Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Plasmepsin adalah enzim utama di dalam siklus hidup parasit malaria. Plasmepsin bekerja dengan mendegradasi hemoglobin selama fase eritrosit didalam vakuola makanan. Reduktase protein pembawa enoil asil Plasmodium falciparum (PfENR) adalah enzim yang berperan penting dalam biosintesis asam lemak tipe II yang terjadi dalam Plasmodium falciparum. Struktur kedua enzim ini telah berhasil dikristalkan dan menunjukkan bahwa struktur kedua enzim ini memiliki situs aktif sehingga memberikan kemungkinan interaksi dengan suatu senyawa. Xanton, senyawa polifenolik aktif dari Garcinia mangostana Linn. dan analog xanton yang diisolasi menunjukkan adanya aktivitas inhibisi pada Plasmodium falciparum secara in vitro. Pada penelitian ini, teknik penambatan molekuler digunakan untuk memperoleh aktivitas inhibisi kedua enzim. Hasil penambatan molekuler senyawa xanton pada enzim plasmepsin menunjukkan bahwa lebih dari satu ikatan hidrogen terlibat dalam proses inhibisinya. Pada enzim PfENR, hasil penambatan molekuler menunjukkan bahwa interaksi hidrofobik dan sedikitnya satu ikatan hidrogen terlibat dalam proses inhibisinya."

"Human Immunodeficiency Virus tipe 1 (HIV-1) merupakan retrovirus penyebab penyakit mematikan AIDS (Acquired Immunodeficiency Syndrome). Virusnya yang cepat bermutasi menyebabkan belum adanya obat yang dapat menyembuhkan penyakit ini secara total. Salah satu target enzim yang dapat diinhibisi untuk menghambat replikasi virus ini adalah protease HIV-1. Inhibisi pada enzim ini menyebabkan hambatan pemotongan protein pada tahap pematangan virus. Beberapa senyawa xanton dari tanaman Garcinia mangostana Linn. yakni α-, β-, dan -mangostin menunjukkan aktivitas inhibisi pada enzim ini. Strukturnya yang berupa nonpeptida memungkinan adanya mekanisme berbeda dari inhibitor lain. Tujuan penelitian ini adalah untuk mengamati model pengikatan dari analog mangostin tersebut. Metode yang digunakan dalam penelitian ini adalah penambatan molekuler secara in silico. Hasil menunjukkan bahwa terdapat dua model pengikatan dengan afinitas yang lebih tinggi pada sisi aktif kantung hidrofobik (ΔG AutoDock 4 = (-9,64)-(-9.89) kkal/mol; ΔG AutoDock Vina = (-8,7)-(-9,4) kkal/mol) dan pada sisi permukaan luar yang masih menunjukkan afinitas ikatan yang baik (ΔG AutoDock 4 = (-5,85)-(-6,06) kkal/mol; ΔG AutoDock Vina = (- 5,3)-(-5,9) kkal/mol).

---

Human Immunodeficiency Virus type 1 (HIV-1) is a retroviral virus that cause deadly disease, AIDS (Acquired Immunodeficiency Syndrome). The virus that mutates so fast cause no drugs available to cure this disease totally yet. One of enzyme target that can be inhibited to block the replication of this virus is HIV-1 protease. Inhibition to this enzyme cause the blocking of protein cleavage in virus maturation process. Several xanthones compound from Garcinia mangostana Linn., α-, β-, dan -mangostin, has shown inhibition activity to this enzyme. The structure, which is non-peptide based, gives possibility to different mechanism than other inhibitor. This research?s aim is to search the binding modes of mangostin analogues. The method used in this research is in silico molecular docking. The result shows that there are two binding modes with higher affinity in hydrophobic pocket active site (ΔG AutoDock 4 = (-9,64)-(-9.89) kcal/mol; ΔG AutoDock Vina = (-8,7)-(-9,4) kcal/mol) and molecular surface site which still shows good affinity (ΔG AutoDock 4 = (-5,85)-(-6,06) kcal/mol; ΔG AutoDock Vina = (-5,3)-(-5,9) kcal/mol)."

