Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Malaria merupakan salah satu infeksi parasit yang menjadi permasalahan di dunia. Tidak adanya vaksin yang efektif dan strain Plasmodium yang resisten terhadap obat antimalaria menunjukkan pentingnya untuk adanya pengembangan agen kemoterapi baru. Metode yang saat ini sedang banyak dikembangkan adalah pencarian obat antimalaria dengan menggunakan penapisan in silico atau dikenal pula dengan nama virtual screening. Salah satu enzim yang berperan dalam perkembangan parasit malaria adalah Plasmodium falciparum Enoyl Acyl Carrier Protein Reductase (PfENR). Inhibisi pada enzim tersebut akan menyebabkan biosintesis lemak tipe II pada parasit akan terhenti. Pada penelitian kali ini dilakukan penapisan in silico menggunakan perangkat lunak GOLD untuk mencari kandidat inhibitor PfENR dengan menggunakan ligan yang terdapat pada database Tanaman Obat di Indonesia. Pada perangkat lunak GOLD dilakukan penambatan molekuler antara ligan dengan makromolekul target yaitu PfENR. Target ini telah dioptimasi dengan penghilangan residu dan penambahan muatan. Ligan diharapkan dapat menjadi inhibitor PfENR. Berdasarkan hasil dari penapisan in silico ini terdapat 5 kandidat senyawa inhibitor yang diharapkan dapat dikembangkan sebagai obat antimalaria. Senyawa tersebut yaitu Kaempferol 3-rhamnosyl-(1-3)-rhamnosyl-(1-6)-glucoside, Cyanidin 3,5-di-(6-malonylglucoside), 8-Hydroxyapigenin 8-(2'',4''-disulfatoglucuronide), Epigallocatechin 3,5,-di-O-gallate, dan Quercetin 3,4'-dimethyl ether 7-alpha-L-Arabinofuranosyl-(1-6)-glucoside dengan kisaran GoldScore dari 80,6236 sampai 100,4109.

---

Malaria is one of problematic infectious diseases worldwide. The absence of an effective vaccine and the spread of drug resistant strains of Plasmodium clearly indicate the necessity for the deveploment of new chemotherapeutic agents. Recent method being developed is searching a new drug of antimalarial using in silico screening, or also known as virtual screening. One of enzyme target that important for growth of the malaria parasite is Plasmodium falciparum Enoyl Acyl Carrier Protein Reductase (PfENR). Inhibition of this enzyme cause the fatty acid biosynthesis type II will be terminated. In this research, in silico screening was performed using GOLD software to find inhibitor candidates of PfENR by using ligands from the database of Medicinal Plants in Indonesia. On the GOLD software moleculer docking experiments were performed between ligands and macromolecule target PfENR. This target that has been optimized with residue removal and charges addition. Ligand is expected to be the PfENR inhibitors. Based on the results obtained from the in silico screening there were 5 inhibitor candidates which expected to be developed as an antimalarials. These compounds were Kaempferol 3-rhamnosyl-(1-3)-rhamnosyl-(1-6)-glucoside, Cyanidin 3,5-di-(6-malonylglucoside), 8-Hydroxyapigenin 8-(2'',4''-disulfatoglucuronide), Epigallocatechin 3,5,-di-O-gallate, and Quercetin 3,4'-dimethyl ether 7-alpha-L-Arabinofuranosyl-(1-6)-glucoside with the GoldScore ranged from 80.6236 to 100.4109."

