Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Infeksi dengue DENV adalah penyakit yang diperantarai nyamuk yang manifestasinya dapat mengarah pada dengue hemorrhagic fever DHF dan/atau dengue shock syndrome DSS yang dapat mengakibatkan kematian. Di Indonesia, DHF sudah endemis dan menjadi penyakit yang terjadi sepanjang tahun. Protein non struktural-1 NS1 dari DENV diketahui merupakan biomarker dalam diagnosis dengue karena protein ini bersirkulasi dalam darah selama fase akut penyakit. Penelitian ini bertujuan untuk mengembangkan antibodi monoklonal mAb untuk mendeteksi antigen NS1 dari DENV serotipe 3 DENV3. Sel hibridoma penghasil mAb diperoleh dengan memfusikan sel B dari mencit yang diimunisasi dengan antigen NS1 yang diekspresikan pada sel CHO-K1 dengan sel PAI myeloma. Seleksi hibridoma dengan ELISA indirect diperoleh 16 klona yang berpotensi menghasilkan antibodi anti-NS1. Tujuh klona terbaik dipilih untuk dikarakterisasi dengan metode IFA terhadap antigen rekombinan NS1 dan hasilnya 6 klona positif menunjukkan reaksi sinyal fluoresens. Klona mAb 4-2D, 4-4F, dan 2-7A diuji terhadap protein NS1 native dari DENV1, DENV2, DENV3, dan DENV4, dan ketiga mAb tersebut mampu mengenali secara spesifik protein NS1 dan tidak bereaksi terhadap protein virus yang lain. Terdapat reaktivitas silang dengan 3 serotipe lainnya yang mengindikasikan bahwa mAb yang diujikan mengenali epitop lestari antigen NS1. Analisis prediksi epitop NS1 juga dilakukan secara in silico terhadap beberapa strain DENV lainnya. Namun, studi lebih lanjut mengenai pemetaan epitop dan afinitas pengikatan antigen-antibodi perlu dilakukan untuk menentukan mAb yang paling potensial sebagai bahan baku kit diagnostik.

---

Dengue DENV is a mosquito borne infection disease which its manifestation can be lead to a lethal dengue hemorrhagic fever DHF and or dengue shock syndrome DSS . In Indonesia, DHF has been endemic and the disease occurs throughout the year. Non structural 1 NS1 protein of DENV is known to be a biomarker in dengue diagnosis since the protein is abundantly circulating in the blood during acute phase of the disease. The aim of this study to develop monoclonal antibodies mAbs derived from DENV3 to detect NS1. Hybridoma mAb producing cells were obtained by fusing B cells from an immunized mice with NS1 antigen expressed on CHO K1 cells, with PAI myeloma cells. Hybridoma selection with indirect ELISA showed 16 clones that could be potentially produce anti NS1 antibodies.

Seven up to sixteen clones were selected to be characterized by IFA against recombinant NS1 antigen and the result showed 6 clones produce fluorescence signals. Clones mAb 4 2D, 4 4F, and 2 7A were tested against native NS1 proteins from DENV1, DENV2, DENV3, and DENV4, and these mAbs were able to recognize specifically NS1 protein and did not react against other viral proteins. There is a cross reactivity within 3 other serotypes which initially indicate that mAbs recognizes the conserved epitopes determinant of the NS1 antigen. Epitopes prediction analysis was also performed in silico against several others DENV strains. However, further studies of epitope mapping and antigen antibody binding affinity are necessary to determine the most potential mAbs for diagnostic tools. "

