Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Sepsis merupakan suatu penyakit sistemik yang dapat disebabkan oleh translokasi bakteri. B. animalis subsp. lactis merupakan salah satu bakteri yang berpotensi dalam mencegah translokasi bakteri. Gen grpE merupakan salah satu target spesifik dalam mendeteksi B. animalis subsp. lactis. Penelitian bertujuan untuk mengoptimasi primer dengan target gen grpE untuk kurva standar, mengetahui hubungan konsentrasi primer terhadap nilai Ct, serta mengetahui sensitivitas dan spesifisitas primer. Isolat diisolasi dari sampel feses bayi menggunakan metode fenol-kloroform. Pasangan Primer dirancang berdasarkan sekuens gen grpE B. animalis subsp. lactis (NZ_ABOT01000010.1) menggunakan program Primer3. Optimasi primer dilakukan menggunakan lima konsentrasi berbeda,yaitu 50/50 nM, 100/100 nM, 300/300 nM, 500/500 nM, dan 1.000/1.000 nM.Hasil penelitian menunjukkan bahwa pasangan primer F_HNO19_grpE dan R_HNO19_grpE dengan konsentrasi 1.000/1.000 nM menghasilkan kurva standar yang optimal dengan efisiensi dan koefisien korelasi (R2) masing-masing sebesar 99,095% dan 0,971. Berdasarkan uji sensitivitas dan spesifistas, pasangan primer F_HNO19_grpE dan R_HNO19_grpE konsentrasi 1.000/1.000 nM dapat mengamplifikasi DNA target sampai dilusi 10-5 , tetapi spesifisitasnya hanya sampai dilusi 10-2. Konsentrasi primer tidak berkorelasi terhadap nilai Ct. Pasangan primer F_HNO19_grpE dan R_HNO19_grpE dapat digunakan untuk kuantifikasi B. animalis subsp. lactis dengan kisaran nilai Ct sebesar 15,74--33,89.

---

Sepsis is a systemic disease that can be caused by bacterial translocation. B. animalis subsp. lactis is one of the bacteria that has the potential to prevent the bacterial translocation. grpE gene is a specific target in the detection of B.animalis subsp. lactis. The research aims to optimize primer pair with target gene grpE for generating standard curve, to know the correlation between primer concentration and Ct value, and to know the primer sensitivity and specificity. Isolates were isolated from infant stool samples using phenol-chloroform method. Primer pair is designed based on B. animalis subsp. lactis grpE gene sequence (NZ_ABOT01000010.1) using the Primer3 program. The primer optimization is done using five different concentrations, which are 50/50 nM, 100/100 nM,300/300 nM, 500/500 nM, and 1.000/1.000 nM. The results showed that the primer pair F_HNO19_grpE and R_HNO19_grpE with 1.000/1.000 nM concentration can be used to generate an optimal standard curve with efficiency and correlation coefficient (R2) each by 99.095% and 0.971. Based on sensitivity and specificity test, primer pair F_HNO19_grpE and R_HNO19_grpE with 1.000/1.000 nM concentration can amplify DNA targets up to 10-5 dilution, but its specificity is only up to 10-2 dilution. Primer concentration and DNA samples with different concentrations were not correlated to the Ct value. F_HNO19_grpE and R_HNO19_grpE primer pair can be used for quantification of B. animalis subsp. lactis with a range of Ct values of 15.74 to 33, 89."

