Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

Hasil Pencarian

Ditemukan 84176 dokumen yang sesuai dengan query
cover
Naomi Pertiwi
Konstruksi plasmid pJ804-mCSF3 untuk ekspresi protein met-hG-CSF pada escherichia coli = Construction of plasmid pJ804-mCSF3 for expression of met hG-CSF protein in escherichia coli
"Gen CSF3 merupakan gen penyandi human granulocyte-colony stimulating factor hG-CSF. Gen CSF3 yang digunakan dalam penelitian ini merupakan gen sintetik dari penelitian terdahulu disebut CSF3syn yang dikonstruksi secara in vitro. Gen tersebut mengandung kodon preferensi Escherichia coli dan telah berhasil digunakan untuk mengekspresikan protein hG-CSF rekombinan pada E. coli menggunakan plasmid ekspresi berbasis promotor T7. Gen CSF3syn disubkloning ke dalam plasmid ekspresi yang mengandung promotor rhaBAD pada penelitian ini. Promotor ini dapat terinduksi oleh rhamnose dalam media sebagai sumber karbon. Tujuan penelitian ini adalah mendapatkan konstruk plasmid rekombinan pJ804-mCSF3 sebagai sumber vektor alternatif untuk produksi protein hG-CSF rekombinan pada sistem ekspresi E. coli menggunakan plasmid berbasis promotor rhaBAD. Konstruksi plasmid dilakukan melalui subkloning gen CSF3syn ke dalam plasmid pJ804. Terdapat dua varian gen CSF3syn yang digunakan, yaitu mCSF3-ori dan mCSF3-new2. Kedua gen tersebut diisolasi masing-masing dari plasmid pJ414-mCSF3-ori dan pJ414-mCSF3-new2 setelah didigesti dengan enzim restriksi NdeI dan XhoI. Gen target dan plasmid selanjutnya diligasi dan plasmid rekombinan yang diperoleh diklon ke dalam E. coli DH5?. Sebanyak 12 dari 30 koloni transforman pJ804-mCSF3-ori dan 7 dari 44 koloni transforman pJ804-mCSF-new2, positif menunjukkan pita gen CSF3syn sebesar 558 pb setelah diverifikasi menggunakan teknik PCR koloni dan PCR plasmid. Analisis digesti plasmid menggunakan enzim NdeI dan XhoI mengonfirmasi situs ligasi dan ukuran dari plasmid rekombinan yang diperoleh 4.723 pb. Plasmid rekombinan pJ804-mCSF-ori dan pJ804-mCSF3-new2 telah berhasil dikonstruksi.
CSF3 is a gene that encodes the human granulocyte colony stimulating factor hG CSF. The CSF3 gene used in this study was a synthetic gene from a previous study called CSFsyn that was constructed in vitro. The gene contains the Escherichia coli codon preference and has been successfully used to express the recombinant hG CSF protein in E. coli using T7 promoter based expression plasmid. The CSF3syn gene was subcloned into an expression plasmid containing rhaBAD promoter in this study. This promoter can be induced by rhamnose in the media as a carbon source. The purpose of this study was to obtain a recombinant plasmid construct of pJ804 mCSF3 as an alternative vector source for the production of recombinant hG CSF protein in an E. coli expression system using rhaBAD promoter based plasmid. The plasmid construction was performed by subcloning the CSF3syn gene into the pJ804 plasmid. There are two variants of CSF3syn genes used, mCSF3 ori and mCSF3 new2. The two genes were isolated from pJ414 mCSF3 ori and pJ414 mCSF3 new2 plasmids respectively after digestion using NdeI and XhoI restriction enzymes. The target genes and plasmid were subsequently ligated and recombinant plasmid obtained were cloned into E. coli DH5 . Twelve out of the 30 transformant colonies of pJ804 mCSF3 ori and 7 out of 44 transformant colonies pJ804 mCSF new2, positively demonstrated the presence of CSF3syn gene band of 558 bp. Those colonies have been verified using colony PCR and plasmid PCR techniques. Plasmid digestion analysis using NdeI and XhoI enzymes confirmed ligation site and size of the recombinant plasmids obtained 4.723 bp. Recombinant plasmids pJ804 mCSF ori and pJ804 mCSF3 new2 have been successfully constructed."
