Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Replikasi virus HIV-1 pada tubuh pasien dapat ditekan dengan penggunaan antiretroviral. Namun virus HIV-1 mudah mengalami mutasi yang menyebabkan penurunan sensitifitas satu atau lebih antiretroviral dalam menahan laju replikasi virus. Oleh karena itu diperlukan kelas antiretroviral baru yang tidak rentan terhadap mutasi virus, misalnya dengan menginhibisi interaksi protein antiviral alami manusia seperti APOBEC3G dengan protein-protein virus. Dalam penelitian ini dilakukan studi pendahuluan untuk membuat sistem penapisan antiretroviral berbasis interaksi protein APOBEC3G dengan protein Vif HIV-1 secara in vitro. Penelitian diawali dengan mendesain gen APOBEC3G yang dapat diekspresikan dengan baik di sistem prokariota. Gen APOBEC3Gopt telah dapat diklona ke plasmid vektor pQE80L dan diekspresikan di E.coli BL21 pada suhu 37 oC dengan induksi IPTG 1 mM, namun berat molekul protein APOBEC3G tidak sesuai dengan teoritis yang diperkirakan diakibatkan oleh pemotongan protein oleh protease. Protein Vif diekspresikan dalam E.coli BL21 Codon Plus pada suhu 37 oC dengan induksi IPTG 1 mM. Purifikasi protein Vif dan APOBEC3G menggunakan IMAC Immobilized Metal Affinity Chromatography matriks NiNTA dilakukan dengan keadaan denaturasi dan telah dilakukan refolding dengan cara dialisis. Protein Vif hasil dialisis dapat berinteraksi dengan protein-protein dalam sel secara in vitro. Protein Vif dan APOBEC3G disuntikkan ke kelinci dan diperoleh antibodi IgG terhadap Vif dan APOBEC3G pada minggu ketiga paska penyuntikan. Optimasi keadaan ELISA yang dilakukan untuk protein Vif menunjukkan konsentrasi protein Vif 25 g/mL, pengenceran serum 1/1.000 dan skim milk sebagai protein blocker, memberikan hasil terbaik. Optimasi keadaan ELISA yang dilakukan untuk protein APOBEC3G menunjukkan konsentrasi protein APOBEC3G 25 g/mL, pengenceran serum 1/1.000 dan skim milk sebagai protein blocker, memberikan hasil terbaik.

---

HIV 1 replication in vivo can be reduced by using antiretroviral. However, HIV 1 virus is easily mutated that leads to reduction of antiviral sensitifity. Therefore, a new class of antiretroviral which is not susceptible toward viral mutation is highly required. One of the options is to inhibit natural antiviral protein such as APOBEC3G to interact with viral protein Vif HIV 1. This research is a preliminary study to establish a new method to screen antiretroviral candidates which inhibit interaction between APOBEC3G and Vif HIV 1. The research begins with APOBEC3G gene optimization for prokaryotic system. The gene successfully cloned to pQE80L vector and highly expressed in E.coli BL21 strain with 1mM IPTG induction in 37 oC. However, the molecular weight of APOBEC3G protein is not suitable with theoretical molecular weight. Vif protein is expressed in E.coli BL21 Codon Plus strain with 1 mM IPTG induction in 37 oC. Vif and APOBEC3G is purified using IMAC Immobilized Metal Affinity Chromatography method with NiNTA matrix in denaturing condition and successfully refolded using dialysis method. Purified Vif protein can interact with other cellular protein in vitro. Rabbits were immunized with Vif and APOBEC3G protein and high titer of IgG anti Vif and anti APOBEC3G were obtained in 3 weeks after immunization. ELISA technique conducted for Vif protein shows that 25 g mL Vif protein, 1 1.000 serum dilution, and skim milk as the protein blocker give the optimal condition. As for the APOBEC3G protein, the optimal condition obtained is also 25 g mL APOBEC3G protein, 1 1.000 serum dilution, and skim milk as the protein blocker."

