Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Universitas Indonesia Culture Collection (UICC) memiliki koleksi strain-strain Rhizopus oryzae Went dan Prinsen Geerligs yang diisolasi dari tempe dan telah diidentifikasi berdasarkan karakter fenotipik (morfologi dan fisiologi). Tujuan penelitian adalah melakukan re-identifikasi lima strain R. oryzae (UICC 10, UICC 85, UICC 119, UICC 120, dan UICC 135) berdasarkan data sequence daerah internal transcribed spacers ribosomal DNA dan analisis filogenetik untuk memperoleh identitas spesies yang akurat. Amplifikasi dan sequencing daerah ITS rDNA dilakukan menggunakan primer forward ITS 5 dan primer reverse ITS 4. Data sequence dikirim ke database DNA GenBank untuk pencarian homologi dengan program BLAST. Sequence alignment dilakukan menggunakan program Clustal X. Konstruksi pohon filogenetik dilakukan menggunakan metode Neighbor Joining, model dua parameter Kimura, dan nilai bootstrap 1000 kali pengulangan. Karakterisasi morfologi dan pengujian kemampuan tumbuh pada variasi suhu dilakukan untuk mendukung hasil re-identifikasi dan melengkapi deskripsi strain masing-masing. Hasil amplifikasi daerah ITS rDNA menunjukkan bahwa kelima strain R. oryzae UICC memiliki panjang fragmen dengan ukuran 600--700 pb. Hasil pencarian homologi BLAST menunjukkan bahwa kelima strain memiliki homologi 99,8% terhadap type strain R. oryzae CBS 112.07T. Hasil analisis filogenetik menunjukkan bahwa kelima strain berada dalam satu grup yang monofiletik dengan strain tipe R. oryzae CBS 112.07T dan strain-strain R. oryzae dari database DNA GenBank, dengan dukungan nilai bootstrap yang tinggi (84%). Re-identifikasi lima strain R. oryzae UICC secara molekuler menghasilkan identitas spesies yang sama, yaitu sebagai R. oryzae, dan didukung oleh karakter morfologi dan fisiologi.

---

Universitas Indonesia Culture Collection (UICC) has collection of Rhizopus oryzae Went and Prinsen Geerligs strains, which were isolated from tempeh. These strains were identified based on phenotypic characters (morphology and physiology). The aim of this study was to re-identify five strains of R. oryzae (UICC 10, UICC 85, UICC 119, UICC 120, and UICC 135), based on internal transcribed spacers (ITS) region of ribosomal DNA sequence data to obtain accurate identification at species level.

Amplification and sequencing of ITS region of rDNA were performed using primer set, forward primer ITS 5 and reverse primer ITS 4. The sequence data was sent to GenBank DNA database for homology search using BLAST. Sequence alignment was carried out using Clustal X. Construction of phylogenetic tree was performed using Neighbor Joining method, Kimura's two parameter model and bootstrap values of 1000 iterations. Characterization of the five strains based on morphology and growth ability at temperature variations were carried out to support the description of each strain.

Amplification result showed that the strains have fragment length of ITS region of rDNA about 600--700 bp. Results of BLAST homology search of the strains showed a very high similarity (99.8%) to the type strain R. oryzae CBS 112.07T. Phylogenetic tree showed that the five strains were clustered together in a monophyletic group with the type strain R. oryzae CBS 112.07T and other R. oryzae strains from GenBank DNA database, and supported by high bootstrap value (84%). Re-identification of five strains of R. oryzae UICC based on molecular method showed that they were identified as R. oryzae, similar to previous identification, and supported by morphological and physiological characterization."

