Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Penyakit demam berdarah dengue yang disebabkan virus denguemerupakan penyakit yang menjadi risiko pada negara-negara di daerah tropisdan subtropis, dengan kejadian tiap tahunnya mencapai 100 juta kasus.Sampai saat ini belum ditemukan adanya vaksin yang dapat mencegahterjadinya infeksi Olen karena itu diperlukan suatu upaya untuk menemukanobat berupa innibitor yang dapat menghambat enzim-enzim yang berperanpada replikasi virus dengue, salah satunya enzim RNA-dependent RNApolymerase (RdRp), yang berperan dalam penggandaan RNA virus dengue.Peptida dipilin menjadi innibitor yang potensial karena memiliki spesifitas danaktivitas yang tinggi. Untuk meningkatkan kestabilan, peptida dirancang siklikdengan adanya jembatan disulfida. Peptida yang dirancang menggunakankombinasi aspartat dan glutamat. Berdasar nasil docking diketahui banwapeptida siklik dengan kombinasi residu CDEEC mempunyai nilai energi ikatyang terendan, yaitu sekitar -10,04 kkal/mol dan nilai Ki sebesar 43,44 nMyang mengindikasikan konformasi terstabil Iigan-enzim, serta memiliki kontakdengan residu enzim dengan jumlan terbanyak yaitu 13 residu."

"Pada penelitian terdahulu telah diusulkan dua buah ligan polipeptida siklik disulfida-CDEEC dan CDGSC-sebagai inhibitor potensial untuk enzim RNA-dependent RNA-polymerase virus dengue melalui molecular docking. Simulasi molecular docking dilakukan dengan keadaan tanpa pelarut dimana enzim dibuat rigid dan ligan dibiarkan bebas berotasi untuk mencari konformasi terbaik. Pada kenyataan dalam sistem seluler terdapat pelarut yang membuat enzim memiliki pergerakan dinamis. Oleh karena itu dalam penelitian ini dilakukan simulasi dinamika molekul untuk memperkirakan sistem kompleks enzim-ligan yang lebih nyata. Simulasi dinamika molekul dijalankan pada selama 5ns pada suhu 300 dan 312 K. Pada akhir simulasi 300 K CDEEC membentuk ikatan dengan dua residu penting pada RdRp yaitu Arg-729 dan Arg-737 sedangkan CDGSC tidak berikatan dengan residu penting manapun. CDEEC juga memberikan hasil yang lebih baik dibanding CDGSC pada simulasi 312 K. CDEEC membentuk ikatan dengan dua residu penting yaitu Arg-737 dan Ser-710 sementara CDGSC tidak berikatan dengan satupun residu penting. Berdasarkan hasil tersebut CDEEC merupakan inhibitor yang lebih baik dan layak untuk dikembangkan sebagai obat anti dengue.

---

Previous researches have proposed two ligands of disulfide cyclic polypeptide which are CDEEC and CDGSC as potential inhibitor of RNA-dependent RNA-polymerase dengue virus by molecular docking. Molecular docking simulation is done without a solvent in which enzyme is made rigid and ligand was left free to rotate to find teh best conformation. In fact in a cellular system there is a solvent that makes the enzyme has a dynamic movement. Therefore in this paper molecular dynamics simulation is done to estimate more reliable condition of enzyme-ligand complex. In this work molecular dynamics simulation is done during 5 ns with two different temperature, 300 and 312 K. At the end of MD simulation at 300 K, CDEEC binds to two RdRp important residues, Arg-729 and Arg-737 while CDGSC doesn’t bind to any important residues. Simulation at 312 K also revealed nearly the same result, CDEEC binds to two RdRP important residues, Arg-737 and Ser-710, whereas CDGSC doesn’t bind to any important residues. Based on the result of these two simulation, CDEEC is proposed as a better inhibitor of RdRp dengue virus and feasible to be developed as anti-dengue drug."

