Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Penelitian mengenai transformasi gen cry IAc ke padi subpesies Indica, Inpari 13, IR 64, dan Inpari 6, menggunakan Agrobacterium tumefaciens telah dilakukan, namun tanaman transgenik belum berhasil diperoleh. Gen cry IAc merupakan salah satu kelompok gen cry 1 yang memiliki toksin paling tinggi terhadap hama Lepidotera khususnya hama penggerek batang. Transformasi gen cry IAc dilakukan ke kalus padi menggunakan Agrobacterium tumefaciens strain LBA4404 yang membawa plasmid pAY560325_cryIAc. Kalus padi ditumbuhkan dalam media induksi kalus N6D selama 5 hari sebelum diinfeksi dengan Agrobacterium tumefaciens strain LBA4404. Selanjutnya, kalus ditanam dalam media resting, seleksi, dan media regenerasi. Gen cry IAc dan hptII telah dikonfirmasi menggunakan teknik isolasi DNA dan PCR. Transformasi gen cry IAc berhasil dilakukan dan terdapat perbedaan respons diantara ketiga varietas terhadap perlakuan kultur jaringan dan transformasi. Inpari 13 memberikan respons terbaik terhadap perlakuan transformasi berdasarkan hasil PCR gen cry IAc dan gen hptII, sedangkan IR 64 memberikan respons terbaik terhadap perlakuan kultur jaringan berdasarkan jumlah kalus embriogenik pada media induksi kalus.

---

Transformation of Cry IAc Gene Treatment Mediated by Agrobacterium tumefaciens

Research about transformation of cry IAc gene into subspesies Indica rice, Inpari 13, IR 64, and Inpari 6, had been conducted, but transgenic plant have not been yet obtained. Cry IAc is one of the group cry 1 gene with the highest toxin to pest of Lepidoptera especially stem borer. Transformation of cry IAc gene was conducted using Agrobacterium tumefaciens strain LBA4404 harboring plasmid pAY560325_cryIAc. Callus were grown in N6D induction media for 5 days before transformed by soaking in culture of Agrobacterium tumefaciens LBA4404. Subsequently, callus were grown in resting, selection, and regeneration medium. Cry IAc and hptII genes were confirmed through DNA extraction and PCR methods. Transformation of cry IAc gene successfully conducted and there were different responses of those varieties to tissue culture and transformation treatment. Inpari 13 showed the best response to transformation treatment based on the result of PCR of cry IAc and hptII genes, IR 64 gave the best response to tissue culture treatment based on the amount of embriogenic callus at callus induction medium."

"Latar Belakang: Insidensi infeksi jamur oportunistik yang disebabkan oleh Candida krusei terus meningkat. Di sisi lain, beberapa penelitian melaporkan adanya penurunan sensitivitas C. krusei terhadap caspofungin, vorikonazol, Amfoterisin B, flusitosin, dan ketokonazol. Selain itu, pilihan obat untuk infeksi Candida krusei menimbulkan berbagai efek samping. Oleh karena itu, diperlukan pengobatan alternatif yang lebih efektif dan aman, salah satunya adalah daun Polyscias scutellaria. Tujuan: Penelitian ini dilakukan untuk mengetahui efektivitas daun Polyscias scutellaria terhadap Candida krusei in vitro. etode: Penelitian eksperimental ini untuk menguji efektivitas daun Polyscias scutellaria terhadap Candida krusei in vitro dengan menggunakan metode difusi cakram dan dilusi. Konsentrasi daun Polyscias scutellaria yang digunakan adalah 800 mg/mL, 1600 mg/mL, 3200 mg/mL, 6400 mg/mL, dan 12800 mg/mL. Hasil: Ekstrak daun Polyscias scutellaria memiliki aktivitas fungistatik terhadap Candida krusei dengan nilai KHM 12800 μg/mL. Diskusi: Daun Polyscias scutellaria berpotensi sebagai antifungi terhadap Candida krusei. Pembacaan hasil setelah 24 dan 48 jam inkubasi dapat dilakukan pada penelitian selanjutnya untuk memberikan hasil yang lebih optimal.

---

Background: The incidence of opportunistic fungal infection caused by Candida krusei has been increased. On the other hand, several researches had been reported the decrease sensitivity of Candida krusei to caspofungin, voriconazole, Amphotericin B, flucytosine, and ketoconazole. Moreover, drug of choice for Candida krusei infection cause various side effects. Therefore, it be required the alternative therapy that is more effective and safer, one of which is Polyscias scutellaria leaf. Objective: This research was done to determine the effectiveness of Polyscias scutellaria leaf to Candida krusei in vitro. Methods: This experimental study is to test the effectiveness of Polyscias scutellaria leaf against Candida krusei in vitro using disc diffusion method and dilution method. The extract concentrations of Polyscias scutellaria leaf that be used are 800 mg/mL, 1600 mg/mL, 3200 mg/mL, 6400 mg/mL, and 12800 mg/mL. Results: Polyscias scutellaria leaf extract has fungistatic activity to Candida krusei with MIC value is 12800 μg/mL. Discussion: Polyscias scutellaria leaf extract is potent as antifungal against C. krusei. The reading time after 24 and 48 hours incubation can be considered in the next research to provide more optimal results."

