Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"ABSTRAKProtease (PR) pada HIV berperan dalam proses maturasi virus agar dapatmenginfeksi sel inang. Proses tersebut berlangsung dalam sisi aktif PR denganmemotong poliprotein virus. Banyaknya ragam mutasi residu PR membuatinteraksi PR dengan obat yang diberikan dapat berbeda. Pasien dari Indonesiasendiri memiliki karakteristik galur tipe AE yang berbeda dengan galur B yangbanyak ditemukan di negara-negara barat. Dua PR pasien dari Indonesia dengankode RY1 (10 mutasi) dan DY1 (12 mutasi) disimulasikan dengan metodesimulasi dinamika molekuler untuk meninjau interaksi antara kedua PR denganobat amprenavir (APV). Berdasarkan hasil energinya, interaksi RY1-APV lebihkuat bila dibandingkan dengan DY1-APV. Hasil tersebut diperkuat dengan tinjuanstruktural dan ikatan hidrogen terhadap residu mutasi yang dimiliki kedua pasien.Model pasien RY1 memiliki mutasi di residu ke-45 yang diketahui membantumempertahankan interaksi PR-APV, sedangkan model pasien DY1 memilikimutasi pada residu ke-10 yang diketahui mengurangi interaksinya dengan obat.

---

ABSTRACTProtease (PR) on the HIV virus plays a role in the maturation process in order to

infect host cells. The process takes place in the active site PR by cutting viral

polyprotein. Many kinds of mutated residues at PR makes interaction with the

drug can vary. Patients from Indonesia itself has AE type strain that has different

characteristic with B type strain which are found in western countries. Two PR

patients from Indonesia with RY1 code (10 mutations) and DY1 code (12

mutations) is simulated by molecular dynamics simulation methods to evaluate

the interaction between two PR with amprenavir (APV). Based on the energy,

RY1-APV interaction is stronger when compared to DY1-APV. These results are

supported by structural insights and hydrogen bonding to residue mutations that

occur in both patients. RY1 patient model have mutations in 45th residue, that is

known to help maintain the interaction of PR-APV. While the DY1 patient model

have mutations in the 10th residue, that is known to reduce the interaction with

the drug."

"Penyebaran HIV/AIDS semakin meningkat dari tahun ke tahun dan telah menjadi salah satu jenis penyakit terburuk yang pernah diketahui. Data genotyping protease HIV-1 dari pengidap HIV/AIDS (kode DY1) menunjukkan bahwa telah terjadi beberapa mutasi yang muncul pada DY1. Simulasi dilakukan terhadap kompleks HXB2-saquinavir dan DY1-saquinavir untuk mempelajari sistem kompleks secara struktural dan energetik. Simulasi MDS yang digabung dengan perhitungan energi menggunakan metode mekanika kuantum menunjukkan bahwa keadaan terprotonasi protease HIV-1 terjadi pada residu Asp25 yaitu pada atom OD1.Struktur dan pola interaksi obat terhadap enzim antara HXB2 dan DY1 memiliki tingkat kemiripan yang cukup baik dengan RMSD 0,83 Å. Namun demikian, telah terjadi perubahan struktur 3D yang cukup signifikan terutama pada tempat-tempat terjadinya mutasi. Konformasi yang terjadi pada sisi aktif dan ring flaps menyebabkan penurunan energi ikatan hidrogen antara saquinavir dan residu Asp25 dan Asp29. Konformasi pada sisi aktif yang letaknya relatif jauh dari tempattempat mutasi dihipotesiskan sebagai akibat yang bersifat akumulatif dari perubahan medan gaya yang menginduksi perubahan struktur sistem secara global. Konformasi tersebut juga menyebabkan perubahan orientasi sub site P1 dan P3 pada saquinavir.Perhitungan menggunakan metode DFT (B3LYP/6-31G) yang dikombinasi dengan metode semiempirik menunjukkan bahwa energi kompleks DY1-saquinavir menurun relatif terhadap kompleks HXB2-saquinavir. Secara keseluruhan, dalam batasan akurasi metode dan parameter yang digunakan dalam penelitian ini, mutasi pada DY1 menyebabkan penurunan energi ikat kompleks PR-saquinavir dalam orde yang cukup signifikan dan berpengaruh langsung terhadap resistensi DY1 pada treatment saquinavir.