"Demam berdarah merupakan penyakit yang telan menjadi pandemik didaeran tropis dan subtropis dan ningga saat ini tidak ada vaksin yang dapatdigunakan untuk mengobati infeksi akibat virus dengue. Upaya Iain untukdapat mengnambat infeksi akibat virus ini, yaitu pengembangan antiviral.Salan satu target antiviral yang potensial acialan enzim RNA-dependent RNApolymerase (RdRp), yang berperan dalam proses replikasi RNA virus denguedan sel manusia tidak memilikinya Peptida dipilin menjadi innibitor yangpotensial karena memiliki spesifitas dan aktivitas yang tinggi. Untukmeningkatkan kestabilan, peptida dirancang siklik dengan adanya jembatanciisulficia Pepticia yang dirancang menggunakan kombinasi aspartat,glutamat, glisin, serin, arginin, dan lisin. Kandidat Iigan dianalisis berdasarkannasil docking dan drugsca/7. Ligan dengan energi bebas ikat terendah dansesuai dengan kriteria obat kemudian dilakukan analisis terhadapinteraksinya ciengan enzim. Ligan siklik CSGDC yang memenuhi kriteria obatternyata dapat berikatan dengan sisi aktif enzim yaitu aspartat 533 danaspartat 633, serta memiliki energi bebas ikat sekitar -29.6122 Kkal/mol.Pengamatan simulasi dinamika molekul pada tanap inisialisasi dilakukanuntuk melihat perubahan interaksi Iigan ternadap enzim. Hasil pengamatanternyata memperlihatkan banwa Iigan CSGDC masih berinteraksi denganasam amino aspartat 663."

"Perkembangan studi genomik dan proteomik disertai dengan ilmu komputasi dapat memfasilitasi penemuan berbagai target protein dan inhibitor yang potensial untuk dikembangkan sebagai obat. Beberapa penelitian menggunakan metode molecular docking telah dilakukan untuk merancang dan menemukan ligan peptida siklis disulfida yang dapat berperan sebagai inhibitor potensial untuk NS3-NS2B protease virus dengue dengan serotype DENV-2 yang dapat menghambat proses replikasi virus. Pada penelitian ini mempelajari dan mengevaluasi interaksi ligan terhadap enzim dalam keadaan terhidrasi menggunakan metode simulasi dinamika molekul pada dua temperatur berbeda. Simulasi dilakukan terhadap dua inhibitor peptida siklis disulfida yaitu KRK dan RKR serta peptida linier Bz-Nle-K-R-R-H sebagai ligan standar. Diperoleh bahwa pergerakan dinamis yang dimiliki ketiga kompleks ligan-enzim dalam keadaan terhidrasi mempengaruhi interaksi ligan terhadap residu asam amino enzim. Ligan RKR merupakan ligan yang memiliki afinitas paling baik terhadap enzim dibandingkan ligan KRK dan standar. Ditunjukkan dengan interaksi ligan terhadap sisi aktif enzim yang tetap terbentuk selama simulasi dilakukan. Pada akhir simulasi temperatur 300 K, ligan RKR memiliki kontak residu dengan His51 dan berikatan hidrogen dengan Asp75. Kemudian pada akhir simulasi temperatur 312 K, ligan RKR dapat berikatan hidrogen dengan Asp75. Konformasi yang terlihat berbeda pada enzim memperlihatkan perilaku dinamis enzim dalam pelarut dan adanya pengaruh kehadiran inhibitor.

---

Development of genomic and proteomic studies coupled with computational sciences could facilitate the discovery of various target proteins and potential inhibitor to be developed as drugs. Several researchs by molecular docking method have been conducted to design and discover disulfide cyclic peptide ligand which become potential inhibitors for NS2B-NS3 protease of dengue virus with serotype DENV-2 in order to inhibit replication of dengue virus. This research study and evaluate the interaction of ligands and the enzyme in the hydrate state using molecular dynamics simulations at two different temperatures. Simulations performed on two disulfide cyclic peptide inhibitors namely KRK and RKR along with one linear peptide Bz-Nle-K-R-R-H as a standard ligand. The result provided that dynamic movement of three proposed ligand in the hydrate state affecting ligand interaction of the enzyme amino acid residues. RKR ligand has the best affinity to the enzyme than the KRK and the standard ligand. It is shown by the ligand interaction on the enzyme active site which remains to be formed during the simulation performed. At the end of simulation temperature of 300 K, RKR ligand has residue contact with His51 and formed hydrogen bond with Asp75. Then at the end of simulation temperature of 312 K, RKR ligands also could form a hydrogen bond with Asp75. Different conformations of enzymes which occur during simulation showed the dynamic behaviour of the enzyme in the presence of solvent and inhibitor."

