Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Tripsin kation memiliki peran penting dalam teknik kultur sel mamalia adherent. Enzim tersebut berperan sebagai enzim hidrolitik yang berfungsi untuk mendispersi sel yang melekat pada cawan petri atau botol tempat kulturnya sehingga mempermudah proses kultur sel mamalia baik pada proses pemanenan sel maupun subkultur. Penelitian bertujuan untuk mengisolasi dan mengklon gen tripsin kation dari pankreas sapi ke dalam E. coli DH5α dengan vektor pGEM-T Easy. Fragmen gen tripsin kation target berukuran 780 pb diamplifikasi dari cDNA yang berasal dari mRNA sel pankreas sapi dengan primer spesifik gen tripsin kation. Gen tripsin kation target diligasi pada plasmid pGEM-T Easy. Vektor rekombinan ditransformasi dengan metode kejutan panas pada sel E. coli DH5α dan diseleksi menggunakan medium ampisilin. Vektor rekombinan di digesti menggunakan enzim SfoI dan XmaI dan menghasilkan pita DNA berukuran 780 pb pada elektroforesis gel agarosa. Hasil penelitian menunjukkan gen tripsin kation telah berhasil diklon ke dalam plasmid pGEM-T Easy.

---

Cationic trypsin has an important role in adherent mammalian cell culture. The enzyme is a hydrolytic enzyme that disperses the cells attached to petri dishes and culture bottle making the harvesting and subculturing procedures easier. This research aims to isolate the RNA and clone the bovine pancreatic cationic trypsin gene into E. coli DH5α. The 780 bp cationic trypsin gene was amplified from cDNA derived from mRNA isolated from bovine pancreas using cationic trypsin gene-specific primers. Cationic trypsin gene was ligated to pGEM-T Easy plasmid. Recombinant vector was transformed by heat shock method into E. coli DH5α cells, which were then selected using amphicillin containing medium. The recombinant vector was digested using enzymes SfoI and XmaI to confirm the presence of the target gene. Agarose gel electrophoresis showed a 780 bp DNA band, confirming that the cationic trypsin gene was successfully cloned into the plasmid pGEM-T Easy."

"Protein PD-1 biasanya diekspresikan berlebihan pada pasien kanker dan menghambat sistem imun. Antibodi monoklonal dari PD-1 dapat digunakan untuk menghambat jaras tersebut. Namun, urutan nukelotida dari epitop dengan afinitas yang kuat masih belum diketahui. Oleh karena itu, plasmid yang mengandung epitop kecil dari PD-1 dibuat untuk proses epitope mapping. Tujuan penelitian ini adalah untuk mendapatkan plasmid yang mengandung daerah N-terminal dari gen PD-1. DNA insert sintetik dibuat dari metode PCR dan dipurifikasi. Kedua DNA insert dan plasmid pQE80L didigesti dengan enzim restriksi BamH1 dan HindIII, dipurifikasi dan diligasi. Plasmid tersebut dimasukkan kedalam sel kompeten TOP10 dengan transformasi heat shock. Koloni positif diseleksi menggunakan metode PCR koloni dan verifikasi dengan menggunakan digesti dan sanger sequencing. Produk PCR dari EP1PD1 didapat dengan menggunakan suhu annealing sebesar 57ºC dan berhasil diligasi ke plasmid pQE80L and ditransformasikan. Hasil dari sequencing menunjukan urutan yang sama namun terdapat insersi diawal. Beberapa modifikasi perlu dilakukan untuk mengekspresi protein EP1PD1. Konklusi dari penelitian ini adalah plasmid yang mengandung epitop 1 PD-1 berhasil diperoleh dengan insersi.

---

PD-1 protein tends to be overexpressed in cancer patient and inhibits immune system. Monoclonal antibody of PD-1 can be used to inhibit this pathway. However, the sequence of epitope with strong affinity is currently unknown. Thus, plasmid containing small epitope of PD-1 was made for PD-1 epitope mapping process. The objective of this research is to obtain plasmid containing N-terminal region of PD-1 gene. Synthetic insert DNA was made using PCR method and purified. Both insert DNA and pQE80L plasmid were digested using BamH1 and HindIII enzyme, purified and ligated. It was then inserted into TOP10 competent cell using heat shock transformation method. Positive colonies are selected using PCR colony and verified using digestion and Sanger sequencing. PCR product of EP1PD1 are obtained using annealing temperature of 57ºC and able to be ligated to pQE80L plasmid and transformed. Sequencing result shows EP1PD1 result with insertion in the beginning. Modifications are required to express EP1PD1 protein. In conclusion, the plasmid containing Epitope 1 of PD-1 are able to be obtained with insertion."

