Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"ABSTRAKSalah satu permasalahan yang dihadapi oleh pengobatan regeneratif menggunakan sel punca adalah metode verifikasi sifat pluripotensi terhadap sel punca yang telah diperoleh. Verifikasi sifat pluripotensi dilakukan dengan menggunakan antibodi untuk mengenali protein marka sel punca yang dihasilkan oleh sel tersebut. Penelitian ini bertujuan untuk mengekspresikan dan mempurifikasi salah satu protein marka sel punca, yaitu SOX2 sehingga dapat digunakan untuk memproduksi antibodi yang dapat digunakan untuk proses verifikasi tersebut. Ekspresi protein SOX2 dilakukan pada sistem ekspresi Escherichia coli BL21 codon plus dengan menggunakan plasmid rekombinan pQE-80L Sox2, kemudian protein SOX2 diverifikasi secara kualitatif dengan menggunakan SDS-PAGE dan Western blot. Hasil menunjukkan bahwa SOX2 telah berhasil diekspresikan pada sistem ekspresi yang digunakan, namun kodon gen sintetik Sox2 yang belum teroptimasi untuk beradaptasi pada sistem ekspresi menyebabkan jumlah protein yang dihasilkan sedikit. Purifikasi SOX2 juga telah berhasil dilakukan dengan menggunakan sistem purifikasi Ni-NTA dalam keadaan terdenaturasi.

---

ABSTRACTOne of the problems faced by the use of stem cells in regenerative medicine is to find a proper method for verifying the pluripotency of a stem cell obtained. Verification of the cell pluripotency can be accomplished by using an antibody to identify the stem cell protein marker produced by the cell. The purpose of this research is to express and purify one of the stem cell marker protein, SOX2, in order to produce the antibody that can be used in the verification process. SOX2 protein expression was acomplished by using Escherichia coli BL21 codon plus expression system as host with pQE 80L Sox2 recombinant plasmid. The protein SOX2 obtained then was qualitatively verified by using SDS PAGE and Western blotting. Result showed that SOX2 has been successfully expressed by the expression system used. However, the unoptimized codon of the synthetic Sox2 gene causing the codon unable to adapt properly to the expression system, therefore may affect the translation process and lower the protein yield. Purification of SOX2 protein was also has been successfully conducted by using Ni NTA purification system in denatured protein condition."

"Radiasi merupakan terapi pilihan untuk kanker serviks stadium III B, namun permasalahan timbul karena adanya sifat radioresisten. Sel punca kanker SPK merupakan salah satu faktor yang diduga berkontribusi terhadap hal tersebut. SOX2 dan OCT4 merupakan faktor transkripsi yang mengekspresikan sifat-sifat SPK, yaitu mengontrol sifat pluripoten, self-renewal, berperan pada karsinogenesis, metastasis, resistensi terhadap terapi dan rekurensi tumor. Faktor apoptosis, DNA repair dan telomerase merupakan mekanisme yang berkaitan dengan radioresisten. Penelitian ini bertujuan untuk mempelajari hubungan antara SOX2 dan OCT4 sebagai penanda SPK terhadap respons terapi radiasi, serta kaitannya dengan faktor apoptosis caspase-3 , DNA repair Chk1 dan telomerase hTERT .Penelitian ini merupakan case control, terhadap 48 kasus karsinoma sel skuamosa serviks stadium III B yang telah menjalani terapi radiasi/kemoradiasi di RS Cipto Mangunkusumo/FKUI. Kasus dibagi dalam 2 kelompok, yaitu hasil terapi komplet 27 kasus dan hasil terapi inkomplet 21 kasus . Kasus dengan respons awal terapi radiasi baik dilakukan pemeriksaan bulan Pap smear dan HPV pada bulan ke-6 atau sampai ke-12 setelah terapi. Ekspresi SOX2, OCT4, caspase-3, Chk1 dan hTERT diperiksa secara imunohistokimia dari blok parafin biopsi awal.Ekspresi kuat SOX2 dan OCT4 dengan H-score masing-masing lebih dari 96,6 dan 61,9 mempunyai hubungan bermakna dengan respons awal terapi radiasi maupun respons akhir terapi radiasi SOX2 p = 0,017, p = 0,004 dan OCT4 p < 0,001, p < 0,001 . Ditemukan hubungan bermakna antara ekspresi Chk1 dan hTERT dengan respons awal terapi radiasi Chk1 p = 0,006, hTERT p = 0,029 . Tidak ditemukan hubungan yang bermakna antara ekspresi caspase-3, Chk1, hTERT dengan ekspresi SOX2 dan OCT4. Uji multivariat menunjukkan bahwa SOX2 dan OCT4 yang paling memengaruhi respons terapi OR = 5,12, p = 0,040 dan OR = 17,03, p < 0,001, secara berurutan . Uji probabilitas menunjukkan kemungkinan respons akhir terapi radiasi inkomplet sebesar 87,91 bila ekspresi kedua penanda SPK kuat.Ekspresi kuat SOX2 dan OCT4 dapat memprediksi hasil terapi radiasi inkomplet pada karsinoma serviks stadium III B.

