Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"ABSTRAKTalaromyces merupakan genus jamur penting karena dapat menyebabkan penyakit. Talaromyces marneffei endemis di Asia Tenggara, namun hanya dua kasus yang pernah dilaporkan berasal dari Indonesia. Terdapat tujuh isolat yang telah diidentifikasi secara morfologis sebagai T. marneffei di Jakarta, namun belum penah dilakukan penelitian molekular untuk identifikasinya. Penelitian ini bertujuan melakukan analisis molekular pada regio ITS1-5,8S rDNA-ITS2 dan BenA dalam identifikasi dan penentuan filogenetik Talaromyces sp. isolat Jakarta. Tujuh isolat Talaromyces sp. telah menjadi koleksi pada Laboratorium Mikologi, Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia, Jakarta, Indonesia. Identifikasi dan analisis filogenetik dilakukan menggunakan regio ITS1-5,8S rDNA-ITS2 dan BenA. Baik hasil sekuens ITS1-5,8S rDNA-ITS2 dan BenA tidak memberikan hasil identifikasi yang tepat saat dilakukan BLAST pada NCBI. Kepastian hasil didapat saat dilakukan BLAST pada ISHAM ITS untuk regio ITS1-5,8S rDNA-ITS2. Enam isolat adalah Talaromyces atroroseus dan satu isolat adalah T. marneffei. Filogenetik menggunakan kedua regio menunjukkan T. atroroseus masuk ke dalam seksi Trachyspemi dan T. marneffei masuk ke dalam seksi Talaromyces. Kombinasi kedua region sebaiknya digunakan dalam analisis Talaromyces sp. Isolat lingkungan yang diisolasi dari tikus rumah yang ditangkap di rumah penderita talaromikosis identik dengan isolat yang berasal dari penderita.

---

ABSTRACT

Genus Talaromyces consisting of fungal species that are medically important. The species Talaromyces marneffei are endemic in Southeast Asia, however only two reported human talaromycosis marneffei in Indonesia. In our laboratory, there were seven isolates originated from patients and environment, all were identified morphologically as T. marneffei, but none of them had been identified molecularly. Objective of this study was molecular analysis using ITS1 5,8S rDNA ITS2 and BenA region in identification and phylogenetic analysis of Jakarta rsquo s isolate of T. marneffei. Samples were seven fungal culture collections of Micology Laboratory, Faculty of Medicine, Universitas Indonesia, Jakarta. Neither ITS1 5,8S rDNA ITS2 nor BenA region analysis gave clear species identification in NCBI BLAST result. Clear species identification was given using ISHAM ITS database, which contains ITS1 5,8S rDNA ITS2 sequences. Six isolates were identified as Talaromyces atroroseus and one isolates as T. marneffei. Phylogenetic analysis using both regions showed that T. atroroseus was included in Trachyspermi section and T. marneffei in Talaromyces section. It is concluded that combination of both regions are required for molecular analysis of Talaromyces sp. Analysis of environmental isolates isolated from house rat caught at the house of HIV infected patient with talaromycosis showed identity of both environment and clinical isolates."

"Chronic pulmonary aspergillosis (CPA) merupakan penyakit infeksi akibat Aspergillus spp. yang banyak ditemukan pada penderita pasca tuberkulosis paru (TB paru). Identifikasi Aspergillus tingkat spesies dibutuhkan untuk keperluan diagnosis dan perencanaan pengobatan. Gen β-tubulin (benA) direkomendasikan sebagai DNA barcode dalam identifikasi Aspergillus spp. Penelitian ini bertujuan untuk menguji β-tubulin sebagai DNA barcode dan untuk mengonfirmasi identifikasi molekuler Aspergillus spp. menggunakan gen β-tubulin sebagai kandidat penegak diagnosis CPA dari sampel sputum TB paru. Penelitian dilakukan dengan mengamplifikasi sekuens β-tubulin dari 31 isolat Aspergillus spp. yang telah diamati secara morfologi lalu dilakukan pencocokan sekuens hasil sekuensing dengan pangkalan data NCBI. Multiple alignment dilakukan untuk melihat variasi sekuens dan Needle pairwise alignment dilakukan untuk mengetahui kemiripan antarsekuens. Hasil menunjukkan terdapat isolat Aspergillus spp. teridentifikasi sesuai dengan pengamatan morfologi (n=17), spesies berbeda (n= 12), dan fungi bukan Aspergillus (n=2). Aspergillus fumigatus, A. flavus, A. tamarii, A. niger, A. tubingensis, A. welwitschiae, dan A. brunneoviolaceus berhasil teridentifikasi. Gen β-tubulin memiliki variasi intraspesifik rendah dan interspesifik tinggi sehingga dapat digunakan dalam mengidentifikasi Aspergillus spp. serta berpotensi menjadi kandidat diagnosis CPA.

