Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Resistansi terhadap oseltamivir yang baru-baru ini dialami oleh virus pandemik 2009 menjadi masalah utama sejak munculnya resisten pada virus tersebut. Mutasi H274Y pada framework neuraminidase menyebabkan oseltamivir resisten terhadap strain H1N1. Penelitian ini bertujuan memodifikasi oseltamivir sebagai penghambat neuraminidase dalam melawan virus influenza A subtipe H1N1. 1232 ligan oseltamivir modifikasi dirancang berdasarkan sifatsifat residu asam amino pada sisi katalitik neuraminidase. Molekul-molekul ligan dan oseltamivir dan zanamivir sebagai ligan standar didocking berdasarkan pada energi terendah sebagai energi pengikatan dan interaksi ikatan pada sisi katalitik. Interaksi tiga ligan terbaik dievaluasi pada keadaan terhidrasi menggunakan simulasi dinamika molekul pada dua temperatur. Hasil docking menunjukkan ligan AD3BF2D (N-[(1S,6R)-5-amino-5- {[(2R,3S,4S)-3,4-dihydroxy-4-(hydroxymethyl) tetrahydrofuran-2-yl]oxy}-4- formylcyclohex-3-en-1-yl]acetamide-3-(1-ethylpropoxy)-1-cyclohexene-1-carboxylate) memiliki energi pengikatan dan interaksi yang lebih baik dibandingkan ligan standar. Energi pengikatan yaitu -7,8885 kkal/mol dan memiliki 10 ikatan hidrogen sebagai interaksi terhadap sisi katalitik neuraminidase. Ligan AD3BF2D memiliki interaksi yaitu ikatan hidrogen dengan residu sisi katalitik sebagai afinitas ligan AD3BF2D terhadap neuraminidase pada simulasi dinamika molekul. Pada akhir simulasi temperatur 300 K terbentuk ikatan hidrogen dengan Glu278. Pada akhir simulasi temperatur 312 K terbentuk ikatan hidrogen dengan Glu278, Arg293, dan Arg293. Perbedaan konformasi enzim selama simulasi menunjukkan pengaruh adanya pelarut dan inhibitor. Hasil diatas menunjukkan bahwa ligan AD3BF2D dapat digunakan sebagai kandidat penghambat neuraminidase untuk melawan virus influenza A subtipe H1N1.

---

The emergence of oseltamivir resistance 2009 pandemic virus remains a major concern, since widespread oseltamivir resistance has been observed in seasonal H1N1 viruses recently. The H274Y neuraminidase mutation on the framework residue confers oseltamivir resistance on the currently circulating H1N1 strain. This research is focused on modification of oseltamivir functional groups as neuraminidase inhibitor to against influenza A virus subtype H1N1. 1232 oseltamivir modified ligands were designed base on properties of amino acid residues in catalytic site of neuraminidase. All molecules and oseltamivir as standard ligands were docked based on the lowest energy as the binding energy and the interaction binding to the catalytic site were analyzed. Three of the best ligands interaction were evaluated in the hydrate state using molecular dynamics simulations at two different temperatures. The docking result showed that AD3BF2D ligand (N-[(1S,6R)-5-amino-5-{[(2R,3S,4S)-3,4- dihydroxy-4-(hydroxymethyl) tetrahydrofuran-2-yl]oxy}-4-formylcyclohex-3-en-1- yl]acetamide-3-(1-ethylpropoxy)-1-cyclohexene-1-carboxylate) has better values than oseltamivir as standard. Binding energy is -7.8885 kcal/mol and able to form 10 hydrogen bonds to the catalytic site of neuraminidase. AD3BF2D has interaction to form hydrogen bond with residue in catalytic site as the affinity of AD3BF2D ligand to the neuraminidase in molecular dynamics simulation. At the end simulation temperature of 300 K hydrogen bond was formed with Glu278 and at the end simulation temperature of 312 K three hydrogen bonds were formed with Glu278, Arg293 and Arg293. Different conformation of enzymes which occur during simulation showed the dynamic behaviour of the presence of solvent and inhibitor. The results show that AD3BF2D ligand can be used as the candidate of neuraminidase inhibitor to against influenza A inhibitor virus subtype H1N1."

