Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Tujuan Uji biokimia untuk identifikasi Candida spp. memakan waktu dan menunjukkan hasil yang tidak dapat ditentukan. Metoda deteksi spesifik untuk antibodi, antigen dan metabolit Candida spp. memiliki sensitivitas dan spesifisitas yang rendah. Pada penelitian ini kami mengembangkan metoda diagnostik cepat, Uji Reaksi Rantai Polimerasa Multipleks (Multiplex-PCR) assay untuk identifikasi Candida spp. Metode Lima isolate Candida spp. dibiak, iidentifikasi menggunakan uji germ tub, dan kit API® 20 C AUX (BioMerieux®SA). Selanjutnya, DNA dipurifikasi dengan kit QIAamp DNA mini (Qiagen®) untuk uji Multiplex-PCR. Hasil Batas deteksi DNA dengan uji Multiplex-PCR assay dari C. albicans, C. tropicalis, C. arapsilosis, C. krusei dan C. glabrata berturut-turut adalah 4 pg, 0,98 pg, 0,98 pg, 0,5 pg and 16 pg Uji ini lebih sensitif daripada biakan karena multiplex-PCR dapat mendeteksi 2.6-2.9 x 100 CFU/ml, sementara biakan hanya 2.6-2.9 x 102 CFU/ml. Kesimpulan Multiplex PCR menunjukkan sensitivitas yang lebih tinggi dari biakan. Uji ini dapat direkomendasikan sebagai uji yang sensitive dan spesifik untuk identifikasi Candida spp.

---

AbstractAim Candida spp. infection commonly occur in immunocompromised patients. Biochemical assay for identification of Candida spp. is time-consuming and shows many undetermined results. Specific detection for antibody, antigen and metabolites of Candida spp. had low sensitivity and specifi city. In this study, we developed a rapid diagnostic method, Multiplex-PCR, to identify Candida spp. Methods Five Candida spp. isolates were cultured, identified with germ tube and API® 20 C AUX (BioMerieux® SA) kit. Furthermore, DNA was purifi ed by QIAamp DNA mini (Qiagen®) kit for Multiplex-PCR assay. Result DNA detection limit by Multiplex-PCR assays for C. albicans, C. tropicalis, C. parapsilosis, C. krusei and C. glabrata were 4 pg, 0,98 pg, 0,98 pg, 0,5 pg and 16 pg respectively. This assay was also more sensitive than culture in that Multiplex-PCR could detect 2.6-2.9 x 100 CFU/ml, whereas culture 2.6-2.9 x 102 CFU/ml Conclusion Multiplex-PCR is much more sensitive than culture and thus, can be recommended as a sensitive and specific assay for identifi cation of Candida spp."

"Latar belakang: Metode loop-mediated isothermal amplification (LAMP) merupakan metode sederhana yang dapat mengamplifikasi DNA/RNA menggunakan empat sampai dengan enam primer dalam bentuk ?pasangan? dari sekuens conserved gen. Penelitian ini bertujuan untuk mengoptimasi LAMP dalam menegakkan diagnosis kasus TB di Indonesia.Metode: Setelah uji optimasi, metode LAMP kemudian diujikan pada 122 DNA Mycobacterium tuberculosis (Mtb) sampel tersimpan, yang merupakan spesimen sputum pasien TB dengan BTA positif yang dikumpulkan dari 13 provinsi di Indonesia pada tahun 2008 untuk studi genotipe dan merupakan koleksi Pusat Biomedis dan Teknologi Dasar Kesehatan (PBTDK), Balitbangkes. Uji optimasi meliputi uji sensitifitas dan uji spesifisitas sejumlah pasangan primer LAMP terhadap larutan serial DNA Mtb H37Rv dan 12 spesies Mycobacteria. Uji LAMP dilakukan menggunakan tiga jenis instrumen yaitu LAMP turbidemeter, pelat pemanas dan penangas air. Hasil pengujian beberapa pasang primer dan instrument ini kemudian diterapkan untuk uji LAMP pada isolat spesimen klinik Indonesia, yaitu menggunakan pasangan primer dari gen gyrB, Hasil amplifikasi dideteksi dengan lampu UV.Hasil: Uji sensitivitas menunjukkan bahwa pasangan primer gen 16S rRNA dan gyrB memberikan hasil terbaik yaitu mampu mendeteksi 10.0 fg - 1.0 pg genomik DNA Mtb H37Rv. Uji spesifisitas menunjukkan bahwa pasangan primer gen gyrB merupakan pasangan primer paling spesifik. Hasil pengujian pasangan primer gyrB pada isolat klinis Indonesia didapatkan positivity rate 94,2% (114/121).Kesimpulan: Metode LAMP berpotensi untuk digunakan dalam diagnosis kasus TB di Indonesia.

