Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Kanker merupakan suatu penyakit yang dapat terjadi karena adanya kegagalan apoptosis. Kegagalan apoptosis ini disebabkan karena MDM2 menghambat aktivitas dari p53 sehingga procaspase-3 tidak teraktivasi menjadi caspase-3. Saat ini, pengobatan kanker telah banyak diterapkan. Namun pengobatan yang lebih efektif selalu dibutuhkan karena penyakit kanker terus bermutasi. Pencarian pun dilakukan dari sumber-sumber alam termasuk yang berasal dari laut. Pencarian senyawa bioaktif dari organisme laut ini tidaklah mudah sebab membutuhkan waktu yang lama dan biaya yang tidak murah. Oleh karena itu, digunakan pengujian secara in silico. Pada penelitian ini dilakukan penambatan senyawa bioaktif yang berasal dari saponin dan 2,5-piperazindion terhadap inhibitor MDM2 dan aktivator procaspase-3 dengan menggunakan parameter AutoDock dan Vina. Dari hasil penambatan, senyawa bioaktif terbaik yang direkomendasikan ialah yang memiliki energi bebas ikatan rendah yaitu 18-Oxotryprostatin A dan Intercedenside A sebagai Inhibitor MDM2 serta 6-Methoxyspirotryprostatin B dan Frondoside A sebagai aktivator procaspase-3.

---

Cancer is a disease that can occur because of apoptosis failure. The cause of apoptosis failure is MDM2, which can inhibit the activity of p53 so procaspase 3 can rsquo t be activated to caspase 3. Currently, the treatment of cancer has been applied widely. But the effective treatment always needed because cancer has been mutated. One of the treatments is the search of natural resources that comes from the sea. The search for bioactive compound from marine organisms is not easy because it takes a long time and the cost is not cheap. Therefore, in silico method is used.

In this research, we employed docking of bioactive compounds from saponin and 2,5 piperazinedione towards MDM2 inhibitor and procaspase 3 activator will be performed by using AutoDock and Vina. Based on the docking results, best recommended bioactive compounds are those who have low binding energy, they are 18 Oxotryprostatin A and Intercedenside A as MDM2 Inhibitor and 6 Methoxyspirotryprostatin B and Frondoside A as procaspase 3 activator."

"Kanker adalah suatu penyakit dimana sel tubuh bersifat abnormal dan tumbuh secara tidak terkontrol yang bisa meluas dan menyebar ke setiap bagian di tubuh manusia. Ditemukan ekspresi berlebih procaspase-3 pada beberapa kanker yang harus diaktivasi menjadi Caspase-3 agar dapat menginduksi apotosis pada sel. Pada penelitian ini, dilakukan penapisan virtual senyawa dari basis data tanaman herbal Indonesia sebagai aktivator Procaspase-3 menggunakan peranti lunak Autodock dan Autodock Vina. Penelitian ini divalidasi menggunakan parameter Enrichment Factor EF, Receiver Operating Characteristics ROC gunakan Autodock diperoleh sepuluh senyawa terbaik dengan energi ikatan-8,28 -9,31 kkal/mol dan menggunakan Autodock Vina diperoleh sepuluh senyawa terbaik dengan energi ikatan -8,1 -8,8 kkal/mol. Didapatkan dua senyawa yang beririsan pada kedua peranti lunak, yaitu Betulinic acid dan Maslinic acid. Betulinic acid berinteraksi dengan residu dengan Leu136A, Lys137A, Tyr195A, dan Pro201 pada Autodock dan Autodock Vina. Sedangkan Maslinic acid berinteraksi pada residu Leu136A, Lys137A, dan Pro201 pada Autodock dan Autodock Vina.

---

Cancer is a disease where body cell being abnormal and grow uncontrolled which can spread to every part of human body. Previous research found excessive expression of Procaspase 3 on cancer that must be activated to Caspase 3 in order to induce apoptotic in cells. In this research, virtual screening of Indonesian Herbal Database as Procaspase 3 activator was performed using Autodock and Autodock Vina software. This research was validated using Enrichment Factor EF , Receiver Operating Characteristics ROC, and Area Under Curve AUC parameters. Results of virtual screening using Autodock obtained the best ten compounds with binding energy 8,28 9,31 kcal mol and Autodock Vina obtained the best ten compounds with binding energy 8,1 8,8 kcal mol. Both virtual screening software showed two compounds in common, which is Betulinic Acid, and Maslinic acid. Betulinic acid interacts with residue Leu136A, Lys137A, Tyr195A, and Pro201 in Autodock and Autodock Vina. While Maslinic acid interacts with residue Leu136A, Lys137A, and Pro201 in Autodock and Autodock Vina."

