Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"ABSTRAKPenelitian bertujuan menganalisis hubungan kekerabatan spesies-spesiesCercospora berdasarkan data sequence daerah Internal Transcribed Spacers (ITS)rDNA, gen elongation factor 1-α (EF), dan gen calmodulin (CAL); mengetahuilokus yang paling baik dalam memisahkan spesies-spesies Cercospora; danmenguji host specificity Cercospora spp. dengan tanaman inangnya. Padapenelitian ini telah dilakukan amplifikasi dan sequencing daerah ITS rDNA, genEF, dan gen CAL pada 14 spesies dari 23 strain Cercospora yang berasal dari tigafamili tanaman inang (Asteraceae, Cucurbitaceae, dan Solanaceae). Pohonfilogenetik dibangun menggunakan metode Neighbor-Joining, MaximumParsimony, dan Bayesian. Hasil penelitian menunjukkan bahwa pohonfilogenetik berdasarkan data sequence daerah ITS rDNA tidak dapat menjelaskanhubungan kekerabatan antarspesies pada genus Cercospora; sebagian besarCercospora (57 dari 61 OTU) berada dalam satu kelompok besar yang jarakcabangnya berimpit satu dengan lainnya. Pohon filogenetik berdasarkan datasequence gen EF dapat menjelaskan hubungan kekerabatan beberapa spesiesCercospora, walaupun sebagian spesies Cercospora (24 OTU) berada dalam satukelompok yang jarak cabangnya berimpit satu dengan lainnya. Pohon filogenetikberdasarkan data sequence gen CAL dapat menjelaskan hubungan kekerabatansebagian besar spesies Cercospora, jarak cabang terlihat lebih panjangdibandingkan pada pohon filogenetik berdasarkan data sequence gen EF,walaupun beberapa spesies Cercospora (16 OTU) belum dapat dipisahkan. Hasilanalisis filogenetik menunjukkan bahwa spesies-spesies Cercospora tidak dapatdipisahkan berdasarkan data sequence daerah ITS rDNA, akan tetapi sebagianspesies dapat dipisahkan berdasarkan data sequence gen EF dan gen CAL. Pohonfilogenetik berdasarkan data sequence gen CAL menunjukkan bahwa gen tersebutdapat digunakan untuk memisahkan spesies-spesies Cercospora lebih baikdaripada daerah ITS rDNA dan gen EF. Hasil analisis filogenetik berdasarkandata sequence multilokus menunjukkan bahwa 11 dari 14 spesies Cercosporayang digunakan dalam penelitian tidak host-specific, hanya tiga spesies yaitu C.zinniicola, C. cocciniae, dan C. mikaniicola yang spesifik terhadap inangnya.

---

ABSTRACTThe aims of this study were to analyze the phylogenetic relationships ofCercospora spp. based on sequence data of the internal transcribed spacer (ITS)region of rDNA, elongation factor 1-α (EF), and calmodulin (CAL) genes; todetermine the best locus in separating Cercospora species; and to investigate thehost specificity of Cercospora spp. In this study, the sequences of the ITS regionof rDNA, EF, and CAL genes of 23 strains which belong to 14 species ofCercospora from three host plants families were amplified and sequenced. Thephylogenetic trees of the Cercospora spp. were constructed by Neighbor-Joining,Maximum Parsimony, and Bayesian methods. Our result showed thatphylogenetic relationship of Cercospora at the species level could not be resolvedby ITS rDNA; most of Cercospora species (57 OTU) were grouped in one majorclade with no branch length differences among species. The EF phylogenetic tree,showed that some species of Cercospora could be separated, although 24 OTUwere grouped into one clade with no branch length differences. The CALphylogenetic tree showed that the majority of Cercospora species could beseparated with longer branch compared to the EF phylogenetic tree, althoughseveral species (16 OTU) could not be separated. The phylogenetic analysesshowed that most of Cercospora species could not be separated in the ITS rDNAtree, however those species could be separated in the EF and CAL phylogenetictrees. The results showed that CAL gene was the best locus in separatingCercospora species compared to ITS rDNA and EF gene. Molecularphylogenetic analysis from multiloci (ITS regions of rDNA, EF gene, and CALgene) revealed that 11 out of 14 species of Cercospora have no host specificity(have a wide host range) and only three species e.g., C. zinniicola, C. cocciniae,and C. mikaniicola showed host specificity."