"Salah satu industri yang direncanakan pada Kawasan Industri Maritim Kabupaten Tanggamus adalah industri galangan kapal. Galangan kapal ini direncanakan memiliki kapasitas di atas 50000 DWT. Alokasi area untuk galangan kapal ini adalah 750000 m2 yang akan digunakan untuk menunjang fasilitas pembangunan dan reparasi kapal. Penelitian kali ini menghasilkan empat klasifikasi fasilitas untuk pembangunan kapal yang dibutuhkan oleh galangan ini yaitu; Building berth, main and warehousing production, support production, dan lifting and transfer facility. Tata letak dari fasilitas pembangunan kapal untuk galangan ini didapatkan melalui metode systematic layout planning dengan alokasi area seluas 116.400 m2. Tipe dari tata letak ini adalah fix production layout dan pola aliran S-Shaped.

---

One industry that is planned at the Maritime Industrial Cluster Tanggamus is the shipbuilding industry. The shipyard is planned to have a capacity of over 50,000 DWT. Allocations for shipyard area is 750,000 m2 which will be used by the shipbuilding and repair facilities.The facility for the new building of ships required by this shipyard is : building berth, main production and warehousing, production support, and lifting and transfer facility. The layout of the facility's new building of ships for the shipyard obtained through systematic layout planning method with the use of area 116.400 m2. This type of layout is fixed layout and production flow pattern S-Shaped."

"Pada perencanaan pembangunan Kawasan Industri Maritim di Tanggamus terdapat 4 jenis golongan industri yang saling berkaitan mendukung industri inti yaitu industri perkapalan. Salah satunya adalah industri pendukung. Industri pendukung menyediakan material yang kemudian diolah lagi oleh galangan untuk membangun kapal. Material plat sebagai bahan pembuat utama bangunan baru seringkali mengalami keterlambatan dalam pengadaannya karena berbagai faktor. Untuk pembangunan tahap 1 selama 5 tahun ke depan, kebutuhan aliran material plat per tahun untuk 1 galangan besar, menengah dan kecil adalah 46.000 ton/tahun. Untuk memenuhi kebutuhan tersebut, dibutuhkan 1 industri fabrikasi dengan luas 1.81 Ha. Dengan dibangunnya industri pendukung di KIM, aliran rantai pasok material dapat dipersingkat, jarak pengiriman menjadi 1/23 dibandingkan dengan tanpa pembangunan industri fabrikasi dan mengurangi kemungkinan hambatan yang ada. Mutu dari kualitas material juga lebih terjaga karena industri lebih fokus dan proses produksi dapat berlangsung terus menerus.

---

In the development of Maritime Industrial Cluster in Tanggamus there are 4 types of industries that are connected each other to support shipyards as the core industry. One of them is the supporting industry. Supporting industries provide the materials that will be processed by shipyards to build ships. Due to several factors, delays often occur in shipping plates as the main material to build ships.

For the first stage development in 5 years, the material needs for one large capacity shipyards, medium capacity shipyards and small capacity shipyards is approximately 46.000 tons per year. To fulfil the needs, one fabrication industry with area of 1.81 Ha is needed to be build. With the existence of fabrication industry in Maritime Industrial Cluster, the supply chain flow of materials can be shorten, the shipping distance become 1/23 of the conventional one. It also decreases the chances of obstacles that can be happen. The industry also become more focus in preserving the quality of material and the production process can be occured continuously."

"Dalam mendukung kemajuan industri perkapalan, pemerintah telah membuat beberapa program. Salah satu program tersebut dimuat dalam Peraturan Menteri Perindustrian Republik Indonesia Nomor : 124/M-IND/PER/10/2009 tentang Peta Panduan (Road Map) Pengembangan Klaster Industri Perkapalan. Klaster industri perkapalan dinilai dapat meningkatkan produktivitas industri perkapalan nasional karena program ini memiliki konsep mengumpulkan industri-industri penunjang yang berperan dalam industri perkapalan, sehingga galangan yang dibangun dapat bersifat galangan non fabrikasi. Salah satu klaster industri perkapalan yang penulis coba memberikan gagasan adalah kawasan industri maritim kabupaten Tanggamus yang dirancang memiliki galangan non fabrikasi. Dari sistem pembangunan galangan seperti itu akan memiliki beberapa keuntungan, diantaranya lahan yang dibutuhkan untuk galangannya sendiri akan lebih kecil karena tidak adanya bengkel fabrikasi. Selain itu, kawasan khusus fabrikasi yang lebih terpusat bisa memproduksi bahan-bahan untuk dipakai di seluruh galangan di Tanggamus (tidak khusus hanya untuk satu galangan) sehingga proses produksi dapat terus berjalan. Keuntungan lainnya adalah dengan pembangunan seperti itu diharapkan masyarakat sekitar juga dapat ikut serta sebagai SDM sehingga program tersebut turut memajukan kesejahteraan masyarakat sekitar.