"ABSTRAKDiabetes melitus tipe 2 (DMT2) adalah jenis diabetes yang paling umum di dunia. Baris kedua pengobatan DMT2 yang dapat menghambat pelepasan glukagon dan meningkatkan sekresi insulin adalah inhibitor DPP-IV. Enzim DPP-IV yang terdapat dalam tubuh manusia dapat diproduksi oleh tubuh sendiri atau dari bakteri yang terdapat di usus, seperti Parabacteroides goldsteinii dan Bacteroides fragilis. Dalam penelitian ini dilakukan penyelarasan sekuens bakteri dan pemodelan homologi. Docking makromolekul DPP-IV manusia dan model bakteri dilakukan terhadap setiap situs aktif DPP-IV manusia menggunakan aplikasi PyRx. Persentase kemiripan urutan antara DPP-IV manusia dan model DPP-IV bakteri (% urutan yang dipertahankan;% dari semua urutan), P.goldsteinii (46,15%, 24,18%) dan B. fragilis (92,31%; 20, 04% ). Parameter optimasi untuk molecular docking DPP-IV yaitu kotak grid dengan ukuran 50x50x50 unit dengan jarak spasi 0,375 dan evaluasi energi sebesar 5.000.000. Berdasarkan hasil analisis nilai indeks selektivitas diperoleh senyawa penghambat DPP-IV yaitu gemigliptin yang relatif selektif pada P.goldsteinii dengan nilai indeks selektivitas 1,34 x10-4 dan retagliptin yang relatif selektif pada B. fragilis dengan nilai indeks selektivitas 0,05 x10 -4 diantara 16 ligan lain pada tiga sisi aktif enzim DPP-IV. Hasil ini menunjukkan bahwa gemigliptin dan retagliptin dapat digunakan sebagai data pendukung dalam perancangan molekul baru dan perkembangannya sebagai penghambat DPP-IV selektif untuk pasien diabetes melitus tipe 2 (DMT2).ABSTRACTDiabetes mellitus type 2 (T2DM) is the most common type of diabetes in the world. The second line of T2DM treatment that can inhibit glucagon release and increase insulin secretion are DPP-IV inhibitors. The DPP-IV enzyme found in the human body can be produced by the body itself or from bacteria found in the intestines, such as Parabacteroides goldsteinii and Bacteroides fragilis. In this study, bacterial sequence alignment and homology modeling were carried out. Docking of human DPP-IV macromolecules and bacterial models was carried out against each active human DPP-IV site using the PyRx application. Percentage of sequence similarity between the human DPP-IV and the bacterial DPP-IV model (% retained sequences;% of all sequences), P.goldsteinii (46.15%, 24.18%) and B. fragilis (92.31%; 20, 04%). The optimization parameters for the DPP-IV molecular docking are a grid box with a size of 50x50x50 units with a spacing of 0.375 and an energy evaluation of 5,000,000. Based on the results of the selectivity index value analysis, the DPP-IV inhibitor compound was obtained, namely gemigliptin which was relatively selective in P.goldsteinii with a selectivity index value of 1.34 x10-4 and retagliptin which was relatively selective in B. fragilis with a selectivity index value of 0.05 x10-4. among 16 other ligands on the three active sites of the DPP-IV enzyme. These results indicate that gemigliptin and retagliptin can be used as supporting data in the design of new molecules and their development as selective DPP-IV inhibitors for type 2 diabetes mellitus (T2DM) patients."

"Diabetes merupakan gangguan metabolisme serius yang ditandai dengan hiperglikemia kronis karena produksi insulin yang tidak mencukupi (Tipe 1) atau resistensi insulin (Tipe 2).Akumulasi studi menunjukkan bahwa komposisi mikrobiota usus dapat mempengaruhi diabetes tipe 2. Salah satu strategi untuk pengobatan diabetes tipe 2 (T2DM) adalah inhibitor Dipeptidyl Peptidase-IV (DPP-IV). Bifidobacterium adolescentis dan Prevotella pallens adalah dua bakteri yang banyak terdapat di usus dan memiliki conserved sequence yang sama dengan DPP-IV. Penelitian dilakukan secara in-silicoterhadap bakteriBifidobacterium adolescentis danPrevotella pallens untuk mengetahui selektivitas obat pada DPP-IV pada manusia dan bakteri. Penambatan molekuler dilakukan menggunakan AutoDock melalui program PyRx, selanjutnya dilakukan visualisasi interaksi hasil penambatan molekuler menggunakan PyMOL. Hasil homologi modeling didapatkan dari pemodelan dengan perangkat lunak SWISS- MODEL. Parameter optimasi yang didapatkan untuk penambatan molekuler DPP-IV adalah menggunakan gridbox 50x50x50 unit dengan energi evaluasi 5.000.000. Senyawa inhibitor DPP-IV yang menunjukkan indeks selektivitas terendah terhadap bakteri Bifidobacterium adolescentis adalah Vildagliptin, sementara terhadap Prevotella pallens adalah Sitagliptin.

