Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

Hasil Pencarian

Ditemukan 170850 dokumen yang sesuai dengan query
cover
Rithami Arita
"Gen sintetik anti-TfR-scFv telah dikonstruksi untuk mengkode protein rekombinan anti-TfR-scFv. Protein rekombinan tersebut dirancang untuk menghambat ikatan antara molekul transferin dengan reseptor transferin (TfR). Gen enhanced green fluorescent protein (egfp) digunakan dalam penelitian sebagai reporter gene untuk mengetahui ekspresi gen anti-TfR-scFv. Penelitian bertujuan untuk mensubkloning gen anti-TfR-scFv dan fusi gen scFv-egfp ke dalam vektor ekspresi pPICZα A pada Escherichia coli (E. coli) TOP10F’. Gen anti-TfR-scFv yang berada di dalam pJ-TfR-scFv diamplifikasi menggunakan teknik PCR. Fragmen gen anti-TfR-scFv yang berukuran 747 bp kemudian diligasi pada situs restriksi EcoRI pada vektor ekspresi pPICZα A dan ditransformasi ke dalam E. coli TOP10F’ untuk memperoleh vektor rekombinan konstruksi pertama (pPICZα_TfR). Gen egfp yang berukuran 753 bp diligasi dengan vektor rekombinan pPICZα_TfR dan ditranformasi ke dalam E. coli TOP10F’ untuk memperoleh vektor rekombinan konstruksi kedua (pPICZα_TfR_EGFP). Hasil penelitian menunjukkan bahwa kedua vektor rekombinan baik pPICZα_TfR maupun pPICZα_TfR_EGFP telah berhasil ditransformasikan ke dalam E. coli TOP10F’ dengan efisiensi transformasi 4,94 x 103 cfu/μg dan 6,74 x 103 cfu/μg plasmid DNA pada medium LSLB yang mengandung 25 μg/ml antibiotik zeocin. Hasil verifikasi menggunakan PCR, digesti, dan sekuensing menunjukkan bahwa gen anti-TfR-scFv dan fusi gen scFv- egfp berhasil disubkloning ke dalam vektor ekspresi pPICZα A.

The anti-TfR-scFv synthetic gene is a gene encoding single chain variable fragment that prevents the bond between transferrin receptor (TfR) and transferrin molecule. The enhanced green fluorescent protein (egfp) gene was used in this study as reporter gene for monitoring expression of anti-TfR-scFv gene. The study was aimed to subclone anti-TfR-scFv synthetic gene and scFv-egfp fusion gene into pPICZα A expression vector on E. coli TOP10F’. The anti-TfR-scFv synthetic gene had been cloned previously in the cloning vector pJ-TfR-scFv and was amplified by PCR technique. Furthermore, the 747 bp fragment of anti-TfR- scFv synthetic gene was ligated into EcoRI restriction site in pPICZα A expression vector and transformed into E. coli TOP10F’ in order to obtain type I recombinant vector named pPICZα_TfR. The 753 bp fragment of egfp gene was ligated to recombinant vector pPICZα_TfR in order to obtain type II recombinant vector named pPICZα_TfR_EGFP. The results showed that both of recombinant vectors pPICZα_TfR and pPICZα_TfR_EGFP were successfully transformed into E. coli TOP10F’ with efficiency of transformation 4,94 x 103 cfu/μg dan 6,74 x 103 cfu/μg DNA plasmid in LSLB medium containing 25 μg/ml zeocin. The results of verification by PCR method, digestion, and sequencing showed that anti-TfR-scFv synthetic gene and scFv-egfp fusion gene were successfully subcloned into pPICZα A expression vector."