"Enzim merupakan biokatalisator yang banyak digunakan di bidang industri, terutama deterjen, farmasi, makanan bahkan pemurnian minyak. Salah satu enzim yang banyak digunakan untuk pemurnian minyak ialah lysophospholipase. Sebanyak 50 kebutuhan enzim industri diperoleh dari mikroorganisme. Akan tetapi umumnya produk aktivitas enzim oleh mikroba galur liar kurang memadai untuk aplikasi di industri, sehingga perlu dilakukan rekayasa genetik. Pengklonaan gen penyandi lysophospholipase pernah dilakukan di Aspergillus niger dan Cryptococcus neoformans, tetapi belum pernah dilakukan dari bakteri alkalotermofilik. Bacillus halodurans CM1 merupakan bakteri alkalotrmofilik isolat BPPT. Penelitian terdahulu menujukkan bahwa bakteri tersebut memiliki enzim lipase, tetapi belum diteliti lebih lanjut mengenai jenis dan lipase rekombinannya. Penelitian ini bertujuan untuk mengklona gen penyandi lysophospholipase dari Bacillus halodurans CM1 ke Escherichia coli DH5? menggunakan vektor pGEM-T easy. Plasmid rekombinan tersebut disekuensing. Hasil penelitian diperoleh fragmen gen penyandi lysophospholipase yang berukuran 783 pasang basa serta tingkat homologi 100 dengan genom Bacillus halodurans C-125 yang menyandi gen lysophospholipase No akses GenBank: BA000004.3.

---

Enzyme is a biocatalyst widely used in industry, for example detergent, pharmaceutical, food or oil purification. One of the most widely used enzymes for oil purification is lysophospholipase. As much as 50 of industrial enzyme needs are obtained from microorganisms. However, enzyme productivty from wild type microbial strain is usually limited and not applicable in industry, so that genetic engineering is necessary. Cloning gene encoding for lysophospholipase was once performed in Aspergillus niger and Cryptococcus neoformans, but has never been done from alkalothermophilic bacteria, such as Bacillus halodurans. Bacillus halodurans CM1 is an isolate of BPPT. Previous research has shown that this bacteria have lipase enzymes, but the study about their propertieshave not been conducted. This study aims to clone the gene t lysophospholipase from Bacillus halodurans CM1 to Escherichia coli DH5 using the pGEM T easy vector. The recombinant plasmid is sequenced. The results is gene fragment encoding lysophospholipase obtained with size 783 base pairs and 100 similiraty with gene encoding lysophospholipase from Bacillus halodurans C 125 No access GenBank BA000004.3."

"Peningkatan ekspresi gen Sox2 dan c-Myc telah dilaporkan memiliki korelasi dengan tingkat keparahan kanker payudara. Sox2 dan c-Myc merupakan faktor transkripsi utama yang berperan dalam proses diferensiasi sel punca kanker. Penelitian ini bertujuan mengkonstruksi gen penyandi pluripotensi Sox2 dan c-Myc ke dalam sel inang Escherichia coli DH5α dengan menggunakan plasmid pET101/D-TOPO. Prinsip kloning yang dilakukan adalah dengan mengklon DNA binding domain dari gen Sox2 dan c-Myc. Untuk mendapatkan DNA Sox2 dan c-Myc, dilakukan reverse-transcriptase polymaerase chain reaction (RT-PCR) dengan menggunakan template mRNA dari sel punca kanker payudara serta aplifikasi dengan PCR untuk mendapatkan fragmen DNA dalam jumlah banyak. Forward primer dan reverse primer yang digunakan dirancang dengan menggunakan data dari NCBI GenBank dan UNIPROT serta program Serial Cloner dan PerlPrimer. Sebelum dikloning, dilakukan sekuensing. Hasil sekuensing dianalisis dengan menggunakan BLAST. Fragmen DNA diligasi berdasarkan prinsip penambahan empat basa pada forward primer (CACC) yang overhang terhadap ujung 5' vektor kloning (GTGG). Hasil ligasi ditransformasi menggunakan metode secara kimia dengan CaCl2 dan heat shock. Koloni yang tumbuh direplika dan dilakukan isolasi plasmid. Hasil PCR plasmid rekombinan menunjukkan bahwa gen Sox2 dan c-Myc berhasil disisipkan ke dalam vektor.

