Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"ABSTRAKIntroduksi spesies asing merupakan ancaman bagi banyak organisme perairan. Deteksi dini dapat meningkatkan keberhasilan usaha pengendalian spesies asing, namun saat ini belum ada metode konvensional yang mampu melakukan hal tersebut. Pendekatan terbaru menggunakan environmental DNA eDNA mulai digunakan sebagai pendukung metode survey konvensional, terutama di daerah beriklim sedang temperate. Suhu yang lebih rendah diperkirakan dapat mempertahankan keberadaan DNA di dalam air. Penelitian ini dilakukan untuk menguji metode eDNA di daerah beriklim tropis untuk mendeteksi spesies asing alligator gar Atractosteus spatula dilakukan di Depok, Indonesia. Sebanyak 200 ml sampel air diambil dari kolam artifisial setiap tujuh hari selama satu bulan, lalu difiltrasi melalui kertas filter nitrat selulosa berdiameter 0,45. Sampel diekstraksi berdasarkan protokol kit FastDNA Spin Kit for Soil. Sampel kemudian diamplifikasi dengan primer ecoPrimer yang memiliki gen target 12S rRNA, lalu dikuantifikasi dan dilakukan sekuensing. Hasil penelitian menunjukkan bahwa eDNA terdeteksi di tiga dari empat sampel air dan mengindikasikan bahwa metode eDNA dapat dipertimbangkan sebagai metode pendukung bagi metode survey konvensional. Meskipun demikian, penelitian lebih lanjut diperlukan sebelum mengaplikasikan metode tersebut di lapangan.

---

ABSTRACTIntroduction of non native species threatens the life of many aquatic organisms. Successful eradication requires early detection, but currently no traditional monitoring technique offer the quality to do so. New approach using environmental DNA eDNA begins to be used to complement the more traditional monitoring methods. Most of eDNA studies were carried out in temperate areas, as the cooler temperature preserve the DNA better. This study aims to test the applicability of eDNA method in detecting alligator gar Atractosteus spatula from an artificial pond in Depok, Indonesia. 200 mL water samples was taken every seven days in a month before being filtered through 0,45 nitrate cellulose filter. DNA was isolated using FastDNA Spin Kit for Soil for the subsequent PCR process. Samples were then amplified using ecoPrimer which targeted 12S rRNA gene and quantified using spectrophotometer and electrophoresis, and sequenced. The study showed that eDNA was detected in three out of four samples, and therefore should be considered to complement the more traditional monitoring methods. However, further study is still needed before this method can be widely applied in the field."

"ABSTRAKPemantauan spesies asing invasif berperan penting dalam mempelajari konservasi dan pengendalian ekosistem perairan. Alligator gar merupakan salah satu spesies asing yang masuk ke dalam perairan Indonesia dan berpotensi invasif. Sifatnya yang kriptik menyebabkan spesies ini sulit diamati secara visual. Metode eDNA hadir sebagai alternatif untuk deteksi spesies. Namun penelitian eDNA umumnya dilakukan di daerah beriklim subtropis. Pengembangan metode eDNA di daerah tropis dilakukan dengan menggunakan sedimen kolam artifisial untuk deteksi alligator gar. Sedimen diharapkan mampu melindungi eDNA dari degradasi akibat faktor lingkungan. Pengambilan sampel dilakukan empat kali dalam sebulan dengan mengeruk langsung lapisan sedimen sebanyak 500 mg dan diisolasi menggunakan Fast DNA Spin Kit for Soil. Hasil spektrofotometri menunjukkan konsentrasi terbesar yaitu 204,37 ng/ L pada sampel 1. Suhuannealing telah dioptimasi yaitu 53.4 C menggunakan ecoPrimer dengan gen target 12SrRNA, pita paling jelas ditunjukkan oleh sampel 4 dengan ukuran amplikon 115 bp. Hasil blastn menunjukkan kekerabatan tertinggi pada dua spesies yaitu A. tropicus dan A.spatula, mengindikasikan bahwa sampel sedi mendapat digunakan untuk deteksi alligator gar A. spatula.

