Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"ABSTRAKLeukemia merupakan salah satu jenis kanker dengan jumlah kematian yang cukup tinggi. Salah satu jenis dari leukemia adalah chronic myeloid leukemia CML . Penyakit ini dapat dideteksi dengan kehadiran gen BCR-ABL. Protein ini yang menyebabkan fosforilasi beberapa molekul sehingga dapat mengakibatkan CML. Oleh sebab itu, protein ini dapat dijadikan sebagai target penting dalam penemuan obat utuk leukemia, khususnya jenis CML. Metode yang digunakan pada penelitian secara in silicoini adalah metode penapisan virtual berbasis farmakofor pharmacophore-basedvirtual screening dan Protein-Ligan Interaction Fingerprint PLIF . Senyawa inhibitor yang digunakan adalah senyawa in vitroyang diunduh dari pangkalan data ZINC15. Penelitian ini akan melakukan penambatan molekul molecular docking terhadap inhibitor pada sisi aktif protein target. Selanjutnya, senyawa inhibitor terbaik akan dilakukan uji farmakologi dan uji efek kesehatan untuk dapat dijadikan sebagai kandidat obat. Hasil dari penelitian ini didapatkan 3 ligan senyawa in vitro yang dapat dijadikan kandidat obat terbaik untuk menginhibisi gen BCR-ABL pada protein ABL1 Kinase.

---

ABSTRACTLeukemia is one type of cancer with high number of deaths. Chronic myeloid leukemia CML is one type of leukemia. BCR ABL is a gene that can be a biomarker for this disease. This protein causes the phosphorylation of some molecules that cause CML. Therefore, this protein can be an important target in the discovery of drugs for leukemia, especially CML. Pharmacophore based virtual screening and Protein Ligand Interaction Fingerprint PLIF is the method that we used in this research. We downloaded the inhibitor from ZINC15 database and then we do a molecular docking simulation to know the protein ligand interaction. In the last step, we do a pharmacological properties test and health effects get to be used as drug candidates. The results of this study obtained 3 ligand of in vitrocompounds that can be used as the best drug candidate to inhibit the BCR ABL gene in the ABL1 Kinase protein."

"Senyawa yang berperan sebagai inhibitor HDAC kelas IIa telah banyak dikembangkan sebagai obat antikanker, antiinflamasi, penyakit Huntington, human papiloma virus dan antidiabetes. Senyawa inhibitor HDAC antara lain golongan hydroxamic acid, peptida siklik, asam alifatik dan benzamide. Metode yang digunakan untuk mencari senyawa inhibitor HDAC kelas IIa salah satunya adalah melalui pendekatan farmakofor 3D berbasis ligan. Senyawa aktif HDAC4 dan HDAC7 dibuat ke dalam dataset training dan test untuk pembuatan dan validasi model farmakofor 3D berbasis ligan menggunakan LigandScout 4.09.1. Model farmakofor terbaik digunakan untuk penapisan virtual terhadap database herbaldb. Senyawa hit yang diperoleh selanjutnya dilakukan penambatan molekul menggunakan AutoDock4Zn, simulasi dinamika molekuler dan perhitungan nilai MMGB/PBSA menggunakan AMBER12. Berdasarkan hasil validasi model farmakofor 3D berbasis ligan, dipilih model farmakofor terbaik yaitu model 6 dan 10 HDAC4 dan model 1 HDAC7. Berdasarkan hasil penapisan virtual diperoleh 6 senyawa hit yaitu artocarpesin, avicularin, dimboa glucoside, eriodictin, luteolin dan mirabijalone c. Proses simulasi dinamika molekul selama 10ns menunjukan bahwa senyawa yang memiliki aktivitas terbaik yaitu senyawa artocarpesin HDAC4 , mirabijalone c dan eriodictin HDAC7. Asam amino esensial HDAC4 meliputi Asp196, Asp290 dan His198 untuk interaksi ZBG. Asam amino esensial HDAC7 meliputi Asp707, Asp801 dan His709 untuk interaksi ZBG.

---

Currently, compounds as the inhibitor of HDAC class IIa are developed as anticancer, antiinflammation, Huntington disease, human papilloma virus and antidiabetes. Inhibitor compounds of HDAC are mainly divided into hydroxamic acid, cyclic peptide, aliphatic acid and benzamide. 3D pharmacophore ligand based approached was used to found inhibitor compounds of HDAC class IIa. Active compounds of HDAC4 and HDAC7 were divided into training and test dataset for build and validation of 3D pharmacophore ligand based models using LigandScout 4.09.1. The best pharmacophore model, was used for virtual screening against herbaldb database. After this steps, hit compounds would be docking using AutoDock4Zn, molecular dynamic simulation, and MMGB PBSA calculation score using AMBER12. Based on the results of 3D model validation pharmacophore based ligand, selected models are models of best pharmacophore 6 and 10 HDAC4 and model 1 HDAC7. Based on the results of virtual screening, 6 hit compounds were obtained such as artocarpesin, avicularin, dimboa glucoside, eriodictin, luteolin and mirabijalone c. Molecular dynamics simulation process for 10ns indicate that the compound has the best activity are artocarpesin for HDAC4, mirabijalone c and eriodictin for HDAC7. Essential amino acids for HDAC4 include Asp196, Asp290 and His198 for ZBG interactions. Essential amino acids for HDAC7 include Asp707, Asp801 and His709 for ZBG interaction."