"Translokasi bakteri merupakan perpindahan bakteri dari usus ke sistem sirkulasi yang dapat menyebabkan sepsis. B. animalis subsp. lactis mencegah translokasi melalui adhesi epitel usus dan regulasi anti-inflamatori. Penelitian bertujuan mengoptimasi primer dengan target gen groEL pada B. animalis subsp. lactis [ABOT01000006] untuk kurva standar, mengetahui hubungan konsentrasi primer terhadap nilai Ct, serta mengetahui sensitivitas dan spesifisitas primer. Primer F_HNO19_groEL dan R_HNO19_groEL dirancang menggunakan program Primer3 lalu disejajarkan menggunakan Primer BLAST . Optimasi menggunakan konsentrasi primer berbeda, meliputi 50/50 nM, 100/100 nM, 300/300 nM," "500/500 nM, dan 1.000/1.000 nM. Isolat DNA diisolasi dari sampel feses bayi sehat menggunakan metode fenol-kloroform. Pasangan primer dengan konsentrasi 1.000/1.000 nM menghasilkan kurva standar optimal dengan efisiensi sebesar 93,82% dan R2sebesar 0,99. Hubungan konsentrasi primer terhadap nilai Ct pada 5 sampel DNA dengan konsentrasi berbeda tidak berkorelasi (p>0,05). Semua konsentrasi primer secara bermakna tidak memiliki perbedaan rata-rata nilai Ct (p =1,00). Pasangan primer dengan konsentrasi 50/50 nM – 1.000/1.000 nM menghasilkan kisaran Ct 8--35 sehingga dapat digunakan untuk kuantifikasi B. animalis subsp. lactis pada sampel feses secara optimal. Uji sensitivitas pasangan primer dengan konsentrasi 300/300 nM dapat mengamplifikasi DNA B. animalis subsp. lactis sampai dilusi 10-5, tetapi spesifisitasnya hanya sampai dilusi 10 .-4.

---

Bacterial translocation is the transfer of bacteria from the intestine into the circulation system which can lead to sepsis. B. animalis subsp. lactis prevents translocation through adhesion to the intestinal epithelium and anti inflammatory regulation. The research aims to optimize the primer with groEL as a target gene in B. animalis subsp. lactis [ABOT01000006] for generating the standard curve, to determine the relationship of the primer concentration with the Ct values, as well as knowing the sensitivity and specificity of the primers. Primer pairs (F_HNO19_groEL and R_HNO19_groEL) had been designed with Primer3 software and aligned with Primer BLAST. Primer optimization used different primer concentrations, such as 50/50 nM, 100/100 nM, 300/300 nM, 500/500 nM, and 1.000/1.000 nM. DNA is isolated from the healty infants fecal by phenol- chloroform method. The primer pair with concentration of 1.000/1.000 nM gives optimal result for the standard curve with the efficiency value = 93,82% and R2 value = 0,99. There is no correlation between primer concentration with Ct value at 5 different concentration of the DNA (p>0,05). All primer concentration have no significant differences in the average Ct values (p = 1,00). Primer pairs with concentration of 50/50 nM – 1.000/1.000 nM gives Ct value between 8--35, so primer pairs can be used optimally for quantification B. animalis subsp. lactis in fecal samples. The sensitivity of primer with concentration of 300/300 nM can optimally amplify the B. animalis subsp. lactis to 10 -5 dilution, but the specificity is only up to 10-4 dilution."

"Gen recA merupakan gen salinan tunggal dan mampu membedakan organisme sampai tingkat subspesies sehingga lebih spesifik dan akurat dalam pendeteksian Bifidobacterium animalis subsp. lactis. Penelitian bertujuan untuk mendapatkan konsentrasi primer yang optimal untuk membuat kurva standar, mengetahui hubungan antara konsentrasi primer dengan nilai Ct pada beberapa sampel DNA dan mengetahui sensitivitas dan spesifisitas primer terhadap DNA target untuk kuantifikasi Bifidobacterium animalis subsp. lactis dengan quantitative Real-time PCR. Isolat DNA berasal dari sampel feses bayi yang diisolasi dengan metode fenol-kloroform. Pasangan primer dirancang berdasarkan sekuens gen recA B. animalis subsp. lactis (NZ_ABOT01000001) menggunakan Primer 3. Beberapa konsentrasi pasangan primer F_HN019_recA dan R_HN019_recA yang digunakan dalam penelitian, antara lain 50/50 nM, 100/100 nM, 300/300 nM, 500/500 nM, dan 1000/1000 nM. Hasil penelitian menunjukan konsentrasi primer paling optimal untuk membuat kurva standar ialah 1000/1000 nM dengan efisiensi (95,20%) dan R2 (0,998). Konsentrasi primer dan sampel DNA tidak berkorelasi terhadap nilai Ct. Pasangan primer dengan konsentrasi 300/300 nM dapat mengamplifikasi DNA target dengan sensitif sampai dilusi 10-5 , namun spesifik hanya sampai dilusi 10-3. Kesimpulan dari penelitian menunjukkan bahwa primer F_HN019_recA dan R_HN019_recA dengan konsentrasi 50/50 nM -- 1000/1000 nM mampu mengkuantifikasi B. animalis subsp. lactis secara optimal.