---

Chronic pulmonary aspergillosis (CPA) is an infectious disease caused Aspergillus spp. that is often found in post-pulmonary tuberculosis (PTB) patients. Species-level identification of Aspergillus spp. is required for diagnosis and treatment planning purposes. The β-tubulin (benA) gene is recommended as a DNA barcode in identifying Aspergillus. This study aims to test β-tubulin as DNA barcode and to confirm Aspergillus spp. identification using β-tubulin as CPA diagnosis candidate from pulmonary TB sputum samples. The study was conducted by amplifying β-tubulin sequences from 31 samples of Aspergillus spp. which have been morphologically identified then proceed to compare sequencing result with NCBI database. Multiple alignment is performed to see sequence variations and Needle pairwise alignment is perfomed to determine sequences similarity. Results show the presence of Aspergillus spp. isolates that correspond to morphological observations (n=17), different species (n=12), and non-Aspergillus fungi (n=2). Aspergillus fumigatus, A. flavus, A. tamarii, A. niger, A. tubingensis, A. welwitschiae, and A. brunneoviolaceus were successfully identified. The β-tubulin gene shows low intraspecific and high interspecific variations that is useful for Aspergillus spp. identification and is a potential candidate for CPA diagnosis."

"Salah satu strategi eliminasi infeksi Soil transmitted Helminth (STH) adalah pemberian antelmintik seperti albendazol secara massal. Tetapi penggunaan antelmintik secara luas dalam jangka waktu lama dikhawatirkan dapat menyebabkan terjadinya terjadi penurunan efikasi obat. Salah satu faktor yang bisa menyebabkan penurunan efikasinya adalah single nucleotide polymorphism (SNP) kodon 200 gen beta tubulin cacing. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui susunan basa kodon 200 pada A. lumbricoides dan T. trichiura yang bisa menyebabkan adanya perbedaan efikasi albendazol. DNA dari telur dan jaringan cacing diisolasi, diamplifikasi dengan PCR kemudian dilakukan proses sekuensing. Setelah itu pada hasil sekuensing dilakukan alignment dengan sekuens referensi untuk mengetahui susunan basa pada kodon 200 gen beta tubulin. Hasilnya pada dua cacing A. lumbricoides dan satu cacing T. trichiura didapatkan susunan basa TTC pada kodon 200.

---

One of the Soil transmitted Helminth (STH) infection elimination strategy is mass administration of anthelmintic such as albendazol. But the anthelmintic widespread use in a long term can cause decrease in efficacy. One of the factor that can cause decrease in efficacy is single nucleotide polymorphism (SNP) codon 200 beta tubulin gene of the worm.

This study aimed to determine codon 200 in A. lumbricoides and T. trichiura that can cause a difference in albendazol efficacy. DNA from worm eggs and tissue were isolated, amplificated by PCR and sequenced. Sequencing result were also aligned with the reference sequence to get the bases in codon 200 beta tubulin gene. The bases on codon 200 beta tubulin gene from two A. lumbricoides and one T. trichiura is TTC."

