Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui keragaman genetik lima spesies ikan cupang menggunakan DNA mitokondria 16S rRNA sebagai DNA target. Amplifikasi daerah 16S rRNA dilakukan menggunakan primer 16S rRNA forward dan 16S rRNA reverse. Hasil elektroforesis produk PCR menunjukkan bahwa daerah 16S rRNA lima spesies ikan cupang berukuran 500?600 bp. Berdasarkan hasil alignment sekuens sampel, menunjukkan bahwa terdapat keragaman genetik dari kelima spesies ikan cupang. Analisis filogenetik menggunakan metode Neighbor Joining (NJ), menunjukan kekerabatan lima spesies ikan cupang. Betta unimaculata, Betta pallifina, dan Betta strohi yang merupakan spesies dari Kalimantan berkerabat dekat dibandingkan dengan Betta bellica dan Betta imbellis yang berasal dari Sumatera. Kekerabatan spesies ikan cupang yang berasal dari Kalimantan dan Sumatera cukup jauh, yaitu ditunjukkan dengan perbedaan percabangan dalam pohon filogenetik.

---

This study aims to determine the genetic variation of five species Betta fish using mitochondrial DNA 16S rRNA as the DNA target. The primer set of 16S rRNA forward and 16S rRNA reverse were used to amplify the 16S rRNA region. Gel electrophoresis result showed that the size of 16S rRNA of those Betta fish were 500?600 base pair. Based on sequence alignment result that showed genetic diversity of five spesies Betta fish. Phylogenetic analysis by Neighbor Joining (NJ) method showed a genetic relationship or kinship of five spesies Betta fish. Betta unimaculata, Betta pallifina, and Betta strohi from Kalimantan are related more closely compared to Betta imbellis and Betta bellica from Sumatera. Kinship of Betta fish from Kalimantan is far enough with Betta fish from Sumatera, that indicated by the difference in the cluster of phylogenetic tree."

"Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui keragaman genetik dan kekerabatan ikan cupang menggunakan sekuens Cytochrome Oxidase I. Keragaman genetik diketahui menggunakan sekuens Cytochrome Oxidase I. Amplifikasi Cytochrome Oxidase I dilakukan menggunakan primer HCO dan LCO dengan hasil sekuens yang diperoleh berukuran 680 pb. Hasil alignment sekuens menunjukkan keragaman genetik yang kurang signifikan pada B. imbellis, sedangkan pada B. pallifina, B. patoti, dan B. unimaculata menunjukkan keragaman yang cukup signifikan. Tiga spesies ikan cupang dari Kalimantan memiliki kekerabatan yang dekat. Namun demikian, kekerabatan ikan cupang dari Kalimantan dengan ikan cupang dari Sumatera cukup jauh.

---

This study aims to determine the genetic diversity and kinship of fighting fish using Cytochrome Oxidase I. Cytochrome Oxidase I is used to know the genetic diversity of fighting fish. Primer HCO and LCO were used to amplify 680 bp of Cytochrome Oxidase I. The results of sequence alignment showed less significant genetic diversity for B. imbellis, whereas B. pallifina, B. patoti, and B. unimaculata show significant diversity. Three species of fighting fish from Kalimantan are closely related. However, the kinship of fighting fish from Kalimantan with fighting fish from Sumatra are far enough."

"Kota-kota di Indonesia terintegrasi dengan keragaman dalam permukimannya, bahkan di kota-kota administratif di Jakarta terlihat adanya identitas tertentu dari masing-masing wilayah yang mempengaruhi kehidupan perkotaan. Untuk meningkatkan pengalaman dalam kehidupan perkotaan yakni dengan memiliki komunitas yang hidup berdampingan. Oleh karena itu, keberadaan kampung di dalam kota inilah yang membuat setiap dalam kecamatan memiliki hubungan saling ketergantungan yang mempengaruhi identitas dan aktivitasnya. Hubungan yang saling tergantung itu meliputi latar belakang sosial ekonomi, jaringan, gaya hidup, dan kemungkinan pengaruh dari teori place identity dan assemblage pada urban. Skripsi ini akan membahas studi kasus koeksistensi yang saling berketergantungan di lingkungan urban kampung dan kawasan elit yang berada di Tebet, Jakarta Selatan melalui sejarah, tipologi, dan aktivitas sosial-ekonomi yang bisa mengarahkan kemungkinan adanya dampak interdependensi dalam koeksistensi. Metode yang digunakan dalam tugas akhir ini adalah kajian literatur dengan observasi langsung.