---

Diabetes is a serious disease characterized by hyperglycemia due to insufficient insulin production (Type 1) or insulin resistance (Type 2). One strategy for the treatment of type 2 diabetes (T2DM) is a Dipeptidyl Peptidase-IV (DPP-IV) inhibitor. Bifidobacterium adolescentis and Prevotella pallens are two bacteria that are mostly found in human’s gut and have similar conserved sequences to DPP-IV. This study tested selectivity of DPP-IV inhibitors against Bifidobacterium adolescentis and Prevotella pallens in in-silico to determine the selectivity of drugs against DPP-IV in humans and bacteria. Docking was done using AutoDock through the PyRx program, then visualizing the interaction of molecular results using PyMOL. Homology modeling results obtained from modeling with SWISS-MODEL software. The optimization parameters obtained for molecular belaying of DPP-IV using a 50x50x50 unit box with 5.000.000 evaluation energy. DPP-IV inhibiting compound which shows the lowest selectivity index against Bifidobacterium adolescentis is vildagliptin, while Prevotella pallens is sitagliptin. "

"

Sirtuin 1 (SIRT1) adalah famili  kelas III dari protein histon deasetilasi (HDAC) dan reaksinya bergantung  dengan  NAD⁺. Aktivator SIRT1 menyerupai pembatasan kalori merupakan pendekatan terapi untuk diabetes mellitus tipe 2. Pencarian obat dapat dilakukan dengan metode  in silico untuk mempercepat dan memfasilitasi identifikasi kandidat senyawa terbaik dan karakteristik fisikokimia dan pemilihan hit-to-lead.

Penelitian ini bertujuan untuk mengeksplorasi dan mengidentifikasi senyawa tanaman obat yang menyerupai CR (calorie restriction mimetic) dari Basis Data Herbal Indonesia (HerbalDB) http://herbaldb.farmasi.ui.ac.id yang berpotensi sebagai kandidat untuk aktivator SIRT1  melalui kombinasi metode in silico dan in vitro. Pemodelan farmakofor diperoleh dengan dua cara yaitu  menggunakan ko-kristal yang terikat pada daerah allosterik SIRT1 dan senyawa-senyawa yang digunakan sebagai aktivator SIRT1. Kemudian, model ini digunakan untuk penapisan virtual dengan HerbalDB. Senyawa yang diperoleh diidentifikasi menggunakan penambatan molekul dengan program AutoDock4Zn dan simulasi dinamika molekul 50-ns menggunakan program Amber. Simulasi dinamika molekuler dianalisis menggunakan metode MM-GB(PB) SA. Senyawa yang terpilih diuji secara in vitro menggunakan uji luminesensi SIRT-Glo^TM.

Analisis interaksi ikatan antara ligan dan reseptor SIRT1 (PDB ID 4zzj dan 5btr) menunjukkan selektivitas ligan adanya interaksi hidrofobik pada Leu206, Ile223, Ile227. Interaksi ikatan hidrogen antara [Glu230 dengan Arg446] dan Arg234 (daerah allosterik) dengan Arg446, Val459, His473, Asp475 (daerah katalitik), karena adanya interaksi ini menjadi dekat ke arah daerah substrat. Hasil penapisan virtual menggunakan model farmakofor berbasis struktur adalah mulberrin dan model farmakofor berbasis ligan adalah gartanin, kuinidin dan kuinina sebagai prediksi terbaik aktivator SIRT1. Analisis In silico, perhitungan MM-GB(PB)SA mengkonfirmasi bahwa mulberrin, gartanin, kuinidin, kuinina menunjukkan interaksi ikatan pada daerah allosterik dan uji in vitro nilai EC₅₀ masing-masing adalah 2,10; 1,79; 1,71; 1,14μM. Jadi, dari studi in silico dan in vitro senyawa mulberrin, gartanin. kuinidin, dan kuinina, menjadi kandidat potensial untuk aktivator SIRT1.

 

---

Sirtuin 1 (SIRT1) is a class III family of protein histone deacetylases involved in NAD⁺-dependent deacetylation reactions. It has been suggested that SIRT1 activators, in a therapeutic approach for type 2 diabetes mellitus. Drug design can be performed in silico using molecular dynamic approaches to accelerate and facilitate identification of the best compound candidates and their physicochemical characteristics and hit-to-lead selection.

This study aimed to explore and identify medicinal plant compounds calorie restriction mimetic from Indonesian Herbal Database (HerbalDB) that might potentially become a candidate for SIRT1 activators through a combination of in silico and in vitro methods. Two pharmacophore models were developed using co-crystalized ligands that allosterically bind with SIRT1 similar to the putative ligands used by SIRT1 activators. Then, these were used for the virtual screening of HerbalDB. The identified compounds were subjected to molecular docking with the AutoDock4Zn program and 50-ns molecular dynamics simulation using the Amber program. Molecular dynamics simulation was analyzed using MM-GB(PB)SA methods.  The compounds identified by these methods were tested in an in vitro study using a SIRT-Glo^TM luminescence assay. Interaction analysis between activator ligand and the SIRT1 receptor (PDB IDs 4zzj and 5btr) revealed the ligand’s selectivity for hydrophobic interaction at Leu206, Ile223, Ile227. Hydrogen bond interactions between [Glu230 with Arg446] and Arg234 (allosteric region) with Val459, His473, and Asp475 (catalytic region) brought them close to the bounding substrate area. Virtual screening using structure-based pharmacophores predicted that mulberrin as the best candidate SIRT1 activator. Virtual screening using ligand-based pharmacophores predicted that gartanin, quinidine and quinine to be the best candidates as SIRT1 activators. The molecular docking studies showed the important residues involved were Ile223 and Ile227 at the allosteric region. The MM-GB(PB)SA calculations confirmed that mulberrin, gartanin, quinidine, quinine showed activity at allosteric region and their EC₅₀ in vitro values are 2.10; 1.79; 1.71; 1.14µM, respectively. Thus, mulberrin, gartanin, quinidine, and quinine, to be a potential candidate for SIRT1 activators.