---

The recA gene is a single copy gene and is able to distinguish organisms up to the subspecies levels that are more specific and accurate in the detection of Bifidobacterium animalis subsp. lactis. The research aimed to obtain the optimal primer concentrations to create a standard curve, to determine the correlation between primer concentration with Ct value of several DNA samples and determine primer sensitivity and specificity to the DNA target for quantification of Bifidobacterium animalis subsp. lactis by quantitative Real-time PCR. DNA isolate was derived from infant fecal samples that was isolated using phenolchloroform method. Primer pair was designed based on recA gene sequence B. animalis subsp. lactis (NZ_ABOT01000001) using Primer 3. Several concentrations of primer pair R_HN019_recA and F_HN019_recA that were used in this study include 50/50 nM, 100/100 nM, 300/300 nM, 500/500 nM, and 1000/1000 nM.

The results showed the optimum primer pair concentration to create a standard curve was 1000/1000 nM with efficiency (95.20%) and R2 (0.998). Primer concentrations and DNA samples were not correlated to the Ct value. The primer pair with concentration 300/300 nM was able to amplify DNA target sensitively to dilution 10-5, but specifically only to dilution 10-3. The conclusion of this study showed that primer pair of F_HN019_recA and R_HN019_recA with concentration 50/50 nM – 1000/1000 nM are able to quantify B. animalis subsp. lactis optimally."

"Translokasi bakteri merupakan kejadian yang diinisiasi oleh adanya reaksi inflamasi pada permukaan usus dan dapat menyebabkan terjadinya sepsis. Bifidobacterium anima/is subspesies lactis merupakan salah satu bakteri probiotik yang dapat memberikan efek anti-inflamasi, sehingga dapat menghambat terjadinya translokasi bakteri. Gen dnaK merupakan sekuens penanda yang dapat digunakan untuk deteksi B. anima/is subsp. lactis. Optimasi dilakukan untuk mendapatkan pasangan primer optimal dalam kuantifikasi B. anima/is subsp. lactis dengan metode kuantitatif Real-time PCR. Isolat DNA diisolasi dari sampel feses bayi menggunakan metode fenol-kloroform. Pasangan primer dirancang berdasarkan sekuen gen dnaK B.ani malis subsp.lacti s [ABOTO1000010.1] menggunakan program pri mer3. Optimasi primer dilakukan menggunakan 5 konsentrasi berbeda, yaitu 50/50, 100/100, 300/300, 500/500, dan 1.000/1.000 nM. Konsentrasi optimal pasangan primer F_HN019_dnaK dan R_HN019_dnaK untuk kurva standar adalah 1.000/ 1.000 nM dengan nilai efisiensi 95.397% dan R2 0,998. Konsentrasi pasangan primer 50/50--1.000/1.000 nM dapat digunakan untuk kuantifikasi DNA target dengan kisaran nilai Ct sebesar 16,13--31,89. Konsentrasi primer dan DNA sampel tidak berpengaruh dan berkorelasi terhadap nilai Ct. Konsentrasi sampel DNA target terkecil yang dapat terkuantifikasi dengan baik oleh pasangan primer F_HN019_dnaK dan R_HN019_dnaK 300/ 300 nM sampai dilusi 10-4 Pasangan primer F_HN019_dnaK dan R_HN019_dnaK dapat dikembangkan untuk kuantifikasi B. anima/is subsp. lactis dalam sampel feses bayi pada kejadian sepsis.