"Deteksi cepat yang umum digunakan untuk penyakit demam berdarah (DBD) atau Dengue Fever (DF) adalah dengan memanfaatkan monoklonal antibodi (mAb) antiprotein non-struktural 1 (anti-NS1). Akan tetapi, terdapat kelemahan dari penggunaan mAb, seperti biaya dan waktu produksi yang tinggi serta lama. Single domain-antibody (sdAb) atau nanobodi yang dapat mendeteksi protein non-struktural 1 (nanobodi anti- NS1) dari DENV sedang dalam tahap pengembangan sebagai solusi permasalahan tersebut. Penelitian ini bertujuan untuk mendapatkan buffer dengan pH paling optimal yang mampu meningkatkan stabilitas termal dari nanobodi anti-NS1 klon DD5 dan DD7 menggunakan metode TSA. Nanobodi anti-NS1 klon DD5 dan DD7 yang menjadi sampel diproduksi pada Escherichia coli (E. coli) BL21 (DE3) dan dipurifikasi dengan metode Immobilized Metal Affinity Chromatography (IMAC). Nanobodi anti-NS1 berhasil diproduksi dan dipurifikasi sebanyak 294 μg/mL untuk klon DD5 dan 377 μg/mL untuk klon DD7. Dari sepuluh buffer yang diuji, hanya beberapa buffer yang menghasilkan data konsisten, yakni sodium fosfat pH 7, pH 7,4, dan pH 9; HEPES pH 7 dan pH 8; serta Tris- HCl pH 7. Buffer lain menunjukkan data yang tidak konsisten. Hal tersebut, disebabkan oleh keadaan uji yang tidak optimal, seperti rasio protein dan dye yang kurang baik, pelipatan protein yang tidak sempurna atau terbukanya lipatan protein pada awal uji, dan berikatannya dye dengan plastik dari plate. Kedua klon nanobodi anti-NS1 paling stabil berada dalam buffer sodium fosfat dengan pH 7,4 yang saat ini digunakan sebagai buffer penyimpanan saat ini. Rata-rata titik leleh (Tm) pada buffer tersebut merupakan yang paling tinggi untuk klon DD5 (47,9±3,7oC) maupun klon DD7 (50,8±4,3oC). Nanobodi anti-NS1 pada kedua klon menunjukkan destabilisasi dalam buffer lain yang ditandai turunnya rata-rata Tm pada kedua klon. Kesimpulan yang didapatkan dari penelitian ini adalah metode Thermal Shift Assay (TSA) dapat digunakan untuk mendapatkan buffer dengan pH optimal yang meningkatkan stabilitas termal dari nanobodi anti-NS1.

---

Rapid detection commonly used for Dengue Fever (DF) is by utilizing monoclonal antibodies (mAb) against non-structural protein 1 (anti-NS1). However, there are weaknesses by using mAb, such as high production costs and long production time. Single domain-antibody (sdAb) or nanobody, which can detect non-structural protein 1 (anti- NS1 nanobody) from DENV, is currently under development as a solution to these problems. This study aims to obtain the most optimal pH buffer capable of enhancing the thermal stability of DD5 and DD7 anti-NS1 nanobodies using the Thermal Shift Assay (TSA) method. The DD5 and DD7 anti-NS1 nanobodies, which are the samples, were produced in Escherichia coli (E. coli) BL21 (DE3) and purified using the Immobilized Metal Affinity Chromatography (IMAC) method. The anti-NS1 nanobodies were successfully produced and purified, yielding 294 μg/mL for DD5 clone and 377 μg/mL for DD7 clone. Out of the ten tested buffers, only a few produced consistent data, namely, sodium phosphate pH 7, pH 7.4, and pH 9; HEPES pH 7 and pH 8; and Tris-HCl pH 7. Other buffers showed inconsistent data due to suboptimal test conditions, such as poor protein-to-dye ratio, imperfect protein folding, protein unfolding at the beginning of the test, and dye binding to the plastic of the plate. Both stable anti-NS1 nanobody clones were found in sodium phosphate buffer with pH 7.4, currently used as the storage buffer. The average melting point (Tm) in this buffer was the highest for both DD5 (47.9±3.7°C) and DD7 (50.8±4.3°C) clones. The anti-NS1 nanobodies in both clones showed destabilization in other buffers, indicated by a decrease in the average Tm for both clones. The conclusion drawn from this research is that the Thermal Shift Assay (TSA) method can be used to obtain the optimal pH buffer that enhances the thermal stability of anti- NS1 nanobodies."

