Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Polymerase Chain Reaction (PCR) telah digunakan untuk mendeteksi Salmonella dalam sampel makanan dan minuman. Primer yang digunakan didesain berdasarkan gen invA spesifik Salmonella untuk amplifikasi. Dua puluh satu sampel dikoleksi dari pedagang kaki lima di Jalan Margonda Raya Pondok Cina Depok dari bulan Maret 2008 hingga pertengahan April 2008. Persiapan sampel sebelum PCR, meliputi langkah prapengayaan dalam Buffered Peptone Water dan diikuti ekstraksi DNA menggunakan metode boiling. Dari hasil ekstraksi DNA, fragmen berukuran 244 pb diamplifikasi dengan PCR. Sampel juga diuji menggunakan metode kultur standar untuk mengkonfirmasi hasil pengujian sampel dengan metode PCR. Batas uji deteksi metode PCR dalam penelitian ini adalah 2,85 x 106 CFU/ml. Sebanyak empat dari dua puluh satu sampel terdeteksi mengandung Salmonella dengan metode PCR, tiga diantaranya tidak terdeteksi dengan metode kultur standar dan satu sampel lainnya terdeteksi dengan metode kultur standar yang dilanjutkan metode PCR. Diharapkan penelitian ini dapat bermanfaat untuk pengembangan metode deteksi Salmonella yang mudah, cepat dan dapat dipercaya pada sampel makanan dan minuman."

"Malaria merupakan penyakit yang masih menimbulkan masalab kesehatan Masyarakat Indonesia. Prevalensi malaria di beberapa daerah cukup tinggi dan menjadikan daerah tersebut endemik malaria. Diagnosis malaria ditegakkan melalui pemariksaan gejala ktJnis dan penemuan parasit pada pemariksaan darah seoara mikroskopik. Pemariksaan mikroskopik masih merupakan "Gold Standard", tetapi masih terdapat beberapa kendala dalam sensitivitas dan akurat. Oleh karena itu penelitian ini bertujuan untuk mengemhangkan diagnosis altematif pemariksaan malaria yang lebih sensitif dan akurat. Teknik PCR pada sampel urin tems dikembangkan sehagai altematif diagnosis malaria. Penelitian ini dileknkan pada 58 sampel urin yang diambil pada orang yang tlnggal di daerah endemik malaria dan dipariksa dengan teknik PCR dengan menggunakan primer ssu rRNA, didapatkan 42 sampel positif dengan sensitivitas 98 % dan spesilisitas 94 %. Uji diagnostik mikroskopik pada sampel darah dan PCR pada sampel untuk P falclparum didapatkan 18 posltif dengan sensitivitas 94% dan spesifisitas 94%, sedangkan untuk P. vlvax didapatkan 25 sampel positlf dengan sensitivitas 96% dan spesifisitas 94%. Teknik PCR dengan sampel urin dapat digunakan sebagai alat diagnostik malaria untuk menggantikan pemeriksaan mikroskopik darah karena memilild sensitivitas dan spesifisitas yang tinggi (lebih dari 90% ).

---

Malaria is an infectious disease which is still causing a public health problem in many parts of Indonesia. There are many endemic areas where the prevalence of malaria is high . The diagnosis of malaria is commonly done by clinical examination and parasite finding at microscopic examination of blood sample. Microscopic examination is still used as a gold standard for malaria diagnosis, however this method is less sensitivity and accuracy especially in low parasitemia.

Therefore, it is a need to develop an alternative method which is more sensitive and accurate fur Malaria diagnosis. PCR method for urine sample is being developed as an alternative diagnosis for Malaria. A total of 58 individuals living in malaria endemic areas participated in blood and urine collections. The presence of malaria parasites in blood samples were detected by microscopic examination whereas the DNA of mrdarial parasites, P. falciparum and P. vivax, in urine samples were detected by PCR method using ssu rRNA primers. Positive results of both malarial parasites were found in 42 samples with 98% sensitivity and 94 % specificity.

Diagnostic test of microscopic examination of blood samples and PCR of urine samples showed that 18 samples were P. falciparum positive with 94% sensitivity and 94% specificity whereas 25 samples were positive for P. vivax with 96% sensitivity and 94% specificity. This study revealed that PCR method can be used as an alternative diagnostic tool for malaria because it has high sensitivity and specificity (more than 90 %)."

