Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"ABSTRAKKanker payudara merupakan jenis kanker dengan prevalensi yang tinggi di dunia yang umumnya terjadi pada wanita. Kanker payudara memiliki angka tertinggi yang mencapai hingga 40 per 100.000 kasus setiap tahunnya, dan sebnayak 12,9 diantaranya dapat menyebabkan kematian. Perubahan epigenetik berperan penting dalam proses pembentukan dan penyebaran sel kanker. Metilasi DNA merupakan salah satu jenis dari perubahan epigenetik yang sering terjadi yang dapat memicu terjadinya pertumbuhan sel kanker. Metilasi DNA dikatalisis oleh enzim DNA Metiltransferase 1 DNTM1 yang dapat memindahkan gugus metil dari S-adenosil metionin SAM ke sitosin pada dinukleotida CpG. Pada penelitian ini, dilakukan penapisan virtual senyawa bahan alam sebagai inhibitor enzim DNMT1. Penapisan dilakukan terhadap 26.731 senyawa bahan alam yang diperoleh dari NCBI Pubchem databsase. Simulasi penambatan molekul dilakukan dengan menggunakan Molecular Operating Environment MOE 2014.09 untuk mendapatkan 10 ligan terbaik berdasarkan interaksi kompleks ligan-enzim dan energi bebas Gibbs. Karakteristik farmakologi meliputi sifat fsikokimia, toksisitas, karsinogenisitas-mutagenisitas serta bioaktivitas menggunakan online software maupun offline software. Uji farmakologi dilakukan untuk mengetahui karakteristik fisikokimia, toksisitas, karsinogenisitas-mutagenisitas dan bioaktivitas menggunakan software DataWarrior 4.7.2., Toxtree, Molinspiration, admetSAR dan SWISSADME. Hasil dari penelitian ini ialah terdapat 3 ligan terbaik yang berasal dari kelompok senyawa bahan alam fenolik yang terpilih berdasarkan karakteristik farmakologi yang dapat dijadikan sebagai kandidat obat untuk terapi kanker payudara.

---

ABSTRACTBreast cancer is the most prevalent cancer in woman worldwide. It has the highest number of new cases which amounted to 40 per 100,000 cases per year, 12,9 of which leads to death. Epigenetic alteration plays a vital role in the process of cancer cell formation and propagation. DNA methylation is one of the most common types of epigenetic alteration which generally leads to breast cancer DNA Methylation, a transfer the methyl group from S adenosyl methionin SAM to cytosine in the CpG dinucleotide, is catalyzed by DNMT1 enzyme. In the present study, we performed a virtual screening of natural product compounds as an inhibitors of DNMT1 enzyme. Virtual screening was conducted on 26,731 natural products obtained from the NCBI PubChem database. Three steps of rigid and one step of flexible molecular docking simulations were performed using MOE 2014.09. Through the simulations, 10 ligands based on the Gibbs free binding energies Gbinding and the ligand enzyme complex interactions were identified. Pharmacological test was conducted to observe the psychochemical, toxicity, carcinogenicity mutagenicity, and bioactivity properties by employing DataWarrior 4.7.2., Toxtree, Molinspiration, admetSAR and SWISSADME software. The results revealed that three best ligands from phenolic group were selected due to their exceptional pharmacological characteristics as the drug candidate for breast cancer therapy. "

"Hipermetilasi DNA adalah sebuah proses epigenetik abnormal yang dikatalis oleh DNA Metiltransferase dan merupakan salah satu faktor penyebab munculnya penyakit tidak menular seperti kanker, diabetes, dan penyakit gangguan metabolisme lainnya. Hipermetilasi DNA dapat dihambat dengan inhibitor DNA Metiltransferase1 (DNMTi). Penelitian ini dilakukan dengan tujuan menemukan kandidat inhibitor DNA Metiltrasnferase yang berasal dari bahan alam. Pencarian senyawa yang berpotensi sebagai inhibitor dilakukan dengan penapisan virtual terhadap basis data senyawa aktif tanaman herbal Indonesia (HerbalDB) menggunakan peranti lunak Autodock Vina. Dua puluh lima senyawa yang diketahui memiliki efek inhibisi terhadap DNMT1 digunakan sebagai kontrol positif dan sebagai referensi untuk membuat pengecoh menggunakan Directory of Useful Decoys: Enchanced. Penapisan yang dilakukan mendapatkan lima senyawa aktif yang berpotensi sebagai inhibitor DNA metiltransferase 1 yaitu Procyanidin B2, Ent-epicatechin-4alpha-8-ent-epicatechin, Epicatechin-4beta-8-epicatechin-3-o-gallate, Neorhusflavanone, dan Cyanidin-3-6''-caffeylsophoroside-5-glucoside.

