Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Latar belakang: Metode loop-mediated isothermal amplification (LAMP) merupakan metode sederhana yang dapat mengamplifikasi DNA/RNA menggunakan empat sampai dengan enam primer dalam bentuk ?pasangan? dari sekuens conserved gen. Penelitian ini bertujuan untuk mengoptimasi LAMP dalam menegakkan diagnosis kasus TB di Indonesia.Metode: Setelah uji optimasi, metode LAMP kemudian diujikan pada 122 DNA Mycobacterium tuberculosis (Mtb) sampel tersimpan, yang merupakan spesimen sputum pasien TB dengan BTA positif yang dikumpulkan dari 13 provinsi di Indonesia pada tahun 2008 untuk studi genotipe dan merupakan koleksi Pusat Biomedis dan Teknologi Dasar Kesehatan (PBTDK), Balitbangkes. Uji optimasi meliputi uji sensitifitas dan uji spesifisitas sejumlah pasangan primer LAMP terhadap larutan serial DNA Mtb H37Rv dan 12 spesies Mycobacteria. Uji LAMP dilakukan menggunakan tiga jenis instrumen yaitu LAMP turbidemeter, pelat pemanas dan penangas air. Hasil pengujian beberapa pasang primer dan instrument ini kemudian diterapkan untuk uji LAMP pada isolat spesimen klinik Indonesia, yaitu menggunakan pasangan primer dari gen gyrB, Hasil amplifikasi dideteksi dengan lampu UV.Hasil: Uji sensitivitas menunjukkan bahwa pasangan primer gen 16S rRNA dan gyrB memberikan hasil terbaik yaitu mampu mendeteksi 10.0 fg - 1.0 pg genomik DNA Mtb H37Rv. Uji spesifisitas menunjukkan bahwa pasangan primer gen gyrB merupakan pasangan primer paling spesifik. Hasil pengujian pasangan primer gyrB pada isolat klinis Indonesia didapatkan positivity rate 94,2% (114/121).Kesimpulan: Metode LAMP berpotensi untuk digunakan dalam diagnosis kasus TB di Indonesia.

---

AbstractBackground: Loop-mediated isothermal amplification (LAMP) is a method already claimed as a simple technique to amplify DNA/ RNA using four to six primers as ?a set? from conserved sequence of target gene. In this study we optimize the use of LAMP for detection of Mycobacterium tuberculosis in clinical isolates from Indonesia.Methods: Procedures to perform LAMP were optimized, then the method was applied to 122 archieved samples of DNA?s Mtb from clinical TB patients with Acid Fast Bacilli (AFB) smears positive. The samples were obtained in 2008 from 13 provinces in Indonesia for genotyping study, which then become collections of Center for Biomedical and Basic Technology of Health (CBBTH), NIHRD Indonesia. The optimization tests include sensitivity and specificity tests of several sets primers, which were evaluated using 10-fold serially diluted DNA of Mtb H37Rv and 12 species of Mycobacteria. Three equipments consisted of LAMP turbidimeter, heating block and water bath were compared for its ability in DNA amplification. Detection of M. tuberculosis from clinical isolates used set primers specific for gyrB gene, amplicon was detected with UV fluorescence system.Results: The results showed that the highest sensitivity was obtained using the set primers specific for 16S rRNA and gyrB which could detect 10.0 fg to 1.0 pg genomic DNA of Mtb H37Rv. The set primers specific for gyrB gene was the most specific primers. Application of LAMP using gyrB set primers on Indonesian clinical isolates showed 94.2% (114/121) positivity rate.Conclusion: LAMP method is potentially used in TB diagnosis in Indonesia."