"ABSTRAKPenelitian bertujuan menganalisis hubungan kekerabatan spesies-spesiesCercospora berdasarkan data sequence daerah Internal Transcribed Spacers (ITS)rDNA, gen elongation factor 1-α (EF), dan gen calmodulin (CAL); mengetahuilokus yang paling baik dalam memisahkan spesies-spesies Cercospora; danmenguji host specificity Cercospora spp. dengan tanaman inangnya. Padapenelitian ini telah dilakukan amplifikasi dan sequencing daerah ITS rDNA, genEF, dan gen CAL pada 14 spesies dari 23 strain Cercospora yang berasal dari tigafamili tanaman inang (Asteraceae, Cucurbitaceae, dan Solanaceae). Pohonfilogenetik dibangun menggunakan metode Neighbor-Joining, MaximumParsimony, dan Bayesian. Hasil penelitian menunjukkan bahwa pohonfilogenetik berdasarkan data sequence daerah ITS rDNA tidak dapat menjelaskanhubungan kekerabatan antarspesies pada genus Cercospora; sebagian besarCercospora (57 dari 61 OTU) berada dalam satu kelompok besar yang jarakcabangnya berimpit satu dengan lainnya. Pohon filogenetik berdasarkan datasequence gen EF dapat menjelaskan hubungan kekerabatan beberapa spesiesCercospora, walaupun sebagian spesies Cercospora (24 OTU) berada dalam satukelompok yang jarak cabangnya berimpit satu dengan lainnya. Pohon filogenetikberdasarkan data sequence gen CAL dapat menjelaskan hubungan kekerabatansebagian besar spesies Cercospora, jarak cabang terlihat lebih panjangdibandingkan pada pohon filogenetik berdasarkan data sequence gen EF,walaupun beberapa spesies Cercospora (16 OTU) belum dapat dipisahkan. Hasilanalisis filogenetik menunjukkan bahwa spesies-spesies Cercospora tidak dapatdipisahkan berdasarkan data sequence daerah ITS rDNA, akan tetapi sebagianspesies dapat dipisahkan berdasarkan data sequence gen EF dan gen CAL. Pohonfilogenetik berdasarkan data sequence gen CAL menunjukkan bahwa gen tersebutdapat digunakan untuk memisahkan spesies-spesies Cercospora lebih baikdaripada daerah ITS rDNA dan gen EF. Hasil analisis filogenetik berdasarkandata sequence multilokus menunjukkan bahwa 11 dari 14 spesies Cercosporayang digunakan dalam penelitian tidak host-specific, hanya tiga spesies yaitu C.zinniicola, C. cocciniae, dan C. mikaniicola yang spesifik terhadap inangnya.

---

ABSTRACTThe aims of this study were to analyze the phylogenetic relationships ofCercospora spp. based on sequence data of the internal transcribed spacer (ITS)region of rDNA, elongation factor 1-α (EF), and calmodulin (CAL) genes; todetermine the best locus in separating Cercospora species; and to investigate thehost specificity of Cercospora spp. In this study, the sequences of the ITS regionof rDNA, EF, and CAL genes of 23 strains which belong to 14 species ofCercospora from three host plants families were amplified and sequenced. Thephylogenetic trees of the Cercospora spp. were constructed by Neighbor-Joining,Maximum Parsimony, and Bayesian methods. Our result showed thatphylogenetic relationship of Cercospora at the species level could not be resolvedby ITS rDNA; most of Cercospora species (57 OTU) were grouped in one majorclade with no branch length differences among species. The EF phylogenetic tree,showed that some species of Cercospora could be separated, although 24 OTUwere grouped into one clade with no branch length differences. The CALphylogenetic tree showed that the majority of Cercospora species could beseparated with longer branch compared to the EF phylogenetic tree, althoughseveral species (16 OTU) could not be separated. The phylogenetic analysesshowed that most of Cercospora species could not be separated in the ITS rDNAtree, however those species could be separated in the EF and CAL phylogenetictrees. The results showed that CAL gene was the best locus in separatingCercospora species compared to ITS rDNA and EF gene. Molecularphylogenetic analysis from multiloci (ITS regions of rDNA, EF gene, and CALgene) revealed that 11 out of 14 species of Cercospora have no host specificity(have a wide host range) and only three species e.g., C. zinniicola, C. cocciniae,and C. mikaniicola showed host specificity."