Depok: Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Indonesia, 2017
S-Pdf
UI - Skripsi Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Namira Wandafiana
Expression of HIV-1 Recombinant Protein gp-41 in plasmid pQE80L of Escherichia coli for Development of HIV-1 Diagnostic System = Ekspresi Protein Rekombinan HIV-1 gp-41 menggunakan Plasmid pQE80L pada Escherichia coli untuk pengembangan sistem diagnostik HIV-1
"Latar Belakang: gp41 adalah transmembran glikoprotein yang memiliki peran penting dalam fusi dan masuknya Human Immunodeficiency Virus-1 (HIV-1). Keterlibatan protein transmembrane gp41 sangatlah krusial di seluruh fase awal penularan mukosa HIV-1; maka keberadaan protein ini penting untuk skrining dan diagnosis HIV-1. Protein transmembran gp41 dapat dimanfaatkan sebagai alat diagnostik HIV-1 melalui uji deteksi antibodi yang meliputi, Rapid Diagnostic Test, ELISA, dan Western Blot (WB). Namun, meskipun terdaftar sebagai salah satu protein HIV-1 yang memiliki banyak manfaat, studi mengenai ekspresi dan optimalisasi protein transmembran gp41 masih kurang diteliti. Oleh karena itu, penelitian ini bertujuan untuk memperoleh pengetahuan mengenai kondisi optimal untuk mengekspresikan protein transmembran gp41 pada Escherichia coli (E. coli) PQE80L untuk pengembangan uji diagnostik HIV-1.
Metode: Penelitian ini menggunakan bagian imunodominan dari protein transmembrane gp41 (gp41-IDR). Protein gp41-IDR kemudian diekspresikan dalam sistem ekspresi E. coli dan dioptimalkan pada berbagai variabel, yaitu media kultur, konsentrasi penginduksi dan waktu induksi. Hasil yang diperoleh dari SDS-PAGE 20% didokumentasikan oleh ImageQuant Las 4000, sedangkan kuantisasi dan analisa protein gp41-IDR dilakukan di Image Lab 6.1. Software for Mac.
Hasil: Hasil penelitian menunjukkan bahwa protein gp41-IDR lebih maksimal jika diekspresikan pada medium Terrific Broth (TB) dibandingkan dengan dua media kaya nutrisi lainnya, yaitu Luria Bertani (LB) dan 2x Yeast Extract-Tryptone (2x YT). Di antara lima konsentrasi Isopropil-beta-D-thiogalactopyranoside (IPTG) yang diuji, induksi oleh 1 mM IPTG menunjukkan hasil protein tertinggi jika dibandingkan dengan konsentrasi IPTG lainnya. Apabila dibandingkan dengan protein yang diinduksi selama 6 jam dan semalam, induksi protein gp41-IDR rekombinan selama 3 jam menunjukkan hasil protein tertinggi.
Kesimpulan: Protein rekombinan gp41-IDR HIV-1 berhasil diekspresikan pada Escherichia coli (E. coli), dengan PQE80L sebagai vektor ekspresi. Hasil dari penelitian ini menunjukkan bahwa protein rekombinan gp41-IDR dari HIV-1 Subtipe CFR01_AE diekspresikan secara optimal pada medium Terrific Broth (TB), dengan 1 mM IPTG selama 3 jam.
Background: gp41 is a viral transmembrane glycoprotein that plays a significant role in the fusion and entry of Human Immunodeficiency Virus-1 (HIV-1). The involvement of gp41 transmembrane protein is pivotal throughout the early phases of HIV-1 mucosal transmission; hence the presence of this protein is important for HIV-1 screening and diagnosis. gp41 transmembrane protein can be utilized as an HIV-1 diagnostic tool through antibody detection tests, namely Rapid Diagnostic Test, ELISA, and Western Blot (WB). However, despite being listed as one of the most valuable HIV-1 proteins, research regarding the expression and optimization of gp41 transmembrane protein is likely underreported. Therefore, this research aims to obtain knowledge regarding the optimal condition to express gp41 transmembrane protein in Escherichia coli (E. coli) PQE80L for the development of HIV-1 diagnostic test.
Methods: The immunodominant region of gp41 transmembrane protein (gp41-IDR) was used in this study. gp41-IDR protein was expressed in E. coli expression system and optimized under varying variables, namely culture medium, inducer concentration and induction time. The results obtained from SDS-PAGE 20% were documented by ImageQuant Las 4000, while quantitation and analysis of the gp41-IDR protein was done in Image Lab 6.1. Software for Mac.
