Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Malaria menjadi masalah kesehatan global utama karena banyaknya kejadian resistensi obat, sedangkan ketersediaan obat yang efektif juga terbatas, sehingga mendasari pentingnya pengembangan obat antimalaria yang baru. Berbagai penelitian perancangan obat yang mentarget berbagai enzim terus dilakukan, terutama enzim Plasmodium falciparum Enoyl Acyl Carrier Protein Reductase (PfENR). Penapisan virtual sebagai salah satu metode pendekatan in silico telah digunakan pada pencarian senyawa penuntun dari basis data senyawa ataupun dari basis data bahan alam sebagai inhibitor PfENR. Pada penelitian ini dilakukan penapisan virtual basis data senyawa tanaman obat di Indonesia pada PfENR. Penapisan dilakukan dengan menggunakan piranti lunak AutoDock dan AutoDock Vina. Pada AutoDock Vina dilakukan validasi terlebih dahulu sedangkan pada AutoDock tidak dilakukan karena telah divalidasi oleh peneliti sebelumnya. Hasil validasi AutoDock Vina diperoleh grid box terbaik yaitu 80x80x80. Berdasarkan hasil penapisan diperoleh 10 peringkat senyawa terbaik dari tiap metode dan 5 senyawa irisan dari kedua metode yaitu jacoumaric acid, beta sitosterol glucoside (lyoniside), limacine, leucadenone B, dan yuehchukene.

---

Malaria is a major global public health problem. The alarming spread of its drug resistance and limited number of effective drugs available underline how important it is to discover new antimalarial drug. Various researches have been done to design drug targeting Plasmodium falciparum Enoyl Acyl Carrier Protein Reductase (PfENR) enzymes. Virtual screening as in silico approach has been used to find lead molecules from compound library or natural database as PfENR inhibitors. In this research, virtual screening of Indonesian herbal database was done to PfENR. Virtual screening was done using AutoDock and AutoDock Vina. AutoDock Vina was validated beforehand in order to obtain the best grid box while the virtual screening using AutoDock is not validated because it has been validated by previous researchers. Based on this research, the best grid box for AutoDock Vina is 80x80x80. Top ten ranked compounds were obtained for each method and five the same compound of the two methods that was jacoumaric acid, beta sitosterol glucoside (lyoniside), limacine, leucadenone B, and yuehchukene."

"Sejalan dengan semakin tingginya resistensi terhadap obat antimalaria dalam klinis, terdapat kebutuhan dilakukan pencarian senyawa-senyawa kimia yang berpotensi. Metode komputasi digunakan untuk membantu pencarian karena memiliki keunggulan seperti tidak banyak mengeluarkan biaya dan dapat dipercaya memprediksi afinitas ikatan ligan dengan target obat (protein). Tujuan penelitian adalah untuk mendapatkan senyawa analog triklosan dan senyawa herbal Indonesia yang berpotensi sebagai antimalaria. Analog triklosan dan beberapa senyawa basis data herbal Indonesia dihitung afinitas ikatannya dengan metode Molecular Mechanics Poisson-Blotzmann Surface Area (MM-PBSA) pada Plasmudium falciparum Enoyl Reductase(PfENR), dengan tiga titik variabel suhu 27oC, 37oC, dan 39oC. Didapatkan nilai energi bebas Gibbs (ΔG) pada analog triklosan enansiomer 1b -18,5009 kkal/mol suhu 37oC dan pada senyawa herbal spinasterol -31,3435 kkal/mol suhu 37oC dan limasin -24,9885 kkal/mol suhu 37oC. Dengan nilai energi bebas Gibbs tersebut menunjukkan bahwa senyawa tersebut memiliki potensi sebagai antimalaria.