"Universitas Indonesia Culture Collection UICC memiliki koleksi Rhizopus spp. yang diisolasi dari tempe dan telah diidentifikasi berdasarkan karakter morfologi dan fisiologi. Tujuan penelitian adalah re-identifikasi lima strain R. oligosporus koleksi UICC UICC 27, UICC 40, UICC 51, UICC 67, dan UICC 116 berdasarkan data sequence daerah internal transcribed spacers rDNA dan analisis filogenetik. Amplifikasi dan sequencing daerah ITS rDNA menggunakan pasangan primer forward ITS5 dan primer reverse ITS4. Data sequence daerah ITS rDNA Rhizopus koleksi UICC dikirim ke database GenBank untuk pencarian homologi BLAST terhadap spesies terdekat dengan pembatasan pencarian hanya pada type material. Pembuatan pohon filogenetik menggunakan metode neighbor joining dengan model evolusi dua parameter Kimura, serta bootstrapping dilakukan sebanyak 1000 kali pengulangan. Karakterisasi morfologi makroskopik dan mikroskopik dan fisiologi pertumbuhan pada variasi suhu dilakukan untuk menunjang hasil identifikasi molekuler. Hasil elektroforesis gel produk PCR daerah ITS rDNA menunjukkan kelima strain memiliki ukuran fragmen ITS rDNA pada kisaran 500--700 pb, dan hasil sequencing lengkap daerah ITS rDNA kelima strain menunjukkan panjang berkisar antara 655--658 pb. Hasil BLAST menunjukkan strain UICC 27, UICC 40, UICC 51, dan UICC 67 memiliki homologi 99,2 ; sedangkan strain UICC 116 memiliki homologi 99,8 terhadap type strain R. oryzae CBS 112.07T. Berdasarkan konsep spesies filogenetik, strain UICC 27, UICC 40, UICC 51, dan UICC 67 dapat diidentifikasi sebagai R. delemar karena pada pohon filogenetik berada dalam satu kelompok yang monofiletik dengan type strain R. delemar CBS 120.12T, dengan dukungan nilai bootstrap 90 ; sedangkan strain UICC 116 diidentifikasi sebagai R. oryzae karena pada pohon filogenetik berada dalam satu kelompok yang monofiletik dengan type strain R. oryzae CBS 112.07T , dengan dukungan nilai bootstrap 82 . Hasil penelitian menunjukkan bahwa kedua spesies tidak dapat dibedakan secara morfologi, kelima strain menunjukkan karakter morfologi yang sesuai dengan R. oryzae. Namun demikian, terdapat perbedaan karakter fisiologi antara R. oryzae dan R. delemar, yaitu pertumbuhan pada variasi suhu.

---

Universitas Indonesia Culture Collection UICC has strains collection of Rhizopus spp. which were isolated from tempeh and identified based on phenotypic characters morphology and physiology . The aim of this study was to re identify five strains of R. oligosporus UICC 10, UICC 85, UICC 119, UICC 120, and the UICC 135 , based on internal transcribed spacers region of ribosomal DNA sequence data and phylogenetic analysis. Amplification and sequencing of ITS region of rDNA were performed using primer set forward primer ITS 5 and reverse primer ITS 4. The sequence data was sent to GenBank for homology search using basic local alignment search tool BLAST program, restricted only to type materials. Construction of phylogenetic tree was performed using Neighbor Joining method with Kimura's two parameter evolution model and bootstrapping with 1,000 replicates. Characterization of morphological and physiological growth at variation of temperature data was carried out to support molecular identification results. Gel electrophoresis showed that five strains have fragment length of ITS region of rDNA, about 500 700 bp. Full sequence data of ITS rDNA of five strains showed the length of their ITS rDNA was ranged 655 658 bp. BLAST homology search results showed that UICC 27, UICC 40, UICC 51, and UICC 67 strain have similarity 99,2 to the type strain of R. oryzae CBS 112.07T, whilst UICC 116 strain showed a higher similarity 99,8 to the type strain of R. oryzae CBS 112.07T. Based on phylogenetic species concept, four strains UICC 27, UICC 40, UICC 51, and UICC 67 were identified as R. delemar. They were clustered with the type strain of R. delemar CBS 120.12T in a monophyletic group, and supported by 90 bootstrap value. Another one strain UICC 116 was identified as R. oryzae. It was clustered with the type strain of R. oryzae CBS 112.07T in a monophyletic group and supported by 82 bootstrap value. Morphological characterization results indicated that the two species are indistinguishable and they showed morphological characters that correspond to R. oryzae. However, the physiological characters i.e. growth at temperature variations differ between of R. delemar and R. oryzae."