---

AbstractBackground: Loop-mediated isothermal amplification (LAMP) is a method already claimed as a simple technique to amplify DNA/ RNA using four to six primers as ?a set? from conserved sequence of target gene. In this study we optimize the use of LAMP for detection of Mycobacterium tuberculosis in clinical isolates from Indonesia.Methods: Procedures to perform LAMP were optimized, then the method was applied to 122 archieved samples of DNA?s Mtb from clinical TB patients with Acid Fast Bacilli (AFB) smears positive. The samples were obtained in 2008 from 13 provinces in Indonesia for genotyping study, which then become collections of Center for Biomedical and Basic Technology of Health (CBBTH), NIHRD Indonesia. The optimization tests include sensitivity and specificity tests of several sets primers, which were evaluated using 10-fold serially diluted DNA of Mtb H37Rv and 12 species of Mycobacteria. Three equipments consisted of LAMP turbidimeter, heating block and water bath were compared for its ability in DNA amplification. Detection of M. tuberculosis from clinical isolates used set primers specific for gyrB gene, amplicon was detected with UV fluorescence system.Results: The results showed that the highest sensitivity was obtained using the set primers specific for 16S rRNA and gyrB which could detect 10.0 fg to 1.0 pg genomic DNA of Mtb H37Rv. The set primers specific for gyrB gene was the most specific primers. Application of LAMP using gyrB set primers on Indonesian clinical isolates showed 94.2% (114/121) positivity rate.Conclusion: LAMP method is potentially used in TB diagnosis in Indonesia."

"ABSTRACTKelas Ktedonobacteria dari filumChloroflexi terdiri atas sejumlah besar taksa yang tidak dapat dikultur, klona-klona gen 16S rRNA yang berasal dari lingkungan, dan sejumlah kecil taksa yang dapat dikultur. Tulisan ini mengulas temuan terakhirmengenai taksonomi dan ekologi kelas Ktedonobacteriadari filum Chloroflexi berdasarkan karateristik yang ditemukan pada biakan Ktedonobacteria dan analisis molekuler. Sejauh ini, mikroorganisme yang telah dikarakterisasi mencakupempat spesies dari tiga marga, yaitu Ktedonobacter, Thermosporothrix, dan Thermogemmatispora. Ketiga marga tersebut diusulkan untuk mewakili tiga famili, yaitu Ktedonobacteraceae, Thermosporotricaceae, dan Thermogemmatisporaceae, dan dua bangsa, Ktedonobacteralesdan Thermogemmatisporales. Strain-strainKtedonobacteria memiliki ciri-ciri umum gram-positif, bersifat aerob,menghasilkan hifa vegetatif yang bercabang, dan membentuk spora dengan cara pertunasan.

---

Abstract The clas Ktedonobacteria in the phylum Chloroflexi is known to contain a large number of uncultured, environmental 16S rRNA gene clones, and cultured representatives are alimited number. In this review, recent findings on the taxonomical and ecological significance of the class Ktedonobacteriain the phylum Chloroflexi are discussed based on the findings from both the characteristics of the cultured Ktedonobacteria and molecular-based analysis. The microorganisms characterized so far include four species in three genera, Ktedonobacter, Thermosporothrix and Thermogemmatispora , and were proposed to represent three families,Ktedonobacteraceae, Thermosporotricaceae, and Thermogemmatisporaceae, and two orders, Ktedonobacteralesand Thermogemmatisporales. Ktedonobacteria strains showed a common property of gram-positive, aerobic organisms that produce branched vegetative mycelia and form spores by budding."