"Eksopolisakarida (EPS) yang diproduksi dari mikroorganisme memiliki potensi untuk diaplikasikan dalam bidang industri pangan, kesehatan, dan farmasi. Beberapa bakteri asam laktat (BAL) memiliki kemampuan untuk menghasilkan EPS dan telah banyak dilaporkan memiliki gen- gen sukrase, glukosiltransferase (gtf) dan fruktosiltransferase (ftf). Dari penelitian terdahulu dapat diketahui bahwa sumber- sumber yang memilki kandungan gula sukrosa berpeluang besar mengandung gen gtf maupun gen-gen sukrase lainnya. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi gen gtf yang menyandikan enzim glukansukrase dari DNA genomik beberapa koleksi isolat BAL yang diisolasi dari makanan dan minuman tradisional Indonesia. Isolat BAL penghasil EPS diskrining pada medium modifikasi agar MRSsukrosa 10% untuk mencari koloni yang menghasilkan lendir. Teknik Polymerase Chain Reaction (PCR) menggunakan primer degenerate dari domain katalitik gen-gen gtf, DegFor dan DegRev, merupakan metode yang efisien untuk menskrining gen tersebut pada BAL. Amplikon dengan ukuran sekitar 660 pb dihasilkan oleh 11 dari 16 DNA genomik yang mewakili seluruh sumber bakteri. Tiga dari 11 yang positif memiliki dua amplikon di sekitar 660 pb."

"Optimasi deteksi molekuler kandungan gelatin asal porsin berbasis DNA Deoxyribonucleic Acid genomik dilakukan dengan metode duplex PCR Polymerase Chain Reaction . DNA yang diamplifikasi adalah trace DNA genomik porsin yang masih terkandung dalam gelatin asal porsin. Trace DNA yang terdapat dalam gelatin jumlahnya sangat sedikit karena telah melalui berbagai proses produksi sehingga diperlukan optimasi metode ekstraksi DNA.Penelitian ini bertujuan untuk memperoleh metode yang sensitif dalam identifikasi gelatin asal porsin serta mendeteksi kandungan porsin dari gelatin cangkang kapsul. Metode yang dipilih adalah duplex PCR, yaitu PCR dengan dua target sekuens DNA, yaitu DNA cyt b dan ATP8. Untuk reaksi PCR, dipilih dua pasangan primer yang spesifik mengamplifikasi DNA genomik porsin.Metode yang dioptimasi berupa metode ekstraksi DNA genomik dan metode duplex PCR. Duplex PCR dilakukan terhadap campuran DNA reference porsin dan bovin dengan variasi konsentrasi 100 ; 50 ; 10 ; 1 ; 0,5 ; 0,1 ; 0,05 ; dan 0,01 untuk meneliti sensitivitas metode serta pada sampel cangkang kapsul gelatin.Pada sampel positif mengandung trace DNA porsin diperoleh produk hasil amplifikasi PCR yang berukuran 212 bp dan 398 bp sedangkan pada sampel negatif porsin tidak diperoleh produk amplifikasi. Metode duplex PCR dapat digunakan sebagai metode deteksi awal untuk mengidentifikasi kandungan porsin pada gelatin dari cangkang kapsul dengan sensitif.

---

Optimization of genomic DNA Deoxyribonucleic Acid based molecular detection of gelatine derived from porcine was carried out by performing duplex PCR Polymerase Chain Reaction method. Trace of porcine genomic DNA that remained in porcine derived gelatine were amplified. Optimization of DNA extraction method was carried out in consideration of the very low concentration of genomic DNA derived from gelatine capsule samples that have gone through various manufacturing conditions.

The chosen method, duplex PCR, is a PCR method where two target sequences of DNA, cyt b and ATP synthase F0 subunit 8 DNA, are amplified simultaneously. Two sets of porcine specific primers were chosen for the duplex PCR. Genomic DNA extraction method and duplex PCR method were optimized.

Duplex PCR was carried out to mixtures of porcine and bovine DNA reference in various concentration 100 50 10 1 0,5 0,1 0,05 and 0,01 to confirm sensitivity of the method and to gelatine capsule shell samples. PCR products with the length of 212 bp and 398 were obtained in porcine positive samples only. Duplex PCR method has been optimized as sensitive intial method for molecular detection of porcine in gelatin capsule shells."