"Hubungan infeksi fungi pada penderita asma ditemukan pada sekitar satu per tiga kasus asma. Spesies yang paling umum menyerang saluran pernapasan adalah Aspergillus fumigatus, diikuti oleh A. flavus, A. niger, dan A. terreus. Metode identifikasi yang dapat dilakukan adalah identifikasi molekuler, namun, standar identifikasi fungi pada sampel klinis belum ditetapkan. Gen calmodulin (CaM) direkomendasikan sebagai barcode untuk identifikasi fungi pada genus Aspergillus karena kemampuan membedakan antarspesies yang tinggi. Pada penelitian ini, kemampuan CaM sebagai DNA barcode Aspergillus spp. dan kandidat diagnosis molekuler aspergillosis dianalisis dengan melakukan identifikasi spesies dan analisis variasi sekuens CaM pada isolat klinis asma. Metode yang dilakukan adalah kultur isolat menggunakan sabouraud dextrose agar (SDA) dan sabouraud dextrose broth (SDB), ekstraksi DNA menggunakan phenol chloroform isoamyl alcohol (PCI), amplifikasi CaM, visualisasi menggunakan elektroforesis, sekuensing, dan analisis sekuens. Hasil penelitian menunjukkan bahwa CaM dapat mengidentifikasi 13 isolat. Gen CaM juga berhasil membedakan A. niger dan A. welwitschiae yang memiliki kemiripan genetik tinggi. Multiple alignment dari sekuens isolat menunjukkan variasi yang tinggi dengan persentase kemiripan antarspesies Aspergillus sebesar 55—65,5% dan 79,2—86,4% khusus untuk kemiripan antarspesies kelompok Nigri. Tingkat diskriminasi CaM pada genus Aspergillus juga mendukung potensi sebagai kandidat diagnosis molekuler fungal asthma atau aspergillosis secara umum.

---

Fungal infection on asthmatic patients is found about one third of asthma cases. The main species infecting respiratory organs is Aspergillus fumigatus, followed by A. flavus, A. niger, and A. terreus. Fungal on clinical isolate can be identified through molecular identification, however, there is no standardized method. Calmodulin gene (CaM) is a barcode recommended for Aspergillus identification because of its ability to differentiate between species. In this research, CaM ability as DNA barcode and candidate for aspergillosis molecular diagnosis is analyzed through species identification and CaM sequence variation analysis on clinical isolate derived from asthmatic patients. The procedures include isolate culture using sabouraud dextrose agar (SDA) and broth (SDB), DNA extraction using phenol chloroform isoamyl alcohol (PCI), CaM amplification, visualization using electrophoresis, sequencing, and sequence analysis. Results show that CaM is able to identify all of 13 isolates. CaM is also able to differentiate A. niger and A welwitschiae that have high genetic similarity. Multiple alignment of isolate sequence shows high variation with interspecies similarity of 55—65,5% and 79,2—86,4% for interspecies similarity of Nigri section. Discriminate level of CaM on the genus Aspergillus also promotes the potential as a candidate for molecular diagnosis of fungal asthma or aspergillosis."

"Resistensi terhadap antibiotik di bidang kesehatan dapat dialami juga oleh antimikroba yang digunakan di bidang pangan. Selama ini di bidang pangan digunakan bakteriosin sebagai antimikroba. Bakteri penghasil bakteriosin terlindungi dari bakteriosin yang dihasilkannya karena memiliki bacteriocin immunity protein (bip). Gen bakteriosin disandikan bersama dengan gen imunitasnya dalam kondisi yang disebut sebagai quorum sensing. Pada penelitian sebelumnya, telah dilakukan konfirmasi uji aktivitas bacteriocin like inhibitory substance (BLIS) Weissella confusa MBF 8-1 terhadap beberapa bakteri patogen. Tujuan penelitian ini adalah mempelajari metode gene silencing dengan menggunakan model aktivitas BLIS dan bip.Pada penelitian ini dirancang sekuens siRNA bip dengan menggunakan informasi data sekuens dari basis data dan dari data whole genome sequence galur model Weissella confusa MBF8-1. Untuk membuktikan aktivitas gene silencing dari siRNA sintetik tersebut secara in vivo terhadap inang MBF 8-1 maka dilakukan esei zona hambat. Hasil rancangan siRNA yang diperoleh hanya menarget pada gene silencing di MBF 8-1. Berdasarkan analisis algoritma dan BLAST berhasil diperoleh rancangan siRNA kandidat utama, yaitu bip-a MBF 8-1_1 yang secara in vivo menunjukkan aktivitas gene silencing yang poten terhadap inangnya.