---

ABSTRACTMonitoring of alien invasive species plays an important role in management and preservation of natural ecosystem. Alligator gar is an alien species in Indonesia swater and potentially invasive. Its cryptic and solitary nature makes visual detection difficult, there fore can not be monitored using traditional method. Recent advances studies have produced technology called eDNA, which allows species detection by using environmental samples such as water, sediment or soil. However, this study often carried out in subtropical area. Development of eDNAin tropical aquatic was performed by using sediment to detect alligator gar. Insediment, the persistance of eDNA can be much longer due to slow rate of degradation. Sample collection was done four times in artificial pond by dredging 500 mg of sediment for each sample. Samples were processed directly using FastDNA Spin Kit for soil. Electrophoresis and spectrophotometry results show edall samples positive containing eDNA, the largest concentration 204,37 ng Lbelong to sample 1. Annealing temperature was optimized at 53.4 C by using ecoPrimer with target region 12 SrRNA, the clearest band shown by sample 4, with the size 115 bp. Blastn result showed the highest similarity with two species A. tropicus and A.spatula. The result was indicating that eDNA contained insediment samples allows for detection of alligator gar A. spatula."

"Unit Pelaksana Teknis Daerah(UPTD) Laboratorium Dinas KesehatanKota (DKK) Bukittinggi adalah satu-satunya laboratorium pemeriksaan kualitasair Paket A dan Paket C yang ada di wilayah Sumatera Barat bagian utara yangdimanfaatkan bukan hanya oleh kota Bukittinggi tapi juga oleh kota/kabupaten diwilayah Sumatera Barat lainnya.Proses pengelolaan sampel air saat ini masihdilakukan secara manual,sehingga memakan waktu yang cukup lama mulai dari registrasi tipe pemilihanpemeriksaan sampai dengan mengirimkan sampel kepada petugas pemeriksa(pranata laboratorium kesehatan). Proses kegiatan yang belum terkomputerisasiini menyebabkan pencatatan dan pelaporan yang mendukung sistem informasitentang pemeriksaan kualitas air seringtidak lengkap dan tidak akurat.Penelitian ini bertujuan untuk mengembangkan sistem informasipengelolaan sampel air pada UPTD Laboratorium DKK Bukittinggi agardidapatkan bentuk formulir dan penyajian yang terkomputerisasi yang dapatmempersingkat waktu.Pengembangan sistem dalam penelitian ini menggunakan pendekatanterstruktur mengikuti tahapan siklus hidup pengembangan sistem. Pengumpulandata dilakukan dengan teknik wawancara dan observasi sistem di UPTDLaboratorium DKK Bukittinggi. Sistem yang dikembangkan berbentuk prototype.Sisteminformasiini diharapkanmenghasilkaninformasi yangcepat,tepatdanakurat yangdapatdigunakanpihakmanajemendalampengambilankeputusanuntukmelakukanevaluasipelayanan.

---

District Technical Unit (DTU)Laboratory of Bukittinggi District Health

Office (DHO) is the only laboratory for water testing of Package A and Package C

in northern West Sumatera. It is not only utilized by Bukittinggi but also by

nearby areas in West Sumatera.

Water sample management is still in manual that it takes time longer

starting from registration of testing type to sending sample to examiner (pranata

laboratorium kesehatan). The process is not computerized yet, and it causes

incomplete and inaccurate reporting and recording of water quality test.

This research purposes to develop water sample management information

system in DTULaboratory of Bukittinggi DHO and to develop computerized

forms and presentation that can reduce time of process.

This system development uses structured approach of system development

life cycle (SDLC). The data collection process is by doing interview and

observation in DTU Laboratory of Bukittinggi DHO. The system is developed in

the form of prototype.

