Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Ibuprofen merupakan analgesik anti-inflamasi non steroid (AINS). Umumnya, ibuprofen memiliki sifat alir yang buruk karena sifat kohesifnya yang terlalu tinggi. Masalah lainnya dalam memformulasi bahan ini adalah kecenderungan yang tinggi untuk lengket pada cetakan. Disamping itu kekurangan sifat ibuprofen adalah memiliki laju disolusi yang buruk karena struktur hidrophobiknya. Untuk memperbaiki sifat-sifat tersebut dapat dilakukan metode kristalisasi dengan berbagai pelarut. Pada penelitian ini, dilakukan metode kristalisasi dengan cara pendinginan, penguapan dan penambahan air menggunakan pelarut metanol, etanol dan aseton. Dari seluruh hasil kristalisasi dihasilkan kristal berbentuk prisma yang berwarna putih. Metode kristalisasi terpilih yaitu metode pendinginan, lalu kristal yang dihasilkan dikarakterisasi dengan menggunakan Scanning Electron Microscopy (SEM), Difraksi sinar-X (X-ray diffractometry) dan Differential Scanning Calorimetry (DSC). Dari karakterisasi tersebut menunjukkan terjadinya perubahan bentuk kristal hasil kristalisasi terhadap kristal bahan baku ibuprofen. Metode terpilih ini juga menghasilkan serbuk kristal yang bersifat nonkohesif dengan ukuran partikel 710µm, nilai indeks kompresibilitas: IBMD 14.2%, IBED 16.6%, IBAD 17.1%; nilai sudut istirahat: IBMD 28.1º, IBED 29.7º, IBAD 30.1º dan mempunyai angka kelarutan yang lebih tinggi dibandingkan bentuk kristal yang umum digunakan. Dengan dilakukannya penelitian ini, dapat disimpulkan bahwa metode kristalisasi dapat memperbaiki sifat alir, indeks kompresibilitas, dan laju disolusi dari bahan baku ibuprofen."

"Siklooksigenase (Cyclooxygenase - COX) merupakan enzim yang mengkonversi asam arakidonat menjadi prostaglandin. Prostaglandin berperan penting dalam menimbulkan respons inflamasi dan berbagai respons fisiologis lainnya. Dikenal dua jenis isozim siklooksigenase, COX-1 dan COX-2. Aktivasi siklooksigenase-2 umumnya terinduksi oleh rangsangan dan tidak terus-menerus sehingga menjadi target inhibisi dari obat-obat selektif inhibitor siklogenase terbaru. Kurkumin, senyawa aktif dari Curcuma longa, dan analog alamiahnya memiliki aktivitas inhibisi sikloksigenase-2 yang teramati secara in vitro dan in vivo pada penelitian sebelumnya. Pada penelitian ini, dilakukan pengujian secara in silico melalui penambatan molekuler untuk mengamati aktivitas inhibisi siklooksigenase-2 beberapa analog kurkumin turunan dibenzilidenasikloheksanon. Dari hasil penambatan molekuler kemudian analog diperingkatkan konstanta inhibisinya, Ki. Analog yang paling poten sebagai inhibitor COX-2 dari hasil penelitian ini adalah analog III. Daerah pengikatan substrat penting untuk COX-2 yang teramati pada penelitan ini meliputi residu-residu Tyr 355, Phe 381, Tyr 385, Leu 384, dan Trp 387.

---

Cyclooxygenase (COX) is an enzyme that converting arachidonic acid (AA) to prostaglandin. Prostaglandin has an important role of inducing inflammation and other physiological responses. There are two types of cyclooxygenase isozyme, COX-1 and COX-2. Cyclooxygenase-2 activation in general was induced by stimulation and was not constitutive therefore it became inhibition target of the newer selective cyclooxygenase inhibitor drugs. Curcumin, active compound from Curcuma longa, and its natural analogues were shown to have cyclooxygenase-2 inhibition activity. This activity has been observed by in vitro and in silico method in the previous researches. In this research, in silico test was done using molecular docking method to observe cyclooxygenase inhibition activity of some dibenzilydenecyclohexanone derived curcumin analogues. From the result of molecular docking, the analogues were ranked based on its ΔG binding energy and inhibition constant, Ki. In this research, the most potential analogue as COX-2 inhibitor was analogue III. Important binding area of the COX-2 substrate was comprised of Tyr 355, Phe 381, Tyr 385, Leu 384, and Trp 387 residues."

