Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Infeksi HIV-1 merupakan salah satu permasalahan kesehatan di Indonesia yang perlu diteliti untuk mendapatkan strategi intervensi yang sesuai dengan galur virus yang bersirkulasi di Indonesia. Untuk pengembangan kultur galur HIV Indonesia, diperlukan antibodi spesifik terhadap protein awal HIV-1 yaitu Tat dan Rev sebagai marka infeksi HIV pada sel yang terinfeksi HIV-1. Penelitian ini bertujuan untuk mendapatkan plasmid pengekspresi bagian immunodominant protein fusi Tat dan Rev pada sistem ekspresi mamalia agar dapat dimanfaatkan untuk menginduksi pembentukan antibodi spesifik pada hewan coba mamalia. Susunan DNA penyandi protein fusi Tat dan Rev didapat dengan melakukan analisis optimasi kodon penyandi susunan asam amino protein fusi menggunakan piranti lunak GenScript, untuk mendapatkan nilai Codon Adaptation Index CAI > 0.80 pada sistem ekspresi mamalia. Susunan nukleotida yang diperoleh kemudian diberikan tambahan susunan nukleotida situs restriksi pada bagian 5 rsquo; dan 3 rsquo; untuk memudahkan pengklonaan ke dalam vektor ekspresi dan dipesan ke penyedia jasa sintesis asam nukleat. Potongan DNA sisipan TatRev, penyandi protein fusi TatdanRev diperoleh dari penyedia jasa sintesis dalam bentuk terklona dalam plasmid pUC19. Agar dapat terekspresi dalam sistem ekspresi mamalia, DNA sisipan dipotong dengan enzim restriksi KpnI dan HindIII dari plasmid pUC19 dan disubklona ke dalam situs restriksi KpnI dan HindIII pada plasmid pTriEx-4. Analisis restriksi enzim Kpn I dan Hind III plasmid rekombinan yang diperoleh dengan elektroforesis jel agarosa menunjukkan adanya dua pita yang bermigrasi sesuai ukuran plasmid pTriEx-4 dan DNA sisipan TatRev, yaitu sebesar 5000 pb dan 600 pb.

---

HIV 1 infection is one of the health problems in Indonesia that is necessary to be studied in order to obtain intervension strategies that is in accordance with the circulating viral strains in Indonesia. In order to develop culture of Indonesian HIV strainss, specific antibodies towards early proteins of HIV, namely Tat and Rev, that are markers of HIV infection in HIV 1 infected cells. This study is aimed at obtaining a plasmid for expression of immunodominant region of Tat and Rev fusion protein in mammalian expression system to be used for stimulation of specific antibody formation in mammals as experimental animal. Nucleotide sequence of DNA encoding the Tat and Rev fusion protein was obtained by codon optimization analysis of the amino acid sequence of the fusion protein using the GenScript software, to obtain a Codon Adaptation Index CAI 0.80 for mammalian expression system. The nucleotide sequence that is obtained was then added with recognition sequences for enzymatic restriction at the 5 rsquo and 3 rsquo end to facilitate cloning into expression vector, and requested to a service provider for nucleic acid synthesis. The TatRev insert DNA, encoding the fusion protein of Tat and Rev was obtained from the nucleic acid synthesis service provider in the formed of cloned DNA in the plasmid pUC19. For expression in mammalian expression system, the insert DNA was restricted using restriction enzymes KpnI and HindIII from the pUC19 plasmid and subcloned into the KpnI and HindIII restriction sites in plasmid pTriEx 4. Agarose gel electrophoresis analysis of KpnI and HindIII enzymatic restriction of the resulting recombinant plasmid showed the presence of two bands that migrated according to the sizes of the plasmid pTriEx 4 and the TatRev insert DNA, namely 5000 bp and 600 bp."