Depok: Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Indonesia, 2013
S44550
UI - Skripsi Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Maya Ulfah
"Gen CalBsyn telah dikonstruksi untuk mengkode Candida antarctica lipase B (CalB). Enzim tersebut memiliki peranan penting sebagai biokatalis yang efektif di bidang bioteknologi dan industri. Sekuens gen CalBsyn telah dimodifikasi dengan menambahkan mutasi pada tiga asam amino untuk meningkatkan termostabilitas enzim tersebut. Gen enhanced green fluorescent protein (egfp) telah digunakan sebagai reporter gene untuk memvisualisasikan ekspresi gen CalBsyn. Penelitian bertujuan untuk mensubkloning gen CalBsyn dan fusi gen CalBsyn-egfp ke dalam vektor ekspresi pGAPZα pada Escherichia coli TOP10F’. Gen CalBsyn telah diisolasi dari vektor pJ912-CalBsyn dengan teknik digesti menggunakan enzim restriksi XhoI. Fragmen gen CalBsyn yang berukuran 1136 bp kemudian diligasikan pada vektor ekspresi pGAPZα dan ditransformasikan ke dalam E. coli TOP10F’ untuk mendapatkan vektor rekombinan pGAPZα- CalBsyn. Fragmen gen egfp yang berukuran 750 bp telah diisolasi dari vektor pTZ-egfp menggunakan teknik PCR, kemudian diligasikan ke dalam vektor rekombinan pGAPZα-CalBsyn dan ditransformasikan ke dalam E. coli TOP10F’ untuk mendapatkan vektor rekombinan pGAPZα-CalBsyn-egfp. Hasil penelitian menunjukkan bahwa kedua vektor rekombinan pGAPZα-CalBsyn dan pGAPZα- CalBsyn-egfp telah berhasil ditransformasikan ke dalam E. coli TOP10F’ dengan nilai efisiensi transformasi sebesar 4,11 x 103 cfu/μg DNA plasmid dan 3,10 x 104 cfu/μg DNA plasmid di dalam medium seleksi mengandung zeocin [25 μg/ml].

The CalBsyn gene was constructed to encode Candida antarctica lipase B (CalB). The enzyme has important role as the effective biocatalyst in biotechnology and industrial fields. The sequence of CalBsyn gene has been modified by mutation at three amino acids to improve thermostability of the enzyme. The enhanced green fluorescent protein (egfp) gene was used as reporter gene to visualize the expression of the CalBsyn gene. This research was aimed to subclone both CalBsyn gene and CalBsyn-egfp fusion gene into pGAPZα expression vector on Escherichia coli TOP10F’. The CalBsyn gene was isolated from pJ912-CalBsyn vector by digestion using XhoI restriction enzyme. The 1136 bp fragment of CalBsyn gene then was ligated to pGAPZα expression vector and transformed into E. coli TOP10F’ in order to obtain recombinant vector pGAPZα-CalBsyn. The 750 bp fragment of egfp gene that was isolated from pTZ-egfp vector using PCR technique was ligated to recombinant vector pGAPZα-CalBsyn and transformed into E. coli TOP10F’ to obtain pGAPZα-CalBsyn-egfp recombinant vector. The result showed that both recombinant vectors pGAPZα-CalBsyn and pGAPZα- CalBsyn-egfp were successfully transformed into E. coli TOP10F’ with transformation efficiency values 4,11 x 103 cfu/μg plasmid DNA and 3,10 x 104 cfu/μg plasmid DNA respectively in the selection medium containing zeocin [25 μg/ml]."
Depok: Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Indonesia, 2013
S44380
UI - Skripsi Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Putty Alifa Melyani
"Penelitian bertujuan untuk memperoleh Pichia pastoris transforman yang mengandung gen anti-TfR-scFv dan mengekspresikan protein rekombinan anti-TfR-scFv. Protein tersebut merupakan fragmen antibodi untai tunggal (singlechain-variable-domain, scFv) yang mengenali protein reseptor transferin yang dijumpai pada permukaan sel manusia. Gen anti-TfR-scFv telah diklon ke dalam vektor ekspresi pPICZ di bawah kontrol promoter terinduksi PAOX1 dan di fusi dengan sinyal sekresi MF- (mating factor-) dari Saccharomyces cerevisiae. Gen anti-TfR-scFv juga di fusi dengan gen EGFP (enhanced green fluorescent protein) pada ujung-C. Vektor rekombinan pPICZα_TfR_EGFP ditransformasi ke dalam P. pastoris SMD1168H menggunakan teknik elektroporasi.
