Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Antara dua genom mungkin memiliki banyak gen yang sama, tetapi gen-gen tersebut mungkin tersusun dalam barisan dengan urutan yang berbeda. Perubahan pada urutan gen merupakan hasil dari pengaturan kembali yang biasa terjadi pada perkembangan genom. Pengaturan kembali gen-gen pada genom menimbulkan masalah perubahan genom menjadi genom yang lain. Pada genom unikromosomal (dimana genom hanya terdiri dari satu kromosom), pengaturan kembali yang biasa terjadi adalah reversal, dimana subbarisan tertentu dari gen mengalami pengaturan kembali dengan urutan terbalik. Genom dapat juga dipandang sebagai permutasi (bertanda atau tidak bertanda). Analisa mengenai pengaturan kembali genom ini mengarah kepada masalah pengurutan dengan reversal. Pengurutan permutasi dengan reversal adalah masalah untuk menemukan jarak reversal antara permutasi suatu genom dan permutasi identitas. Jarak reversal antara dua genom didefinisikan sebagai banyak reversal minimum yang dibutuhkan untuk mengubah suatu genom menjadi genom yang lain. Pada skripsi ini akan dibahas bagaimana cara mencari batas bawah jarak reversal dari permutasi suatu genom ke permutasi identitas."

"The most important and secret data which processed and saved using computer technology, the more people who do not have accessibility (hackers/crackers) trying to steal the data, so that cause very required once to take care of the data...."

"Sindrom ovarium polikistik (SOPK) merupakan gangguan reproduksi yang disebabkan oleh berbagai faktor endokrin dan metabolisme. Penderita SOPK merupakan wanita usia reproduktif (8—10%) disertai dengan kondisi obesitas (50—80%; IMT≥25). Meski etiologi SOPK belum sepenuhnya diketahui, namun kelainan endokrin seperti abnormalitas rasio kadar LH (luteinizing hormone) dan FSH (follicle stimulating hormone) merupakan penyebab utama terjadinya SOPK. Gen KISS1, TAC3, dan PDYN, diketahui dapat memengaruhi pulsatilitas GnRH (gonadotropin releasing hormone) yang meregulasi sekresi LH dan FSH. Gangguan ekspresi pada ketiga gen ini akan menyebabkan gangguan pada sistem endokrin yang mengarah pada SOPK. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui ekspresi mRNA gen KISS1, TAC3, dan PDYN pada wanita SOPK dan non-SOPK dengan obesitas dan non-obesitas. Penelitian dilakukan pada masing-masing 10 sampel darah perifer yang dibagi ke dalam empat kelompok, yaitu non-SOPK non-obesitas, SOPK non-obesitas, non-SOPK obesitas, dan SOPK obesitas. Ekspresi mRNA dianalisis menggunakan teknik quantitative real time PCR (qPCR) dan dikuantifikasi secara relatif menggunakan metode Livak. Hasil penelitian menunjukkan ekspresi mRNA gen KISS1 dan TAC3 ditemukan lebih tinggi pada wanita SOPK dibandingkan wanita non-SOPK dengan obesitas maupun non-obesitas, sedangkan ekspresi mRNA gen PDYN lebih rendah pada wanita SOPK dibandingkan wanita non-SOPK dengan obesitas maupun non-obesitas. Namun, berdasarkan hasil uji statistik, tidak seluruh pasangan kelompok memiliki perbedaan ekspresi yang signifikan. Meski begitu, hasil dari penelitian ini menunjukkan bahwa ekspresi mRNA gen KISS1, TAC3, dan PDYN pada darah perifer terkait dengan SOPK dan obesitas.

---

Polycystic ovary syndrome (PCOS) is a reproductive disorder caused by complex endocrine and metabolic factors. This syndrome occurs in reproductive age women (8—10%) with obesity (50—80%; BMI≥25). Although its etiology is not fully understood, endocrine disorders such as ratio abnormality of LH (luteinizing hormone) and FSH (follicle stimulating hormone) is the main causes of PCOS. KISS1, TAC3, and PDYN gene expression are known to affect the pulsatility of GnRH (gonadotropin releasing hormone) which regulates LH and FSH secretion. Abnormality of these gene expressions will cause endocrine disruption that leads to PCOS. This study aimed to determine KISS1, TAC3, and PDYN mRNA gene expression levels in PCOS and non-PCOS with obese and non-obese women. The study was conducted on each of 10 peripheral blood samples divided into four group, non-PCOS non-obese, non-PCOS obese, PCOS non-obese, and PCOS obese. The mRNA expression was analyzed using quantitative real time PCR (qPCR) with Livak relative quantification method. This study found that both KISS1 and TAC3 mRNA gene expressions were higher in PCOS than non-PCOS in both obese and non-obese women, while PDYN mRNA gene expression was lower in PCOS than non-PCOS in both obese and non-obese women. However, not all pair of groups had statistically significant differences. Nevertheless, the result of this study suggests that KISS1, TAC3, and PDYN mRNA gene expressions in peripheral blood are related with PCOS and obesity."