---

The spread of HIV/AIDS has increased every year and became one of the worst diseases ever known. Genotyping data of HIV-1 protease (DY1) from HIV/AIDS patient showed that there were mutations on DY1. Molecular dynamics simulations of HXB2 and DY1 protease complex with saquinavir were carried out to explore structure and interactions of the drug resistance. The molecular dynamics result combined with quantum mechanics based calculations showed that a monoprotonation took place on Asp25, i.e. on inner oxygen atom (OD1).The overall structures and pattern of inhibitor bindings on HXB2 and DY1 were similar with RMSD 0,83 Å. However, there are conformational changes that occur on mutation sites in DY1 because of local interaction effect due to substitutions of mutated residues. Conformational changes on active sites and ring flaps disrupt hidrogen bonding between saquinavir and Asp29 and Asp25 residues. This conformational change was hypothesized as consequences of force field change that induced structural conformations due to the overall mutations that occur on DY1. The structural changes on active site also causing conformational change on saquinavir especially on P3 and P1 sub sites.High level quantum mechanics calculations (DFT, B3LYP/6-31G) combined with semi-empirical method showed that the energy of DY1-saquinavir complex has decreased in significant order relative to HXB2-saquinavir complex. According to the results of all simulations of HXB2 and DY1, the mutations that occur on DY1 have potent in decreasing the binding energy between DY1 and saquinavir."

"Menurut International Agency for Research on Cancer IARC, penderita kanker paru telah mencapai 1,8 juta jiwa dan 85 berkontribusi pada kanker paru jenis karsinoma bukan sel kecil. Dalam beberapa tahun belakangan, penelitian terhadap terapi tertarget sedang dikembangkan karena terbukti memiliki hasil terapi yang lebih efektif dan kemungkinan efek samping yang lebih sedikit. Perkembangan penelitian terhadap biota fungi laut belum banyak dieksplorasi dalam pengobatan kanker paru bukan sel kecil. Pada penelitian ini dilakukan simulasi dinamika molekuler pada senyawa biota fungi laut hasil penapisan virtual terhadap makromolekul EGFR FU0015, FU0051, dan FU0202 dan VEGFR-2 FU0033 untuk melihat aktivitas inhibisi sebagai agen antiproliferatif dan antiangiogenesis menggunakan AutoDock dan AMBER dalam suhu 300K dan 310K yang dibandingkan dengan kontrol positif EGFR Gefitinib, Erlotinib, and Imatinib dan VEGFR-2 Nikotinamid dan Vatalanib. Hasil simulasi dinamika molekuler terhadap inhibitor EGFR pada suhu 310K menunjukkan energi bebas MMGBSA dan okupansi ikatan hidrogen tertinggi dimiliki oleh FU0051 -43,72 kkal/mol; 98,80 diikuti oleh FU0202 -31.64 kkal/mol; 49,35, dan FU0015 -15,55 kkal/mol; 3,35. Fungi FU0033 sebagai bahan uji inhibitor VEGFR-2 pada suhu 310K memiliki nilai energi bebas MMGBSA yang lebih besar dibandingkan kontrol positifnya dan okupansi ikatan hidrogen yang rendah 0,15. Data penelitian menunjukkan senyawa FU0051 dan FU0202 memiliki potensi untuk menjadi calon agen antiproliferasi sehingga layak diuji in vitro.