---

DNA Hypermethylation is an abnormal epigenetic process catalyzed by DNA Methyltranferase 1 (DNMT1), it is also one of the factor causing non-communicable disease such as cancer, diabetes, and other metabolic disease. DNA hypermethylation can be surpressed by DNA Methyltransferase inhibitor (DNMTi). This study was conducted to obtain inhibitor candidate from natural products. The search for potential inhibitors was done by conducting a virtual screening against Indonesian Herbal Compound Database (Herbal DB) utilizing Autodock Vina as docking software. Twenty-five compunds known for their inhibitory activity against DNMT1 were used as actives and as reference for generating decoys, facilitated by Directory of Useful Decoys: Enhanced. The virtual screening yields five potential DNMT1 inhibitor, Procyanidin B2, Ent-epicatechin-4alpha-8-ent-epicatechin, Epicatechin-4beta-8-epicatechin-3-o-gallate, Neorhusflavanone, and Cyanidin-3-6''-caffeylsophoroside-5-glucoside."

"Demam berdarah (DF) merupakan virus yang ditularkan oleh nyamuk yang sudah menyebar hampir ke seluruh dunia dalam beberapa tahun ini, yaitu nyamuk Aedes sp. Penyakit demam berdarah ditandai dengan gejala demam, timbul kemerahan pada wajah, sakit perut, trombositopenia, tekanan nadi sempit, syok, dan pendarahan gastrointestinal. Hingga saat ini belum ditemukan adanya obat atau vaksin yang secara komersial digunakan untuk pengobatan orang yang terinfeksi demam berdarah dan masih menggunakan terapi yang sesuai dengan gejala demam berdarah. DENV membawa RNA sebagai materi genetiknya yang mengkode tiga protein struktural (kapsid, protein membran prM dan envelope) dan memiliki tujuh protein nonstruktural (NS), NS1, NS2A, NS2B, NS3, NS4A, NS4B, dan NS5. Tujuan dilakukannya penelitian ini adalah untuk menemukan senyawa kandidat obat menggunakan ligan yang berasal dari senyawa bahan alam sebagai inhibitor dari DENV NS5 metiltransferase yang diperoleh dari database ZINC15 menggunakan metode Fragment Based Drug Discovery (FBDD) secara in silico dengan software Molecular Operating Software (MOE 2014.9). Simulasi penambatan molekul dilakukan menggunakan protokol rigid dan induced-fit docking terhadap struktur 3-Dimensi protein NS5 metiltransferase yang diperoleh dari database Protein Data Bank (PDB). Selanjutnya dilakukan proses fragment growing untuk memperoleh ligan dengan nilai RMSD, ∆Gbinding, dan interaksi ligan yang terbaik terhadap protein target. Senyawa kandidat obat yang terpilih dilakukan uji farmakologi (ADMETOX), toksisitas, farmakokinetik menggunakan pkCSM, SwissADME dan Toxtree. Hasil penelitian ini menunjukkan dua ligan terbaik yaitu Compound 293 dan 280 yang mempunyai sifat farmakologi yang baik dan dapat menghinhibisi protein NS5 metiltransferase.

---

Dengue fever (DF) is a mosquito-borne virus that has spread almost all over the world in recent years, namely the Aedes sp. Dengue fever is characterized by fever, facial flushing, abdominal pain, thrombocytopenia, narrow pulse pressure, shock, and gastrointestinal bleeding. Until now there has not been found a drug or vaccine that is commercially used for the treatment of people infected with dengue fever and still using therapy that is in accordance with the symptoms of dengue fever. DENV carries RNA as its genetic material that encodes three structural proteins (capsid, prM membrane protein and envelope) and has seven nonstructural proteins (NS), NS1, NS2A, NS2B, NS3, NS4A, NS4B, and NS5. The purpose of this study was to find drug candidate compounds using ligands derived from natural compounds as inhibitors of DENV NS5 methyltransferase obtained from the ZINC15 database using the in silico Fragment Based Drug Discovery (FBDD) method with Molecular Operating Software (MOE 2014.9) . Molecular docking simulations were performed using a rigid protocol and induced-fit docking of the 3-Dimensional structure of the NS5 methyltransferase protein obtained from the Protein Data Bank (PDB) database. Next, the fragment growing process was carried out to obtain the best ligands with RMSD, ∆Gbinding, and ligand interactions with the target protein. The selected drug candidate compounds were tested for pharmacological (ADMETOX), toxicity, pharmacokinetics using pkCSM, SwissADME and Toxtree. The results of this study showed that the two best ligands, Compound 293 and 280, had good pharmacological properties and could inhibit NS5 methyltransferase protein."