"Demam berdarah dengue (DBD) merupakan suatu penyakit yang disebabkan oleh virus dengue (DENV) dan ditransmisikan oleh nyamuk yang hidup di daerah tropis dan subtropis. Insiden terjadinya demam dengue (DD) dan DBD meningkat secara dramatis di dunia selama beberapa dekade terakhir. Hingga saat ini belum ada terapi yang spesifik untuk infeksi dengue. Pengobatan hanya bersifat simptomatik. Walaupun demikian, pada kasus DBD dan SSD, perawatan dini dapat menurunkan angka morbiditas dan mortalitas. Untuk itu diperlukan uji laboratorium yang akurat untuk membantu menegakkan diagnosis dini infeksi dengue. Deteksi Antigen non struktural-1 (NS-1) telah tebukti mampu mendeteksi dini infeksi DENV. Pemeriksaan ini dapat memberikan hasil lebih dini, akurat dan dengan harga yang lebih murah. Dalam usaha mengembangan uji diagnosis berdasarkan NS-1 diperlukan antibodi anti-NS1. Kami telah berhasil memproduksi IgG anti-NS1 DENV. Untuk mendapatkan antibodi anti-NS1 DENV, protein NS-1 (90 μg/ml) koleksi Mikrobiologi disuntikkan pada kelinci dan selanjutnya antibodi dilabel dengan HRP yang dapat digunakan untuk mendeteksi protein NS1 pada serum pasien terinfeksi dengue. Antibodi IgG HRP yang diperiksa menggunakan metode direct ELISA menunjukkan nilai absorbansi tertinggi pada pengenceran 1:100 dan terendah pada pengenceran 1:12800. Uji NS-1 pada serum pasien menunjukkan hasil positif pada semua serum pasien terinfeksi DENV, baik DENV 1, 2, 3 dan 4. Sedangkan hasil negatif ditunjukkan pada serum pasien yang terinfeksi CMV dan EBV, serta pada serum orang sehat. Hasil ini menunjukan bahwa antibodi yang dilabel HRP dapat digunakan untuk pengembangan uji diagnostik untuk mendeteksi keberadaan antigen NS1 virus dengue dalam serum pasien.

---

Dengue fever is a disease caused by dengue virus and is transmitted by mosquito in tropical and subtropical regions. Dengue fever (DF) and dengue hemorraghic fever (DHF) have been dramatically increased in recent decades. Specific therapy to dengue infection is not available. The therapy is only symptomatic. In DHF and dengue shock syndrome (DSS) cases, early therapy can reduce morbidity and mortality rate. Therefore, laboratory assay are needed to accurately diagnose dengue infection at early stage. Detection of nonstructural-1 (NS1) antigen has been proven to provide early detection of DENV infection. The assay can provide early and accurate result with less expensive cost. In a attempt to develop an NS1 - based diagnostic test, we successfully produced anti- NS1 DENV antibody. To obtain anti NS1 DENV antibody, NS1 protein (90 μg/ml) collection of Microbiology was injected to rabbit. The antibodiy was further labeled with HRP and be used to detect NS1 protein in dengue patient sera. The antibody labeled with HRP by direct ELISA method showed the highest absorbance value in 1:100 dilution and the lowest absorbance in dilution 1:12800. NS1 test of patients serum using this labelled antibody showed positive result in all the sera of patients infected with DENV, either DENV 1, 2, 3, and 4. Whereas negative results are shown in the serum of patients infected with CMV and EBV, as well as the serum of healthy people. Therefore, the antibody labeled with HRP could be used for developing diagnostic assay to determine the presence of dengue virus NS1 antigen in patient sera."

"Infeksi yang disebabkan oleh virus dengue (DENV) menimbulkan spektrum luas penyakit dari sindrom virus ringan, demam dengue klasik dan penyakit perdarahan berat yaitu demam berdarah dengue (DBD) hingga Dengue Shock Syndrom (DSS). Antibodi terhadap protein struktural E dari serotipe DENV yang heterolog pada infeksi primer dan sekunder tidak dapat menetralkan virus, sehingga walaupun kompleks antibodi-virus difagositosis oleh monosit, DENV tetap dapat bereplikasi di dalam monosit. Kondisi meningkatnya infeksi virus pada sel target diperantarai antibodi ini dikenali sebagai antibody-dependent enhancement (ADE). Protein NS3 merupakan protein terbesar kedua yang dikode oleh genom DENV dan sekuens asam amino primernya merupakan yang paling lestari diantara serotipe DENV yang berguna menghindari ADE. Protein NS3 ditemukan menginduksi respon antibodi dan respon sel T CD4+ dan CD8+, kebanyakan sel T tersebut bereaksi silang antar serotipe. Dilakukan analisis pada epitop sel T dan sel B protein NS3 DENV4 081 yang selanjutnya dilakukan pengklonaan dan ekspresi gen NS3 DENV4 081. Ditemukan posisi epitop sel B 537-544 NS3 DENV4 081 identik dan lestari dengan 124 strain DENV4 di dunia dan dengan keempat serotipe strain Indonesia. Gen NS3 DENV4 081 berhasil diamplifikasi dengan teknik PCR dan berhasil diinsersikan kedalam vektor pQE80L dengan orientasi yang benar. Plasmid rekombinan yang mengandung gen NS3 DENV4 081 ditransformasikan ke dalam E. coli BL21 dan diekspresikan dengan induksi IPTG. Hasil ekspresi protein NS3 DENV4 081 yang ditunjukkan dengan terlihatnya dot yang berwarna lebih pekat pada Dot Blot yang dideteksi dengan detektor anti-His merupakan protein rekombinan NS3 DENV4 081. Hasil Western Blot menunjukkan ekspresi protein rekombinan NS3 yang rendah, sehingga masih perlu penelitian lebih lanjut untuk mengoptimalkan ekspresi protein rekombinan NS3 pada vektor pQE80L.