---

Radiotherapy is the main choice of treatment for stage III B cervical cancer, but radioresistance becomes a difficult matter. Cancer stem cell is one of the factors suspected involving in radioresistant cancers. SOX2 and OCT4 are transcription factors which have pluripotent cell characteristics, and self renewal ability. They also involved in carcinogenesis, metastasis, tumor recurrent, and resistance toward therapy. Apoptotic, DNA repair, and telomerase factors are mechanisms that also contribute to radioresistance. This study aims to know the role of SOX2 and OCT4 as CSC markers, apoptotic factor caspase 3 , DNA repair Chk1 and telomerase hTERT toward radiotherapy.The design of this study was case control with 48 cases of stage III B cervical squamous cell carcinoma patients who had finished receiving radiation chemo radiation therapy at Cipto Mangunkusumo Hospital FMUI, Jakarta. They were classified in 2 groups based on the final response of treatment, which were complete and incomplete one. Pap smear and DNA HPV were performed in month 6 or until month 12 after therapy for good initial therapy. Immunohistochemistry was done to analyze SOX2, OCT4, caspase 3, Chk1 and hTERT expression from the paraffin block of initial biopsy.Strong expression of SOX2 and OCT4 with each H score was higher than 96.6, and 61.9 had significant association with both initial and final therapy response SOX2 p 0.017, p 0.004 and OCT4 p 0.001, p 0.001, repectively . There was significant association between expression of Chk1 and hTERT, and initial therapy response p 0.006 for Chk1, and p 0.029 for hTERT . No significant differences were found between caspase 3, Chk1, hTERT, and SOX2 and OCT4. Multivariate analysis showed SOX2 and OCT4 were the most influenced antibodies for radiotherapy response OR 5.12, p 0.040, and OR 17.03, p 0.001, respectively . The likelihood of incomplete final therapy response was 87.91 if the expression both of CSC markers were strong.Expression of SOX2, and OCT4 could predict the incomplete radiotherapy of stage III B cervical cancer cases. "