---

Keeping pace with emerging drug resistance in clinically important pathogens will be greatly aided by inexpensive yet reliable computational methods that predict the ligands binding affinities for drug targets. the aim of this study to obtain potention antimalaria from analogues triclosan compound and Indonesia herbal compound. Analogues triclosan and several compound from Indonesia herbal database form Indonesia be calculated with molecular mechanics Poisson-Boltzmann surface area (MM-PBSA) for the Plasmodium falciparum Enoyl Reductase (PfENR), at three point variable of temperature 27oC, 37oC, and 39oC. Obtained Gibbs free energy (ΔG) for analogues triclosan enansiomer 1b -18,5009 kkal/mol 37oC and for herbal compound spinasterole -31,3435 kkal/mol 37oC dan limacine -24,9885 kkal/mol 37oC. With that Gibbs free enrgy enansiomer 1a, spinasterole, and limacine shows that compound have potention as antimalaria."

"ABSTRAKMalaria menjadi masalah kesehatan global utama dengan angka kejadian kemoresistensi yang tinggi, sedangkan ketersediaan obat yang efektif terbatas. Hal tersebut mendasari pentingnya pengembangan obat antimalaria baru. Pendekatan berbasis struktur digunakan untuk merancang analog triklosan dengan target enzim Plasmodium falciparum enoyl acyl carrier protein reductase (PfENR). Gugus fenol disubstitusi dengan gugus metoksi, serta gugus Cl di posisi 2? cincin B dimodifikasi menjadi gugus 2,3-dihidroksi-propionamida. Penambahan dua gugus hidroksi pada cincin B menggunakan metode dihidroksilasi asimetrik Sharpless dengan ligan kiral (DHQ)2PHAL dan (DHQD)2PHAL menghasilkan dua produk analog triklosan sebagai campuran enansiomer. Interaksi molekuler analog triklosan terhadap PfENR ditentukan dengan AutoDock. Campuran enansiomer yang dihasilkan dari ligan kiral (DHQ)2PHAL memiliki rotasi spesifik (+) 0,0833, sedangkan campuran enansiomer yang dihasilkan dari ligan kiral (DHQD)2PHAL memiliki rotasi spesifik (-) 0,0678. Nilai IC50 kedua analog triklosan ditentukan terhadap galur sensitif klorokuin, 3D7. Jumlah parasit dihitung secara mikrokopis melalui apusan darah tipis yang diwarnai Giemsa. Nilai IC50 ditentukan dengan membandingkan parasitemia senyawa uji dengan kontrol yang dianggap memiliki pertumbuhan 100%. Aktivitas antimalaria campuran enansiomer yang dihasilkan dengan (DHQ)2PHAL dan dengan (DHQD)2PHAL memperlihatkan aktivitas yang lebih poten dibandingkan triklosan (IC50 2,72 x 10-2 M), dengan IC50 berturut-turut 3,38 x 10-5 M dan 2,82 x 10-5 M.

---

ABSTRACTMalaria is a major global public health problem that alarming spread of drug resistance and limited number of effective drugs. That reason underline how important it is to discover new antimalarial drug. A structure-based approach has been taken to develop substituted analogs of triclosan that target the key malarial enzyme Plasmodium falciparum enoyl acyl carrier protein reductase (PfENR). The phenol moiety was chemically substituted with methoxy group, and Cl group at posistion 2? in ring B also modified with 2,3-dihydroxy-propionamide group. Sharpless asymmetric dihydroxylation with chiral ligand (DHQ)2PHAL and (DHQD)2PHAL is used to introduce two hydroxyl groups into the ring B to give two analogs of triclosan as enantiomer mixture. The binding energies of two analogs for PfENR were determined using Autodock. The enantiomer mixture generated by chiral ligand (DHQ)2PHAL showed specific rotation of (+) 0,0833, while enantiomer mixture resulted from chiral ligand (DHQD)2PHAL have (-) 0,0678 of specific rotation. The IC50 of two analogs of triclosan were determined against Plasmodium falciparum chloroquin-sensitive strain, 3D7. The number of parasites on thin Giemsa stained smears was calculated microscopically. IC50 determined by comparing paracitemia parasite growth in the presence of compound with that of control without compound. The analog compounds, enantiomer mixture resulted by either (DHQ)2PHAL or (DHQD)2PHAL showed a higher antimalarial activity than triclosan (IC50 2,72 x 10-2 M), with IC50 3,38 x 10-5 M and 2,82 x 10-5 M, respectively."

