Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Pada penelitian terdahulu telah diusulkan dua buah ligan polipeptida siklik disulfida-CDEEC dan CDGSC-sebagai inhibitor potensial untuk enzim RNA-dependent RNA-polymerase virus dengue melalui molecular docking. Simulasi molecular docking dilakukan dengan keadaan tanpa pelarut dimana enzim dibuat rigid dan ligan dibiarkan bebas berotasi untuk mencari konformasi terbaik. Pada kenyataan dalam sistem seluler terdapat pelarut yang membuat enzim memiliki pergerakan dinamis. Oleh karena itu dalam penelitian ini dilakukan simulasi dinamika molekul untuk memperkirakan sistem kompleks enzim-ligan yang lebih nyata. Simulasi dinamika molekul dijalankan pada selama 5ns pada suhu 300 dan 312 K. Pada akhir simulasi 300 K CDEEC membentuk ikatan dengan dua residu penting pada RdRp yaitu Arg-729 dan Arg-737 sedangkan CDGSC tidak berikatan dengan residu penting manapun. CDEEC juga memberikan hasil yang lebih baik dibanding CDGSC pada simulasi 312 K. CDEEC membentuk ikatan dengan dua residu penting yaitu Arg-737 dan Ser-710 sementara CDGSC tidak berikatan dengan satupun residu penting. Berdasarkan hasil tersebut CDEEC merupakan inhibitor yang lebih baik dan layak untuk dikembangkan sebagai obat anti dengue.

---

Previous researches have proposed two ligands of disulfide cyclic polypeptide which are CDEEC and CDGSC as potential inhibitor of RNA-dependent RNA-polymerase dengue virus by molecular docking. Molecular docking simulation is done without a solvent in which enzyme is made rigid and ligand was left free to rotate to find teh best conformation. In fact in a cellular system there is a solvent that makes the enzyme has a dynamic movement. Therefore in this paper molecular dynamics simulation is done to estimate more reliable condition of enzyme-ligand complex. In this work molecular dynamics simulation is done during 5 ns with two different temperature, 300 and 312 K. At the end of MD simulation at 300 K, CDEEC binds to two RdRp important residues, Arg-729 and Arg-737 while CDGSC doesn’t bind to any important residues. Simulation at 312 K also revealed nearly the same result, CDEEC binds to two RdRP important residues, Arg-737 and Ser-710, whereas CDGSC doesn’t bind to any important residues. Based on the result of these two simulation, CDEEC is proposed as a better inhibitor of RdRp dengue virus and feasible to be developed as anti-dengue drug."

"Perkembangan studi genomik dan proteomik disertai dengan ilmu komputasi dapat memfasilitasi penemuan berbagai target protein dan inhibitor yang potensial untuk dikembangkan sebagai obat. Beberapa penelitian menggunakan metode molecular docking telah dilakukan untuk merancang dan menemukan ligan peptida siklis disulfida yang dapat berperan sebagai inhibitor potensial untuk NS3-NS2B protease virus dengue dengan serotype DENV-2 yang dapat menghambat proses replikasi virus. Pada penelitian ini mempelajari dan mengevaluasi interaksi ligan terhadap enzim dalam keadaan terhidrasi menggunakan metode simulasi dinamika molekul pada dua temperatur berbeda. Simulasi dilakukan terhadap dua inhibitor peptida siklis disulfida yaitu KRK dan RKR serta peptida linier Bz-Nle-K-R-R-H sebagai ligan standar. Diperoleh bahwa pergerakan dinamis yang dimiliki ketiga kompleks ligan-enzim dalam keadaan terhidrasi mempengaruhi interaksi ligan terhadap residu asam amino enzim. Ligan RKR merupakan ligan yang memiliki afinitas paling baik terhadap enzim dibandingkan ligan KRK dan standar. Ditunjukkan dengan interaksi ligan terhadap sisi aktif enzim yang tetap terbentuk selama simulasi dilakukan. Pada akhir simulasi temperatur 300 K, ligan RKR memiliki kontak residu dengan His51 dan berikatan hidrogen dengan Asp75. Kemudian pada akhir simulasi temperatur 312 K, ligan RKR dapat berikatan hidrogen dengan Asp75. Konformasi yang terlihat berbeda pada enzim memperlihatkan perilaku dinamis enzim dalam pelarut dan adanya pengaruh kehadiran inhibitor.