"Keamanan dari vaksin terapetik untuk kanker serviks yang didasarkan pada antigen HPV E6 perlu dipastikan dengan uji interaksi antara vaksin dan protein p53. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mendapatkan plasmid rekombinan untuk ekspresi protein rekombinan p53 yang akan digunakan dalam uji interaksi. Enzim RevertAid dan primer random hexamer digunakan untuk mendapatkan cDNA dari sel HeLa yang akan digunakan sebagai cetakan PCR dengan menggunakan enzim Platinum Taq DNA Polymerase High Fidelity dan primer p53 spesifik. Produk PCR yang dihasilkan sebesar 1204 bp yang mengandung gen p53 dengan adanya penambahan situs restriksi endonuklease SalI dan PstI. Setelah pemotongan dengan enzim SalI dan PstI, produk PCR diligasi dengan plasmid pQE-80L yang juga sudah dipotong dengan enzim yang sama. Campuran ligasi digunakan untuk transformasi ke dalam Escherichia coli TOP10. Keberadaan fragmen DNA p53 yang berhasil dimasukkan ke dalam plasmid rekombinan yang sudah berada di dalam transforman diverifikasi menggunakan PCR, pemotongan DNA rekombinan, dan sekuensing. Hasil penelitian menunjukkan bahwa gen p53 manusia berhasil diklon ke pQE-80L dengan adanya mutasi pada urutan basa nukleotida ke-386.

---

In order to confirm the safety of a therapeutic vaccine for cervical cancer that is based on HPV E6 antigen, an interaction assay between the vaccine and the p53 protein is required. The aim of this study is to obtain a recombinant plasmid for expression of p53 recombinant protein that will be used in the interaction assay. The RevertAid enzyme and random hexamer primer was employed to obtain cDNA from HeLa cell that will be used as template in PCR using the Platinum Taq DNA Polymerase High Fidelity enzyme and p53 specific primer set, to generate a 1204 bp PCR product containing the p53 gene, with flanking SalI and PstI endonuclease restriction sites. Following restriction with SalI and PstI enzyme, the PCR product was ligated with the plasmid pQE 80L that has been linearized by restriction with the same enzymes. The ligation mixture was used for transformation of Escherichia coli TOP10. The presence of the inserted p53 DNA fragment in the recombinant plasmid harboured by the transformants was verified using PCR, digestion of recombinant plasmids, and sequencing. The results showed that the human p53 gene was successfully cloned into pQE 80L with a mutation at position 386 of the p53 nucleotide base sequence."

"Peran protein retinoblastoma (pRb) dalam pencegahan pembentukan tumor diinhibisi oleh interaksinya dengan protein E7 HPV pada kanker serviks. Oleh sebab itu, perlu dilakukan strategi pengembangan uji in vitro untuk analisis interaksi pRb dan E7, terutama dalam pengembangan vaksin HPV berbasis antigen E7. Protein pRb dapat diperoleh dalam bentuk protein rekombinan yang diproduksi pada bakteri Escherichia coli. Penelitian bertujuan untuk memperoleh klona gen RB1 dalam vektor pQE_80L. Sintesis gen RB1 (2787 pb) dilakukan dengan metode PCR overlap extension. Fragmen gen RB1 dan vektor didigesti dengan enzim restriksi BamHI dan SalI kemudian diligasikan dengan enzim T4 ligase. Hasil ligasi ditransformasi ke dalam Escherichia coli TOP10 secara kejut panas. Hasil transformasi diseleksi menggunakan PCR koloni untuk mengidentifikasi keberadaan DNA sisipan. Sebanyak 1 dari 27 koloni yang diseleksi mengandung plasmid rekombinan. Plasmid rekombinan kemudian diisolasi dan diverifikasi dengan digesti dan sekuensing. Hasil analisis digesti dan sekuensing menunjukkan gen RB1 berhasil disisipkan ke vektor pQE_80L. Namun terdapat beberapa mutasi, yaitu substitusi (c.117G>A dan c.2316T>C) serta mutasi delesi (c.719_724delAAACAG).

