Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Kanker serviks yang banyak menyerang wanita di dunia disebabkan oleh human papillomavirus. Gen Late-2 (L2) human papillomavirus adalah gen yang menyandi protein kapsid minor dan memiliki daerah conserved yang mampu menginduksi cross-neutralizing antibodies. Penelitian bertujuan memperoleh klona gen L2. Gen L2 diamplifikasi menggunakan primer L2F (forward) dan L2R (reverse) serta diligasi dengan vektor pBluescript II KS (+) yang sebelumnya didigesti dengan enzim NotI. Hasil ligasi ditansformasi menggunakan metode kejutan panas ke dalam Escherichia coli TOP10 yang sebelumnya telah dibuat menjadi kompeten. Hasil efisiensi transformasi adalah 5,8 x 105 cfu/μg. Hal tersebut menunjukkan E. coli cukup kompeten karena berada pada kisaran antara 5 x 105—2 x 107 cfu/μg. Hasil transformasi ditumbuhkan dalam medium LB agar berampisilin yang telah ditambahkan X-gal dan IPTG. Sebanyak lima koloni putih dan 10 koloni biru tumbuh dalam medium, namun tak satupun koloni putih tersebut membawa plasmid rekombinan. Hasil analisis menunjukkan gen L2 belum berhasil diklona. Adanya koloni putih kemungkinan disebabkan mutasi, sedangkan sedikitnya koloni yang tumbuh disebabkan proses ligasi yang tidak berhasil."

"Tat HIV 1 merupakan suatu protein regulator dari HIV 1 yang mempunyai potensi untuk digunakan sebagai vaksin HIV Protein Tat yang diioslasi dari wanita hamil yang menderita HIV di Gabon disebut juga sebagai Tat Oyi mempunyai potensi untuk dijadikan sebagai vaksin dan sistem penghantaran peptida karena sifatnya yang tidak toksik Protein Tat Oyi didapatkan dari hasil Gen Tat Oyi yang telah diekspresikan Ekspresi protein Tat Oyi dapat dilakukan dengan mengekspresikan gen Tat Oyi ke dalam suatu vektor ekspresi Ekspresi Protein membutuhkan Gen Tat Oyi dalam jumlah banyak dan konsentrasi tinggi Pengklonaan gen sintetik Tat Oyi ini dilakukan dalam suatu vektor klona pBluescript KS II Pengklonaan gen sintetik Tat Oyi dilakukan dengan menggunakan pengklonaan dengan ujung blunt pBluescript KS II yang berfungsi sebagai vektor dipotong terlebih dahulu dengan enzim yang memotong dengan ujung blunt EcoRV Plasmid rekombinan Tat Oyi diperbanyak dalam sel inang E coli TOP10 Hasil yang diperoleh dari pengklonaan ini adalah klona gen Tat Oyi dalam plasmid pBluescript KS II Tujuan dilakukan pengklonaan adalah untuk memperbanyak gen Tat Oyi yang akan dibutuhkan dalam proses ekspresi protein Tat Oyi.

---

Tat is an regulatory protein of HIV 1 virus that has potential to be used as HIV vaccine Tat Protein from a strain of HIV 1 isolated from Gabon pregnant women that has AIDS also called as Tat Oyi has the potential to be used as vaccine and delivery peptide due to its non toxic property Tat Oyi protein is derived from expressed Tat Oyi gene Tat Oyi protein is expressed by expressing Tat Oyi gene into a expression vector Protein expression into a expression vector will need a lot of high concentration Tat Oyi gene Cloning of this gene is done by clone it into a cloning vector pBluescript KS II This cloning is done with blunt end cloning pBluescript KS II as a vector is restricted with restriction enzim that cut wiht blunt end EcoRV Recombinant Tat Oyi plasmids is cloned into a host cell E coli TOP10 This study resulting Tat Oyi synthetic gene cloned into a plasmid pBluesript KS II The purpose of cloning Tat Oyi gene is to produce a lot of Tat Oyi that will be needed at Tat Oyi protein expression."

