Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Resistensi terhadap obat anti tuberkulosis merupakan masalah yang memperberat suksesnya program penanggulangan dan pemberantasan tuberkulosis. Diperkirakan 90% isolat yang resisten terhadap rifampisin juga resisten terhadap isoniazid, sehingga resisten terhadap rifampisin dianggap sebagai "Surrogate marker" bagi resisten obat anti tuberkulosis Iainnya. Sekitar 95% isolat yang resisten rifampisin mengalami mutasi pada gen rpoB dan 70% mengalami mutasi pada kodon 531. Seiring dengan perkembangan teknik molekuler, hibridisasi dot blot dengan menggunakan pelacak oligonukleotida dapat digunakan untuk mendeteksi adanya mutasi pada gen. Penelitian ini bertujuan untuk mendeteksi mutasi gen resisten rifampisin pada Mycobacterim tuberculosis dan mengembangkan teknik hibridisasi dot blot untuk deteksi resisten OAT. Sebanyak 30 sampel isolat Mycobacterium tuberculosis yang resisten terhadap rifampisin telah diisolasi DNA dengan teknik boiling lalu diamplifikasi dengan PCR dengan menggunakan primer TR8 dan TR9. Setelah itu produk PCR dielektroforesis untuk mengetahui kebenaran hasil amplifikasi. Lalu dilakukan hibridisasi dot blot untuk dengan pelacak rpoB 531 mu untuk mengetahui adanya mutasi gen rpoB pada kodon 531 sebagai tanda terjadinya resistensi terhadap rifampisin. Hasil penelitian ditemukan 6 sampel (20%) Ban 30 sampel yang mengalami mutasi gen rpoB pada kodon 531. Berarti 6 sampel yang resisten terhadap rifampisin sedangkan 24 sampel lainnya yang tidak mengalami mutasi pada kodon 531 mungkin mengalami mutasi gen rpoB pada kodon lainnya yang akan terdeteksi dengan menggunakan pelacak lainnya. Dari penelitian juga didapat beberapa keuntungan penggunaan teknik ini yaitu hemat waktu, hemat biaya , sederhana dan akurat. Berdasarkan basic tersebut maka dapat disimpulkan bahwa telah ditemukan mutasi gen rpoB pada kodon 531 dan teknik hibridisasi dot blot sangat cocok dikembangkan sebagai teknik deteksi resisten terhadap rifampin dan OAT lainnya."

"Resistensi terhadap obat anti tuberkulosis merupakan masalah yang memperberat suksesnya program penanggulangan dan pemberantasan tuberkulosis. Diperkirakan 90% isolat yang resisten terhadap rifampisin juga resisten terhadap isoniazid (INH). Sekitar 60-90% isolat yang resisten INH mengalami mutasi pada gen katG dan 60-94% mengalami mutasi pada kodon 315. Seining dengan perkembangan teknik molekuler, hibridisasi dot blot dengan menggunakan pelacak oligonukleotida dapat digunakan untuk mendeteksi adanya mutasi pada gent. Penelitian lid bertujuan untuk mendeteksi mutasi gen resisten INH pada Mycobacterium tuberculosis dan mengembangkan teknik hibridisasi dot blot untuk deteksi resisten obat anti tuberkulosis (OAT).Isolasi DNA dengan teknik pemanasan telah dilakukan pada 52 isolat Mycobacterium tuberculosis yang resisten terhadap 1NH dan pada 52 spesimen sputum dengan teknik metode Boom. DNA kemudian diamplifikasi dengan PCR menggunakan primer El dan E2 untuk memastikan isolat adalah Mycobacterium tuberculosis. Pada DNA isolat yang terbukti sebagai Mycobacterium tuberculosis dengan teknik PCR dilakukan amplifikasi menggunakan primer RTB59 dan RTB36, untuk kemudian dilanjutkan dengan hibridisasi dot blot menggunakan pelacak katG315 mu dan katG3I5 wt, untuk mengetahui adanya mutasi pada gen katG kodon 315 sebagai tanda terjadinya resistensi terhadap TNH. Setelah itu produk PCR dielektroforesis untuk mengetahui kebenaran basil amplifikasi.Pada penelitian ini identifikasi DNA spesimen Mycobacterium tuberculosis menggunakan primer El dan E2 berhasil diamplifikasi sebanyak 98% (51 dari 52 isolat) dan pada spesimen sputum berhasil diidentifikasi sebanyak 96% (50 dari 52 isolat).Deteksi mutasi gen katG pada posisi S315T yang menggunakan pelacak katG315 mu dengan teknik hibridisasi dot blot tidak dapat diinterpretasikan hasilnya. Hal ini terjadi diduga kurang tepatnya waktu dan temperatur selama proses prehibridisasi sampai hibridisasi. Kondisi ini terbukti pada saat hibridisasi menggunakan pelacak katG315 wt. Pada hibridisasi menggunakan pelacak wild tipe, temperatur yang digunakan untuk prehibridisasi sesuai dengan Tm temperatur malting oligonuklitida pelacak dan dilakukan selama overnight, sehingga immobilisasi DNA terfiksasi dengan baik ke membran nitroselulosa dan sisa nukleotida yang tidak spesifik hilang dengan pencucian.Deteksi mutasi gen katG pada posisi S315T yang menggunakan pelacak katG 315 wt dengan teknik hibridisasi memberikan hasil 85,42% ( 41 dari 48 isolat) hasilnya positif artinya isolat tersebut tidak mengalami mutasi pada posisi kodon 315 sedangkan 14.58% (7 dari 48 isolat ) memberi hasil negatif, maknanya adalah diduga terjadi mutasi pada posisi kodon lain.Deteksi mutasi gen katG dengan teknik hibridisasi dot blot sangat tepat dikembangkan sebagai uji screening di daerah yang prevalensi infeksi tuberkulosis dan resistensi INH atau obat anti tuberkulosis lainnya cukup tinggi, karena teknik ini hemat biaya, cepat, sederhana dan akurat."