---

Cities in Indonesia are integrated with diversity in their settlements, even in administrative cities in Jakarta there is a certain identity from each region that influences urban life. To enhance the experience in urban life is by having a coexisting community. Therefore, the existence of kampung within the city makes each district have a relationship of interdependence that influences their identity and activities. These interdependent relationships include socio-economic background, networks, lifestyles, and the possible influence of place identity and assemblance theories on urban areas. This thesis will discuss a case study of interdependence of coexistence within urban kampung and elite areas in Tebet, South Jakarta through history, typology, and socio-economic activities that can aim at the possibility of interdependence impacts from the coexistence. The method used in this final project is a literature review with direct observation.

"

"Research related to the diversity and conflict in Indonesia to date concludes that ethnic fractionalization, as an indicator of diversity, is positively related to the level of conflict. However, this research has not included other indicators of diversity, namely ethnic polarization, which is considered better than ethnic fractionalization in explaining conflicts, especially identity conflicts. Using the National Violence Monitoring System (NVMS) data along with 2000 and 2010 Indonesia Census data, this study found that ethnic polarization and religious fractionalization contribute to the increase of identity conflict in Indonesia. Otherwise, there is no statistical proof that validates the positive relationship between ethnic fractionalization and the identity conflict in general. Furthermore, this study also shows that the degree of heterogeneity at district level significantly reduces some aspects of social outcomes, such as trust to non co ethnics, solidarity, participation in community, and perceived safety which act as a channel through which diversity affect identity conflict.

---

Penelitian terkait dengan keberagaman dan konflik di Indonesia hingga saat ini menyimpulkan apabila fraksionalisasi etnik, sebagai indikator dari keberagaman, berhubungan positif dengan tingkat konflik. Namun, penelitian tersebut belum memasukkan indikator lain dari keberagaman, yaitu polarisasi etnik, yang dianggap lebih baik daripada fraksionalisasi etnik di dalam menjelaskan konflik, khususnya konflik identitas. Dengan menggunakan data dari Sistem Nasional Pemantauan Kekerasan dan data keberagaman dari Sensus Penduduk tahun 2000 dan 2010, ditemukan apabila polarisasi etnik dan fraksionalisasi agama, berkontribusi terhadap peningkatan konflik identitas. Sebaliknya, tidak ditemukan bukti statistik yang dapat menjelaskan hubungan antara fraksionalisasi etnik dan konflik identitas secara umum. Selain itu, studi ini juga menemukan apabila tingkat keberagaman di suatu wilayah, berpengaruh negatif terhadap beberapa keluaran modal sosial seperti kepercayaan antar-etnis, solidaritas, partisipasi di komunitas, dan perasaan aman, yang berperan sebagai saluran yang menghubungkan keberagaman dengan konflik identitas."

"Keseimbangan berbagai jenis bakteri pada kulit sangat penting dalam menjaga kesehatan kulit. Permasalahan pada kulit wajah yang muncul salah satunya disebabkan oleh disbiosis mikroba. Penelitian dilakukan untuk menganalisis keberagaman mikrobiom bakteri yang terdapat pada kulit wajah dengan kondisi pH dan kelembaban beragam. Metode analisis diversitas dengan Next Generation Sequencing 16s rRNA. Jumlah responden yang digunakan pada penelitian ini sebanyak 144 sampel. Hasil analisis pada penelitian ini ditemukan bahwa kelas filum bakteri tertinggi Actinobacterium (49,72%), Proteobacterium (29,86%) dan Firmicutes (18,64%). Pada genus Cutibacterium (41,48%), Neisseriaceae (20,29), Staphylococcus (10,16%) ditemukan terbanyak pada kulit wajah dengan nilai kondisi pH dan kelembaban berbeda. Analisis diversitas alfa dengan indeks Chao1 (p=0,05) dan Faith PD(p=0.004) menunjukan kelimpahan mikrobiom signifikan lebih tinggi ditemukan pada pH tinggi dibandingkan pH normal. Analisis diversitas Alfa pada kelembaban tidak ditemukan signifikan terhadap kelimpahan bakteri mikrobiom wajah. Hasil diversitas beta ditemukan perbedaan kelimpahan mikrobiom bakteri pada sepuluh genus tertinggi yang ditemukan pada pH normal dan pH tinggi serta kelompok kelembaban dengan sangat lembab, lembab dan kering. Kesimpulan penelitian profil genus Cutibacterium, Neisseriaceae, Staphylococcus bakteri paling banyak ditemukan pada pH tinggi dan pH normal seta kelembaban sangat lembab, lembab dan kering. Cutibacterium, Neisseriaceae dan Staphylococcus menunjukan adanya peningkatan pH kulit maka kelimpahan bakteri tersebut semakin meningkat. Pada kelembaban kulit, kelimpahan Cutibacterium dan Staphylococcus menurun seiring penurunan nilai kelembaban kulit.