"Tujuan Uji biokimia untuk identifikasi Candida spp. memakan waktu dan menunjukkan hasil yang tidak dapat ditentukan. Metoda deteksi spesifik untuk antibodi, antigen dan metabolit Candida spp. memiliki sensitivitas dan spesifisitas yang rendah. Pada penelitian ini kami mengembangkan metoda diagnostik cepat, Uji Reaksi Rantai Polimerasa Multipleks (Multiplex-PCR) assay untuk identifikasi Candida spp. Metode Lima isolate Candida spp. dibiak, iidentifikasi menggunakan uji germ tub, dan kit API® 20 C AUX (BioMerieux®SA). Selanjutnya, DNA dipurifikasi dengan kit QIAamp DNA mini (Qiagen®) untuk uji Multiplex-PCR. Hasil Batas deteksi DNA dengan uji Multiplex-PCR assay dari C. albicans, C. tropicalis, C. arapsilosis, C. krusei dan C. glabrata berturut-turut adalah 4 pg, 0,98 pg, 0,98 pg, 0,5 pg and 16 pg Uji ini lebih sensitif daripada biakan karena multiplex-PCR dapat mendeteksi 2.6-2.9 x 100 CFU/ml, sementara biakan hanya 2.6-2.9 x 102 CFU/ml. Kesimpulan Multiplex PCR menunjukkan sensitivitas yang lebih tinggi dari biakan. Uji ini dapat direkomendasikan sebagai uji yang sensitive dan spesifik untuk identifikasi Candida spp.

---

AbstractAim Candida spp. infection commonly occur in immunocompromised patients. Biochemical assay for identification of Candida spp. is time-consuming and shows many undetermined results. Specific detection for antibody, antigen and metabolites of Candida spp. had low sensitivity and specifi city. In this study, we developed a rapid diagnostic method, Multiplex-PCR, to identify Candida spp. Methods Five Candida spp. isolates were cultured, identified with germ tube and API® 20 C AUX (BioMerieux® SA) kit. Furthermore, DNA was purifi ed by QIAamp DNA mini (Qiagen®) kit for Multiplex-PCR assay. Result DNA detection limit by Multiplex-PCR assays for C. albicans, C. tropicalis, C. parapsilosis, C. krusei and C. glabrata were 4 pg, 0,98 pg, 0,98 pg, 0,5 pg and 16 pg respectively. This assay was also more sensitive than culture in that Multiplex-PCR could detect 2.6-2.9 x 100 CFU/ml, whereas culture 2.6-2.9 x 102 CFU/ml Conclusion Multiplex-PCR is much more sensitive than culture and thus, can be recommended as a sensitive and specific assay for identifi cation of Candida spp."

"Penelitian ini merupakan usaha untuk mengembangkan suatu metode baru dalam mendeteksi HIV. Teknik deteksi yang biasa digunakan adalah RT-PCR dari sampel berupa RNA, Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengaplikasikan pengembangan metode amplifikasi DNA, LAMP (Loop-Mediated Isothermal Amplification), untuk menggantikan RT-PCR, karena metode LAMP ini dinilai lebih spesifik, sensitif, dan efisien.Reaksi LAMP telah dilakukan pada isolat RNA yang sebelumnya telah di-reverse transcription (RT) dan dikonfirmasi dengan PCR. Reaksi tersebut menggunakan enzim Bs/ DNA polimerase dan reaksinya berlangsung pada suhu 65°C. Hasil reaksi tersebut telah dikonfirmasi dengan elektroforesis dan menunjukkan ketiadaan pita hasil amplifikasi yang diharapkan. Argumentasi yang paling memungkinkan dari hasil reaksi ini antara lain, adalah kondisi kemurnian sampel, kondisi reaksi yang tidak optimal untuk reaksi LAMP, dan rancangan primer. Reaksi LAMP juga akan dilakukan pada bagian dari sekuens gen gag yang terletak pada nukleotida nomor 905-1081 dan telah diklon pada vektor pGEM-T serta telah dikonfirmasi dengan sekuensing DNA. Hasil sekuensing menunjukkan sekuens yang sama dengan data gene bank dengan ukuran yang sesuai dengan ukuran target primer komersial, yaitu sebesar 155 pb dan akan digunakan sebagai template untuk reaksi LAMP.Kesimpulan penelitian ini adalah metode LAMP helum berhasil dikembangkan untuk deteksi HIV. Rancangan primer dan kondisi reaksi adalah hal-hal yang penting dalam metode LAMP dan harus ditingkatkan untuk keberhasilan reaksi ini.