"Ruang Lingkup dan Cara Penelitian : Salah satu alasan utama gagalnya pengendalian tuberkulosis di negara berkembang termasuk Indonesia, adalah karena kelemahan dalam diagnostik untuk mendeteksi kasus infeksi pada saat dini, di samping kegagalan terapi kasus tuberkulosis yang resisten terhadap beberapa obat anti tuberkulosis. Teknik PCR yang didasarkan pada amplifikasi DNA, merupakan salah satu cara diagnosis yang telah banyak diteliti dan dikembangkan untuk mendeteksi bakteri M. tuberculosis, penyebab penyakit TBC. Pada penelitian ini telah dilakukan uji PCR untuk mendeteksi M tuberculosis H 7Rv, isolat klinis M. tuberculosis dan mikobakteria atipik. Bakteri dibiakkan dalam medium Lowenstein-Jensen kemudian dilakukan ekstraksi DNA menggunakan metode fenol-kloroform. Untuk mengetahui senstivitas uji PCR, DNA basil ekstraksi diencerkan dalam beberapa pengenceran. Pada percobaan awal DNA M. tuberculosis H37Rv diamplifikasi menggunakan primer YNP5 & YNP6 yang disintesis dari sekwens DNA yang menyandi antigen b protein 38kDa. Amplifikasi DNA M. tuberculosis H37Rv, isolat klinis M. tuberculosis, dan mikobakteria atipik dilakukan dengan menggunakan primer Pt8 & Pt9 yang dirancang darn sekwens sisipan IS6110. Hasil amplifikasi dianalisis dengan elektroforesis gel agarosa. Gel kemudian diwarnai dengan larutan etidium bromida dan divisualisasi dengan `ultraviolet transilluminator". Pengambilan gambar gel agarosa dilakukan dengan menggunakan kamera Polaroid.Hasil dan KesimpuIan : Batas deteksi DNA M. tuberculosis H37Rv hasil amplifikasi dengan primer YNP5 & YNP6 adalah 5 pg setara dengan 1000 sel bakteri, sedangkan dengan primer Pt8 & Pt9 kemampuan uji PCR lebih tinggi dengan batas deteksi 10 fg setara dengan 2 sel bakteri. Uji PCR pada isolat klinis M tuberculosis yang mempunyai batas deteksi tertinggi adalah amplifikasi DNA basil ekstraksi isolat 9727. Batas deteksi uji tersebut adalah 100 fg setara dengan 20 sel bakteri. Primer Pt 8 & Pt9 spesifik untuk M. tuberculosis karena tidak terjadi amplifikasi DNA basil ekstraksi dari mikobakteria atipik."