Hasil penelitian menunjukkan bahwa vektor rekombinan berhasil ditransformasikan ke dalam genom P. pastoris. Sebanyak 22 koloni transforman berhasil diperoleh dengan tingkat efisiensi transformasi sebesar 0,062x103 cfu/μg DNA. Proses seleksi transforman dilakukan pada medium seleksi YPD agar yang mengandung zeocin. Uji fenotipe Mut (methanol utilization) terhadap tujuh klona transforman memperlihatkan dua klona termasuk Mut+, empat klona MutS dan satu klona Mut-. Protein rekombinan telah berhasil diekspresikan secara ekstraselular. Visualisasi menggunakan mikroskop flouresen menunjukkan adanya pendaran fluoresen dari protein EGFP pada P. pastoris transforman yang mengindikasikan bahwa protein rekombinan telah terekspresi dengan benar. Analisis SDS-PAGE dan Western blotting menunjukkan protein rekombinan (±50kDa) berhasil dideteksi.

This research aimed to obtain Pichia pastoris transformant containing anti-TfRscFv gene which express anti-TfR-scFv recombinant protein. This recombinant protein consist of a single-chain-variable-domain (scFv) recognizing the extracellular domain of human_transferrin_receptor found on the surface of human cell. The anti-TfR-scFv gene was cloned into pPICZ expression vector under the control of inducible promoter PAOX1 and fused with MF- (mating factor-) secretion signal from Saccharomyces cerevisiae. The gene was also fused at the C-terminal with EGFP (enhanced-green-fluorescent-protein) reporter gene. The recombinant vector pPICZα_TfR_EGFP has been transformed into P. pastoris SMD1168H using electroporation technique.
The results showed that the recombinant vector has been successfully transformed into P. pastoris genome. A number of 22 transformant colonies has been obtained with a transformation efficiency number of 0,062x103 cfu/μg DNA. Screening process of transformants was carried out on YPD agar medium containing zeocin. Assay on the Mut (methanol utilization) phenotype of seven transformant clones showed that two of them are Mut+, four are MutS and one is Mut-. The recombinant protein was successfully expressed and secreted from the cell. Visualization using fluorescence microscopy showed fluorescent light coming out from the transformant cells, proving that the recombinant protein has been correctly expressed. The SDS-PAGE and Western blotting analyses showed that the recombinant protein (±50kDa) has been detected.
"
Depok: Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Indonesia, 2014
S56462
UI - Skripsi Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Awatif Al Makiyah
"Ekspresi gen sintentik gag HIV-1 subtipe CRF01_AE dalam E. coli BL21 dan E. coli BL21-CP telah dilakukan. Gen gag merupakan salah satu gen pada HIV-1 yang tidak mengalami mutasi secara signifikan sehingga gen tersebut dapat digunakan untuk pengembangan vaksin yang dapat dimanfaatkan dalam jangka waktu yang panjang. Pengembangan vaksin HIV membutuhkan protein Gag untuk digunakan sebagai antigen yang mampu merespon pembentukan antibodi pada hewan uji coba. Protein Gag didapatkan dengan cara melakukan ekspresi gen gag yang telah diklon ke dalam vektor ekspresi pQE-81L, dan ditransformasi ke dalam bakteri E. coli BL21 dan E. coli BL21-CP. Ekspresi dilakukan dengan tiga faktor optimasi yaitu, suhu, konsentrasi isopropyl-β-D-thiogalactopyranoside (IPTG) dan waktu ekspresi setelah induksi dilakukan. Analisis hasil ekspresi dilakukan dengan SDS-PAGE dan menunjukkan tidak ada protein Gag yang dihasilkan pada semua keadaan optimasi yang dilakukan. Kegagalan ekspresi gen gag pada E. coli BL21 dan E. coli BL21-CP disebabkan oleh peristiwa kodon bias, dan pemilihan sel inang ekspresi yang kurang tepat.