"ABSTRAK<Kasus dengue masih tinggi di negara-negara endemik, salah satunya Indonesia. Tingkat insidensi penyakit demam berdarah dengue meningkat sejak tahun 1968 sampai 2015. Hingga saat ini belum ada obat antivirus spesifik untuk infeksi dengue. Salah satu penelitian mengenai pengobatan dengue dilakukan dengan menggunakan bahan natural. Penelitian sebelumnya menunjukkan bahwa fraksi n-heksana ekstrak daun kenikir memiliki potensi sebagai antivirus DENV dengan nilai IC50, CC50, dan SI sebesar 1.497 μg/ml, 33.247 μg/ml dan 22.209 secara berurutan. Akan tetapi, bagaimana mekanisme penghambatan replikasi DENV paling tepat belum diketahui. Penelitian ini merupakan studi eksperimental menggunakan DENV Serotipe 2 Strain NGC dan sel HUH7it-1 yang membandingkan 2 mekanisme hambatan yaitu sesudah infeksi (post infeksi) dan saat-sesudah infeksi (pre-post infeksi). Penentuan persentase penghambatan DENV menggunakan uji focus assay. Sedangkan penentuan persentase viabilitas sel HUH7it-1 menggunakan uji MTT yang dibandingkan dengan nilai viabilitas kontrol DMSO untuk mengetahui efek toksisitas ekstrak. Dari uji tersebut, didapatkan persentase penghambatan DENV dan viabilitas pada mekanisme sesudah infeksi adalah 15,43% dan 138,53%. Sedangkan persentase penghambatan DENV dan viabilitas pada mekanisme saat-sesudah infeksi adalah 6,44% dan 118,12%. Hasil tersebut menunjukkan bahwa mekanisme penghambatan antivirus ekstrak daun kenikir fraksi n-heksana adalah pada sesudah infeksi virus

---

ABSTRACTDengue cases are still high in endemic countries, one of them is Indonesia. The incidence rate of dengue hemorrhagic fever had been increasing since 1968 to 2015. Until now, specific antiviral drug for dengue infection has not been found. One of the research about dengue treatment used natural products. A recent study showed that n-hexane fraction of Cosmos caudatus had the potency of being DENV antiviral drug with the value of IC50, CC50 and SI, 1.497 μg/ml, 33.247 μg/ml and 22.209, respectively. However, the inhibitory mechanism of DENV replication has not been known. This is an experimental study using DENV Serotype 2 Strain NGC and HUH7it-1 cell line that compare 2 inhibitory mechanism, which are post infection and pre-post infection. The inhibitory percentage use focus assay test. And the viability perventage of HUH7it-1 cell is measured by MTT assay to determine the toxicity effect of the extract. From this experiment, the inhibitory percentage of DENV and viability of cell from the post-infection mechanism are 15,43% and 138,53% respectively. Meanwhile the inhibitory percentage and viability from the pre-post infection mechanism are 6,44% and 118,12%. This shows that the inhibitory antiviral mechanism of Cosmos caudatus leaves n-hexane fraction with higher effects is post infection."

"Penyakit dengue masih merupakan masalah kesehatan penting di sebagian besar Negara tropis dan subtropis. Dalam dua dekade terakhir terjadi lonjakan drastis baik jumlah kasus maupun daerah endemik di samping peningkatan keparahan penyakit (DHF/DSS). Meski telah dipelajari secara intensif, belum dipahami benar bagaimana mekanisme infeksi dengue berkembang menjadi DHF/DSS. Sejauh ini diketahui baik faktor inang maupun virulensi virus terlibat dalam menentukan keparahan penyakit. Studi-studi terbaru melaporkan perbedaan struktural genom di antara virus dengue yang memberikan manifestasi klinis berbeda. Perbedaan ini kemungkinan berhubungan dengan patogenesis penyakit. (Med J Indones 2004; 13: 190-4)

---

Dengue disease are reemerging disease and major health concern in tropical and subtropical regions because of the increasing number of patients, expanding endemic areas and increased occurrence of severe clinical manifestation (DHF/DSS) in the last two decades. Despite extensive studies, it is not fully elucidated mechanism by which dengue infection progress to DHF/DSS. Information obtained so far indicates that both host-related factor and virus virulence are involved. Recent studies have shown several structural differences of dengue virus genome between those associated with DF only and those with the potential to cause DHF. That genome differences might be correlated with pathogenesis. (Med J Indones 2004; 13: 190-4)"