---

This study was attempted to develop a new method for HIV detection. The technique that is usually used is RT-PCR for RNA detection. This research aims to apply the recently developed DNA amplification method, LAMP (Loop-Mediated Isothermal Amplification), instead of RT-PCR as this method is more specific, sensitive, and efficient.

The LAMP reaction is done on RNA isolates that have been confirmed by PCR to contain HIV RNA. This reaction has been performed at 65°C using Bst DNA polymerase after doing reverse transcription. The result showed that LAMP on RNA isolates did not result in amplification as confirmed by electrophoresis. Most probable reasons for these results are the impurity of the sample, the conditions of the reactions that are not optimal for the LAMP reaction, and the design of the primer. LAMP was also performed on a part of a gag genes sequences on nucleotides number 905-1081 that has been cloned onto a pGEM-T vector and then sequenced for confirmation. The result of DNA sequence showed the same sequence as reported in Gene Bank data, with a size similar to a commercial primary target, i.e. 155 bp and will consequently be used as a template for the LAMP reaction.

The conclusions of this study are the LAMP method has not developed yet for HIV detection. The design of the primer and the conditions of the reactions in the LAMP method are the important things for the successful of this reaction, need to be improved."

"Pandemi virus SARS-CoV-2 yang terjadi telah membuat kebutuhan untuk pemeriksaan massal deteksi virus menjadi meningkat. Saat ini pemeriksaan gold standard untuk mendeteksi virus SARS-CoV-2 adalah dengan metode reverse transcriptase quantitative polymerase chain reaction (RT-qPCR) yang berbiaya mahal. Oleh karena itu dibutuhkan metode pemeriksaan alternatif yang lebih murah, cepat, dan mudah digunakan sebagai sistem deteksi virus. Metode Loop Mediated Isothermal Amplification LAMP) dapat melakukan reaksi amplifikasi nukleotida pada suhu isothermaltanpa perlu mesin thermal cycler dan dapat diamati langsung dengan penambahan zat pewarna. Metode deteksi virus berbasis LAMP yang dikembangkan menggunakan desain primer yang menarget gen S dan ORF1ab ditambah pewarna Calcein-Mangan dan senyawa tambahan Guanidine Hydrochloride (GuHCl). Sistem deteksi dilakukan optimasi konsentrasi komponen reaksi, suhu dan template yang menggunakan plasmid DNA kontrol. Optimasi didapatkan dengan konsentrasi reaksi FIP/BIP 0,4 µM, F3/B3 0,2 µM, Loop F/P 0,4 µM, Calcein-Mangan 12 µM, dan GuHCl 40 mM. Sistem LAMP yang dikembangkan dapat mendeteksi sekuens gen target pada DNA kontrol hingga 1 copy number dalam waktu sekitar 1 jam pada inkubasi suhu 55 ºC. Meski begitu, sistem LAMP yang dikembangkan belum mapu mengamplifikasi RNA virus SARS-CoV-2 hasil ekstraksi sampel swab pasien. Hal ini disebabkan oleh enzim Bst 3.0 yang dipakai dalam sistem LAMP tidak memiliki kemampuan reverse transcriptase yang diharapkan.