---

The government has made several programs to support the progress of shipbuilding industry. One of the programs published in ?Peraturan Menteri Perindustrian Republik Indonesia Nomor : 124/M-IND/PER/10/2009? about the road map of shipbuilding industrial cluster. The shipbuilding industrial cluster is considered to increase the productivity of national shipbuilding industry because it has the concept of colecting the supporting industry that play a role in shipbuilding industry, so that the shipyard that built can be the non-fabrication shipyard. One of the shipbuilding industrial cluster that the writer try to gives an idea of is the maritime industrial area of district Tanggamus which is planned to has non-fabrication shipyard.

Of shipyard development system as it would have several advantages, including the area required for the shipyard itself will be smaller because of the absence of the fabrication shop. Moreover, the special are of fabrication which is more centralized could produce materials for use in the whole shipyard in Tanggamus so the production process can continue running. Another advantage is with such development, the local residents can also be expected to participate as the human resources so that the program contribute to improved the welfare of the local residents."

"Adenilat siklase 10 merupakan suatu enzim yang berlokasi di sitosol yang berperan dalamkatalisis konversi ATP menjadi cyclic adenosine monophosphate (cAMP). Sebagai suatusecond messenger, cAMP berperan dalam pengaturan berbagai fungsi sel terutamaproliferasi dan apoptosis, termasuk pada sel kanker dalam kondisi patofisiologis. Enzimini diketahui memperparah kondisi kanker dengan meningkatkan proliferasi danmenghambat apoptosis. Hal ini menjadikan inhibisi adenilat siklase 10 menjadi salah satutarget yang dapat dimanfaatkan untuk menjadi agen terapi antikanker. Studi penelitianmenunjukkan bahwa senyawa flavonoid diketahui memiliki aktivitas pada penekananproliferasi dan induksi apoptosis. Oleh karena itu, dilakukan analisis in silico untukmendapatkan senyawa kandidat inhibitor adenilat siklase 10 dengan afinitas terbaik.Penambatan molekuler dilakukan menggunakan AutoDock 4, selanjutnya dilakukanvisualisasi interaksi hasil penambatan menggunakan LigPlot dan PyMOL. Parameteroptimisasi yang diperoleh untuk penambatan molekuler adenilat siklase 10 adalahmenggunakan grid box 40x40x40 unit dengan energi evaluasi 2.500.000 (medium).Berdasarkan hasil penambatan, flavonoid amentoflavone merupakan kelompok senyawaterbaik dengan afinitas ikatan tertinggi, yang mana tujuh dari delapan senyawanyamemiliki energi ikatan pada rentang -10,00 kkal/mol hingga -11,50 kkal/mol. Selain itu,sepuluh senyawa flavonoid yang direkomendasikan adalah yang memiliki energi ikatanpada rentang -10,00 kkal/mol hingga -11,50 kkal/mol. Dapat disimpulkan bahwasenyawa-senyawa tersebut adalah senyawa potensial yang dapat dijadikan kandidat obatinhibitor adenilat siklase 10.

---

Adenylyl cyclase 10 is an enzyme located in cytosol that plays a role in catalysis of ATP

to cyclic adenosine monophosphate (cAMP). As a secondary messenger, cAMP

physiologically regulates various cell functions especially proliferation and apoptosis,

including cancer cells in pathophysiological condition. This enzyme is known to worsen

the condition of cancer by increasing the proliferation and inhibiting the apoptosis. Hence,

the inhibition of adenylyl cyclase 10 is one of the targets that can be used to become an

anticancer therapy agent. Research studies show that flavonoid compounds are known to

have an activity on suppression of proliferation and induction of apoptosis. Therefore, an

in silico analysis needs to be done to obtain the candidate compound of adenylyl cyclase

10 inhibitor with the best affinity. Molecular docking was done by using AutoDock 4,

then the interactions of docking results is visualized by using LigPlot and PyMOL.