"Malaria menjadi masalah kesehatan global utama karena banyaknya kejadian resistensi obat, sedangkan ketersediaan obat yang efektif juga terbatas, sehingga mendasari pentingnya pengembangan obat antimalaria yang baru. Berbagai penelitian perancangan obat yang mentarget berbagai enzim terus dilakukan, terutama enzim Plasmodium falciparum Enoyl Acyl Carrier Protein Reductase (PfENR). Penapisan virtual sebagai salah satu metode pendekatan in silico telah digunakan pada pencarian senyawa penuntun dari basis data senyawa ataupun dari basis data bahan alam sebagai inhibitor PfENR. Pada penelitian ini dilakukan penapisan virtual basis data senyawa tanaman obat di Indonesia pada PfENR. Penapisan dilakukan dengan menggunakan piranti lunak AutoDock dan AutoDock Vina. Pada AutoDock Vina dilakukan validasi terlebih dahulu sedangkan pada AutoDock tidak dilakukan karena telah divalidasi oleh peneliti sebelumnya. Hasil validasi AutoDock Vina diperoleh grid box terbaik yaitu 80x80x80. Berdasarkan hasil penapisan diperoleh 10 peringkat senyawa terbaik dari tiap metode dan 5 senyawa irisan dari kedua metode yaitu jacoumaric acid, beta sitosterol glucoside (lyoniside), limacine, leucadenone B, dan yuehchukene.

---

Malaria is a major global public health problem. The alarming spread of its drug resistance and limited number of effective drugs available underline how important it is to discover new antimalarial drug. Various researches have been done to design drug targeting Plasmodium falciparum Enoyl Acyl Carrier Protein Reductase (PfENR) enzymes. Virtual screening as in silico approach has been used to find lead molecules from compound library or natural database as PfENR inhibitors. In this research, virtual screening of Indonesian herbal database was done to PfENR. Virtual screening was done using AutoDock and AutoDock Vina. AutoDock Vina was validated beforehand in order to obtain the best grid box while the virtual screening using AutoDock is not validated because it has been validated by previous researchers. Based on this research, the best grid box for AutoDock Vina is 80x80x80. Top ten ranked compounds were obtained for each method and five the same compound of the two methods that was jacoumaric acid, beta sitosterol glucoside (lyoniside), limacine, leucadenone B, and yuehchukene."

"Sejalan dengan semakin tingginya resistensi terhadap obat antimalaria dalam klinis, terdapat kebutuhan dilakukan pencarian senyawa-senyawa kimia yang berpotensi. Metode komputasi digunakan untuk membantu pencarian karena memiliki keunggulan seperti tidak banyak mengeluarkan biaya dan dapat dipercaya memprediksi afinitas ikatan ligan dengan target obat (protein). Tujuan penelitian adalah untuk mendapatkan senyawa analog triklosan dan senyawa herbal Indonesia yang berpotensi sebagai antimalaria. Analog triklosan dan beberapa senyawa basis data herbal Indonesia dihitung afinitas ikatannya dengan metode Molecular Mechanics Poisson-Blotzmann Surface Area (MM-PBSA) pada Plasmudium falciparum Enoyl Reductase(PfENR), dengan tiga titik variabel suhu 27oC, 37oC, dan 39oC. Didapatkan nilai energi bebas Gibbs (ΔG) pada analog triklosan enansiomer 1b -18,5009 kkal/mol suhu 37oC dan pada senyawa herbal spinasterol -31,3435 kkal/mol suhu 37oC dan limasin -24,9885 kkal/mol suhu 37oC. Dengan nilai energi bebas Gibbs tersebut menunjukkan bahwa senyawa tersebut memiliki potensi sebagai antimalaria.