---

The SARS-CoV-2 virus pandemic has made the need for mass screening of virus detection increased. Currently, the gold standard  test to detect SARS-CoV-2 virus is reverse transcriptase quantitative polymerase chain reaction (RT-qPCR) method that costly. Therefore, an alternative method that is cheaper, faster, and easier to use as a virus detection system is needed. The Loop Mediated Isothermal Amplification (LAMP) method can perform nucleotide amplification reactions at isothermal temperatures  without the need of thermal cycler  machine and can be observed directly with the addition of coloring agents. The LAMP-based virus detection method development use primers design targeting the S and ORF1ab genes with Calcein-Manganese dyes and the additive compound Guanidine Hydrochloride (GuHCl). The detection system performed optimization of the concentration of reaction components, temperature and template using plasmid DNA control. Optimization was obtained with reaction concentration of FIP/BIP 0.4 μM, F3/B3 0.2 μM, Loop F/P 0.4 μM, Calcein-Manganese 12 μM, and GuHCl 40 mM. The developed LAMP system can detect target gene sequences in control DNA up to  1 copy number in about 1 hour at 55 ºC incubation temperature. Even so, the LAMP system developed still unable to amplify the RNA of the SARS-CoV-2 virus from the extraction of patient swab samples. This issue occurred due to the Bst 3.0 enzyme that used in the reaction did not have reverse transcriptase activity as expected."

"Pendahuluan: Peningkatan resistensi antibiotik global menjadikan kolistin sebagai pilihan terapi untuk infeksi bakteri pandrug resistant (PDR). Namun, karena efek nefrotoksiknya, pemilihan kolistin harus dilakukan secara hati-hati setelah diperoleh hasil uji kepekaannya. Sifat molekul kolistin yang kompleks menyebabkan uji kepekaan tidak dapat dilakukan dengan metode difusi cakram atau mesin otomatis yang tersedia, sehingga diperlukan metode lain yang praktis dan dengan hasil yang baik.Metode: Sebanyak 120 isolat bakteri Gram negatif, terdiri dari Acinetobacter baumannii, Escherichia coli, Klebsiella pneumoniae, Pseudomonas aeruginosa, masing-masing berjumlah 30 isolat diuji kepekaannya terhadap kolistin. Metode uji menggunakan media CHROMagar Col-APSE dan sebagai baku emas digunakan metode broth microdilution (BMD). Hasil uji kepekaan dianalisis untuk mendapatkan sensitivitas, spesifisitas, positive predictive value, negative predictive value, positive likelihood ratio, negative likelihood ratio serta akurasi.Hasil: Ditemukan sebanyak 20 isolat yang resisten terhadap kolistin dari 120 isolat yang diuji pada media CHROMagar Col-APSE. Diantara 20 isolat yang resisten kolistin tersebut, hanya 10 isolat yang resisten kolistin pada uji kepekaan dengan metode BMD. Didapatkan nilai sensitivitas 100% (95% CI, 72,25 – 100), spesifisitas 90,91% (95% CI, 84,07 – 94,9), Positive Predictive Value (PPV) 50% (95% CI, 29,93 – 70,07), Negative Predictive Value 100% (95% CI, 96,3 – 100), positive likelihood ratio 11 (95% CI, 9,04 – 13,38), negative likelihood ratio 0 (95% CI 0), dan nilai akurasi diagnostik 91.67% (95%CI, 85.34 – 95.41).Kesimpulan: Uji kepekaan bakteri Gram negatif terhadap kolistin dapat dilakukan menggunakan CHROMagar Col-APSE, dengan interpretasi dengan hati-hati. Bila hasil uji kepekaan bakteri Gram negatif terhadap kolistin ditemukan resisten berdasarkan CHROMagar Col-APSE, maka hasil tersebut perlu dikonfirmasi lebih lanjut menggunakan metode BMD.

---

Introduction: The global increase in antibiotic resistance has made colistin a therapeutic option for infections caused by pandrug-resistant (PDR) bacteria. However, due to its nephrotoxic effects, the use of colistin must be administered carefully after susceptibility test results are obtained. The complex molecular structure of colistin renders susceptibility testing unsuitable using the disc diffusion method or automated systems. Therefore, alternative methods that are both practical and capable of delivering accurate and reliable results are required.

Methods: A total of 120 Gram-negative bacterial isolates, consisting of Acinetobacter baumannii, Escherichia coli, Klebsiella pneumoniae, and Pseudomonas aeruginosa with a total of 30 isolates were tested for susceptibility to colistin. The susceptibility testing was conducted using CHROMagar Col-APSE, with the broth microdilution (BMD) method serving as the gold standard. The results were analyzed to determine sensitivity, specificity, positive predictive value, negative predictive value, positive likelihood ratio, negative likelihood ratio, and accuracy.