---

Infections caused by dengue virus (DENV) cause a broad spectrum of disease from mild viral syndrome, classic dengue fever to severe hemorrhagic diseases which are dengue hemorrhagic fever (DHF) and Dengue Shock Syndrome (DSS). Antibodies against E protein of heterologous DENV serotypes in primary and secondary infections can not neutralize the virus, although the antibody-virus complexes were phagocytes by monocytes, DENV still replicate inside monocytes. A condition increasing antibody-mediated viral infection on target cell was identified as antibody-dependent enhancement (ADE). NS3 protein is the second largest protein encoded by the genome of DENV and the primary amino acid sequence is the most conserved among DENV serotypes. NS3 protein was found to induce antibody, CD4+ and CD 8+ T cell responses, most of the T cells were cross-reactive between serotypes. Analysis was performed on the T and B cell epitope of NS3 DENV4 081 protein then continue with gene cloning and expression of NS3 DENV4 081. Position of B cell epitope 537-544 NS3 DENV4 081 protein was found identical and conserved to NS3 protein of 124 DENV4 strains around the world and all four serotypes of Indonesia strain. NS3 DENV4 081 gene was successfully amplified by PCR and successfully inserted into the vector pQE80L with the correct orientation. Recombinant plasmid containing NS3 DENV4 081 gene was transformed into E. coli BL21 and expressed by IPTG induction. Results of NS3 DENV4 081 protein expression was indicated by the colored dot produced on Dot Blot detected with anti-His detector. Western Blot result show low NS3 recombinant protein expression, so further research is needed to optimize the NS3 expression in vector pQE80L."

"ABSTRAKPenelitian terkait karakteristik genetik sekuens virus dengue (DENV) diperlukan dalam menilai kekerabatan antara strain DENV yang tersebar di seluruh dunia. Tujuan dalam penelitian ini adalah membandingkan karakteristik genotype dan sekuens data DENV serotipe 2 (DENV-2) nukleotida envelope dibandingkan dengan sekuens data DENV-2 nukleotida Non-Struktural 1 (NS1). Data didapatkan dari Laboratorium Mikrobiologi Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia untuk strain data yang berasal dari Indonesia dan GenBank untuk strain data yang berasal dari seluruh dunia sebagai data pembanding dengan jumlah sebanyak 42 data, yang kemudian dianalisis menggunakan Genetyx 5.1. Hasil penelitian didapatkan bahwa sekuens data NS1 strain DENV-2 yang berasal dari Indonesia termasuk ke dalam kelompok genotype Cosmopolitan, serupa dengan hasil analisis data dengan sekuens data envelope strain DENV-2. Sementara pada analisis epitope LX1 yang merupakan epitope khas dari NS1, terdapat berbagai peubahan komponen asam amino pada epitope tersebut dibandingkan dengan sekuens data strain Indonesia yang tergabung ke dalam kelompok genotype Cosmopolitan. Kesimpulan dari penelitian ini adalah bahwa filogenetik dengan menggunakan NS1 sebagai bahan analisis dapat digunakan untuk menentukan genotipe. Sehingga gen NS1 pada DENV-2 strain Indonesia masih dapat dipertimbangkan sebagai salah satu dasar metode pengembangan vaksin.

