Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

Hasil Pencarian

Ditemukan 166605 dokumen yang sesuai dengan query
cover
Athira Presialia
"Kultur sampai saat ini masih merupakan standar emas pemeriksaan diagnosis tuberkulosis. Metode yang sering dilakukan adalah menggunakan Medium Lowenstein-Jensen dan BACTEC MGIT 960, namun kontaminasi oleh bakteri lain maupun jamur dapat terjadi dan dapat mengganggu hasil interpretasi. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui perbandingan tingkat kontaminasi kultur Mycobacterium tuberculosis pada Medium Lowenstein-Jensen dan BACTEC MGIT 960. Penelitian ini menggunakan desain studi potong lintang dengan 204 sampel dari Laboratorium Mikrobiologi Klinik FKUI-RSCM yang memenuhi kriteria penelitian. Data dianalisis menggunakan uji McNemar untuk data komparatif kategorik berpasangan. Dari 204 subjek, mayoritas berada pada rentang usia 26-35 tahun 34,3 dan merupakan laki-laki 62,8. Dari hasil uji McNemar, didapatkan tidak adanya perbedaan yang signifikan antara tingkat kontaminasi pada medium LJ dan BACTEC MGIT 960 p=1.000. Proporsi hasil kultur positif pada medium LJ dan BACTEC MGIT 960 juga tidak menunjukkan adanya perbedaan yang signifikan p=1.000. Tidak ada perbedaan proporsi tingkat kontaminasi pada medium LJ dan BACTEC MGIT 960. Kata kunci: tingkat kontaminasi, Mycobacterium tuberculosis, Lowenstein-Jensen, BACTEC MGIT 960.

Culture is remaining a gold standard for tuberculosis diagnostic test. Lowenstein Jensen and BACTEC MGIT 960 are two mediums that are recently used, however, contamination by other bacteria or fungal may interfere the result rsquo s interpretation. This study aims to find out the contamination rate comparison between Lowenstein Jensen media and BACTEC MGIT 960. This is a cross sectional study with 204 samples from Clinical Microbiology Laboratory of FKUI RSCM which meet the research criteria. Data were analyzed using McNemar test for paired proportion data. Out of the 204 subjects, the majority are male 62,8 between the age group of 26 35 years 34,3. Based on McNemar test, there is no significant difference of contamination rate between LJ media and BACTEC MGIT 960 p 1.000. Significant difference in the proportion of positive culture result between samples cultivated with LJ media and BACTEC MGIT 960 was not shown either p 1.000. In conclusion, there is no significant difference of contamination rate between LJ media and BACTEC MGIT 960. Keywords contamination rate, Mycobacterium tuberculosis, Lowenstein Jensen, BACTEC MGIT 960"
Jakarta: Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia, 2017
S-Pdf
UI - Skripsi Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Yuni Rukminiati
"Penyebaran Multidrug Resisten Tuberculosis (MDR TB) yang disebabkan oleh bakteri Mycobacterium tuberculosis merupakan perhatian untuk program penaoganan TB. Obat antituberkulosis lini kedua digunakan untuk pengobatan penderita MDR TB. Kami melakukao penelitian tentang Uji kepekaan obat antituberkulosis lini kedua menggunakan media Lowenstein Jensen dibandingkan dengan Mycobacterium Growth Indicator Tube (MGIT 960) sistem. Tiga puluh (30) isola!ba!cteri MDR TB di uji dengan oflokasin, amikasin, dan kanamisin menggunakan MGIT 960 dan baslinya dibandingkan dengan metode proporsi pada media Lowenstein Jensen. Dati basil penelitian didapat 27 isolat (90 %) sensitif teihadap ofloksasin , 21 isolat (70 %) sensitif terbadap antikasin dan 26 isolat (86,6 %) sensitif terhadap kanamisin. Dua isolat merupakan Extensively Drugs Resistance (XDR TB). Waktu untuk uji kepekaan dengan MGIT adalab 9 hari sedaogkan dengan metode proporsi 21 hari.