"Latar Belakang: APOBEC3G, apolipoprotein B mRNA-editing enzyme, catalytic polypeplidelike JG, merupakan protein manusia yang dapat mengganggu replikasi HIV dengan memasukkan dirinya ke dalam partikel virus dan merusak susunan materi genetik virus. Beberapa studi terbaru menunjukkan bahwa APOBEC3G manusia mengatur infektivitas HIV-1 dengan mendeaminasi dC menjadi dU pada rantai minus DNA yang baru dibentuk, menyebabkan hipermutasi G menjadi A dari rantai plus DNA viral.Induksi hlpermutasi oleh APOBEC3G dapat menyebabkan pembentukan stop kodon pada ORF protein virus dan memicu degradasi DNA virus oleh glikosilase DNA urnsil yang selanjutuya dapat menghambat replikasi HIV. Protein ini layak untuk diteliti lebih lanjut dalam rangka pengembangan anti retrovirus yang berbasis pacta mekanisme penghambatan replikasi HIV-1 melalui jalur APOBEC3G. Sebagai langkab awal, diperlukan sistem ekspresi gen APOBEC3G yang akan diperoleh melalui sintesis dan kloning gen APOBEC3G ke dalam vektor ekspresi DNA rekombinan.Metode: Untuk mendapatkan mRNA APOBEC3G yang akan digunakan sebagai pola cetak dalam sintesis eDNA APOBEC3G, dilalkukan ekstraksi RNA dari sel CEM-GFP menggunakan Rneasy Mini Kit. Agar DNA APOBEC3G lengkap dapat diperoleh dengan lebih mudah, sintesis DNA serat ganda APOBEC3G menggunakan reaksi RT-PCR dua tahap, dibagi atas tiga daerah pada gen APOBEC3G dengan susunan nukleotida yang bertumpang tindih (overlapping) pada bagian ujung segmen DNA yang akan berfungsi sebagai penyambung fragmen-fragmen tersebut menjadi DNA APOBEC3G utub.Hasil: Hasil eksperimen menunjukloan ketiga fragmen APOBEC3G yang masing-masing berukuran 452 pb, 458 pb,dan 433 pb berhasil dibentuk lewat reaksi PCR dengan menggunakan enzim Pfx dan diklona ke dalam vektor plasmid.Kesimpulan: DNA APOBEC3G yang dibagi menjadi 3 fragmen telah berhasil didapat dan terklona ke dalam pBluescript KS (-). Pekerjaan lanjutan akan dilakukan untuk verifikasi sekuen fragmen-fragmen terklona dan menyambung ketiga fragrnen tersebut menjadi DNA APOBEC3G yang utub yang kemudian akan diklona ke dalam vektor ekspresi.

---

Background: APOBEC3G, apolipoprotein B rnRNA-cditing enzyme, catalytic polypeptide-like JG,is a human protein that interferes with the replication of HIV by incorporating itself into virus particles and damaging the genetic material of the virus. Several recent studies revealed that human APOBEC3G regulates HIVI infectivity by dearninating dC to dU in the newly synthesized minus strand DNA, resulting in G to A hypermutation of the viral plus strand DNA.Hypermutation induced by APOBEC3G may result in the introduction of stop codons in viral protein open reading frame and degradation of viral DNA by ura<:il-DNA glyoosylase, therefore blocking HlV replication. This protein is therefore suitable for further investigation for the development of ARV (AntiRetroviral) that is based on mechanism of blocking HIV-1 replication inhibition by APOBEC3G through the pathway. In order to obtain the APOBEC3G protein, an expression system of the APOBEC3G gene is required, which will be obtained by synthesis and cloning of the APOBEC3G gene into an expression vector.Method: To obtain the APOBEC3G mRNA that will be used as template for synthesis of APOBEC3G eDNA by RT-PCR using Omniscript enzyme, we performed RNA extraction from CEM-GFP cell line using the Rneasy Mini !Gt. In order to facilitate the synthesis of a complete APOBEC3G DNA, the APOBEC3G DNA double stranded was divided into three regions with overlapping nucleotide sequences at the DNA ends that function in the joining of the fragments into a full length APOBEC3G DNA.Results: The result of the experiments showed that the three fragments of APOBEC3G gene of 452 bp, 458 bp, and 433 bp, were successfully produced by PCR reaction using Pfx enzyme, and cloned into plasmid vector.Conclusions: APOBEC3G DNA that was divided into three fragments has been obtained and cloned illlo Bluescript KS (-) vector. Further study, will be performed to verifY the cloned fragments, and to fuse the fragments into a complete APOBEC3G DNA that will be cloned into an expression vector."

"Keamanan dari vaksin terapetik untuk kanker serviks yang didasarkan pada antigen HPV E6 perlu dipastikan dengan uji interaksi antara vaksin dan protein p53. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mendapatkan plasmid rekombinan untuk ekspresi protein rekombinan p53 yang akan digunakan dalam uji interaksi. Enzim RevertAid dan primer random hexamer digunakan untuk mendapatkan cDNA dari sel HeLa yang akan digunakan sebagai cetakan PCR dengan menggunakan enzim Platinum Taq DNA Polymerase High Fidelity dan primer p53 spesifik. Produk PCR yang dihasilkan sebesar 1204 bp yang mengandung gen p53 dengan adanya penambahan situs restriksi endonuklease SalI dan PstI. Setelah pemotongan dengan enzim SalI dan PstI, produk PCR diligasi dengan plasmid pQE-80L yang juga sudah dipotong dengan enzim yang sama. Campuran ligasi digunakan untuk transformasi ke dalam Escherichia coli TOP10. Keberadaan fragmen DNA p53 yang berhasil dimasukkan ke dalam plasmid rekombinan yang sudah berada di dalam transforman diverifikasi menggunakan PCR, pemotongan DNA rekombinan, dan sekuensing. Hasil penelitian menunjukkan bahwa gen p53 manusia berhasil diklon ke pQE-80L dengan adanya mutasi pada urutan basa nukleotida ke-386.