"

Analisis triclustering merupakan pengembangan dari analisis clustering dan biclustering. Analisis triclustering bertujuan mengelompokkan data tiga dimensi secara simultan yang menghasilkan submatriks dinamakan tricluster. Pendekatan yang digunakan dalam analisis triclustering di antaranya adalah pendekatan berdasarkan greedy dan pattern. Salah satu contoh pendekatan analisis triclustering berdasarkan greedy adalah metode  Î´ – Trimax. Sedangkan salah satu contoh analisis triclustering berdasarkan pattern adalah metode Timesvector. Metode δ – Trimax bertujuan menghasilkan tricluster yang memiliki mean square residual kecil dari threshold  dengan volume data tricluster yang maksimal. Metode Timesvector bertujuan mengelompokkan matriks data yang menunjukkan pola yang sama atau berbeda pada data tiga dimensi. Implementasi metode  Î´ – Trimax dan metode Timesvector pada penelitian ini dilakukan pada data ekspresi gen pasien penderita penyakit periodontitis. Ekspresi gen diukur pada 14 titik kondisi dan 4 titik waktu. Berdasarkan beberapa skenario yang telah diterapkan, metode Î´ – Trimax memberikan hasil terbaik pada saat menerapkan skenario dengan nilai threshold =0,0028564 dan =1,25 dengan jumlah tricluster yang dihasilkan adalah 260 tricluster. Dari 260 tricluster tersebut, dipilih tricluster ke-216 yang dianalisis dengan menggunakan metode Timesvector. Hasil tricluster yang diperoleh dapat menambah wawasan bagi ahli medis dalam memberikan periodontal treatment kepada pasien penderita periodontitis berikutnya.

---

Triclustering analysis is the development of clustering and biclustering. Triclustering analysis aims to group three-dimensional data simultaneously, forming the initial subspace known as a tricluster. It utilizes two main approaches that are greedy-based and pattern-based approaches, exemplified by the δ – Trimax and Timesvector methods, respectively. The δ – Trimax method aims for triclusters with smaller mean square residuals than the threshold δ, while Timesvector groups data matrices with similar or different patterns. In a study on periodontitis patients gene expression data, comprising 14 condition points and 4 time points, both methods were implemented. The δ – Trimax method yielded optimal results under specific conditions (δ = 0.0028564, λ = 1.25), producing 260 triclusters. Among these, the 216th tricluster was selected for further analysis using the Timesvector method. The insights gained from these triclusters can enhance periodontal treatment strategies for patients with subsequent periodontitis, providing valuable guidance to medical experts.

 

"

