Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Enzim merupakan biokatalis yang banyak dimanfaatkan dalam industri sebagai alternatif dari penggunaan bahan-bahan kimia yang mencemari lingkungan, salah satu diantaranya adalah enzim xilanase. Xilanase dalam industri dapat digunakan dalam proses pemutihan kertas, campuran pakan ternak, penjernihan sirup, produksi gula xilosa, dan sebagainya. Teknologi proses dalam industri umumnya dilakukan pada suhu dan pH yang tinggi, oleh karena itu dibutuhkan xilanase yang bersifat alkalotermofilik. Teknologi DNA rekombinan dilakukan agar enzim yang diproduksi mudah dimanipulasi dan dikembangkan untuk efesiensi. Laboratorium Teknologi Bioindustri, Pusat Laboratorium Bioindustri, Badan Pengkajian dan Penerapan Teknologi (BPPT) yang berada di Puspiptek, Serpong, Jawa Barat telah mengisolasi isolat CMU dari Sumber Air Panas Cimanggu yang positif menghasilkan xilanase alkalotermofilik. Tujuan penelitian ini adalah untuk melakukan kloning gen penyandi enzim xilanase alkalotermofilik serta ekspresi enzim rekombinannya pada Escherichia coli. Hasil identifikasi daerah 16S rRNA secara parsial pada isolat ini menunjukkan bahwa isolat CMU berafiliasi pada Bacillus halodurans. Gen penyandi xilanase alkalotermofilik telah berhasil diamplifikasi dari genom isolat CMU dan dikloning ke dalam E.coli DH5α dengan menggunakan vektor pGEM-T Easy. Dari proses transformasi hasil ligasi vektor dan produk PCR menghasilkan 2 bakteri rekombinan, yang membawa gen xilanase yang mempunyai perbedaan sekuens, dinamakan Klon 2 dan Klon 3. Analisa aktivitas produk gen dari E.coli DH5α rekombinan Klon 2 dan Klon 3 menunjukkan bahwa bakteri rekombinan ini menghasilkan enzim xilanase yang alkalotermofilik dengan profil berbeda. Aktivitas enzim xilanase pada Klon 2 optimal pada pH 11 dan suhu 70oC (16,52 U/mg) sedangkan Klon 3 optimal pada pH 8 dan suhu 60oC (17,65 U/mg).

---

Enzyme known as a catalyst that has been widely used in industries as an alternative of chemicals process that polluted the environment. One of the important enzymes in industries is xylanase enzyme. Xylanase in industry can be used for bleaching process of pulp, rarefaction of syrup, producing of xylose sugar, mixed fodder, and so forth. Technology process in industry are generally conducted at high temperature and pH. Therefore, it requires a xylanase that has alkalothermophilic character. Recombinant DNA technology can make the gene product easily manipulated for efficiency. Center for Bio-industrial technology, The Agency for the Assessment and Application of Technology (BPPT) has isolated an isolate from Cimanggu Hot Spring that potentially produced an alkalothermophilic xylanase. The isolate designed as CMU.

The purpose of this study is to clone the encoding gene of alkalothermophilic xylanase and to express this gene in Escherichia coli. The region identification result of 16S rRNA of this isolate showed that the CMU isolate is closed relative to Bacillus halodurans species. The gene encoding for alkalothermophilic xyalanase has been amplified from chromosomal DNA of CMU isolate and succesfully cloned into E.coli DH5α using the pGEM-T Easy vector. The ligation and transformation produces two recombinant bacteria with different sequence, namely Clone- 2 and Clone- 3. Xylanase activity assay showed that both recombinant E. coli have xylanase activity. The maximum activity of xylanase in clone-2 and clone-3 were reached at pH 11 and 700C (16.52 U/mg), and at pH 8 and 600C (17.65 U/mg), respectively."