---

ABSTRACTStudies about genetic characteristic between dengue virus serotype 2 (DENV-2) sequence data is needed to determine its relationship between DENV strain over the world. The main purpose of this study is to compare between characteristic of sequence data DENV-2 envelope nucleotide and sequence data DENV-2 Non- Structural 1 (NS1) nucleotide, and analyze between amino acid homology in this study and related previous studies. 42 data used for this study are obtained from Laboratory of Microbiology Faculty of Medicine University of Indonesia for data from Indonesia and form GenBank for data from other countries as a comparison, which is analyzed with software Genetyx 5.1. NS1 sequence data from DENV-2 strain from Indonesia is classified in Cosmpolitan genotype group, which are similar than data analysis from envelope sequence data from same data. Meanwhile in analysis of LX1 epitope, which is considered as typical epitope from NS1, there are any differences in amino acid component at it compared than strain Indonesia data sequences which are included in Cosmopolitan genotype group. As a conclusion, phylogenetic analysis of NS1 nucleotide is useful for determining the genotypes, which means NS1 DENV-2 gene strain Indonesia can be useful as the basis for vaccine development"

"Latar Belakang: Reaktivasi CMV pasca transplantasi ginjal 3 bulan pertama 40-80% dan 20-50% menjadi penyakit CMV. Pencegahan pasca transplantasi dapat dilakukan dengan terapi preemptive saat terjadi reaktivasi CMV yang ditandai dengan DNA CMV >500 kopi/mL. Di Indonesia belum ada pemeriksaan DNA CMV, sebaliknya pemeriksaan IgG CMV tersedia di seluruh daerah, mudah dan murah. Tujuan: Untuk mengetahui insidens reaktivasi CMV pada resipien seropositif 3 bulan pertama pasca transplantasi ginjal, mengetahui korelasi antara DNA CMV dengan peningkatan titer IgG CMV, dan cutoff point titer IgG CMV saat reaktivasi. Metode: Penelitian ini kohort prospektif 3 bulan. Uji korelasi DNA CMV dengan peningkatan IgG CMV menggunakan uji korelasi Spearman’s rho. Penentuan cutoff point terbaik IgG CMV menggunakan kurva ROC dengan menilai AUC. Hasil: Jumlah subyek penelitian 23 resipien seropositif CMV. Reaktivasi pertama pada minggu ke-4 pasca transplantasi (2 orang), diikuti minggu ke-6 (4 orang) dan ke-10 (3 orang), sehingga keseluruhan 9 orang (39%). Dua (22,2%) orang meninggal karena penyakit CMV, dan 7 (77,8%) orang tanpa tanda/keluhan klinis CMV dengan kreatinin serum 1,19 (SB 0,29) mg/dL serta eGFR 69,99 (SB 19,92) mL/menit/1,73 m2. Korelasi positif antara DNA CMV dengan IgG CMV ditemukan bermakna mulai minggu ke-8 (r=0,70 p <0,001), minggu ke-10 (r=0,83 p <0,001) dan minggu ke-12 (r=0,72 p <0,001), dengan peningkatan minimal 2 kali. Cutoff point titer IgG CMV terbaik pada minggu ke-10, yaitu 401,4 AU/dL (sensitivitas 88,9 %, spesifisitas 92,9%), Pada minggu ke-8 dan ke-12 juga diperoleh AUC yang baik untuk ditetapkan nilai cutoff point titer IgG CMV, yaitu berturut-turut 502,7 AU/dL (sensitivitas 83,3 %, spesifisitas 94,1%) dan 679,35 AU/dL (sensitivitas 81,9 %, spesifisitas 90,8%). Kesimpulan: Insidens reaktivasi pada resipien seropositif pasca transplantasi ginjal 3 bulan pertama adalah 39%. Terdapat korelasi positif yang bermakna antara DNA CMV kuantitatif dengan peningkatan minimal 2 kali titer IgG CMV pada resipien seropositif mulai pada minggu ke-8 pasca transplantasi ginjal; dengan cutoff point terbaik titer IgG CMV pada minggu ke-10.

---

Background: Reactivation of CMV in the first 3 month after kidney transplantation reached 40-80%, and 20-50% developed to CMV disease. CMV reactivation in seropositive recipients are prevented by pre-emptive therapy, when CMV DNA >500 copy/mL. Indonesia hasn’t performed CMV DNA real-time routinely, however do measuring CMV antibody-IgG because it is simple, cheap and available.

Objective: to determine the incidence of CMV reactivation in seropositive recipients, identify correlation between quantitative CMV DNA with increasing CMV antibody-IgG titre, and determine CMV antibody-IgG cutoff point when reactivation.