"Human Immunodeficiency Virus tipe 1 (HIV-1) merupakan retrovirus penyebab penyakit mematikan AIDS (Acquired Immunodeficiency Syndrome). Virusnya yang cepat bermutasi menyebabkan belum adanya obat yang dapat menyembuhkan penyakit ini secara total. Salah satu target enzim yang dapat diinhibisi untuk menghambat replikasi virus ini adalah protease HIV-1. Inhibisi pada enzim ini menyebabkan hambatan pemotongan protein pada tahap pematangan virus. Beberapa senyawa xanton dari tanaman Garcinia mangostana Linn. yakni α-, β-, dan -mangostin menunjukkan aktivitas inhibisi pada enzim ini. Strukturnya yang berupa nonpeptida memungkinan adanya mekanisme berbeda dari inhibitor lain. Tujuan penelitian ini adalah untuk mengamati model pengikatan dari analog mangostin tersebut. Metode yang digunakan dalam penelitian ini adalah penambatan molekuler secara in silico. Hasil menunjukkan bahwa terdapat dua model pengikatan dengan afinitas yang lebih tinggi pada sisi aktif kantung hidrofobik (ΔG AutoDock 4 = (-9,64)-(-9.89) kkal/mol; ΔG AutoDock Vina = (-8,7)-(-9,4) kkal/mol) dan pada sisi permukaan luar yang masih menunjukkan afinitas ikatan yang baik (ΔG AutoDock 4 = (-5,85)-(-6,06) kkal/mol; ΔG AutoDock Vina = (- 5,3)-(-5,9) kkal/mol).

---

Human Immunodeficiency Virus type 1 (HIV-1) is a retroviral virus that cause deadly disease, AIDS (Acquired Immunodeficiency Syndrome). The virus that mutates so fast cause no drugs available to cure this disease totally yet. One of enzyme target that can be inhibited to block the replication of this virus is HIV-1 protease. Inhibition to this enzyme cause the blocking of protein cleavage in virus maturation process. Several xanthones compound from Garcinia mangostana Linn., α-, β-, dan -mangostin, has shown inhibition activity to this enzyme. The structure, which is non-peptide based, gives possibility to different mechanism than other inhibitor. This research?s aim is to search the binding modes of mangostin analogues. The method used in this research is in silico molecular docking. The result shows that there are two binding modes with higher affinity in hydrophobic pocket active site (ΔG AutoDock 4 = (-9,64)-(-9.89) kcal/mol; ΔG AutoDock Vina = (-8,7)-(-9,4) kcal/mol) and molecular surface site which still shows good affinity (ΔG AutoDock 4 = (-5,85)-(-6,06) kcal/mol; ΔG AutoDock Vina = (-5,3)-(-5,9) kcal/mol)."

"Inflamasi merupakan respon fisiologis terhadap cedera jaringan dan infeksi. Inflamasi dapat ditangani dengan sejumlah obat seperti obat anti-inflamasi nonsteroida inhibitor selektif COX-2. Benzimidazol merupakan senyawa penuntun yang memiliki berbagai aktivitas farmakologis, salah satunya sebagai anti-inflamasi. Penelitian ini dilakukan secara in silico dengan metode penambatan molekuler senyawa turunan benzimidazol Mannich terhadap COX-1 dan COX-2 untuk mengetahui potensi anti-inflamasi senyawa menggunakan Autodock 4 dan Autodock Vina. Hasil validasi menunjukkan bahwa nilai RMSD Autodock 4 dan Autodock Vina dibawah 2 Å sehingga penambatan molekuler dilakukan pada kedua perangkat lunak. Pada penambatan molekuler menggunakan Autodock 4, turunan benzimidazol substituen vanilin 2,6-dimetilmorfolin diprediksi paling selektif terhadap COX-2 yaitu rasio Ki COX-1/2 senilai 162,79. Pada penambatan molekuler menggunakan Autodock Vina, turunan benzimidazol substituen vanilin dietilamina diprediksi paling selektif terhadap COX-2 yaitu rasio Ki COX-1/2 senilai 112,88. Visualisasi interaksi pada Autodock 4 dan Autodock Vina juga menunjukkan hasil yang sedikit berbeda. Dengan demikian terdapat dua buah kesimpulan yang diperoleh: senyawa turunan benzimidazol Mannich memiliki potensi anti-inflamasi inhibitor selektif COX-2, dan terdapat perbedaan interaksi yang muncul di antara penambatan molekuler terhadap Autodock 4 dan Autodock Vina.

