Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Human Immunodeficiency Virus tipe 1 (HIV-1) merupakan retrovirus penyebab penyakit mematikan AIDS (Acquired Immunodeficiency Syndrome). Virusnya yang cepat bermutasi menyebabkan belum adanya obat yang dapat menyembuhkan penyakit ini secara total. Salah satu target enzim yang dapat diinhibisi untuk menghambat replikasi virus ini adalah protease HIV-1. Inhibisi pada enzim ini menyebabkan hambatan pemotongan protein pada tahap pematangan virus. Beberapa senyawa xanton dari tanaman Garcinia mangostana Linn. yakni α-, β-, dan -mangostin menunjukkan aktivitas inhibisi pada enzim ini. Strukturnya yang berupa nonpeptida memungkinan adanya mekanisme berbeda dari inhibitor lain. Tujuan penelitian ini adalah untuk mengamati model pengikatan dari analog mangostin tersebut. Metode yang digunakan dalam penelitian ini adalah penambatan molekuler secara in silico. Hasil menunjukkan bahwa terdapat dua model pengikatan dengan afinitas yang lebih tinggi pada sisi aktif kantung hidrofobik (ΔG AutoDock 4 = (-9,64)-(-9.89) kkal/mol; ΔG AutoDock Vina = (-8,7)-(-9,4) kkal/mol) dan pada sisi permukaan luar yang masih menunjukkan afinitas ikatan yang baik (ΔG AutoDock 4 = (-5,85)-(-6,06) kkal/mol; ΔG AutoDock Vina = (- 5,3)-(-5,9) kkal/mol).

---

Human Immunodeficiency Virus type 1 (HIV-1) is a retroviral virus that cause deadly disease, AIDS (Acquired Immunodeficiency Syndrome). The virus that mutates so fast cause no drugs available to cure this disease totally yet. One of enzyme target that can be inhibited to block the replication of this virus is HIV-1 protease. Inhibition to this enzyme cause the blocking of protein cleavage in virus maturation process. Several xanthones compound from Garcinia mangostana Linn., α-, β-, dan -mangostin, has shown inhibition activity to this enzyme. The structure, which is non-peptide based, gives possibility to different mechanism than other inhibitor. This research?s aim is to search the binding modes of mangostin analogues. The method used in this research is in silico molecular docking. The result shows that there are two binding modes with higher affinity in hydrophobic pocket active site (ΔG AutoDock 4 = (-9,64)-(-9.89) kcal/mol; ΔG AutoDock Vina = (-8,7)-(-9,4) kcal/mol) and molecular surface site which still shows good affinity (ΔG AutoDock 4 = (-5,85)-(-6,06) kcal/mol; ΔG AutoDock Vina = (-5,3)-(-5,9) kcal/mol)."

"Plasmepsin adalah enzim utama di dalam siklus hidup parasit malaria. Plasmepsin bekerja dengan mendegradasi hemoglobin selama fase eritrosit didalam vakuola makanan. Reduktase protein pembawa enoil asil Plasmodium falciparum (PfENR) adalah enzim yang berperan penting dalam biosintesis asam lemak tipe II yang terjadi dalam Plasmodium falciparum. Struktur kedua enzim ini telah berhasil dikristalkan dan menunjukkan bahwa struktur kedua enzim ini memiliki situs aktif sehingga memberikan kemungkinan interaksi dengan suatu senyawa. Xanton, senyawa polifenolik aktif dari Garcinia mangostana Linn. dan analog xanton yang diisolasi menunjukkan adanya aktivitas inhibisi pada Plasmodium falciparum secara in vitro. Pada penelitian ini, teknik penambatan molekuler digunakan untuk memperoleh aktivitas inhibisi kedua enzim. Hasil penambatan molekuler senyawa xanton pada enzim plasmepsin menunjukkan bahwa lebih dari satu ikatan hidrogen terlibat dalam proses inhibisinya. Pada enzim PfENR, hasil penambatan molekuler menunjukkan bahwa interaksi hidrofobik dan sedikitnya satu ikatan hidrogen terlibat dalam proses inhibisinya."