---

Development of genomic and proteomic studies coupled with computational sciences could facilitate the discovery of various target proteins and potential inhibitor to be developed as drugs. Several researchs by molecular docking method have been conducted to design and discover disulfide cyclic peptide ligand which become potential inhibitors for NS2B-NS3 protease of dengue virus with serotype DENV-2 in order to inhibit replication of dengue virus. This research study and evaluate the interaction of ligands and the enzyme in the hydrate state using molecular dynamics simulations at two different temperatures. Simulations performed on two disulfide cyclic peptide inhibitors namely KRK and RKR along with one linear peptide Bz-Nle-K-R-R-H as a standard ligand. The result provided that dynamic movement of three proposed ligand in the hydrate state affecting ligand interaction of the enzyme amino acid residues. RKR ligand has the best affinity to the enzyme than the KRK and the standard ligand. It is shown by the ligand interaction on the enzyme active site which remains to be formed during the simulation performed. At the end of simulation temperature of 300 K, RKR ligand has residue contact with His51 and formed hydrogen bond with Asp75. Then at the end of simulation temperature of 312 K, RKR ligands also could form a hydrogen bond with Asp75. Different conformations of enzymes which occur during simulation showed the dynamic behaviour of the enzyme in the presence of solvent and inhibitor."

"Penyakit demam berdarah dengue yang disebabkan virus denguemerupakan penyakit yang menjadi risiko pada negara-negara di daerah tropisdan subtropis, dengan kejadian tiap tahunnya mencapai 100 juta kasus.Sampai saat ini belum ditemukan adanya vaksin yang dapat mencegahterjadinya infeksi Olen karena itu diperlukan suatu upaya untuk menemukanobat berupa innibitor yang dapat menghambat enzim-enzim yang berperanpada replikasi virus dengue, salah satunya enzim RNA-dependent RNApolymerase (RdRp), yang berperan dalam penggandaan RNA virus dengue.Peptida dipilin menjadi innibitor yang potensial karena memiliki spesifitas danaktivitas yang tinggi. Untuk meningkatkan kestabilan, peptida dirancang siklikdengan adanya jembatan disulfida. Peptida yang dirancang menggunakankombinasi aspartat dan glutamat. Berdasar nasil docking diketahui banwapeptida siklik dengan kombinasi residu CDEEC mempunyai nilai energi ikatyang terendan, yaitu sekitar -10,04 kkal/mol dan nilai Ki sebesar 43,44 nMyang mengindikasikan konformasi terstabil Iigan-enzim, serta memiliki kontakdengan residu enzim dengan jumlan terbanyak yaitu 13 residu."

"Demam berdarah merupakan penyakit yang telan menjadi pandemik didaeran tropis dan subtropis dan ningga saat ini tidak ada vaksin yang dapatdigunakan untuk mengobati infeksi akibat virus dengue. Upaya Iain untukdapat mengnambat infeksi akibat virus ini, yaitu pengembangan antiviral.Salan satu target antiviral yang potensial acialan enzim RNA-dependent RNApolymerase (RdRp), yang berperan dalam proses replikasi RNA virus denguedan sel manusia tidak memilikinya Peptida dipilin menjadi innibitor yangpotensial karena memiliki spesifitas dan aktivitas yang tinggi. Untukmeningkatkan kestabilan, peptida dirancang siklik dengan adanya jembatanciisulficia Pepticia yang dirancang menggunakan kombinasi aspartat,glutamat, glisin, serin, arginin, dan lisin. Kandidat Iigan dianalisis berdasarkannasil docking dan drugsca/7. Ligan dengan energi bebas ikat terendah dansesuai dengan kriteria obat kemudian dilakukan analisis terhadapinteraksinya ciengan enzim. Ligan siklik CSGDC yang memenuhi kriteria obatternyata dapat berikatan dengan sisi aktif enzim yaitu aspartat 533 danaspartat 633, serta memiliki energi bebas ikat sekitar -29.6122 Kkal/mol.Pengamatan simulasi dinamika molekul pada tanap inisialisasi dilakukanuntuk melihat perubahan interaksi Iigan ternadap enzim. Hasil pengamatanternyata memperlihatkan banwa Iigan CSGDC masih berinteraksi denganasam amino aspartat 663."