---

Inflammation is a physiological response occurred by tissue injury and infection. Inflammation can be treated with drugs such as COX-2 selective NSAID. Benzimidazole is a leading compound that has many pharmacological activities such as anti-inflammation. In this study, in silico testing is carried out with molecular docking into Mannich benzimidazole derivatives against COX-1 and COX-2 using Autodock 4 and Autodock Vina to determine the anti-inflammatory potential of the test compounds. Validation result shows that both the RMSD value of both Autodock 4 and Autodock Vina are below 2 Å. Hence, molecular docking is conducted with both programs. Autodock 4 result shows that benzimidazole derivative with vanillin 2,6-dimethylmorpholine substitution is predicted to be the most selective against COX-2 with the Ki COX-1/2 ratio of 162.79. Autodock Vina result shows that benzimidazole derivative with vanillin diethylamine substitution is predicted to be the most selective against COX-2 with the Ki COX1/2 ratio of 112.88. Interaction visualization of Autodock 4 and Autodock Vina also shows few differences, yielding two conclusions from the study: Mannich benzimidazole derivatives have anti-inflammatory potential selective to COX-2 and there are few differences appeared in molecular docking with Autodock 4 and Autodock Vina."

"Kanker merupakan penyebab kematian utama di seluruh dunia. Salah satu faktor terjadinya kanker adalah modifikasi epigenetik yang abnormal (hipermetilasi). Hipermetilasi yang terjadi pada gen diyakini bahwa yang berperan besar dalam proses karsinogenesis adalah enzim DNA metiltransferase (DNMT). Penelitian-penelitian yang dilakukan saat ini untuk menemukan senyawa inhibitor DNMT dari bahan alam. Salah satu metode yang mendukung untuk analisis ini adalah metode in silico. Dalam penelitian ini, diteliti beberapa senyawa pilihan dari basis data herbal Indonesia hasil penapisan virtual terhadap aktivitasnya sebagai inhibitor DNMT. Hasil penambatan molekuler senyawa Cassiamin C, Procyanidin B2, Ent-epicatechin-4alpha-8-ent-epicatechin, Epicatechin-4beta-8-epicatechin-3-O-gallate, Neorhusflavanone, 3-O-galloylepigallocatechin-4beta-6-epicatechin-3-O-gallate, Withanolide, 3-O-galloylepigallocatechin-4beta-6-epigallocatechin-3-O-gallate, Cyanidin-3-6''-caffeylsophoroside-5-glucoside, Epifriedelinol, Gallo-catechin-4alpha-8-epicatechin, Scutellarein-7-glucosyl-1-4-rhamnoside, Epigallo-catechin-3-gallate (EGCG) (kontrol positif), dan sinefungin (kokristal) didapatkan nilai ΔG secara berturut-turut, -9.34, -10.95, -7.95, -11.01, -8.78, -8.87, -11.49, -7.98, -5.92, -8.92, -9.17, -8.76, -9.70, dan -9.11 kkal/mol. Senyawa cassiamin C, procyanidin B2, epicatechin-4beta-8-epicatechin-3-O-gallate, withanolide, dan gallocatechin-4alpha-8-epicatechin memiliki ΔG lebih rendah dari senyawa sinefungin (kokristal) dan EGCG (kontrol positif). Sehingga, tahap selanjutnya akan dilakukan simulasi dinamika molekuler terhadap tujuh ligan tersebut. Hasil simulasi dinamika molekuler menunjukkan aktivitas terbaik secara keseluruhan yaitu pada senyawa procyanidin B2, epicatechin-4beta-8-epicatechin-3-O-gallate, dan gallocatechin-4alpha-8-epicatechin. Residu asam amino yang penting bagi aktivitas inhibitor DNMT1 adalah Phe1145, Glu1168, Met1169, Cys1191, Glu1266, Ala1579, dan Val1580.