Methods: prospective cohort study for 3 months. Using Spearman‘s rho test to correlate CMV DNA and CMV antibody-IgG, and using ROC curve to identify AUC to decide the best cutoff point of CMV antibody-IgG.

Results: All of subject is 23 seropositive recipients. The first reactivation on 4th week after transplantation (2 persons), followed on 6th week (4 persons) and on 10th week (3 persons), so the total is 9 recipients (39%). Two (22,2%) recipients died due to sepsis, and 7 (77,8%) recipients is healthy without signs/symptoms of CMV infection. Their serum creatinin is 1,19 (SB 0,29) mg/dL and eGFR 69,99 (SB 19,92) mL/menit/1,73 m2. There was positive correlation between CMV DNA with CMV antibody-IgG on the 8th week (r=0,70 p <0,001), on the10th week (r=0,83 p <0,001) and on the 12th week (r=0,72 p <0,001), with double increasing of antibody IgG titre. The best of antibody IgG cutoff point was on the 10th week (401,4 AU/dL, sensitivity 88,9 %, specifity 92,9%). On 8th and 12th week was found a good antibody IgG cutoff point titre too, respectively 502,7 AU/dL (sensitivity 83,3 %, specifity 94,1%) and 679,35 AU/dL (sensitivity 81,9 %, specifity 90,8%).

Conclusion: Incidence of reactivation in seropositive recipients after kidney transplantation was 39%. There was positive correlation between quantitative CMV DNA with double increasing of CMV antibody-IgG titre started from 8th week after transplantation. The best cutoff point was on 10th week."

"ABSTRAKGen NS1 merupakan gen penyandi protein NS1 (non-strukural 1) yang terdapat pada virus dengue. Protein NS1 diketahui memiliki potensi untuk dikembangkan sebagai bahan dasar kit diagnostik untuk penyakit demam berdarah dengue (DBD). Penelitian ini bertujuan untuk memperoleh protein rekombinan NS1 virus dengue untuk pengembangan kit diagnostik NS1. Penelitian ini meliputi proses kloning gen NS1 pada vektor ekspresi pYES2/CT, ekspresi pada Saccharomyces cerevisiae INVSc1 dan purifikasi protein rekombinan NS1 menggunakan HisPurTM Ni-NTA Magnetic Beads. Hasil penelitian menunjukkan sebanyak 485 koloni transforman hasil kloning ke dalam E. coli TOP10F? berhasil diseleksi pada medium yang mengandung 100 µg/ml. Analisis hasil PCR dan sekuensing menunjukkan bahwa gen NS1 yang berukuran 1056 pb berhasil terintegrasi ke dalam vektor ekspresi pYES2/CT. Analisis hasil SDS PAGE dan western blotting menunjukkan protein rekombinan NS1 berhasil diekspresikan pada Saccharomyces cerevisiae dengan ukuran sekitar 42?55 kDa. Analisis SDS PAGE untuk hasil purifikasi menunjukkan didapatkan protein yang terelusi dalam kondisi native dengan ukuran sekitar 42?55 kDa. Gen NS1 telah berhasil dikloning dan protein NS1 berhasil terekspresi serta terpurifikasi.

---

ABSTRAKNS1 gene is a gene encoding NS1 (non-structural 1) protein dengue virus. Dengue NS1 protein (non-structural 1) is known as an important biomarker for early diagnosis of dengue hemorrhagic fever (DHF) disease. The research objective is to obtain NS1 recombinant protein dengue virus serotype 3 for development kit diagnostic NS1. Stages of the research include cloning NS1 gene Into pYES2/CT expression vector, expression in Saccharomyces cerevisiae INVSc1, and purification NS1 recombinant protein with HisPurTM Ni-NTA Magnetic Beads. A total of 485 colony transformants were selected on medium with ampicilin 100 µg/ml as cloning results in E. coli TOP 10F?. PCR and sequencing analysis showed that NS1 gene was successfully fused to vector pYES2/CT and showed NS1 size is 1056 bp. SDS PAGE and western blotting analysis showed a band of NS1 recombinant protein as expression results. Molecular weight of NS1 protein was approximately 42--55 kDa. SDS PAGE analysis showed a band of NS1 recombinant protein purified in native condition with a molecular weight approximately 42--55 kDa. NS1 gene was successfully cloned, can be also expressed and purified as protein NS1."