 

"

"Kanker merupakan suatu penyakit pada tingkat sel yang ditandai dengan kelainan mekanisme kontrol seluler. Metabolisme sel-sel kanker sangat bergantung pada jalur glikolitik dalam memproduksi adenosin trifosfat (ATP), bahkan saat adanya oksigen yang berlimpah (efek Warburg). Heksokinase (HK) merupakan enzim utama yang berperan pada peningkatan glikolisis, terutama pada kondisi kanker yang umumnya ditandai oleh tingginya penyerapan dan metabolisme glukosa. Oleh karena itu, inhibitor HK menarik untuk diteliti sebagai salah satu strategi pengobatan kanker, khususnya inhibitor HK 2. Heksokinase memiliki tiga macam isoform lain (HK 1, 3, dan 4) yang mempunyai kemiripan pada sekuens asam aminonya. Pada penelitian ini, dilakukan penyejajaran sekuens dan pemodelan homologi. Penambatan molekuler makromolekul HK 2 manusia dan model HK 1, 3, dan 4 dilakukan terhadap masing-masing situs aktif HK manusia menggunakan AutoDock Vina melalui program PyRx. Persentase kemiripan keseluruhan sekuens antara HK 2 dan model HK 1, 3, dan 4 berturut-turut adalah 73,75%, 56,59%, dan 56,82%. Parameter optimasi yang digunakan untuk penambatan molekuler yaitu grid box ukuran 22,5 x 22,5 x 22,5 Å dan exhaustiveness sebesar 8. Berdasarkan hasil analisis selektivitas, didapatkan nilai indeks selektivitas senyawa inhibitor heksokinase dalam rentang 0,31-0,84 pada HK 1, 0,51-1,25 pada HK 3, dan 0,22-1,66 pada HK4, yang menunjukkan bahwa semua ligan tersebut relatif tidak selektif terhadap makromolekul HK 2 manusia maupun model isoform HK 1-3.

---

Cancer is a cellular level disease characterized by abnormalities in cellular control mechanisms. The metabolism of cancer cells is highly dependent on the glycolytic pathway in producing adenosine triphosphate (ATP), even in the presence of abundant oxygen (Warburg effect). Hexokinase (HK) is the main enzyme that plays a role in increasing glycolysis, especially in cancer that is generally characterized by high absorption and metabolism of glucose. Thus, HK inhibitors are interesting to study as one of the cancer treatment strategies, especially HK 2 inhibitors. Hexokinase has three other types of isoforms (HK 1, 3, and 4) which have similarities in their amino acid sequences. In this research, sequence alignment and homology modelling are carried out. Molecular docking of human HK 2 macromolecules (template) and HK 1, 3, and 4 models was performed on each of the human HK active sites using AutoDock Vina in PyRx program. The percentage similarity of overall sequence between HK 2 and HK 1, 3, and 4 models are 73.75%, 56.59%, and 56.82%, respectively. Optimization parameters used for the molecular docking are grid box with a size of 22.5 x 22.5 x 22.5 Å and exhaustiveness of 8. Based on the results of the selectivity analysis, the selectivity index value of hexokinase inhibitor compounds is in the range of 0.31-0.84 to HK1, 0.51-1.25 to HK3, and 0.22-1.66 to HK4, which shows that all ligands are relatively not selective to both human HK 2 macromolecule or HK 1-3 isoform models."