---

Balancing various types of bacteria on the skin is crucial for maintaining skin health. One of the issues that arise with facial skin is caused by microbial dysbiosis. Research was conducted to analyze the diversity of bacterial microbiomes on the facial skin with varying pH and moisture conditions. The diversity analysis method used Next Generation Sequencing 16s rRNA, and the study included 144 samples. The results of this research revealed that the highest bacterial phylum classes were Actinobacterium (49.72%), Proteobacterium (29.86%), and Firmicutes (18.64%). The genera Cutibacterium (41.48%), Neisseriaceae (20.29%), and Staphylococcus (10.16%) were the most abundant on the facial skin with different pH and moisture conditions. Alpha diversity analysis using Chao1 index (p=0.05) and Faith PD (p=0.004) indicated significantly higher microbial abundance found in high pH compared to normal pH. However, there was no significant difference in alpha diversity concerning the moisture level and facial bacterial microbiome abundance. Beta diversity analysis showed differences in bacterial microbiome abundance in the top ten genera found between normal pH and high pH, as well as between moisture groups categorized as very moist, moist, and dry. In conclusion, the research profiled the genera Cutibacterium, Neisseriaceae, and Staphylococcus as the most found bacteria in high pH and normal pH conditions, as well as very moist, moist, and dry moisture levels. Cutibacterium, Neisseriaceae, and Staphylococcus showed an increase in skin pH resulting in an increase in the abundance of these bacteria. On the other hand, the abundance of Cutibacterium and Staphylococcus decreased with decreasing skin moisture levels."

"The relationships among allium L. species remain complex. Certain species belonging to the genus allium are medically and economically important and as such merit phylogenetic analysis...."

"Bacopa sp. merupakan genus tanaman air yang umumnya digunakan sebagai tanaman hias akuarium. Sekitar 60 spesies Bacopa tersebar di seluruh dunia. Namun, data molekuler dan analisis filogenetik terhadap spesies-spesies tersebut masih sangat terbatas. Studi ini dilakukan untuk mengidentifikasi tujuh spesies Bacopa menggunakan penanda molekuler dan mengetahui hubungan kekerabatan antar spesies melalui nilai jarak genetik. Sebanyak tujuh spesies Bacopa diamati secara morfologi dan diidentifikasi secara molekuler menggunakan sekuens rbcL melalui metode DNA Barcoding dan RAPD marker. Hasil amplifikasi DNA Bacopa sp. divisualisasikan pada gel agarosa dengan konsentrasi 1,5% (rbcL) dan 2% (RAPD marker). Data yang didapatkan kemudian diolah menggunakan aplikasi MEGA (rbcL) dan NTSys (RAPD marker) untuk diketahui hubungan kekerabatannya. Amplifikasi tujuh spesies Bacopa sp. menggunakan rbcL menghasilkan tujuh amplikon yang berukuran sekitar 600 bp. Selain itu, amplifikasi menggunakan delapan primer RAPD juga berhasil dilakukan pada lima spesies Bacopa sp. dan menunjukkan tingkat polimorfisme sebesar 100%. Bacopa rotundifolia dan B. myriophylloides tidak berhasil diamplifikasi oleh delapan primer RAPD karena ketidakcocokan cetakan DNA dengan primer. Analisis filogenetik berdasarkan sekuens rbcL menggunakan metode UPGMA menunjukkan bahwa tujuh spesies Bacopa memiliki rentang jarak genetik 0,000—0,024, sedangkan berdasarkan RAPD, tujuh spesies Bacopa memiliki rentang jarak genetik 0,000—0,625. Identifikasi menggunakan sekuens rbcL lebih dianjurkan karena hasil RAPD sulit untuk diinterpretasikan dan dapat menimbulkan salah tafsir.