The emergence of multidrug resistant tuberculosis (MDR TB) caused by Mycobacterium tuberculosis is real threat for TB control program. Second line drogs was using for person who has MDR TB. The objective of this study was to evaluate the proportion method for testing of Mycobacterium tuberculosis susceptibility to second line drugs compared to the Mycobacterium Growth Indicator Tube (MGJT 960 )System. Thirty MDR TB Isolates were tested for susceptibility to ojloxacin, amikasicin, and kanamycin by MGJT 960, and the result were compared to those obtain with proportion method on Lowenstein Jensen media, considered a reference method. Result for ojloxacin were 27 isolate (90 %) sensitive,21 isolate (70 %) sensitive to amikacin and 26 isolate (86,6 %) sensitive to kanamycin. Two Isolate were Extensively Drug resistance (XDR TB)The time required to obtain result was an average of 9 days by the MGIT and 21days by the reference method."
Jakarta: Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia, 2009
T29141
UI - Tesis Open  Universitas Indonesia Library
cover
Muhammad Rayhan
"ABSTRAK
N-acetyl-L-cysteine-sodium hydroxide NALC-NaOH dan Modified Petroff merupakan dua metode dekontaminasi yang cukup sering digunakan untuk kultur TB. Pada penelitian berdesain cross sectional ini, dilakukan perbandingan proporsi kultur terkontaminasi dan hasil kultur positif antara kelompok sampel yang diproses dengan NALC-NaOH dan Modified Petroff. Analisis bivariat menunjukan bahwa proporsi kultur terkontaminasi pada sampel yang diproses dengan teknik NALC-NaOH 38,2 secara signifikan p=0,034 lebih tinggi dibanding dengan teknik Modified Petroff 18,2 . Akan tetapi, tidak terdapat perbedaan yang signifikan p=1,000 antara proporsi hasil kultur positif pada kelompok sampel yang diproses dengan teknik NALC-NaOH 73,5 dan Modified Petroff 73,3 . Hasil yang diperoleh pada penelitian ini berbeda dengan hasil penelitian yang sebelumnya telah membandingkan antara teknik NALC-NaOH dan Modified Petroff.

ABSTRACT
N acetyl L cysteine sodium hydroxide NALC NaOH and Modified Petroff are two decontamination methods that are widely used for TB culture. This cross sectional study compares the proportion of contaminated culture and positive culture result between samples treated with NALC NaOH and Modified Petroff. Bivariate analysis of the data showed that the proportion of contaminated culture was significantly p 0,034 higher in samples treated with NALC NaOH 38,2 than in those treated with Modified Petroff 18,2 . However, significant difference in the proportion of positive culture result between samples treated with NALC NaOH 73,5 and Modified Petroff 73,3 was not shown p 1,000 . The result of this study differs from that of previous study that compared NALC NaOH and Modified Petroff."
2017
S-Pdf
UI - Skripsi Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Burhannuddin
"Mortalitas yang disebabkan oleh Tuberkulosis (TB) masih tinggi dan saat ini hanya tersedia vaksin BCG untuk mencegah TB. Lebih dari 90 % individu yang terinfeksi adalah laten, bakteri dalam kondisi tersebut dorman, namun dapat terjadi reaktivasi saat imunitas melemah atau bakteri mengalami resusitasi. Vaksin BCG menunjukkan efikasi yang bervariasi pada orang dewasa dan tidak dapat mencegah reaktivasi pada TB laten. Protein RpfB yang disekresikan M. tuberculosis dalam tahap resusitasi diketahui imunogenik, sehingga berpotensi dikembangkan sebagai kandidat vaksin TB. Penelitian ini bertujuan untuk mengisolasi, mempurifikasi, dan mengetahui imunogenitas protein rekombinan RpfB hasil konstruksi Departemen Mikrobiologi FK UI secara invitro pada splenosit mencit. Protein rekombinan RpfB diekpresikan dalam strain bakteri MRB4 (E. coli BL21 pGEX6p-1 RpfB). Protein diekstraksi dengan sonikasi dan