"Methicillin resistant Staphylococcus aureus (MRSA) merupakan strain Staphylococcus aureus yang resistan antibiotik β-laktam. Penelitian deteksi MRSA dilakukan menggunakan metode PCR dengan amplifikasi gen nuc dan mecA. Sampel diambil dari usapan nasofaring 161 orang dewasa ≥50 tahun. Uji sensitivitas antibiotik juga dilakukan untuk mengetahui resistansi pada isolat MRSA. Fragmen DNA untuk gen nuc dan mecA terdeteksi dengan ukuran 255 bp dan 527 bp. Sebanyak 12 sampel (7,5%) dideteksi sebagai MRSA dan diketahui resistan terhadap antibiotik oxacillin dan cefoxitin dari golongan β-laktam. Variasi resistansi pada isolat MRSA terlihat pada antibiotik erythromycin, tetracycline, gentamicin, chloramphenicol dan trimethophim/sulfametoxazole. Hasil penelitian mengindikasikan kolonisasi MRSA dapat dideteksi dengan amplifikasi gen nuc dan mecA.

---

Methicillin resistant Staphylococcus aureus (MRSA) is a strain of Staphylococcus aureus that is resistant to β lactame antibiotics. Detection of MRSA was conducted by amplification of nuc and mecA genes using PCR method. Samples were taken from nasopharyngeal swab from 161 adult ≥ 50 years old. Susceptibility test was also done by disc diffusion to determine resistance characteristic in MRSA isolates. DNA fragment for nuc and mecA genes was detected in 255 bp and 527 bp. About 12 MRSA isolates (7,5%) showed resistance toward oxacillin and cefoxitin which belong to β lactame antibiotics. There were variety of resistance in MRSA isolates to other antibiotics, such as erythromycin, tetracycline, gentamicin, chloramphenicol, and trimethophim/sulfametoxazole. The results indicate that amplification of nuc and mecA genes by PCR can be used for MRSA detection from nasopharyngeal swab."

"Methisillin Resistant Staplylococcus aureus (MRSA) adalah strain Staphylococcus aureus yang telah mengalami resisten terhadap antibiotika metisilin dan lainnya dalam 1 golongan. Mekanisme resistensi MRSA terjadi karena Sraphylococcus aureus menghasilkan Penicillin Binding Protein (PBP2a atau PBP2?) yang dikode oleh gen mecA yang memiliki afinitas rendah terhadap metisilin. Saat ini MRSA diuji dengan cara uji resistensi dengan cara Cakram Oxacillin 1 ug. Cara ini memerlukan isolat murni dan kultur bakteri, sehingga hasilnya baru bisa diketahui paling cepat 5 hari. Dalam upaya untuk mencari teknik diagnostik yang cepat dan tepat untuk mendeteksi MRSA, deteksi gen mecA dengan teknik PCR merupakan salah satu diagnostik alternatif. Tujuan penelitian ini adalah mencari alternatif teknik diagnostik yang cepat dan tepat untuk pemeriksaan MRSA, dalam hal ini PCR. Pengujian dibagi dalam 2 tahap, yaitu : (1). Isolasi dan Identifikasi MRSA secara fenotipik, (2). Deteksi gen mecA pada isolat MRSA dengan teknik PCR yang terdiri dari: optimasi uji PCR untuk deteksi gen mecA, spesifisitas uji PCR, sensitifitas dan spesifisitas deteksi gen mecA sebagai uji diagnostik alternatif MRSA. Hasil isolasi dan identifikasi secara fenotipik dari 114 isolat diperoleh MRSA sebanyak 76 isolat, dan MSSA sehesar 38 isolat. Berdasarkan hasil penelitian deteksi gen mecA pada isolat MRSA dengan teknik PCR diperoleh 75 isolat menunjukkan hasil positif terhadap gen mecA, sedangkan 1 isolat menunjukkan hasil negatif terhadap gen mecA, isolat tersebut adalah 1295/MUT yang diperoleh dari Laboratorium Mikrobiologi Klinik (LMK) FKUI. Dari hasil penelitian ini diperoleh hasil uji PCR gen mecA terhadap beberapa bakteri lain yaitu Staphylococcus epidermidis, Scitreus, B. subrilis, Streptococcus bera haemolyricus, E. coli, K. pneumoniae dan P. aeruginosa, ternyata S. epidermidis dan S.citreus menunjukkan hasil PCR positif terhadap gen mecA, sedangkan bakteri lain menunjukkan hasil negatif terhadap gen mecA. Hasil uji PCR gen mecA dibandingkan dengan baku emas pemeriksaan sensitivitas dan spesifisitas secara fenotipik terhadap isolat MRSA dan MSSA adalah 98,7% dan 100%, dan nilai Posistive Predictive Value (PPV)& Negative Predictive Value (NPV) adalah 100% & 97,4%."

