Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Sequencing by Hybridization adalah salah satu metode untuk mencari barisan lengkap DNA dengan mencari jalur Euler pada graf DNA. Namun, tidak semua graf DNA memiliki jalur Euler. Hal ini terjadi antara lain bila terdapat busur pada graf DNA yang dilewati lebih dari satu kali, yang berarti terjadi pengulangan pada barisan DNA. Untuk mengkarakterisasi pola pengulangan yang dapat menyebabkan terbentuknya barisan DNA berbeda, graf DNA diubah menjadi graf pola utama.Graf pola utama adalah penyederhanaan dari graf pola. Graf pola yang berbeda dapat memiliki graf pola utama yang sama. Skripsi ini akan membahas penggunaan fungsi pembangkit untuk menghitung banyaknya graf pola dari suatu graf pola utama yang telah diberikan untuk sembarang pengulangan dan dengan cara pembentukan, dimana"

"Ketahanan tumbukan adalah salah satu sifat penting dari suatu fungsi hash. Suatu fungsi hash f dikatakan mempunyai sifat ketahanan tumbukan jika diberikan suatu nilai hash f(m) maka sulit menemukan suatu anggota domain m' yang mempunyai nilai hash f(m') , dengan f(m') = f(m) tetapi m' * m. Pada tahun 2008, Tillich-Zemor membuktikan bahwa fungsi hash yang dibangun dari graf ekspander LPS yang dikonstruksi oleh Charles-Goren-Lauter (2007) tidak memenuhi sifat ketahanan tumbukan. Untuk menghindari hal tersebut dilakukan perbaikan dengan melakukan transformasi himpunan pembangkit sp dari fungsi hash menjadi himpunan pembangkit SP 2. Pada tesis ini dilakukan pembuktian secara matematis bahwa Teorema Tillich-Zemor tidak dapat digunakan pada hasil transformasi fungsi hash yang dibangun dengan himpunan pembangkit sp 2.

---

Collision resistant is one of important properties of a hash function. Hash function f is called to satisfied the collision resistant if given a hash value f (m) then it will difficult to find another m' from domain off which has a hash value f(m'), where f(m') = f(m) and m' * m. In 2008, Tillich-Zemor proved that the hash function of LPS expander graph constructed by Charles-Goren-Lauter (2007) does not satisfies collision resistant. To avoid that, the improvement done by transforming the generator set SP of hash function to be generator set SP 2 . This thesis is done a mathematically prove that the Tillich-Zemor Theorem cannot be applied in the transformation of the hash function constructed by generator set 5/."

"Salah satu permasalahan dalam genetika adalah pencarian barisan lengkap DNA dari potongan – potongan pendek barisan DNA yang diberikan. Metode yang dapat digunakan untuk masalah ini adalah metode Sequencing by Hybridization yang mencari barisan lengkap DNA dengan memodelkannya menjadi masalah pencarian lintasan Hamilton pada graf DNA. Graf DNA adalah graf yang dibentuk dari potongan – potongan pendek barisan DNA dengan aturan tertentu. Pencarian lintasan Hamiton pada suatu graf membutuhkan waktu eksponensial sehingga pencarian barisan lengkap DNA dengan lintasan Hamilton juga membutuhkan waktu eksponensial. Untuk mengurangi waktu komputasi menjadi polinomial, graf DNA diubah menjadi graf baru yang disebut graf asal. Hal ini mengakibatkan pencarian lintasan Hamilton pada graf DNA berubah menjadi pencarian lintasan Euler pada graf asal. Graf DNA yang dibentuk dari spektrum DNA termasuk line digraph, yaitu adjoint dari suatu graf asal yang tidak memiliki busur sejajar. Dalam skripsi ini akan dibahas karakteristik sifat – sifat dari line digraph yaitu hubungan antara line digraph dan graf asalnya, termasuk di dalamnya sifat ketetanggaan pada adjoint, serta dari pelabelan pada suatu graf. Dari sisi pelabelan, ditunjukan bahwa line digraph termasuk dalam kelas ∞ 2 L yang nantinya akan digunakan dalam pembentukan algoritma pengenalan line digraph yang sekaligus dapat digunakan untuk membentuk graf asal dari suatu line digraph."

"Nanopore DNA Sequencing adalah metode untuk menganalisa susunan nukleotida yang terdapat dalam suatu untaian DNA. Sebelum melewati lubang nanopore, untaian ganda pada DNA dipisahkan menjadi untaian tunggal DNA. Untaian tunggal DNA kemudian mengalami tekanan fisik yang menyebabkan untaian tunggal DNA tersebut terpotong menjadi potongan-potongan untaian tunggal DNA. Potongan-potongan untaian tunggal DNA tersebut akan dibaca oleh nanopore. Setelah itu, nanopore menghasilkan himpunan oligonukleotida yang kemudian akan dianalisa untuk mendapatkan barisan utuh DNA. Pada makalah ini, dibahas mengenai cara menentukan susunan barisan utuh DNA dari himpunan oligonukleotida yang dihasilkan oleh nanopore dengan pendekatan teori graf.