---

According to International Agency for Research on Cancer IARC, the number of lung cancer patients has reached 1,8 million lives and 85 of the number contribute to non small cell lung cancer. In the past years, research on targeted therapy has been developed due to its efficacy and a small number of side effects. Research on marine fungi compounds has not been explored to non small cell lung cancer therapy. This research uses molecular dynamic simulation method to marine fungi compounds that have been docked to EGFR FU0015, FU0051, FU0202 and VEGFR 2 FU0033 as antiproliferative and antiangiogenetic agent by inhibition activity using AutoDock and AMBER at 300K and 310K temperature using EGFR Gefitinib, Erlotinib, and Imatinib and VEGFR 2 Nicotinamide and Vatalanib as reference standards. Molecular dynamics results for EGFR inhibitors at 310K shows the best MMGBSA free energy and hydrogen occupancy in FU0051 43,72 kcal mol 98,80 followed by FU0202 31.64 kcal mol 49,35 , and FU0015 15,55 kcal mol 3,35. FU0033 fungi as a material for VEGFR 2 inhibitor shows higher MMGBSA free energy in compare to its reference standards and low hydrogen occupancy 0,15 at 310K. This research shows that FU0051 and FU0202 have potential to be an antiproliferative agent candidate, hence in vitro test should be obtained."

"Obat ndash, obat golongan statin berkhasiat sebagai penurun kolesterol dan digunakan sebagai pencegahan pertama penyakit - penyakit kardiovaskuler. Namun, beberapa studi menyatakan bahwa ditemukan berbagai efek samping akibat penggunaan statin. Pencarian senyawa sebagai alternatif untuk pengobatan hiperkolesterlemia ditemukan dalam kandungan ekstrak biji melinjo. Ekstrak diklormetan memperlihatkan aktivitas penghambatan terhadap Hidroksimetilglutaril KoA Reduktase HMGCR berdasarkan uji in vitro sehingga berpotensi mengurangi pembentukan kolesterol dalam darah. Percobaan melalui penambatan molekuler menggunakan Autodock dan simulasi dinamika molekuler menggunakan AMBER dilakukan sebagai pelengkap terhadap uji in vitro. Suhu yang diterapkan dalam simulasi adalah 300 K sebagai suhu acuan dan 310 K sebagai penyesuaian dengan suhu tubuh normal. Parameter ndash; parameter yang diamati antara lain interaksi senyawa ligan dengan residu, afinitas ikatan, RMSD, RMSF, analisis ikatan hidrogen, MMPBSA dan MMGBSA. Dalam simulasi ini, trans-resveratrol, trans-piceid, Gnemonol M, Gnemonosida B, Viniferin dan Gnetin C memberikan energi lebih rendah dibandingkan HMG yang berperan sebagai ligan alami, sehingga berpotensi sebagai inhibitor alternatif terhadap HMGCR. Rentang energi untuk docking ligan ndash; ligan adalah -5,43 kkal/mol hingga 8,63 kkal/mol, serta -11,1 kkal/mol hingga 31,38 kkal/mol untuk simulasi. Suhu simulasi yang lebih disukai adalah 310 K karena terbentuk lebih banyak interaksi dan diperoleh afinitas yang lebih tinggi dibandingkan suhu 300 K.

---

Statins are cholesterol lowering drug and used as primary prevention of cardiovascular diseases CVD , but numerous studies show adverse effects of statin medication. Recent study found alternative nature compounds as treatment of high blood cholesterol level which are contained within melinjo seed extract. Dichloromethane extract has inhibitory activity over Hydroxymethylglutaryl CoA Reductase HMGCR based on in vitro study, therefore has potent activity for lowering blood cholesterol. Molecular docking using Autodock and molecular dynamic simulation using AMBER are conducted for complementary study to in vitro experiment. Simulation was set at 300 K as default temperature and 310 K, normal human body temperature. The main parameters of this study are ligand residue interaction, binding affinity, RMSD, RMSF, hydrogen bonds analysis, MMPBSA and MMGBSA. In this simulation, trans resveratrol, trans piceid, Gnemonol M Gnemonoside B, Viniferin and Gnetin C have lower energy than HMG, the original ligand of HMGCR. Free energy binding obtained from docking range between 5,43 kcal mol to 8,63 kcal mol and 11,1 kcal mol to 31,38 kcal mol for the simulation. Also, simulation at 310 K is preferable than 300 K as more interactions are performed and higher affinity is obtained."