Optimization parameter obtained for molecular docking of adenylyl cyclase 10 was using

40x40x40 unit grid box with 2.500.000 energy evaluation (medium). Based on the

screening results, amentoflavone is the best group of compounds with the highest affinity

bond, which is seven of its eight compunds had the binding energy in the range of -10,00

kcal/mol to -11,50 kcal/mol. Other than that, the most ten recommended flavonoid

compounds are those with the lowest binding energy in the range of -10,00 kcal/mol to -

11,50 kcal/mol. These compounds are the potential compounds that can be used as

adenylyl cyclase 10 inhibitor drug candidates."

"Perkembangan mutasi virus yang sangat cepat menyebabkan beberapa obat antiviral sudah mulai mengalami proses resistensi terhadap virus tersebut. Oleh karena itu diperlukan untuk mencari pengobatan baru di dalam mengatasi infeksi virus tersebut. RNA-dependent RNA polymerase (RdRp), yang terdiri atas polymerase A, B1, dan B2, mempunyai peranan terhadap proses replikasi dan transkripsi pada virus. Interaksi yang terjadi antara polymerase A dan B1 merupakan daerah target obat potensial baru yang sedang mulai dikembangkan. Pemilihan peptida sebagai kandidat obat karena disebabkan oleh aktifitas dan selektifitas peptida yang cukup baik. Penentuan sequence asam amino peptida berdasarkan pada sifat permukaan dari interaksi antara polymerase A dan B1. Residu asam amino pada ligan peptida dirancang berdasarkan pada hasil analisis secara in vivo terhadap residu asam amino polymerase PB1 yang memiliki peranan terhadap interaksi ikatan pada PA. Residu asam amino tersebut merupakan penyusun dari 48 asam amino polymerase B1 pada posisi N-terminal. Sebanyak 12 asam amino awal pada polymerase B1 memberikan kontribusi terhadap interaksi pengikatan terhadap polymerase A. Residu asam amino tersebut digunakan sebagai penyusun ligan peptida. Pembentukkan siklisasi disulfida pada peptida bertujuan untuk meningkatakan kestabilan dari peptida tersebut. Hasil perancangan ligan peptida siklis didapatkan sebanyak 1728 ligan kandidat obat. Simulasi molecular docking dan dynamics dilakukan dengan menggunakan software MOE 2008.10. Analisis simulasi docking dilakukan terhadap energi bebas ikatan, ikatan hidrogen, kontak residu, dan analisis drug scan berdasarkan aturan Lipinski. Simulasi molecular dynamics dilakukan untuk melihat interaksi kompleks enzim di dalam keadaan terhidrasi. Selain itu melihat pengaruh konformasi kompleks enzim terhadap kehadiran molekul pelarut. Stabilitas konformasi enzim dapat dilihat dari hasil perhitungan perubahan nilai RMSD terhadap waktu simulasi. Berdasarkan pada hasil molecular docking dan dynamics, hanya terdapat dua ligan peptida siklis yang dapat berinteraksi dengan polymerase A dan B1 (PAC-PB1N). Ligan tersebut adalah ligan CKTTC dan CKKTC.

---

The influenza A virus is evolving fast, some drug resistance strains are emerging. Thus, it is critical to seek potential alternative treatments. The viral RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) in influenza A virus consisting of three subunits, PA, PB1, and PB2, has crucial roles in viral replication and transcription. The highly conserved PB1 binding site on PA can be considered as a potential target for the development of new anti-influenza drugs. Peptides are preferable for designing inhibitors because of its high activity and specificity.

