Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Keamanan dari vaksin terapetik untuk kanker serviks yang didasarkan pada antigen HPV E6 perlu dipastikan dengan uji interaksi antara vaksin dan protein p53. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mendapatkan plasmid rekombinan untuk ekspresi protein rekombinan p53 yang akan digunakan dalam uji interaksi. Enzim RevertAid dan primer random hexamer digunakan untuk mendapatkan cDNA dari sel HeLa yang akan digunakan sebagai cetakan PCR dengan menggunakan enzim Platinum Taq DNA Polymerase High Fidelity dan primer p53 spesifik. Produk PCR yang dihasilkan sebesar 1204 bp yang mengandung gen p53 dengan adanya penambahan situs restriksi endonuklease SalI dan PstI. Setelah pemotongan dengan enzim SalI dan PstI, produk PCR diligasi dengan plasmid pQE-80L yang juga sudah dipotong dengan enzim yang sama. Campuran ligasi digunakan untuk transformasi ke dalam Escherichia coli TOP10. Keberadaan fragmen DNA p53 yang berhasil dimasukkan ke dalam plasmid rekombinan yang sudah berada di dalam transforman diverifikasi menggunakan PCR, pemotongan DNA rekombinan, dan sekuensing. Hasil penelitian menunjukkan bahwa gen p53 manusia berhasil diklon ke pQE-80L dengan adanya mutasi pada urutan basa nukleotida ke-386.

---

In order to confirm the safety of a therapeutic vaccine for cervical cancer that is based on HPV E6 antigen, an interaction assay between the vaccine and the p53 protein is required. The aim of this study is to obtain a recombinant plasmid for expression of p53 recombinant protein that will be used in the interaction assay. The RevertAid enzyme and random hexamer primer was employed to obtain cDNA from HeLa cell that will be used as template in PCR using the Platinum Taq DNA Polymerase High Fidelity enzyme and p53 specific primer set, to generate a 1204 bp PCR product containing the p53 gene, with flanking SalI and PstI endonuclease restriction sites. Following restriction with SalI and PstI enzyme, the PCR product was ligated with the plasmid pQE 80L that has been linearized by restriction with the same enzymes. The ligation mixture was used for transformation of Escherichia coli TOP10. The presence of the inserted p53 DNA fragment in the recombinant plasmid harboured by the transformants was verified using PCR, digestion of recombinant plasmids, and sequencing. The results showed that the human p53 gene was successfully cloned into pQE 80L with a mutation at position 386 of the p53 nucleotide base sequence."

"Peran protein retinoblastoma (pRb) dalam pencegahan pembentukan tumor diinhibisi oleh interaksinya dengan protein E7 HPV pada kanker serviks. Oleh sebab itu, perlu dilakukan strategi pengembangan uji in vitro untuk analisis interaksi pRb dan E7, terutama dalam pengembangan vaksin HPV berbasis antigen E7. Protein pRb dapat diperoleh dalam bentuk protein rekombinan yang diproduksi pada bakteri Escherichia coli. Penelitian bertujuan untuk memperoleh klona gen RB1 dalam vektor pQE_80L. Sintesis gen RB1 (2787 pb) dilakukan dengan metode PCR overlap extension. Fragmen gen RB1 dan vektor didigesti dengan enzim restriksi BamHI dan SalI kemudian diligasikan dengan enzim T4 ligase. Hasil ligasi ditransformasi ke dalam Escherichia coli TOP10 secara kejut panas. Hasil transformasi diseleksi menggunakan PCR koloni untuk mengidentifikasi keberadaan DNA sisipan. Sebanyak 1 dari 27 koloni yang diseleksi mengandung plasmid rekombinan. Plasmid rekombinan kemudian diisolasi dan diverifikasi dengan digesti dan sekuensing. Hasil analisis digesti dan sekuensing menunjukkan gen RB1 berhasil disisipkan ke vektor pQE_80L. Namun terdapat beberapa mutasi, yaitu substitusi (c.117G>A dan c.2316T>C) serta mutasi delesi (c.719_724delAAACAG).

