Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Salah satu strategi eliminasi infeksi Soil transmitted Helminth (STH) adalah pemberian antelmintik seperti albendazol secara massal. Tetapi penggunaan antelmintik secara luas dalam jangka waktu lama dikhawatirkan dapat menyebabkan terjadinya terjadi penurunan efikasi obat. Salah satu faktor yang bisa menyebabkan penurunan efikasinya adalah single nucleotide polymorphism (SNP) kodon 200 gen beta tubulin cacing. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui susunan basa kodon 200 pada A. lumbricoides dan T. trichiura yang bisa menyebabkan adanya perbedaan efikasi albendazol. DNA dari telur dan jaringan cacing diisolasi, diamplifikasi dengan PCR kemudian dilakukan proses sekuensing. Setelah itu pada hasil sekuensing dilakukan alignment dengan sekuens referensi untuk mengetahui susunan basa pada kodon 200 gen beta tubulin. Hasilnya pada dua cacing A. lumbricoides dan satu cacing T. trichiura didapatkan susunan basa TTC pada kodon 200.

---

One of the Soil transmitted Helminth (STH) infection elimination strategy is mass administration of anthelmintic such as albendazol. But the anthelmintic widespread use in a long term can cause decrease in efficacy. One of the factor that can cause decrease in efficacy is single nucleotide polymorphism (SNP) codon 200 beta tubulin gene of the worm.

This study aimed to determine codon 200 in A. lumbricoides and T. trichiura that can cause a difference in albendazol efficacy. DNA from worm eggs and tissue were isolated, amplificated by PCR and sequenced. Sequencing result were also aligned with the reference sequence to get the bases in codon 200 beta tubulin gene. The bases on codon 200 beta tubulin gene from two A. lumbricoides and one T. trichiura is TTC."

"Prevalensi A.lumbricoides dan T.trichiura tertinggi pada usia sekolah dasar dan menurun pada usia dewasa. Penelitian ini bertujuan mengetahui hubungan prevalensi infeksi A.lumbricoides dan T.trichiura terhadap usia dan jenis kelamin pada anak. Penelitian yang bertempat di SD Kalibaru (Jakarta Utara) dan MI Batu Ampar (Jakarta Timur) ini menggunakan desain cross-sectional berdasarkan data kuisioner dan pemeriksaan sampel tinja. Metode Kato-Katz digunakan untuk memeriksa sampel tinja. Dari 182 responden, didapatkan prevalensi infeksi A.lumbricoides di Kalibaru dan Batu Ampar adalah 34,8% dan 6,8%. Lokasi Kalibaru merupakan faktor risiko infeksi A.lumbricoides {OR 7,289 (95% CI 2,144-24,775)}. Prevalensi infeksi T.trichiura di Kalibaru adalah 34,1%. Secara statistik terdapat hubungan bermakna (p=0,000) antara infeksi A.lumbricoides dan T.trichiura dengan lokasi penelitian. Di Kalibaru, tidak terdapat hubungan bermakna secara statistik antara jenis kelamin dengan infeksi A.lumbricoides (p=0,656) dan T.trichiura (p=0,885) di Kalibaru. Secara statistik tidak terdapat hubungan bermakna antara usia dengan infeksi A.lumbricoides (p=0,987) dan T.trichiura (p=0,523) di Kalibaru. Di Batu Ampar, tidak terdapat hubungan bermakna secara statistik antara jenis kelamin dengan infeksi A.lumbricoides (p=0,57). Secara statistik, tidak terdapat hubungan bermakna antara usia dengan infeksi A.lumbricoides (p=0,544) di Batu Ampar. Anak di Batu Ampar tidak mengalami infeksi T.trichiura. Tidak terdapat hubungan bermakna antara usia anak dengan infeksi A.lumbricoides dan T.trichiura. Tidak terdapat hubungan bermakna antara jenis kelamin anak dengan infeksi A.lumbricoides dan T.trichiura.

---

The highest prevalence of A.lumbricoides and T.trichiura infection are at the age of Elementary School and will decrease at the age of adult. The aim of this research is to find out the correlation of the prevalence of A.lumbricoides and T.trichiura infection toward the age and the gender of Children. This research carried out at SD Kalibaru (North Jakarta) and MI Batu Ampar (East Jakarta). This research used cross sectional design based on the questionnaires data analyzing and fecal sample examining.