"Penyakit dengue masih merupakan masalah kesehatan penting di sebagian besar Negara tropis dan subtropis. Dalam dua dekade terakhir terjadi lonjakan drastis baik jumlah kasus maupun daerah endemik di samping peningkatan keparahan penyakit (DHF/DSS). Meski telah dipelajari secara intensif, belum dipahami benar bagaimana mekanisme infeksi dengue berkembang menjadi DHF/DSS. Sejauh ini diketahui baik faktor inang maupun virulensi virus terlibat dalam menentukan keparahan penyakit. Studi-studi terbaru melaporkan perbedaan struktural genom di antara virus dengue yang memberikan manifestasi klinis berbeda. Perbedaan ini kemungkinan berhubungan dengan patogenesis penyakit. (Med J Indones 2004; 13: 190-4)

---

Dengue disease are reemerging disease and major health concern in tropical and subtropical regions because of the increasing number of patients, expanding endemic areas and increased occurrence of severe clinical manifestation (DHF/DSS) in the last two decades. Despite extensive studies, it is not fully elucidated mechanism by which dengue infection progress to DHF/DSS. Information obtained so far indicates that both host-related factor and virus virulence are involved. Recent studies have shown several structural differences of dengue virus genome between those associated with DF only and those with the potential to cause DHF. That genome differences might be correlated with pathogenesis. (Med J Indones 2004; 13: 190-4)"

"ABSTRAK<Kasus dengue masih tinggi di negara-negara endemik, salah satunya Indonesia. Tingkat insidensi penyakit demam berdarah dengue meningkat sejak tahun 1968 sampai 2015. Hingga saat ini belum ada obat antivirus spesifik untuk infeksi dengue. Salah satu penelitian mengenai pengobatan dengue dilakukan dengan menggunakan bahan natural. Penelitian sebelumnya menunjukkan bahwa fraksi n-heksana ekstrak daun kenikir memiliki potensi sebagai antivirus DENV dengan nilai IC50, CC50, dan SI sebesar 1.497 μg/ml, 33.247 μg/ml dan 22.209 secara berurutan. Akan tetapi, bagaimana mekanisme penghambatan replikasi DENV paling tepat belum diketahui. Penelitian ini merupakan studi eksperimental menggunakan DENV Serotipe 2 Strain NGC dan sel HUH7it-1 yang membandingkan 2 mekanisme hambatan yaitu sesudah infeksi (post infeksi) dan saat-sesudah infeksi (pre-post infeksi). Penentuan persentase penghambatan DENV menggunakan uji focus assay. Sedangkan penentuan persentase viabilitas sel HUH7it-1 menggunakan uji MTT yang dibandingkan dengan nilai viabilitas kontrol DMSO untuk mengetahui efek toksisitas ekstrak. Dari uji tersebut, didapatkan persentase penghambatan DENV dan viabilitas pada mekanisme sesudah infeksi adalah 15,43% dan 138,53%. Sedangkan persentase penghambatan DENV dan viabilitas pada mekanisme saat-sesudah infeksi adalah 6,44% dan 118,12%. Hasil tersebut menunjukkan bahwa mekanisme penghambatan antivirus ekstrak daun kenikir fraksi n-heksana adalah pada sesudah infeksi virus

---

ABSTRACTDengue cases are still high in endemic countries, one of them is Indonesia. The incidence rate of dengue hemorrhagic fever had been increasing since 1968 to 2015. Until now, specific antiviral drug for dengue infection has not been found. One of the research about dengue treatment used natural products. A recent study showed that n-hexane fraction of Cosmos caudatus had the potency of being DENV antiviral drug with the value of IC50, CC50 and SI, 1.497 μg/ml, 33.247 μg/ml and 22.209, respectively. However, the inhibitory mechanism of DENV replication has not been known. This is an experimental study using DENV Serotype 2 Strain NGC and HUH7it-1 cell line that compare 2 inhibitory mechanism, which are post infection and pre-post infection. The inhibitory percentage use focus assay test. And the viability perventage of HUH7it-1 cell is measured by MTT assay to determine the toxicity effect of the extract. From this experiment, the inhibitory percentage of DENV and viability of cell from the post-infection mechanism are 15,43% and 138,53% respectively. Meanwhile the inhibitory percentage and viability from the pre-post infection mechanism are 6,44% and 118,12%. This shows that the inhibitory antiviral mechanism of Cosmos caudatus leaves n-hexane fraction with higher effects is post infection."

"Virus dengue (DENV) telah menyebar luas di berbagai penjuru dunia, terutama pada daerah beriklim tropis. Pengobatan yang efektif terhadap infeksi DENV belum tersedia walaupun telah dikembangkan beberapa kandidat vaksin. Pengobatan yang dilakukan saat ini hanya untuk mengurangi gejala sakit dan mengurangi risiko kematian. Oleh karena itu, dibutuhkan suatu pengobatan yang bersifat antiviral. Protein envelope merupakan salah satu protein struktural DENV yang diketahui dapat menjadi target inhibitor antiviral dan berperan khusus dalam proses fusi. Penelitian ini bertujuan untuk screening peptida siklis komersial yang digunakan sebagai inhibitor protein envelope DENV melalui molecular docking dan molecular dynamics pada temperatur 310K dan 312K. Screening 301 peptida siklis komersial melalui molecular docking menghasilkan 10 ligan terbaik dan berdasarkan interaksi ikatan hidrogen dan kontak residu pada cavity protein envelope didapatkan tiga ligan terbaik yang dapat memasuki cavity protein envelope secara keseluruhan. Ketiga ligan tersebut diuji melalui ADME-Tox dan didapatkan ligan terbaik, yaitu BNP (7-32), porcine. Hasil simulasi molecular dynamics pada temperatur 310K dan 312K menunjukan bahwa ligan dapat mempertahankan interaksi dengan cavity target, sehingga ligan BNP (7-32), porcine dapat dijadikan kandidat antiviral untuk DENV.