"ABSTRAKLatar Belakang: Sejak para ilmuwan telah sukses dalam mengekstraksi sel punca dari embrio manusia pada tahun 1998, riset mengenai sel punca menjadi sangat popular hingga sekarang. Kini, sel punca dapat dibedakan menjadi dua: Embryonic Stem Cells (ESC) dan Somatic Stem Cells dua tipe sel punca ini berbeda dalam kepuncaan mereka. Embryonic Stem Cell (ESC) adalah sel punca yang pluripoten, hal ini membuat ESC menjadi kandidat yang ideal untuk terapi regeneratif menggunakan sel punca. Akan tetapi, ESC jarang digunakan karena konsiderasi etis. Maka dari itu, kemungkinan menggunakan sel punca lainnya, termasuk Adipose Derived Stem Cells (ADSC) dan Umbilical Cord Derived Stem Cells (USC) sedang dipelajari. Sebab informasi mengenai pluripotency dari kedua sel punca ini masih terbatas, penelitian ini bertujuan untuk menganalisa tingkat pluripotency dari ADSC dan USC, melalui ekspresi gen Sox2, salah satu faktor transkripsi yang penting dalam menjaga pluripotency suatu sel.Metode: RNA diekstraksi dari ADSC dan USC. One-Step Real-Time RT-PCR dilakukan untuk mendapatkan ekspresi relatif gen Sox2 yang menggambarkan tingkat pluripotency sel induk tersebut. Kemudian, electrophoresis dilakukan untuk mengkonfirmasi hasil amplifikasi gen dari One-Step Real-Time RT-PCR.Hasil: Ekspresi relatif gen Sox2 ditemukan 1.10 kali lebih tinggi pada USC dibandingkan ADSC, suatu perbedaan yang tidak cukup signifikan.Konklusi: USC dan ADSC memiliki tingkat ekspresi gen Sox2 relatif yang serupa. Tidak ada perbedaan yang signifikan yang ditemukan diantara keduanya, sehingga dapat disimpulkan bahwa kedua sel ini memiliki tingkat pluripotency yang mirip, membuat keduanya sumber sel punca yang sesuai."

"Menurut data statistik WHO, kanker merupakan salah satu penyebab kematian terbesar di dunia, dengan 8,2 juta kematian dari 14 juta kasus kanker terhitung di tahun 2012. Lebih spesifik untuk wilayah Asia Tenggara, WHO mencatat 1,72 juta kasus dengan 1,17 juta kematian. Apoptin banyak diteliti sebagai protein dengan potensi terapi kanker, karena memiliki kemampuan menginduksi apoptosis di sel kanker secara spesifik. Potensi apoptin mendorong penelitian untuk apoptin dengan kemampuan penetrasi baik dan produksi dalam skala lebih besar. Dalam penelitian ini, telah dilakukan modifikasi apoptin dari chicken anemia virus dengan menggunakan affinity tag (His)6 , tag (Arg)8 untuk peningkatan penetrasi dan (HlyA) untuk sekresi apoptin keluar dari sel inang Escherichia coli ke media pertumbuhan sel secara genetik. Penambahan affinity tag (His)6 memungkinkan apoptin dipurifikasi dalam 1 langkah menggunakan kolom kromatografi nikel. Pelepasan (His)6 dan HlyA tag dirancang untuk dilakukan dengan menggunakan situs proteolitik thrombin. Protein diekspresikan dalam sel Escherichia coli strain BL21 pLysS, dan BL21 CodonPlus pada suhu 37oC dan 28oC. Analisis dilakukan dengan SDS PAGE memberikan hasil bahwa protein terekspresi dengan ukuran antara 20-25 kDa. Konfirmasi protein dilakukan dengan purifikasi kromatografi afinitas Nikel.

---

Based on WHO statistica data, cancer is one of the deadliest disease in the world, with 8,2 millions of deaths out of 14 million of cases in 2012. More specifically in South East Asia, WHO data showed 1,72 million of cases with 1,17 million of deaths. Apoptin intensively studied for its potential as a therapeutic protein for cancer treatment, since it able to induce apoptosis in cancer cells specifically. The apoptin potential drives researcher to produce apoptin in larger scale. In this research, chicken anemia virus apoptin have been modified by adding (His)6 tag, (Arg)8 tag and HlyA tag for purification, penetration and secretion from Escherichia coli to the growth media proposed. The addition of (His)6 tag enable apoptin to be purified in 1 step using nickel chromatography column. Removal of (His)6 tag and HlyA tag designed using specific thrombin proteolytic site. Protein expressed in Escherichia coli strain BL21 pLysS, and BL21 CodonPlus in temperature of 37oC and 28oC. Analysis done by SDS PAGE shows that the protein expressed with size between 20-25 kDa. Further confirmation done by Nickel affinity chromatography."