"Checkpoint kinase 1 (Chk1) merupakan protein yang berperan dalam proses respon kerusakan DNA, yaitu mengkoordinasi respon kerusakan DNA. Chk1 terekspresi pada kanker kolorektal dan Chk1 berkontribusi dalam resistensi terapi kanker kolorektal. Chk1 mencegah masuknya sel DNA yang rusak atau tidak tereplikasi sempurna dalam tahap mitosis ketika sel ditantang oleh agen perusak DNA, seperti terapi radiasi dan agen kemoterapi. Maka dari itu, inhibisi Chk1 dapat menjadi metode untuk pengobatan kanker. HerbalDB merupakan pangkalan data yang senyawa bahan alam Indonesia yang dibuat oleh Fakultas Farmasi Universitas Indonesia. Penelitian senyawa HerbalDB yang berpotensi sebagai inhibitor Chk1 belum pernah dilakukan. Maka, dilakukan penelitian secara in silico dengan metode penapisan virtual dari pangkalan dari HerbalDB untuk mendapatkan kandidat inhibitor Chk1. Makromolekul Chk1 dengan ID 2R0U yang digunakan diperoleh dari situs RCSB PDB. Parameter yang diperoleh dari hasil optimasi dan validasi untuk melakukan penapisan virtual adalah menggunakan AutoDock dalam PyRx dengan ukuran grid box 60 x 60 x 60 dan evaluasi energi maksimum short (250.000). Dari hasil penapisan virtual, diperoleh 16 senyawa HerbalDB yang memiliki nilai ∆G terendah, yaitu (-)-Kurin, Folitenol, Mangostenon A, Rubranin, 6-Deoksoteasteron, (+)-Thalrugosin, Yamogenin, Isokondodendrin, Limasin, Isoarborinol, Sapogenin, alfa-Amirin, Neriifolin, Siklomorusin, Cassiamin C, beta-Kriptosantin dengan rentang nilai ∆G -11,34 hingga -10,01 kkal/mol. Sebagian besar senyawa tersebut berinteraksi dengan residu asam amino pada situs aktif makromolekul Chk1, yaitu Cys87, Asp148, Glu55, dan Lys38. Hasil tersebut menunjukkan bahwa 16 senyawa tersebut memiliki potensi untuk menjadi kandidat inhibitor Chk1.

---

Checkpoint kinase 1 (Chk1) is a target that plays a role in the DNA damage response process, namely coordinating the DNA damage response. Chk1 is expressed in colorectal cancer and Chk1 contributes to colorectal cancer therapy resistance. Chk1 prevents entry of damaged or incompletely replicated DNA cells in the mitotic stage when cells are challenged by DNA-damaging agents, such as radiation therapy and chemotherapeutic agents. Therefore, Chk1 inhibition could be a method for cancer treatment. HerbalDB is a database of Indonesian natural compounds. Research on HerbalDB compounds that have the potential to act as Chk1 inhibitors has never been done. Therefore, an in-silico study was conducted using a virtual screening method from the HerbalDB database to obtain candidates for Chk1 inhibitors. The Chk1 macromolecule with ID 2R0U was obtained from the RCSB PDB site. The parameters obtained from the optimization and validation results to perform virtual screening is using AutoDock in PyRx with a grid box size of 60 x 60 x 60 and a maximum energy evaluation of short (250.000). From the virtual screening, 16 HerbalDB compounds were obtained with the lowest ∆G values: (-)-Curine, Folitenol, Mangostenone A, Rubranine, 6-Deoxoteasterone, (+)-Thalrugosine, Yamogenin, Isochondodendrine, Limacine, Isoarborinol, Sapogenin, alpha-Amyrin, Neriifolin, Cyclomorusin, Cassiamin C, beta-Cryptoxanthin with ∆G values ​​ranging from -11.34 to -10.01 kcal/mol. Most of these compounds interact with the amino acid residues on the active site of Chk1, namely Cys87, Asp148, Glu55, and Lys38. These results indicate that these 16 compounds have the potential to be candidates for Chk1 inhibitors."