"Latar Belakang : Sistem in vitro pendeteksi interaksi protein Vif HIV-1 dengan Apobec3G akan mempermudah identifikasi obat anti HIV-1 yang dapat meghambat replikasi HIV-1 melalui fungsi protein intrinsik Apobec3G. Protein Apobec3G rekombinan yang diperoleh melalui ekspresi pada sistem prokariota dapat digunakan bersama-sama dengan protein vif rekombinan untuk pengembangan sistem identifikasi substansi penghambat interaksi Apobec3G dan Vif HIV-1 dalam rangka eksplorasi protein bahan alam sebagai penghambat infeksi HIV. Metode : Gen Apobec3G diklona ke dalam vektor plasmid pGEX6P-1 dalam E.coli TOP10, kemudian dilanjutkan dengan ekspresi pada sel E.coli BL21 untuk memperoleh protein rekombinan. Proses induksi dilakukan pada suhu 37°C dengan konsentrasi IPTG 0,5 mM, waktu induksi 2 dan 4 jam. Hasil : Gen apobec3G telah berhasil diklona ke dalam vektor ekspresi prokariot, tetapi protein belum berhasil diekspresikan.

---

Background: A system for detection of in vitro interaction of HIV-1 Vif protein with apobec3G protein will facilitate the identification of novel anti HIV-1 drug that inhibit the virus replication through functional intrinsic Apobec3G protein. Recombinant Apobec3G protein that is obtained through expression in prokaryotic expression system can be utilized in combination with recombinant HIV-1 Vif protein for the development of a sistem for identification of an inhibitory substance for interaction of Apobec3G and HIV-1 Vif, in order to explore the potential of natural substances as inhibitors of HIV infection.

Methods: The gene encoding the Apobec3G protein was cloned into the plasmid vector pGEX6P-1 in Top10 E. coli, followed by expression in BL21 E. coli to obtain the recombinant protein. Induction of expression was performed at 37oC with IPTG concentration of 0.5 mM for 2 and 4 hours.

Results: The gene encoding the Apobec3G has been successfully cloned in the prokariotic expression vector, however the expression of the corresponding recombinant protein has not been successful."

"Latar Belakang: APOBEC3G, apolipoprotein B mRNA-editing enzyme, catalytic polypeplidelike JG, merupakan protein manusia yang dapat mengganggu replikasi HIV dengan memasukkan dirinya ke dalam partikel virus dan merusak susunan materi genetik virus. Beberapa studi terbaru menunjukkan bahwa APOBEC3G manusia mengatur infektivitas HIV-1 dengan mendeaminasi dC menjadi dU pada rantai minus DNA yang baru dibentuk, menyebabkan hipermutasi G menjadi A dari rantai plus DNA viral.Induksi hlpermutasi oleh APOBEC3G dapat menyebabkan pembentukan stop kodon pada ORF protein virus dan memicu degradasi DNA virus oleh glikosilase DNA urnsil yang selanjutuya dapat menghambat replikasi HIV. Protein ini layak untuk diteliti lebih lanjut dalam rangka pengembangan anti retrovirus yang berbasis pacta mekanisme penghambatan replikasi HIV-1 melalui jalur APOBEC3G. Sebagai langkab awal, diperlukan sistem ekspresi gen APOBEC3G yang akan diperoleh melalui sintesis dan kloning gen APOBEC3G ke dalam vektor ekspresi DNA rekombinan.Metode: Untuk mendapatkan mRNA APOBEC3G yang akan digunakan sebagai pola cetak dalam sintesis eDNA APOBEC3G, dilalkukan ekstraksi RNA dari sel CEM-GFP menggunakan Rneasy Mini Kit. Agar DNA APOBEC3G lengkap dapat diperoleh dengan lebih mudah, sintesis DNA serat ganda APOBEC3G menggunakan reaksi RT-PCR dua tahap, dibagi atas tiga daerah pada gen APOBEC3G dengan susunan nukleotida yang bertumpang tindih (overlapping) pada bagian ujung segmen DNA yang akan berfungsi sebagai penyambung fragmen-fragmen tersebut menjadi DNA APOBEC3G utub.Hasil: Hasil eksperimen menunjukloan ketiga fragmen APOBEC3G yang masing-masing berukuran 452 pb, 458 pb,dan 433 pb berhasil dibentuk lewat reaksi PCR dengan menggunakan enzim Pfx dan diklona ke dalam vektor plasmid.Kesimpulan: DNA APOBEC3G yang dibagi menjadi 3 fragmen telah berhasil didapat dan terklona ke dalam pBluescript KS (-). Pekerjaan lanjutan akan dilakukan untuk verifikasi sekuen fragmen-fragmen terklona dan menyambung ketiga fragrnen tersebut menjadi DNA APOBEC3G yang utub yang kemudian akan diklona ke dalam vektor ekspresi.