---

Increase in Sox2 and c-Myc gene expression have been reported to correlate with the severity of breast cancer. Sox2 and c-Myc is the major transcription factor in the process of stem cell differentiation. The objective of this study is to construct the gene coding of pluripotency, Sox2 and c-Myc, into Escherichia coli DH5α host cell by using the pET101/D-TOPO vector. The cloning principle is to clone the binding site domain of Sox2 and c-Myc. In order to get the Sox2 and c-Myc DNA, reverse-transcriptase polymerase chain reaction (RT-PCR) was carried out using mRNA template from breast cancer stem cell and amplification using PCR to obtain DNA fragment in large quantities. Forward primer used were designed using the data from NCBI GenBank and UNIPROT with Serial Cloner and PerlPimer program. Sequencing was carried out before the cloning process. The sequencing result were analyzed using BLAST. DNA frgament was ligated using principle of four base addition to the forward primer (CACC) which overhang in the 5' and of cloning vector (GTGG). The ligation product was transformed using the chemical method with CaCl2 and heat shock. The colonies were replicated and the plasmid was isolated. The result showed that Sox2 and c-Myc was successfully inserted into the vector."

"Penelitian yang bertujuan menghasilkan klona gen NS1 virus denguepada vektor ekspresi pGEX-6P1 dalam Escherichia coli BL21 Star™(DE3)telah dilakukan di Laboratorium Biologi Molekular, LAPTIAB, BPPT, Serpongselama Januari--November 2008. Gen NS1 dengue diamplifikasi denganprimer spesifik d3-2336sbam (forward) dan d3-NS1-1056c (reverse). ProdukPCR gen NS1 (1.160 pb) yang telah dipurifikasi, didigesti dengan enzimBamHI-XhoI (double digestion) kemudian diligasikan pada vektor ekspresipGEX-6P1. Reaksi ligasi ditransformasikan ke dalam sel kompeten E. coliBL21 Star™(DE3). Sebanyak 19 koloni diisolasi secara acak dari 162 koloniyang tumbuh pada medium seleksi ampisilin. Hasil verifikasi dengan digestidan PCR menunjukkan koloni 1b3 sebagai koloni positif rekombinan. Hasilsequencing terhadap 356 basa pertama gen NS1 menggunakan primerspesifik d3-2716c, menunjukkan bahwa plasmid rekombinan 1b3mengandung gen NS1. Analisis BLASTN terhadap database DNA padaGenBank menunjukkan homologi 96% dengan sekuen DEN-3 strain KJ71(accession number AY858044.2). Kloning gen NS1 dengue pada vektorpGEX-6P1 dalam E. coli BL21 Star™(DE3) berhasil dilakukan."

"Promoter gen late embryogenesis abundant 3 (lea3) merupakan salah satu promoter terinduksi kekeringan pada tanaman. Penelitian bertujuan mengisolasi dan mengklona fragmen promoter gen lea3 yang terinduksi kekeringan dari padi (Oryza sativa L.) kultivar lokal Indonesia Rojolele dan Batutegi dengan menggunakan kultivar Nipponbare sebagai acuan. Penelitian dilakukan di Puslit Biotek LIPI, Cibinong dan berlangsung selama 9 bulan (Maret--November 2008). Fragmen promoter gen lea3 diamplifikasi secara in vitro dengan teknik PCR menggunakan primer LEAP F dan LEAP R yang menghasilkan pita berukuran ± 1.291 bp. Produk PCR kemudian diligasi dengan vektor plasmid pGEM-T Easy dan ditransformasi ke dalam Escherichia coli DH5α dengan metode heat shock. Hasil penapisan biru putih menunjukkan adanya 19 koloni biru dan 761 koloni putih dari keseluruhan koloni yang tumbuh. Verifikasi dengan digesti menggunakan enzim EcoRI menunjukkan hasil positif mengandung sisipan fragmen promoter. Hasil BLASTN pada situs NCBI (www.ncbi.nlm.nih.gov) menunjukkan bahwa sekuen hasil klona fragmen promoter gen lea3 dari ketiga kultivar memiliki similaritas 99% dengan sekuen acuan promoter gen HVA-like dari kultivar IRAT 109 (GenBank Acc. No. DQ837728). Similaritas yang tinggi menunjukkan keberhasilan proses isolasi dan pengklonaan promoter gen lea3."