sentrifugasi bertahap kemudian disolubilisasi dengan dapar urea 8M. Protein direnaturasi dalam dapar refolding kemudian diisolasi dengan kolom kromatografi afinitas terhadap GST. Keberadaaan protein dikonfirmasi dengan SDS-PAGE dan Western Blot kemudian dihitung konsentrasinya menggunakan metode Bradford. Uji imunogenitas dilakukan secara invitro menggunakan kultur splenosit mencit yang distimulasi masing-masing dengan 25 μg/ml protein rekombinan RpfB, 25 μg/ml protein GST, 1-2 % mitogen PHA, dan satu kelompok kultur tidak stimulasi sebagai kontrol negatif. Selanjutnya dilakukan booster pada jam ke-24 dan ke-72. Supernatan kultur splenosit dikoleksi pada jam ke-96 kemudian digunakan untuk menganalisis respon IFNγ, IL-12, IL-4, dan IL-10 dengan kit ELISA. Perbedaan respon yang dihasilkan dianalisis secara statistika menggunakan uji T independen pada nilai P<0.05. Hasil penelitian menunjukkan bahwa protein rekombinan RpfB terekspresi dalam bentuk badan inklusi dengan berat molekul sekitar 66 kDa dan berhasil dipurifikasi dengan konsentrasi 53 μg/ml. Uji imunogenitas menunjukkan protein rekombinan RpfB dapat menstimulasi respon IFNγ dan IL-12, namun tidak menstimulasi respon IL-4 dan IL-10 pada splenosit mencit.

Mortality rate caused by tuberculosis (TB) is high all over the world and only BCG vaccine is currently available. More than 90% of TB infection is latent, where Mycobacterium tuberculosis in dormant state that can be active when host immune response is insufficient or the bacteria promote resucitation. As a vaccine, BCG shows varied efficacy in adults and can not give protection against resucitation of latent TB infection. Resucitation Promoting Factor B (RpfB) is one protein produced by M.tuberculosis in resucitation state and proved to be immunogenic as make it suitable to be use as TB vaccine. Microbiology Department, University Indonesia has successfully construct recombinant pGEX6p-1-RpfB plasmid in BL21 E.coli (known as MRB4 strain) as the aim of this study is to isolate, purify, and analyze recombinant RpfB-GST protein in mice splenocytes in-vitro. After induction with IPTG, protein was extracted by sonication and differential centrifugation then solubilized with buffer contain 8M urea. Protein then renaturated followed by purification with GST chromatography. Protein was confirmed by SDS-PAGE and Western blot using anti-GST. Concentration of isolated protein was measured using Bradford method. Each group of mice splenocytes was treated with 25 μg/ml of recombinant protein RpfB, GST, PHA, and one culture group without treatment; and boosted twice at 24h and 72h. Cell supernatant was collected at 96h and level of IFNγ, IL-12, IL-4, and IL-10 was measured by ELISA. The results showed that RpfB recombinant proteins expressed in the form of inclusion bodies with a molecular weight of about 66 kDa and purified at 53μg/ml. Based on independent t-test analysis, RpfB can stimulate IFNγ and IL-12 but not IL-4 and IL-10."
Jakarta: Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia, 2015
T-Pdf
UI - Tesis Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Nadzira Zada
"Latar belakang: Mycobacterium tuberculosis (MTBC) menyebabkan TBC paru dan TBC ekstraparu (TBEP) yang infeksinya dapat menunjukkan angka morbiditas dan mortalitas yang signifikan. Real-time polymerase chain reaction(RT-PCR) adalah metode molekuler yang digunakan dalam diagnosis dengan durasi pengerjaan yang singkat dan sensitivitas yang tinggi. RT-PCR dapat mempersingkat waktu diagnosis, inisiasi tata laksana pengobatan, dan upaya pengendalian transmisi TBC. Pada studi ini, dilakukan analisis prevalensi TBEP positif dengan diagnosis RT-PCR di Laboratorium Mikrobiologi Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia (LMK FKUI) pada tahun 2020-2021.