---

Background: APOBEC3G, apolipoprotein B rnRNA-cditing enzyme, catalytic polypeptide-like JG,is a human protein that interferes with the replication of HIV by incorporating itself into virus particles and damaging the genetic material of the virus. Several recent studies revealed that human APOBEC3G regulates HIVI infectivity by dearninating dC to dU in the newly synthesized minus strand DNA, resulting in G to A hypermutation of the viral plus strand DNA.Hypermutation induced by APOBEC3G may result in the introduction of stop codons in viral protein open reading frame and degradation of viral DNA by ura<:il-DNA glyoosylase, therefore blocking HlV replication. This protein is therefore suitable for further investigation for the development of ARV (AntiRetroviral) that is based on mechanism of blocking HIV-1 replication inhibition by APOBEC3G through the pathway. In order to obtain the APOBEC3G protein, an expression system of the APOBEC3G gene is required, which will be obtained by synthesis and cloning of the APOBEC3G gene into an expression vector.Method: To obtain the APOBEC3G mRNA that will be used as template for synthesis of APOBEC3G eDNA by RT-PCR using Omniscript enzyme, we performed RNA extraction from CEM-GFP cell line using the Rneasy Mini !Gt. In order to facilitate the synthesis of a complete APOBEC3G DNA, the APOBEC3G DNA double stranded was divided into three regions with overlapping nucleotide sequences at the DNA ends that function in the joining of the fragments into a full length APOBEC3G DNA.Results: The result of the experiments showed that the three fragments of APOBEC3G gene of 452 bp, 458 bp, and 433 bp, were successfully produced by PCR reaction using Pfx enzyme, and cloned into plasmid vector.Conclusions: APOBEC3G DNA that was divided into three fragments has been obtained and cloned illlo Bluescript KS (-) vector. Further study, will be performed to verifY the cloned fragments, and to fuse the fragments into a complete APOBEC3G DNA that will be cloned into an expression vector."