"Gen CSF3 merupakan gen penyandi human granulocyte-colony stimulating factor hG-CSF. Gen CSF3 yang digunakan dalam penelitian ini merupakan gen sintetik dari penelitian terdahulu disebut CSF3syn yang dikonstruksi secara in vitro. Gen tersebut mengandung kodon preferensi Escherichia coli dan telah berhasil digunakan untuk mengekspresikan protein hG-CSF rekombinan pada E. coli menggunakan plasmid ekspresi berbasis promotor T7. Gen CSF3syn disubkloning ke dalam plasmid ekspresi yang mengandung promotor rhaBAD pada penelitian ini. Promotor ini dapat terinduksi oleh rhamnose dalam media sebagai sumber karbon. Tujuan penelitian ini adalah mendapatkan konstruk plasmid rekombinan pJ804-mCSF3 sebagai sumber vektor alternatif untuk produksi protein hG-CSF rekombinan pada sistem ekspresi E. coli menggunakan plasmid berbasis promotor rhaBAD. Konstruksi plasmid dilakukan melalui subkloning gen CSF3syn ke dalam plasmid pJ804. Terdapat dua varian gen CSF3syn yang digunakan, yaitu mCSF3-ori dan mCSF3-new2. Kedua gen tersebut diisolasi masing-masing dari plasmid pJ414-mCSF3-ori dan pJ414-mCSF3-new2 setelah didigesti dengan enzim restriksi NdeI dan XhoI. Gen target dan plasmid selanjutnya diligasi dan plasmid rekombinan yang diperoleh diklon ke dalam E. coli DH5?. Sebanyak 12 dari 30 koloni transforman pJ804-mCSF3-ori dan 7 dari 44 koloni transforman pJ804-mCSF-new2, positif menunjukkan pita gen CSF3syn sebesar 558 pb setelah diverifikasi menggunakan teknik PCR koloni dan PCR plasmid. Analisis digesti plasmid menggunakan enzim NdeI dan XhoI mengonfirmasi situs ligasi dan ukuran dari plasmid rekombinan yang diperoleh 4.723 pb. Plasmid rekombinan pJ804-mCSF-ori dan pJ804-mCSF3-new2 telah berhasil dikonstruksi.

---

CSF3 is a gene that encodes the human granulocyte colony stimulating factor hG CSF. The CSF3 gene used in this study was a synthetic gene from a previous study called CSFsyn that was constructed in vitro. The gene contains the Escherichia coli codon preference and has been successfully used to express the recombinant hG CSF protein in E. coli using T7 promoter based expression plasmid. The CSF3syn gene was subcloned into an expression plasmid containing rhaBAD promoter in this study. This promoter can be induced by rhamnose in the media as a carbon source. The purpose of this study was to obtain a recombinant plasmid construct of pJ804 mCSF3 as an alternative vector source for the production of recombinant hG CSF protein in an E. coli expression system using rhaBAD promoter based plasmid. The plasmid construction was performed by subcloning the CSF3syn gene into the pJ804 plasmid. There are two variants of CSF3syn genes used, mCSF3 ori and mCSF3 new2. The two genes were isolated from pJ414 mCSF3 ori and pJ414 mCSF3 new2 plasmids respectively after digestion using NdeI and XhoI restriction enzymes. The target genes and plasmid were subsequently ligated and recombinant plasmid obtained were cloned into E. coli DH5 . Twelve out of the 30 transformant colonies of pJ804 mCSF3 ori and 7 out of 44 transformant colonies pJ804 mCSF new2, positively demonstrated the presence of CSF3syn gene band of 558 bp. Those colonies have been verified using colony PCR and plasmid PCR techniques. Plasmid digestion analysis using NdeI and XhoI enzymes confirmed ligation site and size of the recombinant plasmids obtained 4.723 bp. Recombinant plasmids pJ804 mCSF ori and pJ804 mCSF3 new2 have been successfully constructed."