---

The role of human retinoblastoma protein (pRb) as tumor suppressor is inhibited by its interaction with HPV E7 protein in cervical cancer. Therefore, it is interesting to develop strategy for development of in vitro assay to analyze pRb and E7 interaction, especially in the development of therapeutic HPV vaccine that is based on E7 antigen. The pRb protein can be provided in the form of recombinant protein that is poduced in Escherichia coli. The study objective was to obtain RB1 gene clone in pQE_80L vector. The synthesis of RB1 gene (2787 pb) was performed by using overlap extension PCR. The RB1 gene fragment and vector was digested by BamHI and SalI restriction enzyme then ligated by T4 ligase enzyme. The ligation product was transformed into Escherichia coli TOP10 with heat shock. The transformation result was screened using colony PCR to identify the presence of insert DNA. There was 1 out of 27 selected colonies that carried the recombinant plasmid. The recombinant plasmid then isolated and verified with digestion and sequencing. The results of digestion and sequencing analysis showed that RB1 gene was successfully inserted into pQE_80L vector. However, there were mutations which were substitution (c.117G>A and c.2316T>C) and deletion (c.719_724delAAACAG)."

"Tat Oyi HIV-1 merupakan komponen vaksin penelitian yang sedang dipelajari sebagai vaksin terapeutik untuk HIV. Vaksin terapeutik HIV merupakan jenis vaksin yang dirancang untuk memperbaiki respon kekebalan tubuh terhadap HIV pada orang yang sudah terinfeksi HIV. Tat Oyi digunakan sebagai komponen vaksin karena sifatnya yang tidak toksik. Protein Tat Oyi didapatkan dari hasil gen Tat Oyi yang telah diekspresikan, ekspresi protein Tat Oyi dilakukan dengan mengekspresikan gen Tat Oyi ke dalam suatu vektor ekspresi. Ekspresi Protein membutuhkan gen Tat Oyi dalam jumlah banyak dan konsentrasi tinggi untuk itu dilakukan pengklonaan agar didapatkan jumlah yang mencukupi. Pensubklonaan gen Tat Oyi ini dilakukan dalam suatu vektor klona pQE-80L. Plasmid rekombinan Tat Oyi diperbanyak dalam sel inang Escherichia coli TOP10. Hasil yang diperoleh dari pensubklonaan ini adalah klona gen Tat Oyi dalam plasmid rekombinan pQE-80L. Tujuan dilakukan pensubklonaan adalah untuk memperbanyak gen Tat Oyi yang akan dibutuhkan dalam proses ekspresi protein Tat Oyi. Hasil verifikasi digesti dan sekuensing menunjukkan gen Tat Oyi HIV-1 berhasil disisipkan ke dalam vektor pQE-80L tetapi terdapat sebanyak 42 nukleotida dan 14 asam amino terdelesi.

---

Tat Oyi HIV-1 is a component of a research vaccine that is being studied as a therapeutic vaccine for HIV. The therapeutic HIV vaccine is a type of vaccines designed to improve the response to HIV in people who have already HIV infected. Tat Oyi is used as a component of vaccines because of its non-toxic nature. Tat Oyis protein is obtained from the results of Tat Oyi gene expression. Tat Oyi protein expression was received from the results of the expressed Tat Oyi gene. Protein expression requires a large amount and high concentrations of Oyi genes for which cloning is carried out in order to obtain sufficient amount. The Tat Oyi gene subcloning is carried out in the pQE-80L clone vector. Recombinant Tat Oyi plasmids were reproduced in the host cell, which type is E. coli TOP10. The results obtained from this subcloning are the clones of the Tat Oyi gene in the recombinant pQE-80L plasmids. The purpose of the subcloning was to multiply the Tat Oyi gene that would be needed in the process of Tat Oyis protein expression. The digestion and sequencing verification results showed the Tat Oyi HIV-1 gene is successfully inserted into the pQE-80L vector. However, 42 nucleotides and 14 amino acids are deleted."