Results: The results indicated that the gp41-IDR protein yield was maximized when expressed in Terrific Broth (TB) Medium as compared to other two nutrient-rich media, namely Luria Bertani (LB) and 2x Yeast Extract-Tryptone(2x YT). Among the five Isopropyl-beta-D-thiogalactopyranoside (IPTG) concentrations tested, induction by 1 mM of IPTG showed the highest protein yield when compared to the other IPTG concentrations. In comparison to those induced for 6 hours and overnight, induction of recombinant gp41-IDR protein for 3 hours offered the highest protein yields.
Conclusion: To conclude, recombinant gp41-IDR HIV-1 protein was successfully expressed in the Escherichia coli (E. coli) host system, with PQE80L as expression vector. Findings from this study indicate that gp41-IDR recombinant protein from HIV-1 Subtype CFR01_AE is optimally expressed in Terrific Broth (TB) Medium, with 1 mM of IPTG for 3 hours."
Jakarta: Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia, 2021
TA-pdf
UI - Tugas Akhir  Universitas Indonesia Library
cover
Made Ayu Gitagayatri
Expression of HIV-1 Recombinant Protein Pol ID2 in pQE-80L Plasmid of Escherichia coli for Development of HIV-1 Diagnostic System = Ekspresi Rekombinan Protein HIV-1 POL ID2 Menggunakan Plasmid pQE-80L pada Escherichia coli untuk Pengembangan Sistem Diagnostic HIV-1
"Protein pol termasuk dalam tiga gen signifikan yang mengkode protein struktural HIV-1. Namun, sebagian besar tes diagnostik HIV hanya melibatkan dua produk HIV yang signifikan yaitu, protein Env atau Gag, yang berarti bahwa sebagian besar tes diagnosa HIV dilakukan atau dikembangkan menggunakan antigen yang sama. Hal ini pada akhirnya dapat menghasilkan hasil positif palsu yang berulang jika ada antibodi yang bereaksi silang karena sebagian besar tes disiapkan hanya dengan antigen umum yang sama. Solusi untuk masalah ini adalah mengembangkan uji diagnostik alternatif yang berbeda menggunakan antigen utama lain, seperti protein Pol. Salah satu produk protein Pol, enzim Integrase, termasuk dalam salah satu protein imunogenik HIV, yang berarti dapat digunakan untuk meningkatkan spesifisitas tes diagnostik HIV. Menggunakan protein Pol Immunodominant 2 (Pol ID2), sebuah protein yang terdiri dari Integrase dan RNAse H, yang sudah dikembangkan sebelumnya menggunakan subtipe HIV-1 yang paling menonjol di Indonesia (HIV-1 CRF01_AR), penelitian ini bertujuan untuk mendapatkan pengetahuan tentang kondisi optimal untuk mengekspresikan protein rekombinan Pol ID2 dalam plasmid pQE-80L Escherichia coli (E. coli) dengan harapan dapat berkontribusi terhadap pengembangan dan peningkatan kemandirian tes diagnostik HIV-1 di Indonesia.
Metode: Penelitian ini dilakukan menggunakan metode desain studi eksperimental analitik. Dalam penelitian ini, protein rekombinan Pol Immunodominant 2 (ID2) dalam plasmid pQE-80L E. coli diekspresikan pada beberapa variabel media kultur, konsentrasi penginduksi, dan waktu induksi. Kultur ekspresi divisualisasikan menggunakan elektroforesis SDS PAGE dan didokumentasikan menggunakan mesin ImageQuant Las 4000. Meskipun tidak ada analisis statistik yang dilakukan, software analisis gel Image Lab 6.1 digunakan untuk menganalisis, mengukur, dan mendapatkan rasio kuantitas absolut dari konsentrasi protein pada setiap variabel.
Hasil: Protein rekombinan Pol ID2 yang diperoleh dari HIV-1 subtipe CFR01_AE dapat diekspresikan secara optimal menggunakan media Terrific Broth dengan menggunakan 1mM Isopropil- beta-D-thiogalactopyranoside (IPTG) selama 3 jam induksi.