"Ruang lingkup dan Cara Penelitian :Methisillin Resistant Staphylococcus aureus (MRSA) adalah strain Staphylococcus aureus yang telah mengalami resisten terhadap antibiotika metisilin dan lainnya dalam 1 golongan. Mekanisme resistensi MRSA terjadi karena Staphylococcus aureus menghasilkan Penicillin Binding Protein (PBP2a atau PBP2') yang dikode oleh gen mecA yang memiliki afinitas rendah terhadap metisilin. Saat ini MRSA diuji dengan cara uji resistensi dengan cara Cakram Cxacillin 1 ug. Cara ini memerlukan isolat murni dan kultur bakteri sehingga hasilnya baru bisa diketahui paling cepat 5 hari. Dalam upaya untuk mencari teknik diagnostik yang cepat dan tepat untuk mendeteksi MRSA, deteksi gen mecA dengan teknik PCR merupakan salah satu diagnostik alternatif Tujuan penelitian ini adalah mencari alternatif teknik diagnostik yang cepat dan tepat untuk pemeriksaan MRSA, dalam hal ini PCR. Pengujian dibagi dalam 2 tahap, yaitu : (1). Isolasi dan Identifikasi MRSA secara fenotipik, (2). Deteksi gen mecA pada isolat MRSA dengan teknik PCR yang terdiri dari: optimasi uji PCR untuk deteksi gen mecA, spesifisitas uji PCR, sensitifitas dan spesifisitas deteksi gen mecA sebagai uji diagnostik alternatifMRSA.Basil dan Kesimpulan :Hasil isolasi dan identifikasi secara fenotipik dari 114 isolat diperoleh MRSA sebanyak 76 isolat, dan MSSA sebesar 38 isolat. Berdasarkan hasil penelitian deteksi gen mecA pada isolat MRSA dengan teknik PCR diperoleh 75 isolat menunjukkan hasil positif terhadap gen mecA, sedangkan 1 isolat menunjukkan hasil negatif terhadap gen mecA, isolat tersebut adalah 12951MUI yang diperoleh dari Laboratorium Mikrobiologi Klinik (LMK) FKUI. Dan hasil penelitian ini diperoleh hasil uji PCR gen mecA terhadap beberapa bakteri lain yaitu Staphylococcus epidermidis, S citreus, B. subtilis, Streptococcus beta haemolysicus, E. coli, K. pneumoniae dan P. aeruginosa, ternyata S. epidermidis dan S ciireus menunjukkan hasil PCR positif terhadap gen mecA, sedangkan bakteri lain menunjuldcan hasil negatif terhadap gen mecA. Basil uji PCR gen mecA dibandingkan dengan baku emas pemeriksaan sensitivitas dan spesifisitas secara fenotipik terhadap isolat MRSA dan MSSA adalah 98,7% dan 100%, dan nilai Posistive Predictive Value (PPV)& Negative Predictive Value (NPV) adalah 100% & 97,4%."