"Eksopolisakarida (EPS) telah banyak diteliti dapat diaplikasikan dalam bidang industri makanan, kesehatan, dan farmasi. Beberapa bakteri asam laktat (BAL) memiliki kemampuan menghasilkan EPS dengan adanya enzim sukrase, baik glukansukrase/ glukosiltransferase (gtf) maupun fruktansukrase/ fruktosiltransferase (ftf). Glukansukrase menghasilkan EPS berupa polimer glukan, sedangkan fruktansukrase menghasilkan polimer fruktan. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi adanya gen ftf penyandi fruktansukrase dari beberapa galur BAL yang diduga memiliki aktivitas fruktansukrase berdasarkan penelitian menggunakan metode visual. Skrining gen tersebut secara molekuler dilakukan dengan teknik Polymerase Chain Reaction (PCR) menggunakan primer degenerate yang berasal dari dua sekuens conserved region gen ftf beberapa galur BAL. Galur BAL yang digunakan untuk konstruksi primer adalah Bacillus subtilis, Bacillus stearothermophilus, Bacillus amyloliquefaciens, Streptococcus mutans, Streptococcus salivarius, dan Lb. reuteri 121. Amplikon berukuran sekitar 700 pb dihasilkan oleh 7dari 21 DNA genomik dari galur yang digunakan, yaitu MBF PDG 3(1), MBF PDG 4, Weissella cibaria MBF WRS 3, Leuconostoc mesenteroides MBF 4-2, Leuconostoc mesenteroides MBF 7-5, Weissella confusa MBF PDG 10(1), dan Leuconostoc mesenteroides MBF WRS 6."

"Rotavirus grup A merupakan penyebab utama penyakit diare pada bayi dan anak balita di seluruh dunia. Metode deteksi strain rotavirus yang cepat dan sensitif adalah dengan menggunakan polymerase chain reaction (PCR). Penelitian ini bertujuan untuk menentukan tingkat prevalensi infeksi rotavirus di Jakarta Utara dan menentukan hubungan data sebaran umur, jenis kelamin serta tingkat keparahan diare pasien terhadap proporsi strain rotavirus selama penelitian. Pada penelitian ini telah diperiksa 256 feses yang diambil pada bulan September 2005 sampai Januari 2006 dari anak-anak penderita diare akut di Jakarta Utara. Metode Enzyme Immunoassay (EIA) digunakan untuk skrining antigen VP6 pada feses, sebelum diteliti dengan teknik Polymerase Chain Reaction (PCR). Ada 100 sampel feses yang mengandung antigen VP6 rotavirus grup A. Metode reverse transcription dan nested-multipleks PCR digunakan untuk mendeteksi gen VP7 (1.062 bp) dan VP4 (876 bp). Data prevalensi masing-masing serotipe P dan G dari pasien yang terinfeksi rotavirus di Jakarta Utara adalah: G1 9,3%; G2 9,3%; G3 2,1%; G9 6,2%;infeksi bersama G4 dan G9 47,4%; P[4] 12,4%; P[6] 12,4%, P[8] 32%; infeksi bersama P[6] dan P[8], 3,1%. Strain rotavirus yang paling banyak ditemukan adalah G4G9P[8] sebanyak 22,7% dan G4G9 dengan serotipe P yang tidak terdeteksi sebanyak 20,6%. Ada 8 sampel yang tidak berhasil dideteksi strainnya. Pada penelitian ini diketahui bahwa nilai tengah umur pasien strain rotavirus terdeteksi sama dengan nilai tengah umur pasien strain rotavirus tidak terdeteksi serta tidak ada perbedaan yang bermakna antara proporsi strain rotavirus terdeteksi dan strain rotavirus tidak terdeteksi berdasarkan jenis kelamin pasien dan tingkat keparahan diare pasien (p>0,05)."