Kato-Katz method is used to examined the fecal sample. From 182 respondents, it was found that prevalence of A.lumbricoides infection in Kalibaru and Batu Ampar were 34.8% and 6.8%. The location of Kalibaru constitutes as risk factor of A.lumbricoides infection {OR 7.289 (95% CI 2.144-24.775)}. The prevalence of T.trichiura infection in Kalibaru were 34.1%.

Statistically, there was a significant correlation (p=0.000) between the A.lumbricoides and T.trichiura infection with the research location. In Kalibaru there was no significant correlation between gender and A.lumbricoides (p=0.656) and T.trichiura infection (p=0.885).

Statistically, there was no significant correlation between age and A.lumbricoides (p=0.987) and T.trichiura infection (p=0.523). In Batu Ampar, statistically, there was no significant correlation between gender and A.lumbricoides (p=0.57) infection. Statistically, there was no significant correlation between age and A.lumbricoides infection (p=0.544). Children in Batu Ampar were not infected by T. Trichiuria. There was no significant correlation between the age of children and the A.lumbricoides and T.trichiura infection. There was no significant correlation between the gender of children and the A.lumbricoides and T.trichiura infection."

"Sampai saat ini diagnosis standar untuk Soil-transmitted Helminth (STH) termasuk A. lumbricoides dan N. americanus di Indonesia masih mengandalkan teknik mikroskopis Kato-katz. Metode ini memiliki sensitivitas yang kurang terutama jika infeksi rendah dan tidak dapat membedakan spesies cacing tambang. Untuk mencapai eliminasi STH, dibutuhkan metode yang lebih sensitif dan spesifik untuk menilai indikator prevalensi dan intensitas infeksi yaitu real time PCR. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk menentukan prevalensi dan intensitas infeksi A. lumbricoides dan N. americanus dari sampel tinja yang berasal Nangapanda menggunakan metode mikroskopis Kato-katz dan real time PCR. Sebanyak 212 sampel tinja diperoleh dari anak umur 5-14 tahun. Sampel tinja diperiksa dengan teknik Kato-katz sesuai prosedur WHO untuk melihat ada tidaknya telur A. lumbricoides dan N. americanus dan menghitung intensitas infeksi dalam per gram tinja. Deteksi DNA spesifik dari A. lumbricoides dan N. americanus menggunakan primer dan probe yang spesifik secara multiplex real time PCR. Penentuan prevalensi dan intensitas infeksi sampel menggunakan Kato-katz berdasarkan Eggs per Gram dan real time PCR berdasarkan nilai Ct. Prevalensi infeksi A. lumbricoides menggunakan Kato-katz adalah 12,7% dengan intensitas infeksi ringan (48,2%), sedang (44,4), dan berat (7,4%); sedangkan prevalensi cacing tambang 4,3%; dengan intensitas infeksi ringan. Prevalensi infeksi A. lumbricoides menggunakan real time PCR adalah 17,2% dengan intensitas infeksi yang ditentukan dengan persamaan y=4,4411-0,0334x dan diperoleh 97,1% intensitas ringan (Ct 24,3-36,6) dan 2,9% dengan intensitas sedang (Ct 22,05). Prevalensi infeksi N. americanus menggunakan real time PCR adalah 17,2% dengan intensitas infeksi belum dapat ditentukan. Real time PCR memiliki nilai sensitivitas 88,9%, spesifisitas 93,8%, nilai duga positif 68,6%, dan nilai duga negatif 98,2% dalam mendiagnosis A. lumbricoides; serta nilai sensitivitas 55,6%, spesifisitas 84,6%, nilai duga positif 14,3%, dan nilai duga negatif 97,6% dalam mendeteksi N. americanus. Hasil penelitian menunjukkan bahwa penggunaan real time PCR dalam diagnosis infeksi A. lumbricoides dan N. americanus menghasilkan prevalensi yang lebih tinggi dibandingkan Kato-katz.

