Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"ABSTRAKComplex air sample extracts were prefractionated on acidic- and basic-buffered silica. Compound overlap between acidic and basic polar substance (e.g. substituted polycylyc aromatic hydrocarbons) was greatly reduced, facilitating identification by gas chromatography-mass spectrometry. Furthermore, additional information on compound acidity and polarity is obtained, which helps to characterize compounds with identical electron-impact mass spectra but different structures."

"Talasemia adalah suatu penyakit kelainan darab yang diturunkan secara resesif dan orang tua kepada anaknya, Pada talaseinia terjadi ketidakseimbangan rasio antara rantai globin or dan rantai globin B, sehingga ada rantai globin yang tidak berpasangan. Presipitasi rantai globin yang tidak berpasangan pada membran dapat mengakibatkan otooksidasi membran sel darah merah penderita talasemia. Salah satu penelitian yang telah dilakukan melaporkan adanya peningkatan pembentukan malondialdehid, penunman kadar asam lemak tak jenuh jamak Serta texjadinya ikatan lintas silang antar protein mernbran sel darah merah talasemia akibat oksidasi. Perubahan komponen protein membran sel darah merah talasemia merupakan salah satu faktor yang mengakibatkan destruksi dini sel darah merah talasemia. Oleh karena itu, penelitian ini berrujuan menganalisis perbedaan pola protein membran sel darah merah talasemia dan sel clarah merah normal. Analisis pola protein membran dilakukan dengan teknik elektroforesis dan imunokirnia pada sampel sel darah merah normal, sel darah rnerah talasemia pernah transfusi dan sel darah merah talasemia belum pernah transfusi baik dengau maupun tanpa pemberian beban oksidatif. Hasil dan Kesimpulan, Perbedaan pola protein membran sel darah merah normal dan sel darah merah talasemia terutama dapat dilihat pada pita 3. Perubahan protein pita 3 pada membran sel darah merah talasemia disebablcan oleh oksidasi. Oksidasi protein pita 3 ini akan mengakibatkan degradasi protein pita 3. Analisis pola protein membran secara imunokimia tidak dapat dilakukan dengan menggunakan antibodi antighosl normal. Antibodi yang digunakan hendaknya merupakan suatu anttbodi terhadap salah satu komponen protein membran."

"Rekayasa genetika adalah proses yang melibatkan perubahan struktur genetik suatu organisme dengan menghilangkan, memasukkan, atau memodifikasi materi genetik yang terdapat pada objek yang dituju. Salah satu teknik rekayasa genetika adalah pengeditan gen. Metode pengeditan gen yang paling populer saat ini adalah CRISPR-Cas9 yang merupakan singkatan dari clustered regularly interspaced short palindromic repeat-associated protein 9. Penelitian ini mengkaji aktivitas Cas9 dengan sgRNA dari bakteri Geobacillus kaustophilus secara in silico dan in vitro. Pada percobaan in silico digunakan metode molecular docking untuk mengkaji interaksi biomolekuler dengan variasi sgRNA yaitu spacer 10, 20, 30 nt; repeat 16, 25, 36 nt; dan tracrRNA 63, 98, 140 nt. Didapatkan hasil bahwa perubahan panjang spacer, repeat, dan tracrRNA dapat mempengaruhi tingkat besar afinitas pengikatan yang terbentuk dalam kompleks YebF-Cas9-sgRNA dari Geobacillus kaustophilus. Panjang optimal dari hasil molecular docking secara afinitas dan posisi yaitu pada variasi spacer 30 nt dengan repeat 16 nt dan tracrRNA 98 nt serta besar afinitas pengikatan –419,24 kkal/mol. Sedangkan pada percobaan in vitro, enzim Cas9 rekombinan dilakukan fusi enzim pembawa YebF dan diuji aktivitasnya menggunakan metode gel elektroforesis dengan variasi suhu inkubasi pada 30°C dan 50°C serta variasi konsentrasi enzim yaitu 9,4 μM dan 20,1 μM. Dari hasil gel elektroforesis, belum dapat hasil yang signifikan baik dalam uji aktivitas, pengaruh variasi suhu, maupun pengaruh variasi konsentrasi enzim.