This system information is expected to produce rapid, appropriate and

accurate information that can be used by management in making decision related

to service evaluation"

"Staphylococcus aureus merupakan bakteri patogen penyebab infeksi kulit hingga pneumonia. Keberadaan S. aureus dengan sifat resistan antibiotik atau disebut sebagai Methicillin-Resistant Staohylococcus aureus (MRSA) menjadi salah satu masalah kesehatan dunia. Sifat resisten antibiotik pada S. aureus dimediasi oleh dua gen, yaitu yaitu mecA dan femA. Bakteri MRSA dapat menyebar di lingkungan, salah satunya melalui sungai. Isolasi dari sampel air sungai dilakukan menggunakan metode membrane filtration yang ditumbuhkan pada medium selektif mannitol salt agar (MSA). Koloni tunggal yang memiliki warna kuning serta berhasil merubah warna medium dipilih untuk analisis lebih lanjut secara molekuler. Pendeteksian molekuler menggunakan gen STPY (257 bp), mecA (297 bp), dan femA (454 bp) dilakukan untuk memastikan spesies S. aureus dan keberadaan gen resistan. Hasil penelitian berhasil mengisolasi 16 isolat yang melalui uji molekuler didapatkan bahwa 12 di antaranya merupakan MRSA karena positif gen STPY, mecA, dan femA, atau kombinasi keduanya. Sedangkan 4 isolat lainnya terdeteksi sebagai Methicillin Resitant Stapylococcus non-aureus (MRnSA) karena tidak memiliki gen STPY, tetapi menujukkan keberadaan gen 16S rRNA Universal dan gen resistan. Empat isolat tersebut kemudian melalu tahapan sequencing dan terdeteksi sebagai S. gallinarum dan S. sciuri. Penemuan MRSA di sungai menujukkan adanya potensi penyebaran MRSA yang mendukung perluasan pemahaman mengenai keberadaan bakteri resistan antibiotik di lingkungan yang berpotensi membahayakan kesehatan masyarakat.

---

Staphylococcus aureus is a pathogenic bacterium that causes skin infections and pneumonia. The existence of S. aureus with antibiotic-resistant properties or referred as Methicillin-Resistant Staohylococcus aureus (MRSA) is one of the world's health problems. The antibiotic-resistant nature of S. aureus is mediated by two genes, mecA and femA. MRSA bacteria can spread in the environment, one of which is through rivers. Isolation from river water samples was carried out using the membrane filtration method grown on selective mannitol salt agar (MSA). Single colonies that had a yellow color and changed the color of the medium were selected for molecular analysis. Molecular detection using the STPY (257 bp), mecA (297 bp), and femA (454 bp) genes was performed to confirm S. aureus species and the presence of resistance genes. The results of the study successfully isolated 16 isolates which through molecular testing found that 12 were MRSA because they were positive for the STPY, mecA, and femA genes, or a combination of both. While the other 4 isolates were detected as Methicillin Resitant Stapylococcus non-aureus (MRnSA) because they did not have the STPY gene, but showed the presence of the Universal 16S rRNA gene and the resistance gene. The four isolates then went through sequencing and were detected as S. gallinarum and S. sciuri. The discovery of MRSA in the river indicates the potential spread of MRSA which supports the expansion of understanding of the presence of antibiotic-resistant bacteria in the environment that could potentially endanger public health."

"Kura-kura rote leher ular (Chelodina mccordi) merupakan spesies endemik dari Pulau Rote, yang tergolong Critivally Endangered-Possibly Extinc in the Wild (CRPEW) berdasarkan IUCN. Rendahnya kepadatan C. mccordi menjadi tantangan dalam pemantauan secara visual, sehingga dibutuhkan pendekatan molekuler sebagai metode alternatif. Namun, primer spesifik untuk C. mccordi belum pernah dikembangkan. Penelitian dilakukan dengan mengembangkan markah genetik yang menargetkan gen ND2 mtDNA pada sampel eDNA dari air melalui metode qPCRHRM, serta menguji sensitivitas dan spesifisitas primer. Bahan uji yang digunakan adalah air kolam C. mccordi, C. expansa, campuran (C. mccordi dan C. expansa), dan air keran. Hasil perancangan primer didapat panjang produk 179 bp dengan menganalisis basa unik yang hanya diekspresikan oleh C. mccordi. Analisis kualitatif dengan PCR dan visualisasi elektroforesis, serta validasi dengan sekuensing menunjukkan primer memiliki spesifisitas yang tinggi terhadap C. mccordi. Primer yang dirancang hanya mampu mengamplifikasi hingga dilusi 3 tingkat dengan faktor dilusi 10x. Efisiensi primer tergolong baik dengan nilai 100%, dan persamaan regresi linear (y= -3,32x + 34,127), serta R2 sebesar 0,9801. Analisis HRM dilakukan untuk mendeterminasi C. mccordi berdasarkan suhu luruh (80—81˚C). Hasil pengujian sensitivitas dan spesifisitas sebesar 81,25% dan 62,5% menunjukkan bahwa primer tidak direkomendasikan untuk analisis kuantitatif dengan qPCR-HRM. Pengembangan desain primer spesifik-spesies perlu dirancang kembali dengan gen target lain seperti COI dan Cyt-b untuk pendeteksian C. mccordi melalui eDNA. Meskipun demikian, primer yang dirancang tetap bisa digunakan untuk analisis kualitatif.