"Kanker leher rahim atau kanker serviks telah menjadi salah satu penyebab kematian dengan angka yang cukup tinggi tiap tahunnya di Indonesia. Oleh karena itu, penemuan akan obat anti kanker serviks yang lebih baik sangat dibutuhkan saat ini, dimana senyawa bahan alam yang berasal dari biota Indonesia diharapkan dapat menjadi salah satunya. Hal ini bertujuan untuk meningkatkan pemanfaatan sumber daya alam yang terdapat di Indonesia. Salah satu cara pengobatan kanker serviks adalah dengan menganalisis cara kerja Human Papilloma Virus (HPV), virus penyebab kanker serviks, terhadap manusia. Ternyata protein yang berasal dari HPV dapat menginduksi proses deasetilasi oleh Histone Deacetylase (HDAC) kelas II Homo sapiens, dimana deasetilasi dapat mengganggu transkripsi gen, sehingga dibutuhkan inhibitor HDAC untuk menghambat proses ini. Interaksi antara HDAC dengan inhibitor HDAC dianalisis dengan metode komputasi, lalu dilakukan penapisan berdasarkan beberapa parameter, sehingga didapatkan senyawa bahan alam dari Manado sebagai kandidat obat terbaik untuk terapi kanker leher rahim.

---

Cervical cancer has high rate of mortality in Indonesia every year. Because of that, it is important to find a better drug of anticancer for cervical cancer this time, and natural product from Indonesian biota be expected become one of a kind. It has purpose to increase the utilization of Indonesian natural resources. Cervical cancer curing can be done by analyzing the mechanism of Human Papilloma Virus (HPV), cervical cancer virus, towards human body. Evidently, HPV can induce deacetylation process by Histone Deacetylase (HDAC), deacetylation can disrupt gene transcription, and so inhibit this process by HDAC inhibitor becomes a solution. Interaction between HDAC and HDAC inhibitor can be analyzed by computation method, afterward it was screened by the parameters, with the result that Manado's natural product becomes the best drug lead for cervical cancer therapy."

"Terapi kanker kolorektal dengan menggunakan agen kemoterapi seperti 5-flourourasil, kapesitabin, irinotekan, leukovorin, dan oksaliplatin memiliki permasalahan terkait tingkat toksisitasnya yang tinggi, selain itu agen kemoterapi bekerja secara tidak spesifik pada target tertentu yang dapat merusak sel-sel normal sehingga diperlukan obat yang bekerja secara selektif pada reseptor tertentu. Berdasarkan beberapa penelitian mengenai kanker kolorektal, telah ditemukan sebuah reseptor yang terlibat pada mekanisme kanker kolorektal. Reseptor tersebut adalah TNIK (TRAF2 dan NCK-interacting Kinase ). Penelitian ini bertujuan untuk menemukan kandidat inhibitor TNIK yang berasal dari senyawa bahan alam Indonesia yang diprediksi memiliki potensi untuk menghambat sel kanker kolorektal . Senyawa bahan alam yang berasal dari pangkalan data HerbalDB dilakukan penapisan virtual terhadap reseptor target TNIK (TRAF2 dan NCK-interacting Kinase ) dengan ID 5AX9 pada situs RSCB PDB. Penapisan virtual dilakukan menggunakan program AutoDock yang telah divalidasi sebelumnya menggunakan senyawa pengecoh. Program penambatan AutoDock divalidasi menggunakan parameter EF dan AUC. Grid box yang dipilih berdasarkan hasil validasi, yakni grid box 60 x 60 x 60 dengan evaluasi energi maksimal sebesar 250.000 (Short). Berdasarkan hasil penapisan virtual, diperoleh sepuluh senyawa yang memberikan nilai ΔG terbaik, yaitu Mutatokrom, Anteraksantin, Mangostenon a, Violaksantin, Morusin, Kriptokrom, Erikristagallin, (+)-Talrugosin, Kasiamin c, Stigmastanol. Nilai energi pengikatan yang diberikan dari kesepuluh senyawa tersebut berada pada rentang -11,17 – 9,79 kkal/mol sehingga dapat disimpulkan bahwa sepuluh senyawa hasil penelitian tersebut dapat dijadikan sebagai kandidat inhibitor TNIK.

