Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Nanopore DNA Sequencing adalah metode untuk menganalisa susunan nukleotida yang terdapat dalam suatu untaian DNA. Sebelum melewati lubang nanopore, untaian ganda pada DNA dipisahkan menjadi untaian tunggal DNA. Untaian tunggal DNA kemudian mengalami tekanan fisik yang menyebabkan untaian tunggal DNA tersebut terpotong menjadi potongan-potongan untaian tunggal DNA. Potongan-potongan untaian tunggal DNA tersebut akan dibaca oleh nanopore. Setelah itu, nanopore menghasilkan himpunan oligonukleotida yang kemudian akan dianalisa untuk mendapatkan barisan utuh DNA. Pada makalah ini, dibahas mengenai cara menentukan susunan barisan utuh DNA dari himpunan oligonukleotida yang dihasilkan oleh nanopore dengan pendekatan teori graf.

---

A Nanopore DNA Sequencing is a method for determining the order of nucleotides that occur on a strand of DNA. Before passing through the nanopore, double helix of DNA will be split into single strand DNA. Physical stresses break the single strand DNA into subsequences single strand DNA. Futhermore, this subsequences will be read by the nanopore. After that, nanopore produces set of oligonucleotides that will be analyzed to get the complete DNA strand. This research, gives a method in determing the complete DNA strand from the set of oligonucleotides that is produced by nanopore."

"Summary:Chemistry, Seventh Edition provides the necessary practice, support, concept mastery and individualized instruction that ensure success in the General Chemistry course."

"Barisan DNA dapat diartikan sebagai permutasi dari empat kode basa DNA yaitu A, T, G, dan C. Pada hasil sekuensing DNA, kadang kala ada basa DNA yang sulit terbaca dengan jelas apakah A, T, G, atau C. Untuk mengatasi masalah ini, maka diberikan kode-kode lain yang merupakan probabilitas munculnya A, T, G, atau C pada setiap kode basa DNA. Sehingga secara keseluruhan terdapat kode basa DNA yang dapat dibentuk dari kode A, T, G, dan C. Enam belas kode basa DNA yang telah terbentuk dapat dinyatakan dalam quaternion berbentuk. Dengan menggunakan perkalian titik antara keenambelas kode basa DNA tersebut, diperoleh matriks skoring. Matriks skoring dibutuhkan pada pensejajaran barisan DNA untuk memberikan skor kecocokan atau ketidakcocokan antara dua kode basa DNA. Algoritma pensejajaran barisan DNA yang diimplementasikan pada penelitian ini adalah Algoritma Needleman-Wunsch untuk pensejajaran global dan Algoritma Smith-Waterman untuk pensejajaran lokal, algoritma ini diimplementasikan menggunakan bahasa pemrograman berbasis open source (Octave). Kemudian program pensejajaran yang telah dibuat diaplikasikan untuk mensejajarkan barisan DNA dari bakteri Streptococcus pneumoniae yang diambil dari pangkalan data gen (GeneBank) dengan barisan DNA hasil sekuensing dari bakteri yang diduga Streptococcus pneumoniae. Dari hasil pensejajaran, diketahui bahwa kedua barisan mempunyai kemiripan yang maksimal.

---

DNA sequence can be defined as a permutation of four DNA base codes: A, T, G, and C. From the result of DNA sequencing, sometime there were dificulties to determine whether the DNA base code of A, T, G, or C. the Probability of other DNA base codes were given to solve this umbigue of DNA sequence reading with form of DNA base code which can be obtained from base code of A, T, G, and C. Sixteen of DNA base code can be represented with a quaternion form: . The scoring matrix was obtained from those sixteen of DNA base code using a dot product method. This scoring matrix can be applied in the DNA aligmnent for match and mismatch between two DNA base code.

In this study, we applied the Needleman-Wunsch Algorithm for gobal alignment and Smith-Waterman Algorithm for local aligment using the Octave, an open soucre program. The alignment program used for DNA sequences alignment from Streptococcus pneumoniae obtained from the GeneBank and the DNA sequence obtained from sequensing result and suspected as Streptococcus pneumoniae. From this alignment, we found that two DNA sequences have maximum similarity."

"Pada skripsi ini dibahas penyejajaran tiga barisan DNA dengan penyajian secara geometris yang dinyatakan dalam tiga buah sumbu tegak pada ruang tiga dimensi. karakter barisan pertama dinyatakan pada sumbu kedua dengan arah horizontal ke belakang, dan karakter barisan ketiga dinyatakan pada sumbu ketiga dengan arah vertikal.proses penyejajaran dilakukan dengan cara memasangkan setiap karakter untuk mencari penyejajaran dengan skor maksimum. skor maksimum dari setiap penyejajaran dapat disajikan pada titik-titik koordinat dalam ruang dimensi tiga. suatu titik menyatakan keadaan skor penyejajarantiga barisan DNA yang berakhir pada suatu karakter dari barisan pertama, barisan kedua, dan barisan ketiga. proses dimulai dari titik awal (titik asal), kemudian dipilih titik selanjutnya yang memiliki skor maksimum di anatara titik-titik sekitarnya dan seterusnya sampai titik akhir."

"Salah satu masalah bioinformatika adalah masalah rekonstruksi barisan DNA dengan metode Sequencing by Hybridization (SBH). Untuk melakukan rekonstruksi barisan DNA digunakan jalur Euler yang dicari pada graf DNA. Dalam skripsi ini dibahas beberapa algoritma untuk mencari jalur Euler, berikut kompleksitas algoritmanya, dan penggunaanya dalam SBH. Secara umum algoritma yang dibahas memiliki kompleksitas polinomial. Pada akhir skripsi dibahas algoritma yang dikatakan memiliki kompleksitas "linier"."

"Penyejajaran antar barisan DNA digunakan untuk melihat tingkat kemiripan dari barisan DNA tersebut. Sebagian besar metode dalam penyejajaran barisan menggunakan pendekatan program dinamik. Salah satu metode yang sering digunakan adalah metode Needleman-Wunsch. Pada metode Needleman-Wunsch semua karakter pada barisan-barisan tersebut disejajarkan sehingga dapat terlihat kemiripan dari barisan-barisan DNA tersebut. Metode yang digunakan dalam tugas akhir ini tidak menyejajarakan seluruh karakter dari barisan-barisan DNA. Metode ini hanya menyejajarkan pasangan segmen dari dua barisan DNA. Hasil dari metode ini adalah pasangan segmen dari dua barisan DNA yang memiliki kemirian paling besar."

"Pengulangan dalam barisan DNA terjadi apabila terdapat sub untaian yang muncul lebih dari satu kali. Dalam pembentukan barisan DNA, terjadinya pengulangan dapat menghalangi pembentukan barisan yang unik. Banyaknya kemungkinan pembentukan barisan DNA bergantung pada pola pengulangan pada barisan DNA tersebut. Untuk setiap bentuk pengulangan DNA, banyaknya kemungkinan pembentukan barisan DNA dapat dihitung dengan bantuan digraf tereduksi dari digraf DNA. Sedangkan pola pengulangan barisan DNA dikarakterisasikan dengan menggunakan graf pola utama. Untuk barisan DNA dengan n pengulangan, bentuk pengulangan DNA yang dihasilkan dihitung sehingga akan menghasilkan k-cara pembentukan. Pada skripsi ini dibahas kemungkinan pembentukan barisan DNA dengan pengulangan menggunakan k-cara pembentukan, dengan 1 k 8."