"ABSTRAKKanker kolorektal tetap menjadi ancaman kesehatan dunia dengan menyumbang sekitar 1-2 juta kasus baru dan 600.000 kasus kematian per tahun. Jalur pensinyalan Hedgehog Hh memiliki peran penting dalam mekanisme dan pembentukan kanker kolorektal. Protein Sonic Hedgehog Shh adalah protein Hh yang paling banyak dipelajari karena diekspresikan oleh beberapa jaringan dan secara umum dapat diaplikasikan pada homolog Hh lainnya. Dalam penelitian ini, sebanyak 56.336 senyawa terpenoid diseleksi melalui berbagai metode komputasi menggunakan metode virtual screening berbasis farmakofor, simulasi molecular docking, dan simulasi molecular dynamic untuk menentukan potensi inhibisi terhadap protein Shh. Dari hasil simulasi molecular docking, sepuluh ligan telah dipilih berdasarkan energi ikat bebas Gibbs Gbinding dan interaksi molekuler yang terbentuk selama pembentukan kompleks terpenoid-Shh. Tiga senyawa terpenoid, yaitu arganine J, asiaticoside A, dan clinoposide A, menunjukkan afinitas pengikatan yang sangat tinggi terhadap protein Shh karena senyawa tersebut memiliki ?Gbinding yang lebih rendah dari ligan standar robotnikinin. Selain itu, hasil ADME-Tox, bioaktivitas, bioavailabilitas, dan hasil uji farmakologi yang diperoleh pada senyawa ini memiliki aktivitas biologis dan farmakologi yang lebih baik daripada senyawa terpenoid lainnya. Kemudian, setelah dilakukan simulasi molecular dynamic, diketahui bahwa senyawa terbaik Clinoposide A bersifat stabil terhadap perubahan pelarut, temperatur, dan interaksi protein-ligan.

---

ABSTRACTColorectal cancer remains as the global health burden, which accounts for roughly 1 2 million new cases and 600,000 deaths per year. Hedgehog Hh signaling pathway has an imperative role in the mechanism and formation of colorectal cancer. Sonic hedgehog Shh protein is the most studied Hh protein because it is expressed by several tissues and experiments with Shh protein are generally applicable to other Hh homologs. In the present study, about 56,336 terpenoid compounds were screened through various computational methods using pharmacophore based virtual screening and molecular docking simulation to determine their inhibitory potency against Shh protein. From molecular docking simulation results, about ten ligands have been selected according to their Gibbs free binding energies Gbinding and the molecular interactions that formed during the formation of the terpenoid compound Shh complex. Three terpenoid compounds, namely arganine J, asiaticoside A, and clinoposide A, shown a very high binding affinity toward Shh protein due to their lower Gbinding than robotnikinin, the standard ligand. Moreover, ADME Tox, bioactivity, bioavailability, and pharmacology test results revealed that these compounds have better biological and pharmacological activity than the other terpenoid compounds. After a molecular dynamic simulation, it is known that the best compound Clinoposide A is stable against changes in solvent, temperature, and protein ligand interaction."

"SIRT1 merupakan salah satu dari tujuh sirtuin manusia SIRT1-7 yang termasuk dalam HDAC kelas III. Sejumlah penelitian tentang SIRT1 telah banyak dibuktikan berperan dalam regulasi metabolisme seluler serta sering dihubungkan dengan pathogenesis penyakit seperti kanker dan penyakit nuerodegeneratif. Untuk menemukan kandidat obat yang baik beberapa menggunakan metode in silico sebagai tool yang cepat dalam menganalisis aktifitas biologis obat secara virtual.Metode in silico dalam penelitian ini dimulai dari penapisan virtual, penambatan molekul dan simulasi dinamika molekuler yang menggunakan database herbal Indonesia untuk menemukan senyawa kandidat yang berpotensi sebagai inhibitor SIRT1.Hasilnya diperoleh ada enam senyawa kandidat dari database Herbal Indonesia yang memiliki potensi sebagai inhibitor SIRT1 yaitu 5-oxocoronaridine, 3-oxocoronaridine, 5-hydroxy-6-oxocoronaridine, dregamine, isovoacristine dan tabernaemontanine.Hasil penambatan molekul senyawa kandidat terhadap dua makromolekul SIRT1 PDB ID: 4I5I dan 4ZZI menunjukkan nilai pengikatan energi bebas senyawa kandidat mendekati dan lebih tinggi dari senyawa ligand co-kristal. Dari analisis simulasi dinamika molekuler diperoleh energi bebas MMPBSA di atas -21 kkal/ mol sedangkan occupancy ikatan hidrogen residu Ile347 dan Asp348 diatas 80 .

---

SIRT1 is one of seven human sirtuins SIRT1 7 are included in class III of HDAC. A number studies of SIRT1 has been widely demonstrated a role in the regulation of cellular metabolism and linked to pathogenesis of diseases such as cancer and neurodegeneratif diseases. To find a good drug candidates could using in silico methods as a quick tool in analyzing the biological activity of drugs virtually.In silico methods in this research started from a virtual screening, docking and molecular dynamics simulations that use Indonesian herbal database to find potential candidate compounds as SIRT1 inhibitor.The result was obtained there are six candidates compound of Indonesian Herbal database that has potential as SIRT1 inhibitor that is 5 oxocoronaridine, 3 oxocoronaridine, 5 hydroxy 6 oxocoronaridine, dregamine, isovoacristine and tabernaemontanine.Docking results shown that molecule candidate compounds against two of macromolecules SIRT1 PDB ID 4I5I and 4ZZI have value of the candidate compound binding free energy approach and higher than the co crystal ligands. From the analysis of molecular dynamics simulations obtained free energy MMPBSA about 21 kcal mol while occupancy hydrogen bonding of residues Ile347 and Asp348 about 80 ."