Metode: Penelitian ini bersifat cross-sectional menggunakan data rekam medis yang terdaftar di LMK FKUI pada tahun 2020-2021 secara consecutive sampling. Populasi penelitian merupakan spesimen klinis dengan permintaan pemeriksaan MTBC secara RT-PCR. Spesimen penelitian adalah spesimen dengan hasil positif MTBC beserta informasi usia dan jenis kelamin. Data disajikan dalam bentuk grafik dan dianalisis secara deskriptif, meliputi positivity rate TBEP dan persentase jenis spesimen klinis.
Hasil: Sebanyak 108 spesimen pemeriksaan TBEP pada tahun 2020, 33 diantaranya menunjukkan hasil positif MTBC (30,56% positivity rate) sementara di tahun 2021, terdapat 593 spesimen pemeriksaan TBEP dengan 42 diantaranya positif MTBC (7,08% positivity rate). Informasi usia dan jenis kelamin dari spesimen tidak dapat dianalis karena keterbatasan data. Spesimen jaringan dan LCS menduduki peringkat tertinggi TBEP positif pada tahun 2020 dan 2021.
Kesimpulan: Terjadi penurunan positivity rate TBEP positif sebesar 76,83 % dari tahun 2020 ke tahun 2021 dengan jenis sampel dominan jaringan dan LCS. Terjadi peningkatan jumlah sampel yang diterima LMK FKUI sebesar 449,074% (485 data) pada tahun 2021.

Background: Mycobacterium tuberculosis (MTBC) causes pulmonary TB and extrapulmonary TB (EPTB) whose infection can show significant morbidity and mortality rates. Real-time polymerase chain reaction (RT-PCR) is a molecular method used in diagnosis with a short duration and high sensitivity. RT-PCR can shorten the time for diagnosis, initiation of treatment, and efforts to control TB transmission. In this study, an analysis of the prevalence of positive EPTB with RT-PCR diagnosis was carried out at the Microbiology Laboratory, Faculty of Medicine, University of Indonesia (LMK FKUI) in 2020-2021.
Method: This research is cross-sectional using medical record data registered at LMK FKUI in 2020-2021 using consecutive sampling. The study population was clinical specimens with requests for MTBC examination using RT-PCR. Research specimens are specimens with positive MTBC results along with information on age and gender. Data are presented in graphical form and analyzed descriptively, including the EPTB positivity rate and percentage of clinical specimen types.
Results: A total of 108 EP TB examination specimens in 2020, 33 showed positive MTBC results (30.56% positivity rate) while in 2021, 42 showed MTBC positive out of 593 EPTB examination specimens (7.08% positivity rate). Age and gender information from the specimens could not be analyzed due to data limitations. Tissue and CSF specimens ranked highest in positive EPTB in 2020 and 2021.
Conclusion: There was a decrease in the positive TBEP positivity rate by 76.83% from 2020 to 2021 with the dominant sample types are tissue and CSF. There has been an increase in the number of samples received by LMK FKUI by 449.074% (485 data) in 2021.
"
Jakarta: Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia, 2023
S-pdf
UI - Skripsi Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Muhammad Ihsan Muttaqin
"Tuberkulosis adalah penyebab utama kematian global tepat di bawah COVID-19 dan peringkat di atas HIV. Penyakit ini disebabkan oleh patogen yang disebut Mycobacterium tuberculosis yang menyebar dengan mudah melalui udara dan diketahui tetap laten di tubuh kebanyakan orang, yaitu sekitar seperempat dari populasi dunia. Masalah TB saat ini juga mencakup dua perhatian utama, vaksin resmi tidak benar-benar efektif, dan bakteri terus menjadi resisten terhadap obat. Dalam penelitian ini, kami mengusulkan strategi untuk membuat obat baru yang didesain untuk melewati resistensi tersebut dengan mensimulasikannya melalui metode in silico yang dijalankan melalui penambatan molekul, simulasi dinamis, dan prediksi farmakologi. Kami mengusulkan lima obat (peptida) yang kemudian dikonjugasikan dengan peptida penembus sel (CPP) yang dikenal akan kekuatan transferensinya, dengan protein QcrB sebagai reseptor. Kandidat tersebut ialah Noopept, Glycyl-L-Proline, Leuteonosticon, Alaptide, dan NNZ-2591. Semua kandidat dipilih mengikuti Ro5 Lipinski serta merunjuk pada ADME dan Toksisitas.