"Latar Belakang: gp41 adalah transmembran glikoprotein yang memiliki peran penting dalam fusi dan masuknya Human Immunodeficiency Virus-1 (HIV-1). Keterlibatan protein transmembrane gp41 sangatlah krusial di seluruh fase awal penularan mukosa HIV-1; maka keberadaan protein ini penting untuk skrining dan diagnosis HIV-1. Protein transmembran gp41 dapat dimanfaatkan sebagai alat diagnostik HIV-1 melalui uji deteksi antibodi yang meliputi, Rapid Diagnostic Test, ELISA, dan Western Blot (WB). Namun, meskipun terdaftar sebagai salah satu protein HIV-1 yang memiliki banyak manfaat, studi mengenai ekspresi dan optimalisasi protein transmembran gp41 masih kurang diteliti. Oleh karena itu, penelitian ini bertujuan untuk memperoleh pengetahuan mengenai kondisi optimal untuk mengekspresikan protein transmembran gp41 pada Escherichia coli (E. coli) PQE80L untuk pengembangan uji diagnostik HIV-1. Metode: Penelitian ini menggunakan bagian imunodominan dari protein transmembrane gp41 (gp41-IDR). Protein gp41-IDR kemudian diekspresikan dalam sistem ekspresi E. coli dan dioptimalkan pada berbagai variabel, yaitu media kultur, konsentrasi penginduksi dan waktu induksi. Hasil yang diperoleh dari SDS-PAGE 20% didokumentasikan oleh ImageQuant Las 4000, sedangkan kuantisasi dan analisa protein gp41-IDR dilakukan di Image Lab 6.1. Software for Mac. Hasil: Hasil penelitian menunjukkan bahwa protein gp41-IDR lebih maksimal jika diekspresikan pada medium Terrific Broth (TB) dibandingkan dengan dua media kaya nutrisi lainnya, yaitu Luria Bertani (LB) dan 2x Yeast Extract-Tryptone (2x YT). Di antara lima konsentrasi Isopropil-beta-D-thiogalactopyranoside (IPTG) yang diuji, induksi oleh 1 mM IPTG menunjukkan hasil protein tertinggi jika dibandingkan dengan konsentrasi IPTG lainnya. Apabila dibandingkan dengan protein yang diinduksi selama 6 jam dan semalam, induksi protein gp41-IDR rekombinan selama 3 jam menunjukkan hasil protein tertinggi. Kesimpulan: Protein rekombinan gp41-IDR HIV-1 berhasil diekspresikan pada Escherichia coli (E. coli), dengan PQE80L sebagai vektor ekspresi. Hasil dari penelitian ini menunjukkan bahwa protein rekombinan gp41-IDR dari HIV-1 Subtipe CFR01_AE diekspresikan secara optimal pada medium Terrific Broth (TB), dengan 1 mM IPTG selama 3 jam.

---

Background: gp41 is a viral transmembrane glycoprotein that plays a significant role in the fusion and entry of Human Immunodeficiency Virus-1 (HIV-1). The involvement of gp41 transmembrane protein is pivotal throughout the early phases of HIV-1 mucosal transmission; hence the presence of this protein is important for HIV-1 screening and diagnosis. gp41 transmembrane protein can be utilized as an HIV-1 diagnostic tool through antibody detection tests, namely Rapid Diagnostic Test, ELISA, and Western Blot (WB). However, despite being listed as one of the most valuable HIV-1 proteins, research regarding the expression and optimization of gp41 transmembrane protein is likely underreported. Therefore, this research aims to obtain knowledge regarding the optimal condition to express gp41 transmembrane protein in Escherichia coli (E. coli) PQE80L for the development of HIV-1 diagnostic test.

Methods: The immunodominant region of gp41 transmembrane protein (gp41-IDR) was used in this study. gp41-IDR protein was expressed in E. coli expression system and optimized under varying variables, namely culture medium, inducer concentration and induction time. The results obtained from SDS-PAGE 20% were documented by ImageQuant Las 4000, while quantitation and analysis of the gp41-IDR protein was done in Image Lab 6.1. Software for Mac.