"Inhibitor Dipeptidil peptidase 4 (DPP-4) merupakan salah satu golongan obat anti diabetes oral yang bekerja menghambat DPP-4 dalam menginaktivasi GLP-1 yang umumnya terjadi secara cepat. Namun, karena masih sedikit variasi obat antidiabetes golongan inhibitor DPP-4, membuka peluang untuk ditemukannya senyawa lain yang berfungsi sebagai inhibitor DPP-4. Studi ini bertujuan untuk mempelajari analisis penambatan molekul senyawa turunan arilmetilamin dengan DPP-4 dan menemukan parameter farmakofor yang optimum untuk proses selanjutnya yaitu, menemukan senyawa kandidat dari turunan arilmetilamin sebagai inhibitor DPP-4. Proses penambatan molekul dilakukan menggunakan software Autodock terhadap senyawa turunan arilmetilamin pada salah satu makromolekul kokristal DPP-4. Parameter farmakofor yang optimum didapatkan dari software LigandScout. Fitur farmakofor yang dihasilkan dari 33 senyawa turunan arilmetilamin divalidasi menggunakan test set yang terdiri dari senyawa actives dan decoy yang didapatkan dari DUD-E. Sebanyak 33 senyawa turunan arilmetilamin yang diuji dengan metode penambatan molekul menunjukan interaksi dengan triad katalitik (Glu 205, Glu 206, Ser 630) dari DPP-4 dan memiliki energi ikatan yang baik (G) yaitu dibawah-8,00 kkal/mol. Model farmakofor terbaik dengan nilai model farmakofor 0,9666 yang divalidasi dengan 1.079 active dan 41.373 decoy menghasilkan nilai parameter EF1% = 3,1, EF5% = 3,1, dan AUC100% = 0,50. Nilai tersebut di bawah parameter yang terdapat DUD-E. Oleh karena itu, dapat disimpulkan bahwa senyawa turunan arilmetilamin memiliki potensi sebagai inhibitor DPP-4 terbukti dari analisis interaksi yang terjadi dalam penambatan molekul, namun belum didapatkan fitur farmakofor yang optimum untuk proses penemuan senyawa kandidat senyawa turunan arilmetilamin sebagai DPP-4 inhibitor.

---

Dipeptydil Peptidase 4 (DPP-4) inhibitor is a class of oral antidiabetic drugs that works to inhibit activity of DPP-4 in process of inactivating GLP-1 which occurs quickly. However, there are few variations of antidiabetic drugs in that class, it opens up opportunities for other compounds to be developed as DPP-4 inhibitors. This study aims to learn about molecular docking analysis of arylmethylamine derivatives with DPP-4 and to find the optimum pharmacophore parameter for the next process. Therefore, this study can found lead compound from arylmethylamine derivatives as DPP-4 inhibitors. The molecular docking process was carried out using Autodock software. Meanwhile, the optimum pharmacophore parameters were obtained from LigandScout software. The pharmacophore features produced from arylmethylamine derivative compounds were validated using test set, consisting of actives and decoy compounds obtained from DUD-E. Molecular docking of 33 arylmethylamine derivative compounds show interactions with the catalytic triad (Glu 205, Glu 206, Ser 630) from DPP-4 and have good value of energy bond(G) which is below -8.00 kcal/mol. The best pharmacophore model with a value of scoring model pharmacophore 0.9666 was validated with 1,079 active and 41,373 decoys. This validation produced parameter values EF1% = 3.1, EF5% = 3.1, and AUC100% = 0.50 which are still below with parameters shown at DUD-E site. These results conclude that arylmethylamine derivatives have potential as DPP-4 inhibitors as showed by the interaction analysis that occurs in molecular docking, but the optimum pharmacophore feature has not been obtained for the process of finding arylmethylamine derivative lead compounds as DPP-4 inhibitors."

"Latar Belakang: Keberhasilan terapi Imatinib Mesylate (IM) pada pasien Leukemia Granulositik Kronik (LGK) di Indonesia berbeda dari yang dilaporkan di luar negeri. Diduga karena adanya faktor-faktor lain yang memengaruhi keberhasilan terapi tersebut. Salah satu faktor yang diduga berpengaruh adalah telah terjadinya mutasi gen BCR-Abl sebelum pemberian terapi. Adanya mutasi diperkirakan akan memengaruhi pencapaian CHR bulan ke-3, -6 dan -12, serta MMR bulan ke-18. Metoda: Penelitian nested case control yang dimulai sejak tanggal 1 September 2009 hingga setidaknya 18 bulan pengamatan (waktu untuk melakukan evaluasi, yaitu tercapai atau tidaknya MMR), dilakukan terhadap 88 pasien yang telah dinyatakan positif menderita LGK. Terhadap seluruh subjek penelitian diberikan terapi IM dengan dosis 400 mg sehari. Hasil Penelitian: Pada penelitian ini diikutsertakan 88 pasien, dengan subjek lelaki 55 orang (62,5 %) dan perempuan 33 orang (37,5 %). Untuk mendeteksi mutasi gen BCR-Abl dan selanjutnya dilakukan sekuensing, dari 88 pasien di atas yang berhasil diperiksa hanya 44 pasien. Kaitan antara mutasi gen BCR-Abl hanya bemakna dengan CHR bulan ke-6, tetapi sangat bermakna dengan MMR. Ditemukan 8 jenis mutasi pada 7 pasien pada daerah P-loop dan di luar P-loop, tidak terlihat adanya mutasi yang dominan. Rerata usia pasien adalah 39 tahun, 42 berusia ≥ 39 tahun dan 46 pasien < 39 tahun. Risiko Sokal pada saat pertama kali dilakukan diagnosis, adalah sebagai berikut: low 39,8 %, intermediate 22,7 %, dan high 37,5 %. Berdasarkan pemeriksaan BMP, perincian fase adalah sebagai berikut: kronik 72,7 %, akselerasi 23,9 % dan krisis blastik 3,4 %. Median lama sakit didapatkan nilai 2 bulan. Sebanyak 73,9 % pasien telah mendapat terapi awal dengan HU, sebelum mendapat IM. Berdasarkan lama pemberian HU sebelum terapi IM, sebanyak 27,3 % pasien mendapatkan terapi HU ≥ 6 bulan. Semua faktor-faktor di atas tidak tebukti mempunyai hubungan bermakna dengan pencapaian MMR. Setelah pemberian IM dilakukan evaluasi CHR 3 bulan, 6 bulan, dan 12 bulan. Terbukti adanya hubungan antara pencapaian CHR pada bulan ke-3, ke-6, dan ke-12, dan antara CHR bulan ke-3, ke-6, maupun ke-12 dengan MMR. Belum dapat diformulasikan faktor prediksi untuk pencapaian MMR bulan ke-18, namun mutasi gen BCR-Abl dan pencapaian CHR bulan ke-3 dan ke-12 sangat kuat keterkaitannya dengan pencapaian MMR, sehingga dapat digunakan sebagai prediktor keberhasilan terapi. Simpulan: Mutasi gen BCR-Abl yang dideteksi di awal terapi, cenderung berperan dalam perjalanan klinis pasien LGK di Indonesia. Keberhasilan pencapaian CHR bulan ke-3, dan ke-12 berperan sebagai faktor prediktor untuk tercapainya MMR bulan ke-18.