---

Bacterial translocation is an event that is initiated by the presence of an inflammatory reaction at the surface of the intestine and can lead to sepsis. Bifzdobacterium anima/is subspecies lactis is a probiotic bacterium that can provide anti-inflammatory effect, so as to prevent the occurrence of bacterial translocation. dnaK is a marker gene sequences that can be used for detection of B. anima/is subsp. lactis. Optimization is performed to obtain optimal primer pair in quantifying B. anima/is subsp. lactis by the method of real-time quantitative PCR. Isolate DNA were isolated from infant feces samples using phenol­ chloroform method. Primer pairs designed based on gene sequences B.anima/is subsp.lactis dnaK f ABOTO1000010.11 using primer3 program. The primary optimization is done using 5 different concentrations, namely 50/50, 100/100, 300/300, 500/500, and 1.000/1.000 nM. F HN019 dnaK optimal primer pair concentrations and R HN019 dnaK for standard curve were 1,000 I 1,000 nM with 95,397% efficiency values and R2 0.998. 50/50--1.000/1.000 nM concentration of primer pairs can be used for quantification of the target DNA with a range of Ct values of 16.13 to 31, 89. Primer concentration and DNA samples have no effect and relation with the Ct value. The smallest concentration of the target DNA sample that can be quantified well by F_HN019_dnaK and R HN019 dnaK primer pair 300/300 nM is up to dilution 10-4 R HN019 dnaK F_HN019_dnaK primer pairs can be developed for the quantification of B. anima/is subsp. lactis in fecal samples of infants on the incidence of sepsis."

"Bifidobacterium merupakan salah satu anggota mikrobiota dalam saluran pencernaan manusia, terutama pada bayi. Namun demikian, pengaruh breast-fed dan formula-fed pada perkembangan Bifidobacterium dalam mikrobiota usus bayi telah menjadi subyek dari banyak penelitian dan sering memberikan hasil yang bertentangan. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengetahui pengaruh breast-fed eksklusif dan formula-fed terhadap proporsi spesies Bifidobacterium dalam sampel feses bayi. Suatu studi kohort prospektif dari 80 bayi sehat, terbagi menjadi dua kelompok berdasarkan jenis makanan, yaitu kelompok 1 (n = 40) menerima susu formula X yang mengandung Bifidobacterium animalis subsp. lactis HN019 (B. lactis, DR10TM) dan LCPUFA , dan kelompok 2 (n = 40) yang menerima ASI eksklusif. DNA diekstraksi dari sampel feses yang diambil pada saat perekrutan (V0) dan setelah usia 3 bulan (V3). Kuantifikasi dari DR10 dan beberapa spesies Bifidobacterium yang umum terdeteksi dalam feses bayi (B. longum, B. breve, dan B. catenulatum) dilakukan dengan menggunakan 7500 Fast Real-time Quantitative PCR dengan SYBR Green [Applied Biosystems], dengan target daerah internal transcribed spacer (ITS) gen 16S-23S rRNA. Proporsi Bifidobacterium secara bermakna (p = 0,010) meningkat pada kelompok 2, dengan median 37,8 (0,0-94,9) % pada V0 dan 51,6 (15,6-98,4) % pada V3. Namun demikian, tidak terdapat perbedaan proporsi Bifidobacterium diantara kedua kelompok, baik pada V0 (p = 0,551) maupun V3 (p = 0,204). Proporsi DR10 pada V3 secara bermakna lebih tinggi pada kelompok 1 (p = 0,009) dengan rerata 4,88 (11,45) % dibanding kelompok 2 dengan rerata 0,00 (0,00) %. Tidak ada perbedaan bermakna dalam proporsi B. longum, B. breve, dan B. catenulatum antara kelompok 1 dan kelompok 2, baik pada V0 maupun V3. Hasil tersebut menunjukkan bahwa terdapat kemiripan proporsi Bifidobacterium di antara kelompok breast-fed dan formula-fed, khususnya untuk B. longum, B.breve, dan B. catenulatum.