"Malaria merupakan salah satu penyakit yang menyebabkan korban jutaan jiwa setiap tahun. Plasmodium falciparum Enoyl Acyl Carrier Protein Reductase (PfENR) adalah enzim yang berperan dalam perkembangan parasit malaria. Pada saat ini telah ditemukan berbagai pengobatan untuk penyakit malaria di dunia, terutama di Indonesia, pengobatan yang telah banyak manfaatnya bagi masyarakat, seperti pada penggunaan obat konvensional maupun tradisional. Seiring perkembangan teknologi, khususnya pada pada bidang ilmu farmasi, metode virtual screening atau penapisan virtual mulai dikembangkan. Jenis penapisan in silico yang akan dilakukan dalam penelitian ini adalah penapisan berbasis struktur dengan menggunakan Basis Data dari A Directory of Useful Decoy (DUD) dan menggunakan program Autodock mendapatkan parameter optimum pada Grid Box 80 x 80 x 80 serta nilai EF 1% sebesar 55,5, EF 10% sebesar 7,2 dan EF 20% sebesar 3,29 dengan AUC ROC sebesar 0,927.

---

Malaria is one of diseases that annually emerge millions victim. Plasmodium Falciparum Enoyl Acyl Carrier Reductase (PfENR) is an enzyme target that important for growth of the malaria parasite. Recently, there were a malaria treatment, especially in Indonesia, which has many medical benefits for society, such as the use of conventional and traditional medicine. In a row with the development of technology, especially in classfier for pharmaceutical sciences, virtual screening methods or virtual screening was developed. The chosen in silico screening in this experiment is structure-based screening by using a database from the A Directory of Useful decoys (DUD) and using the program AutoDock, obtain optimum parameters on Grid Box 80 x 80 x 80 and the EF 1% at 55, 5, 10% at 7.2 EF and EF of 3.29 with a 20% AUC ROC of 0.927."

"Alzheimer merupakan penyakit neurodegeneratif yang dapat disebabkan oleh penumpukan plak tanda penuaan pada otak dan mempengaruhi kerja neuron sehingga neuron menjadi kurang sensitif terhadap respon selular. Penelitian terdahulu menemukan bahwa enzim BACE1 berperan penting dalam proses pembentukan plak tanda penuaan sehingga dapat menjadi target pengobatan penyakit Alzheimer. Pada penelitian ini, dilakukan penapisan virtual senyawa dari basis data tanaman obat Indonesia sebagai inhibitor BACE1 menggunakan Autodock dan Autodock Vina yang divalidasi menggunakan basis data A Directory of Useful Decoys: Enhanced (DUD-E). Validasi dilakukan terhadap kedua peranti lunak menggunakan parameter Enrichment Factor, Receiver Operating Characteristics, dan Area Under Curve. Kesimpulan dari validasi adalah ukuran grid box yang digunakan pada Autodock yaitu grid 30x30x30 dan 11,25x11,25x11,25 pada Vina (setelah penyetaraan unit). Nilai EF 1% dan AUC grid 30 pada Autodock adalah 7,74 dan 0,73, sedangkan pada Vina adalah 4,6 dan 0,77. Berdasarkan hasil penapisan virtual, diperoleh 6 peringkat teratas senyawa menggunakan Autodock (energi ikat kkal/mol -7,84 ~ -8,79) yaitu Azadiradione, Cylindrin, Lanosterol, Sapogenin, Simiarenol, dan Taraxerol. Hasil penapisan virtual pada Autodock Vina memberikan 7 senyawa peringkat teratas (energi ikat kkal/mol -8,8 ~ -9,4) yaitu Bryophyllin A, Diosgenin, Azadiradione, Sojagol, Beta amyrin, Epifriedelinol, dan Jasmolactone C. Hanya Azadiradione yang memberikan hasil penapisan virtual pada kedua peranti lunak dan berinteraksi dengan daerah aktif BACE1 pada residu Trp 76 dari Autodock dan Thr 232 dari Autodock Vina.