"ABSTRAKPenyakit Demam Berdarah Dengue (DBD) di Indonesia paling dominandisebabkan oleh virus dengue (DENV) serotipe 3. Upaya pencegahan DBD dapatdilakukan melalui vaksinasi. Lembaga BPPT saat ini sedang mengembangkanvaksin DBD berbahan baku protein rekombinan NS2B-NS3. Protein inimerupakan salah satu protein non struktural penyusun genom DENV danmemiliki berat molekul sebesar 83 kDa. Penelitian ini bertujuan untuk melakukanisolasi dan purifikasi protein NS2B-NS3 DENV serotipe 3 dari sel transformanSaccharomyces cerevisae. Purifikasi protein NS2B-NS3 dilakukan dengan metodeHisPur Ni-NTA Magnetic Beads. Optimasi purifikasi dilakukan denganmeningkatkan konsentrasi imidazole sebagai pengikat protein dalam elution bufferdari 250 mM -- 500 mM. Validitas isolat protein dan protein hasil purifikasi diujisecara kualitatif dengan metode Sodium Dodecyl Sulfate-Polyacriamide GelElectrophoresis (SDS-PAGE), serta dikuantifikasi proteinnya dengan metodeBichinconinic Acid (BCA). Hasil penelitian menunjukkan bahwa protein NS2BNS3telah berhasil dipurifikasi secara optimal pada konsentrasi imidazole 300mM dengan metode HisPur Ni-NTA Magnetic Beads. Analisis hasil SDS-PAGEmenunjukkan bahwa terdapat pita spesifik berukuran 83 kDa pada lajur hasil elusidengan konsentrasi imidazole 300 mM dan berdasarkan hasil kuantifikasi proteindiperoleh persentase efektivitas purifikasi tertinggi, yaitu 16,38%.

---

ABSTRACTPenyakit Demam Berdarah Dengue (DBD) di Indonesia paling dominandisebabkan oleh virus dengue (DENV) serotipe 3. Upaya pencegahan DBD dapatdilakukan melalui vaksinasi. Lembaga BPPT saat ini sedang mengembangkanvaksin DBD berbahan baku protein rekombinan NS2B-NS3. Protein inimerupakan salah satu protein non struktural penyusun genom DENV danmemiliki berat molekul sebesar 83 kDa. Penelitian ini bertujuan untuk melakukanisolasi dan purifikasi protein NS2B-NS3 DENV serotipe 3 dari sel transformanSaccharomyces cerevisae. Purifikasi protein NS2B-NS3 dilakukan dengan metodeHisPur Ni-NTA Magnetic Beads. Optimasi purifikasi dilakukan denganmeningkatkan konsentrasi imidazole sebagai pengikat protein dalam elution bufferdari 250 mM -- 500 mM. Validitas isolat protein dan protein hasil purifikasi diujisecara kualitatif dengan metode Sodium Dodecyl Sulfate-Polyacriamide GelElectrophoresis (SDS-PAGE), serta dikuantifikasi proteinnya dengan metodeBichinconinic Acid (BCA). Hasil penelitian menunjukkan bahwa protein NS2BNS3telah berhasil dipurifikasi secara optimal pada konsentrasi imidazole 300mM dengan metode HisPur Ni-NTA Magnetic Beads. Analisis hasil SDS-PAGEmenunjukkan bahwa terdapat pita spesifik berukuran 83 kDa pada lajur hasil elusidengan konsentrasi imidazole 300 mM dan berdasarkan hasil kuantifikasi proteindiperoleh persentase efektivitas purifikasi tertinggi, yaitu 16,38%."

"Saat ini, demam berdarah sudah menjadi masalah kesehatan di seluruh dunia. Penyakit ini makin sering terjadi bahkan seringkali menyebabkan kematian khususnya di beberapa negara Asia termasuk Indonesia. Tujuan dari penelitian adalah untuk mengetahui genotipe virus dengue serotype 1 di Indonesia sebagai dasar untuk turut ambil bagian dalam pengembangan diagnostik dan vaksin dari virus dengue. Riset ini terdiri dari 100 responden yang terdiri dari pria dan wanita berusia antara 14-60 tahun. Semua sampel dipilih secara konsekutif dan virus dengue yang digunakan dalam riset ini dipilih secara acak pada bulan Maret 2010- Desember 2010. Kemudian dilanjutkan dengan proses sequencing pada bulan Januari 2011 sampai bulan Oktober 2011 yang bertempat di Departemen Mikrobiologi dengan metode cross sectional. Hasil dari penelitian ini adalah virus dengue serotype 1 yang berasal dari strain Indonesia termasuk dalam golongan genotype 4. Saran yang dapat diberikan untuk riset selanjutnya adalah datanya harus lebih dilengkapi terlebih untuk data yang berasal dari berbagai provinsi di Indonesia.