---

Bifidobacteria is one of the microbiota present in the human gastrointestinal tract, especially in infants. However, the influence of breast-feeding and formula-feeding on the development of Bifidobacteria in the infant gastrointestinal tract microbiota has been the subject of numerous studies that have often yielded conflicting results. The purpose of this study was to determine the influence of either exclusive breast-fed or formula-fed on the proportion of the Bifidobacteria species in infants. A prospective cohort study of 80 full term, healthy infants, formed into two groups based on the type of feeding, group 1 (n = 40) received an infant formula X containing Bifidobacterium animalis subspecies lactis HN019 (B. lactis, DR10TM) and LCPUFA, while group 2 (n = 40) were exclusively breast-feeding. DNA extracted from the faecal samples taken at the time of enrollment (V0) and the 3 months of age (V3). Quantification of the DR10 and the species of Bifidobacteria commonly detected in the faeces of infants (B. longum, B. breve, and B. catenulatum) was carried out using 7500 Fast Real-time Quantitative PCR with SYBR Green [Applied Biosystems], targeting the internal transcribed spacer region of 16S-23S rRNA gene. The proportion of Bifidobacteria were significantly increased in group 2 (p = 0.010), with a median 37.8 (0.0 to 94.9) % at V0 and 51.6 (15.6 to 98.4) % at V3. However, there is no difference in the proportion of Bifidobacteria between the two groups, both in V0 (p = 0.551) and V3 (p = 0.204). The proportion of DR10 in V3 was significantly higher in group 1 (p = 0.009) with a mean 4,88 (11,45) % than in group 2 with a mean 0 (0,00) %. No significant difference in the proportion of B. longum, B. breve, and B. catenulatum between group 1 and group 2, both in V0 and V3. In conclusion, there is a similarity of the proportion of Bifidobacteria in the breast-fed and formula fed infants, especially B. longum, B.breve, and B. catenulatum"