"Latar Belakang : Tingginya prevalensi penyakit HIV/AIDS di Indonesia, tidak banyak penelitian tentang pengaruh bahan alam terhadap imunitas sehubungan dengan infeksi HIV, adanya fakta berbagai penelitian yang menyatakan kurkumin dapat mempengaruhi berbagai faktor transkripsi dan belum terdapat informasi mengenai pengaruh kurkumin terhadap ekspresi mRNA APOBEC3G , maka dilakukan penelitian ini untuk mengetahui dan menilai aktivitas kurkumin terhadap ekspresi mRNA APOBEC3G pada sel PBMC manusia.Metode : Isolasi PBMC dari whole blood dan mengkultur sel PBMC dengan kurkumin konsentrasi 10uM, 20uM dan 50uM , diinkubasi selama 24 dan 48 jam. Kemudian dilakukan isolasi RNA pada setiap kelompok perlakuan, mengukur konsentrasi dan kemurnian RNA. Dilakukan analisis ekspresi mRNA APOBEC3G menggunakan real-time RT PCR, nilai Ct dari setiap perlakuan diolah menggunakan metode Livak sehingga diperoleh nilai tingkat ekspresi relatif APOBEC3G yang dipengaruhi kurkumin. Dilakukan elektroforesis gel dan sekuensing untuk memastikan primer yang digunakan spesifik untuk APOBEC3G dan GAPDH.Hasil : Pada perlakuan kurkumin konsentrasi 10uM, 20uM dan 50uM yang diinkubasi 24 jam didapatkan jumlah sel pada masing-masing perlakuan konsentrasi kurkumin 8x105, 7,5x105 dan 7x105. Jumlah total RNA masing-masingnya 103,4; 101,1 dan 95,9. Tingkat ekspresi relatif mRNA APOBEC3G 0,66; 0,60 dan 0,49. Sedangkan pada inkubasi 48 jam jumlah sel pada masing-masing perlakuan konsentrasi kurkumin 6,5x105, 6x105 dan 5x105. Jumlah total RNA masing-masingnya 74,95; 69,75 dan 53,7. Tingkat ekspresi relatif mRNA APOBEC3G 0,59; 0,47 dan 0,40.Kesimpulan : Semakin tinggi konsentrasi kurkumin dan semakin lama waktu inkubasi menunjukkan semakin berkurang jumlah sel, jumlah RNA total dan tingkat ekspresi relatif mRNA APOBEC3G.

---

Background : High prevalence of HIV/AIDS in Indonesia, there are not many research about effects of natural resources to immunity in context of HIV infection, though there are facts about research which states curcumin can affect various transcription factors and none about effect of curcumin on expression of mRNA APOBEC3G, therefore this research is conducted in order to obtain information and measure curcumin's activity on APOBEC3G mRNA expression in human PBMC cell.Methods : PBMC isolation from whole blood specimen and PBMC culture with curcumin concentration of 10uM, 20uM, 50uM, incubated for 24 and 48 hours. After incubation RNA isolation procedure was then conducted on each group treatment followed by concentration and purity measurement of RNA. Expression analysis of APOBEC3G mRNA using real-time RT PCR was performed. Livak method was used to procces Ct results from each treatment which results in relatives expression levels of APOBEC3G effected by curcumin. Gel electrophoresis and sequencing was done to make sure that primers being used are specific for APOBEC3G and GAPDH.Results : On treatment concentration of curcumin 10uM, 20uM and 50uM which has been incubated for 24 hours received results of curcumin concentration of 8x105, 7,5x105 and 7x105. Total rna results 103,4; 101,1 and 95,9. Relative expression levels of APOBEC3G mRNA 0,66; 0,60 and 0,49. 48 hour incubation received results of curcumin concentration of 6,5x105, 6x105 and 5x105. Total rna results 74,95; 69,75 and 53,7. Relative expression levels of APOBEC3G mRNA 0,59; 0,47 and 0,40.Conclusion : Higher levels of curcumin concentration and longer incubation periods shows decreased cell count, total RNA number and relative expression level of mRNA APOBEC3G."

"Protein APOBEC3G merupakan salah satu protein intrinsik sel imun manusia yang memiliki kemampuan antiretroviral terhadap infeksi HIV-1. Protein Vif HIV-1 dapat merangsang degradasi APOBEC3G sehingga penghambatan interaksi antara kedua protein tersebut melalui inhibitor berpotensi digunakan dalam pengembangan antiretroviral baru. Pengembangan antiretroviral baru melalui interaksi antara protein APOBEC3G dengan protein Vif HIV-1 memerlukan protein rekombinan APOBEC3G. Protein APOBEC3G diperoleh dengan cara melakukan ekspresi gen APOBEC3G yang telah dikloning ke dalam vektor ekspresi pQE-80L. Ekspresi protein APOBEC3G dilakukan dalam sistem ekspresi prokariota yaitu bakteri Escherichia coli BL21-CodonPlus (DE3). Ekspresi protein dilakukan pada tiga kondisi optimasi yaitu suhu, konsentrasi IPTG dan waktu inkubasi setelah induksi. Berdasarkan penelitian, APOBEC3G berukuran 43,08 kDa dapat diekspresikan paling optimal pada induksi IPTG 0,5 mM pada suhu 37oC waktu inkubasi 4 jam setelah induksi.