Kesimpulan: Dapat disimpulkan bahwa plasmid pQE80L-Pol ID2 yang sebelumnya sudah dikembangkan di laboratorium PRVKP FKUI-RSCM dapat mengekspresikan protein rekombinan Pol ID2 dari HIV-1 subtipe CFR01_AR yang dikembangkan di bawah laboratorium yang sama. Protein dapat diekspresikan secara optimal dalam media kultur Terrific Broth menggunakan IPTG 1mM selama 3 jam induksi pada suhu 37oC.
Background: Pol protein is included in the three significant genes that encode a structural protein of HIV-1. However, most HIV diagnostic tests involve only the two significant HIV products, Env or Gag protein, which means that most manufacturers use the same antigen sequence to develop these tests. This may eventually result in repetitive false-positive results if there is any cross-reacting antibody since the test is prepared only with the same common antigens. A solution to this problem is developing a different alternative diagnostic assay using a different major antigen such as Pol genes. One of the Pol gene products, viral enzyme integrase, is included in one of the immunogenic proteins of HIV, meaning that it may be used to improve the specificity of HIV diagnostic assays. Using a previously generated Pol Immunodominant 2 (Pol ID2) protein, comprised of Integrase and RNAseH, obtained from the most prominent HIV-1 subtype in Indonesia (HIV-1 CRF01_AR), this research aims to gain knowledge regarding the optimal conditions to express Pol ID2 recombinant protein in pQE-80L plasmid of Escherichia coli (E. coli) in hopes to contribute towards the development and self-reliance of HIV-1 diagnostic tests in Indonesia. Experimental, analytical study design was used for this research. The Recombinant Pol Immunodominant 2 (ID2) protein in the pQE-80L plasmid of E. coli was expressed under several variables of culture media, inducer concentration, and induction time. The expression culture was visualized using SDS PAGE and documented using ImageQuant Las 4000 machine. Although no statistical analysis was done, Image Lab 6.1 gel analysis software was used to analyze, quantify, and obtain the absolute quantity ratio of protein concentration of each variable.
Result: Pol ID2 recombinant protein obtained from HIV-1 subtype CFR01_AE are optimally expressed using Terrific Broth media using 1mM Isopropyl-beta-D-hiogalactopyranoside (IPTG) for 3 hours of induction.
Conclusion: It could be concluded that pQE80L-Pol ID2 plasmid previously developed in IHVCB FMUI-RSCM Laboratory can express Pol ID2 recombinant protein from HIV-1 subtype CFR01_AR that is constructed under the same laboratory. The protein expression is optimized in Terrific Broth culture media using 1mM IPTG inducer for 3 hours of induction in 37oC."
Jakarta: Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia, 2021
TA-pdf
UI - Tugas Akhir  Universitas Indonesia Library
cover
Muhammad Syah Ramadhan
Digesti gen EGFsyn dan plasmid PJ404 sebagai persiapan subkloning dan ekspresi protein hEGF ke periplasma escherichia coli = Digestion of EGFsyn gene and plasmid PJ404 as preparation for subcloning and expression hEGF protein to escherichia coli periplasm
"Human Epidermal Growth Factor (hEGF) merupakan polipeptida yang terdiri atas 53 asam amino. Protein hEGF berfungsi untuk proliferasi sel epitel dan epidermis secara in vitro dan in vivo. Protein hEGF dikode oleh gen EGF. Gen EGFsyn telah dikonstruksi secara sintetik untuk optimasi kodon pada Escherichia coli. Optimasi kodon berfungsi untuk meningkatkan ekspresi protein rekombinan pada E. coli. Subkloning gen EGFsyn ke plasmid pJ404 yang mengandung gen peptida sinyal endoxylanase sangat diperlukan dalam ekspresi protein hEGF rekombinan pada E. coli. Kendala ekspresi protein rekombinan pada E. coli yaitu terbentuknya badan inklusi di sitoplasma. Peptida sinyal endoxylanase digunakan untuk mentranslokasi protein ke periplasma. Digesti gen EGFsyn dan vektor pJ404 dengan enzim NheI dan BamHI diperlukan untuk persiapan subkloning dan ekspresi protein hEGF ke periplasma. Hasil penelitian menunjukkan bahwa gen EGFsyn dan plasmid pJ404 berhasil dipotong dan siap digunakan untuk subkloning.