"ABSTRAK Latar belakang : Cytomegalovirus (CMV) merupakan salah satu infeksi oportunistikpada pasien dengan sindrom immunodefisiensi (AIDS). Gejala klinis dan CT scantidak dapat menegakkan diagnosa definitif ensefalitis CMV. Oleh karena itudiperlukan uji alternatif untuk menegakkan diagnosis infeksi CMV pada pasien HIVdengan infeksi otak. Salah satu uji yang sensitif dan spesifik adalah Real TimePolymerase Chain Reaction (rPCR).Tujuan : Mendapatkan uji deteksi molekular CMV pada pasien HIV dengantersangka infeksi otak.Metode : Penelitian dilakukan dalam 3 tahap. Tahap 1 adalah optimasi konsentrasiprimer, probe, suhu annealing, volume elusi ekstraksi DNA, dan volume cetakan.Tahap 2 adalah uji spesifisitas (reaksi silang) dan uji sensitivitas (ambang batasdeteksi DNA) rPCR dan tahap 3 adalah penerapan uji rPCR yang sudah dioptimasiterhadap sampel plasma, urin, dan LCS.Hasil : Kondisi optimal uji rPCR telah diperoleh dengan konsentrasi primer danprobe 0,1 μM, dengan kondisi suhu reaksi rPCR: aktivasi enzim pada 950C selama 3menit; 45 siklus pada 950C selama 15 detik (denaturasi) dan 560C selama 1 menit(annealing dan ekstensi). Volume elusi ekstraksi DNA yang optimal untuk ketigajenis sampel (LCS, plasma dan urin) adalah 40 μL, dan volume cetakan rPCR untukLCS, plasma, dan urin, masing-masing adalah 5, 4, dan 3 μL. Uji rPCR mampumendeteksi DNA pada 50.000 jumlah kopi/mL dan tidak bereaksi silang denganStaphylococcus aureus, Staphylococcus epidermidis, Staphylococcus saprophyticus,Escherichia coli, Klebsiella pneumoniae, Pseudomonas aeruginosa, Mycobacteriumtuberculosis, Candida spp, Toxoplasma gondii, EBV,HSV,dan VZV. Penerapan ujirPCR pada sampel klinis memberikan hasil negatif pada semua sampel LCS, 72,22%positif pada sampel plasma, dan 72,22% positif pada sampel urin.Kesimpulan: Telah dilakukan optimasi uji rPCR dengan minimal deteksi DNACMV 50.000 jumlah kopi/mL dan tidak bereaksi silang dengan mikroorganisme yangberpotensi menyebabkan positif palsu (false positive).ABSTRACT Background: Cytomegalovirus (CMV) is one of opportunistic infections in patientswith Aquired Immunodeficiency Syndrome (AIDS). Clinical manifestations are nottypical, and CT scans can not define encephalitis CMV specifically. Therefore, it isimportant to apply an alternative assay for sensitive and specific detection of CMVinfection in HIV patients with suspected central nervous system (CNS) infections.One of the assays is real time polymerase chain reaction (rPCR).Objective: To obtain a molecular assay for detection of CMV in HIV patients withsuspect CNS infections.Methods: This study was conducted in three phases. The first is optimization ofconcentrations of primers, probe, annealing temperature, final elution of DNAextraction, and volume of PCR template. The second is determinations of sensitivity(minimal detection of DNA) and specificity (cross-reaction) of the optimized rPCR,and the third is application of the rPCR for clinical samples of plasma, urine, andliquor cerebrospinal (LCS).Results: The rPCR reaction showed optimal concentrations of primers and probe at0.1 μM, with thermal cycler: 950C for 3 min (enzyme activation), followed by 45cycles of 950C for 15 sec (denaturation) and 560C for 1 min (annealing andextension). Final elution of DNA extraction was 40 μL and volume of PCR templatesfor urine, plasma, and LCS was 3, 4, and 5 μL, respectively. The rPCR had minimaldetection of DNA at 50,000 copies/mL and was not cross-reacted withStaphylococcus aureus, Staphylococcus epidermidis, Staphylococcus saprophyticus,Escherichia coli, Klebsiella pneumoniae, Pseudomonas aeruginosa, Mycobacteriumtuberculosis, Candida spp, Toxoplasma gondii, Epstein-Bar Virus (EBV), HerpesSimplex Virus (HSV) and Varicella Zoster Virus (VZV). Application of rPCR forclinical samples showed that the rPCR yielded 72.22% positive for plasma or urine,and negative for all LCS samples.Conclusion: The rPCR has been optimized in this study with minimal DNA detectionat 50,000 copies/mL and was not cross-reacted with other microorganisms that arepotential to cause false positive results.;Background: Cytomegalovirus (CMV) is one of opportunistic infections in patientswith Aquired Immunodeficiency Syndrome (AIDS). Clinical manifestations are nottypical, and CT scans can not define encephalitis CMV specifically. Therefore, it isimportant to apply an alternative assay for sensitive and specific detection of CMVinfection in HIV patients with suspected central nervous system (CNS) infections.One of the assays is real time polymerase chain reaction (rPCR).Objective: To obtain a molecular assay for detection of CMV in HIV patients withsuspect CNS infections.Methods: This study was conducted in three phases. The first is optimization ofconcentrations of primers, probe, annealing temperature, final elution of DNAextraction, and volume of PCR template. The second is determinations of sensitivity(minimal detection of DNA) and specificity (cross-reaction) of the optimized rPCR,and the third is application of the rPCR for clinical samples of plasma, urine, andliquor cerebrospinal (LCS).Results: The rPCR reaction showed optimal concentrations of primers and probe at0.1 