---

Bacopa sp. is a genus of aquatic plants commonly used as aquarium ornamental plants. About 60 species of Bacopa are distributed throughout the world. However, data on molecular identification and phylogenetic analysis of this species are still limited. This study was conducted to identify seven species of Bacopa using molecular markers and determine the relationship among species through the value of genetic distance. A total of seven species of Bacopa were observed morphologically and identified molecularly using rbcL sequences through DNA barcoding and RAPD marker methods. The results of Bacopa DNA amplification were visualized on agarose gel with a concentration of 1.5% (rbcL) and 2% (RAPD marker). The data obtained then processed using the MEGA (rbcL) and NTSys (RAPD marker) applications to determine the relationship among them. Amplification of seven species Bacopa sp. using rbcL resulted in an amplicon measuring about 600 bp. In addition, amplification using eight RAPD primers was also successfully carried out on five species of Bacopa and showed a polymorphism rate of 100%. Bacopa rotundifolia and B. myriophylloides were not successfully amplified by eight RAPD primers due to a mismatch of DNA templates with primers. Phylogenetic analysis based on rbcL sequences using the UPGMA method showed that seven Bacopa species had a genetic distance range of 0.000-0.024, while based on RAPD, seven Bacopa species had a genetic distance range of 0.000-0.625. Identification using the rbcL sequence is recommended because RAPD results are difficult to interpret and can lead to misinterpretation."

"Kura-kura rote leher ular (Chelodina mccordi) merupakan spesies endemik dari Pulau Rote, yang tergolong Critivally Endangered-Possibly Extinc in the Wild (CRPEW) berdasarkan IUCN. Rendahnya kepadatan C. mccordi menjadi tantangan dalam pemantauan secara visual, sehingga dibutuhkan pendekatan molekuler sebagai metode alternatif. Namun, primer spesifik untuk C. mccordi belum pernah dikembangkan. Penelitian dilakukan dengan mengembangkan markah genetik yang menargetkan gen ND2 mtDNA pada sampel eDNA dari air melalui metode qPCRHRM, serta menguji sensitivitas dan spesifisitas primer. Bahan uji yang digunakan adalah air kolam C. mccordi, C. expansa, campuran (C. mccordi dan C. expansa), dan air keran. Hasil perancangan primer didapat panjang produk 179 bp dengan menganalisis basa unik yang hanya diekspresikan oleh C. mccordi. Analisis kualitatif dengan PCR dan visualisasi elektroforesis, serta validasi dengan sekuensing menunjukkan primer memiliki spesifisitas yang tinggi terhadap C. mccordi. Primer yang dirancang hanya mampu mengamplifikasi hingga dilusi 3 tingkat dengan faktor dilusi 10x. Efisiensi primer tergolong baik dengan nilai 100%, dan persamaan regresi linear (y= -3,32x + 34,127), serta R2 sebesar 0,9801. Analisis HRM dilakukan untuk mendeterminasi C. mccordi berdasarkan suhu luruh (80—81˚C). Hasil pengujian sensitivitas dan spesifisitas sebesar 81,25% dan 62,5% menunjukkan bahwa primer tidak direkomendasikan untuk analisis kuantitatif dengan qPCR-HRM. Pengembangan desain primer spesifik-spesies perlu dirancang kembali dengan gen target lain seperti COI dan Cyt-b untuk pendeteksian C. mccordi melalui eDNA. Meskipun demikian, primer yang dirancang tetap bisa digunakan untuk analisis kualitatif.

---

The Roti Island Snake-necked Turtle (Chelodina mccordi) is an endemic species of Roti Island, classified as Critically Endangered-Possibly Extinct in the Wild (CRPEW) according to the IUCN. The low density of C. mccordi poses a challenge for visual monitoring, necessitating a molecular approach as an alternative method. However, specific primers for C. mccordi have not been developed. The research involved the development of genetic marker targeting the ND2 mtDNA gene in eDNA samples from water using the qPCR-HRM method and testing the sensitivity and specificity of the primers. Test materials included water from C. mccordi, C. expansa, a mixture (C. mccordi and C. expansa), and tap water. The designed primer obtained a product length of 179-bp by analyzing unique bases specific to C. mccordi. Qualitative analysis with PCR and electrophoresis visualization, then validated by sequencing, showed high primer specificity for C. mccordi. The designed primers could only amplify up to a 3-level dilution with a 10x dilution factor. The qPCR reaction efficiency was considered good at 100%, with a linear regression equation (y = -3.32x + 34.127) and an R2 of 0.9801. HRM analysis was carried out to determine C. mccordi based on the melting temperature (80—81˚C). Sensitivity and specificity test results of 81.25% and 62.5% indicated that the primers are not recommended for quantitative analysis with qPCR-HRM. The redesign of species-specific primer with other target genes such as COI and Cyt-b for C. mccordi detection via eDNA is needed. Nevertheless, the designed primers can still be used for qualitative analysis."