---

APOBEC3G is one of intrinsic protein in human immune system. It has an antiretroviral ability against HIV-1 infection. However, HIV-1 has Vif protein which stimulate degradation of APOBEC3G. Therefore, inhibition of interaction between both proteins by an inhibitor is potentially used in development of new antiretroviral agents. The development of new antiretroviral using interaction of APOBEC3G and Vif HIV-1 needs recombinant protein of APOBEC3G. This APOBEC3G recombinant protein can be produced by expression of APOBEC3G gene cloned into pQE-80L expression vector in prokaryotic system of Escherichia coli BL21-CodonPlus (DE3). Protein expression conducted in three optimization condition: themperature, IPTG concentration, and incubation time after induction. Based on this research, APOBEC3G which has 43,08 kDa molecular weight is expressed optimally in 0,5 mM IPTG induction at 37oC and incubation time 4 hours after induction."

"Infeksi HIV-1 merupakan salah satu permasalahan kesehatan di Indonesia yang perlu diteliti untuk mendapatkan strategi intervensi yang sesuai dengan galur virus yang bersirkulasi di Indonesia. Untuk pengembangan kultur galur HIV Indonesia, diperlukan antibodi spesifik terhadap protein awal HIV-1 yaitu Tat dan Rev sebagai marka infeksi HIV pada sel yang terinfeksi HIV-1. Penelitian ini bertujuan untuk mendapatkan plasmid pengekspresi bagian immunodominant protein fusi Tat dan Rev pada sistem ekspresi mamalia agar dapat dimanfaatkan untuk menginduksi pembentukan antibodi spesifik pada hewan coba mamalia. Susunan DNA penyandi protein fusi Tat dan Rev didapat dengan melakukan analisis optimasi kodon penyandi susunan asam amino protein fusi menggunakan piranti lunak GenScript, untuk mendapatkan nilai Codon Adaptation Index CAI > 0.80 pada sistem ekspresi mamalia. Susunan nukleotida yang diperoleh kemudian diberikan tambahan susunan nukleotida situs restriksi pada bagian 5 rsquo; dan 3 rsquo; untuk memudahkan pengklonaan ke dalam vektor ekspresi dan dipesan ke penyedia jasa sintesis asam nukleat. Potongan DNA sisipan TatRev, penyandi protein fusi TatdanRev diperoleh dari penyedia jasa sintesis dalam bentuk terklona dalam plasmid pUC19. Agar dapat terekspresi dalam sistem ekspresi mamalia, DNA sisipan dipotong dengan enzim restriksi KpnI dan HindIII dari plasmid pUC19 dan disubklona ke dalam situs restriksi KpnI dan HindIII pada plasmid pTriEx-4. Analisis restriksi enzim Kpn I dan Hind III plasmid rekombinan yang diperoleh dengan elektroforesis jel agarosa menunjukkan adanya dua pita yang bermigrasi sesuai ukuran plasmid pTriEx-4 dan DNA sisipan TatRev, yaitu sebesar 5000 pb dan 600 pb.