"Enzim merupakan biokatalisator yang banyak digunakan di bidang industri, terutama deterjen, farmasi, makanan bahkan pemurnian minyak. Salah satu enzim yang banyak digunakan untuk pemurnian minyak ialah lysophospholipase. Sebanyak 50 kebutuhan enzim industri diperoleh dari mikroorganisme. Akan tetapi umumnya produk aktivitas enzim oleh mikroba galur liar kurang memadai untuk aplikasi di industri, sehingga perlu dilakukan rekayasa genetik. Pengklonaan gen penyandi lysophospholipase pernah dilakukan di Aspergillus niger dan Cryptococcus neoformans, tetapi belum pernah dilakukan dari bakteri alkalotermofilik. Bacillus halodurans CM1 merupakan bakteri alkalotrmofilik isolat BPPT. Penelitian terdahulu menujukkan bahwa bakteri tersebut memiliki enzim lipase, tetapi belum diteliti lebih lanjut mengenai jenis dan lipase rekombinannya. Penelitian ini bertujuan untuk mengklona gen penyandi lysophospholipase dari Bacillus halodurans CM1 ke Escherichia coli DH5? menggunakan vektor pGEM-T easy. Plasmid rekombinan tersebut disekuensing. Hasil penelitian diperoleh fragmen gen penyandi lysophospholipase yang berukuran 783 pasang basa serta tingkat homologi 100 dengan genom Bacillus halodurans C-125 yang menyandi gen lysophospholipase No akses GenBank: BA000004.3.

---

Enzyme is a biocatalyst widely used in industry, for example detergent, pharmaceutical, food or oil purification. One of the most widely used enzymes for oil purification is lysophospholipase. As much as 50 of industrial enzyme needs are obtained from microorganisms. However, enzyme productivty from wild type microbial strain is usually limited and not applicable in industry, so that genetic engineering is necessary. Cloning gene encoding for lysophospholipase was once performed in Aspergillus niger and Cryptococcus neoformans, but has never been done from alkalothermophilic bacteria, such as Bacillus halodurans. Bacillus halodurans CM1 is an isolate of BPPT. Previous research has shown that this bacteria have lipase enzymes, but the study about their propertieshave not been conducted. This study aims to clone the gene t lysophospholipase from Bacillus halodurans CM1 to Escherichia coli DH5 using the pGEM T easy vector. The recombinant plasmid is sequenced. The results is gene fragment encoding lysophospholipase obtained with size 783 base pairs and 100 similiraty with gene encoding lysophospholipase from Bacillus halodurans C 125 No access GenBank BA000004.3."

"Apoptin merupakan protein dari virus anemia ayam yang dapat menginduksi apoptosis sel kanker. Penggunaannya sebagai senyawa antikanker dapat mengatasi kelemahan metode kemoterapi. Deteksi massa molekular apoptin dilakukan dengan SDS-PAGE memiliki keberagaman hasil dan asam-asam amino rekombinan dalam apoptin disinyalir menyadi penyebabnya. Karakterisasi asam-asam amino rekombinan dalam apoptin untuk membuktikan hipotesis tersebut dilakukan dengan dua variasi rekombinan plasmid, yakni modifikasi 12 histidin dan modifikasi 12 histidin-8 arginin yang ditransformasikan pada Escherichia coli DH5α. Kedua variasi modifikasi plasmid ini mendapatkan perlakuan yang sama. Transformasi plasmid dalam penelitian ini menggunakan metode heat shock dengan suhu 42oC dan bantuan CaCl2 dalam pembentukan sel Escherichia coli DH5α kompeten. Penentuan konsentrasi apoptin dilakukan dengan metode Lowry dan BSA sebagai protein standarnya. Deteksi massa molekular apoptin oleh metode SDS-PAGE dilakukan dengan konsentrasi gel sebesar 15% dan mendeteksi adanya pita protein di bawah 30 KDa. Uji karakterisasi asam amino yang dilakukan dengan Liquid Chromatography Mass Spectroscopy menunjukkan bahwa adanya konsentrasi asam amino berlebih dalam apoptin sehingga meningkatkan deteksi massa molekularnya oleh SDS-PAGE.