Human Epidermal Growth Factor (hEGF) is a polypeptide consisted of 53 amino acids. Its function is to promote epithel and epidermis cells proliferation in vitro and in vivo. It is encoded by EGF gene. An EGFsyn has been constructed to optimize codon usage in Escherichia coli. Codon optimization enhances recombinant protein expression in E. coli. Subcloning EGFsyn gene to a plasmid carrying endoxylanase signal peptide gene is important for recombinant hEGF expression in E. coli. One of the problem expressing recombinant protein in E. coli is the accumulation of inclusion bodies in cytoplasm. Endoxylanase signal peptide is used to translocate protein to periplasm. Digestion of EGFsyn gene and plasmid pJ404 by enzyme NheI and BamHI is needed for preparation of subcloning and hEGF expression to periplasm. The results showed that EGFsyn gene and plasmid pJ404 was digested and can be used for subcloning."
Depok: Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Indonesia, 2016
S61737
UI - Skripsi Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Ima Magisma
Ekspresi protein p53 pada escherichia coli bl21 codon plus = P53 protein expression in escherichia coli bl21 codon plus
"Selama ini pengobatan kanker serviks hanya menggunakan vaksin profilaktik yang bersifat preventif. Pengembangan vaksin terapeutik yang bersifat kuratif perlu dilakukan untuk penderita yang berada dalam tahap terinfeksi HPV-16 pra-kanker dan kanker. Akan tetapi, efektifitas dan keamanan kandidat vaksin terapeutik perlu diuji terlebih dahulu dengan uji interaksi onkoprotein E6 dengan protein penekan tumor p53. Oleh karena itu, tujuan penelitian ini adalah melakukan ekspresi protein p53. Protein p53 merupakan salah satu komponen sistem pendeteksi interaksi antigen E6 dengan p53. Ekspresi p53 menggunakan sel E. coli transforman dilakukan dengan pemberian induksi IPTG 1 mM selama 4 jam. Plasmid rekombinan pQE-80L_p53 mampu mengekspresikan protein p53 di dalam sel E. coli BL21 cp dengan berat molekul 54 KDa. Hasil western blotting menunjukkan sebuah pita berukuran 54 KDa yang sesuai dengan berat protein p53.
Over the last few years, cervix medication depends only on prophylactic vaccination. The development of therapeutic vaccination needs to be improved in order to treat HPV 16 infected patients. However, vaccines safety needs to be tested by examining interaction between E6 oncoprotein and p53 tumour suppressor protein. Therefore, p53 protein needs to be expressed as one of the system components. pQE 80L recombinant plasmid is capable to express p53 6xhis tagged using E. coli BL21 Codon Plus as a cell host. Western blot result showed that 4 hours of 1 mM IPTG induction produced a single band with the size of 54 kDa."
Depok: Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Indonesia, 2018
S-Pdf
UI - Skripsi Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Aditya Chandra Nugraha
Konstruksi plasmid rekombinan penyandi onkoprotein E7 wild type HPV tipe 16 dan ekspresinya pada escherichia coli BL21 codon plus = Construction of recombinant plasmid encoding oncoprotein E7 wild type HPV type 16 and its expression in escherichia coli BL21 codon plus
"Pengobatan kanker serviks selama ini masih bergantung pada pemberian vaksin profilaktik yang bersifat preventif. Vaksin tersebut tidak dapat menyembuhkan pasien yang telah menderita kanker. Sebuah strategi baru dibuat dengan tujuan menyembuhkan pasien yang telah terinfeksi HPV. Strategi tersebut ialah pemberian vaksin terapeutik yang memiliki kemampuan kuratif. Onkoprotein E7 HPV Tipe 16 dibutuhkan sebagai studi untuk merancang vaksin terapeutik yang efektif dan aman. Onkoprotein E7 nantinya akan digunakan sebagai kontrol positif onkogenitas vaksin terapeutik yang dibuat. Produksi onkoprotein E7 dilakukan dengan membuat konstruksi plasmid rekombinan penyandi onkoprotein E7 wild type wt HPV tipe 16. Fragmen DNA E7 wt diklona ke plasmid pQE80L pada situs SacI dan HindIII. Analisis fragmen DNA E7 wt pada plasmid rekombinan dilakukan dengan metode PCR dan restriksi. Plasmid rekombinan ditransformasi ke dalam sel Escherichia coli BL21 Codon Plus cp dengan metode heat shock. Ekspresi onkoprotein E7 wt oleh sel E. coli transforman dilakukan dengan pemberian induksi IPTG 1 mM selama 4 jam. Plasmid rekombinan pQE80L-E7 wt mampu mengekspresikan onkoprotein E7 wt di dalam sel E. coli BL21 cp dengan berat molekul 35 KDa. Konfirmasi western blotting menunjukkan sebuah pita dengan ukuran 35 KDa yang sesuai dengan berat molekul onkoprotein E7 wt yang diekspresi.