In this work, the peptide ligands were designed based on the same characteristic with molecular surface of the crystal structure PAC and PB1N. Molecular surface of the crystal structure PAC-PB1N had the hydrophobic pockets. The N-terminal 48 amino acids of PB1, termed domain α, contain the residues required for binding PA. The first 12 amino acids of PB1 were found to constitute the core of the interaction interface. We made combination from the first 12 amino acids of PB1 to become peptide. We cyclized our peptide ligands by S-S disulfide bridge in order to increase its stability. 1728 cyclopentapeptide inhibitors have already designed in this study.

We used MOE 2008.10 software for the molecular docking and dynamics simulation. The docking method was performed to carry out enzyme-inhibitor binding interactions, free energy binding, estimated Ki values and five Lipinski rules. The molecular dynamics simulation was performed to know solvation effect into complex enzyme-ligand, and also to understand the interactions within the inhibitor and the enzyme's binding sites. RMSD was calculated to know the stabilty of complex enzyme. Conformational changes of enzymes which occur during molecular dynamics simulation showed the dynamicization of an enzyme in the presence of solvent and inhibitor. Based on the docking and dynamics simulation result, only two cyclopentapeptide, namely CKTTC and CKKTC, could be proposed as a potential inhibitor to the interaction polymerase A and B1 (PAC-PB1N) in A/2009(H1N1) virus."

"ABSTRAKSalah satu industri yang direncanakan pada Kawasan Industri Maritim Kabupaten Tanggamus adalah industri galangan kapal. Galangan kapal ini direncanakan memiliki kapasitas pembangunan hingga 150.000 DWT. Alokasi area untuk galangan kapal ini adalah 750000 m2 yang akan digunakan untuk menunjang fasilitas pembangunan kapal.Penelitian kali ini menghasilkan Penerapan metode IHOP (Integrated Hull Outfitting Painting) di galangan non fabrikasi Kabupaten Tanggamus yang akan memangkas waktu produksi dan meningkatkan hasil produksi kapal. Dimana sistem IHOP ini tidak membutuhkan ruang untuk bengkel blasting dan painting karena dari segi waktu akan terbuang hanya untuk proses mobilisasi baik dari bengkel assembly ke bengkel blasting dan painting atau sebaliknya. Efek domino dari waktu adalah masalah ekonomi yang akan menghambat pekerjaan lainnya dan juga mengurangi produktivitas galangan.

---

ABSTRACT

Dock industry is a projected industry in Marine Industrial Area, Tanggamus City. This dock is planned to have building capacity until 150,000 DWT. Area that is allocated for this dock is 750000 m2 to support boat building.

This research resulted IHOP (Integrated Hull Outfitting Painting) system implementation in Tanggamus non fabrication dock that will reduce production time and increase boat production. IHOP system that is implemented does not need any space for blasting and painting garage because it will only wasting time for mobilization process whether from assembly to blasting and painting garage or viceversa. The domino effect of time is economic problem that will hamper another work and decrease dock productivity."

"Klaster industri perkapalan merupakan salah satu cara yang dinilai bisa menjadi solusi terhadap permasalahan galangan nasiona seperti delivery time Salah satu wilayah yang dinilai potensial untuk dijadikan lokasi pengembangan klaster industri perkapalan adalah kabupaten Tanggamus Skripsi ini membahas perencanaan pengembangan klaster industri perkapalan di kabupaten Tanggamus berdasarkan peraturan nomor 124 M IND PER 10 2009 tentang peta panduan pengembangan klaster industri perkapalan yang dikeluarkan oleh Kementerian Perindustrian Republik Indonesia Penelitian ini dibatasi hanya pada perancangan tata letak kawasan industri perkapalan berdasarkan kondisi geografis dan RTRW 2011 2013 kabupaten Tanggamus serta target produksi galangan sesuai dengan peta panduan yang telah dibuat oleh Kementrian Perindustrian dan potensi pasar galangan nasional menggunakan program AutoCad 2010.

---

Shipping cluster development is one of solution to solve problem of shipyard in Indonesia such as delivery time This study examines planning of shipping cluster development in Tanggamus based on Ministry of Industry rsquo s rule number 124 M IND PER 10 2009 about road map shipping cluster development This study limited on layout planning of shipping industry area based on geographical and RTRW 2011 2031 of Tanggamus and target of shipyard adapted to rule number 124 M IND PER 10 2009 and market potencial of shipyard in Indonesia AutoCad 2010 is used to design the layout."