---

Apoptin is a protein from chicken anemia virus which could induce tumor cell apoptotic. The use of apoptin as anticancer could overwhelm chemotheraphy weaknesses. Apoptin molecular weight detection conducted by SDS-PAGE had various results while the recombinant amino acids are the suspects. Recombinant amino acids characterization of apoptin in order to prove the hypothesis was conducted by two variants of recombinant plasmid, which were 12 histidine modification dan 12 histidine-8 arginine modification, transformed into Escherichia coli DH5α. These two variations were given the same treatment. Heat shock method was used in plasmid transformation at 42oC and CaCl2 treatment was used in order to create Escherichia coli DH5α competent cells. Apoptin concentration determination was conducted by Lowry method and BSA was used as protein standard. Molecular weight detection of apoptin by SDS-PAGE was conducted using 15% gel concentration and there was protein band detected below 30 KDa. Amino acids characterization test conducted indicate that there are excess amino acids concentration in apoptin as the cause of increasing molecular weight detection by SDS-PAGE.

"

"Enzim L-asparaginase merupakan enzim yang menghidrolisis L-asparagin menjadi asam L-aspartat dan ammonia. Enzim tersebut berfungsi untuk kemoterapi penyakit Acute Lymphoblastic Leukemia (ALL). Penelitian bertujuan untuk melakukan subkloning dan ekspresi gen L-asparaginase yang berasal dari bakteri Bacillus circulans ke Escherichia coli DH5α di bawah kontrol promoter xyn AQ1. Gen yang mengkode L-asparaginase dari Bacillus circulans yang digabungkan dengan promoter xyn AQ1 diamplifikasi dengan menggunakan metode overlap PCR. Produk PCR berhasil disubkloning ke vektor pGEM®-T Easy di dalam E. coli DH5α.Hasil sekuensing menunjukkan bahwa gen sisipan memiliki persentase kemiripan sebesar 100 % dengan sekuen B. subtilis strain AQ1 endoxylanase glycosyl hydrolase family 11 (yang merupakan bagian promoter xyn AQ1) dan 99 % kemiripan dengan gen L-asparaginase dari B. subtilis BSn5. Aktivitas enzim L-asparaginase dari E. coli yang mengandung plasmid dengan promoter xyn AQ1 dan open reading frame (ORF) L-asparaginase dari B. circulans lebih tinggi daripada plasmid yang hanya mengandung ORF L-asparaginase dari B. circulans

---

L-Asparaginase is an enzyme that catalyzes the hydrolysis of L-asparagine to L-aspartic acid and ammonia. It has important role in treatment of Acute Lymphoblastic Leukemia (ALL). The purpose of this research is to subclone the encoding gene of L-asparaginase and to express this gene in Escherichia coli DH5α under the control of xyn AQ1 promoter. The gene encoding for L-asparaginase from Bacillus circulans combined with xyn AQ1 promoter have been amplified using overlap PCR. The PCR product successfully subcloned into pGEM®-T Easy vector in E. coli DH5α.

The sequencing results showed that the insert had 100% homology with sequence of B. subtilis strain AQ1 endoxylanase glycosyl hydrolase family 11 (part of xyn AQ1 promoter) and 99 % homology with L-asparaginase gene from B. subtilis BSn5. The activity of L-asparaginase enzyme from E. coli containing plasmid with xyn AQ1 promoter and L-asparaginase open reading frame (ORF) from B. circulans was higher than plasmid with L-asparaginase ORF from B. circulans only."