"Kanker merupakan penyakit akibat pertumbuhan tidak normal dari sel pada jaringan tubuh yang menyerang sel normal di sekitarnya. Penggunaan tanaman herbal Indonesia meningkat setiap tahunnya dalam upaya pengobatan. Penelitian terdahulu menyatakan bahwa defisiensi P53 disebabkan oleh ekspresi berlebih MDM2 sehingga peran P53 sebagai pengendali sel abnormal tidak berjalan. Pada penelitian dilakukan penapisan virtual dari basis data tanaman herbal Indonesia sebagai inhibitor MDM2 menggunakan Autodock dan Autodock Vina yang divalidasi dengan Directory of Useful Decoys-Enhanced. Validasi dilakukan dengan parameter Enrichment Factor, Receiver Operating Characteristics, dan Area Under Curve. Kesimpulan dari validasi adalah ukuran grid 70x70x70 pada Autodock yang memiliki nilai AUC 0,72, sedangkan pada Autodock Vina 0,43. Autodock Vina tidak memenuhi parameter tetapi dilakukan penapisan untuk perbandingan dengan Autodock. Diperoleh 10 senyawa peringkat teratas dengan Autodock yaitu Nimolicinol, Jacoumaric acid, Isoarborinol, Lantic acid, Diosgenin, Theasaponin E1, Taraxasterol, Leucadenone C, Simiarenol, Alpha-Amyrin. ?G -8,83 - 9,65 kkal/mol . Diperoleh 10 senyawa peringkat teratas dengan Autodock Vina yaitu Yuehchukene, Morusin, Cyanidin, Leucadenone C, Roxburghine-B, Ocidentoside, Beta-sitosterol, Curine, Withangulatin, Jacoumaric acid. ?G -8,7 -9,4 kkal/mol . Jacoumaric acid dan Leucadenone C memberikan hasil penapisan virtual pada kedua piranti lunak dan berinteraksi pada daerah aktif MDM2 yaitu residu Leu54, Ile61, Met62, dan Ile99.

---

Cancer is a disease caused by abnormal cells growth that can attack normal cells around it. The use of Indonesian herbal increases for treatment. Past researches declare that P53 deficiency is caused by MDM2 overexpression so the role P53 as a cell regulator does not work. In this research, virtual screening of Indonesian herbal database as MDM2 inhibitor using Autodock and Autodock Vina and validated with Directory of Useful Decoy Enhanced. Validation parameter done with Enrichment Factor, Receiver Operating Characteristics, and Area Under Curve. The conclusion of validation is grid box 70x70x70 on Autodock with AUC value 0,72, while in Autodock Vina 0,43. Autodock Vina is not fulfill the parameter standar but still screned for comparasion. Based on the virtual screening result, top ten compounds from Autodock are Nimolicinol, Jacoumaric acid, Isoarborinol, Lantic acid, Diosgenin, Theasaponin E1, Taraxasterol, Leucadenone C, Simiarenol, Alpha Amyrin. G 8,83 9,65 kkal mol . Virtual screening result from Autodock Vina are Yuehchukene, Morusin, Cyanidin, Leucadenone C, Roxburghine B, Ocidentoside, Beta sitosterol, Curine, Withangulatin, Jacoumaric acid. G 8,7 9,4 kkal mol . Jacoumaric acid and Leucadenone C give a result in both software ans interacts with the active site in MDM2 at residue Leu54, Ile61, Met62, and Ile99."

"Transkriptase balik HIV-1 merupakan salah satu enzim virus HIV yang sangat vital untuk reproduksi virus. Pertumbuhan virus HIV dapat berkurang secara signifikan apabila fungsi enzim tersebut terhambat. Saat ini, pengobatan HIV telah banyak diterapkan, tetapi pengobatan yang lebih efektif selalu dibutuhkan karena kemungkinan resisten yang terjadi dan efek samping dari penggunaan regimen obat dalam jangka panjang. Pencarian dilakukan dari sumber-sumber alam yang memiliki potensi sebagai obat. Berdasarkan penelitian sebelumnya, terdapat beberapa senyawa alam yang memiliki afinitas tinggi terhadap enzim transkriptase balik HIV-1 dan beberapa dari senyawa tersebut merupakan glikosida flavonoid. Oleh karena itu, untuk mempelajari lebih lanjut tentang glikosida flavonoid, khususnya pengaruh gugus glikon dalam interaksi dengan enzim transkriptase balik HIV-1, dilakukan analisis in silico senyawa glikosida flavonoid terhadap enzim transkriptase balik HIV-1 dengan metode penambatan menggunakan parameter AutoDock. Dari hasil penambatan, senyawa glikosida flavonoid terbaik yang direkomendasikan ialah yang memiliki energi ikatan bebas dengan nilai rendah, yaitu kaempferol-3-O-rhamnosida, mirisetin-3-O-rhamnosida, dan kuersetin 3-O-rhamnosida. Ketiga senyawa ini memiliki nilai energi ikatan bebas yang baik karena berinteraksi dengan asam amino kunci Tyr181 serta memiliki interaksi atau ikatan dengan asam amino lain yang tersebar pada tiga cincin flavonoid dan juga pada gugus gula. Gugus glikon pada glikosida flavonoid terlihat memberikan pengaruh dalam interaksi dengan enzim transkriptase balik HIV-1.