"Kasus kontaminasi daging haram seperti babi hutan (Sus scrofa) dan babi domestik (Sus scrofa domesticus) dalam makanan yang beredar di Indonesia menyebabkan perlu dilakukannya verifikasi halal. Pengaplikasian real-time PCR telah mempermudah proses verifikasi halal untuk mendeteksi kandungan DNA babi sebab metode tersebut memiliki tingkat sensitivitas yang tinggi. Studi analisis sekuensing gen 12S rRNA terdahulu menunjukkan bahwa gen 12S rRNA dapat membedakan spesies hewan yang berkerabat dekat sehingga gen tersebut memiliki potensi sebagai gen target dalam studi deteksi halal. Namun, adanya kekurangan pada desain primer pada studi deteksi halal sebelumnya mendorong perlu dilakukannya penelitian lebih lanjut terkait potensi primer gen 12S rRNA sebagai dasar pengembangan halal kit. International Organization of Standardization (ISO) telah menetapkan metode standar untuk deteksi babi, yaitu ISO/TS 20224-3:2020(E) menggunakan primer Porcine-97 bp sebagai primer standar yang spesifik terhadap gen ACTB pada Sus scrofa. Penelitian ini bertujuan untuk merancang primer spesifik terhadap gen 12S rRNA Sus scrofa, menganalisis sensitivitas dan spesifisitas primer rancangan dalam mendeteksi gDNA babi, serta mengevaluasi potensi primer rancangan untuk dijadikan sebagai primer alternatif dalam deteksi halal. Penelitian ini dilakukan dengan merancang primer menggunakan gen 12S rRNA sebagai gen target. Primer 12S rRNA (SS12S-120bp) divalidasi dengan menganalisis spesifisitas secara in silico dan menguji sensitivitas primer menggunakan metode real-time PCR. Analisis perbandingan kualitatif antara primer 12S rRNA dengan primer ACTB ISO juga telah dilakukan. Uji sensitivitas dan linieritas dilakukan dengan melakukan dilusi bertingkat terhadap gDNA babi pada konsentrasi 10.000, 1000, 100, 10, 5, dan 1 pg/uL sebanyak 2 replikat. Hasil validasi spesifisitas in silico menunjukkan bahwa primer 12S rRNA (forward: 5’-GGT CCT GGC CTT TCT ATT AAT TCT TAA-3’; reverse: 5’-CCG TTA TAG GTG TGC TTG ATA CC-3’; dan probe: 5’-[FAM]-CCC GGT GAG AAT GCC CTC CAG ATC-[BHQ1]-3’) bersifat spesies spesifik terhadap gen 12S rRNA Sus scrofa. Analisis qPCR menunjukkan bahwa primer 12S rRNA dapat mendeteksi gDNA babi hingga konsentrasi paling rendah, yaitu 1 pg/uL dengan suhu 56 derajat celcius sebagai suhu optimal annealing primer. Nilai efisiensi dan nilai linieritas yang diperoleh adalah 85% dan 0,995. Berdasarkan analisis perbandingan yang telah dilakukan, dapat disimpulkan bahwa primer 12S rRNA bersifat lebih sensitif dan spesies spesifik dalam mendeteksi gDNA babi dibandingkan dengan primer ACTB ISO.

---

Cases of haram meat contamination such as wild boar (Sus scrofa) and domestic pig (Sus scrofa domesticus) in foods circulating in Indonesia cause the need for halal verification. The application of real-time PCR has facilitated halal verification process to detect the content of pig DNA down to the smallest concentration. The 12S rRNA gene has previously been used in several species identification studies and is known to have potential as a target gene in halal detection studies. However, some deficiencies in the primer design from the previous research prompted the need for further research regarding the potential of the 12S rRNA gene primers as the basis for halal kit development. ISO/TS 20224-3:2020(E) has established primer Porcine-97 bp as the standard primer used to detect the ACTB gene in Sus scrofa. This study aims to design a specific primer for the 12S rRNA Sus scrofa gene, analyze the sensitivity and specificity of the designed primer in detecting pig gDNA, and evaluate the potential of the designed primer to serve as an alternative primer for halal detection. This research was done by designing primers using Sus scrofa 12S rRNA gene as the target gene. Designed 12S rRNA primers (SS12S-120bp) was validated by analyzing in silico specificity and primer sensitivity test using real-time PCR method. Qualitative comparisons between 12S rRNA and ACTB ISO primers was also analyzed. Sensitivity test was carried out by conducting serial dilution of porcine gDNA at 10,000, 1000, 100, 10, 5, and 1 pg/uL in duplicates. In silico specificity results showed that the designed 12S rRNA primer (forward: 5’-GGT CCT GGC CTT TCT ATT AAT TCT TAA-3’; reverse: 5’-CCG TTA TAG GTG TGC TTG ATA CC-3’; and probe: 5’-[FAM]-CCC GGT GAG AAT GCC CTC CAG ATC- [BHQ1]-3’) was species specific to 12S rRNA Sus scrofa gene. qPCR analysis showed that 12S rRNA primer could detect pig gDNA down to the lowest concentration of 1 pg/uL at 56 degree celcius as its optimum annealing temperature. The efficiency and linearity value obtained was 85% and 0,995. Based on the conducted qualitative comparison analysis, it can be concluded that primer 12S rRNA is more sensitive and species specific in detecting pig gDNA compared to ACTB ISO primer."