"PendahuluanPeriodontitis adalah penyakit pada jaringan penyangga gigi yang dikategorikan sebagai inflamasi tidak menular dan berkaitan dengan keadaan disbiosis biofilm. Penyakit tersebut memengaruhi seluruh jaringan periodontal dan dapat menyebabkan destruksi progresif pada tulang alveolar. Periodontitis dapat dipicu oleh bakteri seperti Aggregatibacter actinomycetemcomitans yang selanjutnya mempengaruhi osteoklastogenesis dan terjadinya kerusakan jaringan. Internalisasi dan proliferasi bakteri A. actinomycetemcomitans di dalam sel osteoklas dapat meningkatkan faktor virulensi seperti lipoposakarida (LPS) yang berperan dalam diferensiasi osteoklas yang ditandai dengan gen penanda, salah satunya Cathepsin K (CTSK). Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis diferensiasi osteoklas melalui analisis ekspresi gen penanda diferensiasi osteoklas yaitu CTSK.MetodeOsteoklas (OC) diperoleh dari kultur primer bone marrow macrophage (BMM), yang dipaparkan dengan nuclear factor kappa-B ligand (RANKL) selama 3 hari. Kemudian diinfeksikan dengan bakteri A. actinomycetemcomitans (ATCC 29522) dengan perbandingan MOI 1:1 dan 1:5. Selanjutnya dievaluasi 1,5 jam dan 18 jam pasca infeksi (hpi) menggunakan RT-qPCR dengan teknik Livak (2-∆∆Ct).HasilEkspresi relatif gen CTSK pada BMM dengan perlakuan MOI 1:1 pada 1,5 hpi (2-∆∆Ct = 1,00) dan 18 hpi (2-∆∆Ct = 0,99), serta perlakuan MOI 1:5 pada 1,5 hpi (2-∆∆Ct = 1,00) dan 18 hpi (2-∆∆Ct = 1,04) cenderung tidak menunjukan adanya perubahan. Sedangkan pada OC dengan MOI 1:1 pada 1,5 hpi (2-∆∆Ct = 1,00) dan 18 hpi (2-∆∆Ct = 1,64), serta perlakuan MOI 1:5 pada 1,5 hpi (2-∆∆Ct = 1,00) dan 18 hpi (2-∆∆Ct = 3,27) cenderung menunjukan adanya peningkatan pada 18 hpi. Perbandingan kelompok OC 18 hpi pada perlakuan MOI 1:5 (2-∆∆Ct = 4,26) menunjukkan peningkatan ekspresi gen CTSK sekitar 4 kali dibanding perlakuan MOI 1:1 (2-∆∆Ct = 1,00).KesimpulanPeningkatan ekspresi gen CTSK pada osteoklas berkorelasi positif dengan jumlah bakteri yang menginfeksi dan waktu paparan bakteri dengan sel osteoklas. Peningkatan ekspresi CTSK tersebut diduga berhubungan dengan terjadinya internalisasi bakteri kedalam sel osteoklas.

---

Introduction

Periodontitis is a disease affecting the supportive tissues of the teeth, categorized as a non-communicable inflammation associated with dysbiosis of the biofilm. This disease impacts the entire periodontal tissue and can cause progressive destruction of alveolar bone. Periodontitis can be triggered by bacteria such as Aggregatibacter actinomycetemcomitans, subsequently affecting osteoclastogenesis and tissue damage. The internalization and proliferation of A. actinomycetemcomitans bacteria inside osteoclast cells can directly increase virulence factors such as lipopolysaccharide (LPS), playing a role in osteoclast differentiation marked by genes, including Cathepsin K (CTSK). This study aims to analyze osteoclast differentiation through the analysis of the marker gene expression for osteoclast differentiation, namely CTSK.

Methods

Osteoclasts (OC) were obtained from primary cultures of bone marrow macrophages (BMM), exposed to nuclear factor kappa-B ligand (RANKL) for 3 days. They were then infected with A. actinomycetemcomitans bacteria (ATCC 29522) with a ratio of MOI 1:1 and 1:5. Subsequently, they were evaluated at 1.5 hours and 18 hours post-infection (hpi) using RT-qPCR with the Livak method (2-∆∆Ct).

Results

The relative expression of CTSK gene in BMM cells with MOI 1:1 treatment at 1.5 hpi (2-∆∆Ct = 1.00) and 18 hpi (2-∆∆Ct = 0.99), as well as MOI 1:5 treatment at 1.5 hpi (2-∆∆Ct = 1.00) and 18 hpi (2-∆∆Ct = 1.04), tended to show no significant changes. In OC with MOI 1:1 treatment at 1.5 hpi (2-∆∆Ct = 1.00) and 18 hpi (2-∆∆Ct = 1.64), as well as MOI 1:5 treatment at 1.5 hpi (2-∆∆Ct = 1.00) and 18 hpi (2-∆∆Ct = 3.27), there was a tendency to increase at 18 hpi. The comparison of OC groups at 18 hpi with MOI 1:5 (2-∆∆Ct = 4.26) showed a fourfold increase in CTSK gene expression compared to MOI 1:1 treatment (2-∆∆Ct = 1.00).

Conclusion

The increased expression of the CTSK gene in osteoclasts positively correlates with the number of infecting bacteria and the duration of bacterial exposure to osteoclast cells. This heightened CTSK expression is presumed to be associated with the internalization of bacteria into osteoclast cells."