---

The role of human retinoblastoma protein (pRb) as tumor suppressor is inhibited by its interaction with HPV E7 protein in cervical cancer. Therefore, it is interesting to develop strategy for development of in vitro assay to analyze pRb and E7 interaction, especially in the development of therapeutic HPV vaccine that is based on E7 antigen. The pRb protein can be provided in the form of recombinant protein that is poduced in Escherichia coli. The study objective was to obtain RB1 gene clone in pQE_80L vector. The synthesis of RB1 gene (2787 pb) was performed by using overlap extension PCR. The RB1 gene fragment and vector was digested by BamHI and SalI restriction enzyme then ligated by T4 ligase enzyme. The ligation product was transformed into Escherichia coli TOP10 with heat shock. The transformation result was screened using colony PCR to identify the presence of insert DNA. There was 1 out of 27 selected colonies that carried the recombinant plasmid. The recombinant plasmid then isolated and verified with digestion and sequencing. The results of digestion and sequencing analysis showed that RB1 gene was successfully inserted into pQE_80L vector. However, there were mutations which were substitution (c.117G>A and c.2316T>C) and deletion (c.719_724delAAACAG)."

"Infeksi HIV-1 merupakan salah satu permasalahan kesehatan di Indonesia yang perlu diteliti untuk mendapatkan strategi intervensi yang sesuai dengan galur virus yang bersirkulasi di Indonesia. Untuk pengembangan kultur galur HIV Indonesia, diperlukan antibodi spesifik terhadap protein awal HIV-1 yaitu Tat dan Rev sebagai marka infeksi HIV pada sel yang terinfeksi HIV-1. Penelitian ini bertujuan untuk mendapatkan plasmid pengekspresi bagian immunodominant protein fusi Tat dan Rev pada sistem ekspresi mamalia agar dapat dimanfaatkan untuk menginduksi pembentukan antibodi spesifik pada hewan coba mamalia. Susunan DNA penyandi protein fusi Tat dan Rev didapat dengan melakukan analisis optimasi kodon penyandi susunan asam amino protein fusi menggunakan piranti lunak GenScript, untuk mendapatkan nilai Codon Adaptation Index CAI > 0.80 pada sistem ekspresi mamalia. Susunan nukleotida yang diperoleh kemudian diberikan tambahan susunan nukleotida situs restriksi pada bagian 5 rsquo; dan 3 rsquo; untuk memudahkan pengklonaan ke dalam vektor ekspresi dan dipesan ke penyedia jasa sintesis asam nukleat. Potongan DNA sisipan TatRev, penyandi protein fusi TatdanRev diperoleh dari penyedia jasa sintesis dalam bentuk terklona dalam plasmid pUC19. Agar dapat terekspresi dalam sistem ekspresi mamalia, DNA sisipan dipotong dengan enzim restriksi KpnI dan HindIII dari plasmid pUC19 dan disubklona ke dalam situs restriksi KpnI dan HindIII pada plasmid pTriEx-4. Analisis restriksi enzim Kpn I dan Hind III plasmid rekombinan yang diperoleh dengan elektroforesis jel agarosa menunjukkan adanya dua pita yang bermigrasi sesuai ukuran plasmid pTriEx-4 dan DNA sisipan TatRev, yaitu sebesar 5000 pb dan 600 pb.

---

HIV 1 infection is one of the health problems in Indonesia that is necessary to be studied in order to obtain intervension strategies that is in accordance with the circulating viral strains in Indonesia. In order to develop culture of Indonesian HIV strainss, specific antibodies towards early proteins of HIV, namely Tat and Rev, that are markers of HIV infection in HIV 1 infected cells. This study is aimed at obtaining a plasmid for expression of immunodominant region of Tat and Rev fusion protein in mammalian expression system to be used for stimulation of specific antibody formation in mammals as experimental animal. Nucleotide sequence of DNA encoding the Tat and Rev fusion protein was obtained by codon optimization analysis of the amino acid sequence of the fusion protein using the GenScript software, to obtain a Codon Adaptation Index CAI 0.80 for mammalian expression system. The nucleotide sequence that is obtained was then added with recognition sequences for enzymatic restriction at the 5 rsquo and 3 rsquo end to facilitate cloning into expression vector, and requested to a service provider for nucleic acid synthesis. The TatRev insert DNA, encoding the fusion protein of Tat and Rev was obtained from the nucleic acid synthesis service provider in the formed of cloned DNA in the plasmid pUC19. For expression in mammalian expression system, the insert DNA was restricted using restriction enzymes KpnI and HindIII from the pUC19 plasmid and subcloned into the KpnI and HindIII restriction sites in plasmid pTriEx 4. Agarose gel electrophoresis analysis of KpnI and HindIII enzymatic restriction of the resulting recombinant plasmid showed the presence of two bands that migrated according to the sizes of the plasmid pTriEx 4 and the TatRev insert DNA, namely 5000 bp and 600 bp."