---

A standard diagnosis of Soil-transmitted Helminth (STH), A. lumbricoides and N. americanus in Indonesia still relies on microscopic technique Kato-katz. This method has poor sensitivity in detecting low infection and it cannot be used to identify the species of hookworm. To achieve STH elimination, a sensitive and specific method, real time PCR is needed to assess the prevalence and intensity infection. The aim of this study was to determine the prevalence and intensity infection of A. lumbricoides and N. americanus from stool samples using the Kato-katz microscopic method and real time PCR. A total of 212 stool samples were collected from school children aged from 5-14 years old. Kato-katz method, WHO procedure, was used to detect for the presence of A. lumbricoides or N. americanus eggs. Real time PCR was carried out to detect specific DNA of A. lumbricoides and N. americanus. The prevalence and intensity infection using Kato-katz was based on Eggs per Gram while real time PCR was based on Ct values. The prevalence of A. lumbricoides infection using Kato-katz was 12.7% with the intensity of infection being mild (48.2%), moderate (44.4%), and severe (7.4%); while the prevalence of hookworm was 4.3% with mild infection intensity. The prevalence of A. lumbricoides infection using PCR was 17.2% with the intensity of A. lumbricoides​can be estimated by using the equation y=4.4411-0.0334x. There were 97.1% samples with low intensity (Ct 24.3-36.6) and 2.9% samples with moderate intensity (Ct 22.05). The prevalence of N. americanus using PCR was 17.2% with the intensity infection could not be estimated. Real time PCR had a sensitivity value of 88.9%, specificity 93.8%, positive predictive value 68.6%, and negative predictive value 98.2% in diagnosing A. lumbricoides; and a sensitivity value of 55.6%, a specificity of 84.6%, a positive predictive value of 14.3%, and a negative predictive value of 97.6% in detecting N. americanus. The results showed that the prevalence of A. lumbricoides and N. americanus detected by a multiplex real time PCR method is high compared to Kato-katz method."

"Inovasi dalam bidang sains dan teknologi, salah satunya adalah perkembangan Artificial Intelligence, memiliki peranan yang besar bagi manusia untuk membantu menyelesaikan permasalahan yang ada. Tak terkecuali dengan bidang kesehatan atau medis yang merupakan salah satu sektor vital di kehidupan manusia. Precision medicine merupakan suatu konsep dalam perkembangan ilmu medis untuk memberikan diagnosis dan pengobatan yang presisi sesuai dengan karakteristik masing-masing pasien. Single Nucleotide Polymorphism (SNP) sebagai salah satu representasi biomarker dapat digunakan untuk melihat asosiasi genomik pasien dengan penyakit tertentu. Sejak tahun 2015, setiap tahunnya tercatat lebih dari 10.000 publikasi bidang kesehatan yang membahas mengenai SNP telah diterbitkan. Pengolahan data teks secara manual tentu memerlukan waktu, tenaga, dan biaya yang besar sehingga metode machine learning dimanfaatkan untuk dapat mengolahnya secara otomatis. Dalam mengolah data teks, teks perlu ditransformasi menjadi representasi numerik sebelum dilakukan proses machine learning selanjutnya. Penelitian ini menggunakan model BERT untuk mendapatkan representasi numerik dari data teks yang diberikan. Selanjutnya dalam membangun model klasifikasi, telah dikembangkan model deep learning yang salah satunya adalah neural network. Penelitian ini mengimplementasikan gabungan metode BERT untuk mendapatkan representasi data teks dan metode neural network LSTM untuk klasifikasi. Evaluasi performa model dilakukan dengan confusion matrix dengan metrik berupa accuracy, precision, recall, dan F1-score. Hasil dari penelitian ini didapatkan model gabungan BERT-LSTM memiliki performa yang lebih baik dibandingkan model LSTM yang menggunakan embedding dari library Pytorch dengan accuracy 86%, recall 82%, precision 86%, dan F1-score 83%.