"Trimetoprim-sulfametoksazol (TMP/SMX) merupakan golongan antibiotik lini pertama yang digunakan untuk pengobatan infeksi saluran kemih. Antibiotik TMP/SMX bekerja dengan menghambat reaksi enzimatik sintesis folat bakteri pada dua tahap yang berurutan pada bakteri, sehingga kombinasi obat ini dapat memberikan efek sinergi. Gen dfr dan gen sul merupakan gen yang mengkode DHFR dan DHPS yang terdapat di Mobile Genetic Element (MGE) yang keberadaannya dapat meningkatkan kejadian resistensi bakteri terhadap antibiotik trimetoprim-sulfametoksazol. 8 isolat Escherichia coli diketahui resitensi terhadap trimetoprim-sulfametoksazol secara fenotipik diperiksa keberadaan MGE dfr1, dfr5, dfr7&17, sul1 dan sul2 melalui metode PCR konvensional, dilanjutkan dengan analisis asam amino untuk melihat ada atau tidaknya mutasi. 7 dari 8 isolat Escherichia coli yang reistensi antibiotik trimetoprim-sulfametoksazol memiliki MGE dfr dan sul yang berkesesuaian dengan fenotipik resistensi trimetoprim- sulfametoksazol. Mutasi asam amino dijumpai pada gen dfr1 isolat no 95 pada posisi I55V; D64S; N65D; I70V; N129S. dfr5 Isolat nomor 14, 53, 88 dan 95 memiliki jumlah mutasi asam amino sebanyak 10 titik pada posisi: A17G; A20S; D21N; N22D; I26V; P29Q; Y36D; Y37D; L41F; D43G. sedangkan gen sul2 isolat 14, 29, 78, 79 dan 88 mutasi pada posisi G8W dan I12M. Keberadaan MGE dfr dan sul pada isolat klinis menunjukkan adanya mekanisme resistensi ekstrinsik bakteri yang memerlukan perhatian khusus terhadap peningkatan kejadian resistensi bakteri.

---

Trimethoprim-sulfamethoxazole (TMP/SMX) is a class of first-line antibiotics used for the treatment of urinary tract infections. TMP/SMX antibiotics work by inhibiting the enzymatic reaction of bacterial folate synthesis at two successive stages in bacteria, so that this drug combination can provide a synergistic effect. The dfr gene and sul gene are genes that code for DHFR and DHPS found in the Mobile Genetic Element (MGE) whose presence can increase the incidence of bacterial resistance to the antibiotic trimethoprim-sulfamethoxazole. 8 isolates of Escherichia coli known to be resistant to trimethoprim-sulfamethoxazole phenotypically examined for the presence of MGE dfr1, dfr5, dfr7&17, sul1 and sul2 through conventional PCR methods, followed by amino acid analysis to see the presence or absence of mutations. 7 of the 8 isolates of Escherichia coli that were trimetoprim-sulfamethoxazole antibiotic retention had MGE dfr and sul corresponding to the phenotypic resistance of trimethoprim-sulfamethoxazole. Amino acid mutations were found in the dfr1 gene isolate no 95 at position I55V; D64S; N65D; I70V; N129S. dfr5 Isolates number 14, 53, 88 and 95 have a number of amino acid mutations of 10 points at position: A17G; A20S; D21N; N22D; I26V; P29Q; Y36D; Y37D; L41F; D43G. while the sul2 gene isolates 14, 29, 78, 79 and 88 mutations at the G8W and I12M positions. The presence of MGE dfr and sul in clinical isolates suggests the existence of a mechanism of bacterial extrinsic resistance that requires special attention to the increased incidence of bacterial resistance."