"Siklooksigenase (Cyclooxygenase - COX) merupakan enzim yang mengkonversi asam arakidonat menjadi prostaglandin. Prostaglandin berperan penting dalam menimbulkan respons inflamasi dan berbagai respons fisiologis lainnya. Dikenal dua jenis isozim siklooksigenase, COX-1 dan COX-2. Aktivasi siklooksigenase-2 umumnya terinduksi oleh rangsangan dan tidak terus-menerus sehingga menjadi target inhibisi dari obat-obat selektif inhibitor siklogenase terbaru. Kurkumin, senyawa aktif dari Curcuma longa, dan analog alamiahnya memiliki aktivitas inhibisi sikloksigenase-2 yang teramati secara in vitro dan in vivo pada penelitian sebelumnya. Pada penelitian ini, dilakukan pengujian secara in silico melalui penambatan molekuler untuk mengamati aktivitas inhibisi siklooksigenase-2 beberapa analog kurkumin turunan dibenzilidenasikloheksanon. Dari hasil penambatan molekuler kemudian analog diperingkatkan konstanta inhibisinya, Ki. Analog yang paling poten sebagai inhibitor COX-2 dari hasil penelitian ini adalah analog III. Daerah pengikatan substrat penting untuk COX-2 yang teramati pada penelitan ini meliputi residu-residu Tyr 355, Phe 381, Tyr 385, Leu 384, dan Trp 387.

---

Cyclooxygenase (COX) is an enzyme that converting arachidonic acid (AA) to prostaglandin. Prostaglandin has an important role of inducing inflammation and other physiological responses. There are two types of cyclooxygenase isozyme, COX-1 and COX-2. Cyclooxygenase-2 activation in general was induced by stimulation and was not constitutive therefore it became inhibition target of the newer selective cyclooxygenase inhibitor drugs. Curcumin, active compound from Curcuma longa, and its natural analogues were shown to have cyclooxygenase-2 inhibition activity. This activity has been observed by in vitro and in silico method in the previous researches. In this research, in silico test was done using molecular docking method to observe cyclooxygenase inhibition activity of some dibenzilydenecyclohexanone derived curcumin analogues. From the result of molecular docking, the analogues were ranked based on its ΔG binding energy and inhibition constant, Ki. In this research, the most potential analogue as COX-2 inhibitor was analogue III. Important binding area of the COX-2 substrate was comprised of Tyr 355, Phe 381, Tyr 385, Leu 384, and Trp 387 residues."

"ABSTRAKKanker adalah suatu kondisi yang ditandai dengan adanya pertumbuhan abnormal dari sel-sel tubuh yang tidak terkontrol dan mampu mempengaruhi sel normal lainnya. Saat ini banyak dilakukan penelitian untuk mencari senyawa-senyawa baru yang berpotensi sebagai antikanker. Salah satu cara yang digunakan untuk mendukung analisis ini adalah dengan metode in silico. Selain itu, metode ini juga mendukung green chemistry yang cukup diminati akhir-akhir ini. Dalam penelitian ini, diteliti sepuluh senyawa dari basis data herbal hasil Virtual Screening yang memiliki aktivitas sebagai inhibitor enzim α-Glukosidase manusia. Model tiga dimensi (3D) enzim dikonstruksi berdasarkan struktur kristal α-glukosidase S. solphataricus (MalA) dan sub-unit N-terminal Maltase Glukoamilase manusia (NtMGAM). Penambatan sepuluh senyawa yang akan diuji; yakni 6-Deoxoteasterone, Diosgenin, Withangulatin A, Withanolide, Lanosterol, Cassiamin C, Asiatic Acid, Isoarborinol, Yamogenin, dan Lantic Acid, ditambatkan menggunakan AutoDock 4.2 dan hasilnya menunjukkan nilai ΔG secara berturut-turut yakni -9,09; -8,76; -8,73; -8,66; -8,65; -8,65; -8,64; -8,59; -8,48; dan -8,45 kkal/mol. Analisis kemudian dilanjutkan dengan melakukan simulasi diamika molekuler selama 2 nanodetik menggunakan Amber 11. Sebagai kontrol positif, digunakan senyawa Castanospermine dan 1,6-Epi-Cyclophellitol. Hasil analisis menunjukkan bahwa secara umum, pada kompleks senyawa ligan dan makromolekul ada interaksi yang kuat dan stabil pada residu Asp587, Asp511, Asp 398, Trp 274, dan Phe 620.