---

Lzheimer's is a neurodegenerative disease that can be caused by buildup of plaque signs of aging in the brain and affect the work of neurons so neurons become less sensitive to cellular responses. Research previously found that the BACE1 enzyme plays an important role in the process Plaque formation is a sign of aging so that it can become a treatment target Alzheimer's disease. In this study, virtual screening of compounds from database of Indonesian medicinal plants as using BACE1 inhibitors Autodock and Autodock Vina are validated using A database Directory of Useful Decoys: Enhanced (DUD-E). Validation is carried out against both software uses Enrichment Factor, Receiver Operating Characteristics, and Area Under Curve.

Conclusion of validation is the size of the grid box used in Autodock, which is a 30x30x30 and grid 11,25x11,25x,25,25 for Vina (after equalization unit). EF value of 1% and AUC grid 30 in Autodock is 7.74 and 0.73, while in Vina it is 4.6 and 0.77. Based on the results of virtual screening, obtained the top 6 compounds using Autodock (kcal / mol binding energy -7.84 ~ -8.79) namely Azadiradione, Cylindrin, Lanosterol, Sapogenin, Simiarenol, and Taraxerol. Screening results virtual on Autodock Vina provides 7 top-ranked compounds (binding energy kcal / mol -8.8 ~ -9.4) namely Bryophyllin A, Diosgenin, Azadiradione, Sojagol, Beta amyrin, Epifriedelinol, and Jasmolactone C. Only Azadiradione provide virtual screening results on both software and interact with BACE1 active area on Trp 76 residue from Autodock and Thr 232 from Autodock Vina."

"Beberapa penelitian menunjukkan bahwa antagonis Adenosin A2A mengurangi fluktuasi motorik, diskinesia, melindungi dari kelainan neurodegeneratif pada penyakit Parkinson di dalam otak manusia yang bersifat progresif kronis dengan hilangnya neuron dopaminergik. Tujuan dari penelitian ini adalah menemukan senyawa herbal Indonesia sebagai inhibitor Adenosin A2A dengan menggunakan metode penapisan virtual.Pada penelitian ini, dilakukan penapisan virtual senyawa dari basis data tanaman herbal Indonesia sebagai antagonis Adenosin A2A menggunakan AutoDock dan AutoDock Vina yang divalidasi menggunakan basis data Directory of Useful Decoys: Enhanced DUD-E. Metode ini divalidasi dengan menggunakan parameter Enrichment Factor EF dan Area Under Curve AUC dengan kurva Receiver Operating Characteristics ROC.Berdasarkan hasil validasi, grid box yang digunakan untuk penapisan menggunakan AutoDock adalah grid box 60 x 60 x 60 dengan nilai EF1 sebesar 16,5869 dan AUC 0,8406. Terdapat dua senyawa Chitranone dan 3-O-Methylcalopocarpin dengan energi ikatan ndash;10,19 dan -9,55 kkal/mol, masing-masing menunjukkan interaksi dengan situs aktif Adenosin A2A pada residu ALA63, ILE66, ALA81, LEU85, PHE168, GLU169, MET177, TRP246, LEU249, ASN253, dan ILE274. Penelitian ini menyimpulkan bahwa Chitranone dan 3-O-Methylcalopocarpin dapat diusulkan untuk dikembangkan sebagai antagonis Adenosin A2A.

---

Previous research found that Adenosine A2A antagonist allows to reduce motor fluctuations, dyskinesia, protect from neurodegenerative disorder in Parkinsons disease in the human brain which is chronic progressive of losing dopaminergic neurons. The aim of this study is to explore Indonesian herbal compounds as Adenosine A2A inhibitor using virtual screening method.