μM, with thermal cycler: 950C for 3 min (enzyme activation), followed by 45cycles of 950C for 15 sec (denaturation) and 560C for 1 min (annealing andextension). Final elution of DNA extraction was 40 μL and volume of PCR templatesfor urine, plasma, and LCS was 3, 4, and 5 μL, respectively. The rPCR had minimaldetection of DNA at 50,000 copies/mL and was not cross-reacted withStaphylococcus aureus, Staphylococcus epidermidis, Staphylococcus saprophyticus,Escherichia coli, Klebsiella pneumoniae, Pseudomonas aeruginosa, Mycobacteriumtuberculosis, Candida spp, Toxoplasma gondii, Epstein-Bar Virus (EBV), HerpesSimplex Virus (HSV) and Varicella Zoster Virus (VZV). Application of rPCR forclinical samples showed that the rPCR yielded 72.22% positive for plasma or urine,and negative for all LCS samples.Conclusion: The rPCR has been optimized in this study with minimal DNA detectionat 50,000 copies/mL and was not cross-reacted with other microorganisms that arepotential to cause false positive results.;Background: Cytomegalovirus (CMV) is one of opportunistic infections in patientswith Aquired Immunodeficiency Syndrome (AIDS). Clinical manifestations are nottypical, and CT scans can not define encephalitis CMV specifically. Therefore, it isimportant to apply an alternative assay for sensitive and specific detection of CMVinfection in HIV patients with suspected central nervous system (CNS) infections.One of the assays is real time polymerase chain reaction (rPCR).Objective: To obtain a molecular assay for detection of CMV in HIV patients withsuspect CNS infections.Methods: This study was conducted in three phases. The first is optimization ofconcentrations of primers, probe, annealing temperature, final elution of DNAextraction, and volume of PCR template. The second is determinations of sensitivity(minimal detection of DNA) and specificity (cross-reaction) of the optimized rPCR,and the third is application of the rPCR for clinical samples of plasma, urine, andliquor cerebrospinal (LCS).Results: The rPCR reaction showed optimal concentrations of primers and probe at0.1 μM, with thermal cycler: 950C for 3 min (enzyme activation), followed by 45cycles of 950C for 15 sec (denaturation) and 560C for 1 min (annealing andextension). Final elution of DNA extraction was 40 μL and volume of PCR templatesfor urine, plasma, and LCS was 3, 4, and 5 μL, respectively. The rPCR had minimaldetection of DNA at 50,000 copies/mL and was not cross-reacted withStaphylococcus aureus, Staphylococcus epidermidis, Staphylococcus saprophyticus,Escherichia coli, Klebsiella pneumoniae, Pseudomonas aeruginosa, Mycobacteriumtuberculosis, Candida spp, Toxoplasma gondii, Epstein-Bar Virus (EBV), HerpesSimplex Virus (HSV) and Varicella Zoster Virus (VZV). Application of rPCR forclinical samples showed that the rPCR yielded 72.22% positive for plasma or urine,and negative for all LCS samples.Conclusion: The rPCR has been optimized in this study with minimal DNA detectionat 50,000 copies/mL and was not cross-reacted with other microorganisms that arepotential to cause false positive results.;Background: Cytomegalovirus (CMV) is one of opportunistic infections in patientswith Aquired Immunodeficiency Syndrome (AIDS). Clinical manifestations are nottypical, and CT scans can not define encephalitis CMV specifically. Therefore, it isimportant to apply an alternative assay for sensitive and specific detection of CMVinfection in HIV patients with suspected central nervous system (CNS) infections.One of the assays is real time polymerase chain reaction (rPCR).Objective: To obtain a molecular assay for detection of CMV in HIV patients withsuspect CNS infections.Methods: This study was conducted in three phases. The first is optimization ofconcentrations of primers, probe, annealing temperature, final elution of DNAextraction, and volume of PCR template. The second is determinations of sensitivity(minimal detection of DNA) and specificity (cross-reaction) of the optimized rPCR,and the third is application of the rPCR for clinical samples of plasma, urine, andliquor cerebrospinal (LCS).Results: The rPCR reaction showed optimal concentrations of primers and probe at0.1 μM, with thermal cycler: 950C for 3 min (enzyme activation), followed by 45cycles of 950C for 15 sec (denaturation) and 560C for 1 min (annealing andextension). Final elution of DNA extraction was 40 μL and volume of PCR templatesfor urine, plasma, and LCS was 3, 4, and 5 μL, respectively. The rPCR had minimaldetection of DNA at 50,000 copies/mL and was not cross-reacted withStaphylococcus aureus, Staphylococcus epidermidis, Staphylococcus saprophyticus,Escherichia coli, Klebsiella pneumoniae, Pseudomonas aeruginosa, Mycobacteriumtuberculosis, Candida spp, Toxoplasma gondii, Epstein-Bar Virus (EBV), HerpesSimplex Virus (HSV) and Varicella Zoster Virus (VZV). Application of rPCR forclinical samples showed that the rPCR yielded 72.22% positive for plasma or urine,and negative for all LCS samples.Conclusion: The rPCR has been optimized in this study with minimal DNA detectionat 50,000 copies/mL and was not cross-reacted with other microorganisms that arepotential to cause false positive results."