Treatment of cervical cancer during this time is still dependent on the provision of preventive prophylactic vaccine. The vaccine can not cure patients who have had cancer. A new strategy is created with the aim of curing patients who have been infected with HPV. The strategy is giving a therapeutic vaccine that has curative ability. Oncoprotein E7 HPV Type 16 is needed as a study to design effective and safe therapeutic vaccines. Oncoprotein E7 will then be used as a positive control of the oncogenicity of the therapeutic vaccine made. The production of oncoprotein E7 was carried out by constructing a recombinant plasmid encoding of a wild type wt E7 oncoprotein HPV type 16. The E7 wt DNA fragment was cloned to a pQE80L plasmid on SacI and HindIII sites. Analysis of E7 wt DNA fragment on recombinant plasmid was done by PCR method and restriction. Recombinant plasmid is transformed into Escherichia coli BL21 Codon Plus cp cells by heat shock method. Expression of oncoprotein E7 wt by transformant E. coli cells was performed by induction of 1 mM IPTG for 4 hours. Recombinant plasmid pQE80L E7 wt is capable of expressing the E7 wt oncoprotein in the E. coli BL21 cp cell with 35 KDa molecular weight. The western blotting confirmation result shows a band of size 35 KDa corresponding to the weight of the expressed E7 wt oncoprotein molecule."
Depok: Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Indonesia, 2017
S69680
UI - Skripsi Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Pauline Phoebe Halim
Konstruksi Plasmid Rekombinan untuk Pengekspresian Epitop PD1 EP2 dalam Sistem Ekspresi E. coli = Construction of Recombinant Plasmid for Expression of PD1 EP2 Epitope in E. coli Expression System
"

Imunoterapi merupakan metode terapi kanker yang sedang berkembang namun belum tersedia bebas di Indonesia karena biayanya yang mahal. Salah satu cara kerjanya adalah dengan menargetkan bagian spesifik dari sistem imun untuk membentuk respon terhadap sel ganas dan meningkatkan apoptosis sel menggunakan antibodi monoklonal. Contohnya reseptor PD1 yang berfungsi untuk menghalangi ligan PD1 yang banyak terdapat pada permukaan sel kanker. Riset ini bertujuan untuk mendapatkan plasmid rekombinan epitop PD1 EP2 yang akan dipergunakan dalam riset payung tim PRVKP. Rekombinasi DNA dilakukan dengan memasukan fragmen DNA PD1 EP2 yang telah diperbanyak dan dipotong ke dalam plasmid pQE-80L. Hasil ligasi kemudian ditransformasi dalam bakteri E.coli TOP10 dan dianalisa dengan PCR koloni. Produk PCR terbukti mengandung plasmid rekombinan PQE EP2. Konfirmasi selanjutnya dengan analisa sekuens DNA memastikan kandungan basa pada fragment insert telah terekspresi dalam plasmid. Sekuensing koloni ke 12 menunjukan bahwa insert telah terekspresi tanpa mutasi. Beberapa protokol ditemukan berpotensi mengurangi kemungkinan keberhasilan studi ini namun penelitian lebih lanjut. Dikarenakan hasil analisa ulang situs restriksi HindIII pada sekuens DNA tidak dapat memberi kepastian, sekuensing ulang disarankan untuk dilakukan. Protokol PRVKP disarankan untuk disempurnakan kembali.