---

Resistance to antibiotics in the health sector can be experienced by antimicrobial in the food industry. During this period, food industry has used bacteriocin as an antimicrobial. Bacteria is protected from its bacteriocin because it has bacteriocin immunity protein (bip). Bacteriocin gene is encoded with its immunity protein gene on a condition which was called as quorum sensing. In previous study, Weissella confusa MBF 8-1 possess Bacteriocin Like Inhibitory Substance (BLIS) activity against several pathogen bacteria. This study aimed to study gene silencing method using BLIS and bip activity as model.On this study siRNA bip sequence was designed using information from sequence database and model Weissella confusa MBF 8-1 whole genome sequence database. Disc dilution method was done to prove gene silencing activity of synthetic siRNA against its own host MBF 8-1. Result revealed that siRNA design is aimed as a gene silencing agent against MBF 8-1 alone. Based on algorithm analysis and BLAST, top rank bip-a MBF 8-1_1 siRNA design is potent and has proved its gene silencing activity against its own host."

"Epididimis adalah saluran berbelit yang terletak antara testis dan vas deferens. Epididimis telah lama dikenal sebagai tempat proses pematangan sperma, yang merupakan interaksi antara sperma dan protein-protein yang disekresikan oleh sel-sel epitel epididimis. Salah satu protein yang diduga berperan penting dalam proses pematangan sperma adalah gen Defb42. Tujuan penelitian ini adalah untuk mengetahui struktur gen dan analisis sebaran jaringan dari gen Defb42. Data struktur gen Defb42 diperoleh dari database Unigene danUCSC Genome Bioinformatics, dimana cDNA, ekson, intron, dan sekuens asam amino diperoleh. Isolasi RNA dilakukan untuk jaringan dari 4 segmenepididimis (initial segment, caput, corpus, cauda) disertai dengan beberapa organ viseral lainnya. Real time RT-PCR dari RNA yang terelusi dilakukan untuk mengukur ekspresi relative Defb42 terhadap gen aktin beta. Hasil penelitian menunjukkan bahwa Defb42 termasuk dalam keluarga beta defensin karena memiliki 6 residu sistein. Ekspresi Defb42 relatif terhadap aktin ditemukan paling tinggi di initial segment dariepididimis, diikuti dengan caput, cauda, dan vas deferens. Disimpulkan bahwa gen Defb42 adalah gen beta defensin dan diekspresikan terutama di initial segment dari epididimis.

---

Epididymis is a convoluted duct that is located between the testis and vas deferens. Epididymis has been known as the site of sperm maturation, which occur via interaction between the sperm and the proteins secreted by the epididymal epithelial cells. One of the proteins that is believed to play a major role in sperm maturation process is encoded by Defb42 gene. The objective of this research is to know the gene structure and tissue distribution analysis of Defb42 gene. Gene structure data was obtained from Unigene database and UCSC Genome Bioinformatics, in which cDNA, exons, introns, and amino acid sequence of Defb42 gene were received. RNA isolation was done for tissues of the four segments of epididymis (initial segment, caput, corpus, cauda) along with other visceral tissues. Real time RT-PCR of the isolated RNA was then performed in order to measure Defb42 relative expression to beta actin. The result showed that Defb42 gene belongs to the beta defensin family due to its conserved six cysteine residues. Defb42 expression relative to actin was highest in the initial segment of the epididymis, followed by caput, cauda, and vas deferens. In conclusion, Defb42 is a beta defensin gene and is mainly expressed in the epididymis and showed region-specific expression in the initial segment."