"ABSTRAKMalaria menjadi masalah kesehatan global utama dengan angka kejadian kemoresistensi yang tinggi, sedangkan ketersediaan obat yang efektif terbatas. Hal tersebut mendasari pentingnya pengembangan obat antimalaria baru. Pendekatan berbasis struktur digunakan untuk merancang analog triklosan dengan target enzim Plasmodium falciparum enoyl acyl carrier protein reductase (PfENR). Gugus fenol disubstitusi dengan gugus metoksi, serta gugus Cl di posisi 2? cincin B dimodifikasi menjadi gugus 2,3-dihidroksi-propionamida. Penambahan dua gugus hidroksi pada cincin B menggunakan metode dihidroksilasi asimetrik Sharpless dengan ligan kiral (DHQ)2PHAL dan (DHQD)2PHAL menghasilkan dua produk analog triklosan sebagai campuran enansiomer. Interaksi molekuler analog triklosan terhadap PfENR ditentukan dengan AutoDock. Campuran enansiomer yang dihasilkan dari ligan kiral (DHQ)2PHAL memiliki rotasi spesifik (+) 0,0833, sedangkan campuran enansiomer yang dihasilkan dari ligan kiral (DHQD)2PHAL memiliki rotasi spesifik (-) 0,0678. Nilai IC50 kedua analog triklosan ditentukan terhadap galur sensitif klorokuin, 3D7. Jumlah parasit dihitung secara mikrokopis melalui apusan darah tipis yang diwarnai Giemsa. Nilai IC50 ditentukan dengan membandingkan parasitemia senyawa uji dengan kontrol yang dianggap memiliki pertumbuhan 100%. Aktivitas antimalaria campuran enansiomer yang dihasilkan dengan (DHQ)2PHAL dan dengan (DHQD)2PHAL memperlihatkan aktivitas yang lebih poten dibandingkan triklosan (IC50 2,72 x 10-2 M), dengan IC50 berturut-turut 3,38 x 10-5 M dan 2,82 x 10-5 M.

---

ABSTRACTMalaria is a major global public health problem that alarming spread of drug resistance and limited number of effective drugs. That reason underline how important it is to discover new antimalarial drug. A structure-based approach has been taken to develop substituted analogs of triclosan that target the key malarial enzyme Plasmodium falciparum enoyl acyl carrier protein reductase (PfENR). The phenol moiety was chemically substituted with methoxy group, and Cl group at posistion 2? in ring B also modified with 2,3-dihydroxy-propionamide group. Sharpless asymmetric dihydroxylation with chiral ligand (DHQ)2PHAL and (DHQD)2PHAL is used to introduce two hydroxyl groups into the ring B to give two analogs of triclosan as enantiomer mixture. The binding energies of two analogs for PfENR were determined using Autodock. The enantiomer mixture generated by chiral ligand (DHQ)2PHAL showed specific rotation of (+) 0,0833, while enantiomer mixture resulted from chiral ligand (DHQD)2PHAL have (-) 0,0678 of specific rotation. The IC50 of two analogs of triclosan were determined against Plasmodium falciparum chloroquin-sensitive strain, 3D7. The number of parasites on thin Giemsa stained smears was calculated microscopically. IC50 determined by comparing paracitemia parasite growth in the presence of compound with that of control without compound. The analog compounds, enantiomer mixture resulted by either (DHQ)2PHAL or (DHQD)2PHAL showed a higher antimalarial activity than triclosan (IC50 2,72 x 10-2 M), with IC50 3,38 x 10-5 M and 2,82 x 10-5 M, respectively."

"Malaria menjadi masalah kesehatan global utama karena banyaknya kejadian resistensi obat, sedangkan ketersediaan obat yang efektif juga terbatas, sehingga mendasari pentingnya pengembangan obat antimalaria yang baru. Berbagai penelitian perancangan obat yang mentarget berbagai enzim terus dilakukan, terutama enzim Plasmodium falciparum Enoyl Acyl Carrier Protein Reductase (PfENR). Penapisan virtual sebagai salah satu metode pendekatan in silico telah digunakan pada pencarian senyawa penuntun dari basis data senyawa ataupun dari basis data bahan alam sebagai inhibitor PfENR. Pada penelitian ini dilakukan penapisan virtual basis data senyawa tanaman obat di Indonesia pada PfENR. Penapisan dilakukan dengan menggunakan piranti lunak AutoDock dan AutoDock Vina. Pada AutoDock Vina dilakukan validasi terlebih dahulu sedangkan pada AutoDock tidak dilakukan karena telah divalidasi oleh peneliti sebelumnya. Hasil validasi AutoDock Vina diperoleh grid box terbaik yaitu 80x80x80. Berdasarkan hasil penapisan diperoleh 10 peringkat senyawa terbaik dari tiap metode dan 5 senyawa irisan dari kedua metode yaitu jacoumaric acid, beta sitosterol glucoside (lyoniside), limacine, leucadenone B, dan yuehchukene.