"Latar belakang: Bakteri A. actinomycetemcomitans merupakan patogen utama yang berperan dalam patogenesis periodontitis agresif. Dalam interaksi antara sel osteoklas dengan bakteri, terdapat peran dari faktor virulensi bakteri A. actinomycetemcomitans dalam proses adhesinya ke permukaan sel, yaitu omp100. Adhesi bakteri pada sel, yang didukung oleh protein omp100, dapat mengakibatkan terjadinya disbiosis dalam ekosistem rongga mulut, yang berakibat pada terjadinya aktvivitas sel osteoklas secara berlebihan dan berefek pada destruksi tulang. Tujuan: Menganalisis ekspresi gen omp100 pada interaksi direk antara sel osteoklas dan sel prekursornya dengan bakteri A. actinomycetemcomitans. Metode: Secara in vitro dengan metode eksperimental laboratorium, dengan sel osteoklas yang diperoleh dari hasil kultur Bone Marrow Cell (BMC) mencit C57BL/6. Sel yang diperoleh kemudian diberi paparan M-CSF (Macrophage-Colony Stimulating Factors) agar berdiferensiasi menjadi sel BMM (Bone Marrow Macrophage), serta diberi paparan M-CSF dan RANKL (Receptor Activator of Nuclear Factor Kappa-B Ligand) agar berdiferensiasi menjadi sel preosteoklas dan osteoklas. Sel diinfeksikan dengan bakteri A. actinomycetemcomitans dengan MOI (multiplicity of infection) 1:1 dan 1:5, kemudian dilakukan pengamatan bakteri intraseluler pada 1,5 dan 18 jam pasca infeksi untuk melihat internalisasi dan proliferasi bakteri berdasarkan ekspresi gen omp100. Hasil: Terjadi penurunan ekspresi gen omp100 pada sel BMM 18 jam pasca infeksi. Pada sel preosteoklas dan osteoklas, terjadi peningkatan ekspresi gen pada 18 jam pasca infeksi. Kesimpulan: Terjadinya peningkatan ekspresi gen omp100 berkorelasi positif dengan jumlah bakteri instraseluler yang diamati pada 1,5 dan 18 jam pasca infeksi. Peningkatan ekspresi gen omp100 terjadi akibat meningkatnya jumlah bakteri intraseluler, yang artinya bakteri di dalam sel mengalami proliferasi dan mampu terfasilitasi dengan baik di dalam sel preosteoklas dan osteoklas.

---

Background: Aggregatibacter actinomycetemcomitans is a major pathogen bacterium that plays role in the pathogenesis of aggressive periodontitis. In the interaction between osteoclast cells and bacteria, there is a role of the virulence factor of A. actinomycetemcomitans in the process of adhesion to the cell surface, namely omp100. The adhesion of these bacteria to cells, which is supported by the omp100 protein, can lead to dysbiosis in the oral ecosystem, which results in excessive osteoclast cell activity and effects on bone destruction. Purpose: To analyze the expression of omp100 gene in the interaction between osteoclast cells and their precursor cells with A. actinomycetemcomitans. Methods: In vitro research with laboratory experimental methods, using osteoclast cells obtained from Bone Marrow Cell (BMC) cultured from C57BL/6 mice. The cells obtained will then be given exposure to M-CSF (Macrophage-Colony Stimulating Factors) to differentiate into BMM cells (Bone Marrow Macrophage), and also be given exposure to M-CSF and RANKL (Receptor Activator of Nuclear Factor Kappa-B Ligand) to differentiate into preosteoclast and osteoclast cells. Cells were infected with A. actinomycetemcomitans with MOI (multiplicity of infection) of 1:1 and 1:5, then intracellular bacteria were observed at 1,5 and 18 hours post-infection to see the internalization and proliferation of bacteria. Results: There was a decrease in omp100 gene expression in BMM cells at 18 hours post-infection. In preosteoclast and osteoclast cells, there was an increase in gene expression at 18 hours post-infection. Conclusions: The increase in omp100 gene expression was positively correlated with the number of intracellular bacteria observed at 1,5 and 18 hours post-infection. The increase in omp100 gene expression occurred due to the increase in the number of intracellular bacteria, which means that the bacteria in the cells proliferated and were able to be well facilitated in preosteoclast and osteoclast cells."