"Pandemi Coronavirus Disease 2019 (COVID-19) terjadi akibat cepatnya penyebaran Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus-2 (SARS-CoV-2) sehingga membutuhkan uji yang cepat dan tepat. Real-time polymerase chain reaction(real-time PCR) menggunakan sampel swab nasofaring merupakan standar baku emas, namun sifatnya yang invasif dan tingginya risiko aerosolisasi menjadi kekurangan sampel swab nasofaring. Saliva dinilai dapat menjadi sampel alternatif dalam uji deteksi COVID-19 karena proses koleksi yang tidak invasif, risiko aerosolisasi rendah, serta dapat dilakukan tanpa kontak langsung dengan tenaga kesehatan. Oleh karena itu, tujuan penelitian ini adalah 1) mengevaluasi potensi saliva dalam uji deteksi COVID-19 menggunakan metode real-time PCR dan gen deteksi Envelope (E) serta RNA-dependent RNA polymerase (RdRp), 2) membandingkan hasil real-time PCR sampel swab nasofaring dengan sampel saliva untuk mendapatkan nilai diagnostik, serta 3) mengetahui pengaruh penyimpanan saliva pada suhu -80°C selama tiga dan enam bulan terhadap nilai cycle threshold (Ct) dari real-time PCR yang dilakukan. Metode yang dilakukan meliputi isolasi RNA dengan QIAamp Viral RNA mini kit, kuantifikasi RNA dengan spektrofotometer, amplifikasi dengan real-time PCR, serta analisis data. Hasil real-time PCR menunjukkan bahwa gen E dan RdRp terdeteksi pada 45 dari 128 sampel dengan rentang nilai Ct 14,953—34,8509 dan rata-rata 24,98. Nilai diagnostik yang dihasilkan berupa nilai sensitivitas sebesar 87,2%, spesifisitas 95,1%, positive predictive value (PPV) 91,1%, dan negative predictive value(NPV) 92,8%. Saliva yang disimpan dalam suhu -80°C menunjukkan nilai Ct yang tidak berbeda secara signifikan setelah 3 dan 6 bulan penyimpanan. Kesimpulan penelitian adalah saliva dapat digunakan sebagai sampel alternatif dalam deteksi COVID-19 dengan metode real-time PCR dan gen deteksi E serta RdRp menggunakan sampel yang disimpan selama 3 dan 6 bulan tanpa buffer di suhu -80°C meskipun belum memenuhi kriteria standar WHO.

---

The Coronavirus Disease 2019 (COVID-19) pandemic occurred as a result of the rapid spread of Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus-2 (SARS-CoV-2) thus requiring rapid and appropriate testing. Real-time polymerase chain reaction (real-time PCR) using nasopharyngeal swab samples is the gold standard, but its invasive nature and high risk of aerosolization is a shortage of nasopharyngeal swab samples. Saliva is considered to be an alternative sample in the COVID-19 detection test because the collection process is non-invasive, has a low risk of aerosolization, and can be done without direct contact with health workers. Therefore, the aims of this study were 1) to evaluate the potential of saliva in the COVID-19 detection test using the real-time PCR method and the Envelope (E) detection gene and RNA-dependent RNA polymerase (RdRp), 2) to compare the results of real-time PCR nasopharyngeal swab samples with saliva samples to obtain diagnostic value, and 3) to determine the effect of storing saliva at -80°C for three and six months on the cycle threshold (Ct) value of the real-time PCR performed. The methods used included RNA isolation with the QIAamp Viral RNA mini kit, RNA quantification with a spectrophotometer, amplification with real-time PCR, and data analysis. Real-time PCR results showed that the E and RdRp genes were detected in 45 of 128 samples with a Ct value range of 14.953-34.8509 and an average of 24.98. The resulting diagnostic value was a sensitivity value of 87.2%, a specificity of 95.1%, a positive predictive value (PPV) of 91.1%, and a negative predictive value (NPV) of 92.8%. Saliva stored at -80°C showed Ct values that were not significantly different after 3 and 6 months of storage. The conclusion of the study is that saliva can be used as an alternative sample in detecting COVID-19 with the real-time PCR method and detecting E and RdRp genes using samples stored for 3 and 6 months without buffer at -80°C even though they do not meet WHO standard criteria."