"Telah dilakukan penelitian untuk mengetahui efek antijamur kombinasi infus daun sirih, kulit buah delima dan rimpang kunyit terhadap Candida albicans. Metode yang digunakan dalam penelitian ini adalah metode dilusi untuk penentuan Kadar Hambat Minimal (KHM) dan metode difusi untuk penentuan diameter zona hambatan.Hasil penentuan KHM menunjukkan bahwa infus daun sirih dan kulit buah delima mempunyai efek antijamur, sedangkan infus rimpang kunyit tidak mempunyai efek antijamur. Efek antijamur juga ditunjukkan dengan angka KHM kombinasi infus daun sirih dan infus kulit buah delima dengan perbandingan konsentrasi masing-masing 31,2 mg/ml : 7,8 mg/ml; 15,6 mg/ml: 15,6 mg/ml dan 7,8 mg/ml : 31,2 mg/ml. Efek antijamur juga ditentukan dengan mengukur zona hambatan terhadap 3 konsentrasi infus daun sirih dan 3 konsentrasi infus kulit buah delima serta 9 kombinasi keduanya. Ternyata efek antijamur kombinasi dua infus lebih besar daripada efek antijamur infus tunggalnya.

---

The investigation for antifungal effect of medicinal plants, combination infusion of Piper bettle leaves, Punica granatum Fructus Cortec, Curcuma domestica Rhizome. The tested demartophyta used Candida albicans. This research using dilution method to determine of minimum inhibitory concentration (MIC) and difusion method to determine zone inhibition around of disc.

The results of determination of MIC showed that combination infusion Piper bettle leaves with Punica granatum Fructus Cortex against C. albicans respectively, 31,2 mg/ml : 7,8 mg/ml; 15,6 mg/ml : 15,6 mg/ml and 7,8 mg/ml : 31,2 mg/ml. The determination for zone inhibition from 3 concentration of infusion of Piper bettle leaves with 3 concentration of Punica granatum Fructus Cortex with 9 combination against C. albicans showed that combination of two infusion is the larger than the single infusion."

"Keberadaan Candida pada vagina ibu hamil dapat menjadi sumber infeksi bagi bayi yang dilahirkannya saat melalui jalan lahir atau selama masa perawatan bayi. Penelitian ini bertujuan mengetahui profil Candida spp pada vagina ibu hamil yang mengalami persalinan preterm dan neonatus yang dilahirkannya. Penelitian berdesain potong lintang ini menggunakan teknik consecutive sampling pada ibu hamil trimester III dengan persalinan preterm yang datang ke RSCM serta neonatus yang dilahirkannya. Terdapat 38 ibu hamil dengan persalinan preterm yang mengikuti penelitian sehingga diperoleh 38 bahan klinik cairan vagina ibu, serta 22 usap mulut dan 10 usap perianal neonatus. Pada bahan klinik tersebut dilakukan pemeriksaan mikologi untuk mengetahui frekuensi dan spektrum spesies Candida. Hasil penelitian menunjukkan frekuensi keberadaan Candida spp pada vagina ibu hamil yang mengalami persalinan preterm sebesar 47,4 %. Profil Candida spp dari cairan vagina ibu terdiri atas: Candida albicans 12 isolat (66,7%), Candida tropicalis 3 isolat (16,7%), Candida glabrata 2 isolat (11,1%) dan Candida parapsilopsis 1 isolat (5,5%). Frekuensi keberadaan Candida pada usap mulut neonatus sebesar 13,6% sedangkan pada usap perianal ditemukan Candida pada 2 dari 10 neonatus. Profil Candida spp pada neonatus terdiri atas: Candida albicans dan Candida parapsilopsis. Hubungan antara keberadaan Candida spp pada vagina ibu hamil yang mengalami persalinan preterm dengan Candida spp pada neonatus belum dapat diketahui karena keterbatasan penelitian.