"Ekspresi gen sintentik gag HIV-1 subtipe CRF01_AE dalam E. coli BL21 dan E. coli BL21-CP telah dilakukan. Gen gag merupakan salah satu gen pada HIV-1 yang tidak mengalami mutasi secara signifikan sehingga gen tersebut dapat digunakan untuk pengembangan vaksin yang dapat dimanfaatkan dalam jangka waktu yang panjang. Pengembangan vaksin HIV membutuhkan protein Gag untuk digunakan sebagai antigen yang mampu merespon pembentukan antibodi pada hewan uji coba. Protein Gag didapatkan dengan cara melakukan ekspresi gen gag yang telah diklon ke dalam vektor ekspresi pQE-81L, dan ditransformasi ke dalam bakteri E. coli BL21 dan E. coli BL21-CP. Ekspresi dilakukan dengan tiga faktor optimasi yaitu, suhu, konsentrasi isopropyl-β-D-thiogalactopyranoside (IPTG) dan waktu ekspresi setelah induksi dilakukan. Analisis hasil ekspresi dilakukan dengan SDS-PAGE dan menunjukkan tidak ada protein Gag yang dihasilkan pada semua keadaan optimasi yang dilakukan. Kegagalan ekspresi gen gag pada E. coli BL21 dan E. coli BL21-CP disebabkan oleh peristiwa kodon bias, dan pemilihan sel inang ekspresi yang kurang tepat.

---

Expression of gag gene on HIV-1 subtype CRF01_AE in E. coli BL21 and E. coli BL21-CP had been conducted. Gag gene on HIV-1 is one of the genes that can?t be significantly mutated, so it can be utilized for long term vaccines development. HIV vaccine development requires Gag protein as antigen in order to response antibody formation in animal experiment. Gag protein was obtained by gag gene expression that had been cloned into expression vector pQE-81L and transformed into E. coli BL21 and E. coli BL21-CP. Expression of the gag gene as optimized by temperature, isopropyl-β-D-thiogalactopyranoside (IPTG) concentration, and expression time after IPTG induction. The expression was analyzed by SDS-PAGE and it showed no protein produced in all optimization conditions. The failure of gag gene expression in E. coli BL21 and E. coli BL21-CP caused by codon ray and inappropriate host cell."

"Telah dilakukan penelitian selama 9 bulan (Februari--Oktober 2008) di Laboratorium Mikrobiologi Klinik FKUI dengan tujuan memperoleh klona pembawa fragmen gen tat HIV-1 strain pNL43. Gen tersebut menyandikan protein Tat yang berperan dalam meningkatkan ekspresi gen-gen HIV. Sintesis fragmen gen tat HIV-1 dilakukan melalui PCR overlapping. Fragmen gen tat HIV-1 (326 pb) dan vektor plasmid pQE-80L (4700 kb) yang telah dipotong dengan enzim XmalI dan SalI kemudian diligasi menggunakan T4 DNA ligase. Hasil ligasi ditransformasi secara kejut panas ke dalam Escherichia coli TOP10 dan diseleksi pada medium LB agar (+ampisilin). Sebanyak 15 koloni transforman dari 81 koloni yang berhasil diperoleh, kemudian diisolasi DNA plasmidnya dan dianalisis digesti serta diverifikasi melalui PCR. Hasil analisis digesti menunjukkan terdapat 4 koloni pembawa plasmid rekombinan yang ditunjukkan oleh visualisasi pita DNA berukuran 316 pb. Verifikasi PCR dengan primer pQE-forward dan Ex2-TatpNL4C menunjukkan bahwa fragmen gen tat HIV-1 berhasil disisipkan dan diklona ke dalam E.coli TOP10."