---

Malaria is a major global public health problem. The alarming spread of its drug resistance and limited number of effective drugs available underline how important it is to discover new antimalarial drug. Various researches have been done to design drug targeting Plasmodium falciparum Enoyl Acyl Carrier Protein Reductase (PfENR) enzymes. Virtual screening as in silico approach has been used to find lead molecules from compound library or natural database as PfENR inhibitors. In this research, virtual screening of Indonesian herbal database was done to PfENR. Virtual screening was done using AutoDock and AutoDock Vina. AutoDock Vina was validated beforehand in order to obtain the best grid box while the virtual screening using AutoDock is not validated because it has been validated by previous researchers. Based on this research, the best grid box for AutoDock Vina is 80x80x80. Top ten ranked compounds were obtained for each method and five the same compound of the two methods that was jacoumaric acid, beta sitosterol glucoside (lyoniside), limacine, leucadenone B, and yuehchukene."

"Sejalan dengan semakin tingginya resistensi terhadap obat antimalaria dalam klinis, terdapat kebutuhan dilakukan pencarian senyawa-senyawa kimia yang berpotensi. Metode komputasi digunakan untuk membantu pencarian karena memiliki keunggulan seperti tidak banyak mengeluarkan biaya dan dapat dipercaya memprediksi afinitas ikatan ligan dengan target obat (protein). Tujuan penelitian adalah untuk mendapatkan senyawa analog triklosan dan senyawa herbal Indonesia yang berpotensi sebagai antimalaria. Analog triklosan dan beberapa senyawa basis data herbal Indonesia dihitung afinitas ikatannya dengan metode Molecular Mechanics Poisson-Blotzmann Surface Area (MM-PBSA) pada Plasmudium falciparum Enoyl Reductase(PfENR), dengan tiga titik variabel suhu 27oC, 37oC, dan 39oC. Didapatkan nilai energi bebas Gibbs (ΔG) pada analog triklosan enansiomer 1b -18,5009 kkal/mol suhu 37oC dan pada senyawa herbal spinasterol -31,3435 kkal/mol suhu 37oC dan limasin -24,9885 kkal/mol suhu 37oC. Dengan nilai energi bebas Gibbs tersebut menunjukkan bahwa senyawa tersebut memiliki potensi sebagai antimalaria.

---

Keeping pace with emerging drug resistance in clinically important pathogens will be greatly aided by inexpensive yet reliable computational methods that predict the ligands binding affinities for drug targets. the aim of this study to obtain potention antimalaria from analogues triclosan compound and Indonesia herbal compound. Analogues triclosan and several compound from Indonesia herbal database form Indonesia be calculated with molecular mechanics Poisson-Boltzmann surface area (MM-PBSA) for the Plasmodium falciparum Enoyl Reductase (PfENR), at three point variable of temperature 27oC, 37oC, and 39oC. Obtained Gibbs free energy (ΔG) for analogues triclosan enansiomer 1b -18,5009 kkal/mol 37oC and for herbal compound spinasterole -31,3435 kkal/mol 37oC dan limacine -24,9885 kkal/mol 37oC. With that Gibbs free enrgy enansiomer 1a, spinasterole, and limacine shows that compound have potention as antimalaria."

"Malaria merupakan salah satu penyakit yang menyebabkan korban jutaan jiwa setiap tahun. Plasmodium falciparum Enoyl Acyl Carrier Protein Reductase (PfENR) adalah enzim yang berperan dalam perkembangan parasit malaria. Pada saat ini telah ditemukan berbagai pengobatan untuk penyakit malaria di dunia, terutama di Indonesia, pengobatan yang telah banyak manfaatnya bagi masyarakat, seperti pada penggunaan obat konvensional maupun tradisional. Seiring perkembangan teknologi, khususnya pada pada bidang ilmu farmasi, metode virtual screening atau penapisan virtual mulai dikembangkan. Jenis penapisan in silico yang akan dilakukan dalam penelitian ini adalah penapisan berbasis struktur dengan menggunakan Basis Data dari A Directory of Useful Decoy (DUD) dan menggunakan program Autodock mendapatkan parameter optimum pada Grid Box 80 x 80 x 80 serta nilai EF 1% sebesar 55,5, EF 10% sebesar 7,2 dan EF 20% sebesar 3,29 dengan AUC ROC sebesar 0,927.