"Universitas Indonesia Culture collection (UICC) memiliki koleksi strain-strain Rhizopus arrhizus Fischer yang diisolaasi dari tempe dan telah diidentifikasi berdasarkan karakter morfologi dan fisiologi. Penelitian bertujuan memperoleh identitas yang akurat pada tingkat spesies dari lima strain R. arrhizus (UICC 26, UICC 36, UICC 39, UICC 55, dan UICC 121) berdasarkan data sequence daerah internal transcribed spacers ribosomal DNA dan analisis filogenetik. Amplifikasi dan sequencing daerah ITS rDNA dilakukan menggunakan primer forward ITS5 dan primer reverse ITS4. Pencarian homologi sequence dilakukan dengan program BLAST. Sequence alignment dilakukan menggunakan program Clustal X. Konstruksi pohon filogenetik dilakukan menggunakan metode neighbor joining dengan model dua parameter Kimura dan nilai bootstrap 1000 pengulangan. Karakterisasi morfologi dan fisiologi (pengujian pertumbuhan pada variasi suhu) dilakukan untuk melengkapi deskripsi strain. Panjang fragmen daerah ITS rDNA kelima strain R. arrhizus sekitar 600--700 pb. Hasil BLAST menunjukkan kelima strain UICC memiliki homologi dengan type strain R. oryzae CBS 112.07T pada kisaran 98,9--99,8%. Pohon filogenetik menunjukkan strain UICC 36 dan strain UICC 55 berada dalam satu grup yang monofiletik dengan type strain R. oryzae CBS 112.07T dan neo type R. arrhizus NRRL 1469NT. Saat ini R. arrhizus merupakan sinonim dari R. oryzae, sehingga kedua strain tersebut diidentifikasi sebagai R. oryzae. Strain UICC 26, UICC 39, dan UICC 121 berada dalam satu grup yang monofiletik dengan type strain R. delemar CBS 120.12T, sehingga ketiga strain diidentifikasi sebagai R. delemar. Rhizopus oryzae dan R. delemar merupakan dua spesies yang berkerabat sangat dekat, sehingga secara morfologi tidak dapat dibedakan. Re-identifikasi lima strain R. arrhizus UICC secara molekuler menghasilkan identitas spesies yang berbeda menjadi R. oryzae dan R. delemar, namun karakter morfologi dan fisiologi lima strain tersebut menunjukkan karakter sebagai R. oryzae.

---

Universitas Indonesia Culture Collection (UICC) has collection of Rhizopus arrhizus Fischer strains, which were isolated from tempeh and were identified based on morphological and physiological characters. The aim of this study was to obtain accurate identification at species level of five strains of R. arrhizus (UICC 26, UICC 36, UICC 39, UICC 55, and UICC 121) based on internal transcribed spacers (ITS) region of ribosomal DNA (rDNA) sequence data and phylogenetic analysis. Amplification and sequencing of ITS region of rDNA were performed using forward primer ITS5 and reverse primer ITS4. Sequence homology search was performed using BLAST. Sequence alignment was carried out using Clustal X. Construction of phylogenetic tree was performed using neighbor joining method, Kimura?s two parameter model and bootstrap values of 1000 iterations. Characterization of morphological features and growth at variation of temperature were carried out to support the description of the strains. The fragment length of ITS region rDNA from five strains of R. arrhizus was about 600--700 bp.