---

Genetic engineering is a process that involves changing the genetic structure of an organism by removing, inserting, or modifying genetic material contained in the target object. One of the genetic engineering techniques is gene editing. The most popular gene editing method today is CRISPR-Cas9 which stands for clustered regularly interspaced short palindromic repeat-associated protein 9. This study examines the activity of Cas9 with sgRNA from the bacteria Geobacillus kaustophilus in in silico and in vitro way. In the in silico experiment, the molecular docking method was used to study biomolecular interactions with variations in sgRNA, namely spacer 10, 20, 30 nt; repeat 16, 25, 36 nt; and tracrRNA 63, 98, 140 nt. The results showed that changes in the length of the spacer, repeat, and tracrRNA can affect the level of binding affinity formed in the YebF-Cas9-sgRNA complex from Geobacillus kaustophilus. The optimal length of the molecular docking results in terms of affinity and position is in the variation of 30 nt spacer with 16 nt repeat and 98 nt tracrRNA and the binding affinity is –419.24 kcal/mol. While in the in vitro experiment, the recombinant Cas9 enzyme was fused with the YebF carrier enzyme and its activity was tested using the gel electrophoresis method with variations in incubation temperature at 30°C and 50°C and variations in enzyme concentration (9.4 μM and 20.1 μM). From the results of gel electrophoresis, there are no significant results were obtained in the activity test, the effect of temperature variations, or the effect of enzyme concentration variations."

"Bakteriosin telah dikenal sebagai polipeptida kecil yang memiliki aktivitas antimikroba dan disintesis oleh banyak bakteri. Pada penelitian sebelumnya, ditemukan adanya tiga peptida dengan motif glisin ganda yang diduga bakteriosin dalam Weissella confusa MBF8-1. Ketiga bakteriosin tersebut telah berhasil diklon pada Bacillus subtilis DB403. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui ekspresi dan karakterisasi peptida rekombinan bakteriosin, khususnya Bac1 menggunakan metode elektroforesis Sodium Dodecyl Sulphate Polyacrilamide Gel (SDS - PAGE). Bacillus subtilis DB403 dibiakkan dan diinduksi dengan Xylosa untuk melihat ekspresi peptida rekombinan. Kemudian sel diresupensi dan dipurifikasi dengan Kolom Afinitas HisTrap FF 5 mL yang diikuti dengan liofilisasi. Karakterisasi diamati menggunakan SDS - PAGE dan dikonfirmasi menggunakan uji aktivitas antimikroba yang menunjukkan konsentrasi hambat minimal (KHM). Bakteri indikator yang digunakan adalah Leuconstoc mesenteroides TISTR120. Adanya gen bac1 dibuktikan dengan Polymerase Chain Reaction menggunakan plasmid sebagai template dan pasangan primer spesifik. Berdasarkan terjadinya misfolding dan agregasi yang disebabkan adanya penambahan Histidin tag pada bac1, peptida Bac1 tidak berhasil dikarakterisasi menggunakan SDS - PAGE. Fraksi elution buffer Bac1 menunjukkan adanya pita tunggal pada ukuran 96 kDa. Sedangkan prediksi kalkulasi berat molekul menggunakan sekuens asam amino menunjukkan bobot molekul Bac1 adalah 4,9 kDa. Hasil Uji KHM tidak menunjukkan aktivitas potensial Bac1 sebagai bakteriosin tunggal.

---

Bacteriocin is a well-known ribosommally synthesized polypeptide by many bacteria, which has antimicrobial effect. In a previous study, three putative double glycine motive peptide encoded in Weissella confusa MBF8-1. These putative bacteriocins were cloned in Bacillus subtilis DB403. This study aims to observe expression and characterization recombinant bacteriocin, in particular Bac1 using Sodium Dodecyl Sulphate Polyacrilamide Gel (SDS - PAGE) method. B.subtilis DB403 was cultivated and induced with xyllose to observe the expression of recombinant peptide. Then, cell was resuspended and purified with HisTrap FF Affinity Column 5 mL, followed by lyophilization. Characterization was done by SDS ? PAGE and was confirmed by antimicrobial activity assay performing Minimum Inhibitory Concentration (MIC). Indicator bacteria used was Leuconostoc mesenteroides TISTR120. The existence of bac1 gene has been proved by Polymerase Chain Reaction (PCR) using plasmid as template and specific primer pairs. It is assumed that due to malfolding and aggreggation caused by Histidin tag added to bac1 gene, Bac1 peptide cannot be succesfully characterized by SDS - PAGE. Analysis of Bac1 fraction from elution buffer step resulted a single band at 96 kDa. While, predictive calculation of molecular weight by Bac1 amino acid sequence is 4.9 kDa. MIC assay result did not show potential activity of Bac1 as a single bacteriocin."