"Tat Oyi HIV-1 merupakan komponen vaksin penelitian yang sedang dipelajari sebagai vaksin terapeutik untuk HIV. Vaksin terapeutik HIV merupakan jenis vaksin yang dirancang untuk memperbaiki respon kekebalan tubuh terhadap HIV pada orang yang sudah terinfeksi HIV. Tat Oyi digunakan sebagai komponen vaksin karena sifatnya yang tidak toksik. Protein Tat Oyi didapatkan dari hasil gen Tat Oyi yang telah diekspresikan, ekspresi protein Tat Oyi dilakukan dengan mengekspresikan gen Tat Oyi ke dalam suatu vektor ekspresi. Ekspresi Protein membutuhkan gen Tat Oyi dalam jumlah banyak dan konsentrasi tinggi untuk itu dilakukan pengklonaan agar didapatkan jumlah yang mencukupi. Pensubklonaan gen Tat Oyi ini dilakukan dalam suatu vektor klona pQE-80L. Plasmid rekombinan Tat Oyi diperbanyak dalam sel inang Escherichia coli TOP10. Hasil yang diperoleh dari pensubklonaan ini adalah klona gen Tat Oyi dalam plasmid rekombinan pQE-80L. Tujuan dilakukan pensubklonaan adalah untuk memperbanyak gen Tat Oyi yang akan dibutuhkan dalam proses ekspresi protein Tat Oyi. Hasil verifikasi digesti dan sekuensing menunjukkan gen Tat Oyi HIV-1 berhasil disisipkan ke dalam vektor pQE-80L tetapi terdapat sebanyak 42 nukleotida dan 14 asam amino terdelesi.

---

Tat Oyi HIV-1 is a component of a research vaccine that is being studied as a therapeutic vaccine for HIV. The therapeutic HIV vaccine is a type of vaccines designed to improve the response to HIV in people who have already HIV infected. Tat Oyi is used as a component of vaccines because of its non-toxic nature. Tat Oyis protein is obtained from the results of Tat Oyi gene expression. Tat Oyi protein expression was received from the results of the expressed Tat Oyi gene. Protein expression requires a large amount and high concentrations of Oyi genes for which cloning is carried out in order to obtain sufficient amount. The Tat Oyi gene subcloning is carried out in the pQE-80L clone vector. Recombinant Tat Oyi plasmids were reproduced in the host cell, which type is E. coli TOP10. The results obtained from this subcloning are the clones of the Tat Oyi gene in the recombinant pQE-80L plasmids. The purpose of the subcloning was to multiply the Tat Oyi gene that would be needed in the process of Tat Oyis protein expression. The digestion and sequencing verification results showed the Tat Oyi HIV-1 gene is successfully inserted into the pQE-80L vector. However, 42 nucleotides and 14 amino acids are deleted."

"Telah dilakukan penelitian selama 9 bulan (Februari--Oktober 2008) di Laboratorium Mikrobiologi Klinik FKUI dengan tujuan memperoleh klona pembawa fragmen gen tat HIV-1 strain pNL43. Gen tersebut menyandikan protein Tat yang berperan dalam meningkatkan ekspresi gen-gen HIV. Sintesis fragmen gen tat HIV-1 dilakukan melalui PCR overlapping. Fragmen gen tat HIV-1 (326 pb) dan vektor plasmid pQE-80L (4700 kb) yang telah dipotong dengan enzim XmalI dan SalI kemudian diligasi menggunakan T4 DNA ligase. Hasil ligasi ditransformasi secara kejut panas ke dalam Escherichia coli TOP10 dan diseleksi pada medium LB agar (+ampisilin). Sebanyak 15 koloni transforman dari 81 koloni yang berhasil diperoleh, kemudian diisolasi DNA plasmidnya dan dianalisis digesti serta diverifikasi melalui PCR. Hasil analisis digesti menunjukkan terdapat 4 koloni pembawa plasmid rekombinan yang ditunjukkan oleh visualisasi pita DNA berukuran 316 pb. Verifikasi PCR dengan primer pQE-forward dan Ex2-TatpNL4C menunjukkan bahwa fragmen gen tat HIV-1 berhasil disisipkan dan diklona ke dalam E.coli TOP10."