"Permintaan pasar terhadap vanilin alami sebagai senyawa perisa dan pengaroma sangat tinggi padahal produksi vanilin alami sangatlah rendah sehingga dibutuhkan metode alternatif produksi vanilin secara alami. Salah satunya adalah dengan metode biokonversi dengan bantuan mikroorganisme. Pseudomonas merupakan salah satu bakteri yang dapat melakukan biokonversi vanilin dari bahan dasar eugenol. Untuk mendeteksi jenis bakteri Pseudomonas yang dapat melakukan biokonversi vanilin, diperlukan sebuah metode skrining. Metode PCR memadai untuk digunakan sebagai metode pendeteksi secara molekuler bakteri Pseudomonas yang memiliki gen-gen yang berperan dalam biokonversi vanilin dari eugenol, yaitu gen ech (enoyl coA-hydratase) dan fcs (feruloyl coA-synthetase). Gen-gen tersebut mengkode enzim yang berperan dalam tahap terminal biokonversi vanilin dari eugenol pada Pseudomonas. Gen tersebut dikembangkan untuk menjadi penanda molekuler potensi suatu bakteri Pseudomonas yang dapat melakukan biokonversi vanilin dari eugenol. Namun, proses skrining dengan PCR membutuhkan kondisi yang optimum untuk mendapatkan hasil PCR yang spesifik. Ulasan artikel ini membahas mengenai skrining molekuler bakteri tanah Pseudomonas dengan penanda gen ech dan fcs dengan metode PCR konvensional.