Expression of gag gene on HIV-1 subtype CRF01_AE in E. coli BL21 and E. coli BL21-CP had been conducted. Gag gene on HIV-1 is one of the genes that can?t be significantly mutated, so it can be utilized for long term vaccines development. HIV vaccine development requires Gag protein as antigen in order to response antibody formation in animal experiment. Gag protein was obtained by gag gene expression that had been cloned into expression vector pQE-81L and transformed into E. coli BL21 and E. coli BL21-CP. Expression of the gag gene as optimized by temperature, isopropyl-β-D-thiogalactopyranoside (IPTG) concentration, and expression time after IPTG induction. The expression was analyzed by SDS-PAGE and it showed no protein produced in all optimization conditions. The failure of gag gene expression in E. coli BL21 and E. coli BL21-CP caused by codon ray and inappropriate host cell."
Depok: Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Indonesia, 2013
S44903
UI - Skripsi Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Muhammad Syah Ramadhan
"Human Epidermal Growth Factor (hEGF) merupakan polipeptida yang terdiri atas 53 asam amino. Protein hEGF berfungsi untuk proliferasi sel epitel dan epidermis secara in vitro dan in vivo. Protein hEGF dikode oleh gen EGF. Gen EGFsyn telah dikonstruksi secara sintetik untuk optimasi kodon pada Escherichia coli. Optimasi kodon berfungsi untuk meningkatkan ekspresi protein rekombinan pada E. coli. Subkloning gen EGFsyn ke plasmid pJ404 yang mengandung gen peptida sinyal endoxylanase sangat diperlukan dalam ekspresi protein hEGF rekombinan pada E. coli. Kendala ekspresi protein rekombinan pada E. coli yaitu terbentuknya badan inklusi di sitoplasma. Peptida sinyal endoxylanase digunakan untuk mentranslokasi protein ke periplasma. Digesti gen EGFsyn dan vektor pJ404 dengan enzim NheI dan BamHI diperlukan untuk persiapan subkloning dan ekspresi protein hEGF ke periplasma. Hasil penelitian menunjukkan bahwa gen EGFsyn dan plasmid pJ404 berhasil dipotong dan siap digunakan untuk subkloning.

Human Epidermal Growth Factor (hEGF) is a polypeptide consisted of 53 amino acids. Its function is to promote epithel and epidermis cells proliferation in vitro and in vivo. It is encoded by EGF gene. An EGFsyn has been constructed to optimize codon usage in Escherichia coli. Codon optimization enhances recombinant protein expression in E. coli. Subcloning EGFsyn gene to a plasmid carrying endoxylanase signal peptide gene is important for recombinant hEGF expression in E. coli. One of the problem expressing recombinant protein in E. coli is the accumulation of inclusion bodies in cytoplasm. Endoxylanase signal peptide is used to translocate protein to periplasm. Digestion of EGFsyn gene and plasmid pJ404 by enzyme NheI and BamHI is needed for preparation of subcloning and hEGF expression to periplasm. The results showed that EGFsyn gene and plasmid pJ404 was digested and can be used for subcloning."
Depok: Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Indonesia, 2016
S61737
UI - Skripsi Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Annisa Fauziah
"Enzim L-asparaginase merupakan enzim yang menghidrolisis L-asparagin menjadi asam L-aspartat dan ammonia. Enzim tersebut berfungsi untuk kemoterapi penyakit Acute Lymphoblastic Leukemia (ALL). Penelitian bertujuan untuk melakukan subkloning dan ekspresi gen L-asparaginase yang berasal dari bakteri Bacillus circulans ke Escherichia coli DH5α di bawah kontrol promoter xyn AQ1. Gen yang mengkode L-asparaginase dari Bacillus circulans yang digabungkan dengan promoter xyn AQ1 diamplifikasi dengan menggunakan metode overlap PCR. Produk PCR berhasil disubkloning ke vektor pGEM®-T Easy di dalam E. coli DH5α.