---

HIV 1 reverse transcriptase is one of HIV rsquo s vital enzymes for virus reproduction. The multiplication of the virus can be significantly decreased if this enzyme is inhibited. There are currently a lot of treatments for HIV, but a more effective treatment is always needed because of the possibility of drug resistance and its side effects for a long term use. The search is done from natural sources that have potential as a medicine. Based on previous study, there are some natural compounds with high affinity to the HIV 1 reverse transcriptase enzyme and some of these compounds are flavonoid glycosides. Therefore, to learn more about flavonoid glycosides, especially the effect of the glycone group in its interaction with the HIV 1 reverse transcriptase, an in silico analysis is done by using docking method with AutoDock parameters. The results showed that the most recommended flavonoid glycosides are those with the lowest binding energy, which were kaempferol 3 O rhamnoside, myricetin 3 O rhamnoside, and quercetin 3 O rhamnoside. This is suggested because of their interaction with the key amino acid Tyr181 and also the interaction with other amino acids that spread on all three flavonoid rings and also on sugar group. The glycone groups of flavonoid glycosides appear to have an effect in the interaction with HIV 1 reverse transcriptase enzyme. "

"Senyawa turunan eugenol diduga dapat menginhibisi Bcl-2 pada sel kanker kolorektal HT29. Penelitian ini bertujuan untuk memperoleh senyawa baru turunan eugenol yang dapat menghambat sel kanker kolorektal HT29 secara in vitro dan menurunkan ekspresi Bcl-2 pada mencit yang mengalami pre-klamsia terhadap kolon secara in vivo. Penelitian ini diawali dengan melakukan desain senyawa turunan secara in silico. Hasil senyawa hit disintesis di laboratorium. Uji secara in vitro, uji apoptosis dan uji in vivo dilakukan berturut-turut pada hasil senyawa sintesis. Hasil in silico, dari skrining secara farmakofor dengan rancangan acak lengkap menggunakan 220 senyawa desain. Berdasarkan fitur farmakofor dengan cut off 5 fitur dihasilkan 23 senyawa. Hasil skrining farmakofor dilakukan docking menghasilkan delapan senyawa yaitu senyawa 4 rsquo;- 2-kloro-3-hidroksipropil -2 rsquo;-metoksifenil 2-hidroksibenzoat 57, 4 rsquo;- 2-kloro-3-hidroksi-propil -2 rsquo;-hidroksifenil 2-hidroksibenzoat 167, S -4 rsquo;- 2,3-dihidroksipropil -2 rsquo;-metoksifenil 2-hidroksibenzoat 59, R -4 rsquo;- 2,3-dihidroksipropil -2 rsquo;-metoksifenil 2-hidroksibenzoat 60, 4 rsquo;-alil-2 rsquo;-metoksifenil 4-amino-2-hidroksibenzoat 71, 4 rsquo;-alil-2 rsquo;-hidroksifenil 4-amino-2-hidroksibenzoat 181, 4 rsquo;-alil-2 rsquo;-metoksifenil 3,4,5-trihidroksibenzoat 86 dan 4 rsquo;-alil-2 rsquo;-metoksifenil 3,5-diihidroksi-4-metoksibenzoat 91 dengan energi ikatan lebih negatif dari standar. Delapan senyawa hasil skrining disintesis melalui reaksi esterifikasi, adisi halogen, hidroksilasi dan demetilasi. Hasil sintesis diuji aktivitas penghambatannya secara in vitro terhadap sel HT29 kanker kolon. Aktivitas penghambatan terhadap sel HT29 menunjukkan nilai IC50 antara 82.98 g/mL - 8.455 g/mL. Nilai IC50 tersebut lebih negatif dibandingkan senyawa penuntun eugenol. Hubungan Kuantitatif Struktur Aktivitas terhadap sel line HT29 menghasilkan persamaan Log 1/IC50 = -0.865-0.210 LogP 2 1.264 logP -0.994CMR n=10; r=0.706; SE:0.21; F=0.497, sig=7.86 . Persamaan menunjukkan variabel log P dan CMR berpengaruh terhadap IC50. Sifat hidrofobisitas log P lebih berperan dibandingkan dengan sifat sterik CMR . Hasil uji in vivo terhadap mencit Mus musculus menunjukkan senyawa turunan 59 memiliki nilai HE dan IHK mendekati kontrol positif. Peningkatan dosis pemberian menyebabkan peningkatan degradasi Bcl-2 pada jaringan mendekati kontrol normal. Hasil penelitian menunjukkan bahwa senyawa baru turunan eugenol 59 yang diperoleh dapat menghambat kanker kolorektal secara in vitro dan in vivo.