Results of BLAST homology search of the strains showed 98.9--99.8% similarities to the type strain R. oryzae CBS 112.07T. Phylogenetic tree showed that UICC 36 and UICC 55 were clustered together in a monophyletic group with the type strain R. oryzae CBS 112.07T and neo type strain R. arrhizus NRRL 1469NT. Currently, R. arrhizus is a synonym of R. oryzae, therefore both strains were identified as R. oryzae. Strains UICC 26, UICC 39, and UICC 121 were clustered together in a monophyletic group with the type strain R. delemar CBS 120.12T, therefore they were identified as R. delemar. Rhizopus oryzae and R. delemar are very closely related species and morphologically similar. Re-identification of five strains R. arrhizus UICC based on molecular has difference of species identity as R. oryzae and R. delemar, but the five strains show similar morphological and physiological characters as R. oryzae."

"Pylogenetic tree merupakan tree yang merepresentasikan evolusi dari berbagai spesies hidup di bumi. Untuk membangun phylogenetic tree ini dibutuhkan suatu matriks jarak yang elemen-elemennya merupakan jarak dari tiap pasang spesies yang terlibat. Jarak ini diperoleh dengan menggunakan metode tertentu, diantaranya yaitu metode Jukes-Cantor dan metode Kimura. Penulisan skripsi ini bertujuan untuk membentuk matriks jarak dengan menggunakan metode Jukes-Cantor dan metode Kimura yang selanjutnya akan disimulasikan terhadap data koleksi DNA dari 10 spesies kelompok Khamir milik Wellyzar Sjamsuridjal, Ph.D.. Dari matriks jarak yang terbentuk, selanjutnya akan dibangun phylogenetic tree yang akan dianalisa dengan melihat pola percabangannya. Dari hasil simulasi dapat disimpulkan bahwa nilai yang dihasilkan oleh masing-masing matriks jarak dan pola percabangan yang dihasilkan oleh masing-masing phylogenetic tree tidak begitu jauh berbeda. Namun berdasarkan teori, metode Kimura lebih merepresentasikan kondisi yang sebenarnya dibandingkan dengan metode Jukes-Cantor.Kata kunci: Jukes-Cantor dan Kimura distance matrix; Jukes-Cantor danKimura method; DNA; alignment.vii + 78 hlm.; lamp.Bibliografi: 10 (1980-2008)"

"The book starts with a presentation of different R packages and gives a short introduction to R for phylogeneticists unfamiliar with this language. The basic phylogenetic topics are covered: manipulation of phylogenetic data, phylogeny estimation, tree drawing, phylogenetic comparative methods, and estimation of ancestral characters. The chapter on tree drawing uses R's powerful graphical environment. A section deals with the analysis of diversification with phylogenies, one of the author's favorite research topics. The last chapter is devoted to the development of phylogenetic methods with R and interfaces with other languages (C and C++). Some exercises conclude these chapters. "

"ABSTRAK Nitrogen merupakan salah satu makronutrien penting bagikapang, yang sangat diperlukan untuk pertumbuhan, danmemelihara kemampuan sel-sel dalam membentuk enzim,Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui ada tidaknyapengaruh variasi konsentrasi urea sebagai sumber nitrogenterhadap aktivitas glukoamilase, dan untuk mengetahuikonsentrasi urea yang tepat dalam menghasilkan aktivitasglukoamilase maksimal dari R. oryzae UICC 128 yangditumbuhkan pada medium Sakai modifikasi, pada fermentasi16 jam (30°C). Pengujian aktivitas glukoamilase dilakukan denganmetode Nishise dkk. modifikasi. Satu unit aktivitasglukoamilase yang dihasilkan setara dengan satu /umol glukosayang dilepaskan per menit. Pengukuran kadar glukosadilakukan dengan metode Somogyi-Nelson. Hasil uji statistik menunjukkan adanya pengaruhkonsentrasi urea yang berbeda terhadap aktivitasglukoamilase R. oryzae UICC 128. Terdapat perbedaanrata-rata aktivitas glukoamilase R. oryzae UICC 128 antarakonsentrasi 0,0% dengan 0,0455%, 0,0910%, 0,1364%, 0,1818%,0,2273%, 0,2727%. Rata-rata aktivitas glukoamilasetertinggi diperoleh pada konsentrasi 0,0%."