"Latar belakang: Terapi target dengan EGFR TKI merupakan terapi utama untuk kanker paru, khususnya KPKBSK. Selain permasalahan efektivitas harga, permasalahan lain terkait penggunaan EGFR TKI adalah resistansi primer dan sekunder seperti T790M, C797S dan insersi ekson 20. Penelitian in silico QSAR berbasis machine learning dan molecular docking dapat mempercepat penemuan senyawa EGFR TKI baru berbasis senyawa fitokimia.Metode: Penelitian ini adalah penelitian in silico untuk mengembangkan model QSAR berbasis machine learning yang dilanjutkan dengan molecular docking untuk penapisan senyawa fitokimia yang memiliki efek EGFR TKI terhadap mutasi T790M, C797S dan insersi ekson 20. Model machine learning dibuat untuk memprediksi nilai IC50 berdasarkan struktur kimia senyawa. Data pembelajaran berasal dari pangkalan data ChEMBL, data senyawa fitokimia dari KEGG, dan data makromolekul dari RCSB PDB. Simulasi molecular dynamics dilakukan untuk memvalidasi lebih lanjut hasil molecular docking.Hasil: Didapatkan 8627 senyawa EGFR TKI dari ChEMBL, yang dibagi menjadi set pembelajaran dan set uji dengan rasio 9:1. Model machine learning dengan algoritma LGBM berhasil dikembangkan dengan nilai R2 sebesar 73%. Lima senyawa fitokimia dengan nilai IC50 prediksi terbaik adalah orobol, norswertianin, isokaempferide, isoathyriol, dan norathyriol. Kelima senyawa memiliki profil farmakokinetik dan toksikologi yang cukupbaik. Hasil molecular docking menunjukkan norswertianin memiliki kemampuan ikatan terbaik terhadap EGFR mutasi T790M dan T790M/C797S/L858R, sedangkan orobol terhadap mutasi T790M/C797S dan insersi ekson 20. Kedua senyawa dapat membentuk ikatan yang stabil pada simulasi molecular dynamics.Kesimpulan: Model QSAR berbasis machine learning dengan algoritma LGBM dapat digunakan untuk memprediksi nilai IC50 EGFR TKI senyawa berdasarkan struktur kimianya. Senyawa fitokimia dapat digunakan sebagai dasar pengembangan EGFR TKI baru. Senyawa norswertianin dan orobol memiliki potensi terbesar sebagai EGFR TKI yang efektif untuk mutasi T790M, C797S dan insersi ekson 20.

---

Background: Targeted therapy with EGFR TKI has been the mainstay of lung cancer treatment, especially NSCLC. Besides the poor cost-effectiveness, primary and secondary resistances, such as T790M, C797S, and exon 20 insertion mutation, have been problematic in EGFR TKI clinical utilization. In silico research, such as machine learning-based QSAR dan molecular docking, has the potential to hasten the discovery of novel EGFR TKI based on phytochemicals.

Method: This study is an in silico research to develop a machine learning-based QSAR model, followed by molecular docking experiments for virtual screening of phytochemicals that have bioactivity as EGFR TKI against T790M, C797S, and exon 20 insertion mutation. A machine learning model will be developed to predict IC50 based on chemical structure. The learning set is sourced from the ChEMBL database, phytochemical data from KEGG, and macromolecule data from RCSB PDB. Molecular dynamic simulation is carried out to validate the molecular docking result further.