---

In order to confirm the safety of a therapeutic vaccine for cervical cancer that is based on HPV E6 antigen, an interaction assay between the vaccine and the p53 protein is required. The aim of this study is to obtain a recombinant plasmid for expression of p53 recombinant protein that will be used in the interaction assay. The RevertAid enzyme and random hexamer primer was employed to obtain cDNA from HeLa cell that will be used as template in PCR using the Platinum Taq DNA Polymerase High Fidelity enzyme and p53 specific primer set, to generate a 1204 bp PCR product containing the p53 gene, with flanking SalI and PstI endonuclease restriction sites. Following restriction with SalI and PstI enzyme, the PCR product was ligated with the plasmid pQE 80L that has been linearized by restriction with the same enzymes. The ligation mixture was used for transformation of Escherichia coli TOP10. The presence of the inserted p53 DNA fragment in the recombinant plasmid harboured by the transformants was verified using PCR, digestion of recombinant plasmids, and sequencing. The results showed that the human p53 gene was successfully cloned into pQE 80L with a mutation at position 386 of the p53 nucleotide base sequence."

"Peran protein retinoblastoma (pRb) dalam pencegahan pembentukan tumor diinhibisi oleh interaksinya dengan protein E7 HPV pada kanker serviks. Oleh sebab itu, perlu dilakukan strategi pengembangan uji in vitro untuk analisis interaksi pRb dan E7, terutama dalam pengembangan vaksin HPV berbasis antigen E7. Protein pRb dapat diperoleh dalam bentuk protein rekombinan yang diproduksi pada bakteri Escherichia coli. Penelitian bertujuan untuk memperoleh klona gen RB1 dalam vektor pQE_80L. Sintesis gen RB1 (2787 pb) dilakukan dengan metode PCR overlap extension. Fragmen gen RB1 dan vektor didigesti dengan enzim restriksi BamHI dan SalI kemudian diligasikan dengan enzim T4 ligase. Hasil ligasi ditransformasi ke dalam Escherichia coli TOP10 secara kejut panas. Hasil transformasi diseleksi menggunakan PCR koloni untuk mengidentifikasi keberadaan DNA sisipan. Sebanyak 1 dari 27 koloni yang diseleksi mengandung plasmid rekombinan. Plasmid rekombinan kemudian diisolasi dan diverifikasi dengan digesti dan sekuensing. Hasil analisis digesti dan sekuensing menunjukkan gen RB1 berhasil disisipkan ke vektor pQE_80L. Namun terdapat beberapa mutasi, yaitu substitusi (c.117G>A dan c.2316T>C) serta mutasi delesi (c.719_724delAAACAG).

---

The role of human retinoblastoma protein (pRb) as tumor suppressor is inhibited by its interaction with HPV E7 protein in cervical cancer. Therefore, it is interesting to develop strategy for development of in vitro assay to analyze pRb and E7 interaction, especially in the development of therapeutic HPV vaccine that is based on E7 antigen. The pRb protein can be provided in the form of recombinant protein that is poduced in Escherichia coli. The study objective was to obtain RB1 gene clone in pQE_80L vector. The synthesis of RB1 gene (2787 pb) was performed by using overlap extension PCR. The RB1 gene fragment and vector was digested by BamHI and SalI restriction enzyme then ligated by T4 ligase enzyme. The ligation product was transformed into Escherichia coli TOP10 with heat shock. The transformation result was screened using colony PCR to identify the presence of insert DNA. There was 1 out of 27 selected colonies that carried the recombinant plasmid. The recombinant plasmid then isolated and verified with digestion and sequencing. The results of digestion and sequencing analysis showed that RB1 gene was successfully inserted into pQE_80L vector. However, there were mutations which were substitution (c.117G>A and c.2316T>C) and deletion (c.719_724delAAACAG)."

"Telah dilakukan penelitian selama 9 bulan (Februari--Oktober 2008) di Laboratorium Mikrobiologi Klinik FKUI dengan tujuan memperoleh klona pembawa fragmen gen tat HIV-1 strain pNL43. Gen tersebut menyandikan protein Tat yang berperan dalam meningkatkan ekspresi gen-gen HIV. Sintesis fragmen gen tat HIV-1 dilakukan melalui PCR overlapping. Fragmen gen tat HIV-1 (326 pb) dan vektor plasmid pQE-80L (4700 kb) yang telah dipotong dengan enzim XmalI dan SalI kemudian diligasi menggunakan T4 DNA ligase. Hasil ligasi ditransformasi secara kejut panas ke dalam Escherichia coli TOP10 dan diseleksi pada medium LB agar (+ampisilin). Sebanyak 15 koloni transforman dari 81 koloni yang berhasil diperoleh, kemudian diisolasi DNA plasmidnya dan dianalisis digesti serta diverifikasi melalui PCR. Hasil analisis digesti menunjukkan terdapat 4 koloni pembawa plasmid rekombinan yang ditunjukkan oleh visualisasi pita DNA berukuran 316 pb. Verifikasi PCR dengan primer pQE-forward dan Ex2-TatpNL4C menunjukkan bahwa fragmen gen tat HIV-1 berhasil disisipkan dan diklona ke dalam E.coli TOP10."