"COVID-19 merupakan penyakit yang disebabkan oleh virus severe acute respiratory syndrome coronavirus-2 atau SARS-CoV-2. Penyakit ini telah menjadi pandemi sejak Desember 2019 dan menyebabkan dampak yang besar bagi kehidupan manusia. Meskipun saat ini kasus penyakit sudah mulai menurun, penyakit ini tetap menjadi masalah kesehatan bagi masyarakat. Oleh karena itu, diperlukan manajemen jangka panjang salah satunya dengan penggunaan terapi anti-virus yang potensial. Papain-like-protease (PLpro) adalah salah satu protease pada SARS-CoV-2 yang memiliki dua peran penting dalam siklus hidup virus sehingga inhibisi pada protein ini dapat menjadi agen terapi yang potensial. Proses penemuan agen terapeutik ini membutuhkan sejumlah protein yang soluble dan murni. Salah satu cara untuk mendapatkan protein adalah teknologi rekombinan dengan menyisipkan gen PLpro ke dalam bakteri. Agar proses tersebut dapat berlangsung secara efektif dan efisien, proses ekspresi harus dilakukan pada kondisi yang optimal diikuti dengan modifikasi sistem ekspresi. Penelitian ini bertujuan untuk membandingkan ekspresi pET21d(+)-PLpro pada Escherichia coli BL21(DE3) antara kodon yang dioptimasi dan tanpa optimasi serta mengetahui kondisi yang optimal saat proses ekspresi protein. Proses diawali dengan memperbanyak plasmid, verifikasi plasmid, dan transformasi ke E. coli BL21(DE3). Ekspresi PLpro dilakukan pada beberapa parameter dengan hasil yang optimal pada suhu inkubasi 19°C, induksi IPTG 0,1 mM selama 18 jam inkubasi. Hasil proses purifikasi PLpro sebesar 0,466 mg/mL (optimized) dan 0,738 mg/mL (non-optimized). Berdasarkan hasil pengamatan SDS-PAGE dan Western-Blot, masalah yang ada pada PLpro tanpa optimasi kodon, seperti leaky expresion, degradasi protein, jumlah protein yang tidak konsisten, dan ekspresi insoluble protein yang berlebihan dapat diatasi dengan proses optimasi kodon.

---

COVID-19 was a disease caused by the severe acute respiratory syndrome coronavirus-2 or SARS-CoV-2. This disease has become a pandemic since December 2019 and had a major impact on human life. Although cases have started to decrease, this disease remains a public health problem. Therefore, long-term management was needed, one of which was the use of potential anti-viral therapy. Papain-like protease (PLpro) was one of the proteases in SARS-CoV-2 and has two crucial roles in the viral life cycle, so inhibition of this protein can be a potential therapeutic agent. The process of discovering these therapeutic agents required a large amount of pure, soluble protein. One way to obtain this was through recombinant technology, which involves inserting the PLpro gene into bacteria. For the process to take place effectively and efficiently, the expression must be carried out under optimal conditions, followed by a modification of the expression system. This study aimed to compare the expression of pET21d(+)-PLpro in Escherichia coli BL21(DE3) between optimized and non-optimized codons and to determine the optimal conditions during the protein expression process. It begins with plasmid amplification, verification, and transformation to E. coli BL21(DE3). PLpro expression was carried out on several parameters with optimal results at an incubation temperature of 19°C and 0.1 mM IPTG induction for 18 hours of incubation. The results of the PLpro purification were 0.466 mg/mL (optimized) and 0.738 mg/mL (non-optimized). Based on the result in SDS-PAGE and Western-Blot observations, problems that exist in PLpro without codon optimization, such as leaky expression, protein degradation, inconsistent amounts of protein, and excessive expression of insoluble protein, can be overcome by codon optimization."