Results: A total of 8627 compounds was procured from ChEMBL database, which was split into training and test sets with a ratio of 9:1. LGBM based machine learning model with considerable accuracy can be developed, with R2 of 73%. The five compounds with the best predicted IC50 value was orobol norswertianin, isokaempferide, isoathyriol, and norathyriol. All compounds possess a good pharmacokinetics and toxicology profile. The molecular docking result showed that norswertianin has the best binding affinity against EGFR with T790M and T790M/C797S/L8568R. Orobol has the best binding affinity against EGFR with T790M/C797S and exon 20 insertion. Both compounds can form a stable binding in molecular dynamics simulation.

Conclusions: Machine learning-based QSAR model utilizing the LGBM algorithm can predict IC50 value as EGFR TKI based on the compound’s chemical structure. Phytochemicals can be used as the basis for novel EGFR TKI. Norswertianin and orobol have the best EGFR TKI potential against T790M, C797S, and exon 20 insertion mutations."

"Sejalan dengan semakin tingginya resistensi terhadap obat antimalaria dalam klinis, terdapat kebutuhan dilakukan pencarian senyawa-senyawa kimia yang berpotensi. Metode komputasi digunakan untuk membantu pencarian karena memiliki keunggulan seperti tidak banyak mengeluarkan biaya dan dapat dipercaya memprediksi afinitas ikatan ligan dengan target obat (protein). Tujuan penelitian adalah untuk mendapatkan senyawa analog triklosan dan senyawa herbal Indonesia yang berpotensi sebagai antimalaria. Analog triklosan dan beberapa senyawa basis data herbal Indonesia dihitung afinitas ikatannya dengan metode Molecular Mechanics Poisson-Blotzmann Surface Area (MM-PBSA) pada Plasmudium falciparum Enoyl Reductase(PfENR), dengan tiga titik variabel suhu 27oC, 37oC, dan 39oC. Didapatkan nilai energi bebas Gibbs (ΔG) pada analog triklosan enansiomer 1b -18,5009 kkal/mol suhu 37oC dan pada senyawa herbal spinasterol -31,3435 kkal/mol suhu 37oC dan limasin -24,9885 kkal/mol suhu 37oC. Dengan nilai energi bebas Gibbs tersebut menunjukkan bahwa senyawa tersebut memiliki potensi sebagai antimalaria.

---

Keeping pace with emerging drug resistance in clinically important pathogens will be greatly aided by inexpensive yet reliable computational methods that predict the ligands binding affinities for drug targets. the aim of this study to obtain potention antimalaria from analogues triclosan compound and Indonesia herbal compound. Analogues triclosan and several compound from Indonesia herbal database form Indonesia be calculated with molecular mechanics Poisson-Boltzmann surface area (MM-PBSA) for the Plasmodium falciparum Enoyl Reductase (PfENR), at three point variable of temperature 27oC, 37oC, and 39oC. Obtained Gibbs free energy (ΔG) for analogues triclosan enansiomer 1b -18,5009 kkal/mol 37oC and for herbal compound spinasterole -31,3435 kkal/mol 37oC dan limacine -24,9885 kkal/mol 37oC. With that Gibbs free enrgy enansiomer 1a, spinasterole, and limacine shows that compound have potention as antimalaria."