Tuberculosis is a global leading cause of death, just below COVID-19 and ranked above HIV. This disease is caused by a pathogen called Mycobacterium tuberculosis which spreads easily through the air and is known to remain latent in most people's bodies, about a quarter of the world's population. The current problems with TB also include two main concerns: the official vaccine is ineffective, and the bacteria keeps gaining resistance to drugs. In this research, we proposed a strategy to create a new drug to pass this resistance by simulating it through in silico methods by running molecular docking, dynamic simulation, and pharmacological prediction. We proposed five drugs (peptides) that were then conjugated with a cell-penetrating peptide (CPP) known for its transference prowess, with QcrB protein as the receptor. Those candidates are Noopept, Glycyl-L-Proline, Leuteonosticon, Alaptide, and NNZ-2591. All candidates were picked following Lipinski's Ro5 along with ADME and Toxicity."
Depok: Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Indonesia, 2023
T-pdf
UI - Tesis Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Desi Indria Rini
"Tuberkulosis sejak lama merupakan salah satu penyebab utama kematian manusia karena penyakit infeksi, terutama didaerah yang dilanda kemiskinan dan malnutrisi. Penyakit ini menyerang banyak organ pada tubuh manusia terutamanya adalah paru-paru. Peningkatan jumlah kasus tuberkulosis dipengaruhi oleh infeksi HIV dan resistensi terhadap berbagai macam kombinasi obat. Di Indonesia, infeksi M. tuberculosis oleh strain Beijing diyakini memiliki penyebaran yang paling luas dibandingkan dengan strain lainnya. BCG merupakan vaksin tunggal yang digunakan untuk pencegahan tuberkulosis, namun daya proteksi dan efikasinya berbeda-beda. Protein Mce1A merupakan protein yang diduga berperan penting pada hal invasi dan pertahanan M. tuberculosis didalam makrofag. Beberapa studi telah melakukan penelitian ini, namun di Indonesia belum pernah dilakukan penelitian mengenai ekspresi protein Mce1A Mycobacterium tuberculosis strain Beijing sebagai isolat lokal. Oleh karena itu, pada penelitian ini akan dilakukan pengklonaan dan ekspresi protein Mce1A Mycobacterium tuberculosis strain Beijing lokal dan strain standar H37Rv sebagai pembanding. Gen Mce1A M. tuberculosis strain Beijing dan H37Rv diamplifikasi dengan teknik PCR dan diinsersikan kedalam vektor pET28a. Escherichia coli BL21 kemudian ditransformasi dengan plasmid rekombinan tersebut. Protein Mce1A rekombinan diekspresikan dengan induksi IPTG. E. coli BL21 berhasil ditransformasi dengan plasmid rekombinan yang mengandung sisipan gen Mce1A dengan arah orientasi dan kerangka baca yang benar. Tidak ada mutasi yang ditemukan pada asam amino yang menjadi epitope pengenalan sel B dan sel T. Hasil ekspresi protein Mce1A pada E.coli BL21 menunjukkan pita protein yang lebih tinggi dari seharusnya. Konfirmasi keberadaan protein dilakukan menggunakan teknik Western Blot dengan anti-his detector. Protein Mce1A rekombinan yang telah berhasil diekspresikan pada E.coli BL21 diduga berada dalam bentuk dimer. Hal ini dapat digunakan sebagai data awal kondisi ekspresi untuk pengembangan vaksin subunit pada penelitian berikutnya.