---

Malaria is one of diseases that annually emerge millions victim. Plasmodium Falciparum Enoyl Acyl Carrier Reductase (PfENR) is an enzyme target that important for growth of the malaria parasite. Recently, there were a malaria treatment, especially in Indonesia, which has many medical benefits for society, such as the use of conventional and traditional medicine. In a row with the development of technology, especially in classfier for pharmaceutical sciences, virtual screening methods or virtual screening was developed. The chosen in silico screening in this experiment is structure-based screening by using a database from the A Directory of Useful decoys (DUD) and using the program AutoDock, obtain optimum parameters on Grid Box 80 x 80 x 80 and the EF 1% at 55, 5, 10% at 7.2 EF and EF of 3.29 with a 20% AUC ROC of 0.927."

"The invention of graphical processing units (GPUs) has significantly improved the speed of long processes used in molecular dynamics (MD) to search for drug candidates to treat diseases, such as malaria. Previous work using a single GTX GPU showed considerable improvement compared to GPUs run in a cluster environment. In the current work, AMBER and dual GTX 780 and 970 GPUs were used to run an MD simulation on the Plasmodium falciparum enoyl-acyl carrier protein reductase enzyme; the results showed that performance was improved, particularly for molecules with a large number of atoms using single GPU."

"ABSTRAKMalaria merupakan salah satu penyakit yang menyebabkan korban jutaan jiwasetiap tahun. Plasmepsin adalah enzim utama di antara enzim lain dalam siklushidup plasmodium penyebab malaria yang mendegradasi hemoglobin selama faseeritrosit di dalam vakuola makanan. Dewasa ini, industri farmasi telah berupayauntuk mengembangkan agen terapetik yang dapat menyembuhkan penyakitmalaria melalui penemuan senyawa baru penghambat plasmepsin mengingatadanya penyebaran strain yang resisten terhadap obat antimalaria. Namun, karenabiaya yang tinggi dan waktu yang lama, metode konvensional untuk penemuanobat baru yang dilakukan secara in vivo dan in vitro sulit terealisasikan sehinggapara ilmuwan kemudian beralih kepada metode baru yaitu penapisan in silico.Jenis penapisan in silico yang akan dilakukan dalam penelitian ini adalahpenapisan berbasis struktur dengan menggunakan Basis Data Tanaman ObatIndonesia dan perangkat lunak GOLD. Berdasarkan penapisan ini, didapatkanhasil 11 kandidat senyawa inhibitor yang diharapkan dapat dikembangkan sebagaiobat antimalaria. Senyawa tersebut yaitu Trimyristin; Cyanidin 3,5-di-(6-malonylglucoside); Isoscutellarein 4?-methyl ether 8-(6?-n-butylglucuronide);Cyanidin 3-(6?-malonylglucoside)-5-glucoside; Multifloroside; Delphinidin 3-(2-rhamnosyl-6-malonylglucoside); Delphinidin 3-(6-malonylglucoside)-3?,5?-di-(6-p-coumaroylglucoside); Cyanidin 3-[6-(6-sinapylglucosyl)-2-xylosylgalactoside;Kaempferol 3-glucosyl-(1-3)-rhamnosyl-(1-6)-galactoside; Sanggenofuran A; danLycopene dengan kisaran GOLDScore dari 78,4647 sampai 98,2836. Duakandidat di antaranya berikatan dengan seluruh residu dari sisi katalitikplasmepsin yaitu Asp34 dan Asp214.

---

ABSTRACTMalaria is one of diseases that annually emerge millions victim. Among the other

enzymes, plasmepsin is the main enzyme in plasmodium life cycle that degrades

hemoglobin during erythrocytic phase in food vacuole. Recently, pharmaceutical

industries have been trying to develop therapeutic agents that be able to cure

malaria through discovery of new plasmepsin inhibitor compounds, regarding to

the spread of drug-resistant strains for antimalarial. However, due to high cost and

long term, conventional methods for discovery of new drugs that were done in

vivo and in vitro were difficult to be realized so that the scientists then shift to the

new method called in silico screening. The chosen in silico screening method in

this experiment is structure-based screening by using GOLD software and

Indonesian Medicinal Plants Database. Based on the obtained results from this

screening, there are 11 inhibitor candidates which are expected to be developed as

antimalarial. These compounds are Trimyristin; Cyanidin 3,5-di-(6-

malonylglucoside); Isoscutellarein 4?-methyl ether 8-(6?-n-butylglucuronide);