---

The Roti Island Snake-necked Turtle (Chelodina mccordi) is an endemic species of Roti Island, classified as Critically Endangered-Possibly Extinct in the Wild (CRPEW) according to the IUCN. The low density of C. mccordi poses a challenge for visual monitoring, necessitating a molecular approach as an alternative method. However, specific primers for C. mccordi have not been developed. The research involved the development of genetic marker targeting the ND2 mtDNA gene in eDNA samples from water using the qPCR-HRM method and testing the sensitivity and specificity of the primers. Test materials included water from C. mccordi, C. expansa, a mixture (C. mccordi and C. expansa), and tap water. The designed primer obtained a product length of 179-bp by analyzing unique bases specific to C. mccordi. Qualitative analysis with PCR and electrophoresis visualization, then validated by sequencing, showed high primer specificity for C. mccordi. The designed primers could only amplify up to a 3-level dilution with a 10x dilution factor. The qPCR reaction efficiency was considered good at 100%, with a linear regression equation (y = -3.32x + 34.127) and an R2 of 0.9801. HRM analysis was carried out to determine C. mccordi based on the melting temperature (80—81˚C). Sensitivity and specificity test results of 81.25% and 62.5% indicated that the primers are not recommended for quantitative analysis with qPCR-HRM. The redesign of species-specific primer with other target genes such as COI and Cyt-b for C. mccordi detection via eDNA is needed. Nevertheless, the designed primers can still be used for qualitative analysis."

"Kura-kura rote leher ular (Chelodina mccordi, Rhodin 1994) merupakan satwa endemik Indonesia yang hanya ada di Pulau Rote, Nusa Tenggara Timur. Tingginya perdagangan karena keunikan kura-kura rote berupa lehernya yang panjang disertai dengan hilangnya habitat menyebabkan status kura-kura rote menjadi critically endangered and possibly extinct in the wild. Upaya konservasi melalui program reintroduksi telah dilakukan, tetapi hasil pemantauan konvensional tidak menemukan kura-kura rote pada habitat aslinya. Pemantauan menggunakan environmental DNA (eDNA) dapat menjadi opsi alternatif karena deteksi dapat dilakukan berdasarkan spesifisitas dan sensitivitas primer. Penelitian bertujuan mengembangkan primer spesifik untuk deteksi C. mccordi dari sampel air dengan gen NADH Dehydrogenase Subunit 5 (ND5) sebagai target. Primer dirancang dengan ukuran pendek dan memiliki basa unik yang hanya ada pada C. mccordi. Primer diujikan pada air kolam dari C. mccordi, C. expansa, air campuran kedua spesies, serta air kontrol negatif yang tidak mengandung kedua spesies tersebut. Pengujian dilakukan melalui tahap filtrasi, ekstraksi, PCR, sequencing, dan qPCR. Hasil yang diperoleh menunjukkan primer ND5 (UI_Cm_ND5) berhasil mendeteksi C. mccordi dengan nilai sensitivitas 75% dan spesifisitas 100%. Hal tersebut menunjukkan primer ND5 dapat digunakan untuk mendeteksi eDNA C. mccordi dari sampel air. Penelitian lebih lanjut diperlukan untuk membandingkan sensitivitas dan spesifisitas primer ND5 dengan gen target lain. 