For past centuries until nowadays, tuberculosis remains the leading cause of death in the world from infectious disease wherever poverty, malnutrition and poor housing prevail. Tuberculosis is primarily a disease of the lungs, but may spread to other sites or proceed to a generalized infection. The wide spread of tuberculosis has been further aggravated by another infection disease such as HIV-AIDS and drug resistance. Many strain of Mycobacterium tuberculosis caused tuberculosis infection in Indonesia, but Beijing strain are the most. Bacille Calmette-Guerin (BCG) is the current vaccine for tuberculosis but it has different protection function and efficacy. According to function analysis, mce1A gene predicted has a role in host invasion by Mycobacterium tuberculosis and survival of the pathogen in human macrophages. Several studies abroad have done this research, but in Indonesia, study about protein expression of Mce1A gene of Mycobacterium tuberculosis Beijing strain as local isolates has not much being done. Therefore, in this study we will performed cloning and protein expression of Mce1A gene Mycobacterium tuberculosis Beijing strain as local isolate and standard strain H37Rv as a comparison on expression vector Escherichia coli BL21. Mce1A gene from M. tuberculosis Beijing and H37Rv strain was amplified by PCR and inserted in the vector pET28a. E. coli BL21 then transformed with the recombinant plasmid. Mce1A recombinant protein then expressed with IPTG induction. This study indicate that E. coli BL21 succesfully transformed with a recombinant plasmid containing the Mce1A gene insertion with correct orientation and reading frame. There is no mutation found in the amino acids sequence for B and T cell epitope. Mce1A expression in E. coli BL21 showed protein bands that higher than expected. The protein was confirmed with western blotting using anti-his detector. We assume that Mce1A recombinant protein that have been expressed in E. coli BL21 is in dimeric form. This explanation should be valuable in further studies of expression at the protein level and exposure of proteins on the cell surface of M. tuberculosis under different experimental conditions."
Jakarta: Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia, 2013
T59195
UI - Tesis Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Alifah Evi Scania
"Tuberkulosis (TBC) masih menjadi penyebab utama kematian akibat penyakit menular oleh adanya infeksi. Rifampisin dan isoniazid adalah obat lini pertama yang paling efektif melawan infeksi Mycobacterium tuberculosis. Deteksi resistansi OAT yang tepat, akurat, dan komprehensif, serta pemilihan sampel diperlukan untuk memastikan diagnosis penyakit tuberkulosis pasien. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis perbandingan hasil targeted drug sequencing dari hasil dekontaminasi sputum dengan isolat Mycobacterium tuberculosis dan mengetahui kesesuaian DST fenotipik MGIT, genotipik GeneXpert dalam mendeteksi resistansi rifampisin dan isoniazid. Sampel penelitian ini adalah sampel sputum yang sudah ada hasil GeneXpert positif dan isolate kultur dengan hasil DST MGIT. Hasil dekontaminasi sputum langsung dan kultur positif dari sampel yang sama dilakukan targeted drug sequencing dengan Oxford Nanopore technology menggunakan flowcell MinION Mk1B. Hasil penelitian menunjukkan bahwa pada target gen rpoB pada 5 dari 6 sampel isolat kultur memberikan hasil gen resistan rpoB dan 1 undetermined. Pada sebagian besar dekontaminasi sputum yaitu 5 dari 6 sampel juga memberikan hasil resistan terhadap rpoB dan 1 dekontaminasi sputum yang undetermined. Hasil resistansi obat isoniazid didapatkan pada target gen inhA sebanyak 5 dari 6 isolat kultur memberikan hasil sensitif pada inhA dan 1 isolat undetermined. Sedangkan pada dekontaminasi sputum 4 dari 6 sampel memberikan hasil sensitif pada inhA dan 2 undetermined. Lalu, pada target gen katG terdapat 3 dari 6 isolat kultur memberikan hasil sensitif, 2 isolat resistan, dan 1 undetermined. Sedangkan pada dekontaminasi sputum memberikan 2 hasil sensitif, 2 hasil resistan, dan 2 hasil undetermined. Metode targeted drug sequencing dapat dilakukan dari sampel hasil dekontaminasi sputum dan isolat. Keberhasilan banyak didapatkan dari hasil kultur dibandingkan dekontaminasi sputum. Pemeriksaan dengan targeted drug sequencing memberikan hasil yang sesuai dengan hasil DST MGIT dan GeneXpert untuk deteksi gen resisten Rifampisin (rpoB) dan Isoniazid (inhA dan katG).