---

Innovation in science and technology, one of which is the development of Artificial Intelligence, has a big role for humans to help solve existing problems. The health or medical field is no exception, which is one of the vital sectors in human life. Precision medicine is a concept in the development of medical science to provide precise diagnosis and treatment according to the characteristics of each patient. Single Nucleotide Polymorphism (SNP) as one of the biomarker representations can be used to see the genomic association of patients with certain diseases. Since 2015, more than 10,000 publications on SNPs have been published annually. Processing text data manually requires a lot of time, energy, and cost, so machine learning methods are utilized to process it automatically. In processing text data, the text needs to be transformed into a numerical representation before the next machine learning process is carried out. This research uses the BERT model to obtain a numerical representation of the given text data. Furthermore, in building a classification model, a deep learning model has been developed, one of which is a neural network. This research implements a combination of the BERT method to obtain text data representation and the LSTM neural network method for classification. Performance evaluation is done with confusion matrix with metrics such as accuracy, precision, recall, and F1-score. The results of this study obtained that the combined BERT-LSTM model has better performance than the LSTM model using embedding from Pytorch library with 86% accuracy, 82% recall, 86% precision, and 83% F1-score."

"Prevalensi STH pada anak di Jakarta masih merupakan masalah kesehatan masyarakat. Program penanggulangan dilakukan pengobatan masal dan penyuluhan kesehatan. Beberapa obat telah dicoba untuk pengobatan masal, namun prevalensi STH masih tinggi. Tujuan penelitian ini untuk mengetahui berapa besar kemungkinan kontribusi anak Sekolah Dasar dalam transmisi A. lumbricoides setelah pemberian antelmintik. Telah diperiksa 861 tinja anak dari 3 SD Kalibaru, Jakarta Utara dengan Cara Kato Katz. Sebanyak 636 anak yang terinfeksi A.lumbricoides dibagi secara acak menjadi 2 kelompok masing-masing terdiri dari 318 anak, kelompok I diobati albendazol dan kelompok II diobati pirantel pamoat. Tinja anak yang tidak sembuh setelah pengobatan diblak dalam larutan kalium bikromat 2%, untuk melihat pertumbuhan telur menjadi bentuk Infektif. Prevalensi askarlasis ditemukan di Sekolah Dasar ini adalah 66,36%-78,74%, dengan Intensitas Infeksi sangat ringan (RTPG 4495 sampai 5959). Setelah pengobatan prevalensi askariasis pada kelompok I menjadi 3,59% dan pada kelompok II menjadi 6,02%. Terdapat penurunan jumlah telur dibuahi dan tidak dibuahi sesudah pengobatan albendazol maupun pirantel pamoat. Perbandingan jumlah telur dibuahi dan tidak dibuahi sesudah pengobatan dengan albendazol menjadi besar sedangkan dengan pirantel pamoat menjadi kecil. Pada pengamatan biakan telur ternyata pada kelompok yang diobati albendazol belum ditemukan telur yang berubah menjadi bentuk infektif sampai hari ke 26. Sedangkan pada kelompok pirantel pamoat, bentuk infektif telah ditemukan pada hari ke 19 (15,25%). Kesimpulan kontribusi anak yang belum sembuh dengan pirantel pamoat adalah 15,25% dari jumlah telur yang dikeluarkan. "

"Nangapanda merupakan salah satu kecamatan di Flores, Indonesia yang memiliki prevalensi kecacingan usus sebesar 87,2 . Terdapat tiga jenis spesies cacing usus yang paling sering menyebabkan infeksi kecacingan, yaitu Ascaris lumbricoides, Trichuris trichiura, serta cacing tambang. Infeksi cacing usus akan menimbulkan respon imun tipe 2, sehingga menghasilkan respon imun humoral berupa pembentukan Immunoglobulin E IgE. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui hubungan antara status infeksi kecacingan usus dengan kadar IgE Total dan IgE spesifik terhadap Ascaris lumbricoides pada penduduk Nangapanda. Status infeksi kecacingan usus ditentukan dengan menggunakan metode Kato Katz, dimana dilakukan pencarian terhadap telur cacing pada sampel tinja pasien secara mikroskopis. Pada penelitian ini, dilakukan pengukuran antibodi IgE total dan spesifik terhadap Ascaris dalam sampel plasma dengan menggunakan metode ELISA. Didapatkan peningkatan kadar antibodi IgE Total yang bermakna pada kelompok terinfeksi oleh setidaknya satu jenis cacing usus P

---

Nangapanda is one of the endemic areas in Indonesia with a very high STH prevalence 87,2 . Ascaris lumbricoides, Trichuris trichiura, and hookworms are the most prevalent etiologies of helminth infection. When helminth infects the body, it will enhance the type 2 immune response which will lead to the production of humoral immunity such as Immunoglobulin E. This research aimed to identify the relationship between STH infection status with the Total IgE and Ascaris specific IgE levels. The STH infection status was determined by Kato Katz method to identify the presence of STH rsquo s eggs in the stool sample microscopically. In this research, the levels of total and specific IgE in the plasma samples were detected by ELISA. The levels of Total IgE was increased significantly in helminth infected group."