---

Cancer is the leading cause of death worldwide. Factors of cancer is an abnormal epigenetic modifications (hypermethylation). Hypermethylation that occur in genes believed that played a major role in process of carcinogenesis is DNA methyltransferase (DNMT) enzyme. Recent studies is conducted to find DNMT inhibitor compounds from natural materials. Method that support for this analysis is in silico studies. In this study, several selected compounds from herbal database Indonesia results of virtual screening will be studying for the activity as an inhibitor DNMT. Results molecular docking of Cassiamin C, Procyanidin B2, Epicatechin-4alphaent-8-ent-epicatechin, Epicatechin-4beta-8-epicatechin-3-O-gallate, Neorhusflavanone, 3-O-galloylepigallocatechin-4beta-6-epicatechin-3-O-gallate, Withanolide, 3-O-galloylepigallocatechin-4beta-6-epigallocatechin-3-O-gallate, Cyanidin-3-6''-caffeylsophoroside-5-glucoside, Epifriedelinol, Gallocatechin-4alpha-8-epicatechin, Scutellarein-7-glucosyl-1-4-rhamnoside, Epigallocatechin-3-gallate (EGCG) (positive control), and Sinefungin (co-crystal) compounds, ΔG values obtained -9.34, -10.95, -7.95, -11.01, -8.78, -8.87, -11.49, -7.98, -5.92, -8.92, -9.17, -8.76, -9.70, and -9.11 kcal/mol, respectively. Cassiamin C, Procyanidin B2, Epicatechin-4beta-8-epicatechin-3-O-gallate, Withanolide, and Gallocatechin-4alpha-8-epicatechin compounds had lower ΔG than Sinefungin (co-crystal) and EGCG (positive control) compounds. Therefore, molecular dynamic simulation of seven selected compounds will be performed. The results of molecular dynamic simulation shows the best overall activity is Procyanidin B2, Epicatechin-4beta-8-epicatechin-3-O-gallate, and Gallocatechin-4alpha-8-epi-catechin compounds. Amino acid residues which are important for the activity of DNMT1 inhibitor is Phe1145, Glu1168, Met1169, Cys1191, Glu1266, Ala1579, and Val1580."

"Obat ndash, obat golongan statin berkhasiat sebagai penurun kolesterol dan digunakan sebagai pencegahan pertama penyakit - penyakit kardiovaskuler. Namun, beberapa studi menyatakan bahwa ditemukan berbagai efek samping akibat penggunaan statin. Pencarian senyawa sebagai alternatif untuk pengobatan hiperkolesterlemia ditemukan dalam kandungan ekstrak biji melinjo. Ekstrak diklormetan memperlihatkan aktivitas penghambatan terhadap Hidroksimetilglutaril KoA Reduktase HMGCR berdasarkan uji in vitro sehingga berpotensi mengurangi pembentukan kolesterol dalam darah. Percobaan melalui penambatan molekuler menggunakan Autodock dan simulasi dinamika molekuler menggunakan AMBER dilakukan sebagai pelengkap terhadap uji in vitro. Suhu yang diterapkan dalam simulasi adalah 300 K sebagai suhu acuan dan 310 K sebagai penyesuaian dengan suhu tubuh normal. Parameter ndash; parameter yang diamati antara lain interaksi senyawa ligan dengan residu, afinitas ikatan, RMSD, RMSF, analisis ikatan hidrogen, MMPBSA dan MMGBSA. Dalam simulasi ini, trans-resveratrol, trans-piceid, Gnemonol M, Gnemonosida B, Viniferin dan Gnetin C memberikan energi lebih rendah dibandingkan HMG yang berperan sebagai ligan alami, sehingga berpotensi sebagai inhibitor alternatif terhadap HMGCR. Rentang energi untuk docking ligan ndash; ligan adalah -5,43 kkal/mol hingga 8,63 kkal/mol, serta -11,1 kkal/mol hingga 31,38 kkal/mol untuk simulasi. Suhu simulasi yang lebih disukai adalah 310 K karena terbentuk lebih banyak interaksi dan diperoleh afinitas yang lebih tinggi dibandingkan suhu 300 K.