Results: A total of 20 colistin resistant isolates were identified out of 120 isolates tested on CHROMagar Col-APSE. Among these, only 10 isolates were confirmed as colistin-resistant by the broth microdilution (BMD) method. The analysis yielded a sensitivity of 100% (95% CI, 72.25–100), specificity of 90.91% (95% CI, 84.07–94.9), positive predictive value (PPV) of 50% (95% CI, 29.93–70.07), negative predictive value (NPV) of 100% (95% CI, 96.3–100), positive likelihood ratio of 11 (95% CI, 9.04–13.38), negative likelihood ratio of 0 (95% CI, 0), and diagnostic accuracy of 91.67% (95% CI, 85.34–95.41).

Conclusion: Colistin susceptibility testing for Gram-negative bacteria can be performed using CHROMagar Col-APSE, with careful interpretation. When colistin resistance is detected in Gram-negative bacteria based on CHROMagar Col-APSE results, these findings should be further confirmed using the broth microdilution (BMD) method."

"Kelas Ktedonobacteria dari filum Chloroflexi terdiri atas sejumlah besar taksa yang tidak dapat dikultur, klona-klona gen 16S rRNA yang berasal dari lingkungan, dan sejumlah kecil taksa yang dapat dikultur. Tulisan ini mengulas temuan terakhir mengenai taksonomi dan ekologi kelas Ktedonobacteria dari filum Chloroflexi berdasarkan karateristik yang ditemukan pada biakan Ktedonobacteria dan analisis molekuler. Sejauh ini, mikroorganisme yang telah dikarakterisasi mencakup empat spesies dari tiga marga, yaitu Ktedonobacter, Thermosporothrix, dan Thermogemmatispora. Ketiga marga tersebut diusulkan untuk mewakili tiga famili, yaitu Ktedonobacteraceae, Thermosporotricaceae, dan Thermogemmatisporaceae, dan dua bangsa, Ktedonobacterales dan Thermogemmatisporales. Strain-strain Ktedonobacteria memiliki ciri-ciri umum gram-positif, bersifat aerob, menghasilkan hifa vegetatif yang bercabang, dan membentuk spora dengan cara pertunasan.

---

The clas Ktedonobacteria in the phylum Chloroflexi is known to contain a large number of uncultured, environmental 16S rRNA gene clones, and cultured representatives are alimited number. In this review, recent findings on the taxonomical and ecological significance of the class Ktedonobacteria in the phylum Chloroflexi are discussed based on the findings from both the characteristics of the cultured Ktedonobacteria and molecular-based analysis. The microorganisms characterized so far include four species in three genera, Ktedonobacter, Thermosporothrix and Thermogemmatispora , and were proposed to represent three families, Ktedonobacteraceae, Thermosporotricaceae, and Thermogemmatisporaceae, and two orders, Ktedonobacterales and Thermogemmatisporales. Ktedonobacteria strains showed a common property of gram-positive, aerobic organisms that produce branched vegetative mycelia and form spores by budding."

"Multi drug resistant – tuberculosis (MDR-TB) masih merupakan masalah yang serius, terutama bagi negara-negara yang sedang berkembang. Untuk melakukan suatu tindakan pengobatan yang tepat dan mencegah terjadinya resistensi obat lebih lanjut, maka deteksi dini atas isolat klinis Mycobacterium tuberculosis sangat penting. Selama ini untuk mengidentifikasi isolat-isolat tersebut digunakan metode konvensional yaitu media solid, dan akhir-akhir ini juga telah diperkenalkan suatu metode secara manual dan otomatis (Bactec atau MB/BacT) yang menggunakan metode cair, namun hasil pemeriksaan memerlukan waktu sekitar 2 sampai 4 minggu. Penggunaan tes molekul berbasiskan genetika sanggup mengidentifikasi gen yang bermutasi yang menyebabkan resistensi obat; misalnya resistensi terhadap rifampisin, dalam 1 hari kerja. Salah satu pendekatannya ialah menggunakan analisis molekul untuk mendeteksi mutasi yang berkaitan dengan resistensi obat INH dan rifampisin. Pada kasus INH, mutasi terjadi pada gen katG, inhA, kasA dan ahpC yang merupakan gen-gen yang bertanggungjawab terhadap sebagian besar dari M. Tuberculosis yang resisten INH, sedangkan mutasi-mutasi dari rpoB bertanggungjawab terhadap M. Tuberculosis yang resisten RIF. (Med J Indones 2003; 12: 259-65)