Hasil sekuensing menunjukkan bahwa gen sisipan memiliki persentase kemiripan sebesar 100 % dengan sekuen B. subtilis strain AQ1 endoxylanase glycosyl hydrolase family 11 (yang merupakan bagian promoter xyn AQ1) dan 99 % kemiripan dengan gen L-asparaginase dari B. subtilis BSn5. Aktivitas enzim L-asparaginase dari E. coli yang mengandung plasmid dengan promoter xyn AQ1 dan open reading frame (ORF) L-asparaginase dari B. circulans lebih tinggi daripada plasmid yang hanya mengandung ORF L-asparaginase dari B. circulans

L-Asparaginase is an enzyme that catalyzes the hydrolysis of L-asparagine to L-aspartic acid and ammonia. It has important role in treatment of Acute Lymphoblastic Leukemia (ALL). The purpose of this research is to subclone the encoding gene of L-asparaginase and to express this gene in Escherichia coli DH5α under the control of xyn AQ1 promoter. The gene encoding for L-asparaginase from Bacillus circulans combined with xyn AQ1 promoter have been amplified using overlap PCR. The PCR product successfully subcloned into pGEM®-T Easy vector in E. coli DH5α.
The sequencing results showed that the insert had 100% homology with sequence of B. subtilis strain AQ1 endoxylanase glycosyl hydrolase family 11 (part of xyn AQ1 promoter) and 99 % homology with L-asparaginase gene from B. subtilis BSn5. The activity of L-asparaginase enzyme from E. coli containing plasmid with xyn AQ1 promoter and L-asparaginase open reading frame (ORF) from B. circulans was higher than plasmid with L-asparaginase ORF from B. circulans only.
"
Depok: Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Indonesia, 2012
S43796
UI - Skripsi Open  Universitas Indonesia Library
cover
Jocelyn Nataniel
"Masalah limbah plastik polietilena tereftalat (PET) di Indonesia menjadi perhatian yang serius karena penguraiannya lambat dan berpotensi merusak lingkungan. Solusi yang menjanjikan adalah Ideonella sakaiensis polyethylene terephthalate hydrolase (IsPETase) yang dapat mendegradasi plastik dengan lebih cepat. IsPETase sebelumnya telah diekspresikan di Escherichia coli BL21 (DE3). Namun, IsPETase masih terekspresikan secara insoluble sehingga IsPETase perlu diamati ekspresi gen dan optimasi kondisi ekspresi pada E. coli Arctic Express (DE3). Penelitian bertujuan untuk mengamati ekspresi gen PETase pada E. coli Arctic Express (DE3) dan menentukan kondisi optimal untuk ekspresi. Penelitian ini melibatkan berbagai tahapan seperti peremajaan kultur rekombinan, produksi protein, dan pemanenan, yang dioptimalkan untuk kondisi ekspresi. Ekspresi gen PETase diamati pada fraksi ekstraseluler (dipekatkan), periplasmik (dipekatkan), dan sitoplasmik. Fraksi ekstraseluler belum terekspresikan secara optimal sehingga optimasi kondisi ekspresi dilanjutkan pada fraksi sitoplasmik (soluble) dengan media pertumbuhan Luria Bertani (LB), induksi IPTG 1,0 mM selama 8 jam, dan waktu sonikasi selama 10 menit menghasilkan aktivitas spesifik PETase 0,07 U/mg. Namun, pemurnian protein dan ekspresi perlu dilakukan dengan sel inang Bacillus.

The problem of polyethylene terephthalate (PET) plastic waste in Indonesia has become a serious concern due to its slow degradation and potential environmental damage. A promising solution is Ideonella sakaiensis polyethylene terephthalate hydrolase (IsPETase), which can degrade plastic faster. IsPETase has been expressed in Escherichia coli BL21 (DE3), but it is still expressed insolubly, so the expression of the gene and the optimization of the expression conditions in Escherichia coli Arctic Express (DE3) need to be observed. This study aims to observe the PETase gene expression in E. coli Arctic Express (DE3) and determine the optimal conditions for expression. This study involves various stages, such as refreshing culture, protein production, and harvesting, which are optimized for expression conditions. PETase gene expression was observed in the extracellular (concentrated), periplasmic (concentrated), and cytoplasmic soluble fractions. The extracellular fraction has not been optimally expressed, so expression optimization continued in the cytoplasmic fraction with Luria Bertani (LB) growth medium, IPTG induction of 1.0 mM for 8 hours, and sonication time for 10 minutes, resulting in specific activity of 0.07 U/mg. However, protein purification is required and expression is performed with Bacillus host cells."