"ABSTRAKTerapi Highly Active Antiretroviral Therapy HAART untuk AIDS akibat infeksi HIV dilakukan dengan kombinasi obat-obat yang menghambat salah satu tahap dari siklus reproduksi virus HIV. Sumber alternatif baru protease inhibitor sebagai komponen terapi AIDS dibutuhkan untuk menyediakan stok obat dan mengatasi apabila terdapat resistensi terhadap protease inhibitor yang lama. Kayu Ules Helicteres isora diketahui pada penelitian in vitro dan in silico sebelumnya memiliki kandidat senyawa yang berpotensi digunakan sebagai sumber protease inhbitor alami, namun penelitian aktivitas protease inhibitor ekstrak metanol Helicteres isora secara in vitro dengan protease assay belum dilakukan. Penelitian ini dilakukan untuk melihat potensi Kayu Ules sebagai protease inhibitor dengan menggunakan kultur sel HT-29 yang diinfeksi virus HIV-1 untuk propagasi virus dan protease assay untuk melihat pengaruh Kayu Ules sebagai protease inhibitor. Analisis imunofluoresen dan RT-PCR mengindikasikan virus HIV-1 yang diproduksi oleh sel HT-29 setelah transfeksi. Enzim tripsin dan sel HT-29 diketahui dapat digunakan sebagai, masing-masing, enzim standar Protease assay dan sel inang virus HIV-1 NL4-3. Hasil penelitian menunjukkan bahwa ekstrak metanol buah Kayu Ules Helicteres isora L. memiliki aktivitas protease inhibitor protease HIV-1 yang optimal pada konsentrasi 15,625 ?g/mL.

---

ABSTRACTHighly Active Antiretroviral Therapy HAART for AIDS disease caused by HIV are performed with drug cocktail that inhibit virus replication cycle. Alternative source of protease inhibitor are needed to decrease viral resistancy to the current protease inhibitor. Kayu Ules Helicteres isora , from previous in vitro and in silico studies, known for its potency as a natural source of protease inhibitor, however methanolic extract protease inhibitor activity in vitro study using protease assay has not yet conducted. This research is aimed to study the potential of Kayu Ules as protease inhibitor. We used HT 29 cell lines for HIV 1 NL4 3 propagation and protease assay to know the effect of Helicteres isora as protease inhibitor. Immunofluorescence microscopy and RT PCR results showed the presence of HIV in HT 29 cell culture after transfection. This study demonstrate reliable utility of HT 29 and trypsin for HIV 1 NL4 3 virus generation cell host and for standard protease assay enzyme, respectively. From this experiment, fruit of Kayu Ules methanolic extract are showed to have HIV 1 protease inhibitor activity with its optimum concentration at 15,625 g mL."

"SIRT1 merupakan salah satu dari tujuh sirtuin manusia SIRT1-7 yang termasuk dalam HDAC kelas III. Sejumlah penelitian tentang SIRT1 telah banyak dibuktikan berperan dalam regulasi metabolisme seluler serta sering dihubungkan dengan pathogenesis penyakit seperti kanker dan penyakit nuerodegeneratif. Untuk menemukan kandidat obat yang baik beberapa menggunakan metode in silico sebagai tool yang cepat dalam menganalisis aktifitas biologis obat secara virtual.Metode in silico dalam penelitian ini dimulai dari penapisan virtual, penambatan molekul dan simulasi dinamika molekuler yang menggunakan database herbal Indonesia untuk menemukan senyawa kandidat yang berpotensi sebagai inhibitor SIRT1.Hasilnya diperoleh ada enam senyawa kandidat dari database Herbal Indonesia yang memiliki potensi sebagai inhibitor SIRT1 yaitu 5-oxocoronaridine, 3-oxocoronaridine, 5-hydroxy-6-oxocoronaridine, dregamine, isovoacristine dan tabernaemontanine.Hasil penambatan molekul senyawa kandidat terhadap dua makromolekul SIRT1 PDB ID: 4I5I dan 4ZZI menunjukkan nilai pengikatan energi bebas senyawa kandidat mendekati dan lebih tinggi dari senyawa ligand co-kristal. Dari analisis simulasi dinamika molekuler diperoleh energi bebas MMPBSA di atas -21 kkal/ mol sedangkan occupancy ikatan hidrogen residu Ile347 dan Asp348 diatas 80 .