Immunotherapy is a flourishing method for cancer treatment that is not available in Indonesia due to its expensive cost. One of its working method is by targeting a specific part of immune system to induce response against cancer cell and increase cell apoptosis with monoclonal antibodies. As example, PD1 receptor which function is to inhibit PD1 ligands abundantly found at the surface of cancer cell. This research focused on obtaining PD1 EP2 epitope recombinant plasmid to create the PD1 monoclonal antibody that is being develop by PRVKP team. DNA recombination was performed by inserting PD1 EP2 epitope's fragment into pQE-80L plasmid. Ligation product was then transformed into E.coli TOP10 bacteria and analyzed with colony PCR. PCR product had been proven to yield several colonies which contain PQE EP2 recombinant plasmid. Next, sequence analysis was conducted to confirm correct insert fragment was successfully expressed in plasmid. The 12th colony sequence was confirmed to contain non-mutated bases. Several protocol were found to potentially decrease the chance of success, yet further examination was not executed as it was not the focus of the research. As reanalysis of HindIII restriction site in recombinant sequence remained inconclusive, resequencing was suggested. PRVKP protocols adjustment was advised.

"
Depok: Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia , 2019
S-Pdf
UI - Skripsi Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Eny Mahfudhoh
Optimasi ekspresi protein apobec3g dalam sistem ekspresi escherichia coli bl21 codonplus de3 = Protein expression optimization of apobec3g in escherichia coli bl21 codonplus de3
"Protein APOBEC3G merupakan salah satu protein intrinsik sel imun manusia yang memiliki kemampuan antiretroviral terhadap infeksi HIV-1. Protein Vif HIV-1 dapat merangsang degradasi APOBEC3G sehingga penghambatan interaksi antara kedua protein tersebut melalui inhibitor berpotensi digunakan dalam pengembangan antiretroviral baru. Pengembangan antiretroviral baru melalui interaksi antara protein APOBEC3G dengan protein Vif HIV-1 memerlukan protein rekombinan APOBEC3G. Protein APOBEC3G diperoleh dengan cara melakukan ekspresi gen APOBEC3G yang telah dikloning ke dalam vektor ekspresi pQE-80L. Ekspresi protein APOBEC3G dilakukan dalam sistem ekspresi prokariota yaitu bakteri Escherichia coli BL21-CodonPlus (DE3). Ekspresi protein dilakukan pada tiga kondisi optimasi yaitu suhu, konsentrasi IPTG dan waktu inkubasi setelah induksi. Berdasarkan penelitian, APOBEC3G berukuran 43,08 kDa dapat diekspresikan paling optimal pada induksi IPTG 0,5 mM pada suhu 37oC waktu inkubasi 4 jam setelah induksi.
APOBEC3G is one of intrinsic protein in human immune system. It has an antiretroviral ability against HIV-1 infection. However, HIV-1 has Vif protein which stimulate degradation of APOBEC3G. Therefore, inhibition of interaction between both proteins by an inhibitor is potentially used in development of new antiretroviral agents. The development of new antiretroviral using interaction of APOBEC3G and Vif HIV-1 needs recombinant protein of APOBEC3G. This APOBEC3G recombinant protein can be produced by expression of APOBEC3G gene cloned into pQE-80L expression vector in prokaryotic system of Escherichia coli BL21-CodonPlus (DE3). Protein expression conducted in three optimization condition: themperature, IPTG concentration, and incubation time after induction. Based on this research, APOBEC3G which has 43,08 kDa molecular weight is expressed optimally in 0,5 mM IPTG induction at 37oC and incubation time 4 hours after induction."
Depok: Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Indonesia, 2015
S61803
UI - Skripsi Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Andriani Setyowati
Ekspresi protein rekombinan transduksi sinyal dalam escherichia coli
"Transduksi sinyal merupakan proses penyampaian informasi dari luar
sel sampai ke dalam inti sel melewati protein-protein yang bekerja secara
berantai. ERK2 termasuk dalam golongan enzim MAP Kinase yang berada
dalam rantai bagian atas proses transduksi sinyal. STAT3 adalah protein
yang berada paling bawah dalam proses ini yang punya kemampuan
berikatan dengan DNA untuk dapat mengatur ekspresi gen yang dikode DNA
itu. STAT3 dan ERK2 berasal dari sel eukariot. Untuk mempelajari aspek
biokimia dan biofisika diperlukan protein STAT3 dan ERK2 dalam jumlah
banyak yang dapat diperoleh dengan menggunakan DNA rekombinan.
Organisme yang membawa DNA rekombinan akan mensintesis protein.