In this study, virtual screening of Indonesian herbal database as Adenosine A2A inhibitor was done by AutoDock and AutoDock Vina and was validated by database from A Directory of Useful Decoys Enhanced DUD E. The method was validated by Enrichment Factor EF and Area Under Curve AUC of Receiver Operating Characteristics ROC curve. Based on the validation results, grid box that was used in virtual screening using AutoDock is 60 x 60 x 60 with EF1 16.5869 and AUC 0.8406.

The two compounds Chitranone and 3 O Methylcalopocarpin with binding energy 10.19 and 9.55 kcal mol, respectively showing interaction with Adenosine A2A active site at residues ALA63, ILE66, ALA81, LEU85, PHE168, GLU169, MET177, TRP246, LEU249, ASN253, and ILE274. This study conclude that Chitranone and 3.O Methylcalopocarpin could be proposed to be developed as Adenosine A2A antagonist."

"Kanker adalah suatu penyakit dimana sel tubuh bersifat abnormal dan tumbuh secara tidak terkontrol yang bisa meluas dan menyebar ke setiap bagian di tubuh manusia. Ditemukan ekspresi berlebih procaspase-3 pada beberapa kanker yang harus diaktivasi menjadi Caspase-3 agar dapat menginduksi apotosis pada sel. Pada penelitian ini, dilakukan penapisan virtual senyawa dari basis data tanaman herbal Indonesia sebagai aktivator Procaspase-3 menggunakan peranti lunak Autodock dan Autodock Vina. Penelitian ini divalidasi menggunakan parameter Enrichment Factor EF, Receiver Operating Characteristics ROC gunakan Autodock diperoleh sepuluh senyawa terbaik dengan energi ikatan-8,28 -9,31 kkal/mol dan menggunakan Autodock Vina diperoleh sepuluh senyawa terbaik dengan energi ikatan -8,1 -8,8 kkal/mol. Didapatkan dua senyawa yang beririsan pada kedua peranti lunak, yaitu Betulinic acid dan Maslinic acid. Betulinic acid berinteraksi dengan residu dengan Leu136A, Lys137A, Tyr195A, dan Pro201 pada Autodock dan Autodock Vina. Sedangkan Maslinic acid berinteraksi pada residu Leu136A, Lys137A, dan Pro201 pada Autodock dan Autodock Vina.

---

Cancer is a disease where body cell being abnormal and grow uncontrolled which can spread to every part of human body. Previous research found excessive expression of Procaspase 3 on cancer that must be activated to Caspase 3 in order to induce apoptotic in cells. In this research, virtual screening of Indonesian Herbal Database as Procaspase 3 activator was performed using Autodock and Autodock Vina software. This research was validated using Enrichment Factor EF , Receiver Operating Characteristics ROC, and Area Under Curve AUC parameters. Results of virtual screening using Autodock obtained the best ten compounds with binding energy 8,28 9,31 kcal mol and Autodock Vina obtained the best ten compounds with binding energy 8,1 8,8 kcal mol. Both virtual screening software showed two compounds in common, which is Betulinic Acid, and Maslinic acid. Betulinic acid interacts with residue Leu136A, Lys137A, Tyr195A, and Pro201 in Autodock and Autodock Vina. While Maslinic acid interacts with residue Leu136A, Lys137A, and Pro201 in Autodock and Autodock Vina."