"Latar Belakang: APOBEC3G, apolipoprotein B mRNA-editing enzyme, catalytic polypeplidelike JG, merupakan protein manusia yang dapat mengganggu replikasi HIV dengan memasukkan dirinya ke dalam partikel virus dan merusak susunan materi genetik virus. Beberapa studi terbaru menunjukkan bahwa APOBEC3G manusia mengatur infektivitas HIV-1 dengan mendeaminasi dC menjadi dU pada rantai minus DNA yang baru dibentuk, menyebabkan hipermutasi G menjadi A dari rantai plus DNA viral.Induksi hlpermutasi oleh APOBEC3G dapat menyebabkan pembentukan stop kodon pada ORF protein virus dan memicu degradasi DNA virus oleh glikosilase DNA urnsil yang selanjutuya dapat menghambat replikasi HIV. Protein ini layak untuk diteliti lebih lanjut dalam rangka pengembangan anti retrovirus yang berbasis pacta mekanisme penghambatan replikasi HIV-1 melalui jalur APOBEC3G. Sebagai langkab awal, diperlukan sistem ekspresi gen APOBEC3G yang akan diperoleh melalui sintesis dan kloning gen APOBEC3G ke dalam vektor ekspresi DNA rekombinan.Metode: Untuk mendapatkan mRNA APOBEC3G yang akan digunakan sebagai pola cetak dalam sintesis eDNA APOBEC3G, dilalkukan ekstraksi RNA dari sel CEM-GFP menggunakan Rneasy Mini Kit. Agar DNA APOBEC3G lengkap dapat diperoleh dengan lebih mudah, sintesis DNA serat ganda APOBEC3G menggunakan reaksi RT-PCR dua tahap, dibagi atas tiga daerah pada gen APOBEC3G dengan susunan nukleotida yang bertumpang tindih (overlapping) pada bagian ujung segmen DNA yang akan berfungsi sebagai penyambung fragmen-fragmen tersebut menjadi DNA APOBEC3G utub.Hasil: Hasil eksperimen menunjukloan ketiga fragmen APOBEC3G yang masing-masing berukuran 452 pb, 458 pb,dan 433 pb berhasil dibentuk lewat reaksi PCR dengan menggunakan enzim Pfx dan diklona ke dalam vektor plasmid.Kesimpulan: DNA APOBEC3G yang dibagi menjadi 3 fragmen telah berhasil didapat dan terklona ke dalam pBluescript KS (-). Pekerjaan lanjutan akan dilakukan untuk verifikasi sekuen fragmen-fragmen terklona dan menyambung ketiga fragrnen tersebut menjadi DNA APOBEC3G yang utub yang kemudian akan diklona ke dalam vektor ekspresi.

---

Background: APOBEC3G, apolipoprotein B rnRNA-cditing enzyme, catalytic polypeptide-like JG,is a human protein that interferes with the replication of HIV by incorporating itself into virus particles and damaging the genetic material of the virus. Several recent studies revealed that human APOBEC3G regulates HIVI infectivity by dearninating dC to dU in the newly synthesized minus strand DNA, resulting in G to A hypermutation of the viral plus strand DNA.Hypermutation induced by APOBEC3G may result in the introduction of stop codons in viral protein open reading frame and degradation of viral DNA by ura<:il-DNA glyoosylase, therefore blocking HlV replication. This protein is therefore suitable for further investigation for the development of ARV (AntiRetroviral) that is based on mechanism of blocking HIV-1 replication inhibition by APOBEC3G through the pathway. In order to obtain the APOBEC3G protein, an expression system of the APOBEC3G gene is required, which will be obtained by synthesis and cloning of the APOBEC3G gene into an expression vector.Method: To obtain the APOBEC3G mRNA that will be used as template for synthesis of APOBEC3G eDNA by RT-PCR using Omniscript enzyme, we performed RNA extraction from CEM-GFP cell line using the Rneasy Mini !Gt. In order to facilitate the synthesis of a complete APOBEC3G DNA, the APOBEC3G DNA double stranded was divided into three regions with overlapping nucleotide sequences at the DNA ends that function in the joining of the fragments into a full length APOBEC3G DNA.Results: The result of the experiments showed that the three fragments of APOBEC3G gene of 452 bp, 458 bp, and 433 bp, were successfully produced by PCR reaction using Pfx enzyme, and cloned into plasmid vector.Conclusions: APOBEC3G DNA that was divided into three fragments has been obtained and cloned illlo Bluescript KS (-) vector. Further study, will be performed to verifY the cloned fragments, and to fuse the fragments into a complete APOBEC3G DNA that will be cloned into an expression vector."