---

A Nanopore DNA Sequencing is a method for determining the order of nucleotides that occur on a strand of DNA. Before passing through the nanopore, double helix of DNA will be split into single strand DNA. Physical stresses break the single strand DNA into subsequences single strand DNA. Futhermore, this subsequences will be read by the nanopore. After that, nanopore produces set of oligonucleotides that will be analyzed to get the complete DNA strand. This research, gives a method in determing the complete DNA strand from the set of oligonucleotides that is produced by nanopore."

"Elektroforesis merupakan peristiwa pergerakan molekul-molekul kecil yang dibawa oleh muatan listrik akibat adanya pengaruh medan listrik. Peristiwa ini diaplikasikan dalam bidang kedokteran untuk mengidentifikasi DNA, dengan alat yang disebut Agarose Gel Electrophoresis. Ketika alat ini diberi arus listrik DNA yang bermuatan negatif akan bermigrasi ke kutub positif, dimana fragmen DNA yang lebih kecil akan bermigrasi lebih jauh dibanding fragmen yang lebih besar. Jauh migrasi DNA ini dapat diukur dan dianalisa sehingga didapatkan massa moelekul dan jenis DNA. Akan tetapi arus listrik yang digunakan untuk membuat fragmen DNA bermigrasi dapat menimbulkan panas. Panas yang berlebih harus dihindari karena dapat menyebabkan Agarose Gel electrophoresis tidak dapat beroperasi sebagaimana mestinya, oleh karena itu pada alat ini digunakan sistem pendingin. Pengujian ini bertujuan untuk melihat pengaruh penggunaan heat pipe terhadap sistem pendingin termoelektrik yang digunakan Agarose Gel Electrophoresis. Pengaruh dilihat dari hasil visualisasi migrasi DNA yang dihasilkan oleh alat ini.

---

Electrophoresis is a phenomenon which related to the movement of small particles which is carried by the electrons due to the electric field. This phenomenon is used in medical science as one of the DNA identification methods, with the instrument named Agarose Gel Electrophoresis. When the electric current is passed through the medium containing the DNA, the DNA that carry a negative charge will migrate towards the positive pole. The smaller DNA fragments is migrating further than the bigger ones. Then, distance of the migration can be measured and analyzed to get the DNA's molecul mass and its specification. When electric current is flowing, there comes heat. Overheating should be avoided to make sure the Agarose Gel Electrophoresis operates well. That's why this instrument is equipped with a cooling system. This research was conducted to find the effect of heat pipe using as a thermoelectric cooling system on Agarose Gel Electrophoresis. The effect can be analyzed by seeing the visualisation of DNA migration."

"Aragose Gel Electrophoresis (AGE) merupakansuatu teknikanalisisyang digunakan dalam bidang biologi molekuler untuk memisahkan suatu molekul asam nukleat (DNA) maupun protein atas ukurannya serta membandingkannya dari beberapa sampel untaianterpisah terhadap ukuran sampel yang telah diketahui untaiannya. Analisis ini menggunakan muatan listrik pada matrik jel agarose (Agarose Gel)untuk memberikan efek angkat dari muatan negatif arus listrik searah.Namun pemberian muatan arus listrik yang cukup tinggi akan menimbulkan kenaikan temperatur pada gel dan sering mengakibatkanhasil fragmen pada jel jenis low melting tidak dapat diamati secara seksama. Penelitian ini memanfaatkan penggunaan modul Termoelektrik (TE) sebagai alat pemompa kalor dengan model desain bersifat isolatoryang dapat mencegah proses pelelehan jel pada suatu muatan tertentu. Penggunaan 3 modul TE tersusun seri pada model rancangan alat AGE mampu mencapai temperatur efektif sehingga dapatdiperoleh penghematan waktu proses pemisahan fragmen hingga sekitar 25% lebih cepat serta dapat menggunakan konsentrasi campuran jel hingga mencapai 0,5%

---

AbstractAgarose Gel Electrophoresis (AGE) is a method used in molecular biology to separate a molecule mass of DNA or protein by size and to determine the size of the separate strands by comparison to strands known length using a DC electric field energy to drag negatively charge DNA. molecules through a low melting gel matrix, and the shorter molecules move faster than the longer ones since they are ableto slip through the gel more easily. The high electric currentleads unfortunately in high temperature of gel matrix and makes the fragment could not be observed precisely. In order to reducehigh temperature, the Thermoelectric module (TE) was used as heat pump device, which also having surface characteristic as isolator that prohibits current leak in AGE device. Using a series connection of 3 TE modules, the model was able to give an effective temperature with the result in time process reduction is about 25% more faster and capable in using of gel concentration until 0.5%. "