---

Background: The success of Imatinib Mesylate (IM) therapy in patients with Chronic Myeloid Leukemia (CML) in Indonesia is different from abroad. Allegedly there are other factors that influence the success of the treatment. One of the factors suspected is the occurrence of mutation in BCR-Abl gene prior to therapy. Mutation is expected to affect the achievement of CHR in –the 3rd, -6th and -12th months, and MMR in the -18th month. Methods: nested case-control study, started September 1th 2009 until at least 18 months of observation (time to perform the evaluation, namely whether the MMR were achieved or failed), carried out to 88 patients who were proven positive suffered from CML through cytomorphology examination of bone marrow aspirate and qualitative PCR method. All research subjects were given IM therapy dosage 400 mg daily. Results: This study included 88 patients, with 55 male (62.5 %) and 33 female (37.5 %). To detect BCR-Abl gene mutations and continued with sequencing test, from 88 patients recruited, only 44 patients were succeeded performing the test. The correlation between mutation and CHR only significant for CHR 6 months, but the result from MMR was very significant. We found 8 mutations out of 7 patients at P-loop and outside P-loop region, no predominant mutation that was recorded. The mean age of patients was 39 years, 42 were aged ≥ 39 years and 46 were < 39 years. Sokal's risk at the first diagnosis, were as follows: low 39.8 %, intermediate 22.7 %, and high 37.5 %. Based on BMP examination, details of the phases were as follows: chronic 72.7 % patients, acceleration 23.9 % patients and blastic crisis of 3.4 %. Patients. Median duration of illness obtained at a value of 2 months 60.2 % patients had duration of illness ≥ 2 months and 39.8 % patients < 2 months. A total of 73.9 % patients had received initial therapy with hydroxyurea, before given IM. Based on the duration of HU prior IM therapy 27.3 % patients received hydroxyurea therapy ≥ 6 months. All the above mentioned factors were not proven to have significant relationship with the achievement of MMR. After IM administration, CHR evaluated every -3rd, -6th, and 12th months. It was proven that the achievement CHR in the -3rd, -6th, and - 12th month, besides between CHR in the -3rd, -6th and -12th month with MMR. Yet the achievement of CHR in the-3rd and -12th months were strongly related to the achievement of MMR, with the result it can be used as the single predictor of successful therapy. Conclusions: BCR-Abl’s gene mutation that was detected at the early of therapy, tend to play a role in the success therapy of IM in Indonesia. The success of the achievement of CHR of the -3rd and -12th month played a role as a factor of predictor for the achievement of MMR in the -18th month. "

"Diabetes melitus telah menjadi masalah yang terjadi pada masyarakat perkotaan saat ini. Menurut International Diabetes Federation (IDF), prevalensi global diabetes mellitus pada tahun 2017 pada rentang usia 18-99 tahun adalah 451 juta orang dan akan terus meningkat sehingga terapi diabetes mellitus saat ini membutuhkan obat-obatan yang dapat memberikan efek farmakologis yang baik, namun tidak menimbulkan efek samping yang berlebihan. Salah satu jenis golongan obat yang digunakan dalam pengobatan diabetes mellitus adalah inhibitor DPP-4. Terdapat penelitian yang mengembangkan obat golongan inhibitor DPP-4 menggunakan senyawa turunan pirolidin amida dengan nilai IC50, namun tidak terdapat interaksi antara turunan pirolidin amida dengan fitur DPP-4 dan farmakofor untuk skrining virtual dalam pemilihan kandidat obat. Pada penelitian ini dilakukan analisis penambatan molekul senyawa turunan pirolidin amida yang merupakan kandidat inhibitor diabetes melitus tipe DPP-4 dengan aplikasi AutoDock, kemudian senyawa hasil tethering tersebut digunakan sebagai training set untuk optimasi optimasi berbasis farmakofor. penyaringan virtual menggunakan database dari situs Database of Useful Decoys: Enhanced (DUD-E) pada aplikasi Ligand Scout. Hasil tethering turunan pirolidin amida pada makromolekul 5T4B menggunakan 248 senyawa diperoleh 86 senyawa yang berpotensi sebagai inhibitor DPP-4. Senyawa ini memiliki energi ikatan lebih rendah dari -8.00 kkal/mol dan berinteraksi dengan situs triad katalitik yang terdiri dari S1 (Ser630, Asn710 dan His740), S2 (Glu205 dan Glu206) dan beberapa senyawa yang berinteraksi dengan S3 (Val207, Ser209). , Phe357 dan Arg358). Hasil optimasi virtual screening menghasilkan nilai AUC kurva ROC sebesar 51% dan EF sebesar 5,7. Hasil penelitian ini menunjukkan bahwa senyawa turunan pirolidin amida berpotensi sebagai inhibitor DPP-4, namun belum ditemukan fitur farmakofor yang dapat digunakan untuk mencari kandidat senyawa inhibitor DPP-4.