"Angka parasit dan angka limpa yang biasanya digunakan untuk menentukan keadaan penyakit malaria di suatu daerah mempunyai beberapa kendala. terutama bila diaplikasi di daerah hiper atau holoendemi dimana faktor kekebalan turut memegang peranan penting. Karena itu diparlukan cara lain untuk menutupi kekurangan tsb, misalnya dengan melakukan pemeriksaan seroepidemiologi. Pada penelitian ini dilakukan pemeriksaan seroepidemiologi. 616 serum penduduk berbagai daerah endemi (meso-hiper-holo) diberbagai desa, kecamatan Mimika Timur, Fak-Fak, Irian Jaya, dengan menggunakan antigen stadium skizon P.falciparum yang dikultur secara in vitro sesuai dengan metode Trager & Jansen. Hasilnya menunjukkan 84.1% (5187616) penduduk yang diperiksa mengandung zat anti skizon P.falciparum. Hubungan antara zat anti ini dengan malariometri: yaitu parasitemia menunjukkan bahwa titer positif rata-rata pada kelompok tampa parasitemia lebih tinggi dibandingkan dengan kelompok dengan parasitemia (Mann-WhitneY, P=0.0419), sebaliknya titer positif rata-rata pada kelompok dengan splenomegali lebih tinggi dibandingkan dengan kelompok tanpa splenomegali (Mann--Whitney, P=0.0126). Sadangkan berdasarkan tingkat endemisitas, ditemukan perbedaan bermakna baik angka seropositi.f maupun titer positif rata-rata antara desa meso dengan hiperendemik (chi-square, p=0.00000 ; Kruskal-Wallis, p=0.0000) dan antara: meso dengan holoendemik (chi-square, p=0.0000 ; Kruskal--Wallie, p=0.0000)."

"Malaria merupakan salah satu infeksi parasit yang menjadi permasalahan di dunia. Tidak adanya vaksin yang efektif dan strain Plasmodium yang resisten terhadap obat antimalaria menunjukkan pentingnya untuk adanya pengembangan agen kemoterapi baru. Metode yang saat ini sedang banyak dikembangkan adalah pencarian obat antimalaria dengan menggunakan penapisan in silico atau dikenal pula dengan nama virtual screening. Salah satu enzim yang berperan dalam perkembangan parasit malaria adalah Plasmodium falciparum Enoyl Acyl Carrier Protein Reductase (PfENR). Inhibisi pada enzim tersebut akan menyebabkan biosintesis lemak tipe II pada parasit akan terhenti. Pada penelitian kali ini dilakukan penapisan in silico menggunakan perangkat lunak GOLD untuk mencari kandidat inhibitor PfENR dengan menggunakan ligan yang terdapat pada database Tanaman Obat di Indonesia. Pada perangkat lunak GOLD dilakukan penambatan molekuler antara ligan dengan makromolekul target yaitu PfENR. Target ini telah dioptimasi dengan penghilangan residu dan penambahan muatan. Ligan diharapkan dapat menjadi inhibitor PfENR. Berdasarkan hasil dari penapisan in silico ini terdapat 5 kandidat senyawa inhibitor yang diharapkan dapat dikembangkan sebagai obat antimalaria. Senyawa tersebut yaitu Kaempferol 3-rhamnosyl-(1-3)-rhamnosyl-(1-6)-glucoside, Cyanidin 3,5-di-(6-malonylglucoside), 8-Hydroxyapigenin 8-(2'',4''-disulfatoglucuronide), Epigallocatechin 3,5,-di-O-gallate, dan Quercetin 3,4'-dimethyl ether 7-alpha-L-Arabinofuranosyl-(1-6)-glucoside dengan kisaran GoldScore dari 80,6236 sampai 100,4109.

---

Malaria is one of problematic infectious diseases worldwide. The absence of an effective vaccine and the spread of drug resistant strains of Plasmodium clearly indicate the necessity for the deveploment of new chemotherapeutic agents. Recent method being developed is searching a new drug of antimalarial using in silico screening, or also known as virtual screening. One of enzyme target that important for growth of the malaria parasite is Plasmodium falciparum Enoyl Acyl Carrier Protein Reductase (PfENR). Inhibition of this enzyme cause the fatty acid biosynthesis type II will be terminated. In this research, in silico screening was performed using GOLD software to find inhibitor candidates of PfENR by using ligands from the database of Medicinal Plants in Indonesia. On the GOLD software moleculer docking experiments were performed between ligands and macromolecule target PfENR. This target that has been optimized with residue removal and charges addition. Ligand is expected to be the PfENR inhibitors. Based on the results obtained from the in silico screening there were 5 inhibitor candidates which expected to be developed as an antimalarials. These compounds were Kaempferol 3-rhamnosyl-(1-3)-rhamnosyl-(1-6)-glucoside, Cyanidin 3,5-di-(6-malonylglucoside), 8-Hydroxyapigenin 8-(2'',4''-disulfatoglucuronide), Epigallocatechin 3,5,-di-O-gallate, and Quercetin 3,4'-dimethyl ether 7-alpha-L-Arabinofuranosyl-(1-6)-glucoside with the GoldScore ranged from 80.6236 to 100.4109."