---

The presence of Candida in vagina of pregnant women can be a source of infection in their neonates when pass birth canal or during baby care. The aim of this study is to determine the profile of Candida spp in vagina of pregnant women with preterm labor and their neonates. This cross-sectional study was conducted with consecutive sampling techniques on third-trimester pregnant women with preterm labor who come to Cipto Mangunkusumo hospital and their neonates. There were 38 pregnant women with preterm labor, and obtained 38 vaginal swab of the mothers, 22 oral swab and 10 perianal swab of their neonates. Mycological examination was conducted to determine the frequency and spectrum of Candida species.

The results showed frequency of Candida spp in the vagina of pregnant women with preterm labor was 47.4%. The spectrum of Candida spp from 38 vaginal swab of the mothers consists of Candida albicans 12 isolates (66.7%), Candida tropicalis 3 isolates (16.7%), Candida glabrata 2 isolates (11.1%), and Candida parapsilopsis 1 isolate (5.5%). The frequency of Candida spp of 22 oral swab was 13.6% and 2 of 10 of perianal swab. The spectrum of Candida spp in neonates consists of Candida albicans and Candida parapsilopsis. The relationship between the presence of Candida spp in vagina of the mothers and their neonates could not be known yet due to the limitation of this study."

"ABSTRAKDalam rangka mengukur kandungan vitamin B1, B2 dan B9 secara simultan dalam tepung terigu yang difortifikasi telah dikembangkan metoda yang cepat, selektif, akurat menggunakan kromatografi cair tandem triple quadrupole spektrometri massa (LC-MS/MS). Analisis dilakukan menggunakan tehnik ionisasi elektrospray (ESI) positive mode dan detektor MS-MS menggunakan multi reaction monitoring (MRM) mode. Ion prekursor dan ion produk pada m/z 265 → 144 untuk vitamin B1, 377 → 243 untuk vitamin B2, dan 442 → 295 untuk vitamin B9 digunakan untuk identifikasi dan karakterisasi.Kinerja metoda yang dievaluasi adalah selektifitas, linearitas, rentang, akurasi, limit deteksi, limit kuantitasi. Hasil analisis statistik menunjukkan selektifitas yang baik, koefisien korelasi (r2) untuk vitamin B1, B2, B9 adalah 0.9986, 0.9999, 0.9988 dengan rentang konsentrasi 0,1 ? 200 ppb, limit deteksi (LOD) 3,10 (B1), 4,60 (B2), 7,0 (B9), μg/L, limit kuantitasi (LOQ) 10,0 (B1), 15,0 (B2), 23,0 (B9), μg/L dan akurasi 90,89 % (B1), 78,11 % (B2), 64,01 % (B9).

---

Abstract

In order to monitor the fortification level of vitamins B1, B2 dan B9 in wheat flours simoultansly, developed a selective, fast and accurate methods using the liquid Chromatography with tandem triple quadrupole mass spectrometry (LC-MS/MS) technique. The analysis was performed using electrospray ionization (ESI) tehnique with positive mode and the instrument was set in MRM (Multiple Reaction Monitoring) . Ion precursor and product was identified and characterized at m/z 265 → 144 for vitamin B1, 377 → 243 for vitamin B2, dan 442 → 295 for vitamin B9.

The methods performance was evaluated in regard to selectivity, linearity, range, accuracy, limit of detection, limit of quantitation. The statistical analysis of the result showed good selectivity, correlation coefficient (r2) 0.9986, 0.9999, 0.9988 vitamins B1, B2, B9 respectively, with the concentration range 0,1 ? 200 μg/L, limit of detection (LOD) 3,10 (B1), 4,60 (B2), 7,0 (B9), μg/L, limit of quantitaion (LOQ) 10,0 (B1), 15,0 (B2), 23,0 (B9), μg/L and accuracy 90,89 % (B1), 78,11 % (B2), 64,01 % (B9)."