"Telah dilakukan penelitian mengenai identifikasi spesies dan distribusi larva udang mantis di Teluk Banten selama bulan Oktober 2013--November 2013. Penelitian bertujuan untuk mengukur efektivitas aplikasi DNA barcoding dalam identifikasi larva udang mantis dan mempelajari pola distribusinya di Teluk Banten. Larva udang mantis sebanyak 138 individu dikoleksi dengan menggunakan jaring larva dengan besar mulut 30x30 cm2 dan besar jaring sebesar 500 μm dari 6 stasiun penelitian. Daerah COI sebagai penanda DNA barcoding efektif dapat digunakan untuk identifikasi larva udang mantis dengan variasi intraspesies sekuen COI berkisar antara 0,7--2,4%. Distribusi larva udang mantis berpusat di Stasiun 4 yang ditandai dengan tingginya kelimpahan larva udang mantis pada lokasi tersebut (P<0,005; ANOSIM). Ordinasi NMDS dan klusterisasi berdasarkan jarak Bray-Curtis menunjukkan distribusi larva udang mantis dipengaruhi oleh kondisi perairanTeluk Banten. Faktor lingkungan yang memengaruhi kelimpahan larva udang mantis adalah suhu, salinitas dan kecerahan dengan nilai R2 adjusted sebesar 94,5% (P<0,05). Distribusi, kelimpahan, dan komposisi larva udnag mantis di Teluk Banten juga dipengaruhi oleh pola perilaku larva (vertical migration) dan arah arus yang memengaruhi perairan Teluk Banten. Distribusi kelimpahan larva pada lokasi penelitian selama bulan Oktober--November 2013 bergerak kearah barat Teluk Banten.

---

Planktonic larvae of stomatopoda were collected at six stations in Banten Bay from October 2013 to November 2013, aimed at assessing effectiveness of using COI gene for barcoding stomatopoda larvae and studying its distribution in Banten Bay. A total of 138 stomatopod larvae were obtained by deploying larval trap of 30x30 cm2 mouth diameters and 500 μm mesh size for approximately 10 minutes just beneath the surface. Five species of stomatopod successfully identified using COI gene as barcode marker. Variation of intraspecies for COI gene based on Kimura 2-Parameter (K2P) were found to be ranged from 0,7% to 2,4%. NMDS ordination and Bray-Curtis cluster shown that distribution of stomatopod larvae affected by hydrodynamic on Banten Bay. Larvae abundance at six stations in Banten Bay affected by temperature, salinity, and visibility with score of adjusted R2 is 94,5% (P<0,05). Distribution, abundance, and diversity of stomatopods larvae are affected by vertical migration and current on Teluk Banten water."

"ABSTRAKCandida krusei merupakan lima besar spesies Candida terbanyak penyebab kandidosis. Candida krusei sulit diobati karena memiliki resistensi primer terhadap flukonazol. Data pola kepekaan C. krusei di Jakarta berbeda dengan di dunia karena masih ditemukan isolat sensitif terhadap flukonazol. Tujuan penelitian ialah mengidentifikasi isolat C. krusei isolat Jakarta yang peka dan resisten terhadap flukonazol. Sampel penelitian menggunakan enam isolat uji C. krusei (empat resisten dan dua sensitif flukonazol) dan dua isolat kontrol kualitas yaitu C. albicans dan C. parapsilosis yang merupakan isolat koleksi Laboratorium Mikologi Departemen Parasitologi Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia. Analisis yang dilakukan adalah fenotipik berupa makroskopik, mikroskopik serta biokimia. Analisis molekular menggunakan teknik PCR pada regio ITS (NCBI dan ISHAM) dan D1/D2 (NCBI). Hasil perbandingan sekuens ITS antar isolat uji didapatkan satu perbedaan basa pada urutan basa 465. Hasil perbandingan sekuens regio D1/D2 tidak ditemukan perbedaan basa. Analisis multi gene sequence menunjukkan kemiripan dengan isolat C. krusei CBS 5147 yang sensitif terhadap flukonazol. Analisis filogenetik regio ITS dan D1/D2 memperlihatkan isolat uji merupakan C. krusei. Identifikasi ke enam isolat Jakarta berdasarkan analisis fenotipik dan analisis molecular menunjukkan bahwa semuanya merupakan C. krusei.