"HIV-1 adalah subtipe virus penyebab penyakit AIDS, penyakit yang dinilai paling berbahaya karena tingkat mortalitas, morbiditas, dan laju infektivitas yang tinggi. Kemunculan strain HIV mutan menyebabkan pengobatan yang sejauh ini mentarget enzim protease dan reverse transcriptase menjadi kurang efektif. Pada penelitian ini dilakukan penapisan virtual senyawa dari basis data tanaman obat Indonesia sebagai inhibitor HIV-1 integrase menggunakan AutoDock dan AutoDock Vina yang divalidasi menggunakan basis data A Directory of Useful Decoys (DUD). Optimasi dilakukan dengan pemilihan ukuran grid, jumlah kalkulasi dan penambahan molekul air serta atom magnesium sebagai kofaktor. Dari penelitian ini, disimpulkan bahwa ukuran grid box terbaik adalah 57 x 57 x 57 menggunakan AutoDock Vina dengan nilai EF dan AUC masing-masing 3,93 dan 0,693. Terdapat 3 molekul air yang memiliki makna dalam penambatan molekuler di sekitar kantung ikatan. Berdasarkan hasil penapisan diperoleh 10 peringkat senyawa terbaik menggunakan AutoDock Vina yaitu, Kasuarinin, Mirisetin 3-O-(2'',6''-di-O-α-ramnosil)-β-glukosida, 5,7,2',4'-Tetrahidroksi-6,3'-diprenilisoflavon 5-O-(4''-ramnosilramnosida), Mirisetin 3-robinobiosida, Sianidin 3-[6-(6-ferulilglukosil)-2-xilosilgalaktosida], Mesuein, Sianidin 7-(3-glukosil-6-malonilglukosida)-4'-glukosida, Kaemferol 3-[glukosil-(1->3)-ramnosil-(1->6)-galaktosida], 3-O-Galoilepikatekin-(4-β->8)-epikatekin-3-O-galat, dan Kuersetin 4'-glukoronida.

---

HIV-1 is virus that causes AIDS, a disease that is considered the most dangerous because of the high mortality, morbidity, and infectivity. The emergence of mutant HIV strains have led that treatment to target protease, reverse transcriptase and integrase enzyme becomes less effective. In this study, virtual screening Indonesian herbal database as inhibitors of HIV-1 integrase is done using AutoDock and AutoDock Vina and validated using a database of the Directory of Useful Decoys (DUD). Optimization is done by selecting the grid size, the number of calculations and the addition of two water molecules and an magnesium atom as cofactor. From this study, it is concluded that the best size of the grid box is 57 x 57 x 57 using AutoDock Vina with EF and AUC values, 3.93 and 0.693, respectively. There are three important water molecules that have meaning in molecular docking around binding pocket. Based on this study, top ten ranked compounds were obtained using AutoDock Vina. The compounds are Casuarinin, Myricetin-3-O-(2'',6''-di-O-α-rhamnosyl)-β-glucoside, 5,7,2',4'-Tetrahydroxy-6,3'-diprenylisoflavone 5-O-(4''-rhamnosylrhamnoside), Myricetin 3-robinobioside, Cyanidin 3-[6-(6-ferulylglucosyl)-2-xylosylgalactoside], Mesuein, Cyanidin 7-(3-glucosyl-6-malonylglucoside)-4'-glucoside, Kaempferol 3-[glucosyl-(1->3)-rhamnosyl-(1->6)-galactoside], 3-O-Galloylepicatechin-(4-βà8)-epicatechin-3-O-gallate, and Quercetin 4'-glucuronide."