Cyanidin 3-(6?-malonylglucoside)-5-glucoside; Multifloroside; Delphinidin 3-(2-

rhamnosyl-6-malonylglucoside); Delphinidin 3-(6-malonylglucoside)-3?,5?-di-(6-

p-coumaroylglucoside); Cyanidin 3-[6-(6-sinapylglucosyl)-2-xylosylgalactoside;

Kaempferol 3-glucosyl-(1-3)-rhamnosyl-(1-6)-galactoside; Sanggenofuran A; and

Lycopene with GOLDScore range from 78,4647 to 98,2836. Two of them bind

with all residues in catalytic site of plasmepsin which are Asp34 and Asp214."

"Tuberkulosis (TB) merupakan penyakit yang disebabkan oleh infeksi Mycobacterium tuberculosis (MTB). TB menular melalui udara dengan paru-paru sebagai target organ utama. Enzim beta-ketoacyl-Acyl Carrier Protein (ACP) synthase (KasA) berperan dalam biosintesis mycolic acid yang merupakan komponen pertahanan MTB. Thiolactomycin dipilih sebagai ligan inhibitor MTB. Penelitian ini bertujuan untuk menentukan struktur ligan hasil Fragment Based-Design yang memiliki potensi sebagai inhibitor enzim KasA pada MTB, memaparkan interaksi antara enzim KasA dengan ligan hasil modifikasi, dan menjelaskan proses farmakokinetika yang meliputi proses Absorpsi, Distribusi, Metabolisme, dan Ekskresi (ADME) maupun toksisitas pada ligan hasil modifikasi. Enzim didapatkan dari situs Research Collaboratory for Structural Bioinformatics Protein Data Bank (RCSB PDB) dan ligan thiolactomycin dari situs PubChem. Penapisan sifat druglikeness terhadap ligan dilakukan melalui perangkat lunak OSIRIS DataWarrior. Perangkat lunak Molecular Operating Environment (MOE) 2014.09 digunakan untuk penapisan senyawa, penambatan molekul, dan modifikasi scaffold replacement terhadap thiolactomycin. Penambatan molekul dilakukan dengan metode penapisan virtual, rigid docking, dan induced-fit docking. Analisis terhada sifat ADMET dilakukan pada perangkat lunak OSIRIS DataWarrior dan Toxtree maupun situs pkCSM. Penelitian ini membuktikan bahwa senyawa hasil fragment-based design mampu menginhibisi enzim KasA didasarkan pada lima ligan terbaik dengan nilai RMSD, perubahan energi bebas Gibbs, dan pKi. Interaksi antara enzim KasA dengan ligan hasil fragment-based design terjadi pada asam amino Met213 dan Arg214. Selain itu, didapatkan senyawa 3063 dan 953 dengan sifat farmakologi terbaik.

---

Tuberculosis (TB) is a disease caused by infection of Mycobacterium tuberculosis (MTB). TB spreads via air transmission with lung as its primary target. beta-ketoacyl-Acyl Carrier Protein (ACP) synthase (KasA) enzyme acts in mycolic acid biosynthesis, which has a significant role in MTB virulence. Thiolactomycin was chosen as MTB ligand inhibitor. This research aims to define fragment-based design ligand structure that has a potential as KasA enzyme in MTB, define the interaction between KasA enzyme and modified enzyme, and describe pharmacokinetics process including Adsorption, Distribution, Metabolism, and Excretion as well as toxicity of the modified ligand. KasA enzyme was obtained from Research Collaboratory for Structural Bioinformatics Protein Data Bank (RCSB PDB) and thiolactomycin ligand was downloaded from PubChem. Screening of ligand druglikeness was done using OSIRIS DataWarrior. Molecular Operating Environment (MOE) 2014.09 software was operated to screen, dock, and run scaffold replacement towards thiolactomycin. Molecular docking methods used were virtual screening, rigid docking, and induced-fit docking. ADMET analysis was done using OSIRIS DataWarrior and Toxtree software as well as pkCSM site. This research has proven that fragment-based design compounds were able to inhibit KasA enzyme based on the RMSD value, change of Gibbs free energy binding, and pKi of five best ligands. Interaction between KasA enzyme and fragment-based design ligand occurred in Met213 and Arg214 amino acids. Meanwhile, compound 3063 and 953 were considered as best pharmacological compounds."