---

Diabetes mellitus has become a problem that occurs in urban communities today. According to the International Diabetes Federation (IDF), the global prevalence of diabetes mellitus in 2017 in the age range of 18-99 years was 451 million people and will continue to increase so that current diabetes mellitus therapy requires drugs that can provide good pharmacological effects. , but does not cause excessive side effects. One type of drug class used in the treatment of diabetes mellitus is a DPP-4 inhibitor. There are studies that develop DPP-4 inhibitor class drugs using pyrrolidin amide derivative compounds with IC50 values, but there is no interaction between pyrrolidin amide derivatives with DPP-4 features and pharmacophores for virtual screening in the selection of drug candidates. In this study, an analysis of the molecular tethering of pyrrolidin amide derivative compounds which is a candidate for DPP-4 type diabetes mellitus inhibitor candidate was carried out with the AutoDock application, then the tethered compound was used as a training set for pharmacophore-based optimization. virtual screening using a database from the Database of Useful Decoys: Enhanced (DUD-E) website on the Ligand Scout application. The results of tethering of pyrrolidin amide derivatives on 5T4B macromolecules using 248 compounds obtained 86 compounds that have the potential as DPP-4 inhibitors. This compound has a bond energy lower than -8.00 kcal/mol and interacts with a catalytic triad site consisting of S1 (Ser630, Asn710 and His740), S2 (Glu205 and Glu206) and several compounds that interact with S3 (Val207, Ser209). , Phe357 and Arg358). The results of the virtual screening optimization resulted in the AUC value of the ROC curve of 51% and the EF of 5.7. The results of this study indicate that pyrrolidin amide derivatives have the potential as DPP-4 inhibitors, but pharmacophore features have not been found that can be used to search for candidates for DPP-4 inhibitor compounds."

"Latar Belakang: Leukemia Granulositik Kronik (LGK) fase kronik merupakan salah satu penyakit keganasan hematologi yang diagnosis definitifnya ditegakkan menggunakan pemeriksaan baku emas sitogenetika untuk mendeteksi Kromosom Philadelphia dan/ atau Reverse Transcriptase Polymerase Chain Reaction (RT-PCR) BCR-ABL untuk mendeteksi transkrip gen BCR-ABL. Berdasarkan pengamatan, pasien-pasien LGK fase kronik di Poliklinik Hematologi-Onkologi Medik Departemen Ilmu Penyakit Dalam RSUPN dr. Cipto Mangunkusumo yang telah menjalani pemeriksaan sitogenetika dan/ atau RT-PCR BCR-ABL akan menunjukkan: LGK Ph (+)/ BCR-ABL (+) dan LGK bentuk kelainan Ph/ BCR-ABL lainnya. Tujuan: Mengetahui gambaran klinis dan laboratorium hematologis LGK fase kronik, proporsi LGK Ph(+)/BCR-ABL(+), serta bagaimana perbandingan dan hubungan gambaran klinis dan laboratorium hematologis antara LGK Ph (+)/ BCR-ABL (+) dengan LGK bentuk kelainan Ph/ BCR-ABL lainnya. Metode: Studi potong lintang. Sampel penelitian diambil dengan metode consecutive. Analisis menggunakan uji Chi-square dan regresi logistik. Hubungan antar variabel dinyatakan bermakna apabila nilai p<0,05. Hasil: Dari 80 subjek LGK fase kronik: rerata usia 39,4 ± 13,1 tahun. Perbandingan pria : wanita = 1 : 1. Keluhan subjek yang simtomatik : asimtomatik = 83,8% : 16,2%. Keluhan yang simtomatik adalah: perut bengkak, lemas, begah, keringat malam, dan benjolan di perut. Pemeriksaan fisik splenomegali : limpa tidak teraba = 83,8% : 16,2%. Pemeriksaan laboratorium hematologis menunjukkan: rerata kadar Hb adalah 10,6 ± 1,7 g/dL, median jumlah leukosit adalah 125.710 /uL, dan median jumlah trombosit adalah 470.000/uL. Proporsi LGK Ph (+)/ BCR-ABL (+) mencapai 90%. Perbandingan gambaran klinis dan laboratorium hematologis antara LGK Ph (+)/ BCR-ABL (+) dan LGK bentuk kelainan Ph/ BCR-ABL lainnya adalah sebagai berikut: keluhan yang simtomatik 80,6% : 100 %, Splenomegali 82% : 92,3%, Median Hb 10,3 g/dL : 10,3 g/dL, Median leukosit 124.620 : 127.050, Median Trombosit 455.000 : 487.000. Hasil analisis bivariat dan multivariat menunjukkan tidak ada variabel gambaran klinis dan laboratorium hematologis yang berhubungan bermakna antara LGK Ph (+)/ BCR-ABL (+) dengan LGK bentuk kelainan Ph/ BCR-ABL lainnya. Kesimpulan: Tidak ada variabel gambaran klinis dan laboratorium hematologis yang berhubungan bermakna antara LGK Ph(+)/ BCR-ABL(+) dengan LGK bentuk kelainan Ph/ BCR-ABL lainnya.