---

Colorectal cancer therapy using chemotherapeutic agents such as 5-flourouracil, capecitabin, irinotecan, leucovorin, and oxaliplatin has problems related to its high level of toxicity, besides that chemotherapeutic agents don’t work specifically on certain targets so that they can damage normal cells, so the drugs that work selectively on certain receptors are needed . Based on several studies about colorectal cancer, a receptor has been found which is involved in colorectal cancer mechanism. This receptor is TNIK (TRAF2 and NCK-interacting Kinase). The aim of this research is to find candidates for TNIK inhibitors derived from Indonesian natural compounds which are predicted to have the potential to inhibit colorectal cancer cells. Natural compounds derived from the HerbalDB database were subjected to virtual screening using TNIK as a target receptor (TRAF2 and NCK-interacting Kinase ) ID 5AX9 obtained on the RSCB PDB site. Virtual screening was done using an AutoDock program that had been previously validated using actives and decoys compounds. The AutoDock program was validated using the parameters of EF and AUC. The grid box which was used in virtual screening using AuotoDock based on the validation results is 60 x 60 x 60 with a maximum energy evaluation 250,000 (Short). Based on the results of virtual screening, ten compounds which gave the best ΔG values were Mutatochrome, Antheraxanthin, Mangostenone a, Violaxanthin, Morusin, Cryptochrome, Erycristagallin, (+)-Thalrugosine, Cassiamin c, Stigmastanol. The binding energy values ​​given from the ten compounds were in the range of -11.17 to 9.79 kcal/mol so it can be concluded that the ten compounds from the virtual screening results could be proposed as candidate TNIK inhibitors."

"Kanker kolorektal adalah kanker yang terletak pada rektum atau kolon dengan sel-sel yang berkembang dengan tidak terkendali. Obat kanker untuk kanker kolorektal memiliki beberapa kelemahan seperti kurangnya spesifitas dan dapat terjadinya resistensi, sehingga perlu dikembangkan terapi target untuk mengurangi kelemahan tersebut. Berbagai penelitian dilakukan untuk merancang obat yang dapat mentarget protein yang berkaitan dengan perkembangan kanker kolorektal, salah satunya adalah Matrix Metalloproteinase-9. Penghambatan dari protein tersebut memungkinkan untuk menghambat penyebaran kanker, sehingga pencarian senyawa penghambat Matrix Metalloproteinase-9 menarik untuk dilakukan. Penelitian dapat dilakukan dengan memanfaatkan metode penapisan virtual. Tujuan dari penelitian ini adalah mendapatkan 10 senyawa kandidat dengan potensi menjadi inhibitor Matrix Metalloproteinase-9. Penapisan virtual dapat digunakan untuk melakukan pencarian senyawa kandidat inhibitor dari basis data HerbalDB. Berdasarkan hasil penapisan didapatkan 10 peringkat senyawa terbaik berdasarkan energi ikatan bebas dan pose pengikatan yaitu Cassiamin C (-11,1 kkal/mol), Sikloartokarpesin (-10,9 kkal/mol), Prunin 6”-p-kumarat (-10,9 kkal/mol), Isookaninrhamnosida (-10,5 kkal/mol), 5,7,3',4'-tetrahidroksiflavanon 7-alfa-l-arabinofuranosil-(1-6)-glukosida (-10,3 kkal/mol), Kuwanon T (-10,3 kkal/mol), Boesenbergin B (-10,2 kkal/mol), Sianidin 3-arabinosida (-10,2 kkal/mol), Morusin (-10,2 kkal/mol), dan Dehidropipernonalin (-10,1 kkal/mol). Hasil tersebut menunjukkan senyawa memiliki potensi untuk menghambat Matrix Metalloproteinase-9

---

Colorectal Cancer is located on the colon or the rectum of the patient with uncontrolled cell growth. Cancer drugs for colorectal cancer have several weaknesses such as lack of specificity, so it is necessary to develop targeted therapies to reduce these weaknesses. Various research were done to design a drug with purpose of targeting the protein in which is related to the growth of colorectal cancer, one of them being Matrix Metalloproteinase-9. Inhibition of Matrix Metalloproteinase-9 possibly inhibits the spread of colorectal cancer, therefore a research to find candidates is appealing. Research can be done by using the virtual screening method. The purpose of this study is to obtain 10 candidate compounds with the potential to inhibit Matrix Metalloproteinase-9. Virtual screening method is used to search for candidate compounds from HerbalDB database. Based on the screening results, the best compound rankings based on the free bond energy and binding pose were obtained, namely Cassiamin C (-11,1 kkal/mol), Cycloartocarpesin (-10,9 kkal/mol), Prunin 6”-p-coumarate (-10,9 kkal/mol), Isookaninrhamnoside (-10,5 kkal/mol), 5,7,3',4'-tetrahydroxyflavanone 7-alpha-l-arabinofuranosyl-(1-6)-glucoside (-10,3 kkal/mol), Kuwanon T (-10,3 kkal/mol), Boesenbergin B (-10,2 kkal/mol), Cyanidin 3-arabinoside (-10,2 kkal/mol), Morusin (-10,2 kkal/mol), dan Dehydropipernonaline (-10,1 kkal/mol). The results indicate potential candidates to inhibit Matrix Metalloproteinase-9."