"Latar belakang: Intervensi epidemiologi malaria bertujuan mendeteksi dan mengobati reservoir parasit di daerah endemik untuk mengurangi penularan lokal. Gametosit merupakan satu-satunya stadium penular sehingga penelitian ini dilakukan untuk mengevaluasi keberadaan gametosit sebelum dan sesudah intervensi skrining dan pengobatan massal (mass screening and treatment/MST) yang dilakukan selama tahun 2013 di Nusa Tenggara Timur, Indonesia.Metode: RT-qPCR pada transkrip pfs25 dan pvs25 - penanda molekuler gametosit untuk Plasmodium falciparum dan Plasmodium vivax, dilakukan untuk mendeteksi dan mengukur gametosit dalam sampel darah subjek yang terinfeksi P. falciparum dan P. vivax selama studi MST. Keberadaan parasit aseksual dan seksual secara mikroskopis dan submikroskopik pada awal dan akhir MST dibandingkan dengan menggunakan uji proporsi serta uji parametrik dan non-parametrik.Hasil: Prevalensi parasitemia pada P. falciparum tidak menunjukkan perubahan (6%=52/811 versus 7%=50/740, p=0,838), namun sedikit menurun untuk P. vivax (24%=192/811 versus 19%=142/740, p=0,035) antara awal dan akhir MST. Tidak ada perbedaan signifikan yang diamati pada prevalensi gametosit baik untuk P. falciparum (2%=19/803 versus 3%=23/729, p=0,353; OR=1,34; 95%CI=0,69-2,63), atau P. vivax ( 7%=49/744 versus 5%=39/704, p=0,442; OR=0,83; 95%CI=0.52-1.31). Meskipun tidak ditemukan perbedaan yang signifikan, sebagian besar subjek positif parasit pada akhir MST memiliki hasil negatif pada awal MST (P. falciparum: 66%=29/44, P. vivax: 60%=80/134) . Hal ini juga ditunjukkan untuk stadium infektif - dimana mayoritas subjek positif gametosit pada akhir MST menunjukkan hasil negatif pada awal MST (P. falciparum: 95%=20/21, P. vivax: 94%=30/32). Hasil ini tidak tergantung pada pengobatan yang diberikan selama kegiatan MST. Tidak ada perbedaan yang ditunjukkan dalam kepadatan parasit dan gametosit antara awal dan akhir MST baik di P. falciparum atau P. vivax.Kesimpulan: Di daerah penelitian ini, tingkat prevalensi parasit dan gametosit P. falciparum dan P. vivax yang sama sebelum dan sesudah MST, meskipun pada individu yang berbeda, menunjukkan tidak adanya dampak pada reservoir parasit. Pemberian pengobatan berdasarkan parasitemia positif yang diterapkan di MST perlu dievaluasi kembali untuk strategi eliminasi di masyarakat.

---

Background

A goal of malaria epidemiological interventions is the detection and treatment of parasite reservoirs in endemic areas – an activity that is expected to reduce local transmission. Since the gametocyte is the only transmissible stage from human host to mosquito vector, this study evaluated the pre and post presence of gametocytes during a mass screening and treatment (MST) intervention conducted during 2013 in East Nusa Tenggara, Indonesia.

Methods

RT-qPCR targeting pfs25 and pvs25 transcripts - gametocyte molecular markers for Plasmodium falciparum and Plasmodium vivax, respectively, was performed to detect and quantify gametocytes in blood samples of P. falciparum and P. vivax-infected subjects over the course of the MST study. The presence of both asexual and sexual parasites in microscopic and submicroscopic infections was compared from the start and end of the MST, using proportion tests as well as parametric and non-parametric tests.