"Tujuan penelitian ini adalah untuk membandingkan efek mebendazol dan oksantel pirantel pamoat (OPP) terhadap telur T. trichiura yang diproduksi oleh cacing setelah pengobatan. Pemeriksaan tinja dilakukan pada 762 murid sekolah dasar dengan cara Kato Katz dan Harada Mori. Murid yang terinfeksi cacing diobati dengan OPP 10 mg per kg berat badan atau mebendezol 500 mg dosis tunggal. Angka penyembuhan, angka pengurangan telur, dan angka reinfeksi diamati pada murid yang diobati OPP. Kelompok telur T.trichiura pada kelompok mebendazol lebih lambat dari kelompok OPP. "

"Prevalensi cacing-cacing yang ditularkan melalui tanah, khususnya pada anak sekolah di Jakarta masih tinggi. Demikian juga dengan hasil studi ini yaitu 73,72% dan 78,10% pada 2 kelompok murid sekolah Tsanawiyah, Pondok Pesantren Jakarta. Pada penelitian ini digunakan antihelmintikalbendazol dan mebendazol khusus untuk mempelajari efektivitasnya terhadap trikuriasis. Albendazol diberikan kepada 312 murid (kelompok I) sebagai dosis tunggal, 400 mg selama 3 hari berturut-turut, sedangkan mebendazol diberikan kepada 169 murid (kelompok II) dengan dosis 2 kali sehari, 100 mg, 3 hari berturut-turut. Terjadi penurunan prevalensi pada kelompok I yaitu 62,50% menjadi 15,32% dan 15,00%. Hasil penelitian menunjukkan bahwa pengobatan trikuriasis dengan albendazol dan mebendazol memberikan hasil yang sangat memuaskan bilamana diberikan 3 hari berturut-turut dengan dosis seperti di atas. "

"Infeksi Soil-Transmitted Helminth (STH) merupakan salah satu dari Neglected Tropical Disease (NTD) yang menginfeksi sekitar 1,5 miliar orang di dunia, termasuk wilayah Asia Tenggara. Spesies yang paling umum menginfeksi manusia adalah Ascaris lumbricoides. Anak usia pra-sekolah dan anak usia sekolah merupakan kelompok usia yang rentan terinfeksi STH karena tinggal pada wilayah penyebaran STH. Infeksi STH, khususnya Ascaris lumbricoides, pada anak dapat menyebabkan gangguan perkembangan fisik dan kognitif serta obstruksi usus halus pada infeksi berat. Penyebaran infeksi Ascaris lumbricoides pada anak dipengaruhi oleh berbagai faktor, salah satunya adalah faktor kebiasaan higiene. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui hubungan antara kebiasaan higiene dengan kejadian infeksi Ascaris lumbricoides pada anak. Desain studi yang digunakan adalah kajian sistematis. Penelusuran artikel dilakukan pada empat database, yaitu PubMed, EMBASE, Scopus, dan ProQuest, kemudian artikel diseleksi sesuai dengan kriteria inklusi dan eksklusi. Sebanyak lima artikel didapatkan dari hasil penelusuran. Dari kelima artikel tersebut, didapatkan bahwa kebiasaan mencuci tangan, penggunaan jamban, dan kebiasaan mencuci buah sebelum dikonsumsi memiliki hubungan yang signifikan dengan kejadian infeksi Ascaris lumbricoides. Sebaliknya, kebiasaan mencuci sayur sebelum dikonsumsi dan memotong kuku tidak memiliki hubungan yang signifikan dengan kejadian infeksi Ascaris lumbricoides pada anak.