---

Background: Chronic myeloid leukemia (CML) is one of hematological malignancy in which the gold standard of definitive diagnosis is established by cytogenetic to detect Philadelphia chromosome and Reverse Transcriptase Polymerase Chain Reaction (RT-PCR) to detect the BCR-ABL gene transcript. Based on observation, patients with chronic phase CML at policlinic Hematology-Medical Oncology Department of Internal Medicine dr. Cipto Mangunkusumo National Hospital who have been performed cytogenetic and RT-PCR BCR-ABL examination showed: Ph (+)/ BCR-ABL (+) CML and other type of Ph/ BCR-ABL CML.

Aims: To recognize the clinical features and hematological laboratories of chronic phase CML, the proportion of Ph (+)/ BCR-ABL (+) CML, and comparison & association of clinical features and hematological laboratories between Ph (+)/ BCR-ABL (+) CML and other type of Ph/ BCR-ABL CML.

Method: This is a cross-sectional study. The samples were taken by consecutive method. We used Chi-square test and logistic regression analysis. Association between variables considered significant when p value < 0.05.

Result: There were 80 subjects with chronic phase CML. Mean of age was: 39,4 ± 13,1 years. Ratio male : female = 1 : 1. Ratio symptomatic : asymptomatic = 83,8% : 16,2%. The symptoms of chronic phase CML were: abdominal swelling, fatigue, abdominal bloating, night sweat, and abdominal lump. The vast majority of subjects with chronic phase CML revealed splenomegaly (83,8%). Hematological laboratory showed: mean of Hb level was 10,6 ± 1,7 g/dL, median of white blood cell count was 125.710 /uL, and median of platelet count was 470.000/uL. The proportion of Ph (+)/ BCR-ABL (+) CML was up to 90%. The comparison of clinical features and hematological laboratories between Ph (+)/ BCR-ABL (+) CML and other type of Ph/ BCR-ABL CML were: Simptomatic features 80,6% : 100%, Splenomegaly 82% : 92,3%, Median of Hb 10,3 g/dL : 10,3 g/dL, Median of white blood cell 124.620 : 127.050, Median of thrombocyte 455.000 : 487.000. Bivariate and multivariate analysis showed no significant variables both clinical features and hematological laboratories between Ph (+)/ BCR-ABL (+) CML and other type of Ph/ BCR-ABL CML.

Conclusion: There were no variables both clinical features and hematological laboratories have a significant relationship between Ph (+)/ BCR-ABL (+) CML and other type of Ph/ BCR-ABL CML."

"Virus Ebola adalah salah satu penyakit paling mematikan di dunia, dengan hampir 29.000 kasus melaporkan dan membunuh 11.000 dari mereka, tetapi tidak ada perawatan atau vaksin yang dapat melawan penyakit ini secara efektif. Penyakit ini disebabkan oleh virus ebola (EBOV), anggota utama dari keluarga Filoviridae. Siklus hidup virus ini telah dioperasikan oleh beberapa mayor protein, salah satunya adalah protein HSP70, yang telah dikenal penting peran dalam transkripsi dan replikasi EBOV. Karena itu, targetkan protein HSP70 dapat menjadi solusi untuk mengobati penyakit patogen ini. Dalam penelitian ini, skrining virtual Produk alami Indonesia dilakukan sebagai inhibitor HSP70 EBOV. Molekuler simulasi docking dilakukan untuk menguji interaksi dan afinitas ligan obligasi dengan protein HSP70 EBOV; simulasi ini dilakukan dengan menggunakan MOE 2014.09 perangkat lunak. Hasil yang diperoleh menunjukkan bahwa penghambatan HSP70 berkurang secara signifikan Replikasi EBOV dengan menggunakan ligan senyawa bahan alami Indonesia. Itu nilai bioavailabilitas diperoleh sebesar 0,56. Ini menunjukkan bahwa obat tersebut dapat digunakan secara oral.

---

The Ebola virus is one of the deadliest diseases in the world, with nearly 29,000 cases reporting and killing 11,000 of them, but there is no treatment or vaccine that can fight this disease effectively. This disease is caused by the Ebola virus (EBOV), a major member of the Filoviridae family. The life cycle of this virus has been operated by several major proteins, one of which is the HSP70 protein, which has been recognized for an important role in the transcription and replication of EBOV. Therefore, targeting the HSP70 protein can be a solution to treat this pathogenic disease. In this study, virtual screening of Indonesian natural products was carried out as an EBP HSP70 inhibitor. Molecular docking simulation was carried out to test the interaction and affinity of bond ligands with the EBP HSP70 protein; This simulation was carried out using MOE 2014.09 software. The results obtained showed that HSP70 inhibition was significantly reduced by EBOV replication using ligands of Indonesian natural compounds. The bioavailability value was obtained at 0.56. This shows that the drug can be used orally."