---

HIV 1 infection is one of the health problems in Indonesia that is necessary to be studied in order to obtain intervension strategies that is in accordance with the circulating viral strains in Indonesia. In order to develop culture of Indonesian HIV strainss, specific antibodies towards early proteins of HIV, namely Tat and Rev, that are markers of HIV infection in HIV 1 infected cells. This study is aimed at obtaining a plasmid for expression of immunodominant region of Tat and Rev fusion protein in mammalian expression system to be used for stimulation of specific antibody formation in mammals as experimental animal. Nucleotide sequence of DNA encoding the Tat and Rev fusion protein was obtained by codon optimization analysis of the amino acid sequence of the fusion protein using the GenScript software, to obtain a Codon Adaptation Index CAI 0.80 for mammalian expression system. The nucleotide sequence that is obtained was then added with recognition sequences for enzymatic restriction at the 5 rsquo and 3 rsquo end to facilitate cloning into expression vector, and requested to a service provider for nucleic acid synthesis. The TatRev insert DNA, encoding the fusion protein of Tat and Rev was obtained from the nucleic acid synthesis service provider in the formed of cloned DNA in the plasmid pUC19. For expression in mammalian expression system, the insert DNA was restricted using restriction enzymes KpnI and HindIII from the pUC19 plasmid and subcloned into the KpnI and HindIII restriction sites in plasmid pTriEx 4. Agarose gel electrophoresis analysis of KpnI and HindIII enzymatic restriction of the resulting recombinant plasmid showed the presence of two bands that migrated according to the sizes of the plasmid pTriEx 4 and the TatRev insert DNA, namely 5000 bp and 600 bp."

"Latar belakang: Metode konvensional untuk mengkonfirmasi infeksi HIV ialah Western blot. Namun, western blot memiliki keterbatasan yaitu kontaminasi dengan antigen selular manusia dan masalah perbedaan genetik di antara subtipe HIV-1 yang menyebabkan hasil indeterminate dan ketidakakuratan diagnosis infeksi HIV-1 subtipe CRF01_AE yang dominan di Indonesia. Pemeriksaan western blot yang tersedia di Indonesia ialah untuk diagnosis infeksi HIV-1/2 dan tidak bersifat spesifik strain. Metodologi: Pada penelitian ini digunakan protein p24 rekombinan sebagai antigen pada western blot. Dilakukan optimasi ekspresi protein p24 rekombinan HIV-1 CRF01_AE pada Escherichia coli BL21CP dan purifikasi serta western blot untuk mendapatkan informasi awal mengenai reaktivitasnya terhadap serum ODHA di Indonesia. Optimasi ekspresi dilakukan terhadap lama waktu induksi, konsentrasi IPTG, dan suhu induksi. Purifikasi dilakukan dengan metode immobilized metal-affinity chromatography (IMAC) dan sistem purifikasi Ni-NTA [Qiagen] pada kondisi native dengan optimasi pada konsentrasi imidazole dalam wash buffer. Hasil: Konfirmasi protein rekombinan dengan western blot menunjukkan bahwa ekspresi dan purifikasi protein p24 rekombinan telah optimal dan reaktif terhadap serum pasien HIV-1 positif di Indonesia. Kesimpulan: Protein p24 rekombinan dari penelitian ini dapat dikembangkan untuk uji diagnostik western blot berdasarkan subtipe CRF01_AE yang dominan di Indonesia.

---

Background: Conventional method for confirmation of HIV infection is western blot. However, western blot has limitation of contamination by human cellular antigen and genetic diversity matter among the HIV-1 subtypes that showed indeterminate result and inaccuracy for the diagnosis of HIV-1 subtype CRF01_AE infection predominantly in Indonesia. The western blot available in Indonesia is for diagnosis of HIV-1/2 which is not strain spesific. This research performed the p24 recombinant protein as the antigen in western blot.

Methods: We conducted the optimization in expression of p24 recombinant protein of HIV-1 subtype CRF01_AE in Escherichia coli BL21CP and purification and the confirmation by the western blot to obtain initial information about the reactivity of this recombinant protein with ODHA (people with HIV/AIDS) in Indonesia. Expression optimization administered in the induction time, IPTG consentration used, dan the induction temperature. The purification of the p24 recombinant protein carried with the immobilized metal-affinity chromatography (IMAC) method in Ni-NTA purification system [Qiagen] in native condition with optimization in the imidazole concentration used in the wash buffer.

Result: The confirmation of recombinant protein by western blot showed the expression and purification of p24 recombinant protein has been optimized well and reactive with the Indonesian HIV-1 positive serum patient.