"DNA polimerase merupakan enzim yang mampu menyintesis DNA komplemen dari sebuah untaian DNA induk. Enzim ini diproduksi oleh seluruh mahluk hidup, namun jenis yang tahan panas lebih lazim digunakan karena cenderung tidak mengalami denaturasi dalam proses polymerase chain reaction (PCR). Enzim ini dapat diperoleh dengan mengisolasi langsung dari bakteri asal maupun membuat gen rekombinan dan mentransformasikannya ke dalam inang yang lebih mudah dikultur. Tujuan utama dari penelitian ini adalah memperoleh enzim ini dengan metode rekombinan dengan memanfaatkan bakteri inang Escherichia coli. Produksi DNA polimerase rekombinan didasarkan pada bakteri termofilik Geobacillus thermoleovorans dari permandian air panas Batu Kuwung, Serang, Banten yang telah sebelumnya diisolasi dan melalui proses whole genome sequence. DNA polimerase yang dibuat gen rekombinan adalah DNA pol I yang diketahui memiliki fidelitas rendah. Gen DNA polimerase dari Geobacillus thermoleovorans dikloning ke dalam plasmid pET23d baik gen utuh (2637 bp) maupun parsial (1737 bp). Gen DNA pol I menjadi target untuk proses polymerase chain reaction (PCR) untuk diperbanyak sebelum di potong dengan menggunakan enzim restriksi NcoI dan BamHI. Gen yang telah dipotong lalu di masukkan ke dalam plasmid pET23d yang telah dipotong dengan enzim restriksi yang sama. Plasmid yang telah didapatkan di transformasikan ke dalam Escherichia coli BL21 untuk pengujian ekspresi proteinnya. Hasil analisis dengan menggunakan PCR menunjukkan bahwa gen DNA pol I baik utuh maupun parsial berhasil dikloning ke dalam plasmid pET23d. Keberhasilan dari proses kloning yang dilakukan juga dibuktikan dari hasil uji ekspresi secara intraseluler protein rekombinan DNA pol I pada E. coli. Hal ini mengindikasikan bahwa gen DNA pol I dari Geobacillus thermoleovorans pemandian air panas Batu Kuwung, Serang, Banten berhasil di kloning dan diekspresikan di E. coli.

---

DNA polymerase is an enzyme that synthesizes complement DNA according to single strand template DNA. This enzyme is produced in all living organism, but the thermostabile ones are more favoured because less prone to denaturation in polymerase chain reaction (PCR). The enzyme can be acquired by isolating the enzyme from the native bacteria or manufacturing recombinant gene then insert it into a host that is easier to be cultivated. The main purpose of this study is to acquire the enzyme by manufacturing recombinant gene and utilizing Escherichia coli as the host. The recombinant DNA polymerase manufacturing is based on thermophilic bacteria Geobacillus thermoleovorans from Batu Kuwung Hotspring, Serang, Banten which has been previously isolated and went through whole genome sequence process. DNA polymerase that will be produced is DNA pol I that is known has low fidelity. There are two genes that are cloned into pET23d vector, such as full gene (2637 bp) and partial gene (1737 bp). DNA pol I gene is the subject to polymerase chain reaction (PCR) to amplify before being cut with restriction enzymes of NcoI and BamHI. The cut genes then are inserted into pET23d that is also cut with the same enzymes. The acquired plasmids then is transformed into Escherichia coli BL21 for protein expression assay. PCR analysis shows that the DNA pol I both full and partial are successfully cloned into pET23d. The successes are also supported from intercellular DNA pol I protein test expression assay in E. coli. This foundings indicate that the DNA pol I from Geobacillus thermoleovorans isolated from Batu Kuwung hot spring, Serang, Banten, is successfully cloned and expressed by E. coli."

"Protein PD-1 biasanya diekspresikan berlebihan pada pasien kanker dan menghambat sistem imun. Antibodi monoklonal dari PD-1 dapat digunakan untuk menghambat jaras tersebut. Namun, urutan nukelotida dari epitop dengan afinitas yang kuat masih belum diketahui. Oleh karena itu, plasmid yang mengandung epitop kecil dari PD-1 dibuat untuk proses epitope mapping. Tujuan penelitian ini adalah untuk mendapatkan plasmid yang mengandung daerah N-terminal dari gen PD-1. DNA insert sintetik dibuat dari metode PCR dan dipurifikasi. Kedua DNA insert dan plasmid pQE80L didigesti dengan enzim restriksi BamH1 dan HindIII, dipurifikasi dan diligasi. Plasmid tersebut dimasukkan kedalam sel kompeten TOP10 dengan transformasi heat shock. Koloni positif diseleksi menggunakan metode PCR koloni dan verifikasi dengan menggunakan digesti dan sanger sequencing. Produk PCR dari EP1PD1 didapat dengan menggunakan suhu annealing sebesar 57ºC dan berhasil diligasi ke plasmid pQE80L and ditransformasikan. Hasil dari sequencing menunjukan urutan yang sama namun terdapat insersi diawal. Beberapa modifikasi perlu dilakukan untuk mengekspresi protein EP1PD1. Konklusi dari penelitian ini adalah plasmid yang mengandung epitop 1 PD-1 berhasil diperoleh dengan insersi.