"Teknologi DNA microarray menghasilkan data ekspresi gen yang dapat digunakan untuk membantu berbagai pemecahan masalah dalam dunia kesehatan. Data ekspresi gen merupakan matriks berukuran besar berisi gen dan kondisi eksperimental yang tak jarang mengandung missing values dan outlier. Data yang mengandung missing values dapat mengganggu dan membatasi analisis. Untuk mengatasinya, metode komputasi dinilai layak untuk imputasi missing values pada data ekspresi gen sebelum dilakukan analisis lanjutan, terlebih untuk data yang memiliki outlier. Oleh karena itu, pada penelitian ini digunakan metode imputasi missing values NCBI-LPCM untuk mengatasi permasalahan missing values pada data ekspresi gen yang memiliki outlier. Metode NCBI-LPCM menggunakan ukuran korelasi LPCM yang dapat menangani keberadaan outlier untuk pembentukan bicluster dan imputasi least square yang merupakan metode imputasi dengan pendekatan lokal. LPCM mengidentifikasi gen-gen yang memiliki pola korelasi similar sehingga menjadi informasi lokal untuk dasar imputasi. Metode ini diterapkan pada data ekspresi gen pasien Leukemia Limfoblastik Akut pada missing rate 5%, 10%, 15%, 20%, 25%, 30%, dan 35%. Berdasarkan RMSE dan korelasi Pearson, metode NCBI-LPCM lebih baik jika dibandingkan dengan NCBI-SSSim yang juga dapat menangani keberadaan outlier.

---

DNA microarray technology produces gene expression data that can be used to help solve various problems in healthcare. Gene expression data is a large matrix of genes and experimental conditions that often contains missing values and outliers. Data containing missing values can interfere with and limit analyses. To overcome this, computational methods are considered feasible for imputing missing values in gene expression data before further analysis is carried out, especially for data that has outliers. Therefore, in this study, the NCBI-LPCM missing values imputation method was used to overcome the problem of missing values in gene expression data with outliers. The NCBI-LPCM method uses the LPCM correlation measure which can handle the presence of outliers for bicluster formation and least square imputation which is an imputation method with a local approach. LPCM identifies genes that have similar correlation patterns so that they become local information for the basis of imputation. This method was applied to gene expression data of Acute Lymphoblastic Leukaemia patients at missing rates of 5%, 10%, 15%, 20%, 25%, 30%, and 35%. Based on RMSE and Pearson correlation, the NCBI- LPCM method is better than NCBI-SSSim which can also handle the presence of outliers."

"Sindrom ovarium polikistik (SOPK) merupakan gangguan reproduksi yang disebabkan oleh berbagai faktor endokrin dan metabolisme. Penderita SOPK merupakan wanita usia reproduktif (8—10%) disertai dengan kondisi obesitas (50—80%; IMT≥25). Meski etiologi SOPK belum sepenuhnya diketahui, namun kelainan endokrin seperti abnormalitas rasio kadar LH (luteinizing hormone) dan FSH (follicle stimulating hormone) merupakan penyebab utama terjadinya SOPK. Gen KISS1, TAC3, dan PDYN, diketahui dapat memengaruhi pulsatilitas GnRH (gonadotropin releasing hormone) yang meregulasi sekresi LH dan FSH. Gangguan ekspresi pada ketiga gen ini akan menyebabkan gangguan pada sistem endokrin yang mengarah pada SOPK. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui ekspresi mRNA gen KISS1, TAC3, dan PDYN pada wanita SOPK dan non-SOPK dengan obesitas dan non-obesitas. Penelitian dilakukan pada masing-masing 10 sampel darah perifer yang dibagi ke dalam empat kelompok, yaitu non-SOPK non-obesitas, SOPK non-obesitas, non-SOPK obesitas, dan SOPK obesitas. Ekspresi mRNA dianalisis menggunakan teknik quantitative real time PCR (qPCR) dan dikuantifikasi secara relatif menggunakan metode Livak. Hasil penelitian menunjukkan ekspresi mRNA gen KISS1 dan TAC3 ditemukan lebih tinggi pada wanita SOPK dibandingkan wanita non-SOPK dengan obesitas maupun non-obesitas, sedangkan ekspresi mRNA gen PDYN lebih rendah pada wanita SOPK dibandingkan wanita non-SOPK dengan obesitas maupun non-obesitas. Namun, berdasarkan hasil uji statistik, tidak seluruh pasangan kelompok memiliki perbedaan ekspresi yang signifikan. Meski begitu, hasil dari penelitian ini menunjukkan bahwa ekspresi mRNA gen KISS1, TAC3, dan PDYN pada darah perifer terkait dengan SOPK dan obesitas.