"Biomachining merupakan teknologi micromachining alternatif yang memanfaatkan makhluk hidup yaitu bakteri untuk melakukan pemesinan seperti pemotongan pada benda kerja. Proses biomachining dapat diperbarui terus menerus tanpa menimbulkan dampak negative yang signifikan pada lingkungan. Ditambah lagi, biomachining memiliki biaya pengoperasian yang rendah karena bakteri dapat dikultur atau dikembangbiakkan secara terus menerus. Berdasarkan keunggulan-keunggulan tersebut, biomachining menjadi pilihan penulis untuk membuat pipa kalor, khususnya adalah pembuatan sumbu kapiler yang merupakan salah satu komponen dari pipa kalor. Pipa kalor tersebut dibuat dengan tujuan untuk menghasilkan performa capillary pumping yang lebih baik dari penelitian sebelumnya. Benda kerja yang dibuat menjadi pipa kalor adalah 4 buah foil tembaga dengan ketebalan 0,1 mm, 4 buah pipa tembaga dengan diameter ¼ inchi dan juga 4 buah pipa tembaga dengan diameter 3/8 inchi. Benda kerja yang dilakukan biomachining hanya 3 buah foil dengan variasi yaitu tanpa pola, pola lurus dan juga pola miring. Selain itu, pipa tembaga yang berukuran ¼ inchi juga dilakukan biomachining pada permukaan luarnya. Setelah semua proses selesai, benda kerja tersebut digulung menjadi 3 lapisan yaitu lapisan terdalam adalah pipa ¼ inchi, lapisan tengah foil tembaga dan lapisan terluar adalah pipa 3/8 inchi. Pipa kalor lalu diuji untuk mencari koefisien capillary pump-nya. Hasil terbaik yang didapatkan adalah sampel dengan foil tanpa pola yang dilakukan biomachining dan pipa tembaga yang juga dilakukan biomachining dengan nilai koefisien 0,828 g/s. Nilai koefisien tersebut lebih baik dibandingkan penelitian oleh Fitriana, namun masih kurang baik apabila dibandingkan dengan nilai koefisien oleh penelitian Ariantara.

---

Biomachining is an alternative micromachining technology that utilizes living things, namely bacteria to perform machining processes such as cutting on the workpiece. With the use of living things, the biomachining process can be renewed continuously without causing significant negative impacts on the environment. In addition, biomachining has low operating costs because bacteria can be cultured or bred continuously. Based on these advantages, biomachining is the author's choice to make a workpiece, namely a heat pipe, specifically the manufacture of a capillary wick which is one of the components of the heat pipe. The heat pipe was made with the aim of producing better capillary pumping performance than previous research. The workpieces that were made into a heat pipe were 4 pieces of copper foil with a thickness of 0.1 mm, 4 pieces of copper pipe with a diameter of ¼ inch and 4 pieces of copper pipe with a diameter of 3/8 inch. The workpieces that were biomachined are only 3 pieces of foil with variations such as without pattern, straight pattern, and oblique pattern. In addition, the ¼ inch copper pipe was also biomachined on its outer surface. After all the processes are completed, the workpiece was rolled into 3 layers, namely the innermost layer is ¼ inch pipe, the middle layer is copper foil, and the outermost layer is 3/8-inch pipe. The heat pipe is then tested to find the capillary pump coefficient. The best result obtained was the sample with foil without pattern that was biomachined and copper pipe that was also biomachined with a coefficient value of 0.828 g/s. The coefficient value is better than the research by Fitriana, but still less good when compared to the coefficient value by Ariantara's research."

"Elektroforesis merupakan peristiwa pergerakan molekul¬molekul kecil yang dibawa oleh muatan listrik akibat adanya pengaruh medan listrik. Peristiwa ini dimanfaatkan pada bidang kedokteran untuk menggerakan DNA, dimana pergerakan DNA ini berfungsi untuk mengidentifikasikan DNA. Teknik identifikasi seperti ini biasa disebut dengan kromatografi, yaitu proses pemisahan suatu campuran senyawa. Dimana DNA dengan fragmen pendek akan bermigrasi lebih jauh dibanding fragmen DNA yang lebih panjang. Dengan begitu fragmen DNA akan terpisah dari molekul lain yang tercampur bersamanya. Akan tetapi arus listrik yang digunakan untuk membuat fragmen DNA bermigrasi dapat menimbulkan panas, yang kemudian akan diterima gel agarosa. Panas berlebih ini harus dihindari karena dapat menyebabkan AgaroseGelelectrophoresistidak dapat beroperasi sebagaimana mestinya. Tujuan dari penelitian ini adalah mengembangkan alat elektroforesis yang sudah ada, dikombinasikan dengan termoelektrik, guna menyerap kalor yang dihasilkan oleh AgaroseGelelectrophoresis. Alat pembuang kalor yang digunakan pada sisi panas termoelektrik adalah heatpipedan heatsink. Temperature larutan TAE terendah yang berhasil dicapai dalam eksperimen ini adalah 10,75˚C dengan nilai COP 0,51. Hasil dari penelitian ini menunjukan bahwa penggunaan termoelektrik pada alat elektroforesis ini dapat digunakan sebagai sistem pendinginan AgaroseGelelectrophoresis.