Depok: Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Indonesia, 2023
S-pdf
UI - Skripsi Membership  Universitas Indonesia Library
cover
cover
Septi Anggraini Sugiarti
"ABSTRAK
Enzim lipase EC 3.1.1.3, triasilgliserol asilhidrolase merupakan kelompok enzim yang menghidrolisis lemak menjadi asam lemak dan gliserol. Selain itu, enzim lipase berperan dalam berbagai rekasi, seperti reaksi esterifikasi, interesterifikasi, dan transesterifikasi. Penelitian ini bertujuan melakukan subkloning gen lipase Bacilus subtilis dari vektor pGEMlipA ke dalam vektor pSKE xyn AQ1 dengan metode Exponential Megapriming PCR EMP dan transformasi vektor pSKExynlipA rekombinan ke Bacilus subtilis DB104. Megaprimer yang digunakan untuk EMP disintesa melalui reaksi PCR menggungakan primer spesifik gen lipase yang didesain berdasarkan deret nukleotida gen lipA dan xynAQ1 sedemikian rupa sehingga merupakan gabungan deret nukleotida kedua gen tersebut, dengan vektor pGEMlipA sebagai template DNA. Produk PCR yang dihasilkan berukuran 792 pb selanjutnya digunakan sebagai megaprimer untuk EMP dengan vektor pSKExynAq1 sebagai template DNA. Produk EMP yang dihasilkan pSKExynlipA kemudian ditransformasikan ke dalam E. coli DH5 ? ? . Tahap selanjutnya vektor diekstraksi dari E. coli untuk ditransformasikan ke dalam B. subtilis DB104 dengan metode protoplasting dilanjutkan dengan tahap integrasi gen lipA ke dalam kromosom B. subtilis DB104. Kloning gen lipase ke dalam vektor pSKExynAq1 dengan metode EMP telah berhasil dengan diperolehnya pita berukuran sesuai harapan, yaitu 7849 pb. Produk EMP tersebut berhasil mentransformasi E. coli DH5 ? ? yang tumbuh pada media LB yang mengandung ampisilin. Seleksi kualitatif klona positiF menggunakan media agar mengandung asam tri butirat TBA, tri-butyric acid berhasil mendapatkan 1 klona klon 1 yang menghasilkan zona bening. Plasmid rekombinan yang diisolasi dari klon 1 tersebut berhasil ditransformasikan ke dalam B. subtilis DB104 pada media DM3 mengandung eritromisin. Analisis menggunakan enzim restriksi PstI terhadap plasmid pSKExynlipA yang diekstraksi dari beberapa transforman B. subtilis diperoleh 1 koloni rekombinan positif yang mengandung DNA target. Eksperimen integrasi kromosom menghasilkan pertumbuhan koloni pada media LB dengan berbagai konsentrasi eritromisin yaitu LB tanpa eritromisin, LB eritromisin 0,5 g/ mL, dan LB eritromisin 5 g/ mL. Analisis terhadap klona integran positif dilakukan dengan PCR genom, namun hasil penelitian menunjukkan belum didapatkan klona positif dari 60 klona yang tumbuh pada media LB tanpa eritromisin.