Results: The results indicated that the gp41-IDR protein yield was maximized when expressed in Terrific Broth (TB) Medium as compared to other two nutrient-rich media, namely Luria Bertani (LB) and 2x Yeast Extract-Tryptone(2x YT). Among the five Isopropyl-beta-D-thiogalactopyranoside (IPTG) concentrations tested, induction by 1 mM of IPTG showed the highest protein yield when compared to the other IPTG concentrations. In comparison to those induced for 6 hours and overnight, induction of recombinant gp41-IDR protein for 3 hours offered the highest protein yields.

Conclusion: To conclude, recombinant gp41-IDR HIV-1 protein was successfully expressed in the Escherichia coli (E. coli) host system, with PQE80L as expression vector. Findings from this study indicate that gp41-IDR recombinant protein from HIV-1 Subtype CFR01_AE is optimally expressed in Terrific Broth (TB) Medium, with 1 mM of IPTG for 3 hours."

"Latar Belakang: E.coli O157:H7 merupakan salah satu bakteri foodborne disease yang menyebabkan tingkat morbiditas dan mortalitas yang sangat tinggi pada manusia. Reservoar utama bakteri adalah ternak sapi. Beberapa metode telah digunakan untuk mendeteksi keberadaan E.coli O157:H7 di Indonesia namun belum ada metode identifikasi spesifik yang sekaligus dapat dimanfaatkan sebagai bahan alami dalam pengendalian E.coli O157:H7. Bakteriofaga faga adalah virus yang menginfeksi secara spesifik dan mampu melisiskan bakteri. Penelitian ini bertujuan untuk mencari faga isolat Indonesia yang akan dimanfaatkan untuk identifikasi yang spesifik terhadap E.coli O157:H7.

Metode: Sebanyak 60 isolat lokal E.coli O157:H7 yang telah dikarakterisasi secara biokemik, serologik antiserum hiperimun dan komersial dan molekuler Multiplex-PCR digunakan pada penelitian ini. Sampel untuk isolasi faga diambil dari air sungai, air sumur, limbah Rumah Potong Ayam, feses sapi, limbah dan air di peternakan sapi di wilayah Yogyakarta, Bogor, Cianjur dan Bandung. Isolat faga diuji spesifisitasnya terhadap E.coli O157:H7 dan dikarakterisasi secara molekuler PCR dan sekuensing dan pengamatan morfologi dengan Transsmission Electron Microscope. Faga yang spesifik terhadap E.coli O157:H7 digunakan untuk phagetyping terhadap 60 isolat lokal E.coli O157:H7.

Hasil: Penelitian tampak bahwa isolat lokal E.coli O157:H7 mempunyai sifat biokemik yang bervariasi yaitu 3,33 2/60 bersifat tipikal SOR-,GUD- dan 96,67 mempunyai variasi fenotipik SOR-,GUD dan SOR ,GUD . Hasil serotyping dengan antiserum hiperimun tampak 100 bereaksi positif aglutinasi sedang dengan antiserum komersial latex O157 hanya isolat yang bersifat SOR- yang menunjukkan reaksi positif 31,67 . Semua isolat lokal E.coli O157:H7 tampak mempunyai gen spesifik penyandi faktor virulensi yaitu rfbE LPS O157 , fliCh7 flagella H7 , eaeA intimin , hlyA haemolysin , stx 1 Shiga toxin 1 dan stx 2 Shiga toxin 2 . Sebanyak 22 faga telah diisolasi dari 187 sampel dan diperoleh 10 isolat yang bersifat spesifik terhadap E.coli O157:H7. Selanjutnya dibedakan ke dalam 3 tipe yaitu T4, HK dan Lambda. FagaT4 adalah famili Myoviridae, faga HK dan Lambda adalah famili Siphoviridae. Faga T4 isolat Indonesia paling banyak mengidentifikasi isolat lokal E.coli O157:H7 yaitu 56,67 34/60 , faga HK mengidentifikasi 8.33 5/60 isolat lokal E.coli O157:H7 dan faga lambda hanya mengidentifikasi 3.33 2/60 isolat lokal E.coli O157:H7.