---

Compounds derived from eugenol are thought to inhibit Bcl 2 in HT29 colorectal cancer cells. The aim of this study was to obtain new compounds of eugenol derivatives that could inhibit in HT29 cell invitro test and decrease of Bcl 2 expression in mice pre clammed on colon with invivo test. This research begins by designing in silico derivative compounds. The result of the hit compound is synthesized in the laboratory. In vitro tests, apoptotic test and in vivo test were performed successively on the result of the synthesis compound. In silico yield, from a complete randomized pharmacophore screening using 220 design compounds. Based on the pharmacophore features with cut off 5 features produced 23 compounds. The results of pharmacophore screening conducted docking which yielded eight compounds of compound 4 rsquo 2 chloro 3 hydroxypropyl 2 rsquo metohoxyphenyl 2 hydroxybenzoat 57, 4 rsquo 2 chloro 3 hidroxy propyl 2 rsquo hydroxyphenyl 2 hydroxybenzoat 167, S 4 rsquo 2,3 dihydroxypropyl 2 rsquo methoxyphenyl 2 hydroxybenzoat 59, R 4 rsquo 2,3 dihydroxypropyl 2 rsquo methoxyphenyl 2 hydroxybenzoat 60, 4 rsquo allyl 2 rsquo methoxyphenyl 4 amino 2 hydroxybenzoat 71, 4 rsquo allyl 2 rsquo hydroxyphenyl 4 amino 2 hydroxybenzoat 181, 4 rsquo allyl 2 rsquo methoxyphenyl 3,4,5 trihydroxybenzoat 86 dan 4 rsquo allyl 2 rsquo methoxyphenyl 3,5 dihydroxy 4 methoxybenzoat 91 with energy binding more negative than standard. The eight compounds of the screening are synthesized by esterification reaction, addition with halogen, hydroxylation. And demetylation The synthesis results were tested in vitro inhibitory activity against HT29 colon cancer cells. The inhibitory activity against HT29 cells shows an IC50 value between 82.98 g mL 8,455 g mL. The value of IC50 is better than the eugenol guiding compound. Quantitative Relation of Structure Activity against cell line HT29 with equation Log 1 IC50 0.865 0.210 LogP 2 1.264 logP 0.994CMR n 10 r 0.706 SE 0.21 F 0.497, sig 7.86 . This equation showed that log P and CMR have effect with IC50. Hydrophobicity log P more of effect compared than steric parameters CMR . In vivo test of Mus musculus that showed compound derivative 59 based on HE and IHK values approaching positive control. Increased dosage of administration leads to an increase in Bcl 2 degradation in tissues near normal control. The results showed that the new compound derived eugenol 59 obtained can inhibit colorectal cancer in vitro and in vivo."

"Penyakit paru obstruktif kronis sebagai penyakit yang ditandai dengan adanya pembatasan aliran udara progresif yang bersifat irreversible terhadap respon inflamasi abnormal dari paru-paru karena adanya partikel atau gas berbahaya. Berdasarkan data Global Initiative for Chronic Obstructive Lung Disease (GOLD) terdapat 65 juta orang menderita penyakit paru obstruktif kronis (PPOK) dan 3 juta orang meninggal setiap tahunnya dan merupakan penyebab utama kematian ketiga di dunia. Penelitian ini menggunakan dua pendekatan studi, pendekatan bioinformatika dan pendekatan in vivo. Pendekatan bioinformatika ini bertujuan untuk mengidentifikasi pathogenesis PPOK menggunakan jejaring farmakologi serta mengidentifikasi kandidat baru senyawa inhibitor ST2/IL-33 menggunakan metode komputasi dengan cara analisis farmakofor, virtual screening dan docking. Hasil pendekatan bioinformatika melalui jejaring farmakologi menunjukan bahwa gen AKT1, TNF, IL-6, ACTB. EGF, VEGFA, STAT3, MAPK3, MYC, JUN, IL10, CCL2 memiliki peranan penting dalam patogenesis penyakit obstruksi kronis yang diinduksi dengan asap rokok elektronik. Hasil farmakofor native ligand (NAG) menunjukkan empat donor ikatan hidrogen dan lima ikatan hidrogen akseptor, dan ligand dihydroergochristine menunjukkan tiga donor ikatan hidrogen dan lima akseptor ikatan hidrogen. Dari hasil analisis docking dihydroergochristine dengan reseptor ST2 menunjukkan energi ikatan yang lebih tinggi (- 10.2 kkal/mol) terhadap reseptor ST2 protein dibandingkan dengan senyawa lain. Pendekatan in vivo menggunakan mencit betina Mus musculus yang dibagi menjadi 6 kelompok: kontrol, kontrol negatif, kontrol positif diberikan inhalasi budesonid 1mg/kg BB/hari, serta 3 kelompok variasi dosis dihydroergochristine 0,0040mg/21gBB mencit/hari; 0,081mg/21gBB mencit/hari; 0,0163mg/21gBB mencit/hari secara inhalasi. Mencit dipaparkan asap rokok elektronik (36 puff sekali sehari selama 8 minggu), kemudian diobati dengan dihydroergochristine atau budesonid selama 3 minggu. Berdasarkan uji statistik pada hasil uji in vivo terdapat beberapa perbedaan bermakna (p < 0.05) pada parameter berat badan dan parameter hematologi. Pada parameter histologi persentase sel goblet kelompok kontrol sebesar 3,35 %, kelompok kontrol negatif 51,34 %, kelompok kontrol positif 5,52 %, kelompok D1 30,29 %, kelompok D2 33,94 %, dan kelompok D3 sebesar 16,13 %. Persentase kolagen kelompok kontrol sebesar 7.34 %, kelompok kontrol negatif sebesar 26.44 %, kelompok kontrol positif 8.62 %, kelompok D1 sebesar 23.82 %, kelompok D2 sebesar 21.01 %, dan kelompok D3 sebesar 12.56 %. Persentase penebalan dinding bronkus kelompok kontrol normal sebesar 5.57 %, sedangkan pada kelompok kontrol negatif sebesar 23.25 %, kelompok kontrol positif sebesar 6.28 %, kelompok dosis satu sebesar 17.08 %, kelompok dosis dua sebesar 16.53 %, dan kelompok dosis tiga sebesar 12.93 %. Peningkatan kadar IL-6 pada kelompok kontrol sebesar 4.10 pg/ml, kontrol negatif sebesar 102.39 pg/ml, kelompok kontrol positif mimiliki kadar IL-6 sebesar 23.74 pg/ml, kelompok D1 sebesar 94.08 pg/ml, kelompok D2 sebesar 60.75 pg/ml, dan pada kelompok D3 memiliki kadar IL-66 sebesar 36.18 pg/ml. Peningkatan kadar karboksihemoglobin pada kelompok kontrol sebesar 18.40 ng/ml, kontrol negatif sebesar 87.53 ng/ml, kelompok kontrol positif memiliki kadar karboksihemoglobin sebesar 22.45 ng/ml, kelompok D1 sebesar 83.57 ng/ml; kelompok D2 sebesar 50.29 ng/ml; dan pada kelompok D3 memiliki kadar IL-66 sebesar 32.36 ng/ml. Berdasarkan hasil penelitian, senyawa dihydroergochristine dapat menurunkan dan memperbaiki inflamasi pada penyakit paru obstruktif kronis