---

Statins are cholesterol lowering drug and used as primary prevention of cardiovascular diseases CVD , but numerous studies show adverse effects of statin medication. Recent study found alternative nature compounds as treatment of high blood cholesterol level which are contained within melinjo seed extract. Dichloromethane extract has inhibitory activity over Hydroxymethylglutaryl CoA Reductase HMGCR based on in vitro study, therefore has potent activity for lowering blood cholesterol. Molecular docking using Autodock and molecular dynamic simulation using AMBER are conducted for complementary study to in vitro experiment. Simulation was set at 300 K as default temperature and 310 K, normal human body temperature. The main parameters of this study are ligand residue interaction, binding affinity, RMSD, RMSF, hydrogen bonds analysis, MMPBSA and MMGBSA. In this simulation, trans resveratrol, trans piceid, Gnemonol M Gnemonoside B, Viniferin and Gnetin C have lower energy than HMG, the original ligand of HMGCR. Free energy binding obtained from docking range between 5,43 kcal mol to 8,63 kcal mol and 11,1 kcal mol to 31,38 kcal mol for the simulation. Also, simulation at 310 K is preferable than 300 K as more interactions are performed and higher affinity is obtained."

"Obat antiinflamasi non-steroid (AINS) bekerja dengan cara menghambat produksi prostaglandin melalui penghambatan enzim siklooksigenase, sehingga banyak digunakan dalam pengobatan inflamasi secara luas. Senyawa kimia 3-Fenil-2-stiril-4(3H)-kuinazolinon tersubstitusi sulfonamida atau sulfasetamida merupakan senyawa baru hasil sintesis. Beberapa senyawa diaril-4(3H)-kuinazolon tersubtitusi gugus SO2NH2 pada salah satu cincin arilnya diprediksi akan mempunyai aktivitas penghambatan COX-2 yang baik. Penelitian ini bertujuan mengamati dinamika interaksi inhibisi ikatan beberapa senyawa 3-Fenil-2-stiril- 4(3H)-kuinazolinon tersubstitusi sulfonamida atau sulfasetamida dengan COX-2. Pengujian dinamika interaksi dilakukan secara in silico melalui penambatan molekuler menggunakan AutoDock 4.0 dan simulasi dinamika molekuler selama dua nanodetik menggunakan Amber 11. Berdasarkan nilai ΔG hasil penambatan molekul, dapat dibagi menjadi 3 kelompok: kelompok sangat selektif yaitu senyawa 2i, 2e dan 2d (-10,92; -10,93 dan -11,33 kkal/mol) dibandingkan dengan SC-558 (-10,90 kkal/mol); kelompok selektif yaitu senyawa 2f, 2b, 2c dan 2a (- 10,68; -9,79; -9,57 dan -9,22 kkal/mol) dibandingkan dengan selekoksib (-10,63 kkal/mol); kelompok non-selektif yaitu senyawa 2aa, 2ba dan 2ca (-6,98; -6,87 dan -6,48 kkal/mol) dibandingkan dengan aspirin (-4,82 kkal/mol). Simulasi dinamika molekuler pada kompleks 6COX dengan senyawa 2a menunjukkan jumlahikatan hidrogen yang cenderung tidak stabil, sedangkan kompleks dengan senyawa 2aa, 2i dan SC-558 menunjukkan jumlah ikatan hidrogen yang cenderung stabil.