---

Polycystic ovary syndrome (PCOS) is a reproductive disorder caused by complex endocrine and metabolic factors. This syndrome occurs in reproductive age women (8—10%) with obesity (50—80%; BMI≥25). Although its etiology is not fully understood, endocrine disorders such as ratio abnormality of LH (luteinizing hormone) and FSH (follicle stimulating hormone) is the main causes of PCOS. KISS1, TAC3, and PDYN gene expression are known to affect the pulsatility of GnRH (gonadotropin releasing hormone) which regulates LH and FSH secretion. Abnormality of these gene expressions will cause endocrine disruption that leads to PCOS. This study aimed to determine KISS1, TAC3, and PDYN mRNA gene expression levels in PCOS and non-PCOS with obese and non-obese women. The study was conducted on each of 10 peripheral blood samples divided into four group, non-PCOS non-obese, non-PCOS obese, PCOS non-obese, and PCOS obese. The mRNA expression was analyzed using quantitative real time PCR (qPCR) with Livak relative quantification method. This study found that both KISS1 and TAC3 mRNA gene expressions were higher in PCOS than non-PCOS in both obese and non-obese women, while PDYN mRNA gene expression was lower in PCOS than non-PCOS in both obese and non-obese women. However, not all pair of groups had statistically significant differences. Nevertheless, the result of this study suggests that KISS1, TAC3, and PDYN mRNA gene expressions in peripheral blood are related with PCOS and obesity."

"Ekspresi gen sintentik gag HIV-1 subtipe CRF01_AE dalam E. coli BL21 dan E. coli BL21-CP telah dilakukan. Gen gag merupakan salah satu gen pada HIV-1 yang tidak mengalami mutasi secara signifikan sehingga gen tersebut dapat digunakan untuk pengembangan vaksin yang dapat dimanfaatkan dalam jangka waktu yang panjang. Pengembangan vaksin HIV membutuhkan protein Gag untuk digunakan sebagai antigen yang mampu merespon pembentukan antibodi pada hewan uji coba. Protein Gag didapatkan dengan cara melakukan ekspresi gen gag yang telah diklon ke dalam vektor ekspresi pQE-81L, dan ditransformasi ke dalam bakteri E. coli BL21 dan E. coli BL21-CP. Ekspresi dilakukan dengan tiga faktor optimasi yaitu, suhu, konsentrasi isopropyl-β-D-thiogalactopyranoside (IPTG) dan waktu ekspresi setelah induksi dilakukan. Analisis hasil ekspresi dilakukan dengan SDS-PAGE dan menunjukkan tidak ada protein Gag yang dihasilkan pada semua keadaan optimasi yang dilakukan. Kegagalan ekspresi gen gag pada E. coli BL21 dan E. coli BL21-CP disebabkan oleh peristiwa kodon bias, dan pemilihan sel inang ekspresi yang kurang tepat.

---

Expression of gag gene on HIV-1 subtype CRF01_AE in E. coli BL21 and E. coli BL21-CP had been conducted. Gag gene on HIV-1 is one of the genes that can?t be significantly mutated, so it can be utilized for long term vaccines development. HIV vaccine development requires Gag protein as antigen in order to response antibody formation in animal experiment. Gag protein was obtained by gag gene expression that had been cloned into expression vector pQE-81L and transformed into E. coli BL21 and E. coli BL21-CP. Expression of the gag gene as optimized by temperature, isopropyl-β-D-thiogalactopyranoside (IPTG) concentration, and expression time after IPTG induction. The expression was analyzed by SDS-PAGE and it showed no protein produced in all optimization conditions. The failure of gag gene expression in E. coli BL21 and E. coli BL21-CP caused by codon ray and inappropriate host cell."