Conclusion: This result indicated the p24 recombinant protein can be applied for the diagnostic assay development based on predominant HIV-1 subtype CRF01_AE in Indonesia."

"Kebutuhan untuk mendapatkan pola yang terbentuk dari matriks biner pada masa ini dan mendatang, meningkat dengan pesat. Data dari 'clickstream' pengguna internet, 'face-recognition', matriks setelah dilakukan prapengolahan dari data kategorik, interaksi protein-protein dan masih banyak daftar lainnya yang menghasilkan matriks biner. Salah satu pola yang dapat dibentuk dari matriks biner merupakan satu himpunan submatriks yang semua entrinya bernilai 1. Submatrik tersebut disebut dengan 'bicluste''r' dengan jenis nilai konstan. Permasalahan dari pembentukan 'bicluster' disebut dengan 'biclustering'. Permasalahan tersebut tergolong dalam permasalahan 'NP-complete'. Meskipun demikian, hasil yang suboptimal mampu didapatkan dengan membuat algoritma 'biclustering'.Penelitian ini mengusulkan suatu algoritma 'biclustering' baru dengan menggunakan jarak 'Hamming' antara satu kolom dengan kolom yang lainnya pada matriks biner. Algoritma yang diberi nama 'bicHPT' ('biclustering based on Hamming distance Pattern Table') ini, mampu membuat satu himpunan 'bicluster' dengan lima langkah, yaitu mereduksi kolom matriks, membuat tabel jarak 'Hamming', mencari kandidat 'bicluster', menyaring kandidat 'bicluster', dan membentuk 'bicluster'. Setelah uji coba performa, algoritma 'bicHPT' mampu menghasilkan satu himpunan 'bicluster', bahkan mampu mengungguli algoritma lain dalam hal jumlah 'bicluster' yang dibentuk. Algoritma ini juga mampu untuk diaplikasikan sebagai salah satu unsur yang digunakan untuk memprediksi interaksi protein-protein baru, antara protein 'Human Immunodeficiency Virus type' 1 (HIV-1) dan protein manusia. Total interaksi baru yang didapatkan dengan menggunakan algoritma ini ada sebanyak 482 interaksi.

---

The demand to obtain patterns from a binary matrix today and in the future is rapidly increasing. Data from internet users clickstreams, face-recognition, the matrix after preprocessing categorical data, protein-protein interactions, and so on that will produce a binary matrix. One kind of pattern that might be obtained from a binary matrix is a set of submatrices which all their entries have the value of 1. A submatrix is called with bicluster with constant values. The problem to make biclusters is called with biclustering. This problem is NP-complete. Although, the suboptimal solution might be obtained with constructing a biclustering algorithm.

This research proposes a novel biclustering algorithm based on Hamming distance among each column in a binary matrix. The algorithm which called with \pt (biclustering based on Hamming distance Pattern Table) can produce biclusters in 5 steps, which are, the column reduction of the matrix, constructing Hamming distance table, finding bicluster candidate, filtering bicluster candidate and forming the biclusters. After testing the performance, this algorithm can produce biclusters. Moreover, it can outperform another algorithm in numbers of biclusters. This algorithm is also succeeded to be applied as one of the elements to predict protein-protein interaction between Human Immunodeficiency Virus type 1 protein (HIV-1) and human protein. The total new interactions which using this algorithm are 482 interaction."