Tujuan dari penelitian ini adalah melakukan ekspresi protein rekombinan
transduksi sinyal STAT3 dan ERK2 dengan menggunakan IPTG sebagai
induser dalam E. coli DH5 dalam skala produksi 500 mL. Untuk
mendapatkan proteinnya, maka sel pelet bakteri harus dipecah. Supernatan
yang didapat dipurifikasi (dimurnikan ) dengan menggunakan kolom terbuka
metode kromatografi penukar anion (DEAE- Sepharose) dan kromatografi
kolom hidrofobik (Phenyl -Sepharose ). Hasil elusi selanjutnya dikonfirmasi
dengan menggunakan SDS ? PAGE. Dari hasil percobaan, protein
rekombinan STAT3 dan ERK2 berhasil diekspresikan dalam sel inang E.coli
DH5 dan berada dalam supernatan. Pita rekombinan STAT3 dengan berat molekul sebesar  66 kDa dan ERK2 sebesar  41 kDa yang telah
dimurnikan dengan matriks DEAE-Sepharose dan Phenyl-Sepharose belum
dalam bentuk pita tunggal."
Depok: [Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Indonesia, ], [2005, 2005]
S-Pdf
UI - Skripsi Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Fani Suciyani
Ekspresi dan karakterisasi protein E6 human papillomavirus (HPV) tipe 16 rekombinan yang diekspresikan pada escherichia coli BL21-codonPlus (DE3) = Expression and characterization of E6 human papillomavirus (HPV) type 16 recombinant protein which escherichia coli BL21-codonPlus (DE3)
"Masih tingginya penderita kanker serviks dan keterbatasan vaksin profilaktik yang tidak memiliki efek terapeutik mendorong dikembangkannya vaksin Human Papillomavirus HPV yang bersifat terapeutik. Salah satu protein Human Papillomavirus HPV yang berpotensi sebagai vaksin terapeutik yaitu protein E6. Protein E6 yang bersifat alamiah diperlukan sebagai kontrol dalam uji keamanan vaksin. Studi ini bertujuan untuk mengekspresikan gen E6 yang sebelumnya telah diklona pada vektor pGEX-6P-1. Verifikasi plasmid rekombinan E6 dilakukan dengan elektroforesis gel agarosa, double digest, dan sekuensing. Ekspresi protein dilakukan pada sistem ekspresi prokariota yaitu Escherichia coli BL21-CodonPlus DE3. Ekspresi protein dilakukan pada suhu 37 C dan diinduksi IPTG dengan konsentrasi akhir 0,2 mM, 0,4 mM, dan 1 mM. Protein yang telah diperoleh divisualisasi dengan SDS-PAGE 12 dan dikarakterisasi dengan western blot. Analisis menggunakan perangkat lunak genscript menunjukan bahwa ekspresi protein E6 memiliki laju ekspresi yang rendah dengan nilai Codon Adaptation Index CAI 0,57, kandungan GC 38,56, dan Codon Frequency Distribution CFD 20 . Keberadaan protein E6 dideteksi dengan western blot menggunakan antibodi poliklonal dan hasil western blot menunjukkan adanya protein E6 berukuran 44 kDa.
The high prevalence of cervical cancer and the limited prophylactic vaccine that does not have a therapeutic effect encourage the development of the therapeutic Human Papillomavirus HPV vaccine. One of the proteins of Human Papillomavirus HPV which is potential as a therapeutic vaccine is E6 protein. A natural E6 protein is required as a control in vaccine safety testing. This study aims to express the previously cloned E6 gene in the pGEX 6P 1 vector. Verification of recombinant plasmid E6 was performed with agarose gel electrophoresis, double digest, and sequencing. Protein expression was performed on the prokaryotic expression system Escherichia coli BL21 CodonPlus DE3. Protein expression was performed at 37 C and induced with IPTG with a final concentration of 0.2 mM, 0.4 mM, and 1 mM and was characterized by western blot. The obtained protein was visualized with SDS PAGE 12. Analysis using genscript software showed that E6 protein expression had low expression rate with Codon Adaptation Index CAI 0,57, GC content 38,56, and Codon Frequency Distribution CFD 20. The presence of E6 protein was detected by western blot using polyclonal antibody and the western blot result indicated the presence of E6 protein at 44 kDa."
Depok: Fakultas Farmasi Universitas Indonesia, 2017
S-pdf
UI - Skripsi Membership  Universitas Indonesia Library
<<   1 2 3 4 5 6 7 8 9 10   >>