"Telah dilakukan penelitian yang bertujuan untuk melakukan transformasi gen cry IAc ke dalam kalus padi Inpari 13 dengan bantuan Agrobacterium tumefaciens serta mengetahui pengaruh kombinasi NAA+BAP dan NAA+Kinetin pada tahapan regenerasi. Gen cry IAc merupakan gen yang berperan dalam sintesis δ-endotoksin yang sifatnya sangat toksik pada serangga Lepidoptera. Gen cry IAc ditransformasi ke kalus padi Inpari 13 dengan menggunakan Agrobacterium tumefaciens strain LBA4404 yang membawa plasmid rekombinan pAY560325_cryIAc. Regenerasi kalus padi Inpari 13 hasil trasformasi dilakukan dengan penambahan kombinasi NAA+BAP dan NAA+Kinetin pada media regenerasi. Gen cry IAc berhasil ditransformasi dengan menggunakan metode Agrobacterium tumefaciens. Penggunaan kombinasi NAA+Kinetin menunjukkan regenerasi kalus yang lebih baik dibandingkan dengan kombinasi NAA+BAP.

---

Research about transformation of cry IAc gene into Inpari 13 rice calli using Agrobacterium tumefaciens and Effect of Combination of NAA+BAP and NAA+Kinetin during regeneration process had been conducted. Cry IAc gene encodes δ-endotoxin which is highly toxic to Lepidoptera. Cry IAc gene was transformed into Inpari 13 rice calli using Agrobacterium tumefaciens strain LBA4404 containing recombinant plasmid pAY560325_cryIAc. Regeneration of transformed calli was grown in regeneration media that added by combination of NAA+BAP and NAA+Kinetin. Cry IAc gene had successfully been transformed using Agrobacterium tumefaciens method. The use of combination of NAA+Kinetin showed better calli regeneration than NAA+BAP."

"Telah dilakukan penelitian yang bertujuan untuk melakukan transformasi gen OsERA1 ke kalus padi cv. Taipei 309 menggunakan Agrobacterium tumefaciens. Gen OsERA1 adalah gen yang berperan dalam meningkatkan sensitifitas dari sel penjaga pada stomata terhadap asam absisat. Transformasi gen OsERA1 dilakukan menggunakan Agrobacterium tumefaciens strain LBA4404 yang membawa plasmid rekombinan pCAMBIA1301-OsERA1. Gen OsERA1 telah dikloning sebelumnya pada vektor pengklonaan pGEM-T Easy. Gen dipotong dengan enzim restriksi BamHI dan SalI. Gen diligasikan dengan pCAMBIA 1301 dan ditransformasikan ke dalam Escherichia coli DH5α dihasilkan vektor rekombinan pCAMBIA-ERA1. Plasmid vektor rekombinan pCAMBIA-ERA1 belum berhasil ditransformasi ke dalam Agrobacterium tumefaciens dengan elektroporasi tetapi berhasil dilakukan dengan particle bombardment.

---

Research about transformation of OsERA1 gene into rice calli cv. Taipei 309 using Agrobacterium tumefaciens had been done. OsERA1 gene is a gene that has response to enhance sensitivity of guard cell to absicid acid. Transfer of OsERA1gene into calli was carried out using Agrobacterium tumefaciens strain LBA4404 harboring recombinant plasmid pCAMBIA1301-OsERA1. OsERA1 gene had been cloned previously in the pGEM-T Easy cloning vector and for inserting into pCAMBIA1301, the gene was digested from cloning vector using restriction enzymes BamHI and SalI. Furthermore, the gene was ligated into vector pCAMBIA 1301 and transformed into Escherichia coli DH5α in order to obtain recombinant plasmid pCAMBIA-OsERA1. The recombinant plasmid pCAMBIAOsERA1has not sucessfully transformed with electroporation into Agrobacterium tumefaciens yet, but it can be transformed by particle bombardment method."