---

SIRT1 is one of seven human sirtuins SIRT1 7 are included in class III of HDAC. A number studies of SIRT1 has been widely demonstrated a role in the regulation of cellular metabolism and linked to pathogenesis of diseases such as cancer and neurodegeneratif diseases. To find a good drug candidates could using in silico methods as a quick tool in analyzing the biological activity of drugs virtually.In silico methods in this research started from a virtual screening, docking and molecular dynamics simulations that use Indonesian herbal database to find potential candidate compounds as SIRT1 inhibitor.The result was obtained there are six candidates compound of Indonesian Herbal database that has potential as SIRT1 inhibitor that is 5 oxocoronaridine, 3 oxocoronaridine, 5 hydroxy 6 oxocoronaridine, dregamine, isovoacristine and tabernaemontanine.Docking results shown that molecule candidate compounds against two of macromolecules SIRT1 PDB ID 4I5I and 4ZZI have value of the candidate compound binding free energy approach and higher than the co crystal ligands. From the analysis of molecular dynamics simulations obtained free energy MMPBSA about 21 kcal mol while occupancy hydrogen bonding of residues Ile347 and Asp348 about 80 ."

"Senyawa yang berperan sebagai inhibitor HDAC kelas IIa telah banyak dikembangkan sebagai obat antikanker, antiinflamasi, penyakit Huntington, human papiloma virus dan antidiabetes. Senyawa inhibitor HDAC antara lain golongan hydroxamic acid, peptida siklik, asam alifatik dan benzamide. Metode yang digunakan untuk mencari senyawa inhibitor HDAC kelas IIa salah satunya adalah melalui pendekatan farmakofor 3D berbasis ligan. Senyawa aktif HDAC4 dan HDAC7 dibuat ke dalam dataset training dan test untuk pembuatan dan validasi model farmakofor 3D berbasis ligan menggunakan LigandScout 4.09.1. Model farmakofor terbaik digunakan untuk penapisan virtual terhadap database herbaldb. Senyawa hit yang diperoleh selanjutnya dilakukan penambatan molekul menggunakan AutoDock4Zn, simulasi dinamika molekuler dan perhitungan nilai MMGB/PBSA menggunakan AMBER12. Berdasarkan hasil validasi model farmakofor 3D berbasis ligan, dipilih model farmakofor terbaik yaitu model 6 dan 10 HDAC4 dan model 1 HDAC7. Berdasarkan hasil penapisan virtual diperoleh 6 senyawa hit yaitu artocarpesin, avicularin, dimboa glucoside, eriodictin, luteolin dan mirabijalone c. Proses simulasi dinamika molekul selama 10ns menunjukan bahwa senyawa yang memiliki aktivitas terbaik yaitu senyawa artocarpesin HDAC4 , mirabijalone c dan eriodictin HDAC7. Asam amino esensial HDAC4 meliputi Asp196, Asp290 dan His198 untuk interaksi ZBG. Asam amino esensial HDAC7 meliputi Asp707, Asp801 dan His709 untuk interaksi ZBG.

---

Currently, compounds as the inhibitor of HDAC class IIa are developed as anticancer, antiinflammation, Huntington disease, human papilloma virus and antidiabetes. Inhibitor compounds of HDAC are mainly divided into hydroxamic acid, cyclic peptide, aliphatic acid and benzamide. 3D pharmacophore ligand based approached was used to found inhibitor compounds of HDAC class IIa. Active compounds of HDAC4 and HDAC7 were divided into training and test dataset for build and validation of 3D pharmacophore ligand based models using LigandScout 4.09.1. The best pharmacophore model, was used for virtual screening against herbaldb database. After this steps, hit compounds would be docking using AutoDock4Zn, molecular dynamic simulation, and MMGB PBSA calculation score using AMBER12. Based on the results of 3D model validation pharmacophore based ligand, selected models are models of best pharmacophore 6 and 10 HDAC4 and model 1 HDAC7. Based on the results of virtual screening, 6 hit compounds were obtained such as artocarpesin, avicularin, dimboa glucoside, eriodictin, luteolin and mirabijalone c. Molecular dynamics simulation process for 10ns indicate that the compound has the best activity are artocarpesin for HDAC4, mirabijalone c and eriodictin for HDAC7. Essential amino acids for HDAC4 include Asp196, Asp290 and His198 for ZBG interactions. Essential amino acids for HDAC7 include Asp707, Asp801 and His709 for ZBG interaction."