---

PD-1 protein tends to be overexpressed in cancer patient and inhibits immune system. Monoclonal antibody of PD-1 can be used to inhibit this pathway. However, the sequence of epitope with strong affinity is currently unknown. Thus, plasmid containing small epitope of PD-1 was made for PD-1 epitope mapping process. The objective of this research is to obtain plasmid containing N-terminal region of PD-1 gene. Synthetic insert DNA was made using PCR method and purified. Both insert DNA and pQE80L plasmid were digested using BamH1 and HindIII enzyme, purified and ligated. It was then inserted into TOP10 competent cell using heat shock transformation method. Positive colonies are selected using PCR colony and verified using digestion and Sanger sequencing. PCR product of EP1PD1 are obtained using annealing temperature of 57ºC and able to be ligated to pQE80L plasmid and transformed. Sequencing result shows EP1PD1 result with insertion in the beginning. Modifications are required to express EP1PD1 protein. In conclusion, the plasmid containing Epitope 1 of PD-1 are able to be obtained with insertion."

"Enzim asparaginase digunakan untuk terapi penyembuhan leukemia pada anak-anak (Acute Lymphoblastic Leukemia). Produksi enzim asparaginase saat ini sebagian besar berasal dari bakteri E. coli dimana penggunaanya menimbulkan reaksi alergi. Penelitian ini bertujuan untuk mengisolasi gen asparaginase yang berasal dari bakteri Erwinia sp. dan Bacillus circulans, serta melakukan kloning dan sekuensing pada gen asparaginase yang didapat. Isolasi gen dilakukan dengan metode PCR (Polymerase Chain Reaction) dengan menggunakan genom DNA bakteri Erwinia sp. dan Bacillus circulans dengan primer yang telah didesain. Primer yang didisain adalah primer degenerated hasil alignment dari berbagai gen asparaginase yang berasal dari bakteri yang bergenus sama. Dengan menggunakan primer tersebut, berhasil didapat amplikon PCR yang spesifik dari genom bakteri Erwinia raphontici, Erwinia cypripedii, dan Bacillus circulans. Produk PCR diligasikan pada vektor cloning pGEM-T Easy dan dilanjutkan dengan mentransformasikannya ke E. coli. Sekuensing dilakukan pada transforman yang positif. Hasil sekuensing dianalisis dan di dapat gen asparaginase untuk sekuens Erwinia raphontici dan Bacillus circulans yang diprediksi dapat menyandikan enzim aktif.

---

Asparaginase is to be used for the treatment of acute lymphoblastic leukaemia (ALL) in children. Nowadays, production of asparaginase is mainly from E. coli that can lead to allergic reactions. This research was designed to isolate asparaginase gene from Erwinia sp. and Bacillus circulans, to clone and to sequence asparaginase gene obtained before. Gene isolation was conducted with PCR (Polymerase Chain Reaction) method using Erwinia sp. and Bacillus circulans?s DNA genome with primer that was already designed. Designed primer was degenerated primer as an alignment result from the same genus bacteria genes. By using the mentioned designed primer, specific PCR product was successfully retrieved from Erwinia raphontici, Erwinia cypripedii, and Bacillus circulans?s genome. PCR product was ligated to a cloning vector pGEM-T Easy and was continued to be transformed to E. coli. Sequencing was conducted to positive transformans and the sequences result was analyzed. Erwinia raphontici and Bacillus circulans?s sequence was successfully retrieved and predicted to encode the putative asparaginase."