospholipase. As much as 50 of industrial enzyme needs are obtained from microorganisms. However, enzyme productivty from wild type microbial strain is usually limited and not applicable in industry, so that genetic engineering is necessary. Cloning gene encoding for lysophospholipase was once performed in Aspergillus niger and Cryptococcus neoformans, but has never been done from alkalothermophilic bacteria, such as Bacillus halodurans. Bacillus halodurans CM1 is an isolate of BPPT. Previous research has shown that this bacteria have lipase enzymes, but the study about their propertieshave not been conducted. This study aims to clone the gene t lysophospholipase from Bacillus halodurans CM1 to Escherichia coli DH5 using the pGEM T easy vector. The recombinant plasmid is sequenced. The results is gene fragment encoding lysophospholipase obtained with size 783 base pairs and 100 similiraty with gene encoding lysophospholipase from Bacillus halodurans C 125 No access GenBank BA000004.3."

"ABSTRAKEnzim lipase merupakan senyawa yang mempercepat reaksi pemecahan lipid menjadi asam lemak. Hal ini banyak digunakan dalam dunia industri. Salah satu metode yang digunakan untuk meningkatkan enzim lipase adalah kloning gen dengan mikroba, karena mudah dimanipulasi dan pertumbuhannya cepat. Penelitian sebelumnya yang dilakukan di LAPTIAB BPPT tentang kloning gen ialah pengklonaan gen lipase Bacillus halodurans CM1 (lip CM1) yang diekspresikan pada E. coli DH5α mendapatkan 783 bp. Penelitian ini bertujuan melakukan kloning gen lip CM1 ke dalam vektor pBBRE 194 dengan metode ligasi dan ditransformasikan dengan metode konjugasi ke Bacillus halodurans CM1. Gen lip CM1 berhasil disisipkan ke dalam vektor pBBRE 194 di antara situs KpnI dan PstI dengan mendapatkan pita berukuran 9191 bp. Plasmid pBBRE 194 lip CM1 ditransformasi dengan metode heat shock ke E.coli DH5α untuk ekspresi. Plasmid pBBRE 194 lip CM1 ditransformasi secara konjugasi ke Bacillus halodurans CM1. Selanjutnya dianalisis ekspresi produk gennya. Plasmid rekombinan (pBBRE 194 lip CM1) berhasil ditransformasikan secara konjugasi ke dalam Bacillus subtilis DB 104 (kontrol positif konjugasi) dan Bacillus halodurans CM1. Konjugasi berhasil dengan tumbuhnya koloni pada media selektif yang mengandung antibiotik Erythromycin dan Tetracycline, yang ditunjukkan dengan PCR insert dan terbentuknya zona bening pada media selektif. Bacillus halodurans CM1 rekombinan menunjukkan peningkatan ekspresi produk gen lipase dibandingkan dengan Bacillus halodurans CM1. Bacillus halodurans CM1 rekombinan memiliki aktivitas lipase 2,58 ± 0,06 U/mL, kadar protein 0,642 mg/mL, dan aktivitas lipase spesifik 10,04 U/mg.

---

ABSTRACT

Enzym lipase has great potency to be used in industry. Research concerning lipase production is being carried out to obtain better production result. The previous research conducted at LAPTIAB BPPT, the cloning of gen lipase Bacillus halodurans CM1 was expressed to E. coli DH5α obtained 783 bp. This research aims to carry out cloning of gen lip CM1 into pBBRE 194 vector using ligation method and transform to Bacillus halodurans CM1 using conjugation method. Gen lip CM1 is successfully inserted into pBBRE 194 vector between Kpnl situs and Pstl obtaining a ban sized 9191 bp. Plasmid pBBRE 194 lip CM1 was transformed using heat shock method into E. coli DH5α for expressing. Plasmid pBBRE 194 lip CM1 is transformed conjugatively into Bacillus halodurans CM1. Then, the gen product expression is analysed. Recombinant plasmid (pBBRE 194 lip CM1) is transformed into Bacillus subtilis DB 104 (conjugation positive control) and Bacillus halodurans CM1. Successful conjugation shows the growth colony at selective media containing antibiotic, indicating with PCR insert and clear zone at the selective media. Recombinant Bacillus halodurans CM1 shows increment of the lipase gen product expression compared to Bacillus halodurans CM1. The recombinant Bacillus halodurans CM1 has lipase activity of 2,58±0,06 U/mL, protein of 0,642 mg/mL, and specific lipase activity of 10,04 U/mg.

"