Kesimpulan: Faga isolat lokal Indonesia T4, HK dan Lambda dapat digunakan untuk mengindentifikasi isolat E.coli O157:H7 asal Indonesia.

---

Background E. coli O157 H7 is one of foodborne disease bacteria which causes the high morbidity and mortality in humans. The main reservoir of this bacterial strain is cattle. Several methods have been used to detect the existence of E. coli O157 H7 in Indonesia but there is no specific identification method that can also be used as a natural agent to control E. coli O157 H7. Bacteriophage phage is a virus which infects specifically and is able to lyse bacteria. This study aimed to explore the Indonesian phage isolates which would be used for the specific identification of E. coli O157 H7.

Method Sixty local isolates of E. coli O157 H7 characterized through biochemical, serological hyper immune antiserum and commercial and molecular Multiplex PCR method were used in this study. Samples for the phage isolation were retrieved from water in the river, water in the well, chicken slaughter house waste, cow feces, waste and water at cattle farms in Yogyakarta, Bogor, Cianjur and Bandung. Phage isolates were tested their specificity to E. coli O157 H7 and characterized by molecular method PCR and sequencing and morphological observation with Transmission Electron Microscope. Specific phages to E. coli O157 H7 were used for phage typing on 60 local isolates of E. coli O157 H7.Results This study showed that local isolates of E. coli O157 H7 had varied biochemical characteristics 3.33 2 60 were typical SOR , GUD and 96.67 had phenotypic variations SOR , GUD and SOR , GUD.

Results of serotyping with hyper immune antiserum 100 reacted as positive agglutination, while with O157 commercial latex antiserum, only isolates having SOR characteristic showed positive reaction 31.67 . All local isolates of E. coli O157 H7 had specific virulence factor encoding genes namely rfbE LPS O157 , fliCh7 flagella H7 , eaeA intimin , hlyA haemolysin , stx 1 Shiga toxin 1 and stx 2 Shiga toxin 2 . Twenty two phages were isolated from 187 samples and obtained 10 isolates that specifically characterize to E. coli O157 H7. Further distinguished into three types T4, HK and Lambda. The T4 phage was family Myoviridae, HK and Lambda phage were family Siphoviridae. Indonesian isolates of T4 phage identified local isolates of E. coli O157 H7 at the highest percentage that was 56.67 34 60 , HK phage identified 8.33 5 60 local isolates of E. coli O157 H7 and lambda phage only identified 3.33 2 60 local isolates of E. coli O157 H7.

Conclusion Phages of Indonesian local isolates T4, HK and Lambda could be used to identify E. coli O157 H7 isolates from Indonesia."

"Human Epidermal Growth Factor (hEGF) merupakan polipeptida yang terdiri atas 53 asam amino. Protein hEGF berfungsi untuk proliferasi sel epitel dan epidermis secara in vitro dan in vivo. Protein hEGF dikode oleh gen EGF. Gen EGFsyn telah dikonstruksi secara sintetik untuk optimasi kodon pada Escherichia coli. Optimasi kodon berfungsi untuk meningkatkan ekspresi protein rekombinan pada E. coli. Subkloning gen EGFsyn ke plasmid pJ404 yang mengandung gen peptida sinyal endoxylanase sangat diperlukan dalam ekspresi protein hEGF rekombinan pada E. coli. Kendala ekspresi protein rekombinan pada E. coli yaitu terbentuknya badan inklusi di sitoplasma. Peptida sinyal endoxylanase digunakan untuk mentranslokasi protein ke periplasma. Digesti gen EGFsyn dan vektor pJ404 dengan enzim NheI dan BamHI diperlukan untuk persiapan subkloning dan ekspresi protein hEGF ke periplasma. Hasil penelitian menunjukkan bahwa gen EGFsyn dan plasmid pJ404 berhasil dipotong dan siap digunakan untuk subkloning.