---

The Non-Steroidal Anti-Inflammatory Drugs (NSAIDs) inhibit the production of prostaglandins by inhibiting cyclooxygenase (COX) activity, so that it is used in the treatment of a wide variety of inflammation conditions. Sulfonamides or sulfacetamides substituted of 3-Phenyl-2-styril-4(3H)-quinazolinones are the novel compound produced by synthesis. SO2NH2 substituted in one of the aryl ring of diaryl-4(3H)-quinazolones are predicted as a good COX-2 inhibitor. The aims of this research is to observe the inhibition activity of sulfonamides or sulfacetamides substituted of 3-Phenyl-2-styril-4(3H)-quinazolinones with COX- 2. The study of COX-2,binding inhibition and dynamics interaction was done with in silico method by molecular docking with AutoDock 4.0 and molecular dynamics in 2 nanoseconds with Amber 11. Those compound could be divided into 3 groups, based on ΔG scores of docking result: very selective group, compound 2i, 2e and 2d (-10.92; -10.93 and -11.33 kcal/mol) compared to SC-558 (-10.90 kcal/mol); selective group compound 2f, 2b, 2c and 2a (-10.68; -9.79; - 9.57 and -9.22 kcal/mol) compared to celecoxib (-10.63 kcal/mol); non-selective group, compound 2aa, 2ba and 2ca (-6.98; -6.87 and -6.48 kcal/mol) compared to aspirin (-4.82 kcal/mol). Molecular dynamics simulation of complex 6COX with compound 2a showed unstable hydrogen bond number, whereas complex with compound 2aa, 2i and SC-558 showed stable hydrogen bond number."

"Pendahuluan : Data Riset Kesehatan Dasar Indonesia pada tahun 2018 menyatakan bahwa sebesar 57,6% penduduk Indonesia mempunyai masalah gigi dan mulut. Karies masih memiliki proporsi terbesar sebagai permasalahan mulut di Indonesia dengan presentasi 45,3% dibandingkan permasalahan kesehatan mulut lainnya. Bakteri yang dianggap dominan untuk inisiasi karies selain Streptococcus mutans adalah Lactobacillus acidophilus yang dikenal sebagai bakteri penghasil asam laktat. Tujuan: Mengeksplorasi interaksi antara komponen Ligan Propolis dengan S-Layer protein (SlpA) dari bakteri Lactobacillus acidophilus melalui uji penambatan molekuler. Metode : Penelitian eksperimental komputasional in silico melalui molecular docking untuk menguji interaksi molekuler dari ligan Propolis terhadap reseptor SlpA Lactobacillus acidophilus. Data hasil interaksi molekular yang berupa gambar 2D dan data histogram kemudian dianalisis dan diintepretasikan untuk melihat afinitas ikatan dari interaksi antara ligan dengan reseptor. Hasil: terdapat interaksi antara ligan Propolis dengan reseptor SlpA dari Lactobacillus acidophilus. Kesimpulan : Adanya afinitas ikatan yang ditandai oleh energi bebas Gibbs (ΔG), konsentrasi inhibisi (Ki), ikatan hidrogen dan ikatan Van der Waals yang terjadi antara ligan Propolis dan reseptor SlpA Lactobacillus acidophilus ini menandakan keberadaan interaksi antara ligan dan reseptor tersebut. Namun, perlu adanya penelitian lebih lanjut terkait interaksi antibakteri dan potensi lainnya yang dimiliki oleh propolis dengan melalui uji in vitro atau in vivo.

---

Introduction: Riskesdas 2018 stated that 57.6% of the Indonesian population had dental and oral problems. Caries still has the largest proportion of oral problems in Indonesia with a presentation of 45.3% compared to other oral health problems. The bacteria that is considered dominant for caries initiation apart from Streptococcus mutans is Lactobacillus acidophilus which is known as a lactic acid producing bacteria. Objective: To explore the interaction between Propolis Ligand components and S-Layer protein (SlpA) from the bacterium Lactobacillus acidophilus through a molecular docking test. Methods: In silico computational experimental research using molecular docking to examine the molecular interactions of the Propolis ligand against the SlpA receptor of Lactobacillus acidophilus. Data resulting from molecular interactions in the form of 2D images and histogram data are then analyzed and interpreted to determined the binding affinity of the interaction between the ligand and the receptor. Results: there was an interaction between the Propolis ligand and the SlpA receptor from Lactobacillus acidophilus. Conclusion: The existence of binding affinity characterized by Gibbs free energy (ΔG), inhibitory concentration (Ki), hydrogen bonds and Van der Waals bonds that occur between the Propolis ligand and the SlpA receptor of Lactobacillus acidophilus indicates the existence of an interaction between the ligand and the receptor. However, further research is needed regarding the antibacterial interactions and other potential of propolis through in vitro or in vivo tests."