---

ABSTRACTCandida krusei is one of the big five species of Candida caused disease. Candida krusei becomes difficult to treat due to the primary resistance against fluconazole. Examination data of resistance in C. krusei in Jakarta contrast to the world is isolates which are still sensitive to fluconazole. The objective of this study was identified of C. krusei of Jakarta's isolates which is sensitive and resistant fluconazole. The samples used 6 isolates C. krusei (four resistant and two sensitive fluconazole) and two isolates quality control the C. albicans and C. parapsilosis were cultured collection of Mycology Laboratory Parasitology's Department, Faculty of Medicine, Universitas Indonesia. Analysis phenotypic using by macroscopic, microscopic and biochemistry. Analysis molecular was done using PCR method for ITS (NCBI and ISHAM) and D1/D2 (NCBI) regions. The results of ITS sequences comparison with isolates test were found one difference base at 465. The results of D1/D2 sequence comparison did not find the difference of sequences base, and analysis of multi Gene sequence showed the isolated test had a similarity with C. krusei CBS 5147 which sensitive fluconazole. Phylogeny of the region ITS and D1/D2 showed the isolates test was C. krusei. Identification six isolates based on analysis phenotypes and analysis of molecular was C. krusei."

"Ikan mujair (Oreochromis mossambicus) merupakan salah satu jenis ikan air tawar dari famili Cichlidae dan genus Oreochromis yang memiliki bentuk adaptasi serta tingkat toleransi yang tinggi terhadap kondisi habitatnya, misalnya pada tingkat salinitas yang tinggi. Danau Laut Mati Oemasapoka di Perairan Pulau Rote merupakan salah satu danau air asin yang menjadi habitat ikan mujair. Penelitian ini dilakukan untuk mengetahui hubungan kekerabatan spesies ikan mujair yang diperoleh dari Danau Laut Mati Oemasapoka dengan ikan mujair dari danau air tawar, Danau Ledulu yang berada pada perairan yang sama dengan melakukan identifikasi molekuler menggunakan metode DNA barcoding dengan gen CO1. Tahapan DNA barcoding terdiri atas ekstraksi DNA, amplifikasi gen CO1 melalui reaksi PCR, dan sekuensing. Hasil penelitian menunjukkan gen CO1 mampu mengidentifikasi bahwa ikan mujair yang hidup di danau air asin, Danau Laut Mati Oemasapoka merupakan jenis spesies yang sama dengan ikan mujair yang hidup di danau air tawar, Danau Ledulu dengan persentase kemiripan sebesar 99,53—100%. Rekonstruksi pohon filogenetik yang dibentuk dengan metode Maximum Likelihood, model evolusi Kimura 2-Parameter, dan uji bootstrap 1000x menunjukkan bahwa ikan mujair dari Danau Laut Mati Oemasapoka dan Danau Ledulu berada dalam satu klade yang sama dengan jarak genetik sebesar 0,000—0,004. Analisis keragaman haplotipe dari ikan mujair yang diperoleh dari Danau Laut Mati Oemasapoka dan Danau Ledulu terdapat satu haplotipe dengan nilai keragaman sebesar 0,0824. Rendahnya nilai keragaman haplotipe tersebut dapat disebabkan karena ikan mujair Danau Laut Mati Oemasapoka dan Danau Ledulu memiliki tingkat migrasi yang rendah.

---

Tilapia fish (Oreochromis mossambicus) is one type of freshwater fish from the family Cichlidae and genus Oreochromis which has a form of adaptation and a high level of tolerance to habitat conditions, for example at high salinity levels. Dead Sea Lake Oemasapoka, Rote Island is one of the saltwater lakes that is a habitat for tilapia fish. This study was conducted to determine the relationship between tilapia species obtained from Dead Sea Lake Oemasapoka and tilapia fish from freshwater lake, Lake Ledulu which are in the same waters by conducting molecular identification using DNA barcoding method with CO1 gene. The DNA barcoding stages consist of DNA extraction, CO1 gene amplification through PCR reactions, and sequencing. The results of this study indicate that the CO1 gene is able to identify that tilapia fish that live in saltwater lakes, Dead Sea Lake Oemasapoka are the same species as tilapia fish that live in freshwater lakes, Lake Ledulu with a similar percentage of 99,53-100%. Reconstruction of the phylogenetic tree using the Maximum Likelihood method Kimura 2-Parameter evolution model, and 1000x bootstrap test showed that tilapia fish from Dead Sea Lake Oemasapoka and Lake Ledulu were in the same clade with a genetic distance of 0.000-0.004. Analysis of haplotype diversity of tilapia fish obtained from Dead Sea Lake Oemasapoka and Lake Ledulu there is one haplotype with a diversity value of 0.0824. The low value of this haplotype diversity can be caused by a low migration rate."