Tuberculosis (TBC) is still the main cause of death due to infectious diseases. Rifampicin and isoniazid are the most effective first-line drugs against Mycobacterium tuberculosis infection. Precise, accurate and comprehensive detection of OAT resistance, as well as sample selection are needed to confirm the patient's diagnosis of tuberculosis. This study aims to compare the results of targeted drug sequencing from sputum decontamination results with Mycobacterium tuberculosis isolates and determine the suitability of MGIT phenotypic and GeneXpert genotypic DST in detecting rifampicin and isoniazid resistance. The samples for this study were sputum samples that had positive GeneXpert results and culture isolates with DST MGIT results. The results of direct sputum decontamination and positive culture from the same sample were subjected to targeted drug sequencing with Oxford Nanopore technology using a MinION Mk1B flowcell. The results showed that for the rpoB gene target, the majority of culture isolates from 5 of the 6 culture isolate samples gave rpoB resistance gene results and 1 was undetermined. In the majority of sputum decontamination, 5 out of 6 samples also gave resistance to rpoB and 1 sputum decontamination was undetermined. Isoniazid drug resistance results were obtained for the inhA gene target, 5 of the 6 culture isolates gave sensitive results for inhA and 1 isolate was undetermined. Meanwhile, in sputum decontamination, 4 of the 6 samples gave sensitive results for inhA and 2 were undetermined. Then, for the katG gene target, 3 of the 6 culture isolates gave sensitive results, 2 isolates were resistant, and 1 was undetermined. Meanwhile, sputum decontamination gave 2 sensitive results, 2 resistant results, and 2 undetermined results. The targeted drug sequencing method can be carried out from samples resulting from decontamination of sputum and isolates. Much success comes from culture results rather than sputum decontamination. Examination with targeted drug sequencing provided results that were in accordance with the results of DST MGIT and GeneXpert for the detection of Rifampicin (rpoB) and Isoniazid (inhA, and katG) resistance genes."
Jakarta: Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia, 2024
T-pdf
UI - Tesis Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Kasturi Ramadhani
"Tuberkulosis TB masih menjadi masalah kesehatan utama di Indonesia yang terjadi akibat banyaknya kasus TB yang tidak terdeteksi melalui diagnosis. TB dapat di diagnosis melalui adanya tanda dan gejala, pemeriksaan apusan basil tahan asam BTA dan kultur sputum. Apusan BTA merupakan pemeriksaan yang murah dan sederhana namun sensitivitas dan spesifisitas belum diketahui pada Laboratorium Mikrobiologi Klinik FKUI-RSCM. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui sensitivitas dan spesifisitas pewarnaan BTA terhadap kultur LJ. Sebanyak 188 sampel sputum didapatkan dari Laboratorium Mikrobiologi Klinik FKUI-RSCM periode Januari ndash; Juni 2015 dan telah memenuhi kriteria inklusi. Penelitian ini menggunakan studi uji diagnosis dan data dianalisis secara komparatif kategorik berpasangan dengan uji McNemar. Dari 188 sampel, didapatkan hasil positif basil tahan asam scanty, 1, 2, 3 dan kultur LJ berturut-turut adalah 13 sampel 6,9 dan 18 sampel 9,6. Dari tabel 2x2 didapatkan sensitivitas dan spesifisitas pewarnaan BTA terhadap kultur LJ adalah 72,2 dan 100. Sedangkan nilai duga positif dan nilai duga negatif adalah 100 dan 97,14.

Tuberculosis TB remains one of the major health problems in Indonesia due to the high number of suspected TB was not detected through diagnosis. TB can be diagnosed by its symptoms, acid fast bacilli AFB smear and by cultivation of sputum. AFB smear microscopy is cheap and simple but its sensitivity and specificity not known in Clinical Microbiology Laboratory FMUI RSCM. The aim of this study was to determine sensitivity and specificity of AFB smear against LJ. There were 188 sputum samples people with suspected TB obtained from Clinical Microbiology Laboratory FMUI RSCM from Januari to Juni 2015 that eligible for inclusion. This study used diagnostic test study and the data was analyzed using McNemar test. Out of 188 sputum samples, positive result for AFB smear and culture LJ were 13 samples 6,9 and 18 samples 9,6 respectively. Based on table 2 x 2, the sensitivity, specificity, positive predictive value and negative predictive value of LJ against AFB smear were 72 100 100 and 97,14 respectively.