"ABSTRAKProtein Voltage dependent anion channel 3 (VDAC3) merupakan salah satu kandidat antigen untuk pengembangan metode imunokontrasepsi pada pria. Penelitian bertujuan membuat konstruksi vektor rekombinan gen VDAC3 pada vektor pET100/D-TOPO melalui metode directional TOPO® cloning. Fragmen gen VDAC3 target berukuran 600 bp diamplifikasi dari cDNA yang berasal dari mRNA sel sperma manusia dengan primer spesifik gen VDAC3 ekson 6--10. Gen VDAC3 target disisipi sekuens CACC pada ujung 5? untuk ligasi pada vector menggunakan topoisomerase I. Vektor rekombinan hasil transformasi dengan metode kejutan panas pada sel E. coli TOP10 diseleksi menggunakan medium ampisilin. Analisis transforman dengan PCR colony menggunakan primer gen VDAC3 rekombinan menghasilkan pita DNA berukuran 607 bp. Hasil penelitian menunjukkan gen VDAC3 telah berhasil dikonstruksi ke dalam plasmid pET100/D-TOPO.

---

ABSTRACTVoltage-dependent anion channel 3 (VDAC3) protein is one of antigen candidate for the development of methods immunecontraception in males. The research aims to create a recombinant gene vector construction of VDAC3 gene on pET100/D-TOPO vector via directional TOPO® cloning method. VDAC3 target gene fragment size 600 bp was amplified from cDNA derived from mRNA of human sperm cells with the gene specific primers VDAC3 exons 6--10. VDAC3 target gene inserted at the end of the 5? CACC sequence for ligation to the vector using topoisomerase I. Recombinant vector which is transformed by heat shock on the cell E. coli TOP10 selected using ampicillin medium. Analysis of transformants by colony PCR using the primers VDAC3 recombinant gene produced 607 bp DNA band size. The results of the study showed VDAC3 gene has been successfully constructed into the plasmid pET100/D-TOPO."

"Penelitian bertujuan memperoleh clone gen NS1 DEN-3 strain CH53489 pada vektor ekspresi pET-21d(+) agar gen tersebut dapat diekspresikan oleh Escherichia coli (Migula) Castellani & Chalmers. Penelitian dilakukan di Laboratorium Biopharming, Balai Pengkajian dan Penerapan Teknologi (BPPT), Serpong selama 12 bulan (Maret 2006--Maret 2007). Gen NS1 dengue berukuran 1.050 pb diperbanyak dengan polymerase chain reaction (PCR) menggunakan pasangan primer spesifik (NS1-F dan NS1-R). Vektor ekspresi pET-21d(+) (berukuran 5.440 pb) diperbanyak melalui teknik cloning dalam E. coli DH5α. Produk PCR dan vektor ekspresi pET-21d(+) didigesti dengan BamHI dan XhoI, kemudian diligasi secara in vitro dan ditransformasi dengan kejutan panas ke dalam sel kompeten E.coli DH5α. Sebanyak 129 koloni diperoleh pada medium seleksi SOB ampisilin agar. Sebanyak 26 dari 129 koloni kandidat rekombinan dipilih secara acak untuk diverifikasi menggunakan enzim restriksi (BamHI, XhoI, dan NcoI) dan selanjutnya dilakukan PCR. Verifikasi menghasilkan 3 koloni positif rekombinan. Clone 6D pembawa gen NS1 dengue diverifikasi lebih lanjut melalui sequencing dengan primer T7 promoter. Hasil sequencing dibandingkan dengan data referensi dalam database DNA GenBank melalui pencarian homologi BLASTN. Hasil BLAST menunjukkan sekuens dari clone gen NS1 dengue memiliki homologi sebesar 99% dengan sekuens DEN-3 strain FW06 no. AY858041.1. Clone gen NS1 dengue dalam vektor ekspresi pET-21d(+) telah berhasil diperoleh, namun dengan tingkat keberhasilan yang rendah."