"Benzimidazole (BZ) resistance to gastrointestinal nematodes in small ruminants (sheep and goat) has become a significant problem worldwide. Evidences of anthelmintic resistance to albendazole in Indonesia has been reported from some government owned farms in West Java, Central Java, and Yogyakarta. Previous study on the sheep parasite H. contortus had shown that the BZ resistance was related to selection for individuals in a population possesing a spesific β-tubulin isotype 1 gene. The study is aimed to determine mutation on coding region of central part of β-tubulin isotype 1 gene of H. contortus resistant strain from Indonesia. Seven H. contortus worms were isolated from four BZ resistant sheep from two government farms (SPTD Trijaya, Kuningan, West Java, and UPTD Pelayanan Kesehatan Hewan, Bantul, Yogyakarta), and from a BZ susceptible sheep from Cicurug, Sukabumi, West Java. DNA was extracted individually from female H. contortus worms. A fragment of 520 bp β-tubulin isotype 1 gene exon 3, 4, 5 was amplified using the PCR technique and then sequenced. The results showed that a single mutation occurred in codon 200 (from phenilalanine to tyrosine) had caused benzimidazole resistance in H. contortus from SPTD Trijaya, Kuningan, West Java. Mutation in β-tubulin isotype 1 gene of H. contortus from UPTD Pelayanan Kesehatan Hewan, Yogyakarta, occurred in codon 198 (from glutamate to glycine), codon 201 (from cystein to stop codon), and codon 202 (from isoleucyne to stop codon). "

"ASBTRAKRuang Lingkup dan Cara Penelitian: Di Indonesia kasus infeksi oleh cacing Echinostoma spp. belum banyak dilaporkan, tetapi di beberapa tempat tertentu ditemukan secara endemi. Infeksi pada manusia terjadi secara kebetulan, yaitu bila manusia makan keong air yang mengandung metaserkaria dalam keadaan mentah atau setengah matang.Tujuan umum penelitian ini adalah ingin mengetahui keadaan infeksi cacing Echinostoma spp. pada keong Bellamya javanica (Vivi para javanica) yang merupakan sumber infeksi bagi manusia di Indonesia. Sejumlah 2500 keong telah dikumpulkan, dan secara acak dipilih 500 ekor untuk dilakukan pembedahan dan pemeriksaan metaserkaria.Metaserkaria yang dikumpulkan diinfeksikan terhadap mencit putih. Telah diinfeksi 30 ekor mencit- putih, masing-masing dengan 150 ekor metaser karia. Untuk keperluan identifikasi, cacing dewasa yang tumbuh dalam usus mencit dikumpulkan, kemudian dipulas dengan teknik pulasan 'trichrome' yang dimodifikasi.Hasil dan Kesimpulan: Pada penelitian ini didapatkan angka infeksi metaserkaria Echinostoma, spp. setinggoi 100 % pada keong B. javanica. Rata-rata tiap keong mengandung 802 ekor metaserkaria. Infektivitas metaserkaria pada mencit cukup Tinggi, yaitu dari 30 ekor mencit terdapat 27 ekor {90%) positif, sedangkan jumlah produksi seluruhnya 133 ekor cacing. Jadi tiap mencit rata-rata mengandung 9 ekor cacing.Hasil identifikasi spesies diperoleh 75 ekor (56,4%) E. recurvatum, 24 ekor (18,0%) E. ilocanum, dan 10 ekor (7,6%) E. revolutum; lainnya 24 ekor (18,0%) tidak dapat diidentifikasi. Dengan demikian dapat dikimpulkan bahwa keong B. javanica merupakan hospes perantara II cacing Echinostoma spp. yang sesuai dan berperan sebagai sumber infeksi potensial bagi manusia.

---

ABSTRACT

Scope and Method of Study: Cases of echinostomiasis are rarely reported in Indonesia, but in some places endemic foci have been found and are considered as of . public health importance. Human infections occurred accidentally, and man got the infection by way of consuming raw or half cooked snails which contained metacercariae. The general objective of this study is to know whether Echinostoma spp. larvae found in B. javanica (Vivipara javanica) snails are the potential source of infection for man in Indonesia. In this study 2500 snails were collected, and 500 snails were randomly selected for dissecting and searching for metacercariae. Experimental infection of 30 white mice were then carried out with 150 metacercariae for each mouse. For species identification, adult worms were stained by a modified trachoma staining technique.