---

The snake-necked rote turtle (Chelodina mccordi, Rhodin 1994) is an endemic animal to Indonesia that only distributed on Rote Island, East Nusa Tenggara. Uncontrolled trade due to the uniqueness of its long neck form accompanied by loss of habitat has caused the status of the rote turtles to become critically endangered and possibly extinct in the wild. Conservation efforts through a reintroduction program have been carried out, but traditional monitoring did not found their existence in natural habitat. Monitoring via environmental DNA (eDNA) can be an alternative approach as the detection based on the specificity and sensitivity of the species specific primer. This study aims to develop specific primers for the detection of C. mccordi from water samples with the NADH Dehydrogenase Subunit 5 (ND5) gene as the target. The primer was designed to be short and has a unique base that is only found in C. mccordi. The primer was tested on pond water from C. mccordi, C. expansa, water mixed with the two, as well as negative control water that did not contain these two species. Validation was performed through filtration, extraction, PCR, sequencing and qPCR steps. The results showed that the ND5 primer (UI_Cm_ND5) successfully detected C. mccordi with a sensitivity of 75% and a specificity of 100%. This result support the ND5 primer as genetic marker to detect the presence of C. mccordi eDNA from water samples. Further studies are needed to compare the sensitivity and specificity of ND5 primers with other target genes."

"Kura-kura leher ular rote (Chelodina mccordi, Rhodin 1994) merupakan spesies endemik Pulau Rote, Nusa Tenggara Timur, Indonesia, dengan status konservasi kritis (critically endangered and Possibly Extinct in the Wild). Upaya reintroduksi kura-kura tersebut sudah dilakukan, tetapi keberadaan individu C. mccordi tetap tidak terdeteksi di alam. Pendekatan environmental DNA (eDNA) menjadi metode nonivasit alternatif untuk pendeteksian dan pemantauan spesies tersebut. Pengembangan metode pendeteksian eDNA C. mccordi memerlukan markah (primer) spesies spesifik agar dapat mengidentifikasi dengan akurat keberadaan DNA target pada sampel. Penelitian bertujuan untuk mengembangkan primer spesies spesifik untuk markah gen Cytochrome b (Cyt b) dalam pendeteksian eDNA C. mccordi. Primer dirancang berdasarkan urutan nukleotida gen Cyt b dari C. mccordi dengan spesies Chelodina lain. Pengujian primer dilakukan menggunakan sampel air yang mengandung DNA target untuk mengevaluasi spesifitas dan sensitivitas primer. Sampel air yang sudah terekstrak kemudian diproses dengan teknik Quantitative Polymerase Chain Reaction (qPCR) dan High Resolution Melting (HRM). Hasil penelitian menunjukkan bahwa primer desain (UI_Cm_Cytb) berhasil mengidentifikasi keberadaan C. mccordi dalam sampel. Nilai sensitivitas dan spesifitas primer tergolong tinggi, yaitu 87,5% dan 100%, serta primer tersebut dapat digunakan dalam pendeteksian eDNA C. mccordi dari sampel air. Primer perlu dilakukan optimasi lebih lanjut terkait pendeteksian kelimpahan individu.

---

The Rote snake-necked turtle (Chelodina mccordi) is an Indonesia endemic species with critically endangered and Possibly Extinct in the Wild status. Attempts to reintroduce this turtle have been conducted, however the tracking of C. mccordi individuals in their natural habitat has not been observed. The environmental DNA (eDNA) is an alternative non-invasive method for detection and monitoring of this species. The development of an eDNA method for detection of C. mccordi requires species-specific markers in order to accurately identify the presence of target DNA in the sample. This study aims to develop species-specific primers using the Cytochrome b (Cyt b) as molecular marker for the detection of eDNA from C. mccordi. The specificity and sensitivity of the primers were evaluated using water samples containing C. mccordi and their related species. The extracted eDNA from water samples are then processed using Quantitative Polymerase Chain Reaction (qPCR) and High-Resolution Melting (HRM) techniques. The results showed that the design primer (UI_Cm_Cytb) was successful for detection the presence of C. mccordi from the samples. The sensitivity and specificity values of the primers are relatively high, namely 87.5% and 100%. Futhermore, the primer needs to be optimized and tested regarding the individual abundance in sample."