---

ABSTRACT

Cancer is a condition that characterized by the abnormal growth of cells that are not controlled and capable to affect normal cells. Nowadays, there's a lot of research to find new compounds that have the potential as an anticancer. One of the ways to support this analysis is the in silico. In addition, this method also supports green chemistry that considerable interest lately. This study will investigated ten compounds from Herbal Database that have been researched before through Virtual Screening, that have the activity as an inhibitor of α-glucosidase. Three-dimensional (3D)'s model was constructed by the crystal structure of the enzyme α-glucosidase S. solphataricus (mala) and sub-units of N-terminal human maltase Glucoamylase (NtMGAM). 6-Deoxoteasterone, Diosgenin, Withangulatin A, Withanolide, lanosterol, Cassiamin C, Asiatic Acid, Isoarborinol, Yamogenin, and Lantic Acid was tethered using Autodock 4.2 and the results show the value of ΔG are -9.09; -8.76; -8.73; -8.66; -8.65; -8.65; -8.64; -8.59; -8.48; and -8.45 kcal/mol. The analysis then continued by performing simulation on mollecular dynamics for 2 nanoseconds using Amber 11. Castanospermine and 1,6-Epi-Cyclophellitol was used as the positive control. The analysis showed that in general the complex of ligand and macromolecule, that there is a strong and stable interaction at residues Asp587, Asp511, Asp 398, Trp 274 and Phe 620."

"Obat ndash, obat golongan statin berkhasiat sebagai penurun kolesterol dan digunakan sebagai pencegahan pertama penyakit - penyakit kardiovaskuler. Namun, beberapa studi menyatakan bahwa ditemukan berbagai efek samping akibat penggunaan statin. Pencarian senyawa sebagai alternatif untuk pengobatan hiperkolesterlemia ditemukan dalam kandungan ekstrak biji melinjo. Ekstrak diklormetan memperlihatkan aktivitas penghambatan terhadap Hidroksimetilglutaril KoA Reduktase HMGCR berdasarkan uji in vitro sehingga berpotensi mengurangi pembentukan kolesterol dalam darah. Percobaan melalui penambatan molekuler menggunakan Autodock dan simulasi dinamika molekuler menggunakan AMBER dilakukan sebagai pelengkap terhadap uji in vitro. Suhu yang diterapkan dalam simulasi adalah 300 K sebagai suhu acuan dan 310 K sebagai penyesuaian dengan suhu tubuh normal. Parameter ndash; parameter yang diamati antara lain interaksi senyawa ligan dengan residu, afinitas ikatan, RMSD, RMSF, analisis ikatan hidrogen, MMPBSA dan MMGBSA. Dalam simulasi ini, trans-resveratrol, trans-piceid, Gnemonol M, Gnemonosida B, Viniferin dan Gnetin C memberikan energi lebih rendah dibandingkan HMG yang berperan sebagai ligan alami, sehingga berpotensi sebagai inhibitor alternatif terhadap HMGCR. Rentang energi untuk docking ligan ndash; ligan adalah -5,43 kkal/mol hingga 8,63 kkal/mol, serta -11,1 kkal/mol hingga 31,38 kkal/mol untuk simulasi. Suhu simulasi yang lebih disukai adalah 310 K karena terbentuk lebih banyak interaksi dan diperoleh afinitas yang lebih tinggi dibandingkan suhu 300 K.