"Beberapa spesies ikan cupang Indonesia telah diketahui mengalami ancaman kepunahan, sehingga diperlukan upaya konservasi. Upaya konservasi membutuhkan informasi atau data dasar keragaman genetik, baik berupa genotip maupun fenotip. Informasi keragaman fenotip dapat diperoleh melalui studi morfometrik dan meristik. Studi morfometrik dan meristik dilakukan pada tiga spesies ikan cupang (B. foerschi, B. pallifina, dan B. strohi) dari Pangkalan Bun, Kalimantan Tengah dan spesies pembanding B. imbellis dan B. splendens untuk memperoleh sebagian informasi mengenai keragaman fenotip ikan cupang Indonesia. Hasil yang diperoleh menunjukkan adanya keragaman fenotip yang tinggi antarspesies baik berdasarkan studi morfometrik maupun meristik. Hasil lain yang diperoleh berupa hubungan kekerabatan antarspesies yang menunjukkan bahwa B. foerschi, B. pallifina, dan B. strohi memiliki hubungan kekerabatan yang dekat dan ketiga spesies tersebut memiliki hubungan kekerabatan yang lebih jauh dengan B. imbellis dan B. splendens berdasarkan studi morfometrik.

---

Some of the Betta species in Indonesia is under threat of extinction. Therefore, conservation is needed to prevent Betta extinction from their habitats. Information or data bases about genetic diversity, either genotype or phenotype are needed for conservation. Information about phenotypic diversity can be obtained by morphometric and meristic study. The morphometric and meristic of three Betta species (B. foerschi, B. pallifina, and B. strohi) from Pangkalan Bun, Kalimantan Tengah and two other species (B. imbellis and B. splendens) are studied to obtain a part of data bases/information about phenotypic diversity of Betta fish in Indonesia. The results showed that there is significant phenotypic diversity interspecies. Furthermore, according to cluster analysis, B. foerschi, B. pallifina, and B. strohi are closely related to each other and have farther relationship with B. imbellis and B. splendens based on morphometric study."

"Penggunaan vaksin DNA untuk kasus HIV merupakan suatu usaha untuk menghasilkan respons imun humoral dan selular dalam tubuh. Membraneproximal external region (MPER) gp41 merupakan salah satu target utama untuk menginduksi antibodi netralisasi. Tetapi, MPER merupakan imunogenik lemah. Oleh karena itu, pada penelitian sebelumnya, epitop MPER disisipkan dalam situs antigenik 1 gen HA dari virus Influenza H5N1. Tujuan penelitian ini adalah untuk menilai respons antibodi spesifik MPER-gp41 pada mencit BALB/c yang diimunisasi vaksin DNA HA-MPER-1. Plasmid DNA diproduksi skala besar untuk diformulasikan dengan DMRIE-c. Perbandingan molaritas DMRIE-c dan DNA yaitu 2:1. Mencit BALB/c betina diimunisasi vaksin pcDNA3.1 HA-MPER-1 dengan dosis tunggal 50 Dg secara intramuskular. Jadwal imunisasi dilakukan pada minggu ke 2, 4 dan 6 dan sampel serum diambil sebelum masing-masing penyuntikan. Sampel serum dianalisis dengan menggunakan teknik ELISA peptida.Hasil uji statistik dengan menggunakan uji ANOVA menunjukan adanya perbedaan yang signifikan antara kelompok vaksin pcDNA3.1 wildtype, vaksin pcDNA3.1 HA-MPER-1 (p=0,014) dalam kelompok serum mencit BALB/c ke IV. Walaupun demikian, pada penelitian ini tidak ada respon antibodi spesifik MPER-gp41 pada serum mencit BALB/c yang diimunisasi vaksin DNA HAMPER-1.

---

The utilizing of DNA vaccine for HIV?s case is an effort to elicit humoral and cellular immune responses in the body. Membrane-Proximal External Region (MPER) of gp41 is one of prime target for the induction neutralizing antibodies. But MPER is weak immunogenicity. Therefore, the previous research, epitope MPER was inserted at antigenic site 1 of gene HA from virus influenza H5N1. The purpose of this research is to assess specific antibody response MPER-gp41 in BALB/c mice immunized DNA vaccine HA-MPER-1. DNA plasmid was produced in scale up to be formulated with DMRIE-c. The molar ratio of DMRIE-c and DNA is 2:1. Female BALB/c mice was immunized intramuscularly DNA vaccine pcDNA3.1 HAMPER-1 with single dose 50 Dg. The immunization schedule was carried out at week 2, 4 and 6 and serum samples were collected at before each inoculation. Serum samples were analyzed by peptide ELISA technique.The result of statistic test with ANOVA test showed that there are difference significant level between pcDNA3.1 wildtype and pcDNA3.1 HA-MPER-1 (p=0,014) in fourth serum of BALB/c mice. Although, in this research there was no specific antibody response MPER-gp41 in BALB/c mice immunized DNA vaccine HA-MPER-1."