"
Jakarta: Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia, 2017
S-Pdf
UI - Skripsi Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Samosir, Yoshida Aussiana
"Keberhasilan deteksi tuberkulosis (TB) relatif rendah pada negara berkembang dengan beban TB tinggi akibat kurangnya akurasi diagnosis. Penegakan diagnosis yang dilakukan dengan uji BTA dan TCM sebagai metode deteksi TB baku emas memiliki kelemahan dalam hal penggunaan spesimen sputum yang kemungkinan tidak tersedia pada pasien pediatrik, serta tidak representatif terhadap infeksi Mtb di luar jaringan paru. Urin dapat menjadi kandidat spesimen alternatif dikarenakan bersifat non-invasif. Deteksi antigen Mtb dalam urin menggunakan kit diagnostik Fujifilm SILVAMP TB LAM berhasil dilakukan pada populasi TB-HIV, namun deteksi gen Mtb secara langsung dalam urin belum banyak diteliti. Metode molekuler PCR telah digunakan dalam studi diagnostik karena memiliki nilai sensitivitas dan spesifisitas yang tinggi, sehingga dapat memberikan hasil diagnosis yang akurat. Tujuan penelitian adalah melalukan uji deteksi TB pada sampel urin populasi yang telah dinyatakan TB secara bakteriologis (kelompok Definite TB) dan populasi yang didiagnosa TB secara klinis namun tidak menunjukkan hasil laboratorium TB (kelompok Clinically TB) melalui metode multiplex PCR dengan gen target ESAT6, IS6110, dan MPT64 dan mengevaluasi potensi sampel urin sebagai spesimen alternatif diagnosis TB. Nilai positivity rate yang diperoleh adalah 71,43% (10/14) pada kelompok Definite TB dan 60,71% (17/28) pada kelompok Clinically TB. Metode multiplex PCR dengan spesimen urin dapat menjadi petunjuk pada kasus TB non-paru dan populasi yang tidak dapat mengeluarkan sputum berkualitas.

Tuberculosis (TB) screening and diagnostic accuracy is relatively low in developing countries, which has contributed to the high TB burden in such regions. The diagnostic gold standard is the acid-fast bacillus (AFB) smear and GeneXpert test. A major disadvantage for both tests is the utilisation of sputum specimens, which may not be available in paediatric cases and is not representative of extrapulmonary Mtb infection. Urine may be used as an adjunct specimen because of its non-invasive nature of collection. Previous studies have focused on detecting Mtb antigens in urine using the Fujifilm SILVAMP TB LAM diagnostic kit in TB-HIV populations, however direct Mtb DNA detection has not been intensively evaluated. In recent years, PCR techniques have been widely used due to high sensitivity and specificity values which provides rapid and accurate diagnoses. Therefore, the primary objective of this is to conduct a TB detection test in urine samples of two population groups previously tested with AFB smear and GeneXpert test; (1) definite bacteriological cases (Definite TB group), and (2) clinically diagnosed cases (Clinically TB group), using multiplex PCR with target genes ESAT6, IS6110, and MPT64. Specifically, the study aims to evaluate urine as an alternative specimen and supporting tool in TB diagnostics. Observed positivity rate of urine samples was 71.43% (10/14) in the Definite TB group and 60.71% (17/28) in the Clinically TB group. Multiplex PCR using urine specimens indicates effectiveness in rapid detection of extra-pulmonary TB and sputum-scarce cases."
Depok: Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Indonesia, 2020
S-pdf
UI - Skripsi Membership  Universitas Indonesia Library
<<   1 2 3 4 5 6 7 8 9 10   >>