---

Human Epidermal Growth Factor (hEGF) is a polypeptide consisted of 53 amino acids. Its function is to promote epithel and epidermis cells proliferation in vitro and in vivo. It is encoded by EGF gene. An EGFsyn has been constructed to optimize codon usage in Escherichia coli. Codon optimization enhances recombinant protein expression in E. coli. Subcloning EGFsyn gene to a plasmid carrying endoxylanase signal peptide gene is important for recombinant hEGF expression in E. coli. One of the problem expressing recombinant protein in E. coli is the accumulation of inclusion bodies in cytoplasm. Endoxylanase signal peptide is used to translocate protein to periplasm. Digestion of EGFsyn gene and plasmid pJ404 by enzyme NheI and BamHI is needed for preparation of subcloning and hEGF expression to periplasm. The results showed that EGFsyn gene and plasmid pJ404 was digested and can be used for subcloning."

"ABSTRAKNANA liase adalah enzim yang mengkatalisis proses reversibel Nacetyl neuraminic acid (NeuSAc) atau asam sialat menjadi N-acetyl mannosamin (ManNAc) dan piruvat. Enzim NANA liase dihasilkan oleh bakteri patogen dan non patogen, antara lain dari Clostridium perfringens,Escherichla coii dan HaemophHus inHuenzae. Untuk mendapatkan enzim NANA liase dalam jumlah yang besar perlu dilakukan studi tentang rekayasa genetika. Pada penelitian sebelumnya telah dilakukan kloning teitiadap gen nanA dari Lactobacilius plantarum. Tujuan jangka panjang dari penelitian sebelumnya adalah rekayasa protein dengan mutasi pada segmen DNA. Rekayasa protein dengan mutasi pada segmen DNA dibutuhkan sedikitnya dua gen yang berbeda. Oleh karenanya dibutuhkan gen lain, sebagai pasangan dari gen nanA-Lplantarum. Penelitian ini terfokus untuk mengkonstruksi vektor gen penyandi enzim NANA liase dari bakteri Escherichla coli. Gen nanA dari E.co//dipilihsebagai pasangan gen nanA-Lplantarum karena gen nanA dari E.coli telah terkarakterisasi dengan baik. Penelitian ini menggunakan metode Isolasi DNA dengan CTAB, amplifikasi PGR dan teknik kloning. Isolasi DNA dengan CTAB dilakukan untuk mendapatkan DNA dari E.coli. Teknik PGR dilakukan untuk mengamplifikasi gen yang menyandi enzim NANA liase, dimanamenggunakan primer forward yang memiliki situs pemotongan terha(;lap EcoRI dan primer reverse yang memiliki situs pemotongan terhadap Hindlli Sedangkan teknik kloning, yang terdiri dari ligasi, transformasi dan seleksi bertujuan untuk mendapatkan vektor ekspresi yang tersisipi gen penyandi enzim NANA liase. Teknik amplifikasi PGR yang dilakukan berhasil mengampiifikasi gen penyandi enzim NANA liase, nan A (0,9 kb) yang memiliki situs pemotongan EcoRI dan HindWl Gen yang didapat disisipkan ke dalam vektor ekspresi pTrcSSA (4,1 kb), selanjutnya ditransformasi ke dalam E.coli DH5a dan menghasilkan 35 transforman. Transfonman yang dihasilkan diambil 7 koloni untuk dikonfirmasi dengan elektroforesis gel agarosa, dantemyata terdapat tiga koloni yang tersisipi pTrc99A-nani E.coii (E/H) (5,0 kb). Selanjutnya dari tiga koloni tersebut diambil satu koloni dan diuji kembalidengan teknik PGR. Pada penelitian ini dilakukan uji sekuen yang bertujuan untuk memastikan tidak terjadinya mutasi selama pengerjaan. Sekuen gen yang didapat telah dikonfirmasi dan ternyata tidak berbeda dengan sekuengen yang dipublikasikan. Hal ini membuktikan bahwa tidak terjadinya mutasi selama pengerjaan. Vektor yang dihasilkan dapat digunakan untuk eksperimen berikutnya yaitu (a) produksi enzim rekombinan NANA liase, dan (b) sebagai pasangan gen nanA dari LactobaciHus plantarum untuk rekayasa protein dengan mutasi segmen DNA."