---

Keeping pace with emerging drug resistance in clinically important pathogens will be greatly aided by inexpensive yet reliable computational methods that predict the ligands binding affinities for drug targets. the aim of this study to obtain potention antimalaria from analogues triclosan compound and Indonesia herbal compound. Analogues triclosan and several compound from Indonesia herbal database form Indonesia be calculated with molecular mechanics Poisson-Boltzmann surface area (MM-PBSA) for the Plasmodium falciparum Enoyl Reductase (PfENR), at three point variable of temperature 27oC, 37oC, and 39oC. Obtained Gibbs free energy (ΔG) for analogues triclosan enansiomer 1b -18,5009 kkal/mol 37oC and for herbal compound spinasterole -31,3435 kkal/mol 37oC dan limacine -24,9885 kkal/mol 37oC. With that Gibbs free enrgy enansiomer 1a, spinasterole, and limacine shows that compound have potention as antimalaria."

"Endofit adalah mikroorganisme yang membentuk koloni di dalam jaringan tanaman tanpa menimbulkan gejala negatif pada inangnya. Kapang adalah salah satu bentuk mikroorganisme endofit yang paling banyak ditemukan. Metabolit sekunder yang dihasilkan oleh mikroba endofit dilaporkan memiliki aktivitas antimikroba yang pada umumnya menunjukkan potensi sebagai antikanker. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui toksisitas isolat hasil fermentasi kapang endofit dari tanaman Garcinia tetrandra Pierre dan Garcinia mangostana Linn, diperoleh 20 isolat. Metode yang digunakan pada penelitian ini adalah uji kematian larva Artemia salina Leach, dikenal dengan metode Brine Shrimp Lethality Test (BSLT). Isolat kapang endofit difermentasi dengan media Potato Dextrose Yeast (PDY), kemudian diekstraksi dengan etil asetat dan n-butanol. Hasil penelitian menunjukkan bahwa nilai Lethal Concetration (LC50) dari 20 isolat kapang endofit baik dari ekstrak etil asetat maupun n - butanol memiliki syarat toksik dengan nilai LC50 < 1000 μg/ml.

---

Endophyte is microbes that colonize living tissues without causing any negative effect to their host plants. Molds are one of the endophyte most frequently isolated. Secondary metabolite which is produced by endophyte microbe reported possesses antimicrobial activity which is generally have potensial as anticancer.

The aim of this research is to know the toxicity of fermentation product of endophyte mold that was isolated from plant Garcinia tetrandra Pierre and Garcinia mangostana Linn, got 20 isolates endophyte mold. The method that was used in this research was the lethality test of Artemia salina Leach larvae, which is known as Brine Shrimp Lethality Test (BSLT). The isolate of endophyte molds were fermented in medium Potato Dextrose Yeast (PDY) and then were extracted with ethyl acetic and n - buthanol.

The result of this research showed that lethal concentration (LC50) from 20 isolates of endophyte mold from ethyl acetic extracts and n - buthanol extracts had toxicity with LC50 < 1000 μg/ml."

"Xanton merupakan metabolit sekunder yang mempunyai aktivitas antioksidan yang tinggi yang mayoritas terdapat dalam kulit pericarp manggis Garcinia mangostana L. Kulit manggis diekstrak dengan metanol selama 7 hari (diaduk sesekali). Senyawa xanton dipisahkan dari ekstrak kasar dengan kromatografi kolom dengan eluen n-heksana : etil asetat (sistem gradien). Isolasi xanton diduga mengandung α-mangostin, allaxanton E, kudraxanton G, dan 1,5,8-trihidroksi-3-methoksi-2-(3-metilbut-2-enil) xanton. Reaksi prenilasi xanton adalah penambahan gugus prenil pada atom O pada gugus hidroksi dan atau pada atom C pada cincin aromatis dengan bantuan katalis basa. Xanton direaksikan dengan prenil bromida yang berfungsi sebagai sumber prenilasi dan katalis superbasa Na/NaOH/γ-Al2O3 pada temperatur 280C. 1,5,8-trihidroksi-3-metoksi-2-(3-metilbut-2-enil) xanton diduga mendapat tambahan 2 gugus prenil pada C6 dan C7 setelah reaksi prenilasi. Komponen-komponen xanton hasil prenilasi dipisahkan dalam 2, yaitu etil asetat dan metanol. Karakterisasi senyawa xanton dilakukan dengan MS, Spektroskopi UV-Vis, dan IR. Xanton hasil prenilasi dan isolat xanton diuji aktivitas antioksidan dengan DPPH. Aktivitas antioksidan xanton meningkat persentasenya menjadi 32% pada fraksi etil asetat.