"Latar Belakang: Status kebersihan rongga mulut yang buruk ditandai dengan biofilm dalam jumlah banyak. Biofilm terbentuk dari perlekatan bakteri ke permukaan padat dan dengan bakteri lain. Bakteri later colonizers patogen periodontitis di biofilm seperti Treponema denticola bergantung pada early colonizers seperti Veillonella parvula. Protein VtaA dan Msp berperan dalam fungsi perlekatan Veillonella parvula dan Treponema denticola. Akumulasi biofilm dapat menyebabkan periodontitis. Akan tetapi periodontitis tidak umum dibahas pada anak. Tujuan: Penelitian ini bertujuan menganalisis hubungan jumlah Veillonella parvula dan Treponema denticola, serta ekspresi gen VtaA dan Msp spesifik tiap bakteri dari saliva anak terhadap status rongga mulut. Metode: Penelitian ini menggunakan 40 sampel saliva anak yang dikelompokkan berdasarkan kategori OHI-S. Ekstraksi RNA untuk analisis ekspresi gen dan DNA untuk jumlah bakteri target dari sampel menggunakan GeneZol Kit. Konversi RNA menjadi cDNA menggunakan SensiFast cDNA Kit. Ekstrak DNA dan cDNA diuji dengan Real-time PCR. Analisis jumlah bakteri menggunakan kuantifikasi absolut dan tingkat ekspresi gen menggunakan kuantifikasi relatif. Hasil: Tidak ada perbedaan bermakna antara jumlah kedua bakteri maupun tingkat kedua ekspresi gen di antara kategori OHI-S. Jumlah Veillonella parvula cenderung menurun dan Treponema denticola cenderung meningkat seiring memburuknya skor OHI-S. Kesimpulan: Deteksi peningkatan jumlah Veillonella parvula tidak dapat menjadi bioindikator inisiasi penyakit periodontal. Ekspresi gen VtaA dan Msp tidak dapat digunakan sebagai bioindikator pembentukan biofilm dalam jumlah tinggi.

---

Backgrounds: Poor oral hygiene status is marked by large amount of biofilms. Biofilms are made from bacterial adhesion to solid surfaces and to other bacteria. Later colonizers periodontitis pathogenic bacteria in biofilms like Treponema denticola, depend on early colonizers such as Veillonella parvula. VtaA and Msp are proteins that function in adhesion of Veillonella parvula and Treponema denticola. Biofilms accumulation can cause periodontitis. However, periodontitis is not a common discussion on children. Objectives: This research aims to analyze the correlation between the quantity of Veillonella parvula and Treponema denticola, also VtaA and Msp gene expression with oral status from children’s saliva. Methods: This study uses 40 samples of children’s saliva which has been grouped according to OHI-S category. RNA extraction to analyze gene expression and DNA extraction to quantify target bacteria from samples using GeneZol Kit. RNA conversion to cDNA uses SensiFast cDNA Kit. DNA extract and cDNA are tested using Real-time PCR Analysis of bacteria quantity with absolute quantification dan gene expression levels with relative quantification. Results: There is no significant difference between target bacteria quantity also gene expression levels between the OHI-S categories. Veillonella parvula’s quantity tends to decrease and Treponema denticola tends to increase as OHI-S scores worsens. Conclusions: Detection of increasing quantity of Veillonella parvula cannot be used as a bioindicator of periodontal disease initiation. VtaA and Msp gene expression cannot be used as a bioindicator of high rates of biofilm’s formation."