---

Multi- drug resistant tuberculosis continues to be a serious problem, particularly among some developing countries. Early detection of drug resistance in clinical M. tuberculosis isolates is crucial for appropriate treatment and to prevent the development of further resistance. Compared to conventional methods using solid media, the introduction of manual and automated methods (BACTEC or MB/BacT) for susceptibility testing in liquid media has resulted from 4 to 6 weeks to 3 to 15 days. The identification of resistance mutations, e.g., the genetic basis for RIF resistance, enables the development of molecular test that allows the detection of resistant strains within 1 day. One approach is the use of molecular analysis to detect mutations that are associated with resistance to drugs including INH and RIF. In the case of INH, mutations of the katG, inhA, kasA, and ahpC genes are responsible for the majority of INH-resistant M. tuberculosis, whereas mutations of rpoB are responsible for RIF-resistant M. tuberculosis. (Med J Indones 2003; 12: 259-65)"

"Jumlah pengidap virus HIV di Indonesia terus meningkat dari jenis penularannya, lebih banyak melalui cairan genital daripada plasma darah. Deteksi HIV diperlukan untuk pencegahan dan pengobatan. Teknik yang lazim digunakan adalah amplifikasi DNA dengan metode PCR. Penelitian ini bertujuan menerapkan teknik amplifikasi DNA metode LAMP yang baru-baru ini dikembangkan sebagai ganti PCR karena lebih spesifik, sensitif dan efisien. LAMP menggunakan pasangan primer yang unik, sepasang primer forward dan sepasang backward yang masing-maing terdiri dari primer panjang untuk polimerisasi DNA dem sepasang primer pendek untuk melepas rantai baru DNA sehingga reaksi bisa dilakukan pada suhu tetap. Reaksi LAMP menggunakan enzim Bst DNA polymerase pada suhu 65°C dilakukanterhadap isolat genom RNA HW sudah dikonfirmasi keberadaannya dengan metode PCR."