---

Dengue virus ( DENV) has spread throughout the world, especially in tropical climates. Effective treatment of DENV infection is not yet available although several candidate vaccines have been developed. Treatment at this time is only to reduce symptoms and reduce the risk of death. Therefore, antiviral treatment is very needed. Envelope Protein is one of the structural proteins of DENV which is known could be a target of antiviral inhibitors and plays a special role in the fusion process.

This research aims to screen the commercial cyclic peptides which are used as inhibitors of envelope protein DENV through molecular docking and molecular dynamics at 310K and 312K. Screening of commercial cyclic peptides through molecular docking ligands obtained best 10 ligands then examined the interaction between hydrogen bonding and residue contacts of the cavity envelope protein and obtained best three ligands which could enter the cavity of envelope protein overall. The three ligands were predicted through the ADME-Tox and obtained the best ligands, namely BNP (7-32), porcine. The results of molecular dynamics simulations at 310K and 312K revealed that ligand can maintain interaction with the cavity of the target."

"ABSTRAKInfeksi virus dengue merupakan masalah kesehatan yang dihadapi oleh dunia,terutama Negara-negara tropis dan subtropics seperti Asia, Afrika dan amerika.Berdasarkan data yang dikumpulkan oleh WHO terdapat sekitar 50-100 juta kasusinfeksi dengue di seluruh dunia setiap tahunnya.. Untuk mengatasi masalahtersebut perlu ditemukan solusi baru untuk mengontrol virus dengue tesebut dansalah satunya dengan menemukan obat baru. Tujuan dari penelitian ini adalahuntuk membuat desain dari obat tersebut. Derivat dari Ribavirin dan GTP dapatdijadikan suatu antiviral drug bagi virus dengue khususnya dalam menginhibisiaktivitas enzimatis dari metiltransferase yang berperan dalam mesintesis cap-RNAvirus dengue. Jika dibandingkan dengan interaksi senyawa obat sebelumnya(RTP) maupun interaksi GTP (RNA) dengan metiltransferase, hasil moleculardocking ligan-ligan yang berasal dari modifikasi senyawa derivat dari GTP danRTP seperti viramidin, xantosin dan inosin terbukti memiliki aktivitas yang baikpada metiltransferase baik dari segi afinitas (kcal/mol) maupun interaksinyadengan residu-residu penting dari sisi aktif metiltransferase.

---

ABSTRACTDengue virus infection is a health issue facing the world, especially tropical and

subtropical countries like Asia, Africa and America. Based on data collected by

the WHO there are an estimated 50-100 million cases of dengue

infection worldwide every year. To overcome these problems, we need new

solutions to control the dengue virus proficiency level and one of them can be

achieved by finding new drugs. The purpose of this research is to design it.

Ribavirin and GTP derivatives can be used as an antiviral drug design for dengue

virus, especially in inhibition of enzymatic activity of the methyltransferase that is

involved in synthesizing cap-RNA dengue virus. When compared with

previous drug interaction compound (RTP) and the interaction

of GTP (RNA) with a methyltransferase, the results

of molecular docking ligands derived from modified derivatives

of GTP and RTP like viramidine, xanthosine dan inosine show good activity on

methyltransferase both in terms of affinity (kcal/mol ) and its

interactions with important residues of the methyltransferase?s active site."