---

Statins are cholesterol lowering drug and used as primary prevention of cardiovascular diseases CVD , but numerous studies show adverse effects of statin medication. Recent study found alternative nature compounds as treatment of high blood cholesterol level which are contained within melinjo seed extract. Dichloromethane extract has inhibitory activity over Hydroxymethylglutaryl CoA Reductase HMGCR based on in vitro study, therefore has potent activity for lowering blood cholesterol. Molecular docking using Autodock and molecular dynamic simulation using AMBER are conducted for complementary study to in vitro experiment. Simulation was set at 300 K as default temperature and 310 K, normal human body temperature. The main parameters of this study are ligand residue interaction, binding affinity, RMSD, RMSF, hydrogen bonds analysis, MMPBSA and MMGBSA. In this simulation, trans resveratrol, trans piceid, Gnemonol M Gnemonoside B, Viniferin and Gnetin C have lower energy than HMG, the original ligand of HMGCR. Free energy binding obtained from docking range between 5,43 kcal mol to 8,63 kcal mol and 11,1 kcal mol to 31,38 kcal mol for the simulation. Also, simulation at 310 K is preferable than 300 K as more interactions are performed and higher affinity is obtained."

"Kanker merupakan penyebab kematian utama di seluruh dunia. Salah satu faktor terjadinya kanker adalah modifikasi epigenetik yang abnormal (hipermetilasi). Hipermetilasi yang terjadi pada gen diyakini bahwa yang berperan besar dalam proses karsinogenesis adalah enzim DNA metiltransferase (DNMT). Penelitian-penelitian yang dilakukan saat ini untuk menemukan senyawa inhibitor DNMT dari bahan alam. Salah satu metode yang mendukung untuk analisis ini adalah metode in silico. Dalam penelitian ini, diteliti beberapa senyawa pilihan dari basis data herbal Indonesia hasil penapisan virtual terhadap aktivitasnya sebagai inhibitor DNMT. Hasil penambatan molekuler senyawa Cassiamin C, Procyanidin B2, Ent-epicatechin-4alpha-8-ent-epicatechin, Epicatechin-4beta-8-epicatechin-3-O-gallate, Neorhusflavanone, 3-O-galloylepigallocatechin-4beta-6-epicatechin-3-O-gallate, Withanolide, 3-O-galloylepigallocatechin-4beta-6-epigallocatechin-3-O-gallate, Cyanidin-3-6''-caffeylsophoroside-5-glucoside, Epifriedelinol, Gallo-catechin-4alpha-8-epicatechin, Scutellarein-7-glucosyl-1-4-rhamnoside, Epigallo-catechin-3-gallate (EGCG) (kontrol positif), dan sinefungin (kokristal) didapatkan nilai ΔG secara berturut-turut, -9.34, -10.95, -7.95, -11.01, -8.78, -8.87, -11.49, -7.98, -5.92, -8.92, -9.17, -8.76, -9.70, dan -9.11 kkal/mol. Senyawa cassiamin C, procyanidin B2, epicatechin-4beta-8-epicatechin-3-O-gallate, withanolide, dan gallocatechin-4alpha-8-epicatechin memiliki ΔG lebih rendah dari senyawa sinefungin (kokristal) dan EGCG (kontrol positif). Sehingga, tahap selanjutnya akan dilakukan simulasi dinamika molekuler terhadap tujuh ligan tersebut. Hasil simulasi dinamika molekuler menunjukkan aktivitas terbaik secara keseluruhan yaitu pada senyawa procyanidin B2, epicatechin-4beta-8-epicatechin-3-O-gallate, dan gallocatechin-4alpha-8-epicatechin. Residu asam amino yang penting bagi aktivitas inhibitor DNMT1 adalah Phe1145, Glu1168, Met1169, Cys1191, Glu1266, Ala1579, dan Val1580.