"Tat HIV 1 merupakan suatu protein regulator dari HIV 1 yang mempunyai potensi untuk digunakan sebagai vaksin HIV Protein Tat yang diioslasi dari wanita hamil yang menderita HIV di Gabon disebut juga sebagai Tat Oyi mempunyai potensi untuk dijadikan sebagai vaksin dan sistem penghantaran peptida karena sifatnya yang tidak toksik Protein Tat Oyi didapatkan dari hasil Gen Tat Oyi yang telah diekspresikan Ekspresi protein Tat Oyi dapat dilakukan dengan mengekspresikan gen Tat Oyi ke dalam suatu vektor ekspresi Ekspresi Protein membutuhkan Gen Tat Oyi dalam jumlah banyak dan konsentrasi tinggi Pengklonaan gen sintetik Tat Oyi ini dilakukan dalam suatu vektor klona pBluescript KS II Pengklonaan gen sintetik Tat Oyi dilakukan dengan menggunakan pengklonaan dengan ujung blunt pBluescript KS II yang berfungsi sebagai vektor dipotong terlebih dahulu dengan enzim yang memotong dengan ujung blunt EcoRV Plasmid rekombinan Tat Oyi diperbanyak dalam sel inang E coli TOP10 Hasil yang diperoleh dari pengklonaan ini adalah klona gen Tat Oyi dalam plasmid pBluescript KS II Tujuan dilakukan pengklonaan adalah untuk memperbanyak gen Tat Oyi yang akan dibutuhkan dalam proses ekspresi protein Tat Oyi.

---

Tat is an regulatory protein of HIV 1 virus that has potential to be used as HIV vaccine Tat Protein from a strain of HIV 1 isolated from Gabon pregnant women that has AIDS also called as Tat Oyi has the potential to be used as vaccine and delivery peptide due to its non toxic property Tat Oyi protein is derived from expressed Tat Oyi gene Tat Oyi protein is expressed by expressing Tat Oyi gene into a expression vector Protein expression into a expression vector will need a lot of high concentration Tat Oyi gene Cloning of this gene is done by clone it into a cloning vector pBluescript KS II This cloning is done with blunt end cloning pBluescript KS II as a vector is restricted with restriction enzim that cut wiht blunt end EcoRV Recombinant Tat Oyi plasmids is cloned into a host cell E coli TOP10 This study resulting Tat Oyi synthetic gene cloned into a plasmid pBluesript KS II The purpose of cloning Tat Oyi gene is to produce a lot of Tat Oyi that will be needed at Tat Oyi protein expression."

"Acquired Immunodeficiency Syndrome disebabkan oleh infeksi Human Immunodeficiency Virus (HIV) terhadap sel-sel T CD4+, limfosit, dan makrofag. Sebanyak 90.7% penderita HIV di Indonesia terinfeksi oleh HIV-1 subtipe CRF01_AE. Protein Gag P7 yang dikode oleh gen gag p7 dan terdapat di dalam genom HIV-1 merupakan protein yang dapat digunakan sebagai obat antiretrovirus dan kandidat antigen untuk sistem diagnostik. Penelitian bertujuan untuk memperoleh fragmen DNA gag p7 (nukleokapsid) HIV-1 yang berukuran 210 pb. Fragmen gen gag p7 diperoleh dari hasil Reverse Transcriptase Polymerase Chain Reaction (RT-PCR) dengan menggunakan primer forward AE_p7F dan primer reverse AE_p7R. Cetakan DNA (template) berasal dari RNA virus yang diambil dari serum pasien penderita HIV-1 di Indonesia. Hasil visualisasi pada gel poliakrilamida 10% menunjukkan bahwa fragmen gen gag p7 (nukleokapsid) berhasil teramplifikasi dengan ukuran 210 pb.