---

Soil-Transmitted Helminth (STH) infection is one of the Neglected Tropical Diseases (NTDs) that affects around 1.5 billion people worldwide, including regions like Southeast Asia. The most common species infecting humans is Ascaris lumbricoides. Preschool-age and school-age children are particularly vulnerable to STH infection due to their living environments in areas where STH is prevalent. Infection of STH, especially Ascaris lumbricoides, can hinder physical and cognitive development and, in severe cases, cause obstruction of the small intestine. Various factors, such as hygiene practices, can influence the transmission of Ascaris lumbricoides infection in children. This study aims to explore the association between hygiene practices and the occurrence of Ascaris lumbricoides infection in children. A systematic review was carried out, and articles were searched in four databases: PubMed, EMBASE, Scopus, and ProQuest. Subsequently, the articles were selected based on specific criteria. Five articles were identified during the search. These articles revealed a significant association between handwashing habits, toilet usage, and washing fruits before consumption with the occurrence of Ascaris lumbricoides infection. On the other hand, there was no significant association found between washing vegetables before consumption and trimming nails and the occurrence of Ascaris lumbricoides infection in children."

"Dalam beberapa tahun terakhir, beberapa penelitian telah membuktikan bahwa variasi genetik berkontribusi terhadap kesehatan fisik dan mental manusia serta mempengaruhi hasil terapinya. Sejumlah penelitian juga telah menyelidiki peran Single Nucleotide Polymorphisms (SNP) dalam farmakodinamik dan farmakokinetik kemoterapi seperti fluoropyrimidine, meskipun implementasi hasil yang diperoleh masih sederhana. Pada akhir tahun 2019, WHO menemukan kasus pneumonia baru yang disebabkan oleh Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus – 2 (SARS-CoV-2), yang kemudian dinyatakan sebagai pandemi coronavirus disease 2019 (COVID-19). Regulasi virus dipengaruhi oleh gen Angiotensin Converting Enzyme (ACE) dan Renin-Angiotensin System (RAS). Tujuan dari penelitian ini adalah untuk melakukan uji coba deteksi SNP menggunakan protokol real-time quantitative Polymerase Chain Reaction (qPCR) dengan rhAmp SNP genotyping system pada rs4343. SNP rs4343 terletak di ekson 17 gen ACE dengan alel G dan A. Sampel darah diperoleh dari penyintas COVID-19 dan DNA genom diekstraksi dari sampel darah. Penelitian ini menggunakan fragmen gen gBlocks™ sebagai kontrol positif dan campuran qPCR terdiri dari rhAmp Master Mix, rhAmp Reporter Mix, dan rhAmp rs4343 assay. Hasil disajikan dalam bentuk plot allelic discrimination dan memberikan hasil yang kurang memuaskan untuk deteksi rs4343. Hanya 27 sampel terdeteksi memiliki alel G homozigot dari 50 sampel yang diuji dimana 23 sampel lainnya tidak berhasil dideteksi.

---

In recent years, several studies have shown that genetic variation contributes to both the physical and mental health of humans and affects the outcome of therapy. A number of studies have also been carried out on the role of Single Nucleotide Polymorphisms (SNP) in the pharmacodynamics and pharmacokinetics of chemotherapy such as fluoropyrimidines, although the implementation of the results obtained is yet simple. At the end of 2019, WHO found a new case of pneumonia caused by Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus – 2 (SARS-CoV-2), which was later declared a pandemic coronavirus disease 2019 (COVID-19). The regulation of the virus was influenced by the Angiotensin Converting Enzyme (ACE) and Renin-Angiotensin System (RAS) genes. The aim of this study was to carry out a SNP detection trial employing a protocol of a real-time quantitative Polymerase Chain Reaction (qPCR) performing rhAmp SNP genotyping assay on rs4343. SNP rs4343 is located in exon 17 of the ACE gene with alleles G and A. Blood samples were obtained from COVID-19 survivors and the genomic DNAs were extracted from them. This study used gene fragment gBlocksTM as the positive control and the qPCR mix consisted rhAmp Master Mix, rhAmp Reporter Mix, and rhAmp rs4343 assay. The results were presented in the form of allelic discrimination plots and is not satisfied to use the method to detect rs4343.There are only 27 samples were detected to have the homozygous G allele out of 50 samples where the other 23 samples were undetermined."