"Telah dilakukan penelitian yang bertujuan untuk melakukan transformasi gen Osdep1-Tc ke kalus padi cv. Taipei 309 menggunakan Agrobacterium tumefaciens. Transformasi gen Osdep1-Tc dilakukan menggunakan A. tumefaciens strain LBA4404 yang membawa plasmid rekombinan pCAMBIA1301-Osdep1-Tc, mengandung gen reporter (gus), gen nptII dan hptI. Gen Osdep1-Tc yang telah dikloning ke vektor pengklonaan pGEM-T Easy pada penelitian sebelumnya digunakan sebagai sampel untuk kemudian isubkloning ke pCAMBIA 1301 dan ditransformasikan ke dalam Escherichia coli DH5α sehingga dihasilkan vektor rekombinan pCAMBIA-Osdep1-Tc. Vektor rekombinan kemudian dielektroporasi ke A. tumefaciens dan ditransformasi ke kalus embriogenik padi. Aktivitas GUS pada kalus berhasil dideteksi 3 hari setelah infeksi dengan A. tumefaciens. Analisis PCR kalus transforman menunjukkan bahwa gen hptI berhasil terintegrasi dengan stabil pada kelima kalus uji.

---

Research about transformation of Osdep1-Tc gene into rice calli cv. Taipei 309 using Agrobacterium tumefaciens had been done. Transformation of Osdep1-Tc was carried out using A. tumefaciens strain LBA4404, harbored recombinant plasmid pCAMBIA1301-Osdep1-Tc, which contained a reporter gene (gus), hptI and nptII gene. Osdep1-Tc gene had been cloned previously into the pGEM-T Easy cloning vector. The gene was being subcloned into pCAMBIA 1301 and transformed into Escherichia coli DH5α in order to obtain recombinant vectors pCAMBIA-Osdep1-Tc. Furthermore, the recombinant vectors was electroporated into A. tumefaciens and transformed into rice embryogenic calli. GUS activity in rice calli was detected 3 days after infection with A. tumefaciens. PCR analysis of the transformant calli revealed that all five calli tested showed a succeeded stable integration of hptI gene."

"Sebagian besar perkebunan karet di Sumatera Selatan mengalami penurunan produksi karena dampak penyakit gugur daun. Penyakit ini sebagian besar disebabkan oleh persebaran jamur Oidium sp., Colletotrichum sp., dan Pestalotiopsis sp. Oleh karena itu, pembangunan model berbasis indeks vegetasi NDRE, GNDVI, VARI, dan ARVI, yang bertujuan untuk mendeteksi persebaran penyakit ini dianggap penting. Penelitian dilakukan di Perkebunan Pusat Penelitian Karet Sembawa dengan memanfaatkan data UAV multispektral yang telah diproses menggunakan OBIA, serta survei lapangan. Dari 623 sampel data, 70% digunakan untuk pelatihan model, sementara 30% sampel digunakan untuk pengujian model. Pengolahan data dilakukan menggunakan Google Earth Engine dan visualisasi dilakukan dengan ArcGIS Pro. Hasil penelitian menunjukkan bahwa keseluruhan model memiliki tingkat akurasi pelatihan secara keseluruhan di atas 0,7, dengan model GNDVI + NDRE + VARI menonjol dengan tingkat akurasi pelatihan yang paling baik. Namun, model tersebut menunjukkan kinerja yang buruk dalam pengujian dengan nilai akurasi validasi yang rendah, hal ini menunjukkan bahwa model belum dapat memprediksi penyakit tanaman karet dengan baik. Selain itu, dari hasil analisis kondisi fisik ditemukan bahwa kondisi suhu dan curah hujan di perkebunan karet Sembawa berada pada nilai optimal yang mendukung pertumbuhan dan penyebaran ketiga jenis jamur penyebab penyakit tersebut.

---

South Sumatra plays a crucial role as Indonesia's main rubber exporter, making it a flagship commodity. However, most rubber plantations in South Sumatra face declining production due to leaf fall disease, primarily caused by the fungi Oidium sp., Colletotrichum sp., and Pestalotiopsis sp. Therefore, developing a vegetation index-based model using NDRE, GNDVI, VARI, and ARVI to detect the spread of this disease is considered essential. The study was conducted at the Sembawa Rubber Research Center Plantation, utilizing multispectral UAV data processed with OBIA and field surveys. Of the 623 data samples, 70% were used for model training, while 30% were used for model testing. Data processing was performed using Google Earth Engine, and visualization was done with ArcGIS Pro. Results showed that all models had overall training accuracy above 0.7, with the GNDVI + NDRE + VARI model standing out with the best training accuracy. However, this model performed poorly in testing, with low validation accuracy, indicating its inability to predict new data. Additionally, physical condition analysis revealed that the temperature and rainfall conditions in the Sembawa rubber plantation were optimal, supporting the growth and spread of the three disease-causing fungi."