---

Acquired immunodeficiency syndrome caused by human immunodeficiency virus infections to the CD4+ cells, lymphocyte, and macrophage. More than 90.7 % HIV patient in Indonesia were infected by HIV-1 subtype CRF01_AE. The Gag P7 protein coded by gag p7 gene which found in HIV genome was known as protein in which could be used for antiretroviral drugs (ARV) and diagnosis of HIV-1 infections. The purpose of research is to get DNA fragment of gag p7 (nucleocapsid) gene of HIV-1 which has length 210 bp. Fragment of gag p7 gene could be gotten from the process of reverse transcriptase polymerase chain reaction (RT-PCR) in which use primer forward AE_p7F and primer reverse AE_p7R. The templates is RNA virus that taken from patient?s serum of HIV-1 in Indonesia. The electrophoresis visualization shown that fragment of gag p7 (nucleocapsid) gene was success amplified in which has length 210 bp."

"ABSTRACTUntuk mengantisipasi kemungkinan penggunaan obat anti-integrase sebagai pengobatan infeksi HIV-1 di Indonesia, pengembangan uji resistensi genotipik untuk anti-integrase sangat penting dilakukan untuk mengidentifikasi profil genetik resistensi obat untuk galur HIV-1 di Indonesia. Penelitian ini bertujuan untuk mengamplifikasi daerah sasaran dalam gen integrase yang mengandung mutasi genetik yang diketahui dapat menimbulkan resistensi terhadap obat anti-integrase dari HIV-1 subtipe CRF01_AE dan B di Indonesia. Sebelas sampel plasma dari individu terinfeksi dengan HIV-1 diperoleh dari arsip di PRVKP FKUI-RSCM. Salah satu sampel plasma mengandung HIV-1 subtipe B sedangkan sampel plasma lainnya mengandung subtype CRF01_AE. Daerah sasaran untuk semua sampel telah diamplifikasi melalui RT-PCR, dengan suhu anil 55 C menggunakan pasangan primer AE_POL 4086F dan AE_POL 5232R yang telah dirancang oleh VCPRC FKUI -RSCM. Berdasarkan hasil penelitian ini, 18,2 2/11 dari sampel berhasil diamplifikasi melalui RT-PCR satu langkah. Pasangan primer tersebut efektif untuk mengamplifikasi wilayah sasaran dalam urutan gen integrase untuk subtipe B 100 ; 1/1 tetapi memiliki efektivitas yang rendah 10 , 1/10 untuk subtipe CRF01_AE. Primer pasangan dapat digunakan untuk mengamplifikasi wilayah sasaran di HIV-1 subtipe CRF01_AE dan B di Indonesia. Namun, optimasi kondisi PCR dan jumlah sampel yang lebih banyak diperlukan untuk menentukan efektivitasnya dengan akurat.

---

ABSTRACTIn order to anticipate the potential use of anti integrase drugs in Indonesia for treatment of HIV 1 infection, the development of a drug resistance genotyping assay for anti integrase is crucial in identifying the genetic drug resistance profile of Indonesian HIV 1 strains. This experiment was aimed to amplify a target region in the integrase gene of Indonesian HIV 1 subtypes CRF01 AE and B that contain genetic mutations known to confer resistance to anti integrase drug. Eleven archived plasma samples from individuals living with HIV 1 were obtained from VCPRC FKUI RSCM laboratory. One of the plasma sample contain HIV 1 subtype B while the remaining plasma samples contain subtype CRF01 AE. The target region for all samples were amplified through RT PCR, with an annealing temperature of 55 C using the primer pair AE POL 4086F and AE POL 5232R that were designed by VCPRC FKUI RSCM. Based on the results of this experiment, 18.2 2 11 of the samples were successfully amplified through one step RT PCR. The primer pair was effective in the amplifying the target region in integrase gene sequence for subtype B 100 1 1 but it has a low efficacy 10 , 1 10 for subtype CRF01 AE. In conclusion, the primer pair can be used to amplify the target region in Indonesian HIV 1 strains subtypes CRF01 AE and B. However, optimization of PCR condition and the use of more samples are required to determine its efficacy accurately."