"iNOS merupakan enzim yang diketahui terekspresi pada sel kanker kolorektal dan dapat mempengaruhi tumorigenesis kanker kolorektal dengan cara menghasilkan Nitrat Oksida (NO) dalam jumlah banyak, sehingga memicu terbentuknya p53 mutan. Tingginya prevalensi kanker kolorektal di Indonesia dan beberapa efek samping serius yang dihasilkan dari pengobatan kanker kolorektal melalui kemoterapi, menjadikan pencarian senyawa lain yang dapat bekerja secara spesifik dalam menginhibisi iNOS perlu dilakukan sebagai upaya dalam mencegah tumorigenesis dan perkembangan kanker kolorektal. Penelitian kali ini bertujuan untuk memperoleh kandidat inhibitor iNOS dari senyawa bahan alam Indonesia pada HerbalDB beserta interaksinya terhadap residu asam amino pada situs aktif iNOS yang dilakukan dengan metode penapisan virtual menggunakan makromolekul iNOS (PDB ID: 3E7G), serta parameter penambatan berupa grid box berukuran 15 x 15 x 15 Å dengan exhaustiveness 8 dan num mode 9 yang diujikan pada Vina Wizard di dalam PyRx. Berdasarkan hasil penapisan virtual, diperoleh 32 senyawa bahan alam Indonesia dengan ∆G terendah (-11,2 hingga -10,0 kkal/mol), yaitu Eriodiktin, Epigalokatekin, 5,7,2',4'-Tetrahidroksiisoflavon-8-C-glukosida Isookaninrhamnosida, Kuersetin-3-(6''-galloilgalaktosida), Derhamnosilmaysin, 5-Hidroksi-7,8-dimetoksiflavon, 5-Hidroksi-7,8-dimetoksiflavon-5-glukosida, 3'-Deoksiderhamnosilmaysin, Isoorientin, Jasmolakton-D, 3'-O-Metilmaysin, 5,7,3',4'-Tetrahidroksiflavanon-7-alfa-L-arabinofuranosil-(16)-glukosida, Galokatekin-3'-O-galat, Isoetin-7-glukosida, Sojagol, 2''-O-Galloilisoviteksin, Luteolin-7-(2''-p-kumaroilglukosida), Luteolin-7-apiosil-(12)-glukosida, Orientanol-C, Rubranin, 2''-O-alfa-L-Rhamnosil-6-C-fukosil-3'-metoksiluteoin, Daidzein, Prunin-6''-p-kumarat, Strigol, (-)-Kubebin, 3'-Deoksimaysin, Karthamon, Mirisetin-3-robinobiosida, Ovalikalkon, Torvanol-A dan Wogonin-5-glukosida. Selain itu, Glu377, Gln263, Tyr347, Arg266, Arg388, dan Hem901 diketahui menunjukkan adanya interaksi dengan sebagian besar senyawa yang diujikan. Oleh karena itu, dapat disimpulkan bahwa 32 senyawa bahan alam Indonesia dengan ∆G terendah tersebut adalah kandidat senyawa inhibitor iNOS yang menunjukkan interaksi dengan residu asam amino pada situs aktif iNOS, yaitu Glu377, Gln263, Tyr347, Arg266, Arg388, dan Hem901.

---

iNOS is an enzyme that expressed in colorectal cancer cell and can affect colorectal cancer tumorigenesis by producing large amounts of Nitric Oxide (NO), thus triggering the formation of mutant p53. The high prevalence of colorectal cancer in Indonesia and some of the side effects of chemotherapy make it necessary to search for other compounds that can specifically inhibit iNOS as an effort to prevent tumorigenesis and the development of colorectal cancer. This research aimed to obtain the candidates of iNOS inhibitor from Indonesian natural compounds in HerbalDB and its interaction towards amino acid residues in iNOS active site by virtual screening method using iNOS macromolecules (PDB ID: 3E7G), docking parameters with a grid box of 15 x 15 x 15 Å, exhaustiveness 8 and num mode 9, which were tested on Vina Wizard in PyRx. Based on the result of virtual screening, there are 32 Indonesian natural compounds with the lowest ∆G (-11,2 to -10,0 kcal/mol), namely Eriodictin, Epigallocatechin, 5,7,2',4'-Tetrahydroxyisoflavone-8-C-glucoside, Isookaninrhamnoside, Quercetin-3-(6''-galloylgalactoside), Derhamnosylmaysin, 5-Hydroxy-7,8-dimethoxyflavone, 5- Hydroxy-7,8-dimethoxyflavone-5-glucoside, 3'-Deoxyderhamnosylmaysin, Isoorientin, Jasmolactone-D, 3'-O-Methylmaysin, 5,7,3',4'-Tetrahydroxyflavanone-7-alpha-L- arabinofuranosyl-(16)-glucoside, Gallocatechin-3'-O-gallate, Isoetin-7-glucoside, Sojagol, 2''-O-Galloylisovitexin, Luteolin-7-(2''-p-coumaroylglucoside), Luteolin-7- apiosyl-(12)-glucoside, Orientanol-C, Rubranine, 2''-O-alpha-L-Rhamnosyl-6-C- fucosyl-3'-methoxyluteoiin, Daidzein, Prunin-6''-p-coumarate, Strigol, (-)-Cubebin, 3'-Deoxymaysin, Carthamone, Myricetin-3-robinobioside, Ovalichalcone, Torvanol-A, and Wogonin-5-glucoside. Moreover, Glu377, Gln263, Tyr347, Arg266, Arg388, and Hem901 were known to show an interaction with most of the compounds tested. In conclusion, that 32 Indonesian natural compounds with the lowest ∆G are the candidates of iNOS inhibitor and interacts amino acid residues in iNOS active site, specifically Glu377, Gln263, Tyr347, Arg266, Arg388, and Hem90l."