"

Pada overtraining, adaptasi fisiologis menjadi tertunda atau bahkan menghasilkan suatu adaptasi yang patologis, salah satunya efek pada sistem kardiovaskuler. Penelitian ini bertujuan menilai pengaruh overtraining dan efek pemberian H. Sabdariffa L (HSL) pada kondisi overtraining terhadap indeks hipertrofi, kadar BNP dan PGC-1α jantung tikus. Penelitian ini menggunakan 25 ekor tikus jantan dewasa strain Wistar (Rattus-norvegicus), yang dibagi secara acak menjadi lima kelompok, yaitu kelompok kontrol yang diberi perlakuan placebo (K), kelompok kontrol yang diberi HSL 500mg/kgBB/hari (K-Hib), kelompok tikus dengan latihan aerobik (A), kelompok tikus dengan latihan fisik dengan kondisi overtraining (OT), serta kelompok tikus dengan latihan fisik dengan kondisi overtraining dan HSL 500mg/kgBB/hari (OT-Hib). Perlakuan dilakukan lima kali seminggu, selama 11 minggu. Indeks hipertrofi ditentukan dengan menghitung rasio berat jantung/berat badan, berat ventrikel/berat badan, dan berat ventrikel kiri/berat badan. Kadar BNP dan PGC-1α diukur menggunakan metode ELISA. Hasil penelitian didapatkan kelompok overtraining memiliki indeks hipertrofi dan kadar BNP jantung yang lebih tinggi, serta kadar PGC-1α jantung yang lebih rendah dibandingkan kelompok kontrol dan aerobik. Pemberian HSL pada kondisi overtraining cenderung mencegah penurunan indeks hipertrofi dan kadar BNP jantung tikus, meskipun tidak meningkatkan kadar PGC-1α jantung. Kondisi overtraining mengarahkan adaptasi jantung ke arah patologis dan tidak tertutup kemungkinan bahwa HSL memiliki potensi untuk mencegah terjadinya hipertrofi patologis.

 

Kata kunci: overtraining, H. Sabdariffa L, indeks hipertrofi, BNP, PGC-1α

---

Overtraining causes physiological adaptation becomes delayed or even produces a pathological adaptation, one of which is the effect on the cardiovascular system. The aims of this study are to elucidate the effect of overtraining and administration of H. Sabdariffa L (HSL) in overtraining condition on the hypertrophy index, levels of BNP and PGC-1α in the rats' hearts. This study used 25 Wistar (Rattus norvegicus) adult male rats, which were divided randomly into five groups, namely the control group given placebo treatment (K), the control group given HSL 500mg/kgBW/day (K -Hib), groups of rats with aerobic exercise (A), groups of rats with overtraining physical exercise (OT), and groups of rats with physical exercise overtraining and HSL 500mg/kgBB/day (OT-Hib). Treatment is done five times a week, for 11 weeks. Hypertrophy index is determined by calculated the ratio of heart weight/body-weight, ventricular weigh/body-weight, left ventricular weight/body-weight). BNP and PGC-1α levels were measured using the ELISA method. The results of this study showed that overtraining increased the hypertrophy index and heart BNP levels while reducing the levels of PGC-1α of rats compared to the control and aerobic groups. HSL administration tended to decrease the hypertrophy index and BNP levels although not increase the levels of PGC-1α in overtraining condition. Overtraining condition tend to the heart adaptation to the pathological direction and it is possible that HSL has potency to prevent pathological hypertrophy.

 

Keywords: overtraining, H. Sabdariffa L, hypertrophy index, BNP, PGC-1α

;

Diabetes mellitus merupakan penyakit yang belum dapat disembuhkan secara total, sehingga pengidap penyakit diabetes diharuskan menjalani pengobatan seumur hidup. Hal tersebut tentu akan menimbulkan efek samping bagi pasien yang menjalani pengobatan diabetes. Salah satu golongan obat antidiabetes adalah inhibitor dipeptidil peptidase-4 (DPP-4) yang bekerja dengan cara menghambat inaktivasi glucose like peptide (GLP-1). Golongan obat penghambat DPP-4 memiliki kemajuan yang pesat dalam perannya sebagai obat anti diabetes, namun variasi dari obat penghambat DPP-4 masih sedikit. Hal tersebut merupakan peluang untuk menemukan senyawa yang dapat berfungsi sebagai obat antidiabetes dengan golongan penghambat DPP-4. Pada penelitian ini dilakukan analisis interaksi senyawa turunan tetralin sulfonamida dengan makromolekul DPP-4 menggunakan program AutoDock. Selanjutnya dilakukan pencarian fitur farmakofor menggunakan program LigandScout untuk dijadikan training set yang digunakan untuk penapisan virtual berbasis farmakofor. Penapisan virtual ini divalidasi menggunakan test set yang disediakan oleh situs basis data DUD-E dengan 1.075 senyawa aktif 41.317 senyawa pengecoh. Hasil yang didapatkan adalah empat (4) dari delapan belas (18) senyawa turunan tetralin sulfonamida yang diuji, memiliki interaksi dengan triad katalitik dari makromolekul DPP-4 yaitu Ser630, Glu205, dan Glu206. Selain interaksi senyawa turunan tetralin sulfonamida dengan DPP-4, diperoleh sepuluh (10) model farmakofor dengan nilai tertinggi adalah 0,9692. Validasi tersebut menghasilkan nilai EF1% = 0,4 ; EF5% = 0,5 ; dan AUC100% = 0,45. Dapat disimpulkan bahwa beberapa senyawa turunan tetralin sulfonamida memiliki potensi sebagai inhibitor DPP-4 dilihat dari interaksi yang dihasilkan, akan tetapi belum didapatkan fitur farmakofor untuk penapisan virtual berbasis farmakofor.