"Optimasi deteksi molekuler kandungan gelatin asal porsin berbasis DNA Deoxyribonucleic Acid genomik dilakukan dengan metode duplex PCR Polymerase Chain Reaction . DNA yang diamplifikasi adalah trace DNA genomik porsin yang masih terkandung dalam gelatin asal porsin. Trace DNA yang terdapat dalam gelatin jumlahnya sangat sedikit karena telah melalui berbagai proses produksi sehingga diperlukan optimasi metode ekstraksi DNA.Penelitian ini bertujuan untuk memperoleh metode yang sensitif dalam identifikasi gelatin asal porsin serta mendeteksi kandungan porsin dari gelatin cangkang kapsul. Metode yang dipilih adalah duplex PCR, yaitu PCR dengan dua target sekuens DNA, yaitu DNA cyt b dan ATP8. Untuk reaksi PCR, dipilih dua pasangan primer yang spesifik mengamplifikasi DNA genomik porsin.Metode yang dioptimasi berupa metode ekstraksi DNA genomik dan metode duplex PCR. Duplex PCR dilakukan terhadap campuran DNA reference porsin dan bovin dengan variasi konsentrasi 100 ; 50 ; 10 ; 1 ; 0,5 ; 0,1 ; 0,05 ; dan 0,01 untuk meneliti sensitivitas metode serta pada sampel cangkang kapsul gelatin.Pada sampel positif mengandung trace DNA porsin diperoleh produk hasil amplifikasi PCR yang berukuran 212 bp dan 398 bp sedangkan pada sampel negatif porsin tidak diperoleh produk amplifikasi. Metode duplex PCR dapat digunakan sebagai metode deteksi awal untuk mengidentifikasi kandungan porsin pada gelatin dari cangkang kapsul dengan sensitif.

---

Optimization of genomic DNA Deoxyribonucleic Acid based molecular detection of gelatine derived from porcine was carried out by performing duplex PCR Polymerase Chain Reaction method. Trace of porcine genomic DNA that remained in porcine derived gelatine were amplified. Optimization of DNA extraction method was carried out in consideration of the very low concentration of genomic DNA derived from gelatine capsule samples that have gone through various manufacturing conditions.

The chosen method, duplex PCR, is a PCR method where two target sequences of DNA, cyt b and ATP synthase F0 subunit 8 DNA, are amplified simultaneously. Two sets of porcine specific primers were chosen for the duplex PCR. Genomic DNA extraction method and duplex PCR method were optimized.

Duplex PCR was carried out to mixtures of porcine and bovine DNA reference in various concentration 100 50 10 1 0,5 0,1 0,05 and 0,01 to confirm sensitivity of the method and to gelatine capsule shell samples. PCR products with the length of 212 bp and 398 were obtained in porcine positive samples only. Duplex PCR method has been optimized as sensitive intial method for molecular detection of porcine in gelatin capsule shells."

"Penelitian deteksi fragmen gen NA virus avian influenza (AI) subtipe H5N1 telah dilakukan menggunakan 4 pasang primer NA yang dirancang oleh peneliti di Laboratorium IHVCB, yaitu NIF64 + NIR320, NIF306 + NIR537, NIF600 + NIR774, dan NIF757 + NIR975. Tujuan penelitian mengetahui spesifisitas dan sensitivitas primer yang telah dirancang dalam mendeteksi gen NA virus AI subtipe H5N1. Teknik two-step RT-PCR digunakan untuk mendeteksi gen NA virus AI subtipe H5N1. Uji spesifisitas PCR keempat pasangan primer dilakukan menggunakan sampel virus influenza A/chicken/Indonesia/2005 (H5N1); A/chicken/Indonesia/2006 (H5N1); A/chicken/Indonesia/2007 (H5N1); A/Indonesia/2007 (H3N2); A/Indonesia/2007 (H1N1); bakteri Streptococcus pneumonia, Neisseria meningitidis, dan Haemophilus influenzae. Uji sensitivitas PCR dilakukan dengan pengenceran bertahap terhadap cDNA virus influenza A/chicken/Indonesia/2006 (H5N1) dengan nilai konsentrasi 0,1 pg/μl--10 ng/μl. Hasil penelitian menunjukkan keempat pasangan primer memiliki spesifisitas tinggi terhadap virus AI subtipe H5N1, tidak pada subtipe H1N1 dan H3N2, serta tidak terjadi reaksi silang antara primer dan gen bakteri patogen saluran pernapasan. Pasangan primer NIF306 + NIR537 mempunyai sensitivitas PCR paling tinggi dibandingkan ketiga pasangan primer lainnya karena dapat mendeteksi gen NA dengan nilai konsentrasi cDNA terendah sebesar 1 pg/μl sehingga paling baik digunakan pada uji diagnostik AI dengan RT-PCR."