---

The market demand for natural vanilin, as flavour and fragrance compound, is very high even though the production of natural vanilin is very low so that alternative methods of natural vanilin production are needed, one of which is the bioconversion method with the help of microorganisms. Pseudomonas is one of the bacteria that can perform bioconversion of vanilin from the basic ingredient of eugenol. A screening method to detect Pseudomonas bacteria that is able to carry out vanilin bioconversion is needed. The PCR method is adequate to be used as a molecular detection method for Pseudomonas bacteria which carries genes that play a role in the bioconversion of vanilin from eugenol, namely the ech (enoyl coA-hydratase) and fcs (feruloyl coA-synthetase) genes, genes that encode enzymes in the terminal stage of vanilin bioconversion of eugenol in Pseudomonas. These genes were developed to be a potential molecular marker of a Pseudomonas bacteria which can perform bioconversion of vanilin from eugenol. However, the screening process with PCR requires optimum conditions to get specific PCR results. This article review discusses the molecular screening of Pseudomonas soil bacteria using the ech and fcs gene as screening parameter by conventional PCR methods.

"

"Gelatin merupakan bahan utama penyusun cangkang kapsul. Salah satu cara untuk mengetahui adanya kandungan gelatin porsin dalam campuran gelatin adalah dengan deteksi molekuler terhadap sekuens sitokrom b cyt b pada DNA dari gelatin. Penelitian ini dilakukan untuk mengoptimasi kondisi metode PCR-RFLP dalam mendeteksi kandungan porsin dan bovin dari cangkang kapsul dalam campurannya sehingga diperoleh metode yang sensitif dan efisien, karena rendahnya jumlah DNA trace setelah proses pembentukan gelatin dan pengolahannya menjadi kapsul. Optimasi dilakukan pada ekstraksi DNA, kondisi PCR, dan sensitivitas metode PCR-RFLP. Ekstraksi dioptimasi agar diperoleh jumlah DNA yang cukup dan dapat teramati pada gel agarosa. Kondisi optimum untuk PCR DNA reference dan kapsul diperoleh dengan pemilihan DNA polimerase yang memberikan hasil terbaik. Hasil amplifikasi DNA reference campuran bovin-porsin didigesti menggunakan enzim restriksi BsaJI. Enzim restriksi BsaJI memotong gen sitokrom b porsin menjadi dua fragmen, yaitu 228 bp dan 131 bp. Optimasi sensitivitas metode PCR-RFLP menunjukkan metode mampu mendeteksi hingga konsentrasi 0,01 porsin dalam campurannya dengan bovin, dianalisis dengan kuantifikasi berbasis software dan pengamatan visual. Hasil tersebut menunjukkan bahwa metode PCR-RFLP dapat digunakan sebagai metode deteksi awal dan sensitif dalam mendeteksi porsin dengan konsentrasi rendah dalam campuran gelatin.

---

Detection of porcine, as one of gelatin sources, can be done by molecular detection of cytochrome b sequence in DNA. This study was aimed to optimize the PCR RFLP method in detecting porcine in capsule shell and porcine in mixtures with bovine in gelatin to obtain a sensitive and efficient method. Optimization was carried out for DNA extraction, PCR conditions, and the sensitivity of PCR RFLP method. Due to very low DNA trace in gelatin after various manufacturing process, the extraction was optimized to obtain sufficient DNA yield which was visible on the agarose gel. The optimum condition for DNA amplification was obtained by selecting the most suitable DNA polymerase. Amplified various concentrations of porcine bovine DNA mixtures and capsule shell DNA were digested using BsaJI restriction enzyme. BsaJI restriction enzyme was able to cleave porcine cytochrome b gene into two fragments of 228 bp and 131 bp. The optimization of the sensitivity of PCR RFLP method showed that method is able to detect up to 0.01 porcine in mixtures with bovine analyzed using software based quantification and visual observation. Result demonstrated that the PCR RFLP method is sensitive and suitable for early detection of porcine DNA in gelatin mixtures."

"Measles merupakan salah satu penyakit infeksi menular dengan jumlah kasus yang masih tinggi di Indonesia. Jumlah kasus yang tinggi tersebut perlu dilakukan konfirmasi secara laboratoris sehingga dapat dilakukan tindakan pencegahan secara cepat dan tepat. Penelitian ini menggunakan spesimen urin untuk pemeriksaan laboratorium measles dengan metode kultur virus dan Reverse Transcriptase Polymerase Chain Reaction RT-PCR. Kultur virus dilakukan dengan menggunakan sel vero/hSLAM lalu dilakukan pengamatan Cytopathic effect CPE, sedangkan RT-PCR digunakan untuk mengamplifikasi fragmen gen N menggunakan primer MeV 214 dan MeV 216. Hasil sampel didapatkan sebanyak 120 spesimen urin yang berasal dari 9 provinsi berbeda di Indonesia selama periode tahun 2016. Hasil pemeriksaan menunjukkan nilai positivitas kultur virus sebesar 7, sedangkan nilai positivitas RT-PCR sebesar 36. Hasil penelitian menunjukkan bahwa metode RT-PCR memiliki nilai positivitas yang lebih tinggi dalam mendeteksi virus measles dibandingkan dengan kultur virus.

---

Measles is one of infectious diseases with a high number of cases in Indonesia. The high number of cases needs to be confirmed in a laboratory so that precautions can be taken quickly and accurately. This study used urine specimens for laboratory measles examination using viral culture method and Reverse Transcriptase Polymerase Chain Reaction RT PCR. Viral culture was done by using vero cells hSLAM then made observations cytopathic effect CPE, while RT PCR were used to amplify the N gene fragment using the primers 214 MeV and MeV 216. The results showed a number of 120 specimens of urine obtained from 9 different provinces in Indonesia during the period of 2016. the test results showed a virus culture positivity value of 7 while the value of RT PCR positivity of 36. The results showed that the RT PCR method has a higher positivity value in detecting measles virus compared to viral culture."