---

Diabetes mellitus is a disease that cannot be completely cured, people with diabetes are required to have lifelong treatment. This will cause some side effects for patients undergoing diabetes treatment. One class of anti-diabetes drugs is a dipeptidyl peptidase-4 (DPP-4) inhibitor that works by inhibiting inactivation of glucose like peptide (GLP-1). DPP-4 inhibitor group has a rapid progress in its role as an anti-diabetic drug, but there is only a few variation of DPP-4 inhibitor drugs. This is an opportunity to find compounds that can function as antidiabetic drugs with DPP-4 inhibitors.This study aims to determine the interaction of tetralin sulfonamide derivative compounds with the DPP-4 macromolecule and find candidate compounds that are expected to have potential as anti-diabetic drugs with DPP-4 inhibitors. The process of analyzing the interaction of tetralin sulfonamide derivative compounds begins with docking of these compounds into the DPP-4 macromolecule using AutoDock. Furthermore, the discovery of pharmacophore feature was carried out using the LigandScout. This feature then was used for training set in ligand based virtual screening. This virtual screening was validated using a test set provided by the DUD-E database with 1,075 active compounds 41,317 decoys compounds. The results obtained four (4) of eighteen (18) tetraline sulfonamide derivative compounds, having interactions with catalytic triads of DPP-4 macromolecules namely Ser630, Glu205, and Glu206. In addition to the interaction of tetralin sulfonamide derivative compounds with DPP-4, ten (10) pharmacophore models were obtained with the best value being 0.9692. The validation produces an EF1% value = 0.4; EF5% = 0.5; and AUC100% = 0.45. It can be concluded that some tetralin sulfonamide derivative compounds have potential as DPP-4 inhibitors seen from the interactions produced, but the pharmacophore feature for ligand based virtual screening have not been obtained.

;

Diabetes mellitus merupakan penyakit yang belum dapat disembuhkan secara total, sehingga pengidap penyakit diabetes diharuskan menjalani pengobatan seumur hidup. Hal tersebut tentu akan menimbulkan efek samping bagi pasien yang menjalani pengobatan diabetes. Salah satu golongan obat antidiabetes adalah inhibitor dipeptidil peptidase-4 (DPP-4) yang bekerja dengan cara menghambat inaktivasi glucose like peptide (GLP-1). Golongan obat penghambat DPP-4 memiliki kemajuan yang pesat dalam perannya sebagai obat anti diabetes, namun variasi dari obat penghambat DPP-4 masih sedikit. Hal tersebut merupakan peluang untuk menemukan senyawa yang dapat berfungsi sebagai obat antidiabetes dengan golongan penghambat DPP-4. Pada penelitian ini dilakukan analisis interaksi senyawa turunan tetralin sulfonamida dengan makromolekul DPP-4 menggunakan program AutoDock. Selanjutnya dilakukan pencarian fitur farmakofor menggunakan program LigandScout untuk dijadikan training set yang digunakan untuk penapisan virtual berbasis farmakofor. Penapisan virtual ini divalidasi menggunakan test set yang disediakan oleh situs basis data DUD-E dengan 1.075 senyawa aktif 41.317 senyawa pengecoh. Hasil yang didapatkan adalah empat (4) dari delapan belas (18) senyawa turunan tetralin sulfonamida yang diuji, memiliki interaksi dengan triad katalitik dari makromolekul DPP-4 yaitu Ser630, Glu205, dan Glu206. Selain interaksi senyawa turunan tetralin sulfonamida dengan DPP-4, diperoleh sepuluh (10) model farmakofor dengan nilai tertinggi adalah 0,9692. Validasi tersebut menghasilkan nilai EF1% = 0,4 ; EF5% = 0,5 ; dan AUC100% = 0,45. Dapat disimpulkan bahwa beberapa senyawa turunan tetralin sulfonamida memiliki potensi sebagai inhibitor DPP-4 dilihat dari interaksi yang dihasilkan, akan tetapi belum didapatkan fitur farmakofor untuk penapisan virtual berbasis farmakofor.

---

Diabetes mellitus is a disease that cannot be completely cured, people with diabetes are required to have lifelong treatment. This will cause some side effects for patients undergoing diabetes treatment. One class of anti-diabetes drugs is a dipeptidyl peptidase-4 (DPP-4) inhibitor that works by inhibiting inactivation of glucose like peptide (GLP-1). DPP-4 inhibitor group has a rapid progress in its role as an anti-diabetic drug, but there is only a few variation of DPP-4 inhibitor drugs. This is an opportunity to find compounds that can function as antidiabetic drugs with DPP-4 inhibitors.This study aims to determine the interaction of tetralin sulfonamide derivative compounds with the DPP-4 macromolecule and find candidate compounds that are expected to have potential as anti-diabetic drugs with DPP-4 inhibitors. The process of analyzing the interaction of tetralin sulfonamide derivative compounds begins with docking of these compounds into the DPP-4 macromolecule using AutoDock. Furthermore, the discovery of pharmacophore feature was carried out using the LigandScout. This feature then was used for training set in ligand based virtual screening. This virtual screening was validated using a test set provided by the DUD-E database with 1,075 active compounds 41,317 decoys compounds. The results obtained four (4) of eighteen (18) tetraline sulfonamide derivative compounds, having interactions with catalytic triads of DPP-4 macromolecules namely Ser630, Glu205, and Glu206. In addition to the interaction of tetralin sulfonamide derivative compounds with DPP-4, ten (10) pharmacophore models were obtained with the best value being 0.9692. The validation produces an EF1% value = 0.4; EF5% = 0.5; and AUC100% = 0.45. It can be concluded that some tetralin sulfonamide derivative compounds have potential as DPP-4 inhibitors seen from the interactions produced, but the pharmacophore feature for ligand based virtual screening have not been obtained.

"