---

Cancer is the leading cause of death worldwide. Factors of cancer is an abnormal epigenetic modifications (hypermethylation). Hypermethylation that occur in genes believed that played a major role in process of carcinogenesis is DNA methyltransferase (DNMT) enzyme. Recent studies is conducted to find DNMT inhibitor compounds from natural materials. Method that support for this analysis is in silico studies. In this study, several selected compounds from herbal database Indonesia results of virtual screening will be studying for the activity as an inhibitor DNMT. Results molecular docking of Cassiamin C, Procyanidin B2, Epicatechin-4alphaent-8-ent-epicatechin, Epicatechin-4beta-8-epicatechin-3-O-gallate, Neorhusflavanone, 3-O-galloylepigallocatechin-4beta-6-epicatechin-3-O-gallate, Withanolide, 3-O-galloylepigallocatechin-4beta-6-epigallocatechin-3-O-gallate, Cyanidin-3-6''-caffeylsophoroside-5-glucoside, Epifriedelinol, Gallocatechin-4alpha-8-epicatechin, Scutellarein-7-glucosyl-1-4-rhamnoside, Epigallocatechin-3-gallate (EGCG) (positive control), and Sinefungin (co-crystal) compounds, ΔG values obtained -9.34, -10.95, -7.95, -11.01, -8.78, -8.87, -11.49, -7.98, -5.92, -8.92, -9.17, -8.76, -9.70, and -9.11 kcal/mol, respectively. Cassiamin C, Procyanidin B2, Epicatechin-4beta-8-epicatechin-3-O-gallate, Withanolide, and Gallocatechin-4alpha-8-epicatechin compounds had lower ΔG than Sinefungin (co-crystal) and EGCG (positive control) compounds. Therefore, molecular dynamic simulation of seven selected compounds will be performed. The results of molecular dynamic simulation shows the best overall activity is Procyanidin B2, Epicatechin-4beta-8-epicatechin-3-O-gallate, and Gallocatechin-4alpha-8-epi-catechin compounds. Amino acid residues which are important for the activity of DNMT1 inhibitor is Phe1145, Glu1168, Met1169, Cys1191, Glu1266, Ala1579, and Val1580."

"Xanton merupakan metabolit sekunder yang mempunyai aktivitas antioksidan yang tinggi yang mayoritas terdapat dalam kulit pericarp manggis Garcinia mangostana L. Kulit manggis diekstrak dengan metanol selama 7 hari (diaduk sesekali). Senyawa xanton dipisahkan dari ekstrak kasar dengan kromatografi kolom dengan eluen n-heksana : etil asetat (sistem gradien). Isolasi xanton diduga mengandung α-mangostin, allaxanton E, kudraxanton G, dan 1,5,8-trihidroksi-3-methoksi-2-(3-metilbut-2-enil) xanton. Reaksi prenilasi xanton adalah penambahan gugus prenil pada atom O pada gugus hidroksi dan atau pada atom C pada cincin aromatis dengan bantuan katalis basa. Xanton direaksikan dengan prenil bromida yang berfungsi sebagai sumber prenilasi dan katalis superbasa Na/NaOH/γ-Al2O3 pada temperatur 280C. 1,5,8-trihidroksi-3-metoksi-2-(3-metilbut-2-enil) xanton diduga mendapat tambahan 2 gugus prenil pada C6 dan C7 setelah reaksi prenilasi. Komponen-komponen xanton hasil prenilasi dipisahkan dalam 2, yaitu etil asetat dan metanol. Karakterisasi senyawa xanton dilakukan dengan MS, Spektroskopi UV-Vis, dan IR. Xanton hasil prenilasi dan isolat xanton diuji aktivitas antioksidan dengan DPPH. Aktivitas antioksidan xanton meningkat persentasenya menjadi 32% pada fraksi etil asetat.

---

Xanthone, a secondary metabolite has high antioxidant activity, contained majority in pericarp of mangosteen Garcinia mangostana L. Mangosteen pericarp is extracted by methanol for 7 days (once striring). Xanhones is separated from the crude extract by coloumn chromatography by n-hexane : ethyl acetate eluent (gradient system). Xanthone isolation is proposed cointaining α-mangostin, cudraxanthone G, and 1,5,8-trihydroxy-3-methoxy-2-(3-methylbut-2-enyl) xanthone. Isolated xanthone is reacted with prenyl bromide which serves as the source of prenyl and superbase catalyst Na/NaOH/γ-Al2O3 at 280C. Components of synthesized prenylated xanthones is fractioned in 2 solvents such as ethyl acetate and methanol. 1,5,8-trihydroxy-3-methoxy-2-(3-methylbut-2-enyl) xanthone supposed having addition of 2 prenyl group on C6 and C7 after prenylation reaction. Xanthones is characterized by instruments such as Mass Spectrometry, UV-Vis Spectroscopy, dan Infrared Spectroscopy. Synthesized prenylated xanthone dan xanthone isolate are tested in antioxidant activity with DPPH. The percentage of antioxidant activity of prenylated xanthone is increasing to become 32% for ethyl acetate fraction."