"B-Cell Lymphoma (BCL) 2 merupakan protein yang berperan penting pada regulasi apoptosis atau kematian sel terprogram. BCL 2 berperan dalam mempengaruhi permeabilitas mitokondria untuk pelepasan sitokrom C untuk menginduksi terjadinya apoptosis dengan mengaktifkan caspase 3 pada sel kanker kolorektal. Pengobatan kanker kolorektal dapat memberikan efek samping resistensi obat sehingga terjadi penghambatan kematian sela tau apoptosis.  Penelitian ini bertujuan untuk mendapatkan senyawa kandidat inhibitor Apoptosis Regulator BCL 2, dilakukan secara studi in silico dengan metode penapisan virtual terhadap senyawa bahan alam yang terdapat pada pangkalan data HerbalDB, menggunakan makromolekul dengan PDB ID 4MAN dari laman RCSB PDB. Parameter terbaik yang didapatkan dari proses optimasi dan validasi yang digunakan dalam proses penapisan virtual adalah menggunakan program AutoDock Vina dalam PyRx dengan ukuran grid box 22,5 Å x 22,5 Å x 22,5 Å, nilai Exhaustiveness 8, dan num modes 9. Proses penapisan virtual menghasilkan 10 senyawa dengan afinitas penambatan terbaik, yaitu Luteolin 7-(2''-p-kumaroilglukosida) (-10,6 kkal/mol), Yuehchukene (-10,4 kkal/mol), (13z)beta,beta-Karoten (-10,3 kkal/mol), beta-Karoten (-10 kkal/mol), Oksidentosida (-10 kkal/mol), Kriptokrom (-9,9 kkal/mol), Prunin 6''-p-koumarat (-9,9 kkal/mol), alfa-Karoten (-9,8 kkal/mol), gamma-Karoten (9,7 kkal/mol), dan Proantosianidin A1 (9,7 kkal/mol). Sebagian besar senyawa tersebut berinteraksi dengan residu asam amino pada situs aktif makromolekul BCL 2, yaitu Ala146, Ala97, Arg143, Val145, Asp108, Met112, Leu134, Gly142, Tyr105, dan Phe101. Berdasarkan afinititas penambatan kesepuluh senyawa tersebut dapat menjadi kandidat inhibitor Apoptosis Regulator BCL 2 dan dapat digunakan untuk penelitian lebih lanjut.

---

B-Cell Lymphoma (BCL) 2 is a protein that plays an important role in the regulation of apoptosis or programmed cell death. BCL 2 plays a role in influencing mitochondrial permeability for the release of cytochrome C to induce apoptosis by activating caspase 3 in colorectal cancer cells. Colorectal cancer treatment can have side effects of drug resistance so that there is inhibition of death between or apoptosis. This study aims to obtain candidate compounds for Apoptosis Regulator BCL 2 inhibitors, carried out in silico studies using a virtual screening method for natural compounds found in the HerbalDB database, using macromolecules with PDB ID 4MAN from the RCSB PDB page. The best parameters obtained from the optimization and validation process used in the virtual screening process are using the AutoDock Vina program in PyRx with a grid box size of 22,5 Å x 22,5 Å x 22,5 Å Exhaustiveness value of 8 and num modes 9. The virtual screening process produced 10 compounds with the best binding affinity, namely Luteolin 7-(2''-p-coumaroylglucoside) (-10.6 kcal/mol), Yuehchukene (-10.4 kcal/mol), (13z)beta, beta-carotene (-10.3 kcal/mol), beta-Carotene (-10 kcal/mol), Occidentoside (-10 kcal/mol), Cryptochrome (-9.9 kcal/mol), Prunin 6''-p -coumarate (- 9.9 kcal/mol), alpha-Carotene (-9.8 kcal/mol), gamma-Carotene (9.7 kcal/mol), and Proanthocyanidin A1 (9.7 kcal/mol). Most of these compounds interact with amino acid residues at the active site of BCL 2 macromolecules, namely Ala146, Ala97, Arg143, Val145, Asp108, Met112, Leu134, Gly142, Tyr105, and Phe101. Based on their binding affinity, these ten compounds can be candidates for Apoptosis Regulator BCL 2 inhibitors and can be used for further research."