"Penyakit Gugur Daun Pestalotiopsis (PGDP) mengakibatkan defoliasi daun secara terus menerus hingga 75—90% dan memicu terjadinya penipisan kanopi. Oleh karena itu, diperlukan analisis terkait aspek molekular melalui pengembangan klon baru yang diawali dengan analisis ekspresi gen ketahanan Coronatine Insensitive 1 (COI1). Gen Coronatine Insensitive 1 (COI1) merupakan salah satu gen ketahanan yang berkaitan dengan pensinyalan jasmonat dan diekspresikan ketika tanaman dalam kondisi tercekam secara biotik maupun abiotik. Penelitian terkait ekspresi gen COI1 pada Hevea brasiliensis menyatakan bahwa gen tersebut diekspresikan ketika tanaman karet diberi perlukaan. Namun, analisis terkait ekspresi gen ketahanan COI1 pada H. brasiliensis ketika diinfeksi dengan Pestalotiopsis sp. belum dilakukan. Penelitian yang dilakukan bertujuan untuk menganalisis perbandingan ekspresi gen HbCOI1 dari sampel daun sehat, perlukaan, dan diinfeksi dengan Pestalotiopsis sp. dan melakukan analisis perbandingan antar klon GT 1 yang bersifat rentan dan klon IRR 112 yang bersifat moderat. Infeksi dilakukan pada hari ke-3 dan 6 secara in planta. Tahap setelah inokulasi secara in planta adalah esktraksi RNA untuk memperoleh isolat RNA dari seluruh sampel yang digunakan. Selanjutnya, dilakukan sintesis cDNA untuk analisis qPCR dengan metode Livak. Hasil penelitian belum dapat digunakan untuk menyimpulkan tingkat ekspresi gen HbCOI1 dari sampel daun sehat, perlukaan, dan perlukaan serta infeksi dengan Pestalotiopsis sp. Hal tersebut disebabkan oleh tidak dilakukan perhitungan dan pembentukan kurva standar dan tidak dilakukan elektroforesis untuk mengetahui integritas RNA serta untuk membuktikan bahwa isolat yang diekstraksi adalah isolat RNA H. brasiliensis dan replikasi yang digunakan tidak memenuhi syarat perhitungan Livak. Hasil penelitian hanya berupa dugaan adanya perbedaan ekspresi gen HbCOI1 pada tanaman H. brasiliensis sehat, diberi perlukaan saja, dan diberi perlukaan serta infeksi Pestalotiopsis sp.. Oleh karena itu, perlu dilakukan penpenelitian lebih lanjut untuk memperoleh data korelasi ekspresi gen HbCOI1 dan infeksi Pestalotiopsis yang akurat.

---

Pestalotiopsis Leaf Decay (PGDP) causes continuous leaf defoliation of up to 75-90% and triggers canopy thinning. Therefore, an analysis related to molecular aspects is needed through the development of new clones which begins with analysis of the expression of the Coronatine Insensitive 1 (COI1) resistance gene. The Coronatine Insensitive 1 (COI1) gene is one of the resistance genes related to jasmonate signaling and is expressed when plants are under biotic and abiotic stress conditions. Research related to the expression of the COI1 gene in Hevea brasiliensis states that the gene is expressed when the rubber plant is injured. However, an analysis regarding the expression of the COI1 resistance gene in H. brasiliensis when infected with Pestalotiopsis sp. not done. The aim of the study was to analyze the comparison of HbCOI1 gene expression from samples of healthy, injured, and infected leaves with Pestalotiopsis sp. and carried out a comparative analysis between the GT 1 clone which was susceptible and the IRR 112 clone which was moderate. Infection was carried out on day 3 and 6 by in planta. The stage after in planta inoculation is RNA extraction to obtain RNA isolates from all the samples used. Next, cDNA synthesis was carried out for qPCR analysis using the Livak method. The results of this study could not be used to conclude the expression level of the HbCOI1 gene from samples of healthy leaves, wounds, and injuries as well as infections with Pestalotiopsis sp. This was due to the fact that the primary efficiency curve was not calculated and the formation of the standard curve was not carried out and electrophoresis was not carried out to determine the integrity of the RNA and to prove that the extracted isolate was H. brasiliensis RNA isolate and the replication used did not meet the Livak calculation requirements. The results of this study only suggest that there is a difference in HbCOI1 gene expression in healthy H. brasiliensis plants, only injured, and injured and infected with Pestalotiopsis sp. acccurate."