"Kendala utama dalam diagnosis penyakit tuberkulosis (TB) paru di Indonesia adalah sulitnya pengeluaran sputum sebagai spesimen diagnostik dari pengidap TB paru, terutama pada kelompok anak dan lansia. Pengembangan spesimen alternatif, seperti urine, sangat dibutuhkan untuk meningkatkan notifikasi kasus TB paru pada subjek yang belum terdiagnosis secara optimal. Penelitian ini mengevaluasi potensi urine pada 60 sampel terkonfirmasi TB paru positif, sebagai studi kasus-kontrol dengan subjek yang memiliki kondisi target. Tujuan penelitian ini meliputi evaluasi multiplex polymerase chain reaction (PCR), untuk mendeteksi gen ESAT6, IS6110, dan MPT64, serta real-time PCR untuk deteksi gen ESAT6 dalam menunjang diagnosis TB paru. Selain itu, penelitian ini diharapkan dapat menggambarkan nilai sensitivitas masing-masing metode dan gen diagnostik yang digunakan. Metode penelitian meliputi preparasi sampel urine, isolasi DNA, kuantifikasi DNA, amplifikasi DNA (multiplex PCR dan real-time PCR), elektroforesis DNA, dan analisis data. Hasil evaluasi menunjukkan kemurnian total DNA yang diisolasi dari urine berdasarkan A260/A280   (Mean 3,08  SD 1,08). Evaluasi multiplex PCR dengan gen deteksi ESAT6, IS6110, dan MPT64 memberikan nilai sensitivitas sebesar 68,3% (41/60), dan real-time PCR dengan gen deteksi ESAT6 sebesar 71,67% (43/60). Nilai sensitivitas real-time PCR diperoleh dengan ketentuan limit of detection (LOD) sebesar 13,04 kopi/μl. Nilai sensitivitas kedua metode tersebut menunjukkan bahwa urine dapat menjadi spesimen alternatif untuk pendeteksian Mycobacterium tuberculosis (Mtb) secara molekuler.

---

The main obstacle in the diagnosis of pulmonary tuberculosis (TB) in Indonesia is the difficulty of extracting sputum, as a diagnostic specimen for people with pulmonary TB, especially in the group of children and the elderly. The development of alternative specimens, such as urine, is urgently needed to increase the notification of pulmonary TB cases in subjects who have not been diagnosed optimally. This study evaluated the urine potency of 60 samples of confirmed positive pulmonary TB, as a case-control study with subjects with the target condition. The objectives of this study include the evaluation of multiplex polymerase chain reaction (PCR), to detect the ESAT6, IS6110, and MPT64 genes, as well as real-time PCR to detect the ESAT6 gene in supporting the diagnosis of pulmonary TB. In addition, this study is expected to describe the sensitivity value of each diagnostic method and gene used. Research methods include urine sample preparation, DNA isolation, DNA quantification, DNA amplification (multiplex PCR and real-time PCR), DNA electrophoresis, and data analysis. The evaluation results showed the total purity of DNA isolated from urine based on A260/A280   (Mean 3,08  SD 1.08). Evaluation of multiplex PCR with ESAT6, IS6110, and MPT64 detection genes gave a sensitivity value of 68,3% (41/60), and real-time PCR with ESAT6 detection genes of 71,67% (43/60). Real-time PCR sensitivity value was obtained with the limit of detection (LOD) of 13,04 copies/μl. The sensitivity values of both methods indicate that urine can be an alternative specimen for molecular detection of Mycobacterium tuberculosis."