---

Chronic obstructive pulmonary disease as a disease characterized by the presence of progressive irreversible air flow restrictions to abnormal inflammatory responses of the lungs due to the presence of harmful particles or gases. Based on data from the Global Initiative for Chronic Obstructive Lung Disease (GOLD), there are 65 million people suffering from chronic obstructive pulmonary disease (COPD) and 3 million people die every year and is the third leading cause of death in the world. This research uses two study approaches, the bioinformatics approach and the in vivo approach. This bioinformatics approach aims to identify COPD pathogenesis using pharmacological networks and identify new candidates for ST2/IL-33 inhibitor compounds using computational methods using pharmacophore analysis, virtual screening and docking. The results of the bioinformatics approach through pharmacological networks showed that the AKT1, TNF, IL-6, ACTB genes. EGF, VEGFA, STAT3, MAPK3, MYC, JUN, IL10, CCL2 have an important role in the pathogenesis of chronic obstructive disease induced by electronic cigarette smoke. The results of the pharmacophore native ligand (NAG) showed four hydrogen bond donors and five acceptor hydrogen bonds, and the dihydroergochristine ligands showed three hydrogen bond donors and five hydrogen bond acceptors. From the results of the docking analysis of dihydroergochristine with ST2 receptors showed a higher bond energy (-10.2 kcal / mol) to the ST2 receptor protein compared to other compounds. The in vivo approach used female mice Mus musculus which was divided into 6 groups: control, negative control, positive control given budesonid inhalation 1mg/kg BB/day, as well as 3 groups of dihydroergochristine dose variation groups of 0.0040mg/21gBB mice/day; 0.081mg/21gBB mice/day; 0.0163mg/21gBB mice/day inhaled. Mice were exposed to electronic cigarette smoke (36 puffs once a day for 8 weeks), then treated with dihydroergochristine or budesonid for 3 weeks. Based on the statistics analysis in the in vivo test results, there are several significant differences (p < 0.05) in weight parameters and hematology parameters. In the histological parameters, the percentage of goblet cells of the control group was 3.35%, the negative control group was 51.34%, the positive control group was 5.52%, the D1 group was 30.29%, the D2 group was 33.94%, and the D3 group was 16.13%. The collagen percentage of the control group was 7.34%, the negative control group was 26.44%, the positive control group was 8.62%, the D1 group was 23.82%, the D2 group was 21.01%, and the D3 group was 12.56%. The percentage of thickening of the bronchi walls of the normal control group was 5.57%, while in the negative control group of 23.25%, the positive control group was 6.28%, the first dose group was 17.08%, the second dose group was 16.53%, and the third dose group was 12.93%. The increase in IL-6 levels in the control group was 4.10 pg/ml, the negative control was 102.39 pg/ml, the positive control group had IL-6 levels of 23.74 pg/ml, the D1 group was 94.08 pg/ml, the D2 group was 60.75 pg/ml, and in the D3 group it had IL-66 levels of 36.18 pg/ml. Increased levels of carboxyhemoglobin in the control group of 18.40 ng/ml, negative control of 87.53 ng/ml, the positive control group had carboxyhemoglobin levels of 22.45 ng/ml, group D1 of 83.57 ng/ml; group D2 of 50.29 ng/ml; and in the D3 group, it had an IL-66 content of 32.36 ng/ml. Based on the results of the study, dihydroergochristine compounds can reduce and improve inflammation in chronic obstructive pulmonary disease.

"