"Dari semua spesies Candida yang ada, Candida krusei memiliki resistansi alami terhadap flukonazol, terapi lini pertama pada infeksi jamur. Salah satu faktor resistansi yang ada adalah adanya protein Abc1p yang dikode oleh gen ABC1. Penelitian eksperimental observasional ini menganalisis 16 whole-genome sequence (WGS) dari C. krusei dan membandingkannya terhadap gen ABC1 pada C. krusei lain dan homolognya pada Candid lain yang didapat dari database NCBI dan UniProtKB. Hasil analisis menunjukkan karakteristik dari gen Abc1p yang ditemukan memiliki common ancestor dengan gen serupa pada Candida lain. Hasil analisis juga memprediksi lokasi-lokasi pada sekuens yang diduga memiliki efek perubahan fungsi yang besar jika terjadi mutasi pada titik tersebut. Pemodelan 3D menemukan protein Pdr5 dari S. cerevisiae sebagai protein dengan struktur yang paling mirip dengan Abc1p.

---

Of all the Candida species, Candida krusei has a natural resistance to fluconazole, the first line therapy for fungal infections. One of the factors that contributes to C. krusei’s resistance is the Abc1p protein that is coded by the ABC1 gene. This experimental observational study analyzed 16 whole-genome sequences (WGS) of C. krusei and compared them with the ABC1 genes of other C. krusei and its homologues in other Candida species gathered from the NCBI and UniProtKB databases. Results showed the characteristics of the Abc1p gene. A common ancestor among the ABC1p protein and other similar proteins in other Candida species was found. A prediction was also made on the effects an amino acid mutation would have and the location of the mutation. Three-dimensional modeling of the Abc1p protein showed that the protein with the most similar structure is the Pdr5 protein from S. cerevisiase."

"Sepsis merupakan suatu penyakit sistemik yang dapat disebabkan oleh translokasi bakteri. B. animalis subsp. lactis merupakan salah satu bakteri yang berpotensi dalam mencegah translokasi bakteri. Gen grpE merupakan salah satu target spesifik dalam mendeteksi B. animalis subsp. lactis. Penelitian bertujuan untuk mengoptimasi primer dengan target gen grpE untuk kurva standar, mengetahui hubungan konsentrasi primer terhadap nilai Ct, serta mengetahui sensitivitas dan spesifisitas primer. Isolat diisolasi dari sampel feses bayi menggunakan metode fenol-kloroform. Pasangan Primer dirancang berdasarkan sekuens gen grpE B. animalis subsp. lactis (NZ_ABOT01000010.1) menggunakan program Primer3. Optimasi primer dilakukan menggunakan lima konsentrasi berbeda,yaitu 50/50 nM, 100/100 nM, 300/300 nM, 500/500 nM, dan 1.000/1.000 nM.Hasil penelitian menunjukkan bahwa pasangan primer F_HNO19_grpE dan R_HNO19_grpE dengan konsentrasi 1.000/1.000 nM menghasilkan kurva standar yang optimal dengan efisiensi dan koefisien korelasi (R2) masing-masing sebesar 99,095% dan 0,971. Berdasarkan uji sensitivitas dan spesifistas, pasangan primer F_HNO19_grpE dan R_HNO19_grpE konsentrasi 1.000/1.000 nM dapat mengamplifikasi DNA target sampai dilusi 10-5 , tetapi spesifisitasnya hanya sampai dilusi 10-2. Konsentrasi primer tidak berkorelasi terhadap nilai Ct. Pasangan primer F_HNO19_grpE dan R_HNO19_grpE dapat digunakan untuk kuantifikasi B. animalis subsp. lactis dengan kisaran nilai Ct sebesar 15,74--33,89.

---

Sepsis is a systemic disease that can be caused by bacterial translocation. B. animalis subsp. lactis is one of the bacteria that has the potential to prevent the bacterial translocation. grpE gene is a specific target in the detection of B.animalis subsp. lactis. The research aims to optimize primer pair with target gene grpE for generating standard curve, to know the correlation between primer concentration and Ct value, and to know the primer sensitivity and specificity. Isolates were isolated from infant stool samples using phenol-chloroform method. Primer pair is designed based on B. animalis subsp. lactis grpE gene sequence (NZ_ABOT01000010.1) using the Primer3 program. The primer optimization is done using five different concentrations, which are 50/50 nM, 100/100 nM,300/300 nM, 500/500 nM, and 1.000/1.000 nM. The results showed that the primer pair F_HNO19_grpE and R_HNO19_grpE with 1.000/1.000 nM concentration can be used to generate an optimal standard curve with efficiency and correlation coefficient (R2) each by 99.095% and 0.971. Based on sensitivity and specificity test, primer pair F_HNO19_grpE and R_HNO19_grpE with 1.000/1.000 nM concentration can amplify DNA targets up to 10-5 dilution, but its specificity is only up to 10-2 dilution. Primer concentration and DNA samples with different concentrations were not correlated to the Ct value. F_HNO19_grpE and R_HNO19_grpE primer pair can be used for quantification of B. animalis subsp. lactis with a range of Ct values of 15.74 to 33, 89."