"Analisis triclustering adalah metode data mining yang memiliki tujuan untuk mengelompokkan data tiga dimensi. Metode ini kerap kali digunakan untuk bidang bioinformatika. Pada penelitian ini digunakan metode analisis triclustering delta trimax. Delta Trimax pada intinya adalah metode analisis triclustering yang bertujuan untuk menemukan tricluster yang memiliki nilai MSR yang lebih kecil dari nilai threshold (o) yang telah ditentukan. Penggunaan silhouette coefficient pada penelitian ini adalah untuk membantu menentukan nilai threshold (o) tersebut. Hasil triclustering delta trimax nantinya dievaluasi dengan menggunakan Triclustering Quality Index (TQI). Genetic algorithm (GA) adalah sebuah algoritma pencarian yang efisien yang didasari oleh evolusi biologis dan genetika alam. Algoritma GA digunakan untuk menemukan solusi terbaik. Terdapat tiga operator genetika yang digunakan di dalam GA, yaitu seleksi, crossover, dan mutasi. Pada penelitian ini, digunakan data ekspresi gen tiga dimensi dari sel kanker paru-paru fase stabil (A549) yang diberi perlakuan obat kemoterapi Motexafin Gadolinium (MGd) dan mannitol sebagai grup kontrol, dimana ekspresi gen diamati dalam 6 kondisi dan 3 titik waktu. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengetahui apa kumpulan gen yang memiliki respon baik terhadap pemberian obat kemoterapi MGd dan kondisi apa yang mempengaruhinya. Pada penelitian ini, himpunan tricluster yang memiliki kualitas terbaik berdasarkan Triclustering Quality Index (TQI) adalah himpunan tricluster yang dihasilkan dengan nilai o = 0,004. Berdasarkan himpunan tricluster tersebut, didapatkan informasi penting mengenai kumpulan gen yang memiliki respon baik terhadap pemberian MGd tapi efek obat MGd tidak bertahan di setiap titik waktu. Terdapat juga gen yang menunjukkan respon baik pemberian obat kemoterapi MGd, tetapi efektivitasnya tidak terlalu maksimal karena responnya beririsan dengan subjek yang hanya diberikan mannitol. Setelah itu, dilihat bagaimana hubungan gen yang berasal dari keseluruhan dataset dengan penyakit melalui gene ontology sebagai informasi tambahan untuk perkembangan obat MGd. Nilai fold enrichment tertinggi pada GO biological process adalah Cytoplasmic Translation, pada GO Cellular Component adalah cytosolic ribosome, dan pada GO Molecular Function adalah structural constituent of ribosome.

---

Triclustering analysis is a data mining method aimed at grouping three-dimensional data. This method is often used in the field of bioinformatics. In this study, the delta trimax triclustering analysis method is used. Delta Trimax essentially aims to find triclusters with Mean Squared Residue (MSR) values smaller than a predetermined threshold (o). The silhouette coefficient is used in this study to help determine the threshold (o). The results of the delta trimax triclustering are then evaluated using the Triclustering Quality Index (TQI). The genetic algorithm (GA) is an efficient search algorithm based on biological evolution and natural genetics. GA is used to find the best solution. There are three genetic operators used in GA: selection, crossover, and mutation. In this study, three-dimensional gene expression data from stable phase lung cancer cells (A549) treated with the chemotherapy drug Motexafin Gadolinium (MGd) and mannitol as a control group were used, where gene expression was observed under 6 conditions and 3 time points. The aim of this study is to identify which sets of genes respond well to MGd chemotherapy and which conditions influence these responses. The set of triclusters with the highest quality based on the Triclustering Quality Index (TQI) was obtained with o=0.004. From this set of triclusters, important information was obtained about the sets of genes that respond well to MGd, but the effect of MGd does not persist at every time point. There are also genes that show a good response to MGd chemotherapy, but its effectiveness is not maximized because the response overlaps with subjects that were only given mannitol. Subsequently, the relationship between genes from the entire dataset and the disease is observed through gene ontology as additional information for the development of MGd drugs. The highest fold enrichment value in the GO biological process is Cytoplasmic Translation, in the GO Cellular Component is cytosolic ribosome, and in the GO Molecular Function is structural constituent of ribosome."