"Latar belakang: Beta defensin diekspresikan terutama oleh sel epitel pada permukaan mukosa berbagai organ seperti kulit, usus, mulut dan saluran genital. Studi sebelumnya menunjukkan bahwa Beta defensin 30 (Defb30) terekspresi spesifik di epididimis. Defb30 merupakan peptida kationik berukuran kecil yang diduga berperan penting pada proses pematangan spermatozoa di epididimis dan juga memiliki kemampuan untuk membunuh mikroba. Untuk mempelajari aktivitas antimikroba Defb30 ini diperlukan analisis pada tingkat protein dan hal tersebut memerlukan protein dalam jumlah yang cukup. Karena itu perlu dilakukan suatu rekayasa genetika berupa perancangan gen yang mengkode Defb30, pengklonaan dan ekspresi untuk pembuatan protein rekombinan DEFB30. Metode: Gen sintetik penyandi protein DEFB30 yang telah dioptimasi kodonnya diklona ke dalam vektor pQE-80L. Plasmid rekombinan yang mengandung sisipan gen target dikonfirmasi dengan analisis enzim restriksi dan sekuensing untuk selanjutnya diekpresikan ke dalam E. coli BL21 dan diinduksi menggunakan IPTG (Isopropyl-1-Thio-d-Galactopyranoside) dengan berbagai waktu inkubasi. Deteksi protein rekombinan dilakukan dengan SDS-PAGE dan westernblotting. IMAC (Immobilized Metal Affinity Chromatography) digunakan untuk mempurifikasi protein rekombinan. Uji antimikroba protein rekombinan dilakukan dengan cara pengukuran nilai optical density (OD) dan dianalisis hasilnya menggunakan uji one way anova. Hasil: Gen sintetik penyandi protein rekombinan DEFB30 berhasil dikonstruksi pada plasmid pQE-80L. Ekspresi ke dalam E. coli BL21 menghasilkan suatu protein fusi setelah diinduksi menggunakan IPTG selama 4 jam. Hasil analisis protein rekombinan dengan westernblotting menggunakan antibodi Anti-His G-HRP menunjukkan terbentuk pita tebal yang berukuran diatas 10 kDa (±12 kDa). Uji antimikroba protein rekombinan DEFB30 menunjukkan bahwa protein tersebut dapat menghambat pertumbuhan bakteri Eschericia coli dan Bacillus subtilis.Kesimpulan: Gen sintetik penyandi beta defensin 30 berhasil diklona ke dalam plasmid pQE-80L. Ekspresi protein rekombinan DEFB30 menghasilkan suatu protein fusi berukuran ±12kDa. Protein rekombinan DEFB30 terbukti memiliki sifat antimikroba terhadap Eschericia coli dan Bacillus subtilis.

---

Background: Beta defensins are primarily expressed by epithelial cells at mucosal surfaces, such as those in skin, gut, mouth and genital tract. Previous studies have demonstrated that beta defensin 30 (Defb30) is exclusively expressed in the epididymis. Defb30 is known as a small cationic antimicrobial peptide which plays an important role in epididymal sperm maturation and also acts as a host defence against microbial infection. Study of Defb30 role in the antimicrobial activity requires generating DEFB30 protein for characterization. For the purpose of this study, Defb30 gene was designed, synthesized, cloned, and expressed for the manufacture of the DEFB30 recombinant protein. Method(s): In this study, according to the preferred codon in E. coli, the Defb30 gene was optimized and synthesized. The gene was cloned into pQE-80L vector and subsequently expressed in E. coli BL21; using IPTG (Isopropyl-1-Thio-d-Galactopyranoside) as an inducer. Detection of recombinant protein was carried out by using SDS-PAGE and westernblotting. IMAC (Immobilized Metal Affinity Chromatography) was used to purify recombinant protein. Optical density measurement was used to analyze antimicrobial property of the DEFB30 recombinant protein. Results: The synthetic gene was successfully constructed into pQE-80L plasmid and expression of the recombinant protein in E. coli BL21 produced a fusion protein after being induced by IPTG for 4 hours. Westernblotting analysis using Anti-His G-HRP antibody showed band above 10kDa (±12kDa). Antimicrobial assay for DEFB30 recombinant protein showed inhibition towards growth rates of Eschericia coli and Bacillus subtilis. Conclusion: Defb30 synthetic gene was succesfully cloned into pQE-80L plasmid. Expression of recombinant DEFB30 produced a fusion protein of ±12kDa. This recombinant protein has antimicrobial property towards Eschericia coli and Bacillus subtilis."