"ABSTRAKVirus Dengue (DENV) dan virus Chikungunya (CHIKV) merupakan arbovirus yang menyebabkan infeksi di negara tropis dan subtropis. Penularan kedua virus ini diperantarai oleh vektor yang sama yaitu nyamuk Aedes aegypti. Baik infeksi DENV maupun CHIKV, akan memunculkan respon imun spesifik yang disebabkan oleh sekresi sitokin, kemokin, dan faktor pertumbuhan sebagai mediator inflamasi. Respon imun ini menimbulkan gejala klinis yang mirip hingga sulit dibedakan antara infeksi kedua virus ini. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis profil ekspresi sitokin antara infeksi DENV dan CHIKV dengan sistem galur sel A549 dan HepG2. Untuk mencapai tujuan tersebut, metode yang dilakukan yaitu dengan metode Fluorescence-Activated Cell Sorting (FACS) untuk menentukan tingkat infeksi tertinggi pada masing-masing galur sel dan Enzyme Linked Immunosorbent (ELISA) untuk analisis sitokin/kemokin. Hasil FACS menunjukkan tropisme DENV terhadap galur sel A549 dan CHIKV terhadap galur sel HepG2. Dari keempat sitokin dan kemokin yang diuji yakni IL-8, IL-4, IL-13, dan MCP-3, hasil signifikan ditunjukkan ekspresi IL-8 dan MCP-3. Profil ekspresi kemokin IL-8 lebih tinggi pada galur sel A549 dibandingkan HepG2 sedangkan profil ekspresi kemokin MCP-3 lebih tinggi pada galur sel HepG2 dibandingkan A549. Perbandingan profil ekspresi keduanya, lebih tinggi pada galur sel yang terinfeksi DENV (DENV-4) dibandingkan CHIKV. Penelitian ini membuktikan adanya perbedaan ekspresi sitokin/ kemokin pada galur sel A549 dan HepG2 terhadap infeksi DENV dan CHIKV.

---

ABSTRACT

Dengue Virus (DENV) and Chikungunya virus (CHIKV) are arboviruses infect human living in tropical and subtropical countries. These two viruses are transmitted by the same vector, Aedes aegypti mosquito. DENV and CHIKV infection induce unique immune response characterized by the secretion of cytokines, chemokines, and growth factors as inflammatory mediators. This immune response produces similar clinical symptoms, therefore it is difficult to distinguish between DENV and CHIKV infection. This study was aimed to compare the expression profiles of cytokine/chemokine expression in A549 and HepG2 cell lines infected with DENV and CHIKV. The study used Fluorescence Activated Cell Sorter (FACS) method to determine the infection rate in cell line and Enzyme Linked Immunosorbent (ELISA) for cytokine/chemokine analyses. The FACS results showed the tropism DENV in A549 cells and CHIKV in HepG2 cells. Among four cytokines and chemokines examined, i.e. IL-8, IL-4, IL-13, and MCP-3, significant different in expression was observed for IL-8 and MCP-3. The IL-8 expression was higher in A549 than HepG2 cells, whereas the profile of MCP-3 expression was higher in HepG2 than that in A549 cells. The IL-8 and MCP-3 expression was higher in cell lines infected with DENV (DENV-4) than CHIKV. This study demonstrated the differences of cytokine/chemokine expression in A549 and HepG2 cell lines infected with DENV and CHIKV."

"Demam berdarah dengue (DBD) merupakan salah satu penyakit masyarakat di perkotaan. DBD adalah penyakit infeksi yang disebabkan oleh virus dengue. Manifestasi klinis infeksi virus dengue dapat bersifat asimtomatik atau dapat berupa demam yang tidak khas, demam dengue, demam berdarah dengue atau sindrom syok dengue. Demam berdarah dengue ditandai oleh empat manifestasi klinik mayor yaitu demam tinggi, manifestasi perdarahan (terutama kulit), hepatomegali, dan tanda kegagalan sirkulasi. Karya ilmiah ini merupakan laporan ilmiah mengenai asuhan keperawatan pada klien dengan masalah kesehatan masyarakat perkotaan ; DBD. Implementasi dilakukan pada Klien yang dirawat selama 8 hari di ruang rawat penyakit dalam Melati Atas RSUP Persahabatan. Jumlah masalah keperawatan yang diangkat adalah peningkatan suhu tubuh, risiko defisit volume cairan, risiko perdarahan dan risiko gangguan pemenuhan kebutuhan nutrisi. Masalah keperawatan tersebut teratasi sampai hari ke-8 perawatan.

---

Dengue hemorrhagic fever (DHF) is a disease in urban communities. Dengue is an infectious disease caused by the dengue virus. Clinical manifestations of dengue virus infection may be asymptomatic or may not be a typical fever, dengue fever, dengue hemorrhagic fever or dengue shock syndrome. Dengues hemorrhagic fever is characterized by four major clinical manifestations are high fever, hemorrhagic manifestations (especially the skin), hepatomegaly, and a sign of circulatory failure. This paper discuss about the nursing care to clients with health problems of urban communities; DHF. Implementation is done on client who were treated for 8 days at Melati Atas ward, Persahabatan Hospital. Number of nursing problems are body temperature is increased, the risk of fluid volume deficit, risk of bleeding and the risk of impaired nutritional needs. Nursing problem is solved until the 8th day care."