"Salah satu peran industri farmasi adalah untuk mengembangkan agen terapetik yang dapat mencegah, mengurangi, atau menyembuhkan penyakit. Kunci untuk mencapai peran ini adalah melalui penemuan dari senyawa-senyawa baru dapat diandalkan untuk menjadi agen terapetik yang baru. Metode yang saat ini sedang marak dikembangkan adalah pencarian obat dengan menggunakan in silico screening atau dikenal pula dengan nama virtual screening.Salah satu penyakit endemik yang muncul pada abad 20-an adalah AIDS (Acquired Immunodeficiency Syndrome) yang disebabkan oleh Human Immunodeficiency Virus tipe 1 (HIV-1). Virus ini cepat bermutasi sehingga menyebabkan belum adanya obat yang dapat menyembuhkan penyakit ini secara total. Salah satu target enzim yang dapat diinhibisi untuk menghambat replikasi virus adalah protease HIV-1.Pada penelitian kali ini dilakukan virtual screening dengan menggunakan perangkat lunak GOLD untuk mencari kandidat obat inhibitor Protease HIV-1 dengan menggunakan database Tanaman Obat di Indonesia. Virtual screening yang dilakukan adalah structure based virtual screening.Berdasarkan hasil dari virtual screening ini diperoleh 10 kandidat senyawa obat yang diharapkan dapat menjadi obat protease inhibitor. Senyawa tersebut antara lain Quercetin 7,4'-diglucoside, 4-Methylpentyl glucosinolate, Quercetin 3-rutinoside, Glucoraphenin, Glucobrassicin, Luteolin 3'- methylether7-manosyl-(1-2)alloside, Apigenin-7-O(6"-O-p-coumaroylglucoside), Cyanidin 7(3-glucosil-6-malonylglucoside)4'-glucoside, Sinalbin dan 4-Methylsulfinyl butyl glucosinolate dengan kisaran GoldScore dari 86.2803 sampai 95.6252.

---

One role of the pharmaceutical industry is to develop therapeutic agents that can prevent, reduce or cure disease. The key to achieve this role is through the discovery of new compounds that can be counted to be a new therapeutic agent. Recent method being developed is searching a new drug using in silico screening, or also known as virtual screening.One of the endemic disease emerged in the 20th century is AIDS (Acquired Immunodeficiency Syndrome) caused by Human Immunodeficiency Virus type 1 (HIV-1). This virus mutates rapidly causing no drug that can cure this disease completely. One of enzyme target that can be inhibited to block the replication of this virus is HIV-1 protease. Inhibition to the enzyme cause the blocking of protein cleavage in virus maturation process.In this research, virtual screening was performed using GOLD software to find drug candidates as HIV-1 protease inhibitor using the database Tanaman Obat di Indonesia (database of Medicinal Plants in Indonesia). The virtual screening performed was a structure based virtual screening.Based on the results obtained from the virtual screening there were 10 drug candidates which expected to be a protease inhibitor. These compounds were Quercetin 7,4'-diglucoside, 4-Methylpentyl glucosinolate, Quercetin 3-rutinoside, Glucoraphenin, Glucobrassicin, Luteolin 3'-methylether7-manosyl-(1-2)alloside, Apigenin-7-O(6"-O-p-coumaroylglucoside), Cyanidin 7(3-glucosil-6-malonylglucoside)4'-glucoside, Sinalbin dan 4-Methylsulfinyl butyl glucosinolate with GoldScore ranged from 86.2803 to 95.6252."