"Poly(ADP-ribose) Polymerase-1 (PARP-1) merupakan enzim yang berperan pada proses perbaikan DNA Single Strand Break (SSB) yang mengkatalisis proses Poly(ADP-ribosyl)ation atau PARylation. Kerusakan DNA yang terdapat pada sel kanker kolorektal memicu enzim PARP-1 untuk memperbaiki kerusakan tersebut dan menjaga kelangsungan hidup sel kanker. Inhibisi PARP-1 dilakukan untuk mencegah perbaikan DNA yang terjadi pada sel kanker kolorektal. Penelitian ini dilakukan secara studi in silico dengan metode penapisan virtual terhadap senyawa bahan alam yang terdapat pada pangkalan data HerbalDB untuk mendapatkan senyawa yang berpotensi sebagai inhibitor PARP-1. Penelitian ini menggunakan makromolekul dengan PDB ID 6NRI dari laman RCSB PDB. Parameter terbaik yang didapatkan dari proses optimasi dan validasi yang digunakan dalam proses penapisan virtual adalah menggunakan program AutoDock Vina dalam PyRx dengan ukuran grid box 18,75 Å x 18,75 Å x 18,75 Å, nilai exhaustiveness 8, dan num modes 9. Proses penapisan virtual menghasilkan 10 senyawa dengan afinitas penambatan terbaik, yaitu Cassiamin C (-13,9 kkal/mol), Epigallocatechin 3,3’,-di-o-gallate (-11,8 kkal/mol), Chitranone (-11,7 kkal/mol), Cassameridine (-11,6 kkal/mol), Palmarumycin CP1 (-11,4 kkal/mol), Yuehchukene (-11,3 kkal/mol), Gallocatechin-(4alpha-8)-epigallocatechin-3-o-gallate (-11,1 kkal/mol), Roxburghine B (-11,1 kkal/mol), Proanthocyanidin A1 (-11 kkal/mol), dan Withanolide (-11 kkal/mol). Berdasarkan afinititas penambatannya, kesepuluh senyawa tersebut memiliki potensi sebagai kandidat inhibitor PARP-1 dan dapat digunakan untuk penelitian lebih lanjut.

---

Poly(ADP-ribose) Polymerase-1 (PARP-1) is an enzyme that plays a role in the DNA Single Strand Break (SSB) repair process that catalyzes the process of Poly(ADP-ribosyl)ation or PARylation. DNA damage in colorectal cancer cells triggers the PARP-1 enzyme to repair the damage and keep cancer cells alive and replicate. PARP-1 inhibition was performed to prevent DNA repair that occurs in colorectal cancer cells. This research is an in silico study with a virtual screening method for natural compounds contained in the HerbalDB database to obtain compounds that have potential as PARP-1 inhibitors. This study uses a macromolecule with PDB ID 6NRI from the RCSB PDB page. The best parameter obtained from the optimization and validation process used in the virtual filtering process is using the AutoDock Vina program in PyRx with a grid box size of 18.75 x 18.75 x 18.75 , exhaustiveness value of 8, and num mode 9. Virtual screening process shows 10 compounds with the best binding affinity, namely Cassiamin C (-13.9 kcal/mol), Epigallocatechin 3,3’,-di-o-gallate (-11.8 kcal/mol), Chitranone (-11.7 kcal/mol ), Cassameridine (-11.6 kcal/mol), Palmarumycin CP1 (-11.4 kcal/mol), Yuehchukene (-11.3 kcal/mol), Gallocatechin-(4alpha-8)-epigallocatechin-3 -o- gallate (-11.1 kcal/mol), Roxburghine B (-11.1 kcal/mol), Proanthocyanidin A1 (-11 kcal/mol), and Withanolide (-11 kcal/mol). Based on their binding affinity, the ten compounds have potential as PARP-1 inhibitor candidates and can be used for further research.

"