---

Currently, dengue fever has become a worldwide health problem. This disease occurs more and more frequently and often cause death, especially in some Asian countries including Indonesia. The purpose of this study was to determine the genotype of dengue virus serotype 1 in Indonesia as a base to take part in the development of diagnostics and vaccines of the dengue virus.

This research consisted of 100 respondents consisting of men and women aged between 14 to 60 years. All samples were selected by consecutive and dengue viruses used in this study were randomly selected in March 2010 to December 2010. Afterwards, the next step was sequencing process in January 2011 to October 2011 in the Department of Microbiology by using cross sectional method.

The result of this study was dengue virus serotype 1 strains originating from Indonesia belonged to genotype 4. The suggestion for further research is the quantity of data should be increased especially for data collected from various provinces in Indonesia."

"Ruang lingkup dan cara penelitian : Adanya imunoglobulin M (IgM) pada serum merupakan salah satu tanda terjadinya suatu infeksi awal, sehingga dengan ditemukannya suatu bahanl metode yang bisa mendeteksi adanya IgM secara tepat dan cepat, penyakit dapat segera terdeteksi. Pada penelitian ini ,dicoba membuat antibodi monoklonal terhadap IgM manusia dengan cara memfusikan sel splenosit mencit imun dengan sel mieloma NS1 yang dibantu dengan fusogen Poly Ethylene Glycol 4000,50%. Hasil fusi kemudian didistribusikan kedalam pelat mikrotiter dan sel hibrid diseleksi dengan mengunakan medium Hypoxantine, Aminopterine , Tymidine. Setelah terbentuk koloni sel hibrid kemudian dilakukan penapisan antibodi dengan cara ELISA dengan IgM manusia sebagai antigen. Sel hibrid dengan nilai optical density tinggi dilakukan kloning dan subkloning. Hasil dari subkloning dengan nilai OD tinggi dilakukan uji reaksi silang dengan imunoglobulin lain yaitu IgG, IgA dan serum minus IgG, IgM dan IgA. Untuk menguji ada tidaknya reaksi silang dengan imunoglobulin lain pembuktian adanya reaksi silang dilakukan uji kompetitif dan uji dengan menggunakan berbagai konsentrasi dari IgG,IgM dan IgA. Uji lain yang dilakukan adalah uji untuk menentukan klas dan subklas dari antibodi monoklonal yang dihasilkan. Hasil : Sel splenosit yang digunakan untuk fusi adalah 1,2x108 clan 3x107 sel mieloma dengan perbandingan 1 : 4. Dari 576 sumur pelat milcrotiter didapatkan pada 333 sumur tumbuh koloni set hibrid, 93 sumur tidak terdapat koloni dan 150 sumur kontaminasi. Setelah dilakukan penapisan antibodi, koloni sel hibrid dengan nilai OD tinggi disubkloning dan diambil 5 untuk disubkloning kembali. Dan 5 klon awal tersebut diambil 8 klon dengan nilai OD tinggi untuk uji reaksi silang. Dui kedelapan klon tersebut setelah diuji reaksi silang masih mengenali IgG clan IgA, kemudian diuji dengan uji kompetitif dan uji dengan berbagai konsentrasi. Dari kedua uji tersebut, kedelapan klon menunjukkan tidak adanya reaksi silang dengan imunoglobulin lain yaitu IgG, IgA dan serum minus. Pada uji penentuan klas dan subklas diperoleh basil 6 klon merupakan klas dan subklas IgG2a dan 2 klon tidak diidentifikasi. Kesimpulan : Diperoleh 8 klon yang spesifik terhadap imunoglobulin M manusia. Dan kedelapan klon tersebut 6 klon merupakan klas dan subklas IgG2a dan 2 klon tidak diidentifikasi. Untuk mendapatkan hasil yang memuaskan perlu dilakukan pengujian terhadap rantai ringan dari 1gM dan dilakukan tahap produksi dan pemurnian."