"Kulit buah tanaman Garcinia mangostana atau manggis dapat dimanfaatkan menjadi produk farmasi, salah satunya sebagai sediaan kosmetik. Salah satu sediaan kosmetik yang disukai oleh pengguna adalah sediaan gel. Kulit buah manggis memiliki manfaat sebagai antioksidan yang dapat mempertahankan tubuh dari radikal bebas. Senyawa antioksidan dengan kandungan terbesar pada kulit buah manggis adalah senyawa xanton. Xanton diformulasikan dengan minyak canola, campuran Tween 80 dan Sugar Monoester (SME) sebagai surfaktan, serta etanol sebagai kosurfaktan. Setelah didapatkan formula yang optimum, SNEDDS ditambahkan ke dalam sediaan gel yang mengandung carbopol 940, trietanolamin, propilen glikol, gliserin, chamomile oil, nipagin, asam sitrat, dan aquademineralisata. Evaluasi secara fisik, pengujian stabilitas berupa cycling test, pengujian mekanik, dan penyimpanan selama 6 pekan, serta pengukuran aktivitas antioksidan menggunakan metode DPPH dilakukan terhadap sediaan gel. Formula SNEDDS yang optimum memiliki komposisi yang terdiri dari 30,00% canola oil; 36,56% Tween 80; 12,19% SME; dan 21,25% etanol. Sedangkan, formula gel yang optimum mengandung 10% SNEDDS. Uji sentrifugasi dan cycling test sediaan memberikan hasil yang baik dan tidak terjadi pemisahan maupun sineresis setelah pengujian. Setelah dilakukan pengujian stabilitas selama 6 pekan, sediaan stabil dalam suhu ruang dan suhu rendah serta tidak memberikan perubahan secara fisik maupun pH. Uji aktivitas antioksidan pada pekan ke-0 diperoleh hasil nilai IC50 sebesar 4.374,717 μg/mL dan pada pekan ke-10 4.645,405 μg/mL. Nilai ini tidak terlalu jauh berbeda sehingga sediaan gel masih dinyatakan stabil dalam penyimpanan selama 10 pekan. Hasil evaluasi menyatakan bahwa sediaan gel dengan 10% SNEDDS merupakan formula sediaan gel berbahan SNEDDS xanton yang optimum.

---

The rind of the Garcinia mangostana or mangosteen is used as a cosmetic. One of the cosmetic preparations that are preferred by users is gel. Mangosteen rind can act as an antioxidant that protects the body from free radicals. The highest antioxidant in mangosteen rind is xanthone. The xanthone molecule was then created into a Self-nanoemulsifying Drug Delivery System (SNEDDS). Canola oil, a combination of Tween 80 and Sugar Monoester (SME) as surfactants, and ethanol as cosurfactants are used in the formulation of SNEDDS. The chosen SNEDDS formula was then added to a gel preparation including carbopol 940, triethanolamine, propylene glycol, glycerin, chamomile oil, nipagin, citric acid, and aquademineralisata. Physical evaluation, stability testing in the form of a cycling test, mechanical testing, and storage for 6 weeks, as well as antioxidant activity measurement using the DPPH method was also performed. The optimal SNEDDS formula contain 30% canola oil, 36.56% Tweens 80, 12.19% SMEs, and 21.25% ethanol. Meanwhile, the best gel formula includes 10% SNEDDS. The centrifugation and cycling tests yielded positive results, with no separation or syneresis observed after testing. The gel was stable at room temperature and low temperature after 6 weeks of testing. The IC50 value for antioxidant activity was 4.374,717 μg/mL at week 0 and 4.645,405 μg/mL at week 10. This number has not significantly changed; hence the gel formulation will remain stable in storage for 10 weeks. According to the evaluation results, the gel preparation containing 10% SNEDDS was the best xanthone SNEDDS gel preparation formula."