"Latar belakang: Beta defensin diekspresikan terutama oleh sel epitel pada permukaan mukosa berbagai organ seperti kulit, usus, mulut dan saluran genital. Studi sebelumnya menunjukkan bahwa beta defensin 30 (Defb30) terekspresi spesifik di epididimis. Defb30 merupakan peptida kationik berukuran kecil yang diduga berperan penting pada proses pematangan spermatozoa di epididimis dan juga berperan sebagai pertahanan host terhadap infeksi mikroba. Untuk mempelajari aktivitas antimikroba Defb30 ini diperlukan analisis pada tingkat protein dan hal tersebut memerlukan protein dalam jumlah yang cukup. Karena itu perlu dilakukan suatu rekayasa genetika untuk pembuatan protein rekombinan DEFB30.Metode: Gen sintetik penyandi protein DEFB30 yang telah dioptimasi kodonnya diklona ke dalam vektor pQE-80L, suatu plasmid yang mengandung sistem ekspresi untuk prokariota. Plasmid rekombinan yang mengandung sisipan gen target dikonfirmasi dengan analisis enzim restriksi dan sekuensing. Selanjutnya plasmid rekombinan di ekpresikan ke dalam E. coli BL21 dan diinduksi menggunakan IPTG (Isopropyl-1-Thio-d-Galactopyranoside) dengan berbagai waktu inkubasi. Deteksi protein rekombinan dilakukan dengan SDS-PAGE dan westernblotting. IMAC (Immobilized Metal Affinity Chromatography) digunakan untuk mempurifikasi protein rekombinan. Uji antimikroba protein rekombinan dilakukan dengan cara pengukuran nilai optical density (OD) dan dianalisis hasilnya menggunakan uji one way anova.Hasil: Gen sintetik penyandi protein rekombinan DEFB30 berhasil dikonstruksi pada plasmid pQE-80L. Ekspresi ke dalam E. coli BL21 menghasilkan suatu protein fusi setelah diinduksi menggunakan IPTG selama 4 jam. Hasil analisis protein rekombinan dengan westernblotting menggunakan antibodi Anti-His G-HRP menunjukkan terbentuk pita tebal yang berukuran diatas 10 kDa (±12 kDa). Uji antimikroba protein rekombinan DEFB30 menunjukkan bahwa DEFB30 dapat menghambat pertumbuhan bakteri Eschericia coli dan Bacillus subtilis.Kesimpulan: Gen sintetik penyandi beta defensin 30 berhasil diklona ke dalam plasmid pQE-80L. Ekspresikan protein rekombinan DEFB30 menghasilkan suatu protein fusi berukuran ±12kDa. Protein rekombinan DEFB30 terbukti memiliki sifat antimikroba terhadap Eschericia coli dan Bacillus subtilis.

---

ackground: Beta defensins are primarily expressed by epithelial cells at mucosal surfaces, such as those in skin, gut, mouth and genital tracts. Previous studies have demonstrated that beta defensin 30 (Defb30) is exclusively expressed in the epididymis. Defb30 is known as a small cationic antimicrobial peptide which plays an important role in epididymal sperm maturation and also acts as a host defence against microbial infection. Study of Defb30 role in the antimicrobial activity requires generating DEFB30 protein for characterization. For the purpose of this study, genetic engineering was done for the manufacture of the DEFB30 recombinant protein.

Methods: In this study, according to the preferred codon in E. coli, the Defb30 gene was optimized and synthesized. The gene was cloned into pQE-80L vector and subsequently expressed in E. coli BL21; using IPTG (Isopropyl-1-Thio-d-Galactopyranoside) as an inducer. Detection of recombinant protein was carried out by using SDS-PAGE and westernblotting. IMAC (Immobilized Metal Affinity Chromatography) was used to purify recombinant protein. Optical density measurement was used to analyze antimicrobial property of the DEFB30 recombinant protein.

Results: The synthetic gene was successfully constructed into pQE-80L plasmid and expression of the recombinant protein in E. coli BL21 produced a fusion protein after being induced by IPTG for 4 hours. Westernblotting analysis using Anti-His G-HRP antibody showed band above 10kDa (±12kDa). Antimicrobial assay for DEFB30 recombinant protein showed inhibition towards growth rates of Eschericia coli and Bacillus subtilis.

Conclusion: Defb30 synthetic gene was succesfully cloned into pQE-80L plasmid. Expression of recombinant DEFB30 produced a fusion protein of ±12kDa. This recombinant protein has antimicrobial property towards Eschericia coli and Bacillus subtilis."