""The founding objective of Koneman's Color Atlas and Textbook of Diagnostic Microbiology is to provide a clear exposition of procedures routinely employed in the laboratory identification of microbial agents causing infectious diseases"--Provided by publisher."

"Legionellosis is a collection of infection that emerged in the second half of the 2Oth century, and that are caused by Legionella pneumophila and related bacteria. Legionellosis consists of two clinical syndromes, Legionnaires?disease is characterisized by pneumonia and pontiac fever is self-limiting, influenza like illness. Outb According this study, the sensitivity of duplex PCR to detect Legionella pneumophila in sterile NaCl 0.9% is 2.8 CFU/ml. The sensitivity of the duplex PCR in seeded water samples are 62 CFU/400ml of tap water sample, 32 CFU/400ml of sterile distiiled water and 32 CFU/400 ml of sterile NaCl 0.9%. The culture method in this study can not recovered Legionella from seeded water samples. The presence of Legionella .spp and Legionella pneumophila in cooling tower water was investigated using the duplex PCR. Of 9 cooling tower water sample and 3 tap water sample, 8 were positive for Legionella spp, 1 were positive for Legionella pneumophila and 3 were negative. According detection Legionella in seeded water samples and cooling tower water, the culture method can not be used to recover Legionella, but the duplex PCR can be used as rapid detection for Legionella spp and Legionella pneumophila.

---

Legionella pneumophila merupakan penyebab utama lgionellosis yang mulai muncul pada pertengahan abad 20. Legionellosis dapat berkembang menjadi dua keadaan klinik, pertama Legionnares? disease yang merupakan penyakit multi sistem pneumonia, kedua Pontiac fever suatu penyakit mirip dengan flu dan dapat sembuh dengan sendirinya. Umumnya kasus legionellosis terjadi akibat dari kontaminasi pada sistem air panas maupun dingin pada gedung bertingkat seperti cooling tower, kondensor, spa, kolam renang, Oleh karena itu deteksi bakteri Legionellla pada sistem air di gedung bertingkat dan rumah sakit diperlukan untuk mencegah legionellosis nosokomial ataupun komunitas. Deteksi legionella dengan metode konvensional memerlukan media khusus dan waktu inkubasi yang lama. Pada penelitian ini duplex PCR dikembangkan untuk mendeteksi Legionella spp dan Legionella pneumophila pada sampel air cooling lower, dengan primer dari sekuens gen 16S rRNA unluk mendeteksi Legionella spp Serta primer sekuens gen nano untuk mendeteksi Legionella pneumophila. Pada penelitian ini Duplex PCR dapat digunakan untuk mendeteksi Legionella pneumophila dalam suspensi NaCl 0.9% hingga batas deteksi 2,8 CFU/ml. Hasil uji simulasi menggunakan sampel air yang ditambahkan pengenceran berseri Legionella pneumophila menunjukkan batas deteksi hingga 62 CFU/ 400 ml air kran, 32 CFU/400 ml akuadest steril dan 32 CFU/ 400 ml NaCl 0.9% stril. Hasil uji sirnulasi dengan metode kultur tidak menunjukkan pertumbuhan koloni pada agar BCYE plus. Hasil uji coba Duplex PCR terhadap 9 sampel air cooling tower dan 3 sampel air kran adalah satu sampel menunjukkan pita spesiiik L. pneumophia, 8 sampel yang menunjukkan pita spesifik Legionella spp dan 3 sampel negatif. Berdasarkan uji simulasi dan pemeriksaan sampel air cooling lower; metode kultur pada penelitian ini belum dapat mendeteksi keberadaan bakteri Legionella, sedangkan deteksi Legionella spp dan L. pneumophila dapat dilakukan dengan metode duplex PCR."