"ABSTRAKPenyakit dengue yang disebabkan oleh infeksi virus dengue telah menjadi masalah kesehatan masyarakat yang dihadapi oleh dunia, terutama negara-negara tropis dan subtropis. Virus dengue (DENV) memiliki empat serotype (DENV-1, DENV-2, DENV-3, dan DENV-4) dan DENV-3 merupakan virus dengue yang besar penyebarannya di Indonesia. Untuk mengurangi terjadinya insidensi penyakit dengue, diperlukan suatu tindakan pencegahan dengan cara pengembangan vaksin. Pengembangan vaksin yang dilakukan ialah secara in silico, dengan merancang vaksin dengue virus yang bersifat tetravalent menggunakan protein envelope (E) DENV-3 sebagai backbone. Prediksi epitope T cell ditentukan melalui server MULTIPRED dengan metode algoritma HMM dan prediksi epitope B cell dilakukan melalui Conformational Epitope Prediction server (CEP). Epitope T cell dari virus dengue serotype 1, 2, dan 4 disubstitusi ke dalam backbone DENV-3 sehingga didapatkan enam rancangan sekuens peptide vaccine dengue (vaksin HMM1-6). Rancangan sekuens tersebut dicari kesamaan strukturnya melalui program BLAST dan menghasilkan 93% identity. Hasil struktur tiga dimensi protein dari homology modelling dengan server SwissModel, baik First Approach Mode maupun Optimise Mode, kualitasnya sudah baik karena plot residu non glisin yang ada pada disallowed region jumlahnya lebih kecil dari 15% jumlah seluruh residu protein. Vaksin HMM4 (2-4-1) dan vaksin HMM6 (4-2-1) merupakan struktur vaksin yang memiliki similaritas struktur paling besar dengan nilai score-nya 64.5, hasil pembandingan struktur dengan program VAST. Sehingga dapat dikatakan vaksin HMM4 dan vaksin HMM6 adalah rancangan vaksin paling baik, didasarkan similaritasnya dengan struktur protein E DENV-3 native. "

"ABSTRAKInfeksi virus dengue merupakan masalah kesehatan yang dihadapi oleh dunia,terutama Negara-negara tropis dan subtropics seperti Asia, Afrika dan amerika.Berdasarkan data yang dikumpulkan oleh WHO terdapat sekitar 50-100 juta kasusinfeksi dengue di seluruh dunia setiap tahunnya.. Untuk mengatasi masalahtersebut perlu ditemukan solusi baru untuk mengontrol virus dengue tesebut dansalah satunya dengan menemukan obat baru. Tujuan dari penelitian ini adalahuntuk membuat desain dari obat tersebut. Derivat dari Ribavirin dan GTP dapatdijadikan suatu antiviral drug bagi virus dengue khususnya dalam menginhibisiaktivitas enzimatis dari metiltransferase yang berperan dalam mesintesis cap-RNAvirus dengue. Jika dibandingkan dengan interaksi senyawa obat sebelumnya(RTP) maupun interaksi GTP (RNA) dengan metiltransferase, hasil moleculardocking ligan-ligan yang berasal dari modifikasi senyawa derivat dari GTP danRTP seperti viramidin, xantosin dan inosin terbukti memiliki aktivitas yang baikpada metiltransferase baik dari segi afinitas (kcal/mol) maupun interaksinyadengan residu-residu penting dari sisi aktif metiltransferase.

---

ABSTRACTDengue virus infection is a health issue facing the world, especially tropical and

subtropical countries like Asia, Africa and America. Based on data collected by

the WHO there are an estimated 50-100 million cases of dengue

infection worldwide every year. To overcome these problems, we need new

solutions to control the dengue virus proficiency level and one of them can be

achieved by finding new drugs. The purpose of this research is to design it.

Ribavirin and GTP derivatives can be used as an antiviral drug design for dengue

virus, especially in inhibition of enzymatic activity of the methyltransferase that is

involved in synthesizing cap-RNA dengue virus. When compared with

previous drug interaction compound (RTP) and the interaction

of GTP (RNA) with a methyltransferase, the results

of molecular docking ligands derived from modified derivatives

of GTP and RTP like viramidine, xanthosine dan inosine show good activity on

methyltransferase both in terms of affinity (kcal/mol ) and its

interactions with important residues of the methyltransferase?s active site."