---

Electrophoresis is phenomenon of molecule movement which brought by electric current. This phenomenon used by medical sector to move the DNA, which the movement of DNA function is to identify the DNA. This identification method called by cromatograph. Cromatograph is separation of mixing compound. The short fragment of DNA will move farther than the long one. As a consequence the DNA fragment will separate from another molecule. But then the current of eletricity which use to move the DNA fragmen can produce heat. Overheated must be avoided because that bringing on AgaroseGelelectrophoresisdo not operate very well. The objective of this experiment is to improve electrophoresis device, which is combined with thermoelectric. The function of thermoelectric to absorb the heat that AgaroseGelelectrophoresisproduce. On the hot side of thermoelectric the writer put heat ejector (heat pipe and heat sink). The lowest temperature of TAE solution that reached in this experiment is 10,75˚C with COP 0,51. The result of this experiment is the application of thermoelectric can be use as cooling system in AgaroseGelelectrophoresis."

"Senyawa adenosin fosfat bervariasi jumlah gugus fosfatnya yakni adenosin monofosfat (AMP), adenosin difosfat (ADP) dan adenosin trifosfat (ATP). Untuk mendeteksi ketiga jenis senyawa secara simultan, dikembangkan sistem elektroforesis menggunakan detektor elektrokimia dengan elektroda boron-doped diamond. AMP, ADP dan ATP dalam bufer fosfat pH 7 memiliki kesamaan potensial oksidasi sekitar +0,93 Volt (vs. Ag/AgCl). Potensial yang sama juga ditemukan pada oksidasi adenin dan adenosin, yang mengindikasikan bahwa reaksi oksidasi terjadi pada gugus adenin. Elektroforesis kapiler dilakukan menggunakan kapiler fused silica(d: 0,05 mm). Dengan mengaplikasikan potensial 10 Kvolt, AMP, ADP dan ATP dapat dipisahkan dengan waktu retensi berturut-turut 1439 detik, 1202 detik dan 848 detik. Linieritas dapat dicapai untuk ketiga senyawa tersebut dengan batas deteksi beruturut-turut yakni 0,5946 μM, 0,5619 μM and 1,7795μM. Hasil tersebut menunjukkan bahwa elektroforesis berdetektor elektrokimia dapat digunakan untuk deteksi simultan senyawa adenosin fosfat AMP, ADP dan ATP.

---

Adenosine phosphates were varied with the number of phosphate groups, including adenosine monophosphate (AMP), adenosine diphosphate (ADP), and adenosine triphosphate (ATP). In order to detect them simultaneously, a capillary electrophoresis coupled with electrochemical detection using boron-doped diamond electrode is developed. AMP, ADP and ATP in phosphate buffer pH 7 have similar oxidation potentials at around +0.9 V (vs. Ag/AgCl). This potential is also similar to that of adenin and adenosine, indicated that the oxidation occurred at adenin moiety.

Capillary electrophoresis, which was then performed using fused silica capilar (d: 0,05 mm) at an appied potentials of 10 KVolt can separate the adenosine phosphate AMP, ADP and ATP with the retention times of 848 s, 1202 s, and 1439 s, respectively. Liniear calibration curve can be achieved with the limits of detection of 0,5946 μM , 0,5619 μM and 1,7795μM, respectively the result shows that electrophoresys with electrochemical detector is promising for simultaneous detection of adenine phosphates."

"Adsorpsi polielektrolit pada suatu permukaan zat padat merupakanfenomena yang menarik untuk diamati karena dapat diaplikasikan untukpembuatan lapisan film yang mempunyai luas permukaan lebin besar_Limban deterjen memiliki komponen yang sulit terdegradasi di alam_ Selamaini belum ada metode yang cukup efisien dan signifikan untuk mendegradasilimban deterjen_ Penelitian ini memberikan usulan model untuk mengatasilimban deterjen dengan metode adsorpsi film polielektrolit po/y(a//y/aminehydrochloride) (PAH) pada susbtrat zeolit C/inopti/o/ite. Pembuatan adsorbenPIVIZ (Po//mer Modiiied Zeo/it) memvariasikan konsentrasi PAH, derajatkeasaman (pH) dan kuat ion. Didapatkan konsentrasi optimum padakonsentrasi PAH 5x1O'5 mmol/L, pH optimum pada pH 2 dan konsentrasi kuation optimum pada 0_6 lVl_ dengan % PAH yang teradsorpsi sebesar 2_239%_PIVIZ kondisi optimum diaplikasikan untuk mengadsorpsi sodium dodecylsu/fate. Didapatkan nasil SDS yang mampu terserap optimum padakonsentrasi 35 mmol/L sebesar 93_93%"