"Insiden tuberkulosis (TB) di Indonesia merupakan salah satu yang tertinggi di dunia. Penegakan diagnosis secara tepat merupakan salah satu upaya untuk mengendalikan TB. Modalitas uji diagnostik laboratorium TB yang tersedia yaitu pemeriksaan mikroskopis Basil Tahan Asam (BTA) dan pemeriksaan biakan memiliki beberapa keterbatasan. Secara global, terjadi peningkatan dalam penggunaan Tes Cepat Molekuler (TCM) sebagai uji diagnostik laboratorium TB. Salah satu TCM yang telah direkomendasikan oleh World Health Organization (WHO) yaitu loop-mediated isothermal amplification (LAMP). Oleh karena itu, perlu dilakukan penelitian untuk mengevaluasi metode LAMP, sehingga metode tersebut dapat diterapkan secara rutin di Indonesia. Penelitian dilaksanakan di Laboratorium Mikrobiologi Klinik Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia (LMK-FKUI) terhadap 100 orang pasien terduga TB paru. Setiap pasien menyerahkan dua sputum langsung, yaitu sputum sewaktu dan sputum pagi/sewaktu. Terhadap setiap sputum langsung kemudian dilakukan pemeriksaan mikroskopis BTA. Dua sediaan sputum langsung dari setiap pasien kemudian digabung untuk menghasilkan mixed sputum. Terhadap setiap mixed sputum dilakukan pemeriksaan mikroskopis BTA, biakan Lowenstein-Jensen (LJ) dan pemeriksaan TB-LAMP. Biakan yang tumbuh diidentifikasi menggunakan tes MPT64. Hasil penelitian menunjukkan nilai kapa (κ) pemeriksaan mikroskopis BTA antara sputum langsung dan mixed sputum sebesar 0,88; p < 0,001 (95% CI 0,78-0,97). Persentase hasil LAMP (+) pada sputum langsung dengan hasil BTA (-) sebesar 28,07%, sedangkan persentase hasil LAMP (+) pada mixed sputum dengan hasil BTA (-) sebesar 32,78%. Metode TB-LAMP memiliki nilai sensitivitas sebesar 100% (95% CI 89,56-100%) dan spesifisitas sebesar 69,64% (95% CI 55,74-80,84%). Nilai duga positif TB-LAMP sebesar 71,19% (95% CI 57,73-81,86%), sedangkan nilai duga negatif TB-LAMP sebesar 100% (95% CI 88,83-100%). Pada hasil mikroskopis BTA yang sesuai (concordant) dengan biakan TB, nilai sensitivitas dan spesifisitas TB-LAMP berturut-turut sebesar 100% (95% CI 89,09-100%) dan 73,58% (95% CI 59,42-84,32). Adapun nilai sensitivitas TB-LAMP pada hasil mikroskopis BTA yang tidak sesuai (discordant) dengan biakan TB, yaitu sebesar 100% (95% CI 19,79-100%). Metode TB-LAMP memiliki nilai sensitivitas dan nilai duga negatif yang tinggi. Untuk menegakkan diagnosis TB paru secara tepat, metode TB-LAMP harus dikombinasikan dengan gejala dan tanda yang terdapat pada pasien.

---

The incidence of tuberculosis (TB) in Indonesia is one of the highest in the world. Appropriate diagnosis is an effort to control TB. Existing TB laboratory diagnostic test modalities, which are Acid-Fast Bacilli (AFB) smear and culture examination have several limitations. Globally, there has been an increase in the use of the molecular rapid test as a TB laboratory diagnostic test. One of the molecular rapid tests recommended by the World Health Organization (WHO) is loop-mediated isothermal amplification (LAMP). Therefore, research is needed to evaluate the LAMP method, so that the method can be applied routinely in Indonesia. The study was conducted at the Clinical Microbiology Laboratory of the Faculty of Medicine, Universitas Indonesia for 100 patients suspected of pulmonary TB. Each patient handed over two direct sputums, which are the spot sputum and morning/spot sputum. Against each direct sputum, an AFB smear was carried out. Two direct sputum preparations from each patient were then combined to produce mixed sputum. For each mixed sputum, AFB smear, Lowenstein-Jensen (LJ) culture and TB-LAMP examination were carried out. Cultures that were grown were identified using MPT64 tests. The results of the study showed that the kappa (κ) value of AFB smear between direct sputum and mixed sputum was 0.88; p < 0.001 (95% CI 0.78-0.97). The percentage of LAMP (+) in direct sputum with AFB (-) was 28.07%, while the percentage of LAMP (+) in mixed sputum with AFB (-) was 32.78%. The TB-LAMP method had a sensitivity value of 100% (95% CI 89.56-100%) and a specificity of 69.64% (95% CI 55.74-80.84%). Positive predictive value of TB-LAMP was 71.19% (95% CI 57.73-81.86%), while the negative predictive value of TB-LAMP was 100% (95% CI 88.83-100%). In concordant AFB smear results with TB culture, the TB-LAMP sensitivity and specificity values were 100% (95% CI 89.09-100%) and 73.58% (95% CI 59.42-84,32), respectively. The sensitivity value of TB-LAMP on AFB smear results which were discordant with TB culture was 100% (95% CI 19.79-100%). The TB-LAMP method had a high sensitivity value and negative predictive value. To properly diagnose pulmonary TB, the TB-LAMP method must be combined with the symptoms and signs that the patient has."