---

Xanthone, a secondary metabolite has high antioxidant activity, contained majority in pericarp of mangosteen Garcinia mangostana L. Mangosteen pericarp is extracted by methanol for 7 days (once striring). Xanhones is separated from the crude extract by coloumn chromatography by n-hexane : ethyl acetate eluent (gradient system). Xanthone isolation is proposed cointaining α-mangostin, cudraxanthone G, and 1,5,8-trihydroxy-3-methoxy-2-(3-methylbut-2-enyl) xanthone. Isolated xanthone is reacted with prenyl bromide which serves as the source of prenyl and superbase catalyst Na/NaOH/γ-Al2O3 at 280C. Components of synthesized prenylated xanthones is fractioned in 2 solvents such as ethyl acetate and methanol. 1,5,8-trihydroxy-3-methoxy-2-(3-methylbut-2-enyl) xanthone supposed having addition of 2 prenyl group on C6 and C7 after prenylation reaction. Xanthones is characterized by instruments such as Mass Spectrometry, UV-Vis Spectroscopy, dan Infrared Spectroscopy. Synthesized prenylated xanthone dan xanthone isolate are tested in antioxidant activity with DPPH. The percentage of antioxidant activity of prenylated xanthone is increasing to become 32% for ethyl acetate fraction."

"ABSTRAKMalaria menjadi masalah kesehatan global utama dengan angka kejadian kemoresistensi yang tinggi, sedangkan ketersediaan obat yang efektif terbatas. Hal tersebut mendasari pentingnya pengembangan obat antimalaria baru. Pendekatan berbasis struktur digunakan untuk merancang analog triklosan dengan target enzim Plasmodium falciparum enoyl acyl carrier protein reductase (PfENR). Gugus fenol disubstitusi dengan gugus metoksi, serta gugus Cl di posisi 2? cincin B dimodifikasi menjadi gugus 2,3-dihidroksi-propionamida. Penambahan dua gugus hidroksi pada cincin B menggunakan metode dihidroksilasi asimetrik Sharpless dengan ligan kiral (DHQ)2PHAL dan (DHQD)2PHAL menghasilkan dua produk analog triklosan sebagai campuran enansiomer. Interaksi molekuler analog triklosan terhadap PfENR ditentukan dengan AutoDock. Campuran enansiomer yang dihasilkan dari ligan kiral (DHQ)2PHAL memiliki rotasi spesifik (+) 0,0833, sedangkan campuran enansiomer yang dihasilkan dari ligan kiral (DHQD)2PHAL memiliki rotasi spesifik (-) 0,0678. Nilai IC50 kedua analog triklosan ditentukan terhadap galur sensitif klorokuin, 3D7. Jumlah parasit dihitung secara mikrokopis melalui apusan darah tipis yang diwarnai Giemsa. Nilai IC50 ditentukan dengan membandingkan parasitemia senyawa uji dengan kontrol yang dianggap memiliki pertumbuhan 100%. Aktivitas antimalaria campuran enansiomer yang dihasilkan dengan (DHQ)2PHAL dan dengan (DHQD)2PHAL memperlihatkan aktivitas yang lebih poten dibandingkan triklosan (IC50 2,72 x 10-2 M), dengan IC50 berturut-turut 3,38 x 10-5 M dan 2,82 x 10-5 M.