"Demam berdarah merupakan sebuah masalah kesehatan besar yang mengancam banyak negara tropis, termasuk Indonesia. Beberapa tahun terakhir penyakit ini berkembang menjadi semakin parah. Hal ini diperparah dengan tidak adanya antivirus maupun Vaksin untuk infeksi dengue. Penelitian ini bertujuan untuk melakukan desain primer untuk amplifikasi gen Non Structural -3 (NS-3) serotype 2 (DENV-2) strain Indonesia (AB189124) yang bisa disisipkan pada plasmid pPICZ-alphaA dan diekspresikan pada vektor Pichia pastoris. Hasil penelitian didapatkan pasangan primer yang dapat digunakan untuk membuat protein rekombinan NS-3 DENV-2. Pasangan primer tersebut adalah pasangan CGC + KpnI + Primer (4468) = CGC + GGTACC + TCCCGTGTCAATACCAATCA dan SacII + Primer (6495) = CCGCGG + AGCATGATTGTACGCCCTTC. Dengan mempertimbangkan sekuens keseluruhan gen NS-3 DENV-2, epitope, dan enzim restriksi pada plasmid dan NS-3, maka pasangan primer tersebut dapat digunakan untuk membuat protein rekombinan NS-3 DENV-2 sebagai kandidat Vaksin dengue.

---

Dengue Fever is a major health problem which threatens a lot of tropical countries, including Indonesia. In the last few years, this epidemic grew worse. This was aggravated by the nonexistence of neither vaccine nor antivirus capable of neutralizing dengue virus serotype 1-4. This research focused on designing primer for amplification of Non Structural-3 (NS-3) dengue virus serotype 2 (DENV-2) Indonesian strain (AB189124) which could be spliced into pPICZ-alhpaA and expressed on Pichia pastoris vector. Research result was a primer pair which could be used to produce NS-3 DENV-2 recombinant protein. These primer pair were CGC + KpnI + Primer (4468) = CGC + GGTACC + TCCCGTGTCAATACCAATCA dan SacII + Primer (6495) = CCGCGG + AGCATGATTGTACGCCCTTC. By considering overall sequence of NS-3 DENV-2 genes, epitope, and restriction enzyme on plasmid and NS-3, these primer pair could be use to produce NS-3 DENV-2 recombinant protein as a dengue vaccine candidate."

"Infeksi virus dengue masih merupakan masalah kesehatan dunia saat ini termasuk di Indonesia. Provinsi DKI Jakarta pada tahun 2009 dilaporkan 158.912 kasus dengan jumlah kematian 1.420 orang (CFR 0,89%). Tingginya jumlah rawat inap di rumah sakit ini juga menjadi beban yang cukup besar.Tujuan: untuk mengetahui faktor-faktor yang mempengaruhi lama rawat inap pada pasien yang terinfeksi virus dengue di RSUP Persahabatan, Jakarta Timur.Metode: Menggunakan desain potong lintang (cross-sectional).Hasil: Jumlah kasus infeksi dengue di RSUP Persahabatan tahun 2010 adalah 2168. Didapatkan subjek 450 orang dari total 633 subjek yang tercatat selama 1 Januari - 31 Juni 2010. Berdasarkan hasil analisis multivariat diperoleh 4 variabel yang memiliki hubungan bermakna dengan lama rawat inap pasien yang terinfeksi virus dengue yaitu lama sakit sebelum masuk RS (p=0.000, OR=0.229, 95% CI 0.134-0.392), penyulit (p=0.003, OR = 2.050, CI 95% : 1.276 ? 3.293),jumlah trombosit (p=0.013, OR=2.585, 95% CI 1.220-5.478) dan jumlah leukosit (p=0.024, OR=1.624, 95% CI 1.065-2.475). Variabel yang paling dominan yang berhubungan dengan lama rawat inap adalah jumlah trombosit. Dari hasil tersebut disarankan agar klinisi dan akademisi perlu meningkatkan standar pelayanan penyakit yang lebih efektif dan efisien pada pasien yang terinfeksi virus dengue.

---

Background: Dengue fever remains as health problem in the world, especially in tropic and sub-tropic zone include Indonesia. DKI Jakarta province in 2009 was reported 158.912 cases with mortality rate 1.420 cases (CFR 0,89%). Very high of hospitalization rate in the hospital due to dengue infection increase the burden for the government and community.

Objective: to find out factors affect to the hospitalization days in patients with dengue virus infection in Persahabatan Hospital, East Jakarta

Method: This study was implemented using cross-sectional design.

Result: There was 450 subject from total 633 cases reported during 1 January - 31 June 2010. Based on bivariate analysis there is 4 variable which has significant correlation with hospitalization days in patients with dengue virus infection in Persahabatan Hospital. They are days of sick before hospitalized (p=0.000, OR=0.229, 95% CI 0.134-0.392), complication (p=0.003, OR = 2.050, CI 95% : 1.276 ? 3.293), trombocyte (p=0.013, OR=2.585, 95% CI 1.220-5.478), leucocyte (p=0.024, OR=1.624, 95% CI 1.065-2.475). Dominant variable which has significant correlation with hospitalization days is trombocyte. From those result, suggestion for clinician and academician are to increase services standart to be more effective and efficient for patients with dengue virus infection."