"Latar Belakang: Dalam perawatan ortodonti, rasa nyeri merupakan salah satu hal yang mengurangi kenyamanan pasien. Rasa nyeri disebabkan karena gaya ortodonti yang diaplikasikan pada gigi oleh alat ortodonti cekat. Persepsi nyeri pasien dapat diketahui menggunakan pain assessment analysis yaitu visual analog scale (VAS), numerical rating scale (NRS) dan verbal rating scale (VRS). Diketahui bahwa VAS merupakan metode analisis rasa nyeri yang paling terpercaya. Perawatan ortodonti pada pasien menggunakan beberapa jenis bracket yaitu pre-adjusted bracket yang metode ligasinya menggunakan modul elastomer dan self-ligating bracket yang metode ligasinya menggunakan pintu pada braces. Self-ligating ini dibagi menjadi dua jenis yaitu active self-ligating dan passive self-ligating. Perkembangan Passive Self-Ligating bracket memberikan gaya dan friksi yang lebih ringan sehingga diperkirakan bahwa perawatan dengan dengan menggunakan bracket jenis ini dapat mengurangi rasa nyeri. Salah satu biomarker rasa nyeri pada perawatan gigi ortodonti adalah neuropeptida calcitonin gene-related peptide. Konsentrasi neuropeptida CGRP akan meningkat pada daerah inflamasi yang disebabkan oeh gaya ortodonti. Tujuan: Penelitian ini bertujuan untuk melihat hubungan antara persepsi nyeri pasien dengan konsentrasi neuropeptida CGRP pada fase aligning awal perawatan ortodonti menggunakan pre-adjusted edgewise (PE) bracket dan sistem passive self-ligating (PSL) bracket. Metode: Total sampel 15 orang dibagi menjadi 3 kelompok (kelompok kontrol, kelompok percobaan braket passive self-ligating dan kelompok braket pre-adjusted. Untuk sampel CGRP diambil dari GCF pada interdental 6 gigi anterior bawah dengan waktu pengambilan sampel: sebelum pemasangan braket kemudian 2 jam, 24 jam dan 1 minggu setelah pemasangan archwire. Konsentrasi CGRP diukur menggunakan ELISa. Nilai persepsi nyeri dinilai dari hasil pengisian VAS. Hasil: Hasil dari penelitian ini menunjukan pada kelompok braket PE terdapat perbedaan signifikan nilai rerata skor VAS antara T0-T1, T0-T2, T1-T2 dan T2-T3. Sedangkan pada kelompok braket PSL terdapat perbedaan signifikan nilai rerata skor VAS antara T0-T2 dan T2-T3. Terdapat perbedaan bermakna rerata skor VAS di T2 antara kelompok braket PE dan PSL. Tidak terdapat perbedaan konsentrasi CGRP antara kelompok pasien yang menggunakan braket PE dan PSL pada tiap waktu pengamatan. Tidak terdapat perbedaan konsentrasi CGRP antara kelompok pasien yang menggunakan braket PE, PSL dan kontrol sebelum pemasangan archwire pada tiap kelompok waktu pengamatan. Terdapat korelasi positif antara persepsi nyeri dan konsentrasi CGRP namun tidak berbeda bermakna.

---

Background: Orthodontic tooth movement takes place after applied force on the tooth stimulates inflammation and remodeling of the alveolar bone. Friction in Passive Self-Ligating (PSL) bracket is lower than Preadjusted Edgewise (PE) bracket, therefore it is assumed that pain resulted from PSL is lower than PE bracket. One of the neuropeptides that can be used as pain biomarkers in orthodontic tooth movement is calcitonin gene-related peptide (CGRP). Pain perception can be subjectively evaluated using Visual Analog Scale (VAS).

Objective: This study aims to analyze pain perception by using VAS, CGRP level in patients isolated from GCF, and the correlation between VAS score, and CGRP level.

Method: 15 patients were included in the study (passive self-ligating group, pre-adjusted group and control group). The GCF was collected from six lower anterior teeth interproximal sites before bracket insertion, 2 hours after lower archwire engagement, 24 hours after lower archwire engagement, and 1 week after lower archwire engagement. Pain perception is recorded using VAS. CGRP concentration was analyzed using enzyme-linked immunosorbent assay.

Result: VAS score on PE and PSL group increased from 2 hours, peaked on 24 hours and returned to baseline on 168 hours with PE group were higher compared with PSL and the highest score was on 24 hour time point. CGRP concentration was highest on 24 hours compared with other time point.

Conclusion: These result show that VAS score and CGRP concentration increased during initial orthodontic tooth aligment using a self-ligating and preadjusted bracket system. Pain perception and CGRP concentration have positive weak correlation. "