ABSTRACT
Enzyme lipase EC 3.1.1.3, triasilglycerol acylhydrolase is a group of enzymes that hydrolyzed fat into fatty acids and glycerol. In addition, the lipase enzyme plays a role in various reactions, such as esterification, interesterification, and transesterification reactions. The present study was conducted to subclone the Baillus subtilis lipase gene lipA cloned in the pGEMlipA recombinant vector into pSKExynAQ1 recombinant vector by EMP method and to transform the resulted pSKExynlipA recombinant vector into Bacilus subtilis DB104. Megaprimer used in the EMP was synthesized by PCR using a pair of gen specific primer designed based on lipA and xynAq1 nucleotide sequencces so that the oligonucleotide is a comibantion of both nucleotide sequences, with pGEMlipA served as DNA template. The resulted PCR product was used as megaprimer for the EMP with the pSKExynAq1 recombinant vector served as DNA template. The resulted EMP product pSKExynlipA was used to transform E. coli DH5 . The recombinant vector was then extracted from E. coli to be transformed into B. subtilis DB104 by the method of protoplasting followed by integration of the lipase gen into the B. subtilis DB104 chromosome. EMP Cloning of the lipase gene into the pSKExynAQ1 vector has been successfuly conducted that resulted in specific band of 7849 bp. The EMP product was successfully transformed E. coli colonies grew on LB media containing ampicillin. Qualitiative selection of positive colonies using TBA tri butyric acid agar media resulted in 1 positive clone clone 1 that produed a clear zone. The recombinant plasmid has been successfully transformed into B. subtilis DB104 using protoplasting method. Analyzed recombinant with digestion using PstI restriction enzyme showed 1 colony as positive recombinant containing target DNA. The result of chromosome integration showed colonies growing on LB medium with various erythromycin concentrations, LB without erythromycin, LB erythromycin 0.5 g mL, and LB erythromycin 5 g mL. The isolat was analyzed with genomic PCR, and the results showed no positive isolates from 60 clones. "
Depok: Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Indonesia, 2018
T49873
UI - Tesis Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Sarah Adinda Puteri
"Sebagai satu negara dengan aktivitas transmisi virus dengue (DENV) yang tinggi, Indonesia tercatat memiliki angka kematian (CFR) akibat infeksi DENV yang besar. Besarnya CFR dapat diatasi dengan pendeteksian dini menggunakan kit diagnostik yang pada umumnya berupa antibodi monoklonal. Akan tetapi, kit diagnostik yang berbasis antibodi monoklonal memiliki biaya produksi yang mahal, sehingga dibutuhkan alternatif lain yang lebih murah. Kit diagnostik yang berbasis antibodi rekombinan dapat dijadikan alternatif pendeteksi dini infeksi DENV. Penelitian ini bertujuan untuk memperbanyak gen rantai berat (heavy chain) dan rantai ringan (light chain) penyusun antibodi rekombinan dalam bentuk fragmen pengikat antigen (Fab) yang mampu mendeteksi protein NS1. Penelitian yang dilakukan mencakup proses sintesis cDNA dari RNA total, amplifikasi gen heavy chain dan light chain dari cDNA menggunakan metode PCR, serta kloning kedua gen tersebut ke dalam vektor kloning pTA2 menggunakan metode heat-shock. Produk PCR gen heavy chain dan light chain menghasilkan pita dengan ukuran bervariasi, yang salah satunya merupakan pita pada ukuran yang diharapkan. Sebanyak 14 koloni transforman hasil kloning masing-masing gen berhasil terseleksi dan terisolasi dari medium yang mengandung 75 µg/µl ampisilin. Hasil analisis tahap verifikasi hasil kloning menunjukkan gen heavy chain dan light chain hanya terintegrasi parsial (± 400 bp) pada vektor pTA2 dalam Escherichia coli TOP10.

As one of the countries with high dengue virus (DENV) transmission activity, Indonesia recorded has a large fatality rate (CFR) due to DENV infection. This can be reduced through early detection of the dengue using a diagnostic kit which is generally a monoclonal antibody. However, the diagnostic kits based on monoclonal antibodies have expensive production costs, so other cheaper alternatives are needed. Therefore, this study aims to multiply heavy chain and light chains genes in the form of fragmen antigent binding (Fab) recombinant antibodies capable of detecting NS1. This study involved the synthesis of cDNA from total RNA, the amplification of heavy chain and light chain genes from cDNA using the PCR method, and cloning these two genes into pTA2 vector cloning using heat-shock method. Heavy chain and light chain PCR products produce bands at various sizes, but a band at correct size was discovered. A total of 14 transformed colonies were successfully selected and isolated from a medium containing 75 µg/µl ampicillin. The results of the verification stage of cloning results showed that the heavy chain and light chain genes were partially integrated (± 400 bp) into the pTA2 vector in Escherichia coli TOP10."
Depok: Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Indonesia, 2019
S-Pdf
UI - Skripsi Membership  Universitas Indonesia Library
<<   1 2 3 4 5 6 7 8 9 10   >>