Results

Parasite prevalence remained unchanged for P. falciparum (6%=52/811 versus 7%=50/740, p=0.838), and decreased slightly for P. vivax (24%=192/811 versus 19%=142/740, p=0.035) between the MST baseline and endpoint. No significant difference was observed in gametocyte prevalence for either P. falciparum (2%=19/803 versus 3%=23/729, p=0.353, OR=1.34, 95%CI=0.69-2.63), or P. vivax (7%=49/744 versus 5%=39/704, p=0.442, OR=0.83, 95%CI=0.52-1.31). Even though there was an insignificant difference between the two time points, the majority of parasite positive subjects at the endpoint had been negative at baseline (P. falciparum: 66%=29/44, P. vivax: 60%=80/134). This was similarly demonstrated for the transmissible stage - where the majority of gametocyte positive subjects at the endpoint were negative at baseline (P. falciparum: 95%=20/21, P. vivax: 94%=30/32). These results were independent of treatment provided during MST activities. No difference was demonstrated in parasite and gametocyte density between both time points either in P. falciparum or P. vivax.

Conclusion

In this study area, similar prevalence rates of P. falciparum and P. vivax parasites and gametocytes before and after MST, although in different individuals, points to a negligible impact on the parasite reservoir. Treatment administration based on parasite positivity as implemented in the MST should be reevaluated for the elimination strategy in the community."

"Indonesia memiliki kekayaan alam laut yang sangat beragam, yang dapat berpotensi untuk mengandung senyawa bioaktif yang masih kurang dieksplorasi lebih dalam. Dalam penelitian ini, peneliti ingin mengeksplorasi senyawa metabolit sekunder yang berasal dari invertebrata laut yang berada di perairan Indonesia dalam kegunaannya untuk mengatasi masalah pandemi yang terjadi di dunia selama 3 tahun terakhir. Sebanyak 137 senyawa yang diperoleh dari berbagai spesies invertebrata laut seperti karang lunak, tunikata, dan spons ditapiskan dengan menggunakan penapisan virtual terhadap ACE2 dan Spike Protein Virus varian omicron. Selanjutnya setelah didapatkan 20 senyawa yang memiliki potensi dari proses penapisan, dilakukan proses studi penambatan molekuler dan prediksi ADMET untuk menemukan senyawa terbaik dari senyawa yang telah terpilih. Setelah didapatkan senyawa paling baik, dilakukan studi dinamika molekuler untuk melihat kestabilan ligan-reseptor pada senyawa yang terbaik. Dari hasil penelitian didapatkan bahwa ada 2 senyawa yaitu Acanthomanzamine E dan Cortistatin L, yang menunjukkan hasil yang cukup menjanjikan sebagai bloker terhadap ACE2 dan juga SARS-CoV-2 Omicron SPV. Acanthomanzamine E memiliki energi ikatan sebesar -12,87 kcal mol dan -8,61 kcal/mol terhadap ACE2 dan SPV, sementara Cortistatin L memiliki energi ikatan sebesar -9,96 kcal/mol dan -7,56 kcal/mol terhadap ACE2 dan SPV. Simulasi MD sebesar 50ns menunjukkan kestabilan kedua senyawa pada reseptornya masing-masing, dan juga dibandingkan terhadap senyawa pembanding yaitu XX5 untuk pembanding terhadap ACE2 dan Ceftriaxone digunakan sebagai senyawa pembanding terhadap Spike Protein Virus SARS-CoV-2 varian omicron.

---

Indonesia has diversified marine creatures, which could potentially have bioactive substances still underexplored. In this research, we tried to explore these secondary metabolites from Indonesian marine invertebrates to find the lead compound in overcoming the pandemic problem that happened in the world for the last 3 years. A total of 137 compounds from different types of invertebrates, such as soft corals, tunicates, and sea sponges screened against ACE2 and Spike Protein Virus of the Omicron variant. From the virtual screening. we obtained top 20 compounds that have potential to bind with the receptors. Furthermore, molecular docking and ADMET prediction studied in the top 20 compounds to filter compound down to the best 2 compounds. We also did preliminary molecular dynamics studies to see the stability of ligand-receptor occur between the best compound and the receptor. We found that two compounds, Acanthomanzamine E and Cortistatin L, show prominent results as ACE2 and SARS-CoV-2 blockers, especially from molecular docking, which have -12,87 kcal/mol and -9,96 kcal/mol towards ACE2 and -8,61 kcal/mol and -7,56 kcal/mol towards SPV Omicron respectively. We see promising results from the 50 ns MD simulation of these compounds and their comparison which is XX5 for ACE2 receptor and Ceftriaxone in Spike Protein Virus SARS-CoV-2 omicron variant."