---

ABSTRACTMalaria is a major global public health problem that alarming spread of drug resistance and limited number of effective drugs. That reason underline how important it is to discover new antimalarial drug. A structure-based approach has been taken to develop substituted analogs of triclosan that target the key malarial enzyme Plasmodium falciparum enoyl acyl carrier protein reductase (PfENR). The phenol moiety was chemically substituted with methoxy group, and Cl group at posistion 2? in ring B also modified with 2,3-dihydroxy-propionamide group. Sharpless asymmetric dihydroxylation with chiral ligand (DHQ)2PHAL and (DHQD)2PHAL is used to introduce two hydroxyl groups into the ring B to give two analogs of triclosan as enantiomer mixture. The binding energies of two analogs for PfENR were determined using Autodock. The enantiomer mixture generated by chiral ligand (DHQ)2PHAL showed specific rotation of (+) 0,0833, while enantiomer mixture resulted from chiral ligand (DHQD)2PHAL have (-) 0,0678 of specific rotation. The IC50 of two analogs of triclosan were determined against Plasmodium falciparum chloroquin-sensitive strain, 3D7. The number of parasites on thin Giemsa stained smears was calculated microscopically. IC50 determined by comparing paracitemia parasite growth in the presence of compound with that of control without compound. The analog compounds, enantiomer mixture resulted by either (DHQ)2PHAL or (DHQD)2PHAL showed a higher antimalarial activity than triclosan (IC50 2,72 x 10-2 M), with IC50 3,38 x 10-5 M and 2,82 x 10-5 M, respectively."

"Plasmodium falciparum menggunakan protein EBA140 sebagai salah satu protein yang berperan pada proses invasi ke dalam sel darah merah. Polimorfisme domain F1 gen EBA-140 diketahui memengaruhi spesifisitas perlekatan protein EBA-140 pada reseptor di permukaan sel darah merah. Variasi tipe alel Gerbich pada gen GYPC yang merupakan reseptor bagi EBA-140 juga dapat memengaruhi kemampuan protein ligan EBA-140 dalam berikatan dengan reseptor GYPC di permukaan sel darah merah. Penelitian mengenai keragaman sekuens asam amino domain F1 gen EBA-140 dan variasi alel Gerbich gen GYPC telah dilakukan terhadap 18 isolat klinis P. falciparum yang berasal dari kabupaten Bangka Barat (n = 5), kabupaten Bangka Tengah (n = 4), dan kabupaten Mimika (n = 9). Amplifikasi gen EBA-140 dari isolat parasit malaria dilakukan dengan teknik Polymerase Chain Reaction (PCR). Selanjutnya fragmen DNA parasit diperbanyak dengan metode kloning ke dalam sel bakteri Escherichia coli. Analisis hasil sekuens asam amino domain F1 menunjukkan adanya 7 haplotipe gen EBA-140 dari ketiga daerah tersebut. Tiga haplotipe yaitu ISTK, DSTK, dan ISRE merupakan haplotipe baru yang belum pernah dilaporkan sebelumnya. Analisis variasi alel Gerbich pada gen GYPC menunjukkan tidak ada delesi ekson 3 pada gen GYPC pada ketiga daerah tersebut. Informasi mengenai keragaman haplotipe gen EBA-140 dan gen GYPC dapat dijadikan sebagai acuan dalam mendesain vaksin berbasis gen EBA-140 yang efektif memberantas P. falciparum di Indonesia.

---

Plasmodium falciparum utilizies the EBA140 as one of its proteins to invade the red cells. Polymorphisms at the domain F1 of EBA-140 gene have been known to affect the ligand recognition to its corresponding protein receptors glycophorin C (GYPC) or Gerbich antigen. Deletion on the GYPC gene, known as Gerbich blood-type, is known to prevent the parasite invasion using this pathway. Polymorphisms on the GYPC gene could alter the ability of EBA-140 ligand to bind to GYPC receptor on the surface of erythrocyte. Plasmodium falciparum clinical isolates from West Bangka (n = 5), Central Bangka (n = 4), and Mimika regencies (n = 9) were studied for their EBA-140 and GYPC gene polymorphisms. Parasite DNA was amplified using Polymerase Chain Reaction (PCR) and subsequently cloned into Escherichia coli.

Amino acid sequence analysis of the F1 domain showed that there were seven haplotypes of EBA-140 gene from all locations. Three haplotypes of EBA-140 (ISTK, DSTK, ISRE) detected in this study were new haplotypes that had not been reported previously. Analysis on the Gerbich allele detected no exon 3 deletion on the GYPC gene from all location. These findings provide useful information if the vaccine involving the EBA-140 component would be developed."