Findings and Conclusions: The infection rate of Echinostoma in B. javanica was found to be 100 %, with a mean number of 802 metacercariae for each snail. The infectivity of metacercariae for white mice is quite high: of 30 mice infected, 27 (90%) were positive. A total of 133 adult worms were found; the worms found in each mouse varied from 1 - 27, with a mean of 5 worms per mouse. Identification results: 75 (56.5%) were identified as E. recurvatum, 24 (18.2%) E. ilocanum, 10 (7.6%) E. revolutum, and 24 (18.2%) could not be identified. Thus, based on this evidence, the snail B. javanica could be considered as a potential host for Echinostoma spp."

"Porin OmpF merupakan Outer Membrane Protein (OMP) yang berperan dalam transport pasif berbagai senyawa dan sering diasosiasikan dengan sifat resistensi antibiotik. Gen ompF pengkode porin OmpF kerap dipelajari pada spesies Escherichia coli. Kejadian resistensi antibiotik bakteri seperti pada E. coli menjadi salah satu masalah utama dalam dunia kesehatan, sehingga studi mengenai gen ompF pada bakteri E. coli sangat penting dilakukan. Belum adanya laporan mengenai profil gen ompF pada E. coli resistensi di Indonesia menyebabkan perlunya dilakukan penelitian ini. Penelitian ini bertujuan untuk mendapatkan data karakteristik gen ompF yang mengkode porin OmpF pada isolat klinis E. coli serta kepekaannya terhadap antibiotik. Sebanyak 21 sampel E. coli resisten yang diinokulasi di Jakarta, Indonesia dikelompokkan menjadi 3 variabel fenotip. DNA isolat diekstraksi menggunakan kit ekstraksi QIAamp® DNA Mini Kit (50), lalu gen ompF diamplifikasi menggunakan primer spesifik dengan metode PCR konvensional dan dilanjutkan dengan sekuensing. Gen ompF isolat dibandingkan dengan gen ompF strain E. coli ATCC 25922 secara bioinformatik, meliputi mutasi serta pohon filogenetiknya. Diketahui bahwa hampir seluruh sampel E. coli patogen mengalami mutasi pada deret asam nukleat dimana sebagian besar mutasi yang terjadi merupakan silent mutation. Mutasi gen ompF tingkat asam amino terjadi pada nomor 48, 51, 52, 60, 115, 224, 225, 226, 229, 306, dan 307. Namun mutasi-mutasi tersebut tidak mempengaruhi sifat fenotipik resistensi. Analisis pohon filogenetik juga menunjukkan bahwa sampel dengan sifat fenotip yang sama tidak mengelompok menjadi clade yang sama secara garis evolusi.

---

Porin OmpF is an Outer Membrane Protein (OMP) that plays role in passive transport of various compounds and is often associated with antibiotic resistance. The ompF gene encoding the OmpF porin is frequently studied in Escherichia coli species. The incidence of bacterial antibiotic resistance like E. coli is one of the main problems in the world of health, so the study of the ompF gene in E. coli is very important. The absence of reports on the ompF gene profile in E. coli resistance in Indonesia has led to the need for this research. This study aims to obtain data on the characteristics of the ompF gene encoding the OmpF porin in clinical isolates of E. coli and its sensitivity to antibiotics. A total of 21 samples of E. coli inoculated in Jakarta, Indonesia were grouped into 3 phenotypic variables. The DNA then was extracted using the QIAamp® DNA Mini Kit (50) extraction kit, then the ompF gene was amplified using specific primers with conventional PCR method and proceeded to sequencing. The ompF gene of the isolates were compared with the ompF gene of the E. coli ATCC 25922 strain bioinformatically, including mutations and its phylogenetic tree. It is known that almost all samples of those E. coli have mutations in the nucleic acid sequences where most of theem are silent mutations. Amino acid level of ompF gene mutations occurred at numbers 48, 51, 52, 60, 115, 224, 225, 226, 229, 306, and 307. However, these mutations did not affect the phenotypic characteristics of resistance. The phylogenetic tree analysis also showed that samples with the same phenotypic traits did not clustered into a same clade evolutionarily"